基于网络药理学探讨解毒抗癌方治疗原发性肝癌的作用机制

目的：基于网络药理学研究解毒抗癌方治疗原发性肝癌（Hepatocellular Carcinoma,HCC）的主要活性成分与作用机制。方法：首先,通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）检索解毒抗癌方的主要有效成分及关联靶点;通过OMIM和GeneCard数据库检索HCC的主要靶点;通过R语言绘制韦恩图,筛取解毒抗癌方治疗HCC交集靶点;利用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-活性成分-靶点相互作用网络。其次,利用String数据平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（Present Pain Intensity,PPI）网络。最后,使用Bioconductor平台和R语言,进行基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析、京都基因、基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析。结果：解毒抗癌方治疗HCC的关键成分可能为槲皮素、木犀草素...     

垂盆草防治肝细胞癌的作用机制研究

目的：基于网络药理学及分子对接技术的方法探讨垂盆草防治肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma,HCC）的药理作用机制,为其相关的基础研究及应用提供证据。方法：通过TCMSP数据库获得垂盆草的主要化学成分及靶点,从而筛选出垂盆草的活性组分;通过OMIM、TTD、GenCards、Drugbank数据库获取HCC主要靶点,利用STRING平台获得蛋白质-蛋白质相互作用关系,通过Cytoscape 3.8.0构建蛋白质-蛋白质相互作用机制网络。使用Metascape数据平台分析“药物-成分-靶点”、参与其中的生物过程和通路,而后采用Cytoscape 3.8.0软件创建“药物成分-疾病靶点-通路”网络,最后通过AutoDock Vina把核心靶点与重要活性成分进行分子对接。结果：得到垂盆草防治HCC主要关键活性成分4个。经过分析结果表明垂盆草有很大可能通过作用于RELA癌基因（RELA Proto-Oncogene, NF-KB Subunit,RELA）、苏氨酸蛋白激酶1(Threonine Kinase 1,AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶（Mitogen-Activa...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾健脾方治疗卵巢早衰的机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨补肾健脾方治疗卵巢早衰(POF)的作用机制.方法 对补肾健脾方活性成分及作用靶点进行筛选,用Cytoscape 3.8.0软件绘制补肾健脾方活性成分-靶点网络;在GeneCards数据库中筛选POF治疗靶点,将POF治疗靶点与补肾健脾方的作用靶点进行映射,获取补肾健脾方治疗PO...     

基于网络药理学及动物实验探讨补肾助孕方降低卵巢凋亡水平治疗黄体功能不全的作用与机制

目的:基于网络药理学及动物实验验证探讨补肾助孕方治疗黄体功能不全的机制.方法:通过TCMSP数据库及文献检索收集补肾助孕方活性成分作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank收集黄体功能不全相关基因靶点,利用Cytoscape软件构建"补肾助孕方-活性成分-潜在靶点"网络图,利用STRING数据库构建P...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨独活对软骨细胞影响的分子机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法研究独活对软骨细胞的干预机制.方法:使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库获取独活的活性化合物、作用靶点和软骨细胞相关基因.使用Cytoscape软件建立"药物-活性成分-作用靶点-通路网络"图.使用String数据库对潜在靶点进行分析,得到蛋白互作关...     

基于网络药理学探究黄连解毒汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制研究

目的 基于网络药理学预测黄连解毒汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的有效成分、靶点和作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选黄连解毒汤的活性成分、作用靶点和UC疾病相关的基因.使用Cytoscape软件构建"药物活性成分-靶点-疾病"网络.通过STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,推测核心...     

基于网络药理学的泻心通腑汤治疗失眠伴抑郁的潜在机制研究

目的:采用网络药理学方法探讨泻心通腑汤治疗失眠伴抑郁的依据,预测泻心通腑汤治疗失眠伴抑郁的作用机制.方法:通过数据库检索,得到失眠、抑郁的疾病基因及泻心通腑汤中活性成分的作用靶点;并筛选出泻心通腑汤的中药活性成分在治疗失眠伴抑郁过程中所涉及的功能及通路,最终构建"中药-活性成分-靶点-通路"网络.结果:通过网络药理学方...     

