树鼩肝组织cDNA文库的快速构建

目的:为了研究不易感动脉粥样硬化动物树鼩多种载脂蛋白的基因分子结构,我们在国内外首次快速构建了树鼩肝细胞cDNA文库。方法:采用一步法提取树鼩肝细胞总RNA;以寡核胸苷酸为吸附介质,柱层析法进一步纯化mRNA。以此为模板,利用改良的cDNA快速合成方法,反转录合成树鼩肝细胞cDNA第一、二链。对cDNA双链末端修饰,连接含双酶切位点的连接子后重组于噬菌体载体。结果:包装后获得2.1×10~6高滴度的树鼩肝细胞cDNA文库,放射自显影显示合成的cDNA产物大小在400～5000个核苷酸之间,该文库的克隆重组率为98.5％以上,PCR扩增随机提取的白色噬菌斑DNA,电泳鉴定均有cDNA插入片段。以制备的两种多价抗血清为探针,从构建的cDNA文库中筛选克隆出完整的树鼩apoAI和apoCI的cDNA核苷酸序列。结论:与常规方法比较,本法简便、快速,易于操作和掌握。本研究还对应用此方法构建cDNA文库的某些环节进行了探讨。     

用荧光差异显示法分离新的肝细胞癌相关基因

目的 :寻找新的肝细胞癌 (hepatocellularcarcinoma ,HCC)相关基因。方法 :应用荧光 差异显示 (fluorescentdifferentialdisplay)技术分析人HCC、配对非癌肝、胎肝、正常肝等组织之间的基因差异表达 ,差异表达cDNA片段 ,经测序后 ,再用RNA狭缝杂交对部分差异片段在上述 4种组织中的表达进行验证。结果 :共得到差异表达cDNA片段 110条。经狭缝杂交筛选 ,获得了 4条阳性片段 ,未知cDNA片段L2和与人醛缩酶B 99.5 %同源的cDNA片段L7在部分HCC中特异性低表达 ,未知cDNA片段LC2 7和与人Nip3基因 99.4%同源的cDNA片段LC2 0在部分HCC中特异性高表达。结论 :确认了 4条HCC相关基因。其中L2和人醛缩酶B基因可能为阻抑HCC发生、发展的基因 ,而人Nip3基因和LC2 7可能为促进HCC发生、发展的基因。L2和LC2 7为目前未知的新基因。     

中缅树鼩微卫星分子标记的筛选

目的筛选中缅树鼩微卫星分子标记,逐步填补中缅树鼩特异性遗传标记的空白。方法建立中缅树鼩基因小片段插入文库,利用5’端地高辛标记的(CA)15探针从约1500个菌落中选出36个阳性克隆。对这些克隆进行测序,发现其中15个含有重复序列,其中1个为重复克隆,1个因两端序列太短而不能设计引物。结果用Primer3软件设计13对引物。PCR结果,13对均有条带。退火温度分布在44～52℃之间。阳性克隆率为2.4%,微卫星克隆率为1%。结论利用地高辛标记探针筛选树鼩微卫星分子标记所得的微卫星克隆率,可达到传统放射性核素标记探针同等的效果,并可避免放射性危害。树鼩微卫星分子标记的筛选将为下一步进行基因组结构的分析、树鼩遗传连锁图谱的构建、分子进化和标记辅助选择等提供大量的微卫星标记。     

树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶cDNA和蛋白质序列结构分析

目的克隆获得树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶cDNA序列并进行结构分析。方法以树鼩肝脏mRNA逆转录出的Ⅰ链cDNA为模板,运用SMARTRACEPCR扩增技术,扩增得到树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶(LCAT)cDNA序列,并推导出LCAT氨基酸序列。利用分子生物学软件DNAMAN对氨基酸序列的一、二级结构及主要结构域进行分析和比较。结果树鼩LCATcDNA序列由1340个核苷酸构成,开放阅读框架1320bp,编码440个氨基酸的LCAT前体(含24个氨基酸构成的信号肽和416个氨基酸组成的成熟蛋白)熏3'非翻译区18bp,终止密码TAA,加尾信号AATAAA和一个25bp的poly(A)尾。树鼩LCATcDNA序列已作为新基因被GenBank接受,登记号AF272861。树鼩与人和狒狒LCATcDNA的同源性分别为90%和89%。结论树鼩LCATcDNA序列与人及其他实验动物高度同源。     

树鼩Retn基因的克隆及序列测定

目的 克隆树鼩(Tupaia belangeri)Retn基因,为在树鼩中开展Retn相关研究提供实验资料.方法 在树鼩脂肪组织中抽提总RNA,用RT-PCR进行基因扩增,通过基因克隆、重组质粒的酶切鉴定,对Retn克隆质粒的序列测定和分析.结果 抽提的总RNA完整性较好,RT-PCR产物电泳检测得到了目的条带,重组克隆质粒经Pst I单酶切证明了Retn基因已克隆至质粒载体,测序获得了363个核苷酸序列,1个编码114个氨基酸的开放阅读框,序列提交GenBank,登录号为JF267792；经Blast软件进行序列分析,其核苷酸序列和氨基酸序列与鼠类的同源性分别为95％和99％.结论 成功克隆了树鼩Retn基因及序列测定,为树鼩Retn基础数据的建立和开展相关研究提供了实验资料.     

