BRI基因的表达与非小细胞肺癌发生及转移潜能的关系

目的 探讨BRI基因在人非小细胞肺癌中的差异表达情况及其与肺癌发生及转移能力形成的相关性。方法 应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、Northern印迹杂交方法分析BRI基因在一对遗传背景相同、转移能力不同的人肺腺癌细胞系AGZY83-a和Anip-073中的差异表达,并进一步检测BRI基因在另外6个非小细胞肺癌细胞系(SPC-A-1,A549,95D,TKB-18,GLC-82,PAa)及30例临床肺癌标本中的表达情况。结果 BRI基因在2细胞系中存在明显的差异表达,在具有高转移潜能的Anip973中高表达。在其他6个细胞系中BRI的表达与肺癌转移潜能可能有关。同时发现与同一病例的正常肺组织相比,BRI基因在肺癌组织中高表达,其过表达在有淋巴结转移的肺癌为6／8,无转移者为45．5％(10／22),并且BRI基因在肺癌与正常肺组织之间存在转录本的差异。结论 BRI基因在肺癌中表达上调,其1．6kb转录本表达的增加可能与肺癌的发生和转移能力的形成有关。     

应用肿瘤基因芯片筛选早期肺鳞癌相关基因

目的： 研究人早期肺鳞癌发生相关基因表达谱, 探讨肺鳞癌发生的分子机制。方法:选取人早期肺鳞癌组织以及相应正常组织，提取RNA, 与含480个与肿瘤相关基因的芯片杂交, 结果经SuperArray Image 软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果:共筛查出差异表达基因192 条，其中表达上调基因127 条, 下调基因65条; 按照基因功能可分为运输载体、代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子基因。结论:基因芯片可用于早期肺鳞癌相关基因表达谱的筛查，可为明确早期肺鳞癌发生机制提供重要参考。     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

限制片段差异显示聚合酶链反应建立人类疾病表达谱的研究

目的 用限制片段差异显示聚合酶链反应(restriclion fragment differential display-polymerase chain reaction，RFDD-PCR)技术建立基因表达谱，分析比较人类疾病表达谱差异的可行性。方法 采集乳腺癌根治术患者的乳腺癌组织、乳腺癌转移淋巴结及正常乳腺组织，用RFDD-PCR技术平行操作，获得3种组织全部转录物组片段。然后以7％尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行表达差异基因片段的分离、显示，结合http：//www．Qbiogene．com／display／数据库资料，进行生物信息学分析，初步筛选各组织问有表达差异的基因。结果 建立了乳腺癌组织、乳腺癌转移淋巴结及正常乳腺组织的基因表达谱，获得基因片段5407个，其中在癌组织和正常组织问有表达差异的片段为1491个，癌组织与转移淋巴结问的差异片段有1176个，而转移淋巴结与正常组织问的差异片段为1462个，分别占表达数的40．9％，33．9％，39．6％。这些差异片段涉及细胞增殖分化，信号转导，炎性反应，肿瘤转移等多方面功能。结论RFDD-PCR技术可以检测出大量表达基因，并同时比较3种或3种以上样本的表达差异，适用于人类疾病差异表达谱分析，筛选出疾病的候选基因。同时，还有可能找到新基因或新表达序列标签。     

基因芯片检测人肺鳞癌和肺腺癌基因表达的异同

目的用基因芯片技术检测肺鳞癌和肺腺癌基因表达的异同。方法提取人肺鳞癌和肺腺癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,检测肺鳞癌和肺腺癌组织基因表达的异同。结果肺鳞癌和肺腺癌表达共同上调的基因17条,共同下调的基因19条;肺鳞癌表达显著高于肺腺癌的基因20条,显著低于肺腺癌的基因14条。结论多基因参与肺癌发病,基因芯片技术是肺癌基因表达检测的有效方法。     

