结核病分子流行病学特征性研究

目的运用结核病分子生物学手段,对DOTS策略实施效果进行监测和评价。方法对肺结核病人培养阳性痰标本采用MIRU-VNTR分型法技术进行分子流行病学分析和其结核病人流行病学相关性的回顾性调查。结果分子流行病学分析结果2004年成簇率为70%,其中山东基因型簇为22%,山东基因型簇比例较2002年下降了50%(P<0.005);流行病学相关率为32.5%。结论结核病分子生物学研究结果可作为DOTS实施效果监测和评价的客观指标之一。     

结核病分子流行病学特征性研究

目的　运用结核病分子生物学手段,对DOTS策略实施效果进行监测和评价。方法 对肺结核病人培养阳性痰标本采用MIRU-VNTR分型法技术进行分子流行病学分析和其结核病人流行病学相关性的回顾性调查。结果 分子流行病学分析结果2004年成簇率为70%,其中山东基因型簇为22%,山东基因型簇比例较2002年下降了50%(P<0.005);流行病学相关率为32.5%。结论 结核病分子生物学研究结果可作为DOTS实施效果监测和评价的客观指标之一。     

结核分枝杆菌IS6110序列在石蜡组织中的检测、克隆与测序

目的：探讨套式-聚合酶链反应（Nested-PCR)检测石蜡组织中结核分枝杆菌的特异性和敏感性。方法：采用套式-PCR检测石蜡包埋组织中结核菌复合体特异插入序列IS6110,并对部分标本的PCR产物进行克隆和测序。结果：31例结核标本石蜡组织检出结核菌DNA共28例,套式-PCR的敏感度为90.3%,特异度为100%。阳性预测值为100%。随机选取两例PCR产物没是序结果与结核菌标准株H37Rv同源性分别为97%和95.3%。结论：套式-PCR检测常规石蜡包埋组织中结核菌IS6110序列具有特异性强和敏感性高的特点,可应用于临床诊断,尤其是对那些常规苏木精-伊红染色和抗酸染色无法确诊的病例更具意义。     

显微镜下看结核——结核病分子流行病学

通过基因分型方法，我们具有了分辨出结核分枝杆菌隔离群分子“指纹”（基因型）的能力．这在很大程度上革新了我们对结核传播的理解。     

IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用

目的 建立宁夏、北京和上海等地结核分支杆菌发离株IS6110－RFLP DNA指纹图谱，观察其流行病学特征。方法 提取结核分支杆菌基因组DNA，经限制性内切酶PvuⅡ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后，用荧光标记的IS6110DNA序列中245bp探针杂交，以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号，比较各菌株指 IS6110拷贝数和带型，分析不同地理区域流行菌株的特点。结果 103例结核患的临床分离株，经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含8－21个IS6110拷贝，在宁夏和北京地区流行的结核分支杆菌带型具有共同特点，并有成簇分布的现象，在上海分离株中发现1株零拷贝株和1株单拷贝株。结论 IS6110－RFLP DNA分型方法可用于我国流行的结核分支杆菌分子流行病学研究；宁夏分离株与北京分离株在基因上亲缘关系较相近。     

2000年中国结核病流行病学抽样调查菌株分子流行病学特征

目的:判定北京基因型结核分枝杆菌在中国结核分枝杆菌复合群中的群结构特征。设计:采用spoligotyping和IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)方法对441株分枝杆菌分离株行基因分型鉴定。分离株取自2000年中国结核病流行病学抽样调查,耐药性和流行病学资料已知。结果:spoligotyping法共鉴定408株结核分枝杆菌,其中北京基因型结核分枝杆菌占64.9%(265/408)。卡方检验北京基因型结核分枝杆菌在性别、年龄、地区所占的比例没有统计学显著性差异,但是耐多药(MDR)有统计学显著性差异。北京基因型在耐多药和药物敏感性分离株中所占的比例分别为77.8%(42/54)和60.2%(213/354)。多元回归分析提示北京基因型与不同地区存在联系,但与耐多药无关。结论:北京基因型结核分枝杆菌在中国流行至少50年,并且与地区有关。     

基因分型技术在牛结核病的分子流行病学研究中的应用

牛结核病是由牛型分枝杆菌感染引起的一种人兽共患病。受污染的食物（尤其是牛奶）或者与动物直接接触是人类感染牛结核的主要原因。引起牛结核流行的原因是多因素的,但由于缺乏精确的流行病学数据。牛结核病一直得不到有效控制,其流行呈上升趋势,严重危害经济贸易和畜牧业发展,威胁着人的健康。随着分子生物学理论和技术发展,出现了一些新的基因分型技术,应用于牛结核病分子流行病学的调查研究,可以从分子水平上分析不同地理区域流行的牛型分枝杆菌的特点。了解细菌的进化,证实可疑的传播环节,追踪传染源,区分复发病例中的外源性再感染等,对评估牛结核病暴发及其程度,指导公共卫生措施的实施和有效防治牛结核病具有重要的意义。     

