药用大黄全长转录组测序分析及Ⅲ型聚酮合成酶家族基因鉴定

目的：利用全长转录组测序技术挖掘药用大黄蒽醌类成分合成中的关键酶Ⅲ型聚酮合成酶（PKSⅢ家族基因。方法：利用PacBio SequelⅡ平台进行药用大黄全长转录组测序,数据通过非冗余蛋白（NR）、SwissProt、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、真核生物相邻类的聚簇（KOG）、基因本体（GO）数据库进行功能注释。筛选PKSⅢ家族基因全长并进行编码蛋白生物信息特征分析,借助MEGA 6.0构建PKSⅢ家族基因系统发育进化树。结合RNA-Seq数据分析,运用TBtools计算PKSⅢ家族基因的相对表达量。结果：共获得原始数据55.50 GB,52 960条高质量转录本,平均长度1 712.56 bp;50 007条Isoforms在NR、Swiss-Prot、KEGG和KOG数据库中得到注释。GO分类注释到生物过程、细胞组分和分子功能3个类别的65个小组。KEGG代谢通路共有17 637条转录本被注释于137条通路中,其中标准次生代谢通路15条。筛选到16个含开放阅读框的Isoforms,编码8个PKSⅢ家族基因,包括RoALS1-3 （芦荟松合酶）、RoCHS1-3 （查耳酮合酶...     

刺五加转录组和差异性表达分析

目的获得刺五加Eleutherococcus senticosus转录组数据库和差异表达基因。方法采用皂苷高含量组和低含量组2个样本作为受试材料,采用二代测序方法中的Illumina Hi Seq 4000进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析。结果共获得8.34 Gb数据,拼接得到77 087条Unigenes,与5个基因数据库进行比对,可归类于55个Geneontology(GO)分类中,涉及到116个KEGG标准代谢通路。通过差异性分析发现,差异性表达基因共530条,其中上调基因占42.08%,下调基因占57.92%,相差较大。进行GO和Pathway富集,得到408个GO注释和40个代谢通路。结论对刺五加转录组进行拼接、组装和功能注释,得到大量转录本信息,为刺五加分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源。     

基于高通量测序的野生和栽培当归转录组分析

为获得甘肃省宕昌地区野生和栽培当归转录水平差异,运用PacBio SMRT三代高通量测序技术测定当归全长转录组,利用Illumina HiSeq X Ten PE150二代高通量测序技术进行野生和栽培当归转录组差异表达测序分析,全长转录共获得16.5 Gb数据,组装得到113 906个转录本,平均长度1 466 bp。BLAST分析显示分别有109 113(95.79%),93 276(81.89%),60 638(53.24%),48 928(42.95%),42 876(37.64%)条转录本在NR,Swiss-port,GO,KO,KOG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类,涉及128条KEGG标准代谢通路。2组样品二代测序共获得25 463条差异表达转录本,其中在野生当归中存在高表达的有15 090条,在栽培当归中存在高表达的有10 373条,对其进行GO和KEGG富集分析,差异转录本主要集中于植物-病原体相互作用(plant-pathogen interaction)、MAPK信号通路-植物(MAPK signaling pathway-plant)和植物激素信号转导(plant hormone signal transduction)等通路。该研究利用高通量测序手段获得当归全长转录信息,明确当归遗传信息的整体特征,通过比较野生当归和栽培当归在转录本层次的差异表达,为当归优良种质资源的筛选培育、抗性研究和次生代谢途径解析提供基础信息。     

基于转录组测序的姜黄侧根发育分析及相关基因筛选

目的 姜黄Curcumalonga主根形成中药姜黄,侧根形成药材郁金。为探知姜黄主根与侧根形成过程的差异和侧根生长膨大的分子机制,对姜黄主根与侧根进行转录组测序,挖掘促使侧根生长膨大的关键基因。方法 以姜黄主根和侧根为材料,采用Illumina HiSeq高通量测序平台进行转录组测序,组装与注释后进行差异表达基因筛选。结果 转录组测序共获得42.69 Gb clean data,共得到42 748条Unigene,其中35 456条被注释。主根和侧根中的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）有1551个,基因本体（geneontology,GO）富集结果表明,姜黄主根与侧根的DEGs主要富集于代谢过程、细胞过程、催化过程、转运过程、结合等功能,COG富集结果表明,主根与侧根中DEGs主要富集于碳水化合物代谢和信号转导机制。KEGG富集分析显示,根中DEGs主要富集在淀粉和糖代谢、植物激素信号传递等代谢通路中。通过注释信息筛选出姜黄侧根生长膨大相关的差异表达基因,关键差异表达基因与通路分析表明侧根中蔗糖合成酶基因、生长素响应基因（SAUR3...     