p63基因在肺癌组织中的表达

目的研究肺鳞状细胞癌、腺癌、大细胞肺癌、小细胞肺癌以及淋巴结或肺内转移性肿瘤标本组织中p63基因的mRNA转录因子和蛋白表达水平,探讨p63基因表达与其定位在3q 27-q29区域改变的关系.方法采用cDNA微阵列技术同时检测72例不同病理组织学类型的原发性肺癌(包括鳞状细胞癌、腺癌、大细胞癌、小细胞癌)和肺癌肺内转移及淋巴结转移灶内的p63基因mRNA水平.另外,利用组织芯片技术构建150例原发性肺癌石蜡包埋标本组织芯片,采用免疫组织化学LSAB法检测p63基因蛋白表达情况.同时应用比较基因组杂交(CGH)技术对70例原发性肺癌标本进行了3号染色体长臂改变的分析.结果p63mRNA转录因子在肺鳞状细胞癌标本表达明显增强,与腺癌、大细胞癌、小细胞癌相比增多10倍以上.肺癌转移灶内p63基因mRNA表达水平明显高于其相对应的原发性灶,差异有统计学意义(P＜0.001).免疫组织化学染色结果显示肺鳞状细胞癌阳性表达率为94.64%;腺癌是1.79%;4例大细胞肺癌中2例为阳性染色;但所有小细胞肺癌标本免疫组织化学染色均为阴性.pT1分期肺癌的p63基因蛋白表达阳性率与pT2分期肺癌相比有统计学差异(P＜0.05).比较基因组杂交结果发现肺鳞状细胞癌3号染色体长臂27-29区域有显著的扩增,腺癌表现为缺失.鳞状细胞癌p63基因的表达增强与3q27-q29区域的显著扩增有明显正相关性(P＜0.000 1),说明定位于3号染色体长臂27-29区域的p63基因的拷贝有明显的扩增.结论p63mRNA转录因子和蛋白在肺鳞状细胞癌较其他肿瘤表达显著增高,转移灶高于原发灶;肺鳞癌p63表达增强与3号染色体长臂3q27-q29区域的扩增显著相关.     

应用基因芯片筛选胃癌淋巴转移相关基因及TLN1的初步研究

目的： 应用基因表达谱芯片筛选胃癌正常胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶的差异表达基因,并结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴结转移相关基因,探讨TLN1与胃癌淋巴结转移的关系。方法：应用Affymetrix芯片筛选癌旁正常胃黏膜(A组)、胃癌原发灶(B组)和淋巴结转移灶(C组)的差异表达基因,利用队列试验的基因表达谱分析、基于聚类分析结果的基因功能（基于Gene Ontology分类）集群分析和Pathway分析等生物信息学方法对结果进行分析,并用RT-PCR检测TLN1 在胃癌原发灶和淋巴结转移灶的表达情况。结果：A、B、C 3组呈连续上调的差异表达基因278个,其功能主要集中在免疫应答、细胞黏附、磷酸盐转运、阴离子转移、细胞趋化和移动、信号转导等方面;连续下调的387个基因其功能主要集中在消化、糖类代谢、脂质代谢、蛋白代谢、一氧化氮复合物代谢、一氧化碳复合物代谢、细胞黏附等方面。Pathway分析显示在整合素介导的细胞黏附信号通路异常激活,THBS1、TLN1、CAPN3、ITGAX、SORBS1、CAPN6、CAPN9在3组中呈连续梯度改变。TLN1在癌旁非肿瘤胃黏膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达量分别为：0.0000342±0.0000711、0.1064±0.1251和0.2886±0.3529;在胃癌淋巴结转移灶显著高表达（P＜0.05）。结论：基因芯片技术结合生物信息学方法筛选胃癌淋巴转移相关基因,有助于找到胃癌淋巴道转移的关键基因或通路,为寻找肿瘤淋巴道转移的早期诊断指标及新的治疗靶点奠定了实验基础,本研究结果初步表明在整合素信号通路中扮演重要角色的TLN1基因异常表达与胃癌淋巴结转移密切相关。     

