厦门市临床分离的466株结核分枝杆菌基因分型研究

目的 了解厦门市结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群情况,并建立分型数据库。方法 采用实时荧光PCR法对厦门市2013 - 2015年分离到的466株结核分枝杆菌临床分离株进行菌株确认,然后采用间隔区寡核苷酸分型方法（spoligotyping）对其进行基因分型。分型结果与SpolDB4数据库进行比对,并使用Bionumeric6.6.4软件进行基因聚类分析。结果 466株菌均为结核分枝杆菌,基因分型分成96种基因型别,62种数据库中有相应的SIT编号,34种为新的型别。97.64%(455/466)的菌构成了15个基因簇。466株菌属于7个基因家族及未定义家族,排在前三的分别为:Beijing（北京）家族60.09%（280/466）、T家族21.03%(98/466)、H家族5.58%(26/466)。结论 厦门市结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族为主要的流行基因群。     

应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究

目的 使用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。方法收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株，应用Spoligotyping方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics软件。结果共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌临床分离株，可分为2个基因群，即北京家族（Beijingfamily）或称北京基因型（Bering genotype），非北京家族（non—Beringfamily），分别占89．5％（298／333）和10．5％（35／333），29种基因型。其中22株为独特类型，余311株分为7簇。北京家族菌株中，95．0％（283／298）为典型北京家族，非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为19个基因型，16株为独特的基因型。结论吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。     

甘肃省228株结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对甘肃省结核分枝杆菌流行株进行分型研究,了解目前甘肃省结核分枝杆菌流行株基因型的基本情况,为甘肃省结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用Spoligo-typing对甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌进行基因分型,结果使用Bionumerics-5.01软件统计、分析,并与SpolDB4数据库进行比对,得出菌株分型结果。结果228株结核分枝杆菌被分为北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily)2大基因群,其中北京家族基因群占88.6%(202/228)。非北京家族基因群为11.4%(26/228),228株结核分枝杆菌构成23个基因簇,其中独立基因型12个。结论北京家族基因群菌株在甘肃省结核分枝杆菌流行株中占据绝对优势地位,对该基因群菌株引发的结核病应给予密切关注并应加强对北京家族基因型菌株生物学特性研究。     

344株结核分枝杆菌的基因分型研究

目的研究间隔区寡核苷酸序列基因分型技术、结核分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU),以及多位点串联重复序列(VNTR)在河南省结核病分枝杆菌基因分型中的应用,了解河南省局部地区MIRU-VNTR基因型种类与分布,以及北京家族基因型在河南省的分布特征。方法应用2007年在河南省的嵩县、新密县、扶沟县、中牟县等4个县及南阳市的结核病防治机构实验室分离培养的344株结核分枝杆菌,设计引物,应用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术及间隔区寡核苷酸分型技术对结核分枝杆菌进行VNTR分型检测分析,基因分型聚类分析采用Bio-Numerics软件。结果对344株结核分枝杆菌临床分离株的间隔区寡核苷酸分型结果显示,有299株为北京家族基因型,占86.9%;12个MIRU位点检测结果显示明显的基因多态性;经基因聚类分析,可分5个基因群(Ⅰ~Ⅴ群),292个基因型,Ⅰ~Ⅴ群分别占5.1%、67.8%、21.9%、1.4%、2.8%。结论河南省结核分枝杆菌MIRUs基因存在明显的多态性,存在≥5个MIRU型,主要流行型为Ⅱ型;北京家族基因型占主导地位,北京家族基因型与耐药无明显相关性。     

结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型法分析

目的应用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法分析甘肃省结核分枝杆菌临床分离株的分子型别特征。方法用spoligotyping基因分型方法,对甘肃省兰州市肺科医院住院或门诊确诊患者分离的结核分枝杆菌进行分型,采用BioNumerics 4.5软件进行聚类(cluster)分析,对聚类结果与国际间隔寡核苷酸分型数据库(SpolDB4)对比。结果 215株临床分离株被分成3个基因群22种基因型,其中成簇菌株形成11个基因型共204株,独特基因型菌株11株;北京家庭基因型结核分枝杆菌占86.51%(186/215),T4占4.19%(9/215)、H1占1.86%(4/215)、MANU占1.40%(3/215)等基因型;Logistic多元回归分析结果表明,北京家庭基因型与患者性别、年龄、职业、抗结核治疗史、耐药、发病情况和菌种耐药性、来源地等均无关联。结论甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,北京家族基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株,其他罕见的基因型结核分枝杆菌也值得重视。     

