陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系。方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNumerics(Version 7.6)构建最小进化树,分析菌株间遗传进化关系。结果 74株分离株(47株羊种3型、10株羊种1型、7株羊种2型、10株羊种变异型)序列型为ST8型,2株分离株(牛种生物型)序列型为ST2,1株分离株(猪种1型)序列型为ST14型。结论 不同生物型布鲁氏菌的MLST分型结果稳定,羊种3型(ST8型)布鲁氏菌是陕西省主要流行菌株;MLST分型作为传统生物分型的技术补充,建立了陕西省布鲁氏菌基因分型数据库,对本省今后人间布病的防控具有科学指导意义。     

2018-2019年福建省人感染布鲁氏菌分离株种型鉴定及分子特征分析北大核心CSCD

目的探讨福建省人感染布鲁氏菌分离株主要流行株的种型和分子特征,为制定预防控制策略提供依据。方法将布鲁氏菌分离株转种培养并提取基因组DNA,采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLST及MLVA-16等方法进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果2018-2019年福建省人感染布鲁氏菌22株分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占多数(95.45%);20株布鲁氏菌分离株MLST基因型为ST8,1株为ST17型,1株为新的ST型:ST99的gap基因与已报道的等位基因型不同,被定义为一个新的等位基因型gap(32)。MLVA-16分型为羊种和猪种2个种群,21株羊种布鲁氏菌分为17种基因型,1株猪种布鲁氏菌分为1种基因型,其中15种基因型为单分离株,3种基因型为共享基因型(共7株,占31.82%)。聚类分析显示福建分离株与内蒙古、辽宁、山东和广东地区存在4种共享基因型,均为羊种布鲁氏菌,其他部分菌株与外省菌株遗传距离较近。结论福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型,且MLVA-16分型显示呈高度基因多样性。MLST/MLVA作为传统生物学鉴定补充技术方法,可用于布鲁氏菌遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,以提高布鲁氏菌病监测能力。     

2018-2019年福建省人感染布鲁氏菌分离株种型鉴定及分子特征分析

目的探讨福建省人感染布鲁氏菌分离株主要流行株的种型和分子特征,为制定预防控制策略提供依据。方法将布鲁氏菌分离株转种培养并提取基因组DNA,采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLST及MLVA-16等方法进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 2018-2019年福建省人感染布鲁氏菌22株分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占多数(95.45%);20株布鲁氏菌分离株MLST基因型为ST8,1株为ST17型,1株为新的ST型:ST99的gap基因与已报道的等位基因型不同,被定义为一个新的等位基因型gap(32)。MLVA-16分型为羊种和猪种2个种群,21株羊种布鲁氏菌分为17种基因型,1株猪种布鲁氏菌分为1种基因型,其中15种基因型为单分离株,3种基因型为共享基因型(共7株,占31.82%)。聚类分析显示福建分离株与内蒙古、辽宁、山东和广东地区存在4种共享基因型,均为羊种布鲁氏菌,其他部分菌株与外省菌株遗传距离较近。结论福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型,且MLVA-16分型显示呈高度基因多样性。MLST/MLVA作为传统生物学鉴定补充技术方法,可用于布鲁氏菌遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,以提高布鲁氏菌病监测能力。     

内蒙古布鲁氏菌临床分离株多位点序列分型研究

目的探讨临床分离布鲁氏菌的种群结构和遗传进化特征。方法布鲁氏菌标准参考菌株羊种16M,牛种544A和猪种1 330 S作为对照菌株,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)方法对内蒙古地区分离的116株羊种布鲁氏菌进行分析,确定待测菌株的序列型(STs),用软件BioNumerics(Version 5.0)构建菌株的最小生成树。结果116株羊种布鲁氏菌全部为ST8型,9个MLST位点的变异完全相同,分离株种群结构单一;羊种菌的生物型与ST型无明显关联,ST8型菌系该地区的主要流行菌种,并与内蒙古地区先前分离羊种布鲁氏菌进化程度相同,且有密切的亲缘关系。结论羊种布鲁氏菌的序列分型(ST)与常规生物分型存在差异,ST8型菌可能具有较强的环境适应性和致病性。MLST是一种较好的羊布鲁氏菌种群和进化关系研究方法,但更适合于具有较大时间跨度和地理分布菌株间的流行病学调查。     