窖蛋白-1在肺癌中的表达及意义

目的 探讨窖蛋白-1（caveolin-1）在不同类型肺癌组织中的表达及其与微血管密度（MVD）和临床病理因素之间的关系。方法 对154例原发性肺癌、相应癌旁正常肺组织及36例淋巴结转移癌行caveolin-1免疫组织化学染色;对154例原发性肺癌行CD34免疫组织化学（SP法）染色并进行微血管密度计数;Western印迹法检测其中50例新鲜肺癌组织及其癌旁正常肺组织中caveolin-1的表达情况。结果 caveolin-1为膜／质表达蛋白,在正常支气管上皮细胞和肺泡上皮细胞中的阳性率为100％。在肺癌组织中的阳性率为59．1％（91／154）,低于癌旁正常肺组织,P＜0．01;Western印迹结果进一步证实caveolin-1在肺鳞癌、肺腺癌组织中的表达均显著低于癌旁正常肺组织,P＜0．01。caveolin-1在小细胞肺癌（SCLC）和非小细胞肺癌（NSCLC）中的阳性率分别为7．1％和64．3％,二者间差异有统计学意义,P＜0．01。NSCLC中,有淋巴结转移组caveolin-1表达高于无淋巴结转移组（P=0．005）;Ⅲ、Ⅳ期组caveolin-1表达显著高于Ⅰ、Ⅱ期组（P=0．042）,caveolin-1表达与NSCLC的其他临床病理因素及MVD值无关（P＞0．05）。结论caveolin-1其作为一种肿瘤抑制因子的同时,可能还具有促进NSCLC进展和转移的活性。     

EGFR敏感突变肺腺癌患者纵膈淋巴结转移相关基因的检测与分析

目的本研究采用转录组测序和生物信息学分析等方法,以期筛选出肺腺癌淋巴结转移相关基因。方法分别检测伴和不伴纵膈淋巴结转移的EGFR敏感突变肺腺癌临床标本转录组表达谱,筛选出差异表达基因(DEGs);对这些DEGs进行相关生物信息分析,探索这些基因在淋巴结转移进程中可能发挥的作用。q-PCR法验证高表达基因在PC9细胞株(EGFR敏感突变细胞株)中的表达情况。结果共检测了10例肺腺癌标本的转录组表达谱,通过差异基因表达分析筛选出169个DEGs,其中,68个在肺腺癌样本中表达上调、101个基因表达下调。q-PCR结果显示:高表达基因在PC-9细胞中,ZNF572、BRPF3、MMACHC等7个基因的表达量为中丰度,SMOC1、A1BG、BARX1等9个基因为低丰度,其余均为高丰度。结论 TFF3及DUSP6等多个差异表达基因可能涉及肺腺癌纵膈淋巴结转移进程。     

实验性肺纤维化相关基因的表达谱研究

目的：通过研究小鼠肺纤维化组织和正常肺组织基因的差异表达，寻找与纤维化相关的基因。方法：以包含4 096个cDNA基因表达谱芯片研究不同时间肺纤维化的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达基因271条，包括高表达的炎性基因43条和与细胞外基质代谢有关的基因46条，112条基因表达下降。结论：基于cDNA微矩阵技术的肺纤维化基因表达谱能够高通量筛选与肺纤维化发生密切相关的基因。     

应用表达芯片筛选小鼠肝癌淋巴道转移相关基因

目的采用表达芯片比较高、低淋巴道转移力小鼠肝癌腹水型细胞株Hca—F和Hca—P的基因表达谱,以筛选出与肿瘤淋巴道转移相关的基因。方法分别提取Hca—F和Hca—P细胞的总RNA,反转录合成生物素标记的cRNA探针,并与Affy—metrix GeneChip MOE430A（包括22690个转录本,对应于约14500个小鼠已知基因和4371个EST）杂交,检测结果利用生物信息学进行分析。结果Hca—F和Hca—P相比,在14500个已知基因中,有901个（6．2％）表达上调幅度≥2倍;在4371个EST中,有129个（3％）上调幅度≥2倍。公布了差异表达≥8倍的37个基因并根据Gene Ontology（GO）分类和TreeView分析,按照其参与的生物学过程和具有的分子功能进行了功能分类。其中有19个基因参与了组织发生、细胞黏附、信号转导、细胞生长、分化及代谢等的生物学过程,29个基因分别具有转运、移动、蛋白激酶、蛋白结合及受体活性等分子功能,7个基因的生物学功能尚不清楚。结论表达芯片检测与肿瘤淋巴道转移模型相结合,为肿瘤转移研究提供新方法、新思路,一些过量表达的基因将为肿瘤转移机制的研究提供新线索。     