肇实转录组测序及生物信息学分析

目的:利用高通量测序技术分析肇实转录组信息。方法:采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对肇实植株的叶片和叶柄进行混合转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释和遗传标记开发。结果:通过测序和分析,共得到54 088 858个原始Reads,总长8 113 328 700 bp,经过滤、除杂后得到52 831 334个Clean Reads,总长7 285 427 215 bp。肇实转录组中GC含量49.71%,通过de novo组装并去冗余,获得190 889个Unigenes,N50为541 bp。与九大功能数据库比对和分析,共有89 555条约46.91%的Unigenes获得信息注释,其中3 288条基因在9个数据库中均能注释。在GO功能注释分为3大类,分别为20、26、22亚类(共68个亚类);在KEGG数据库中共发现216条代谢通路;KOG中按功能分为25个子类,获得49 976个功能注释信息。共检测到55类、24 917个植物转录因子;根据组装结果,共检测到44 584个SNP位点,7 386个InDel。结论:肇实转录组数据量大,遗传信息丰富,本研究可为深入解析肇实遗传背景、开展其功能基因组分析、分子标记开发、代谢组学研究提供参考,为肇实的综合利用与保护打下基础。     

电针治疗术后肠麻痹小鼠小肠差异表达基因分析

目的:通过对术后肠麻痹小鼠的动物实验和转录组学研究,阐明电针干预术后肠麻痹的疗效机制。方法:选取小鼠术后肠麻痹模型为研究对象,随机分为假手术组、模型组和电针组,于电针处理后24 h取小肠组织,通过转录组测序技术筛选差异表达基因,并对差异基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果:在生物信息学分析方面,模型组与假手术组比较,上调差异表达基因161个,下调差异表达基因327个;电针组与模型组比较,上调差异表达基因25个,下调差异表达基因242个。结合GO和KEGG分析结果,筛选得到可能与电针治疗术后肠麻痹小鼠相关的3个信号通路:细胞因子-细胞因子-受体互作通路、肿瘤坏死因子信号通路和神经活性配体与受体互作通路。结论:电针可能是通过改变细胞趋化性、白细胞迁移、炎症反应、趋化因子受体结合和趋化因子活性改变了术后肠麻痹小鼠肠内的炎症水平和微环境,从而恢复肠道转运功能。     

天麻苯丙烷代谢途径的转录组学分析

目的:对天麻进行转录组学分析,从转录组水平阐释天麻次生代谢产物含量与相关酶活性的关系。方法:采用Illumina Hiseq 4000对新鲜天麻及采后敞放5 d天麻进行转录组测序分析,通过与基因数据库比对分析注释和发现差异表达基因。结果:新鲜天麻及采后敞放5 d天麻分别获得了18 772 600、19 353 329条Clean Reads,Trinity组装后得到63 455条Unigene,通过与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、KEGG数据库比对,最终获得18 913个有注释信息的Unigene。天麻采收放置5 d后有953个基因转录表达量上升,1 876个基因转录表达量下降,合计2 829个差异表达基因。634条差异表达基因被COG注释到25个功能类别中,612条差异性表达基因被KEGG注释归属于50条代谢通路。天麻转录组差异表达数据中共11个关键基因被KEGG数据库苯丙烷类合成途径注释,与新鲜天麻相比,放置5 d的天麻CM、PDT、PAL、4CL、CHS、F5H、F3'M基因表达量下降,C4H、CCR表达量上升,CAD表达量既有上升又有下降。结论:本研究获得了较完整的天麻苯丙烷类产物合成代谢通路图,并注释了大量相关基因序列。通过本研究为后续深入的基因功能研究及天麻药材品质形成的分子机理研究、天麻栽培过程的质量控制以及采收后的保鲜处理等奠定了基础。     