多位点序列分型在新疆人间布鲁氏菌病临床分离株遗传进化研究中的应用

目的 探讨多位点序列分型(MLST)技术在新疆人间布鲁氏菌病分离株遗传进化研究中的应用价值,了解分离株的种群结构和遗传进化关系。方法 采用MLST对2015、2016年分离自新疆7个地州的24株人间布鲁氏菌病分离株和3株布鲁氏菌标准参考菌株进行分析,统计各菌株序列型(STs),运用BioNumerics软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系;收集过往研究的186株全国不同地区布鲁氏菌分离株MLST结果,分析各ST型分布特点。结果 24株人间布鲁氏菌分离株全部为ST8型,3株标准参考菌株(羊种16M、牛种544A、猪种1330S)分别为ST7型、ST1型、ST14型;24株人间布鲁氏菌分离株的9个MLST位点变异完全相同,分离株种群结构单一。ST8型菌是我国主要流行的布鲁氏菌,且以北方流行为主;MLST能较好的区分布鲁氏菌种别,但不能有效区分生物型别。结论 ST8型菌(羊种3型)是新疆人间布鲁氏菌病的主要流行菌株,MLST技术可作为人间布鲁氏菌种群结构和遗传进化关系研究的补充手段。     

贵州省两株山羊源羊种布鲁菌MLST分析

目的了解贵州省2010年分离自山羊的两株羊种布鲁菌的等位基因序列型(Sequence type, ST)及遗传学特征,为动物间和人间布病疫情的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对2010年分离自山羊的两株布鲁菌进行鉴定,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing, MLST)技术对两株布鲁菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与参考菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱及序列型(STs),分析与两株菌ST型与各种型布鲁菌代表菌株的遗传进化关系。结果来自贵州省山羊的两株布鲁菌株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR将其鉴定为羊种布鲁菌。MLST分析显示,两株菌的9个等位基因序列型为ST8型,与同属羊种布鲁菌的ST7、ST9~ST12、ST34和ST35遗传关系最近。结论贵州省2010年分离的2株布鲁菌分离株均为ST8型布鲁菌,与同属羊种布鲁菌的ST型遗传关系最近,结果为贵州省人间和动物间布病疫情的预防和控制提供了科学依据。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法 根据E. coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli)提供的MLST方案,对青海玉树牦牛中分离的54株STEC分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因及菌株序列型(Sequence type,ST),并使用BioNumerics软件构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),分析牦牛ST型与HUSEC及人源主要流行血清群STEC菌株ST型间的进化关系。结果 54株牦牛STEC菌株呈现高度遗传多态性,可分为31个ST型别,其中包括7个新的等位基因型和17个新的ST型,并存在与HUSEC及主要流行血清群STEC亲缘关系相同或相近的ST型别。结论 青藏高原牦牛携带的STEC具有遗传多样性及一定的特异性,部分菌株具有对人致病的潜力。     

贵州省2株牛种布鲁氏菌分子流行病学特征分析

目的 分析贵州省牛种布鲁氏菌分子流行病学特征,为牛种布鲁氏菌病疫情的防控提供科学依据。方法 采用BCSP31-PCR及AMOS-PCR技术对经传统方法鉴定为牛种布鲁氏菌的2株分离株进行属/种复核,采用基于布鲁氏菌rpoB基因的单核苷酸多态性分析了解其rpoB基因型,采用MLVA-16技术进行MLVA分型,了解其与国内牛种布鲁氏菌的聚类关系,采用MLST技术分析其序列型及其与国内菌株间的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR和AMOS-PCR技术被鉴定为布鲁氏菌属细菌,未能明确其具体种型;其rpoB基因型相同;MLVA分型与新疆牛种布鲁氏菌共享同一MLVA-16型(4-5-3-12-2-2-3-1-6-43-8-5-5-5-3-3); MLST分析鉴定2株菌均为ST2型,最小间距图显示2株菌与布鲁氏菌属内的牛种布鲁氏菌遗传距离最近,属同一个遗传复合体。结论 贵州省2株牛种布鲁氏菌分离株间的遗传距离近,与新疆牛种3型布鲁氏菌为同一MLVA型,提示分离株引起的感染可能为外省输入。     

非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。 方法 根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing, MLST）方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株产志贺毒素大肠杆菌分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型（Sequence type, ST）,使用MEGA、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的进化关系。结果 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌呈现较大的遗传多态性,可分为13个ST型别,其中ST155为优势型别（34.48%）。同时研究发现2个新等位基因型（fumC376、recA214）和3个新序列型（ST2460、ST2467、ST2468）。结论 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌菌株之间具有分子多态性,与国际流行菌株具有一定的亲缘关系。加强我国对这一类菌株的检测和监测具有重要的公共卫生意义。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...     