Somatic mutation of the Caspase-5 gene in human lung cancer

Using cDNA array-based gene expression profiling, we previously found reduced expression of the Caspase-5 gene in highly metastatic subpopulations of a lung cancer cell line. The Caspase-5 gene contained poly(A) repeats in its coding region, an area that has been reported to be mutated in both endometrial and gastrointestinal tumors displaying evidence of microsatellite instability. In order to determine the contribution of Caspase-5 gene inactivation to lung cancer development and progression, the mutational status of the Caspase-5 poly(A) tract in 30 primary lung cancers with distant metastasis and 30 lung cancer cell lines was determined by polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) analysis and direct sequencing. Three somatic mutations of the Caspase-5 gene were found in two out of 30 lung cancer tissues, although no mutations were found in other genes that also contain small nucleotide repeats, such as hMSH3, hMSH6 and BAX. The results of the present study, combined with our prior cDNA array-based gene expression profiling data, suggest that Caspase-5 might be a suppressor gene of highly metastatic potential in lung cancer.     

食管癌及癌旁组织中基因表达的初步研究

目的　了解食管癌的基因表达概况,寻找在食管癌及癌旁组织中差异表达基因。方法　以癌及癌旁组织ｐｏｌｙ Ａ＋ Ｒ Ｎ Ａ 反转录合成的ｃ Ｄ Ｎ Ａ 为探针,与 Ａｔｌａｓ 微点阵表达分析膜进行差异杂交。结果放射自显影结果显示在所分析的５８８ 种已知基因中,ｃｄｃ２５ Ｂ、 Ｍ Ｍ Ｐ、 Ｍ Ｅ Ｔ 等６１ 个在食管癌组织中表达上调,ｃｙｔｏｋｅｒａｔｉｎ ４ 、 Ｂ Ａ Ｄ、 Ｉ Ｌ１ Ｒ Ｅ Ｃ Ｅ Ｐ Ｔ Ｏ Ｒ Ａ Ｎ Ｔ Ａ Ｇ Ｏ Ｎ Ｉ Ｓ Ｔ、 Ｉ Ｌ６ 等２２ 个表达下调,参与细胞增殖、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平发生了明显改变。结论　这些基因的表达改变组成了一个食管癌特异的基因表达谱,首次为食管癌细胞的恶性表型提供了分子遗传学参考数据,一些与肿瘤发生相关的差异表达基因为发展生物标记物或肿瘤早期诊断和治疗提供了线索。 Ａｔｌａｓ 微点阵表达分析滤膜的差异杂交为初步了解某一组织或细胞的表达状况提供了一个较好的方法。     

Acquisition and enhanced expression of the metastatic phenotype following transfections of genomic mouse tumor DNA containing human SCLC gene sequences

Previous primary and secondary co-transfections of genomic DNA from a metastatic human small cell lung cancer cell line into NIH/3T3 cells resulted in a murine fibrosarcoma cell line (Tx93B) that produced frequent spontaneous lung metastases in subcutaneously injected tumor-bearing nude mice. In order to transfer the acquired metastatic behavior to additional cell lines that could then be tested in syngeneic immunocompetent animals, DNA from Tx93B cells was transfected without additional neo gene into Balb/c embryo fibroblasts, which led to the isolation of a tertiary transfectant cell line (D3) of low spontaneous metastatic potential in normal Balb/c mice. Subsequent cell lines established serially from lung metastases in mice injected with D3, and metastatic descendants of D3 (all selected for the original neo marker in G-418), resulted in three generations of metastatically variant cell lines capable of causing pulmonary metastases in 11.1%, 54.6%, and 89.5%, respectively, of subcutaneously injected animals, and in 100% of normal mice injected intraperitoneally. There was no apparent ras-family oncogene participation in the metastatic behavior of either of the two DNA donor cell lines or in the metastatically variant tertiary transfectants. Gelatin zymography indicated that the secretion of gelatinolytic enzymes in vitro by the variant cell lines was inversely proportional to their metastatic capability. Human Alu repeat gene sequences detected in the metastatic variants suggested that co-transfected metastasis-associated genes present in the original human DNA donor cell may have contributed to acquisition of the metastatic phenotype by the tertiary transfectant cell lines. The increase in metastatic potential observed in successive generations of the D3-derived tumor cell lines, further suggested that selection for cells having increased metastatic capability had occurred during passage in vivo accounting for the phenotypic change. Because of their common origin and progressively metastatic nature these cell lines may prove useful in the identification of metastasis-associated genes accessible through the use of differential expression cloning strategies.     