人肝细胞癌相关新基因的筛选

目的:寻找肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)相关的新基因,并从分子水平进一步探讨HCC发生发展的机制.方法:对通过荧光-差异显示(fluorescent-differential display,FluoroDD)技术从人HCC组织、配对非癌肝(paired non-cancerous liver,PNL)组织、胎肝(fetal liver,FL)组织和正常肝(normal liver,NL)组织获得的110条差异表达cDNA片段(DD片段)中的25条进行测序,将测序结果在GenBank NR数据库中进行同源性分析,并对其中12条DD片段用RNA狭缝杂交法验证其在HCC、PNL及NL组织中的表达规律.结果:25条DD片段中18条与已知基因具有高同源性(＞96%);5条与已知序列(基因结构与功能未知)具有高同源性(＞85%);2条与GenBank NR数据库中的序列无明显同源性.RNA狭缝杂交筛选到5条在HCC中特异性高或低表达并与已知哺乳类动物基因高度同源(97%～99%)的cDNA片段:在HCC中特异性高表达的3条片段是LC13(人热休克蛋白90β)、LC21(智人异源性核内核糖核蛋白C)和LC22(干扰素诱导的智人鸟嘌呤结合蛋白2);在HCC中特异性低表达的2条片段是LC5(智人甲状腺激素受体相关蛋白240)和FL25(分化相关基因1).结论:新发现5条与HCC相关、与已知哺乳动物基因高度同源的cDNA片段.其中3条在HCC中高表达、2条低表达,它们可能分别作为促进与阻抑HCC发生、发展相关的基因,其确切的生物学作用有待进一步研究.     

树鼩IL-2TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立检测树鼩IL-2基因TaqMan探针实时荧光定量PCR方法.方法 以经ConA诱导培养的树鼩淋巴细胞总RNA为材料,设计特异性引物,通过RT-PCR技术克隆出树鼩IL-2基因,以构建的树鼩IL-2基因质粒为标准品,建立标准曲线,并进行灵敏度检测.结果 建立了树鼩IL-2基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,此法检测灵敏度高,线性范围可达102～109拷贝/ul.结论 成功建立了树鼩IL-2实时荧光定量PCR方法,此方法灵敏度高、特异性强,检测周期短,为探讨IL-2作用的分子作用机制奠定基础.     

肝癌细胞表达差异cDNA克隆的研究

目的：筛选肝细胞癌(HCC)相关基因，探讨其在HCC发病中的临床意义。方法：用差异显示技术对比研究正常肝组织，胎肝组织，HCC组织及癌旁肝组织之间mRNA的表达差异，以肝癌cDNA片段MRG8．2为探针，对10例HCC及癌旁肝组织进行斑点印渍分析，并通过逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR)方法检测这些标本血管内皮生长因子(VEGF)mRNA的表达水平。结果：获得55个HCC差示cDNA片段，其中24个cDNA片段同时表达于HCC和胎肝组织cHCC差示片段MRG98．2在7例HCC标本中表达阳性(7／10)，癌旁肝组织弱表达(2／10)或元表达。VEGFmRNA在7例MRG98．2阳性表达的HCC标本中6例表达上调。结论：胚胎期某些基因的激活与HCC发生有关，差示片段MRG98．2可能是HCC相关的基因片段，其表达与VEGFmRNA一致，并可能与肿瘤浸润转移及顶后不良有关。     

利用寡核苷酸膜芯片检测SARS病毒

目的：建立寡核苷酸膜芯片技术检测SARS病毒。方法：以SARS冠状病毒RNA聚合酶基因(P基因)作为目的基因．参考WHO公布的特异性引物序列,将SARSRNA进行P基因克隆。以地高辛标记的引物,扩增质粒DNA,在P基因上设计11条寡核苷酸探针,点于尼龙膜,制备膜芯片,与地高辛标记的PCR产物杂交显色。结果：以此特异性引物成功地扩增出了440bp的基因片段;以T载体成功的克隆了此基因;克隆的P基因为靶序列,与膜芯片杂交显示,能与probe1,probe2,probe4,probe6,probe8,probe96条正义链特异性探针稳定杂交,其中Drobe1,probe4,probe9杂交效果最好,作为最后选择的探针。结论：膜芯片技术能快速敏感地鉴定出标本中的SARS病毒RNA。     

