生物信息学(1):概论

生物信息学产生的背景被称为生命科学“登月计划”的人类基因组计划（Human Genome Project．HGP）的主要目标是：提供公开的、完全的、高质量的含有30亿碱基的人类基因组全序列。     

生物信息学(5):药物设计与生物信息学

生物信息学、基因组学、蛋白质组学与药物设计 基因药物是直接以DNA或RNA为靶标的药物或以DNA或RNA自身作为药物。1993年美国政府以立法的形式准许开展基因治疗．基因药物的研究将是未来新药研究的热点。目前已有3类基因药物用于临床试验：①“反义”寡核苷酸：可抑制基因的转录或阻止mRNA翻译产生蛋白质；②肽核酸：可与基因的启动因子结合从而调节基因转录；③多氨基化合物：可阻断基因产物的生成。DNA疫苗是以DNA或RNA自身作为药物的基因药物。近年来已成为基因药物研究的热点。如对导致腺鼠疫的耶森菌400多万个碱基对的测序后，通过生物信息学分辨各个基因的作用，在此基础上。计划研制新型腺鼠疫DNA疫苗。随着人类基因组计划和生物信息学的发展，将会涌现更多的基因药物。     

生物信息学(4):基因诊断与治疗

基因诊断 一、基因诊断的定义 基因诊断又称DNA诊断或分子诊断．被医学界称为第四代诊断技术，是生物学和医学研究中一个最前沿和最基本的问题之一．其利用重组DNA技术作为工具，直接从基因水平检测致病微生物的存在和种类、人类遗传病的基因缺陷等．并进一步从转录或翻译水平分析基因的功能。从而成为临床诊断领域中病原体检查、遗传病诊断、癌基因和抑癌基因检测的重要手段。1978年。美国科学家首次采用羊水细胞对胎儿进行血红蛋白病的产前基因诊断获得了成功．从此开创了疾病基因诊断的新纪元。     

生物信息学(4):基因诊断与治疗

1．病毒介导的基因转移系统：病毒型载体是利用病毒对组织细胞的天然亲和力将遗传物质引入宿主细胞。用于基因治疗的病毒载体应具备以下3个基本条件：携带外源基因并能包装成病毒颗粒；介导外源基因的转移和表达；对机体不致病。然而，大多数野生型病毒对机体都具有致病性。因此需对其进行改造后才能用于人体。病毒载体大体上可分为两种类型：①重组型病毒载体：是以完整的病毒基因组为改造对象．其原理是选择性删除病毒的某些必需基因尤其是早期基因，或控制表达，缺失的功能由互补细胞反式提供。利用同源重组方法将适当长度的外源基因插入病毒基因组的非必需区．不改变病毒复制和包装所需的顺式作用元件。②无病毒基因的病毒载体：这类载体系统往往由载体质粒和辅助系统组成；重组载体质粒南外源基因表达盒、病毒复制和包装所必需的顺式作用元件及质粒骨架组成，辅助系统由病毒复制和包装所必需的所有反式作用元件组成。在辅助系统的作用下，重组载体质粒以特定形式被包装到病毒壳粒中．其中不含有任何病毒基因。实际上，无病毒基因的病毒载体可以看作是重组病毒载体的一种极端减毒的形式。     

生物信息学(5):药物设计与生物信息学

药物基因组学（pharmacogcnomics）是20世纪90年代末发展起来的基于功能基因组学（functional genomics）与分子药理学的一门科学。它从基因水平研究基因序列的多态性与药物效应多样性之间的关系。即研究基因本身及其突变体对不同个体药物作用效应差异的影响，并以此为平台开发药物．指导合理用药，提高用药的安全性和有效性。避免不良反应。减少药物治疗的费用和风险。     

医学遗传学理论与实践(6)──人类基因组研究

人类基因组计划（ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ, ＨＧＰ）由美国科学家于１９８５年率先提出,其旨在阐明人类基因组ＤＮＡ３ × １０９碱基对的序列,发现所有人类基因并阐明其在染色体上的位置,破译人类全部遗传信息,使得人类第一次在分子水平上全面认识自我。美国于１９９０年正式启动该计划,２０００年５月已完成人类基因组的“工作草图”,预计将在２００３年前完成全部序列的测定。欧共体、日本及中国等国家也相继提出了各自的基因组研究计划。人类基因组计划的实施将极大地带动人类疾病相关基因的定位、克隆与结构、…     