基于混合测序策略的两品种当归中类黄酮调控基因差异分析

目的 比较2个不同茎叶色当归品种岷归1号与岷归2号转录水平差异。方法 以2种颜色当归的新鲜叶片（带叶柄）和上端茎为材料,采用混合测序策略,应用全长转录组技术构建当归无参全长转录本文库,利用RNA-seq技术对两品种进行差异基因表达分析,再利用公共数据库对差异基因的生物学功能进行注释和精细分类,筛选调控当归茎叶色差异的主要候选基因。结果 当归转录本的测序结果良好,测序数据质量较高,当归全长转录本的34 528条序列在非冗余蛋白（NR）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、SwissProt及KOG数据库中分别注释到33 947、33 241、29 150和22 601条。对两品种当归差异表达基因（DEGs）进行精细分类,具有生物学功能和分子功能的705个DGEs可分为11类,主要富集在初级代谢（17.87%）、逆境响应（14.47%）、次级代谢（11.49%）等功能上,与颜色有关的差异表达基因主要集中在类黄酮生物合成途径上。结论 两品种当归茎叶颜色差异的主要原因可能与调控类黄酮的生物合成基因的表达差异有关,可为后续进行功能验证,进一步明确与当归主要药效成分之间的联系奠定基础。     

基于转录组的黄精多糖代谢关键酶基因的筛选与验证

目的 通过湖北黄精、滇黄精、多花黄精根茎的转录组学分析,对影响不同品种黄精多糖含量的关键酶基因进行筛选和验证,并进行氨基酸序列的深入分析,丰富黄精属植物的转录组数据并为其多糖生物合成机制和遗传改良提供参考。方法 使用了Illumina NovaSeq高通量测序平台对黄精转录组进行测序分析,根据Nr、基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库的注释分析比较3种黄精转录组的差异,筛选出多糖代谢途径中的关键酶,对关键酶基因表达量进行聚类分析并与多糖含量进行相关性分析,然后对筛选出的8个关键酶基因进行实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）验证,结合测序结果进一步筛选出多糖生物合成关键酶基因进行同源基因序列分析,构建系统进化树,预测模体（motif）、保守结构域、蛋白序列等电点与相对分子质量,并使用同源建模法构建三维蛋白结构。结果 通过Nr数据库的注释发现3种黄精与芦笋的基因同源性最高,GO数据库注释结果表明这3种黄精在结合功能、催化活性、代谢过程和细胞组分上差异显著,而KEGG通路注释结果说明这3种黄精在淀粉与蔗糖代谢通路和半乳糖代谢通路上差异显著,根据聚类分析、相关性分析、Real-time PCR验证实验、表达量情况与氨基酸序列的结构与功能预测推测出显著影响不同品种黄精多糖含量的关键酶为β-果糖苷酶（sacA）。结论 sacA可能是黄精多糖含量差异的主要影响因素,也是黄精多糖主要为果聚糖的重要原因。     

大青转录组测序及生物信息学分析

【目的】 利用高通量测序技术获得大青的转录组信息特征。【方法】 通过高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2500 对大青进行转录组测序,采用Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene 进行功能注释,得到大青转录组的遗传信息。【结果】 测序数据经过质控后共获得26 394 223个高质量的Reads,通过de novo组装获得100 191个Unigene,N50长度为1 055 bp,平均长度724.4 bp。其中59 690个（59.58%）Unigene 在NR、SwissProt、KOG、GO、KEGG数据库中均得到注释。其中KEGG数据库注释到38 260个Unigene,涉及136条代谢通路。在大青转录组中共鉴定到407个Unigene参与萜类化合物的生物合成,165个Unigene 涉及类黄酮生物合成,29个Unigene参与黄酮和黄酮醇生物合成,37个Unigene参与异黄酮生物合成,同时,还鉴定到210类转录因子。MISA分析发现6 680个Unigene 包含8 640个简单重复序列。【结论】 利用高通量测序技术和生物信息分析获得了大青的转录组信息特征,这些数据可为后期开展功能基因鉴定、解析黄酮类化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础。     

