2株胞内分枝杆菌临床分离株的鉴定

目的联合应用多种分子生物学技术进行分枝杆菌菌种鉴定。方法从经PNB、TCH鉴别培养基鉴定为结核分枝杆菌的临床分离菌株285株中选取6株,其中包括oxyR-ahpC基因间隔区检测时PCR产物分子量异常的2株和另外随机选择的PCR产物分子量正常者4株,采用H37Rv、鸟分枝杆菌95001和胞内分支杆菌95002做对照,PCR扩增oxyR-ahpC基因间隔区,对其产物进行测序和网上同源性(H37Rv、U18263、U71061)比对。同时,采用多位点PCR扩增和hsp65 PCR-限制性酶切片段长度多态性分析,从而判定分枝杆菌菌种类型。结果经PNB、TCH鉴别培养基鉴定初步判定为结核分枝杆菌的285株临床分离株中2株临床菌株oxyR-ahpC基因间隔区PCR产物大小约为1 000bp,DNA序列与胞内分枝杆菌同源性极高,达99%,而与同片段序列结核分枝杆菌H37Rv的差异大,同源性为84%。多位点PCR指纹显示为非分枝结核杆菌,hsp65 PCR-RLFP/RFLP指纹与95002一致。结论2株oxyR-ahpC基因间隔区PCR产物分子量异常的经PNB、TCH鉴别培养基鉴定为结核分枝杆菌的临床分离株确定为胞内分枝杆菌。多种分子生物学技术联合应用能够快速、简便、更准确地鉴定分枝杆菌菌种。     

大理地区13株疑似非结核分枝杆菌临床分离株的鉴定

目的对云南大理地区13株疑似非结核分枝杆菌(Non-Tuberculous mycobacteria,NTM)进行鉴定,了解其菌种构成。方法大理州疾控中心提供的疑似非结核分枝杆菌13株,经罗氏培养基(L-J)、噻吩-2-羧酸肼(TCH)和对硝基苯甲酸(PNB)鉴别培养基初步鉴别培养确定为NTM后分别通过16S rRNA、hsp65和rpoB基因片段测序进行菌种鉴定。结果 13株疑似NTM临床分离株经16S rRNA、rpoB和hsp65基因DNA测序分析鉴定为NTM 11株(84.62%),束村氏菌1株(7.69%),戈登氏菌1株(7.69%)。11株NTM中鸟分枝杆菌(M.avium)9株,脓肿分支杆菌(M.abcessus)2株。结论经抗酸染色筛查、L-J和PNB/TCH培养基初步鉴定为NTM的临床分离株通过3种不同基因测序分析鉴定为NTM、束村氏菌和戈登氏菌,以NTM中的鸟分枝杆菌占多数。     

多位点PCR用于安徽391株分枝杆菌分离株的快速鉴定

摘要：目的 评价多位点PCR用于分枝杆菌临床分离株快速鉴定效果。方法 收集从临床结核病患者分离到的抗酸染色阳性的培养物,经PNB/TCH鉴别培养基进行培养鉴定后,采用聚合酶链反应(PCR)对16SrRNA、Rv0577、IS1561、Rv1510、Rv1970、Rv3877/8和Rv3120 基因位点进行扩增,鉴定至种,再经rpoB-PRA、hsp65和rpoB基因测序进行验证。结果 共对391株分枝杆菌临床分离株应用多位点PCR进行了鉴定,结果显示结核分枝杆菌378株,非洲分枝杆菌I型6株,非结核分枝杆菌7株。7株非结核分枝杆菌分别为鸟分枝杆菌1株,马赛分枝杆菌2株,胞内分枝杆菌4株。而PNB/TCH鉴别培养基培养鉴定结果为结核分枝杆菌复合群385株,非结核分枝杆菌6株。多位点PCR结果与rpoB-PRA、hsp65和rpoB基因测序结果一致。结论 多位点PCR技术鉴定分枝杆菌菌种结果准确可靠,且具有简便和快速等优点,有较大的分子流行病学应用价值,且对于临床诊断和治疗都具有重要意义。     