结核分支杆菌耐异烟肼分子机制的研究

目的 了解结核分支杆菌耐异烟肼（ＩＮＨ）分离株ＫａｔＧ基因完全缺失或突变的情况，探讨其在ＩＮＨ耐药性中的可能作用。方法 应用ＰＣＲ和ＰＣＲ－ＳＳＣＰ方法对５８株结核分支杆菌临床分离株的ＫａｔＧ基因进行分析。结果 以Ｈ３７Ｒｖ标准株为对照，１２株敏感株的ＫａｔＧ基因扩增产物，１１株ＳＳＣＰ泳动正常，１株（８．３％）异常；２４株耐ＩＮＨ株中，３株（１２．５％）ＰＣＲ扩增阴性，２１株ＫａｔＧ扩增阳性，其     

限定性片段长度多态性分析用于发展中国家结核病流行病学研究

限定性片段长度多态性(RFLP)分型的DNA指纹是最常使用的方法,该方法使结核病流行病学和病因学调查得以进行革新的研究。在结核分支杆菌中存在的插入序列IS6110的使用,通常被考虑为标准的RFLP方法,但另一些辅助方法的分子分型技术可以在选择的环境中使用。在发达国家和发展中国家中,都有一些流行病学研究使用RFLP分型。其主要发现包括传播链的证实和鉴定(敏感和耐药的结核菌菌种都有)、人群中菌种簇的分布、外源性再感染与复发的区分、更好的理解结核病病因学、实验室交叉污染的鉴定和洞察菌种的分子学进化。对于那些结核病负担极重的发展中国家来说,已明确在结核病流行病学研究中,使用RFLP分析主要为下列三方面:1)人群传播,2)医院内传播,和3)人类免疫缺陷病毒相关的结核病。作为规程的要点,建议研究者在经过完好设计的、涉及发展中国家控制措施有影响的流行病学研究中可被采用。     

Evaluation of Amplicor- and IS6110-PCR for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in Singapore

One hundred and seventy-eight samples from 168 individuals were tested for Mycobacterium tuberculosis complex ( Mtc ) using Amplicor PCR, IS6110 -PCR (in-house), acid fast (AF)-staining and culture. Thirty-one samples were positive by culture, but 37 samples were later resolved to be truly positive for Mtc . Of these, Amplicor detected 32 (86.5%), IS6110 -PCR detected 31 (83.6%), and AF-staining 21 (56.8%). None of the 141 Mtc -negative samples was positive by these tests, thus giving 100% specificity. Although the IS6110 -PCR was more sensitive than Amplicor in detecting spiked Mtc DNA, it was not more sensitive than the latter in detecting Mtc in clinical samples. Reasons likely to account for the PCR false negativity were (i) sample inoculum size, (ii) nonuniform samples due to clumping effect of Mtc and (iii) the absence of target gene sequences for IS6110 -PCR. Culture negativity, on the other hand, was likely to be associated with nonviable Mtc . Amplicor PCR is promising for direct detection of Mtc . The IS6110 -PCR, however, may not be as suitable because of possible existence of IS6110- deleted Mtc strain in Singapore.     

福建省畲族人群结核分支杆菌IS6110DNA指纹图谱特征分析

目的分析福建省畲族人群和汉族人群结核病患者分支杆菌DNA指纹特征,探讨畲族人群结核病的分子流行病学特征。方法采用基于IS6110的PCR分型方法,对我省10个畲族乡镇调查点分离的50例畲族人群结核菌株和50例汉族人群结核菌株进行检测,用Gel-Pro analyzer4.0软件和NTSYSpc2.10e软件对DNA指纹图谱进行聚类分析。结果100株结核分支杆菌共分为4个主要类型,其中Ⅰ型(北京基因型)59株占59%,Ⅱ型38株占38%,Ⅲ型2株占2%,IV型为1株占1%。汉族病例菌株指纹为Ⅰ、Ⅱ型,以I型为主,占80%,畲族为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型,以II型为主,占56%;经χ2分析,两族病例菌株指纹的型别分布差异有显著统计学意义(P<0.01)。Ⅱ型菌株耐药率(47.4%,18/38)与Ⅰ型菌株耐药率(20.3%,12/59)差异也有显著统计学意义(P<0.05)。结论畲、汉两族主要基因型不同,汉族人群以北京基因型(Ⅰ型)流行为主,而畲族人群则以非北京基因型(Ⅱ型)为主,该型菌耐药率明显高于Ⅰ型,提示与畲族人群结核病高疫情相关,有待于进一步研究。     