基于网络药理学探究晕清降压方治疗代谢性高血压病的作用机制

目的:通过网络药理学方法筛选国医大师刘祖贻验方晕清降压方治疗代谢性高血压病的作用成分,并探讨其潜在作用机制。方法:从TCMSP及BATMAN-TCM数据库中筛选出晕清降压方的活性成分及作用靶点。从OMIM及Gene Cards中筛选出代谢性高血压病的靶点。利用Bioinformatics&Evolutionary Genomics平台将晕清降压方成分靶点与代谢性高血压病的靶点进行映射,获得晕清降压方-代谢性高血压病的共同靶点,并将其导入STRING数据库获得蛋白-蛋白网络模型,构建"活性成分-靶点"网络,对共同靶点进行GO富集分析及KEGG富集分析。结果:晕清降压方有114种活性成分可能通过143个靶点发挥抗代谢性高血压病的作用;GO富集分析及KEGG富集分析显示,晕清降压方治疗代谢性高血压病主要通过PI3K-AKT信号通路、流体剪切力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗等发挥作用。结论:从晕清降压方的12味中药中筛选出114个具有抗代谢性高血压病的活性成分,这些活性成分通过多个靶点、多条通路发挥抗代谢性高血压病的作用。     

基于网络药理学探讨温中益气方抗胃溃疡的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法探讨温中益气方抗胃溃疡作用机制.方法:通过检索TCM-SP、DrugBank、OMIM、GeneCard等数据库,查找确认温中益气方活性成分、作用靶点以及胃溃疡相关靶点,并通过STRING分析各靶点之间的相互作用.利用Cytoscape3.7.2软件进行药物-成分-疾病-靶点网络分析,在此...     

基于网络药理学探讨交泰调脉方治疗冠心病作用机制

目的:基于网络药理学探讨交泰调脉方治疗冠心病的潜在作用机制。方法:检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得交泰调脉方的成分和靶点,并使用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、疾病关联数据库(GAD)、药物靶标数据库(TTD)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)等疾病数据库获得冠心病相关靶点。通过取交集得到交泰调脉方治疗冠心病的潜在作用靶点,导入Cytoscape3.7.2软件构建"方药-成分-靶点"网络。借助STRING数据库和Cytoscape3.7.2软件进行蛋白互作分析,并筛选关键靶点和子模块,最后使用DAVID数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用Reactome数据库进行Reactome富集分析,并制作"药物-成分-靶点-通路"图。结果:共获得交泰调脉方成分405个,作用于冠心病的潜在靶点146个,包括6个子模块和10个关键靶点。交泰调脉方治疗冠心病的主要成分为槲皮素、甘氨酸、β-谷甾醇、(R)-氢化小檗碱、芹菜素等,通过调控缺氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、神经活性配...     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-...     

基于网络药理学和分子对接探讨升降散治疗儿童慢性扁桃体炎的作用机制

通过网络药理学及分子对接方法探究升降散治疗儿童慢性扁桃体炎的作用机制.首先基于中药系统药理学分析数据库(TCMSP)及中医药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM),通过药代动力学(ADME)参数筛选升降散中所含药物的活性成分并预测作用靶点,再通过GeneCards数据库获得儿童慢性扁桃体炎疾病靶点,然后借助...     

基于网络药理学探讨平胃散治疗慢性浅表性胃炎的作用机制

目的基于网络药理学方法研究平胃散治疗慢性浅表性胃炎的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选出平胃散的有效成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出慢性浅表性胃炎的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”的相互作用网络图和潜在靶点的相互作用关系,筛选出核心靶点,并进行分子对接验证。最后,对潜在靶点进行富集分析。结果挖掘出平胃散中42种活性成分、67个药物靶点,慢性浅表性胃炎630个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点25个,主要富集于43个生物过程和71条信号通路上。结论平胃散中的山柰酚、汉黄芩素、川陈皮素、厚朴酚等活性成分可能通过调节白介素6、丝裂原活化蛋白激酶8、半胱氨酸蛋白酶3等靶点调控TNF、p53等炎症信号通路,发挥抗炎抑菌等治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接的当归六黄汤治疗围绝经期综合征作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗围绝经期综合征（PMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索当归六黄汤的活性成分和相应的靶点。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与PMS相关的靶点,并得到当归六黄汤与PMS的交集靶点。构建当归六黄汤活性成分-交集靶点相互作用网络。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,筛选核心靶点。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定关键活性成分与核心靶点相互作用的分子基础。结果 共获取当归六黄汤112个活性成分,经筛选得到5个关键活性成分,分别为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇,主要发挥抗炎和雌激素样作用。获取当归六黄汤与PMS的交集靶点52个,经筛选得到5个核心靶点,分别是白细胞介素-6（IL-6）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、IL-1B和糖皮质激素受体基因亚科3 C组成员1（NR3C1）,主要参与炎症反应和激素调节。KEGG富集分析显示,当归六黄汤治疗PMS主要通过化学致癌-受体激活、脂质和动脉粥样硬化、癌症、神经活性配体-受体相互作用、流体剪切应力和动脉粥样硬化、5-羟色胺能突触、雌激素信号通路、突触小泡循环、腺苷酸依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路等发挥作用。分子对接结果验证了当归六黄汤的关键活性成分可以与核心靶点蛋白形成稳定的对接模型。结论 基于网络药理学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗PMS的关键活性成分、核心靶点和主要信号通路,为当归六黄汤治疗PMS提供了参考。     