四川省46株疑似非结核分枝杆菌临床分离株菌种鉴定结果分析

目的对四川省46株疑似非结核分枝杆菌进行菌种鉴定。方法针对四川省46份临床分离疑似非结核分枝杆菌(Nontuberculous mycobacteria,NTM) 16S rRNA基因和16S-23S rRNA内转录间隔区(ITs)进行基因测序和序列分析。结果 46株菌株中,35株鉴定为NTM (经基因测序,分别为11种菌),10株为戈登氏菌,1株为诺卡氏菌。结论四川省NTM至少有11种,以胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌和堪萨斯分枝杆菌为主。NTM菌种鉴定对临床鉴别诊断和合理治疗有一定的意义。     

43株甘肃临床分离非结核分枝杆菌分类鉴定

目的了解甘肃当前临床流行的非结核分枝杆菌(NTM)的病原谱特点及其主要NTM种类,为指导临床诊疗、有效防治NTM肺病提供参考依据。方法收集2012年~2014年来源于甘肃省不同地区的875株临床分离分枝杆菌菌株,经PNB/TCH方法初步鉴定为疑似NTM菌株,采用16SrRNA基因测序技术进行菌种鉴定。结果 875株分枝杆菌临床分离菌株中分离出疑似NTM菌株46株。经16SrRNA基因序列分析鉴定,43株为NTM,3株为诺卡氏菌。43株NTM菌株分别为胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、塞内加尔分枝杆菌、鸟分枝杆菌、戈登氏分枝杆菌、楚尔盖分枝杆菌、罕见分枝杆菌、偶然分枝杆菌和脓肿分枝杆菌。其中,胞内分枝杆菌有31株,占总NTM菌株数的72.09%。结论甘肃省非结核分枝杆菌群以胞内分枝杆菌为主,应用16SrRNA基因序列分析鉴定方法能准确鉴定出NTM菌种,为临床诊治提供依据。     

hsp65 and rpoB PCR-RFLP用于龟/脓肿分枝杆菌复合群种的快速鉴定(英文)

目的探讨和评价hsp65and rpoB PCR-RFLP用于龟/脓肿分枝杆菌复合群种的快速鉴定。方法收集经PNB/TCH鉴别培养基表型鉴定和16s rRNA基因测序鉴定为龟/脓肿分枝杆菌复合群的临床分离菌株,用hsp65and rpoBPCR-RFLP进行种/亚种鉴定。结果经表型鉴定为非结核分枝杆菌的27株临床菌株,16s rRNA基因测序分析与龟/脓肿分枝杆菌的同源性达到99.7%。经hsp65PCR-RFLP and rpoBPCR-RFLP鉴定18株为脓肿分枝杆菌(M.abscessus),4株为溃疡分枝杆菌(M.absecces),另5株表现为独特的指纹特征,可能是一个新的亚种。结论能够快速进行龟/脓肿分枝杆菌复合群种/亚种的鉴定。     

一株致仔猪腹泻大肠杆菌的分离与鉴定

目的对病死仔猪肠道内分离的大肠杆菌进行分离培养,通过常规生化反应及毒力基因和分型基因的分子生物学检测对分离株进行初步鉴定。方法应用多重PCR检测方法进行毒力基因的检测,经细菌16S rDNA全基因扩增测序,Flic基因扩增测序,Blast分析,对分离的大肠杆菌进行初步分型鉴定。结果通过对分离菌株基因组DNA的多重PCR分析,发现该菌株含大肠杆菌耐热肠毒素和不耐热肠毒素致病基因。通过细菌16S rDNA全基因扩增测序,Flic基因扩增测序,Blast分析显示该分离株为H10。其中16S rDNA全基因与H10菌株同源性在99%,Flic基因与H10菌株同源性在98%。结论所分离的猪肠道致病性大肠杆菌为H10,其含耐热肠毒素和不耐热肠毒素致病基因。     