河南省临床分离的553株结核分枝杆菌基因分型研究

目的了解河南省结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群。方法对河南省各地市分离的553株结核分枝杆菌临床分离株采用间隔区寡核苷酸分型方法(spoligotyping)进行基因分型。分型结果与SITVIT数据库进行比对,并用Bionumeric 7.6软件进行基因聚类分析。结果 553株结核分枝杆菌Spoligotyping分型后与SITVIT数据库比对后得到46种不同的基因型,其中33种型别有对应的SIT编号,剩下的13种未在数据库找到与其匹配的型别。553株菌除了14(2.53%)株菌基因型没有对应的家族用"UN"表示外,余下536株菌分别属于4个不同的家族,其中Beijing家族共481株,占总数的86.98%;其次是T家族共53株,占总数的9.58%;MANU家族2株(0.36%)(MANU2);LAM家族1株(0.18%)(T5RUS1)。结论河南省结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族和T家族为主要的流行基因群。     

不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析

目的 初步评价不同串联重复序列(VNTR)位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合.方法 从中国8个省(市、自治区)2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA)对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率(Hunter-Gaston指数,HGI)分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力.同时采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力.结果 140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%.Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589.MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异(0～0.809),对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个.27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合.4个组合的HGl分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0.9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1.结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景.     

70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况，并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株，常规罗氏培养基培养，应用Spoligotyping进行基因分型研究，聚类分析采用BioNumerics软件，统计学分析采用卡方检验。结果70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群，即北京家族（Beijing family）和非北京家族（Non-Beijing family），分别占70％（49／70）和30％（21／70），18种基因型，其中12株为独特类型，剩余58株分为6簇。北京家族菌株中，89．8％（44／49）为典型北京家族（typical Beijing family），非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为13个基因型，9株为独特的基因型。北京家族菌株中表现为全敏感者71．4％（35／49），表现为耐药者为28．6％（14／49）；而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66．7％，表现为耐药者为33．3％，经卡方检验，两者问的差异无统计学意义（X^2=0．158，P〉0．05）。结论北京家族菌株为浙江的流行优势菌株。北京基因犁与耐药无明显相关性。     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

甘肃省２２８株临床分离结核分枝杆菌ＤＮＡ 分型初步研究

摘要：目的　了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征，并评价两种基因分型方法的应用价值。方法　收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株，分别采用多位点数目可变串联重复序列分析（ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｌｏｃｕｓｖａｒｉａｂｌｅｎｕｍｂｅｒｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔａｎａｌｙｓｉｓ，ＭＬＶＡ）和间隔区寡核苷酸分型（ｓｐａｃｅｒｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｔｙｐｉｎｇ ，Ｓｐｏｌｉｇｏｔｙｐｉｎｇ）技术进行基因分型，用ＢｉｏＮｕｍｅｒｉｃｓ软件进行聚类分析后，进行结果综合分析、比对。结果　利用ＭＬＶＡ 分型方法，２２８ 株结核分枝杆菌被分为４ 大基因群，７ 个主要基因型；Ｓｐｏｌｉｇｏｔｙｐｉｎｇ 可将２２８株结核分枝杆菌分为４个基因群，８个主要基因型，其中最大的基因型为北京家族基因型。两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义（χ２＝０．０６，P＞０．０５）。结论　两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好，重复性高，操作简便，可试用于大规模分子流行病学调查。北京家族是甘肃最主要的流行基因群。     

绵阳地区结核分支杆菌北京基因型菌株的鉴定和感染因素分析

目的鉴定MTB北京基因型,了解北京基因型菌株在绵阳地区的分布特征,为本地结核病的防治和分子流行病学研究提供科学依据。方法随机选取绵阳涪城和江油两个区县的结核分支杆菌临床分离菌株,收集患者流行病学资料。菌株常规培养,收集菌体,提取基因组DNA,采用RD105缺失基因检测法鉴定北京基因型菌株。药物敏感性试验采用比例法。率的比较采用χ2检验。结果共对79株结核分支杆菌了进行北京基因型鉴定,北京基因型菌株33株,占41.77%;非北京基因型菌株46株,占58.23%。北京基因型菌株耐药率(36.36%)明显高于非北京基因型菌株耐药率(10.87%),差异有统计学意义(χ2=7.395,P=0.007)。患者性别、年龄组、所在地区和治疗史与感染北京基因型菌株无关。结论北京基因型菌株在绵阳地区呈一般流行趋势。北京基因型菌株感染与耐药相关,与患者性别、年龄、所在地区和治疗史无关。     

