新等位基因HLA-B^＊5812的认定

应用流式反向PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术发现可能的HLA新等位基因,对PCR产物进行HLA基因分型、DNA序列分析及克隆测序。发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*5801的差异在于第2外显子区域中的第69位碱基发生了G→T的替换,即"GCA→TCA",结果改变了第24位密码子编码的氨基酸,即"丙氨酸→丝氨酸"。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,已于2006年4月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5812。     

HLA-B新等位基因B~*4069的确认

目的识别和确认中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO技术进行HLA分型工作,发现反应格局异常的新等位基因,采用DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析。结果检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序结果显示HLA-B位点的1对等位基因分别为B*5801和1个核苷酸序列与已知HLA等位基因均不同的新等位基因。该基因序列与同源性最高的HLA-B*400101基因序列相比在第2外显子区域中263位碱基发生C>T突变,导致64位编码氨基酸由苏氨酸(Thr)>异亮氨酸(Ile)。结论该等位基因为新的HLA-B位点等位基因,2006年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4069。     

发现1例新的HLA-A等位基因A~*0299

目的发现和认定一个中国人群中的HLA-A位点新等位基因。方法使用PCR-SSP和PCR-SSO为基础的分型技术筛选可能的HLA新等位基因,应用分子克隆技术和DNA测序的方法确认与最同源HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样品的HLA-A位点结果异常。DNA克隆的测序结果表明,此A位点序列与已知的A*020601的差异在于第3外显子区域中的184位碱基发生了T>A碱基的替换,导致152编码子GTG>GAG,编码的氨基酸由Val>Glu。结论该等位基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2006年7月14日正式命名为HLA-A*0299。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

HLA新等位基因HLA-B*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能.目的:发现和认定1个HLA新等位基因.方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列.结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型疗法进行分析,也显示无法判定的结果.等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化.该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145.     

新等位基因HLA-A~*1127的确认和序列分析

目的识别确认临床样本中一个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的A*1104的差异。结果该序列与已知的所有HLA-A等位基因序列不一致,与A*1104的差异表现在第3外显子区域中的核苷酸570 G→C,571 T→G导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸,色氨酸→甘氨酸。结论该基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2007年8月正式命名为HLA-A*1127。     

新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

HLA新等位基因HLA—A＊1127认定

目的发现和认定HLA新等位基因HLA—A＊1127。方法应用PCR—SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,采用分子克隆和PCR产物直接测序方法得到核苷酸序列,通过软件分析基因序列及其与最同源HLA等位基因序列的差异。结果发现1个样品的HLA—A位点结果异常。其序列与已知所有HLA—A等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因A＊1104的差异是在第三外显子区域的570位碱基发生G→C的替换,并导致了相应的166密码子由GAG→GAC,编码的氨基酸由谷氨酸（Glu）变成天冬氨酸（Asp）;571位碱基发生T→G的替换,并导致相应的167密码子由TGG→GGG,编码的氨基酸由色氨酸（Trp）变成甘氨酸（Gly）。结论该等位基因为HLA新的等位基因,被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA—A＊1127。     

DNA序列分析鉴定HLA-B新等位基因HLA-B~*4816

目的鉴定1个HLA-B位点新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术发现可能的HLA-B位点新等位基因,对PCR产物进行序列分析,确认与最同源的HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*4801在第2外显子区域有1个碱基的差异:第187位碱基由A>T,这一突变使密码子63由GAG>GTG,导致编码的氨基酸由Glu>Val。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,2006年7月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4816。     

HLA新等位基因HLA-B~＊5145的确认

背景：作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能。目的：发现和认定1个HLA新等位基因。方法：采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列。结果与结论：PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A＊02XX,A＊33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1＊1202,DRB1＊1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B＊44XX,B＊53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂（Dynal,PCR-SSO）分型方法进行分析,也显示无法判定的结果。等位基因HLA-B＊5145是HLA-B＊5106的变异体,该基因和B＊5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N（天冬酰胺,Asn）→D（天冬氨酸,Asp）,346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y（酪氨酸,Tyr）→S（丝氨酸,Ser）,362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K（赖氨酸,Lys）的变化。该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B＊5145。     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因。方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific ex-traction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B~*的新等位基因。结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B~*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M)。血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7。家系分析提示,HLA-B~*0740基因来源于其母亲。结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*0740。     

HLA-B新等位基因B*3936的确认和测序分析

本研究确认HLA新等位基因HLA—B％3936并分析其序列。先证者为脐血造血干细胞捐献者，样本DNA抽提采用PEL—FREEZ抽提试剂盒，利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA—B基因的第2—4外显子，对PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示：先证者样本中存在2个HLA—B等位基因，其中1个等位基因为HLA—B％4002，另1个经Blast验证确定为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ242650，DQ24265l，DQ242652）。与最接近的B％3901等位基因比较，新的等位基因在第3外显子上有4个核苷酸的差异，其中第527位T→A、第538位C→T、第539位T→G、第544位A→G，这引起氨基酸第152位缬氨酸（Val）→谷氨酸（Glu）、第156位异壳氨酸（Ile）→色氨酸（Trp）、第158位苏氨酸（Thr）→丙氨酸（Ala）。实验结果提示该等位基因为新的HLA-B等位基因，已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—B％3936。     