丹参饮治疗糖尿病心肌病的网络药理学研究

目的通过整合网络药理学和生物信息学方法,构建活性成分-作用靶点、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、关键靶点相应的生物功能和通路网络,预测丹参饮治疗糖尿病心肌病的分子作用机制。方法采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选及预测丹参饮的生物活性成分及其潜在作用靶点,同时检索PharmGKB等4个数据库挖掘糖尿病心肌病的相关靶点,对2种靶点进行PPI网络构建,交互处理得到丹参饮治疗糖尿病心肌病的关键靶点,并利用SystemsDock WebSite对其进行分子对接验证;运用DAVID(Version 6.8)平台对关键靶点进行Pathway分析,结合Omicshare数据库筛选核心通路并利用Reactome数据库进行注释。结果以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)数值作为筛选标准,从丹参饮中共获得78个活性成分,涉及到506个丹参饮治疗糖尿病心肌病的可能靶点,这些靶点主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路上。结论本研究揭示了丹参饮治疗糖尿病心肌病可能的作用机制,体现了中药复方多成分、多靶点、多途径治疗疾病的特点,为进一步深入研究其作用机制提供了新思路。     

基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术与网络药理学研究赶黄草保肝潜在药效物质基础和作用机制

目的 采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS）鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法 利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体（gene ontology,GO）功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书（Kyoto e...     

采用网络药理学和分子对接技术研究麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹的作用机制

通过网络药理学和分子对接的方法研究麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹(eczema)的作用机制.首先利用TCMSP数据库挖掘麻黄连翘赤小豆汤中各个药物的活性成分并预测其作用靶点,借用Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化.然后通过GeneCards,OMIM,PharmGkb,DrugBank等数据库获得湿疹的疾病靶点.取药物...     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学探讨缓衰方对慢性肾脏病心肾保护作用的机制

目的：探讨缓衰方对慢性肾脏病（CKD）心肾保护作用的机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缓衰方中5味中药的有效活性成分并获得相应的预测靶点;通过GEO数据库、GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索与CKD和心血管疾病（CVD）相关的靶点,并对药物靶点和疾病靶点进行映射取交集作为缓衰方对CKD患者心肾保护作用的关键靶点。基于String数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,并通过拓扑分析得到缓衰方对CKD患者心肾保护作用的核心靶点,基于autodock软件对缓衰方的活性成分和核心靶点作分子对接,分析成分和靶点的结合能力。并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共得到缓衰方有效活性成分105种,预测靶点135个,得到CKD疾病相关靶点1 436个,CVD疾病相关靶点744个。共得到缓衰方对CKD心肾保护作用的关键靶点53个,拓扑分析得到核心靶点18个,分子对接结果显示缓衰方的11个活性成分和10个核心靶点平均最低结合能为-6.58 kcal/mol,其中豆甾醇、槲皮素与PTGS2靶点蛋白结合能最高。共得到对氧含量的反应、细胞对药物的反应、循环系统中的血管过程等1 275个GO富集结果和低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等76条KEGG信号通路。结论：缓衰方通过多成分、多靶点、多信号通路途径实现对CKD的心肾保护作用。     

基于网络药理学探讨抗感方抗病毒作用机制

目的基于网络药理学方法研究抗感方治疗冠状病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)的作用机制。方法借助TCMSP数据库筛选出抗感方活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出冠状病毒、RSV的疾病靶点。利用Cytoscape软件、STRING数据库分别构建“药物-成分-靶点-疾病”的相互作用和潜在靶点PPI网络图,并进行GO和KEGG富集分析,最后进行分子对接验证。结果抗感方中174种潜在活性成分,涉及51个抗病毒关键靶点,可能通过IL-17、AGE-RAGE、TNF、Toll样受体、NOD样受体等炎症、免疫信号通路发挥抗病毒作用。16种主要活性成分对冠状病毒和RSV关键靶蛋白(Mpro与RSV-F)均有较好地结合力。结论抗感方中多种活性成分通过多靶点、多通路协同作用发挥对冠状病毒与RSV的干预作用,为临床应用于多种病毒的防治提供理论依据。