茜草转录组分析及其蒽醌类化合物合成相关基因的挖掘

目的获得茜草Rubia cordifolia转录组学信息及挖掘其蒽醌类化合物生物合成的关键酶基因,为茜草的功能基因克隆与分析提供参考。方法采用Illunima Hiseq TM 2000 150PE高通量测序技术对茜草进行转录组测序,使用Trinity软件完成Unigene的de novo拼接,基于BLAST实现Unigene的分类、功能注释、代谢通路分析和蛋白功能注释等。结果最终获得7.3 Gb数据,通过de novo拼接注释得到Unigene 66 646条,平均长度为1 424 bp,所有Unigene能被NCBI nonredundant protein sequences(NR)、NCBI nucleotide sequences(NT)、kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)、A manually annotated and reviewed protein sequence database(Swissprot)、gene ontology(GO)、eu Karyotic ortholog groups(KOG)和protein family(Pfam)数据库所注释,注释成功率100%,找到与茜草蒽醌类化合物生物合成相关的基因64条。结论首次对茜草转录组进行了分析,并获得了茜草蒽醌类化合物生物合成相关的候选基因,为茜草的分子生物学研究提供了丰富的数据资源,也为后期开展茜草蒽醌类化合物次生代谢途径解析奠定了基础。     

掌叶大黄转录组测序及蒽醌类合成关键酶基因差异表达分析

目的 研究掌叶大黄Rheum palmatum蒽醌合成关键基因。方法 利用RNA-seq技术对掌叶大黄根、根茎、叶进行转录组测序和生物信息学分析。结果 经Trinity软件组装后获得140224条Unigenes,全部Unigenes能被非冗余蛋白库、核酸序列数据库、京都基因组百科全书数据库、蛋白质序列数据库、蛋白家族数据库、基因本体联合数据库、同源蛋白簇数据库等公共数据库注释。差异基因分析结果显示,掌叶大黄的根与叶相比,差异表达基因总数为4175个,根与根茎相比,差异表达基因总数为992个,叶与根茎相比,差异表达基因总数为4469个。差异表达基因代谢途径分析分析发现,苯丙烷生物合成通路在叶比根中被显著富集。蒽醌类化合物合成相关关键差异表达基因分析发现,关键差异表达基因主要涉及甲羟戊酸（mevalonic acid,MVA）途径、甲基赤藓糖醇（methylerythritol 4-phosphate,MEP）、莽草酸及聚酮途径的13个基因。结论 为进一步挖掘大黄有效成分生物合成过程中的关键基因,为解析调控其有效成分生物合成途径提供研究基础。     

基于转录组测序分析干旱胁迫对党参不同组织基因表达的调控

目的 对不同干旱胁迫程度下党参Codonopsispilosula叶、茎、根进行转录组测序，探究干旱胁迫对党参差异基因和多糖合成相关酶基因的调控。方法 利用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对正常水分（85%～90%）和轻度（65%～70%）、中度（50%～55%）、重度干旱胁迫（35%～40%）下生长旺盛期党参叶、茎、根组织进行测序并建立c DNA数据库，经de novo拼接后得到Unigene，并进一步开展生物信息学分析。结果 共获得Unigene 60 377条，分别有51 477、29 896、33 479、35 912、47 378、18 649、31 833条被非冗余数据库（non-redundant protein sequence database,NR）、真核生物蛋白相邻类的聚簇（clusters of orthologous group for eukaryotic complete,KOG）、基因本体（gene ontology,GO）、Swiss-Prot、egg NOG、京都基因与基因组数据库（Kyoto encyclopedia of ge...     