北京结核菌株分子流行病学的研究

目的　北京结核分支杆菌分子流行病学的研究。方法 (1)使用标准化的RFLP法检测并分析从128位初治患者分离的结核分支杆菌IS6110指纹多态性;(2)对选例患者进行社会人口学和流行病学调查问卷;(3)分析结核分支杆菌IS6110指纹多态性特征与流行病学的关系。结果 (1)根据IS6110指纹特征的同源性,检测的128株结核分支杆菌可基本分为3组,A、B组的菌株间因具有较高的同源性而被称为“北京基因型”菌株,并且此类菌株在检测菌株中所占的比例较高(103/128,80.5%);C组菌株间同源性较低,多态性变化多而被称为“非北京基因型”,仅占19.5%。(2)从较低年龄(<40岁)患者分离菌株的多态性变化,与从较高年龄(>40岁)患者分离菌株多态性变化比较存在差异,提示“北京基因型”菌株不是由于BCG接种而造成的选择性优势。(3)检测菌株的多态性变化与患者结核病接触史、患者长期居住地、菌株药物敏感性情况无明显联系。结论 结核分支杆菌的指纹分析对结核病现代流行病学的研究是一个有用的工具。     

天津市监狱羁押人员中结核病患者临床分离菌株的基因型分析

为揭示结核分枝杆菌(MTB)北京基因型菌株中基于差异区域(RD)多态性形成的各个进化分支在天津监狱羁押人员中的流行情况,笔者收集2013年1月至2016年6月从天津市监狱羁押人员结核病患者痰标本中分离培养获得的124株MTB菌株进行基因型分析。结果发现,124株菌株中经鉴定为北京基因型者有116株(93.5%)。116株北京基因型菌株中,96株(82.8%)为北京基因型现代株,20株(17.2%)为北京基因型古代株。基于大片段多态性分析,北京基因型MTB分为4个进化分支。20株北京基因型古代株中有7株(6.0%)为RD181(+)菌株,13株(11.2%)为RD181(-)菌株;96株北京基因型现代株中,95株(81.9%)为RD150(+)菌株,仅1株(0.9%)为RD150(-)菌株。北京基因型MTB的各个进化分支中,RD150(+)北京基因型现代株在监狱中传播流行最为广泛。结果提示需加强RD150(+)北京基因型现代株在天津监狱羁押人员中流行的监测工作。     

吉林市结核分支杆菌IS6110 DNA指纹图谱特征分析

目的　分析吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征。方法 对53株结核分支杆菌分离株进行IS6110基因分型,得到IS6110 RFLP图谱;按菌株指纹特征的同源性高低予以分组,并进行分析。结果 吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征为：(1)IS6110拷贝数目平均为13个;(2)A、B两组同源性很高,具有“北京基因型”特征,C组多态性较强;(3)IS6110 RFLP图谱特征分布无地域差异;(4)耐药菌株与敏感菌株图谱特征无明显差异,但初治耐药菌株成簇率较高。结论 吉林市结核分支杆菌IS6110RFLP图谱特征以“北京基因型”为主;但还具一些独有的特征。     

Molecular epidemiology of tuberculosis and other mycobacterial infections: main methodologies and achievements

In the last decade, DNA fingerprint techniques have become available to study the interperson transmission of tuberculosis and other mycobacterial infections. These methods have facilitated epidemiological studies at a population level. In addition, the species identification of rarely encountered mycobacteria has improved significantly. This article describes the state of the art of the main molecular typing methods for Mycobacterium tuberculosis complex and non-M. tuberculosis complex (atypical) mycobacteria. Important new insights that have been gained through molecular techniques into epidemiological aspects and diagnosis of mycobacterial diseases are highlighted.     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌TaqMan荧光PCR检测的建立

目的对结核分枝杆菌和牛分枝杆菌分别建立荧光PCR快速检测方法。结核分枝杆菌荧光PCR对H37Rv标准菌株、结核分枝杆菌临床分离株的检测结果呈典型阳性反应，牛分枝杆菌荧光PCR对牛分枝杆菌标准菌株、BCG菌株的检测结果呈典型阳性反应，对其它分枝杆菌菌株以及常见微生物样品为阴性反应。两种荧光PCR对对应阳性重组质粒模板的检测灵敏度可达单个基因拷贝，对结核分枝杆菌或BCG标准菌株的检测灵敏度可达单个菌细胞。对临床样品的检测结果显示，荧光PCR对模拟感染奶样、血样的检测灵敏度可达单个菌细胞。所建立的方法，全过程包括血样、奶样、痰液等临床样品的前处理、核酸提取和荧光PCR检测，可在5～6h内完成。采用上述荧光PCR方法从临床采集的疑似病人痰液中检出多份结核分枝杆菌阳性样品。     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测

目的建立一种鉴别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测方法。方法根据已发表的结核分枝杆菌23SrRNA和牛分枝杆菌特殊基因序列,设计并合成了两对可扩增结核分枝杆菌和牛分枝杆菌特异性基因片段的引物,建立二重PCR快速检测结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的方法,测定其特异性和敏感性,并对238份牛临床样品的DNA分别进行了检测。结果该方法对牛分枝杆菌能扩增出838bp和631bp的特异性基因片段,结核分枝杆菌只扩增出838bp基因片段而扩增不出631bp的特异性基因片段,对参试的其它牛菌株的DNA扩增结果均为阴性。敏感度检测可达到50pg的DNA含量。临床样品检测结核分枝杆菌阳性有21份,牛分枝杆菌阳性有1份,其它临床样品扩增结果全部为阴性。结论本方法可作为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。