生物信息学(3):生物芯片技术

生物芯片（biochip）是由微电子学、物理学、化学、计算机科学与生命科学交叉综合的高新技术。生物芯片的概念源于计算机芯片的概念。在计算机芯片上排列的是集成电路，而生物芯片上排列的是密集的探针阵列。生物芯片一般指将大量的分子探针同时固定于支持物（如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝胶、尼龙膜等载体）的表面上．然后与已标记的待测生物样品中靶分子进行杂交．通过特定的仪器如激光共聚焦扫描或电荷偶联摄影像机（CCD）对杂交信号的强度进行检测分析，从而判断样品中靶分子的数量。根据芯片上的固定的探针不同可分为基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片等。     

生物信息学(2):基因工程技术简介

基因工程的特点与基本步骤 基因工程通常称为重组DNA技术（recombinant DNA technique），又称为基因克隆fgene cloning）或分子克隆fmolecular cloning），是用人工方法将外源基因与DNA载体结合形成重组DNA．然后引入某一受体细胞中，使外源基因复制并产生相应的基因产物，从而获得生物新品种的一种崭新育种技术。     

《转化医学研究(电子版)》征稿启事

转化医学研究(电子版)》是国内第一本转化医学研究领域内的专业性期刊(ISSN2095-154X;CN11-9304/R)。本刊由中华人民共和国教育部主管,首都医科大学和高等教育出版社主办。王晓民教授担任本刊总编。本刊采用同行评议评审论文。目前为季刊,每季末出刊。     

双硫死亡相关基因与胰腺癌预后及免疫治疗的关系探索:基于生物信息学分析

目的 探讨双硫死亡相关基因(disulfidptosis-related genes,DRGs)与胰腺癌患者预后及免疫治疗反应的关系。方法 从癌症基因组图谱中下载胰腺癌患者的转录组数据、体细胞突变数据及对应的临床信息,从已知的15个DRGs中筛选出在胰腺癌中发生突变的DRGs,通过共识聚类算法识别出DRGs亚型,然后分析识别出的DRGs亚型与胰腺癌患者预后、免疫细胞浸润和功能富集通路的关系,进一步根据DRGs基因表达量进行风险评分并根据风险评分的均值将患者分为高风险(≥均值)和低风险(<均值)组,比较DRGs不同亚型患者的风险评分及总生存情况,同时评估风险评分与患者预后及肿瘤突变负荷的关系。结果 从癌症基因组图谱中下载了177例胰腺癌患者的转录组数据和对应的临床信息,其中有161例含有体细胞突变数据,共筛选出10个DRGs在胰腺癌中发生突变,共识聚类算法识别出2个DRGs亚型即A亚型和B亚型。A亚型胰腺癌患者的总生存情况优于B亚型胰腺癌患者(χ²=8.316,P=0.003),A亚型胰腺癌患者具有更高的免疫细胞浸润丰度,在代谢和传导相关通路上显著富集。177...     

腹膜炎的生物学与治疗:近代观点的历史发展(综合报道)

本综述对腹膜炎的认识与治疗的历史发展作了回顾,并对今后研究作了展望。     

营养药理作用与肿瘤(6)

恶性疾病患者,尤其是进展期恶性肿瘤患者,常出现代谢紊乱、营养不良和防御能力受损。围手术期营养支持对于这部分患者的临床意义多有报道,并已有倾向性的结论。在此基础上,进一步研究发明:某些营养物质对细胞和组织,无论正常或异常,都具有显著的生物学作用,当提供药理剂量时,可起到控制炎症、调节免疫应答和抑制肿瘤生长的作用。     

白细胞介素6(IL-6)与肾脏疾病

IL-6是与肾脏疾病关系最为密切的细胞因子之一。近期研究结果表明,IL-6是肾小球系膜细胞的自分泌生长因子,IL-6转基因小鼠的肾脏组织中可观察到典型的系膜增殖性肾炎(MsPGN)的病理改变,故可以认为IL-6的异常表达在MsPGN的发病过程中起重要作用。本文还综述了IL-6在其它肾脏疾病中的研究报道,各家研究结果不尽相同,尚有待进一步探讨。     