中国部分地区结核分枝杆菌北京基因型菌株分布初步分析

目的初步了解结核分枝杆菌北京基因型菌株在中国不同地区的分布情况。方法采用间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)方法对1 603株分离自7个省、市、自治区的结核分枝杆菌进行分型分析,确定北京基因型菌株在不同地区所占的比例。结果根据Spoligotyping分型结果及北京基因型菌株的定义,1 603株结核分枝杆菌中1 158株为北京基因型菌株,占72.24%。北京地区北京基因型菌株所占的比例最高为92.59%,其后依次为西藏(90.38%),吉林(89.88%),陕西(80.00%),新疆(65.36%),广西(55.29%),福建(54.50%)。结论北京基因型菌株为主要的流行菌株,但是不同地区北京基因型菌株所占的比例并不相同,北方地区北京基因型菌株的比例高于南方地区。     

Improved differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains, including many Beijing genotype strains, using a new combination of variable number of tandem repeats loci.

Variable number of tandem repeats (VNTR) typing was done on 230 Mycobacterium tuberculosis strains, including 41 strains isolated from 17 groups of epidemiologically linked patients. By PCR amplification, 185 (80.4%) of the 230 strains were Beijing genotype strains. VNTR typing was performed using the 15 loci proposed as a standard set by Supply et al. [Supply, P., Allix, C., Lesjean, S., Cardoso-Oelemann, M., Rusch-Gerdes, S., Willery, E., Savine, E., de Haas, P., van Deutekom, H., Roring, S., Bifani, P., Kurepina, N., Kreiswirth, B., Sola, C., Rastogi, N., Vatin, V., Gutierrez, M.C., Fauville, M., Niemann, S., Skuce, R., Kremer, K., Locht, C., van Soolingen, D., 2006. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol. 44, 4498-4510], and cluster analyses of these data were done. By the VNTR typing with the proposed 15 loci, strains having low similarity values by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis were clustered. Use of a supplemental9 loci, proposed as a high-resolution tool, with the 15 loci showed that strains with low similarity by RFLP analysis were still clustered. Twelve VNTR loci were selected based on previously reported discriminatory index (DI) values and used with the proposed 15 loci for better differentiation by VNTR typing. When eight loci with higher DI values were used with the 15 loci, there were no clusters, including strains with low RFLP similarity. The15 loci and eight additional loci decreased the numbers of clustered strains isolated from epidemiologically unlinked patients significantly compared to using only the 15 loci. Among all tested loci, obvious differences of DI values were observed for 8 loci (miru10, miru16, miru39, Mtub29, Mtub30, QUB11a, QUB26, and QUB1895) of RD105 lineage strains compared to those of other lineage strains. These results suggest that the proposed VNTR typing method cannot be used as a routine epidemiological tool in areas where Beijing genotype strains are prevalent. Several VNTR loci should be added to the proposed method based on differences in polymorphism of VNTR loci among Beijing genotype lineages.     

上海市2000-2002年91株结核分枝杆菌分子流行病学分析

目的探讨上海地区结核病分子流行病学特点。方法对从上海市疾病预防控制中心菌株库中随机抽取的2000—2002年各50株耐药和敏感菌株进行间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和分枝杆菌散在分布重复单位（MIRU）基因型分型，并结合流行病学资料进行分析。结果抽样菌株中，具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株在上海地区分布达89％（81／91）。未接种过卡介苗（BCG）的患者中北京基因型菌株占88．5％（54／61），接种过BCG的患者中北京基因型菌株占90％（27／30），差异无统计学意义。北京基因型菌株耐药率为45．7％（37181），低于非北京基因型菌株的耐药率60．0％（6／10），差异无统计学意义。MIRU成簇菌株占所有菌株的62．6％（57／91）。结论北京基因型菌株在上海地区有广泛分布，北京基因型菌株与BCG接种和耐药无关，结核病患者中有部分是由于近期传播而引起的。     