盾叶薯蓣转录组分析及其皂苷元生物合成关键酶基因的挖掘

目的分析比较盾叶薯蓣根茎与叶片的转录组,挖掘与盾叶薯蓣中皂苷元生物合成途径相关的关键酶基因。方法利用Illumina Hi Seq2000高通量测序技术对盾叶薯蓣根茎与叶片进行转录组测序,对测序结果进行注释分析;并结合根茎与叶片中皂苷元的含量测定结果,挖掘与盾叶薯蓣中皂苷元生物合成途径相关的关键酶基因;最后利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术对部分候选基因的表达模式进行分析。结果共获得了81 660个Unigene,有64.33%在NT、NR、Swiss-Prot、KOG、GO、KEGG数据库中得到注释;根据其表达量与代谢通路分析筛选出29种共227个可能参与盾叶薯蓣中皂苷元生物合成途径的催化酶基因,部分催化酶基因的表达模式与皂苷元含量具有一定相关性;并发现5个盾叶薯蓣内生菌基因。结论研究初步获得了盾叶薯蓣中参与皂苷元生物合成的候选关键酶基因,部分候选酶基因可能参与盾叶薯蓣中皂苷类成分的后修饰过程,并发现盾叶薯蓣根茎中内生菌可能参与其皂苷元的生物合成,为进一步阐明盾叶薯蓣中皂苷元生物合成的分子机制奠定基础。     

广西莪术全长转录组测序及生物信息学分析

目的:获取广西莪术的全长转录组信息,了解其转录组的整体水平,挖掘姜黄素类生物合成通路基因。方法:利用Pacbio Sequel测序平台对广西莪术根、茎、叶、花4个部位的混合样品进行全长转录组测序,结合生物信息学等方法进行功能注释、代谢通路分析、简单序列重复(SSR)分析。结果:共获得原始数据14.47 Gb,经纠错、过滤、去冗余得到高质量一致性序列151218条。对所有转录本在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt七大功能数据库进行注释及分类,结果有128414个基因被注释,占比84.92%。共有325个基因参与姜黄素的生物合成,编码4-香豆酸-辅酶A连接酶、苯丙氨酸解氨酶、姜黄素合成酶、二酮-辅酶A合成酶、肉桂酸-4-羟化酶和咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶6个关键酶。MISA分析共发现32459个SSR位点,以单核苷酸重复数量最多,占全部重复类型的38.63%;1~3个核苷酸重复序列占主导位置,占总SSR位点的93.58%。结论:在高通量全长转录组水平对广西莪术进行研究,对姜黄素合成相关基因进行了挖掘,为后续阐明广西莪术姜黄素生物合成分子机制提供依据,为进一步研究广西莪术的分子标记和优良基因挖掘提供数据基础。     

聚乙二醇模拟干旱胁迫下半夏茎段转录组分析

目的 通过分析30%聚乙二醇（PEG）模拟的干旱胁迫处理下半夏茎段转录组数据，挖掘响应干旱胁迫的相关基因，探索干旱胁迫下半夏发生"倒苗"的分子机制。方法 以干旱胁迫下半夏发生"倒苗"时的茎段作为研究材料，采用Illumina Hiseq 2500平台进行转录组双向测序，并对数据进行生物信息学相关分析。结果 共获得23.00 Gb clean data，对照组与干旱胁迫处理组分别获得37 467 952和39 903 362个clean reads，经Trinity软件组装获得100 274个uingenes。通过将组装所得unigenes分别与Nr、eggNOG、Pfam、Swiss-Prot、KOG、GO、KEGG、COG等数据库进行比对分析，41 132个unigenes获得功能注释。最终筛选得到差异表达基因4 052个，其中2 080个DEGs表达上调，1 972个DEGs表达下调。KEGG通路富集分析显示，差异表达基因主要集中在核糖体、碳代谢、淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号转导和氨基酸生物合成等过程；基因表达水平分析显示，半夏中编码植物激素代谢与信号转导、氧化还原相关酶、热激蛋白和液泡加工酶等基因在干旱胁迫处理后表达水平显著上升，多数编码水通道蛋白的DEGs表达水平下降。结论 通过对PEG模拟的干旱胁迫处理下半夏转录组测序结果进行分析，获得半夏水分代谢、激素代谢与信号转导、相关响应蛋白等候选基因，可为揭示干旱胁迫导致半夏"倒苗"的发生机制提供基因资源和理论依据。     

