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目的 采用网络药理学与分子对接方法,研究半夏-夏枯草药对治疗高血压的具体药效物质与作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选出半夏、夏枯草的活性成分及其对应靶点;在genecards数据库中检索得到高血压的相关基因靶点,并使用Venn工具进行交集比对,筛选出共同靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件绘制化合物-靶点... 相似文献
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目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMANTCM)筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果:银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A~D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS... 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨熟地黄-当归药对治疗男性不育症的作用机制。方法:通过检索中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)数据库及查阅文献筛选出熟地黄-当归药对的活性成分和对应靶点,借助GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和DisGeNET数据库收集男性不育症作用靶点并通过Venny 2.1.0获得药物-疾病共同作用靶点,再利用Cytoscape 3.9.0软件构建“药对-活性成分-作用靶点”调控网络并进行拓扑分析。然后用STRING数据库作蛋白互作(PPI)分析筛选核心靶点。再用DAVID数据库对共同作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析并构建“成分-靶点-关键通路”网络图。最后用AutoDock软件通过分子对接验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果:熟地黄-当归药对存在6个活性成分及57个相关作用靶点,与男性不育症的1 361个靶点有19个交集靶点。这些靶点涉及蛋白结合、蛋白二聚体活动、酶结合、细胞老化与凋亡过程等生物学过程,干预癌症通路、Apoptosis通路、Hepatitis B通路、TNF信号通路等发... 相似文献
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目的:运用网络药理学分析方法和分子对接分析方法,分析川贝母治疗肺炎的分子机制,为后续研究提供理论依据。方法:根据已发表的文献和数据库及ADEM参数筛选川贝母的有效成分,在Swiss Target Prediction,Similarity ensemble approach等数据库上查找川贝母所有有效成分的靶点,在DisgeNet、GeneCards等数据库中查找肺炎的治疗靶点,通过韦恩图求靶点的交集即为川贝母治疗肺炎的治疗靶点,通过String数据库构建治疗靶点PPI网络图,运用Cytoscape3.8.0自带应用程序CytoNCA筛选出综合集中性前五的靶点即为川贝母治疗肺炎的核心靶点,在Metascape网站上进行靶点基因GO富集和KEGG通路富集,应用Cytoscape3.8.0构建有效成分和治疗肺炎靶点网络图,应用Discovery studio 2019中的Cdocker对选定有效成分和核心靶点进行分子对接。结果:共筛选出59种有效成分,包括生物碱类物质22种,有机酸类物质20种,核苷类物质8种,其他类物质9种,韦恩图筛选出100个川贝母治疗肺炎的靶点,经过集中性筛选选出川贝... 相似文献
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目的:运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法:筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果:共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论:八珍汤抗疲劳的机制... 相似文献
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目的:采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT... 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚... 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络... 相似文献
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目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤(AKI)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分,利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点;借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)、治疗靶标数据库(TTD)收集AKI靶点;利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图;使用AutoDock进行分子对接;最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个,AKI疾病靶点1 294个,防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个,其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α(PIK3CA)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、蛋白激酶B1(Akt1)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点,GO富集分析得到1 609个结果,主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等,KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体(TLR)信号通路等140条通路有关,分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力,苏木精-伊红(HE)染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态,血清学结果则显示血清肌酐(SCr)、尿素氮(BUN)水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制,发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨雷公藤致肾上腺功能减退的毒理机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)和PharmMapper收集雷公藤候选核心毒性化合物和主要靶点,在比较毒理基因组学数据库(CTD)收集肾上腺功能减退潜在毒性靶点,两者取交集后利用STRING数据库对雷公藤肾上腺功能减退的毒性靶点基因进行分析;利用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,用cytoHubba插件根据MCC评分鉴定核心基因。此外,利用DAVID数据库对雷公藤肾上腺功能减退的毒性靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过Auto Dock Vina 1.2.2对核心毒性化合物和核心基因进行分子对接验证。结果:共获得8个雷公藤候选毒性化合物和133个潜在的肾上腺功能减退毒性靶点。网络分析结果,川陈皮素、豆甾醇、雷公藤内酯酮、异黄腐酚、雷公藤甲素可能是雷公藤肾上腺功能减退毒性主要化合物,MCC评分前10的肾上腺功能减退毒性基因为CASP3、HSP90AA1、ALB、SRC、EGFR、ESR1、MAPK1、AR、PGR及MAPK8... 相似文献
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目的:运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折(OPF) 的作用机制。方
法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP) 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards
和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的
可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白
质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论(GO) 和京都基因和基因组百科全
书(KEGG) 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果:续断治疗
OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱(Gentisin)、β-谷甾醇(β-sitosterol)、谷甾醇(Sitosterol)、(E,E)-3,5-二
邻咖啡酰奎宁酸([ E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt(SylvestrosideⅢ-qt)等成分,其作用
于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、β2-肾上腺素受体基因(ADRB2)、Bcl-2 相关X 蛋白(BAX)、B 淋巴
细胞瘤-2 基因(BCL2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)、雌激素受体2(ESR2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋
白酶9(CASP9)、二肽基肽酶-4(DPP4)、糖原合成酶激酶3(GSK3β)、异常凝血酶原(F2) 等靶点。续断
能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过
程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉
粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分(E,E) -3,5-二邻
咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论:续
断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能
是其治疗OPF 的关键靶点及通路。 相似文献
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目的:利用网络药理学和分子对接技术探析除湿解毒饮治疗银屑病的作用靶点、信号通路及分子机制,为后期进一步实验研究提供理论依据。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出除湿解毒饮中黄芩、苦参等有效成分和靶点基因;利用Genecards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库等检索银屑病的相关基因;运用R软件将药物靶点与银屑病相关基因取交集,利用交集基因在Cytoscape中构建中药复方调控网络;在STRING数据库中在线绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用插件CytoNCA查找调控网络核心基因;运用R软件对核心靶点基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Vina软件将主要药物活性成分槲皮素、汉黄芩素、贯叶金丝桃素、柚皮素、山柰酚、甘草查尔酮A分别与靶点丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)3、MAPK8、白细胞介素-8(Chemokine 8,CXCL8)、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcr... 相似文献
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目的 运用网络药理学与分子对接的的方法探讨龙葵治疗前列腺癌的潜在作用靶点以及可能存在的具体机制。方法 应用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)根据口服生物利用度(oral bioavailability, OB)和类药性(drug-like properties, DL)对龙葵的活性成分和相应作用靶点进行筛选;应用GeneCards、OMIM数据库筛选前列腺癌的靶点,应用R语言软件筛选龙葵与前列腺癌疾病共同靶点;应用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物—活性成分—疾病—靶点”网络图;应用STRING数据库绘制共同靶点蛋白互作网络;应用R语言软件对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 龙葵中所筛选出来的化合物成分都能跟疾病的mTOR、CASP9、CASP8、PARP1靶点蛋白对接成功。对接结果显示:龙葵中所包含的diosgenin化合物与mTOR、CASP9、CASP8、PARP1... 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松(OP)相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG) 富集分析(P<0.05);运用Maestro version 11.5对主要活性成分及靶点蛋白进行分子对接。结果:获得“杜仲-牛膝”药对治疗OP的活性成分共42个和133个有效靶点;获得251条GO生物过程和90条相关信号通路,涉及PI3K-AKT、TNF、Wnt、HIF-1、MAPK信号通路等。结论:“杜仲-牛膝”药对可能通过调控细胞增殖、分化与凋亡、骨代谢来治疗OP,具有多成分、多靶点、多系统的特点,为系统阐明“杜仲-牛膝”药对主要成分治疗OP的分子机制提供了参考。 相似文献
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目的:基于网络药理学探索木瓜治疗膝骨性关节炎的分子作用机制。方法:基于口服生物利用度(OB)及药物相似性(DL),通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选木瓜的主要活性成分。运用GeneCards、OMIM数据库建立膝骨性关节炎靶标数据库。通过Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-作用靶标-疾病"可视化交互网络;运用STRING数据库构建蛋白互作网络,分析相关蛋白互作关系;对核心靶点进行京都基因与基因百科全书(KEGG)通路及基因本体(GO)生物过程富集分析。通过Discovery Studio软件对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。结果:筛选得到木瓜活性成分3个,涉及44个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及调节细胞代谢、凋亡等生物学过程,通过调节细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)、p53、核转录因子-κB(NF-κB)、糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)等信号通路来发挥治疗膝骨关节炎的作用。分子对接结果表明,木瓜活性成分与膝骨性关节炎的血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、雌激素受体1(ESR1)等靶点对接吻合度较好。结论:木瓜治疗膝骨性关节炎具有多系统、多成分、多靶点的特点;其可能的作用机制包括控制炎症,调控关节软骨代谢、生长和修复,促进细胞增殖、分化,抑制细胞凋亡和抵抗氧化应激等以达到控制疾病发生发展的目的;木瓜中槲皮素、白桦脂酸、表儿茶酸等活性成分可能是其治疗膝骨性关节炎的物质基础。 相似文献
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目的:通过网络药理学和分子对接对圣愈汤治疗原发性痛经的作用机制进行预测。方法:利用TCMSP数据库收集圣愈汤的活性成分并预测其靶点,通过GeneCards与OMIM数据库,获取与原发性痛经相关的靶点。通过STRING数据库构建PPI蛋白互作网络。对核心靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并用PyMOL软件展示其相互作用。结果:筛选得到圣愈汤作用靶点216个,原发性痛经相关靶点共646个。圣愈汤治疗原发性痛经共52个活性成分,34个药物-疾病共同靶点,其作用机制可能与流体剪切应力与动脉粥样硬化、RAGE、HIF-1等96条信号通路相关。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与VEGFA、PPARG、HMOX1对接良好。结论:圣愈汤活性成分可以通过镇痛、抗炎、免疫调节等方面,通过多条信号通路,改善组织缺氧状况及血管微循环状态,达到治疗原发性痛经的作用。 相似文献
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目的:运用网络药理学方法预测中药肿节风的药效物质基础与潜在机制。方法:选用TCMSP等数据库搜集肿节风的化学成分,并筛选活性成分;预测活性成分潜在的靶点;应用CTD匹配靶点对应的疾病;采用Cytoscape构建和分析网络;采用STRING进行靶点蛋白质相互作用(PPI)分析;应用GlueGO行基因本体(GO)及京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用iGEMDOCK进行分子对接。结果:筛选出22个肿节风活性成分,可作用于116个靶点治疗18类疾病。淫羊藿素、苯二甲酸等8种活性成分为肿节风的主要药效物质基础;ALB、EGFR、CASP3及MAPK8等为其关键靶点;分子对接验证了大部分关键活性成分能与关键靶点紧密结合;肿瘤、心血管及消化系统疾病是其主要针对的疾病。靶点富集到92个GO条目和43个KEGG通路上,功能涉及激素相关通路、VEGF信号通路和血小板功能等。结论:本研究运用网络药理学方法探究了肿节风的药效物质基础及其多维药理作用机制,为推广其临床应用和进一步的研究提供了思路。 相似文献