PCR测序和基因芯片快速鉴定分枝杆菌菌种的应用研究

目的 评价2种分枝杆菌菌种快速鉴定方法的临床应用价值。方法 分别用16S～23S rDNA转录间隔序列（ITS）PCR-直接测序和基于16S rRNA基因的基因芯片检测21株分枝杆菌标准菌株和50株临床分离株。结果 21株分枝杆菌标准株中,ITS PCR测序法将18株准确鉴定到种,结核分枝杆菌、非洲分枝杆菌菌株只能鉴定到结核分枝杆菌复合群,海分枝杆菌无法鉴别是海分枝杆菌还是溃疡分枝杆菌;芯片法正确鉴定16株,1株胃分枝杆菌鉴定为堪萨斯分枝杆菌,3株不在芯片检测范围内。50株临床菌株中, 47株2种方法结果一致,1株不在芯片检测范围内。结论 基因芯片鉴定分枝杆菌快速、特异,准确性高,临床常规开展应用需要进一步研究。     

福建省肺非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定（英文）

目的对2005-2011年间,福建省福州市胸科医院分离获得的非结核分枝杆菌临床菌株进行菌种鉴定。方法分别使用传统鉴别培养基法和多位点PCR、hsp65-PRA与rpoB-PRA,以及hsp65、rpoB、16srRNA和ITS基因测序等分子生物学方法,对全部菌株进行菌种鉴定。结果 450株被初步鉴定为非结核分枝杆菌的临床分离菌株中,有45株被鉴定为结核分枝杆菌,其余405株被鉴定为23种不同的非结核分枝杆菌和1株支气管戈登菌。结论在该地区有多种非结核分枝杆菌传播和流行,其中,6种非结核分枝杆菌和支气管戈登菌为在福建省内首次发现。     

福建省肺非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定

目的 对2005-2011年间,福建省福州市胸科医院分离获得的非结核分枝杆菌临床菌株进行菌种鉴定.方法 分别使用传统鉴别培养基法和多位点PCR、hsp65-PRA与rpoB-PRA,以及hsp65、rpoB、16s rRNA和ITS基因测序等分子生物学方法,对全部菌株进行菌种鉴定.结果 450株被初步鉴定为非结核分枝杆菌的临床分离菌株中,有45株被鉴定为结核分枝杆菌,其余405株被鉴定为23种不同的非结核分枝杆菌和1株支气管戈登菌.结论 在该地区有多种非结核分枝杆菌传播和流行,其中,6种非结核分枝杆菌和支气管戈登菌为在福建省内首次发现.     

应用基因阵列法快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变

目的　研制一种新型的基因阵列 ,用于结核分枝杆菌耐利福平分离株rpoB基因突变的快速检测。方法　根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计寡核苷酸探针并制作基因阵列 ,用生物素标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的目的片断 ,与基因阵列杂交 ,同时以聚合酶链反应 单链构象多态性 (PCR SSCP)技术及DNA测序法为对照。结果　 111株结核分枝杆菌临床分离株经PCR SSCP分析 ,4 1株RFP敏感株SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株相同 ;70株耐RFP菌株中 ,6 3株(90 % )SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株不同 ,其余 7株SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株相同。基因阵列检测结果 4 1株RFP敏感株杂交图谱与标准株完全相同 ,70株耐RFP临床分离株中 ,6 3株检测到rpoB基因突变 ,检出率为 90 % ;其中 37株 (5 3% ) 5 31位丝氨酸 (Ser)置换 ,15株 (2 1% ) 5 2 6位组氨酸(His)置换 ,11株 (16 % )其他位置的氨基酸置换。基因阵列检测结果与PCR SSCP及测序结果一致。结论　用基因阵列法可简便、快速、准确地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变。     

分枝杆菌菌种快速荧光初步鉴定方法的研究

目的　使用液体培养基,建立一种分枝杆菌(Mycobacterium)菌种初步鉴定的非放射快速荧光检测法。方法 应用自制的非放射荧光检测管,利用水溶性对硝基苯甲酸(PNitro benzoic Acid,PNB)和噻吩-2-羧酸肼(2-Thiophene carborylic acid hydrazide,TCH)对15株分枝杆菌标准菌株和78株分枝杆菌临床分离菌株做体外抑菌试验,确定其在菌群鉴定试验中的应用浓度。结果 PNB的应用浓度为100μg/ml,可有效地区别结核杆菌复合群与非结核分枝杆菌;TCH的应用浓度为2.5μg/ml,可有效地区别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌。菌群鉴定结果7～10d可得到报告。结论 本法经济实用,并将分枝杆菌菌群鉴定结果报告时间由传统的LJ方法的28d缩短为7～10d。     