基于高通量测序的当归抽薹相关基因分析

目的 筛选与当归抽薹相关的基因并探讨其分子机制。方法 取抽薹和未抽薹当归植株,剪取倒数第三片功能叶中部小叶片,利用BGISEQ-500测序平台对当归叶片基因进行高通量测序,再通过非冗余蛋白（NR）、核酸序列（NT）、Swiss-Prot、InterPro、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、真核生物蛋白相邻类的聚簇（KOG）、基因本体（GO）数据库进行功能基因注释。结果 抽薹当归与未抽薹当归共有936个差异表达基因（DEGs）,在公共数据库比对得到867个DEGs,其中505个基因有明确功能,这些功能基因中有182个上调基因。在DEGs中筛选与当归抽薹相关的基因。其中调节细胞生长的基因有CDC48C、CSLA2、CYCA1-1、AUG8、CER26、At1g65390、BTAF1;调节开花的基因有TPS1、ALA6、AP2、SOCI;调节叶片光合作用的基因主要有CAB37、CAP10A。结论 细胞形态建成相关的基因在抽薹当归叶的生长发育过程中发挥了重要作用。抽薹和未抽薹当归差异表达基因的研究丰富了当归基因资源,为进一步开展分子生物学及分子育种研究提供了基础数据。     

基于高通量测序的人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化转录组分析

目的:探索人工培殖冬虫夏草Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.外观品质形成的分子基础。方法:以重庆和康定人工培殖冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序分析,基于差异倍数(FC)和错误发现率(FDR)筛选差异表达基因,具体筛选条件为|log2FC|>1、FDR<0.05。结果:共获得21942个转录本,利用DEGSeq筛选获得1575个差异表达基因,其中上调表达基因626个、下调表达基因949个;基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,这些差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、糖代谢、转运和分解代谢、辅酶因子和微生物代谢等途径;筛选到66个颜色变化差异表达基因,包含46个氧化还原酶活性相关基因、12个过氧化物酶体相关基因、3个单加氧酶活性调节相关基因、3个黑化反应相关基因、2个活性氧代谢相关基因,其中tyr1、TYR基因可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键功能基因。结论:利用高通量测序技术和生物信息分析获得了人工培殖冬虫夏草僵虫转录组信息特征,为阐明人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化的调控机制研究提供参考。     

药用植物青葙全长转录组测序分析

目的:构建药用植物青葙全长转录组,旨在为青葙功能基因组学研究提供遗传信息。方法:基于PacBio Sequel平台对青葙的根、茎、叶、花、果5个部位的混合样本进行高通量测序,对原始数据进行校正、筛选、聚类、去冗余、过滤、功能注释和结构分析,获得青葙全长转录组数据。结果:经质量控制后获得高质量测序reads数据量为13.46 Gb,拼接去冗余后获得155300条循环一致性序列(CCS),研究共获得521928个高质量isoforms和210189个转录本。利用非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、SwissProt、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、基因本体(GO)7个数据库进行全长序列的功能注释,结果显示共有158562个转录本被成功注释。GO注释结果显示,转录本共富集在包含生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的47个条目中。KEGG分析显示,转录本注释到代谢通路中的基因较多,其次是基因信息过程。基因结构分析结显示,共得到8350条蛋白质编码序列(CDS)、88574条lncRNA、45535个简单序列重复(SSRs),其中单核苷酸重复的占比最大,为52.94%,此外预测得到57类转录因子,如常见的MADS、WRKY、AP2-EREBP、bHLH等类型。结论:获得了青葙的全长转录组数据,为该植物后续分子功能研究提供了遗传信息和基础数据。     

降解组测序技术对人参miRNA靶基因的分析鉴定

目的分析鉴定人参miRNA靶基因。方法采用降解组测序技术对石柱参(Shizhu ginseng)、园参(Yuan ginseng)的miRNA及靶基因进行检测;利用公共数据库KEGG/NR/GO数据库对降解组基因进行功能注释;通过荧光实时定量PCR(q RT-PCR)技术验证石柱参、园参的miRNA及靶基因表达量。结果共得到8个miRNA家族的13个靶基因;利用KEGG/NR/GO数据库分析发现该miRNA的靶基因类型主要是转录因子、应答因子及信号转导通路等。对5个差异表达mi RNAs:aqc-miR-159、bdi-miR162、cpa-miR319、pgi-miR4376、smo-mi R396及其靶基因进行的q RT-PCR验证结果与降解组测序结果一致。结论明确了部分人参miRNA的靶基因,为进一步研究人参miRNA的可能功能奠定基础。