一个新的基因转录本的克隆及序列分析

目的：筛选与精子发生和(或)睾丸发育相关的基因。方法：将不同发育阶段(胚胎和成人)的睾丸组织cDNA探针与人睾丸cDNA芯片进行杂交，通过杂交信号的比较，筛选出差异表达的基因。结果与结论：经测序发现该基因全长1316bp，包含1个1056bp的开放阅读框，编码351个氨基酸。生物信息学序列分析表明，它是p44S10基因家族的一条新的转录本基因，该基因的氨基酸序列编码一26S蛋白酶体调控亚基，在进化中高度保守，提示了该基因在生物体中的重要作用。     

基因芯片在差异表达研究中测定影响因素的初步探讨

目的：通过对细胞凋亡及信号传导基因芯片在差异表达研究中测定影响因素的分析．方法。提取小鼠肝脏组织总RNA，经反转录获得具有荧光标记的cDNA探针，再将探针与芯片杂交，洗涤干燥后，扫描芯片获取结果。结果：获得高纯度、高质量的组织总RNA，检测逆转录反应的效率，观察到较理想的扫描芯片图像。结论：高质量的RNA及高效率的逆转录反应，是基因芯片能成功用于基因差异表达研究的重要基础。     

应用70mer Oligo基因芯片从限制性cDNA片段中钓取目的基因

目的 探讨采用单一探针寡核苷酸阵列从经限制性显示方法制备的cDNA片段中钓取目的基因片段的方法。方法 酵母经常规培养，抽提mRNA逆转录成cDNA后，经限制性显示技术制备成限制性cDNA片段，根据目的基因SSAl设计70mer特异性oligo片段并打印成为寡核苷酸阵列。采用荧光标记的通用引物对上述经限制性显示技术获得的限制性cDNA片段进行标记，与oligo阵列杂交，洗脱，扫描：然后进行杂交后剥除．收集剥除液．采用限制性通用引物扩增，产物克隆于PUC18T载体中，并转化至JM109大肠杆菌中培养，抽提质粒，进行测序鉴定。结果 测序结果BLAST同源性比较表明，用该方法成功的克隆出了目的基因片段。结论 采用70mer寡核苷酸芯片可以直接从限制性显示方法处理的cDNA片段中钓取目的基因，而无需构建cDNA文库。另外，本方法也可用于oligo芯片的杂交后对有表达差异的基因的获取及研究中。     

肝细胞异型增生的产生及其与肝细胞癌发生关系的实验研究

82只实验树鼩分为四组:A组26只,感染了HBV并同时给予AFB_1;B组34只,未感染HBV但给予AFB_1;C组13只,只感染了HBV;D组9只,既未感染HBV,又未接触AFB_1.实验158周.A组发生LCD16例(61.53%),其中9例发生HCC(56.25%).B组出现LCD18例(52.94%),其中3例发生HCC(16.66%).C组出现LCD 6例(46.15%);D组无LCD产生.82只树鼩有40只出现LCD,其中12只发生HCC(30%).而无LCD的42只,只有1例(C组)产生HCC(2.38%).LCD阳性组发生HCC的相对危险性为LCD阴性组的12.6倍.感染了HBV的树鼩,其LCD发生率显著高于未感染者(P<0.05);而在未感染HBV的动物中,摄入AFB_1的,其LCD发生率也同样比未摄入者高(P<0.05).表明HBV和AFB_1都能诱发LCD;LCD是HCC的癌前病变.     

CpG-寡核苷酸对免疫细胞基因表达的影响

目的:研究CpG-寡核苷酸(CpG-ODN)对免疫细胞基因表达的影响.方法:用Cy3和Cy5两种荧光分子通过逆转录反应将CpG-ODN刺激前后的单核-巨噬细胞系RAW264.7细胞的mRNA分别标记成探针,混合后与小鼠基因表达谱芯片杂交,通过扫描、计算机分析,寻找经CpG-ODN刺激后差异表达的基因.结果:CpG-ODN刺激RAW264.7细胞6 h后,2次芯片杂交筛选出重复差异表达的基因119条,其中74条上调,45条下调;这些基因涉及细胞周期、免疫调控、脂肪代谢、泡沫细胞形成、信号转导等过程.结论:CpG-ODN可广泛调控巨噬细胞内多种基因的表达,对相关基因群的进一步研究有助于深入了解CpG-ODN的作用机制.     