Identification of mycobacteria by sequencing of rpoB gene and 16S rRNA

PURPOSE: To classify a specific Mycobacterium among various mycobacteria utilizing sequencing of rpoB gene. To classify mycobacteria not identified by DNA-DNA hybridization (DDH) using sequencing of rpoB and 16S rRNA gene. OBJECTS AND METHODS: Classification of 106 Mycobacteria strains, one Nocardia strain, one Rhodococcus strain, four Gordona strains was made by using partial sequencing of rpoB and 16S rRNA (RIDOM). Thereafter, 38 mycobacteria clinical strains not identified by DDH were classified utilizing the DNA sequencing data. RESULTS: Pairs of M. kansasii and M. gastri, M. abscessus and M. chelonae, M.fortuitum (ATCC49404) and M. polcinum, M. peregrinum and M. septicum, M. farucinogense and M. senegalense and M. fortuitum (ATCC49403), Rhodococcus, Nocardia and Gordona strains were classified using sequencing of rpoB gene. Even though sequencing of rpoB and 16S rRNA gene was utilized, it was impossible to classify M. tuberculosis complex, M. avium family, M. marinum and M. ulcerans, and M. fortitum subsp. fortuitum and M. fortuitum subsp. acetamidolyticus. The 38 mycobacteria clinical strains not identified by DDH were successfully classified using sequencing of both rpoB and 16S rRNA. These sequencing analyses showed that M. heckeshornense, M. branderi, M. intermedium, M. shimoidei, M. wolinskyi, M. malmoense and M. lentiflavum could be identified. Thirty six clinical isolates (94.7%) and 32 clinical isolates (84.2%) were identified by rpoB sequencing and 16S rRNA sequencing (RIDOM), respectively. CONCLUSION: The classification ratio of mycobacteria including Nocardia, Rhodococcus and Gordona is 69.6% for sequencing of 16S rRNA and 89.3% for sequencing of rpoB gene. Sequencing of rpoB is useful for classification of mycobacteria due to its genetic diversity, but has some limitation in its application. In order to classify mycobacteria more accurately, it is important to combine sequencing of rpoB and 16S rRNA and biochemical/biological tests.     

应用基因芯片方法检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼的耐药性

目的 应用基因芯片方法检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)对利福平和异烟肼的耐受性,评价其临床应用价值。方法 应用聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增-基因芯片杂交的方法检测经常规药敏实验证实的30株Mtb利福平和异烟肼敏感株和50株耐利福平和异烟肼分离株的rpoB基因及katG和inhA基因突变,同时以PCR-直接测序法为对照。结果 应用PCR-基因芯片与基因测序方法检测30株Mtb利福平敏感株rpoB基因和异烟肼敏感株katG基因和inhA基因均为野生型。50株Mtb利福平耐药株中,PCR-基因芯片与基因测序分析3株rpoB基因均为野生型,41株均为突变型;6株PCR-基因芯片与基因测序结果不一致。50株Mtb异烟肼耐药株中,PCR-基因芯片与基因测序分析16株katG基因和30株inhA基因均为野生型,31株katG基因均为315位密码子突变,7株inhA基因均为15位突变型,其中2株为katG和inhA双重突变;3株katG和13株inhA PCR-基因芯片与基因测序结果不一致。结论 应用PCR-基因芯片方法可快速、有效地检出大多数Mtb耐多药分离株,指导临床用药。     

16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的价值研究

目的评价16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法对 13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16S rDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及3株棒状杆菌(Corynebacterium,C.),3株弗兰克氏菌属(Frankia,F.),3株分支杆菌(Mycobacterium,M.),3株链霉菌(Streptomyces,S.)的16S rDNA序列。对所测得的诺卡菌序列及GenBank所报道的诺卡菌序列用DNASTAR程序分析处理,计算种内及种间相似性,用Mega6.06构建诺卡菌菌种系统进化树。结果在81条受试诺卡菌16S rDNA序列中,16S rDNA能将诺卡菌大致可分为11群,除了不能将亚种分离外,诺卡菌其他种属均能得到很好的分离。诺卡菌16S rDNA种内及亚种内相似性为99.1% ~ 100%;种间相似性在95.7% ~ 98.8%之间。结论16S rDNA序列分析是一种快速,简单,特异性较好的诺卡菌菌种鉴定方法,能将诺卡菌鉴定至种的水平。     