早期胃癌病理和生物学特点与外科手术的选择(120例分析)

目的：根据早期胃癌的病理和生物学特点，探讨早期胃癌手术方式的选择。方法：回顾性分析了1990年来收治的120例早期胃癌，其中黏膜内癌（im-ca)66例，黏膜下层癌（sm-ca)54例；单发癌115例，多发癌5例；浅表扩展型7例；15例有淋巴结转移。全部病例均行不同范围的根治性手术。结果：sm-ca的淋巴结转移发生率显著高于im-ca。癌灶较大，凹陷型和细胞分化差的癌肿淋巴转移相对较多。结论：按EGC的大小、大体类型和细胞分化程度可大致估计肿瘤侵犯深度及淋巴转移，有助于决定手术范围。     

巨噬细胞移动抑制因子(MIF):一种新的前列腺癌肿瘤标记物

PSA作为前列腺癌筛查和预后检测指标缺乏敏感和特异性。MIF在前列腺癌患者血清及组织中高表达,可作为一种新的前列腺癌生化标记物和肿瘤浸润的预后因子,协同PSA诊断及评价前列腺癌预后。     

生物学内固定(BO)概念、原理与方法

1 产生背景 从20世纪50年代末起,由AO学派推崇的内固定技术,一直是骨折治疗领域中的经典法则[1].AO在建立之初,通过总结前人的经验,提出了骨折治疗的四项原则[2]:①解剖复位;②坚强固定;③无创操作;④早期无痛活动.其核心目的是通过骨折端的加压固定和解剖结构的重建,消除骨折局部的微动,使骨折达到无骨痂性的一期愈合.如果骨断端出现骨痂,通常认为是固定不稳的征兆,应该尽量避免.在骨折愈合过程中,坚强固定可以使关节肌肉尽早进行充分、主动、无痛的活动,而不需借助任何外固定,防止"骨折病"的发生.     

bcl-2、bax蛋白表达与膀胱癌生物学行为的关系(摘要)

为了解ｂｃｌ２、ｂａｘ蛋白的表达与膀胱癌生物学行为的关系，用免疫组化方法对４０例膀胱移行上皮细胞癌组织和１０例正常膀胱组织中这两种蛋白进行检测，并分析ｂｃｌ２／ｂａｘ与膀胱癌生物学行为的关系。材料与方法１９９０～１９９７年间膀胱癌标本４０例，其中...     

基于生物信息学对脊髓损伤后关键微小RNA与转录因子的筛选及其靶基因预测

目的探讨脊髓损伤(SCI)后关键的微小RNA(miRNAs)与转录因子(TFs)并进一步了解miRNAs、TFs与靶基因的互作关系。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载基因表达谱(GSE19890), 将差异倍数(log2FC)≥1和错误发现率(FDR)≤0.05作为标准阈值, 通过对微阵列数据分析筛选出差异表达的miRNAs(DEmiRNAs)。预测DEmiRNAs靶基因后分别进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和基因本体论(GO)功能富集分析, 接着基于TFs-靶基因互作分析确定关键的TFs, 根据靶基因的蛋白-蛋白互作网络分析确定特殊的DEmiRNA。结果通过对数据的分析, 分别与对照组相比, SCI后1 d出现5个下调基因和74个上调基因, 3 d后有118个下调基因和21个上调基因, 7 d后有450个下调基因和11个上调基因。韦恩在线分析筛选出7个重叠的DEmiRNAs参与了SCI后的表达调控。KEGG富集分析主要涉及细胞衰老、胰岛素抵抗和促性腺激素释放激素(GnRH)等信号通路, GO富集分析主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、基因表达的正调控和大脑发育等...     

2007年外科理论与实践杂志函授继续医学教育——生物信息学试题(2)

一、单选题(每题1分,10题=10分)1.以下哪一种不属于医学信息数据库范畴:()A.医学影像学数据库B.实验室检验数据库C.临床病史数据库D.后勤被服库E.以上均是2.可在网站免费下载使用的生物芯片数据分析平台CLUS-TER和TREEVIEW是以下哪所大学所开发:()A.英国牛津大学B.美国斯坦福大