鞘糖脂微结构域1相关磷酸化蛋白基因的筛选及其对转移性前列腺癌细胞生物学行为的影响

目的 筛选肿瘤转移相关新基因,探讨鞘精脂微结构域1相关磷酸化蛋白基因(PAG1)转染对人前列腺癌细胞系PC-3M的高转移亚系PC-3M-1E8体外生物学行为的影响.方法 利用PC-3M高转移亚系PC-3M-1E8、低转移亚系PC-3M-284,人肺巨细胞痛细胞系(PG)高转移亚系PG-BE1和低转移亚系PG-LH7 cDNA制作4张基因芯片,筛选出PC-3M和PG高、低转移亚系共同差异表达基因.对在两个转移亚系共同表达下调的PAG1基因做进一步研究,采用即时定量PCR及Western blot验证PAG1在PC-3M细胞系中的表达.构建pcDNA3.0-PAG1真核表达载体,稳定转染PC-3M-1E8细胞.MTT比色实验及软琼脂集落形成实验检测肿瘤细胞体外增殖能力;流式细胞术检测肿瘤细胞周期及凋亡;Matrigel穿膜实验检测肿瘤细胞体外侵袭能力.结果 基因芯片初步筛选出PC-3M高、低转移亚系差异表达基因共327个,上调基因123个,下调基因204个.PG高、低转移亚系差异表达基因共281个,上调基因167个,下调基因114个.PC-3M与PG高转移亚系共同表达下调基因9个、上调基因8个.即时定量PCR及Western blot证实PAG1在PC-3M高转移亚系中表达低于低转移亚系.MTT比色及软琼脂集落形成实验显示转染pcDNA3.0-PAG1组细胞增殖速度明显低于转染空载体组和未转染组(均P<0.05).细胞周期检测转染pcDNA3.0-PAG1组比转染空载体组和未转染组处于G_0～G_1期的细胞百分数明显增加(P<0.05).转染pcDNA3.0-PAG1组与转染空载体组和未转染组相比凋亡细胞百分率无显著差异(P>0.05).体外穿膜侵袭实验结果表明转染pcDNA3.0-PAG1组比转染空载体组和未转染组穿膜细胞数目明显减少,分别为(35.1±4.9)、(127.6±6.6)和(135.0±5.0)个(P<0.05).结论 利用同一母系来源的高、低转移亚系制作基因芯片可以摒除转移无关基因的干扰,筛选出差异表达的肿瘤转移相关基因.PAG1基因稳定转染能抑制人前列腺癌高转移亚系PC-3M-1E8细胞的体外增殖能力和侵袭能力,PAG1基因可能是一个潜在的肿瘤增殖、侵袭和转移的抑制基因.     

Metastasis Predictive Signature Profiles Pre-exist in Normal Tissues

Previous studies from our laboratory have demonstrated that metastatic propensity is significantly influenced by the genetic background upon which tumors arise. We have also established that human gene expression profiles predictive of metastasis are not only present in mouse tumors with both high and low metastatic capacity, but also correlate with genetic background. These results suggest that human metastasis-predictive gene expression signatures may be significantly driven by genetic background, rather than acquired somatic mutations. To test this hypothesis, gene expression profiling was performed on inbred mouse strains with significantly different metastatic efficiencies. Analysis of previously described human metastasis signature gene expression patterns in normal tissues permitted accurate categorization of high or low metastatic mouse genotypes. Furthermore, prospective identification of animals at high risk of metastasis was achieved by using mass spectrometry to characterize salivary peptide polymorphisms in a genetically heterogeneous population. These results strongly support the role of constitutional genetic variation in modulation of metastatic efficiency and suggest that predictive signature profiles could be developed from normal tissues in humans. The ability to identify those individuals at high risk of disseminated disease at the time of clinical manifestation of a primary cancer could have a significant impact on cancer management.