杭州地区流行非结核分枝杆菌鉴定、易感因素和耐药性分析

目的了解近年杭州地区非结核分枝杆菌(NTM)感染、优势菌种及其耐药性。方法采用PNB/TCH生长试验对1 972例患者分枝杆菌阳性培养物标本中NTM进行初步鉴定。采用分枝杆菌分子线性探针法和16SrRNA基因PCR产物测序鉴定NTM菌种。分析性别和年龄对NTM易感性的影响。采用浓度比例法检测NTM分离菌株对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、氧氟沙星(OFX)、卡那霉素(KM)的敏感性。结果 9.8%(193/1 972)分枝杆菌阳性培养物标本PNB/TCH生长试验结果阳性。分子线性探针法和16SrRNA基因PCR产物测序结果显示,193例PNB/TCH生长试验阳性标本中,66.3%为单一NTM、18.1%为2种分枝杆菌、8.3%为结核分枝杆菌、7.3%为非分枝杆菌属细菌感染。173株NTM(单一感染128株+混合感染45株)中,胞内分枝杆菌占57.8%,其次为脓肿分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、龟分枝杆菌和鸟分枝杆菌(12.1%、9.8%、9.8%和5.8%)。35例分枝杆菌混合感染标本中,28.5%和20.0%分别为胞内分枝杆菌或龟分枝杆菌与结核分枝杆菌混合感染。NTM感染者男性多于女性(1.67∶1),50岁以上人群感染率(80.4%)高于50岁以下人群(P0.01),肺部感染比例(95.1%)远高于其他部位(P0.01)。NTM分离株对INH耐药率为100%,对其他5种抗结核药物的耐药率也高达70.3%~90.6%。结论胞内分枝杆菌是杭州地区近年优势流行的NTM菌种,NTM主要引起肺部感染且中老年人易感,NTM临床菌株对常用抗结核药物有很高的耐药性。     

L型结核菌rpoB基因突变与利福平耐药性的关系研究

目的探讨L型结核分枝杆菌rpoB基因突变与利福平耐药性的关系。方法对76株复制肺结核患者L型结核分枝杆菌临床分离株进行药敏试验,同时采用PCR和PCR-DS技术对L型结核菌株进行rpoB基因检测和序列分析。结果药敏结果提示28株L型结核分枝杆菌对利福平耐药,其中20株(71.4%)L型结核分枝杆菌rpoB基因发生突变。结论 L型结核分枝杆菌rpoB基因突变是造成结核分枝杆菌形成利福平耐药性的主要机制。     

Evaluation of a rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis complex by selective inhibition with rho-nitrobenzoic acid and thiophene-2-carboxylic acid hydrazide.

SETTING: Mycobacterial growth in media to which inhibitory substances are added has been used in species identification. Growth of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) is inhibited by rho-nitrobenzoic acid (PNB), whereas non-tuberculous mycobacteria (NTM) are resistant. Thiophene-2-carboxylic acid hydrazide (TCH) is useful in the differentiation of MTC when performed together with other tests. OBJECTIVE: To develop a test using PNB or TCH added to culture medium, and to evaluate its usefulness in the screening of mycobacteria isolates. DESIGN: In 2001, PNB testing was performed in 109 M. tuberculosis strains identified by Instituto Adolfo Lutz (IAL) and 52 NTM strains from the institute's culture collection. The drugs were added to L?wenstein-Jensen (LJ) medium and to BBL-MGIT. RESULTS: Species differentiation of MTC with the MGIT/TCH method was similar to that observed using the conventional LJ/TCH method. The accuracy of the MGIT/PNB method to differentiate NTM and MTC strains was 99.4%. The BBL-MGIT system allowed presumptive identification in 3-11 days, compared to > or =12 days with LJ medium. CONCLUSION: A simple, low-cost test using growth inhibitors may be incorporated into a modern, safe and quick methodology enabling differentiation of MTC and NTM.