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

多位点序列分型方法在嗜麦芽窄食单胞菌分子分型中的应用

目的建立多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing,MLST）分析嗜麦芽窄食单胞菌。方法提取嗜麦芽窄食单胞菌基因组DNA,选择文献报道的7个嗜麦芽窄食单胞菌管家基因进行PCR扩增,将目的基因PCR产物测序,测序结果与标准序列比对后上传至数据库（http：／／pubmlst．org／smaltophilia／）,获得相应的7对管家基因组成的等位基因谱和序列分型编码（sequencetypes,STs）,应用MLST方法分析68株嗜麦芽窄食单胞菌ST型的流行病学意义。结果对68株嗜麦芽窄食单胞菌菌株通过多位点序列分型方法分析,所有菌株均为同一新的ST型（sT87）,该结果与现场流行病学的关系一致。结论MLST是一种方便、快速的分子生物学方法,实验室菌株资料可以比较,适用于嗜麦芽窄食单胞菌的进化关系、群体结构和长期的全球分子流行病学研究。     

徐州市7株猪链球菌病原学分析及分子分型研究

目的 对2020-2022年徐州市3起人感染猪链球菌疫情中分离到的7株猪链球菌进行鉴定和分型,了解本地区猪链球菌的病原学特征和流行特点。方法 采集与病例相关猪的鼻拭子和外环境等标本进行猪链球菌分离,采用飞行质谱和VITEK-2 Compact等微生物鉴定系统进行鉴定,对分离到的猪链球菌进行血清型、毒力基因的检测,并通过多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法进行分子分型和溯源分析。结果 6株猪链球菌为血清2型,其中2021年人源(1株)与猪源(3株)猪链球菌荚膜多糖基因(cps2J)、溶菌酶释放蛋白基因(mrp)、细胞外蛋白因子基因(ef)和溶血素基因(sly)检测均为阳性,多位点序列分型结果为ST7型,PFGE同源性为100%,推断人可能因宰杀带菌猪时通过破损的伤口而感染;2020年和2022年临床分离株mrp基因缺失,多位点序列分型结果为ST1型。2022年外环境分离菌株不携带4种所检测的毒力基因,非数据库中已知ST型别。结论 本地区分离到的猪链球菌株携带多种毒力基因,致病菌株主要为血清2型,ST1和ST7型。     

浙江省副溶血性弧菌03：K6血清型菌株多位点序列分型研究

目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3：K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧菌03：K6血清型菌株样本进行PCR扩增、测序,Chromas软件和DNAStar软件分析,核酸序列上传至MLST数据库进行比对,获得每株菌的序列型,绘制多位点序列分型遗传进化树并进行亲缘性分析。结果62株副溶血性弧菌03：K6血清型菌株中,59株菌为ST-3型（3,4,19,4,29,4,22）,1株菌为ST-121型（3,2,82,52,4,78,66）,1株菌为新的ST型（5,10,34,27,77,49,23）,1株菌仅gyrB基因第562位点由C突变为T,其余基因序列与ST4型（3,5,22,12,20,22,25）一致。结论浙江省副溶血性弧菌03：K6血清型菌株的主要MLST型别为ST-3型。     

广东省猪链球菌2型菌株毒力基因及分子分型分析

目的 掌握广东地区猪链球菌2型菌株毒力因子及分子分型情况,为诊断、治疗和制定防控措施提供科学依据。方法 选取荚膜多糖(cps2J)、溶菌酶释放蛋白(mrp)、溶血素(sly)、谷氨酸脱氢酶(gdh)、胞外因子(ef)等5个猪链球菌2 型主要毒力基因,分别设计引物对分离自病人、病猪的22株猪链球菌2 型菌株进行PCR检测,并对菌株进行MLST分型分析。结果 22株菌分为5种毒力基因型,其中cps2J+/mrp+/sly+/gdh+/ef+型别为病人及病猪菌株所共有,cps2J+/mrp+/sly-/gdh-/ef+、cps2J+/mrp+/sly-/gdh+/ef+为病人菌株所特有,cps2J+/mrp-/sly+/gdh+/ef+、cps2J+/mrp-/sly-/gdh+/ef-为病猪菌株所特有;MLST分型结果显示,22株分为ST1、ST7和ST28三个型别,其中ST1、ST7型为病人和病猪菌株所共有,均同属于ST1克隆复合物,ST28型为病猪所特有。结论 广东地区病人、病猪的猪链球菌2 型菌株毒力基因型及MLST分子分型均呈现多样化,且部分型别为两者所共有,为阐明猪传染给人提供了直接的证据。     

多位点序列分型应用于致病性黄疸出血群钩端螺旋体分析

目的 初步探讨MLST(multilocus sequence typing)分型技术在致病性钩端螺旋体中的应用。方法 对我国3个省份的39株致病性钩端螺旋体黄疸出血群菌株提取DNA,采用7个位点进行PCR扩增、序列测定,应用eBURST和BioNumerics (Version5.10)软件进行分析。结果 39株菌株呈现5个ST型别, ST1为中国三省份中主要的基因型,占53.85%(21/39)。eBURST分析显示:39株菌株分为2个 Clonal complexes和1个singleton,其中Group1占66.67%(26/39),Group2占20.51%(8/39),一个singleton占12.82%(5/39);BioNumerics软件聚类分析显示:39株菌株分为3个Group,与eBURST分析中的分群结构一致。MLST基因型别具有明显的地域性特征。结论 MLST方法可初步应用于致病性钩端螺旋体分子流行病学、种群结构、亲缘进化关系等研究。