WHO HLA命名委员会命名的新等位基因HLA-A*24:327序列分析及确认

目的 发现一个人类白细胞抗原(HLA)-A新等位基因并对其核苷酸序列进行分析及确认。方法 采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)陕西分库入库数据进行HLA常规检测,针对罕见结果进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)和组序列特异性引物(GSSP)进行确证试验,明确突变位点。结果 SSO分型结果显示为罕见等位基因,经PCR-SBT复核无完全匹配结果,提示疑似新等位基因,经GSSP确证发现该基因与同源基因HLA-B*24:02:01:01相比,在第3外显子544位置发生碱基变异由G>A,该突变造成氨基酸序列158位由丙氨酸(GCC)变成苏氨酸(ACC)。结论 确认了一个新的HLA-A等位基因,2015年12月31日被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-A*24:327。     

新的HLA-B*4061等位基因的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊4061的分子基础。采用盐析法抽提样本DNA，利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子，PCR产物直接经TOPO克隆到质粒载体中得到单链，对所得克隆进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。应用PCR-SSP方法证实测序所发现的突变。结果表明：先证者样本克隆测序得到2个等位基因，其中1个等位基因为B＋4601，另1个经blast验证其为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ089628，DQ089629，DQ089630）。与最接近的B＊400101等位基因序列相比，新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同，即第272位C→A，导致第67位氨基酸Ser→Tyr。结论：HLA-B＊4061等位基因为新的HLA-B等位基因，已荣获世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名。     

中国汉族人群人类白细胞抗原新等位基因A^＊1155的确认

背景：在国内发现的新等位基因中,大部分都是先采用人类白细胞抗原分型低分辨方法进行分型,如发现反应格局异常后,再进一步用基因测序或基因克隆方法进行确认,这样有可能导致一些新等位基因未被发现。基因测序分型方法被认为是人类白细胞抗原分型的金标准,它可得出精确的核苷酸序列。目的：直接采用基因测序分型方法对中华骨髓库标本进行检测,识别和确认中国汉族人群中新发现的等位基因。方法：应用中国造血干细胞捐献者测序结果可疑为新等位基因的重采血样5mL,采用基因测序分型技术,发现一样本HLA-A位点的杂合结果HLA-A＊030101/A＊110101在外显子上有1个位置与数据库不符,为了区别哪一个为新等位基因,采用基因克隆（TOPOTACloning）技术对两个等位基因1-8外显子进行DNA双向测序,发现1个与HLA-A＊110101序列相近的新等位基因,分析两者核苷酸序列的差异。并将测序结果与已知人类白细胞抗原等位基因序列比较分析。结果与结论：通过克隆分离杂合等位基因,再进行测序确认发现新的序列与A＊110101相比,在第2外显子第330碱基位置上C→G,密码子86AAC→AAG,发生了氨基酸的改变,由天冬酰氨变为赖氨酸。提示该等位基因为新的HLA-A等位基因,2009-10-31被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-A＊1155。     

PCR-SSP基因分型技术检出HLAB新等位基因B~*5516一例

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　使用PCR SSP以及以测序为基础的分型技术 ,分析HLA新等位基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异及血清学方法分析特异性。结果　在四川成都骨髓供者中检测出一例新的HLA B等位基因。该基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异 ,只是在外显子 2区域中 97C >A一个碱基取代 ,导致相应的密码子 33由酪氨酸变为组氨酸。血清学分析表明B 5 5 16与B2 2特异性相关。并由此建立起PCR SSP方法鉴定B 5 5 16基因。结论　四川成都骨髓库中检出的HLA B等位基因是HLA新等位基因 ,2 0 0 3年 8月已被世界卫生组织 (WHO)命名为HLA B 5 5 16。在大约 14 0 0例随机骨髓供者中 ,未发现其他带有B 5 5 16基因的个体。     

新等位基因HLA-DRB1＊1462的核苷酸序列分析

本研究验证一个新的HLA等位基因DRB1＊1462的核苷酸序列。应用MR-SSO和MR-SSP基因分型技术对HLA分型,对怀疑是HLA新等位基因进行DNA测序。结果发现,该序列与已知的所有HLA-DRB1等位基因序列不一致,与HLA—DRB1＊140101的序列差异仅表现在第2外显子区域中256位碱基发生了G-〉A的替换,导致相应的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸。结论：该基因是HLA-DRB1位点的一个新等位基因,已经被WHOHLA命名委员会于2006年1月30日正式命名为HLA-DRB1女1462。     

DNA测序鉴定HLA新等位基因B~* 35:03:07

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA-B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术检测到一个与HLA-B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的HLA等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHO HLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。