四川省结核分枝杆菌VNTR分型研究

目的评价不同串联重复序列(VNTR)位点在四川省结核分枝杆菌中的基因多态性,以及不同VNTR位点组合在四川省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析技术(ML-VA)对102株四川省结核分枝杆菌菌株的15个VNTR位点进行分析,基因多态性分析采用Hunter-Gaston指数,聚类分析采用BioNumerics软件。结果 15个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点Mtub21(HGI 0.772)和MIRU26(HGI 0.764)的多态性较高,ETR-C(HGI 0.168)和MIRU23(HGI 0.077)的多态性较差。ETR-B和ETR-C两个位点在对四川省北京基因型结核分枝杆菌进行分型时则不具有多态性。对不同的VNTR位点组合进行比较,随着VNTR位点的增加,VNTR分型方法的分辨能力也有所提高。10个VNTR位点组合的分辨指数与15位点组合的分辨指数相差不大。同一VNTR位点在不同地区北京基因型菌株中的分辨力也存在较大的差异。结论不同VNTR位点在四川省结核分枝杆菌中具有不同的分辨力,并且同一VNTR位点在不同地区的北京家族菌株中的分辨力也不同。10个VNTR位点组合的基因分型方案可用于四川省结核分枝杆菌基因分型的一线方法。本研究的数据结果对挑选适合中国结核分枝杆菌基因分型的VNTR位点组合法具有重要的作用。     

北京市昌平地区2011-2015年结核分枝杆菌的流行特征

目的 了解昌平地区结核分枝杆菌不同基因型流行特征,以及不同基因型和耐药性的关系,探讨基因分型用于评价本地区结核病控制中的应用价值。方法 选取北京市昌平区2011-2015年所有培养阳性结核分枝杆菌1 099株,采用Spoligotyping和Gao等推荐的12位点VNTR进行基因分型,同时检测上述菌株对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星和氧氟沙星的耐药性。结果 2011-2015年,昌平地区结核对氧氟沙星耐药率提高（2.9%比8.9%,P=0.01）。在所有菌株中,北京基因型菌株总计976株,占88.8%,非北京基因型菌株总计123株,占11.2%,其中北京基因型菌株中还包括189株（17.2%）古代北京基因型和787株（71.6%）现代北京基因型。北京基因型所占比例在5年期间无显著性变化,从2011年的81.1%到2015年的82.0%。采用VNTR基因分型后,仅有2株菌成簇,成簇率为0.1%。北京基因型对阿米卡星的耐药率（1.7%）低于非北京基因型（4.9%,P=0.02）;而古代北京基因型对链霉素耐药率（28.0%）高于现代北京基因型（15.7%,P=0.01）。结论 近5年来,昌平地区结核对氧氟沙星耐药率提高。北京基因型所占比例在5年期间无明显变化,且菌株成簇率较低,提示近期传播率低。     

青海高原237株结核分枝杆菌大片段基因多态性研究

摘要:目的 通过对青海高原结核分枝杆菌基因组大片段的检测,研究不同RDs（Regions of Difference）的多态性及其分型。方法 收集青海地区分离的结核分枝杆菌临床株237株,采用PCR方法对结核分枝杆菌基因组大片段RD105、RD181、RD150、 RD142及RD239基因的缺失进行检测。结果 237株菌中,根据RD105基因缺失鉴定出“北京家族”菌株220株,占92.83%;非“北京家族”菌株17株,占7.17%。根据RD181基因缺失将“北京家族”菌株分为现代“北京家族”结核分枝杆菌198株,占90.00%;RD181未缺失的古老非典型“北京家族”菌株22株,占10.00%。 RD150、RD142进一步又将现代“北京家族”结核分枝杆菌分为RD150、 RD142单缺失型及RD150与RD142共缺失型。首次发现6株菌缺失RD239基因,为印度-大洋洲系菌株。结论 青海地区结核分枝杆菌RD基因型丰富,主要流行菌株以缺失RD105的“北京家族”菌株为主。     

天津市北京基因型结核分枝杆菌流行特征及与耐药表型关系研究

目的 了解北京基因型结核分枝杆菌在天津市人群中的分布、流行特征及其与耐药表型的关系.方法 收集2008年1月至2009年6月天津市结核病控制中心和10个区(县)结核病防治机构肺结核患者中初次分离培养的结核分枝杆菌656株及患者管理信息、临床信息和实验室信息.菌株对利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的药物敏感性试验采用比例...