乙肝病毒X基因转基因树鼩模型的建立和病理学研究

目的:探索以精原细胞作为载体建立带乙肝病毒X基因的树鼩转基因动物模型的可行性.方法:首先构建带乙肝病毒pcDNA3.1- HBx基因的表达载体;然后以脂质体2000包被之.将此复合物以微量注射器注入8只雄性树鼩之睾丸组织中,1周后重复注射1次.注射后6周,使处理过的雄树鼩与雌性树鼩交配.在仔树鼩出生后1个月,取其肝组织作活检,并以多聚酶链式反应(PCR)对其DNA表达进行鉴定,观察其内是否存在乙肝病毒X基因.结果:处理的8只雄性树鼩中,6只具有生育能力,产仔树鼩11只.其中,1只仔树鼩乙肝病毒X基因阳性(阳性率9.09%).基因测序结果证实为乙肝病毒X基因.病理检查结果显示仔树鼩肝组织的改变包括:肝细胞坏死、慢性炎细胞在汇管区的浸润.结论:以精原干细胞作为载体,建立带乙肝病毒X基因的树鼩转基因动物模型是可行的.     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理初步研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间的差异表达基因,探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理。方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA。纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因。随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证。 结果 在21522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条。差异基因中有73条功能信息不明。随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果。生物信息学分析显示, E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关。     

树Qu对丙型肝炎病毒的易感性研究

目的：探讨树Ｑｕ对丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）的易感性。方法：对来自云南的树Ｑｕ接种含ＨＣＶ的病人血清,然后用ＰＣＲ方法检测树Ｑｕ血清的ＨＶＣ ＲＮＡ,用反向被动血凝法测定抗－ＨＣＶ抗体,用原位ＰＣＲ方法检测树Ｑｕ肝细胞内的ＨＶＣ ＲＮＡ。结果：３４．８％的树Ｑｕ（８／２３）在接种ＨＣＶ后,血清中检出ＨＣＶ ＲＮＡ,对４例抗ＨＣＶ阳性和谷丙转氨酶升高的树Ｑｕ的肝组织进行原位ＰＣＲ检测,结果在１例肝细胞中     

基因芯片研究血卟啉单甲醚对人肝癌细胞HEPG2基因表达的影响

目的：利用芯片技术观察血卟啉单甲醚（HMME）光动力疗法对人原发性肝癌HEPG2细胞表达的影响,以深入探讨其作用的分子机制。方法：HMME加激光照射处理培养的肝癌HEPG2细胞,H－E染色观察细胞形态;抽提细胞mRNA,利用荧光标记dUTP逆转录制备cDNA探针,与人肝癌表达谱基因芯片杂交,并对Cy3,Cy5荧光信号做扫描分析。结果：光照射后实验组细胞呈现凋亡形态;芯片扫描显示2．47％的检测基因（389／1538）出现明显表达差异,其中下调基因占80％,多与细胞增殖调控功能有关;而细胞凋亡通路中几个重要关键蛋白（CCP32、AIF、Mch2)的基因明显上调。结论：HMME激光疗法可诱导HEPG2细胞凋亡;线粒体调控可能是凋亡发生的重要机制。     

应用70 mer Oligo基因芯片从限制性cDNA片段中钓取目的基因

目的 探讨采用单一探针寡核苷酸阵列从经限制性显示方法制备的cDNA片段中钓取目的基因片段的方法。方法酵母经常规培养,抽提mRNA逆转录成cDNA后,经限制性显示技术制备成限制性cDNA片段,根据目的基因SSA1设计70mer特异性oligo片段并打印成为寡核苷酸阵列。采用荧光标记的通用引物对上述经限制性显示技术获得的限制性cDNA片段进行标记,与oligo阵列杂交,洗脱,扫描。然后进行杂交后剥除,收集剥除液,采用限制性通用引物扩增,产物克隆于PUC18T载体中,并转化至JM109大肠杆菌中培养,抽提质粒,进行测序鉴定。结果 测序结果BLAST同源性比较表明,用该方法成功的克隆出了目的基因片段。结论 采用70mer寡核苷酸芯片可以直接从限制性显示方法处理的cDNA片段中钓取目的基因,而无需构建cDNA文库。另外,本方法也可用于oligo芯片的杂交后对有表达差异的基因的获取及研究中。     

应用基因芯片技术对2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪信号转导相关基因的研究

目的 应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者与正常人大网膜脂肪组织信号转导相关基因表达谱的差异,以进一步阐明IR的发病机制并探索新的治疗方法。方法 分别以Cy5和Cy3两种荧光染料通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)将IR组和对照组脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有1组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度,经计算机软件分析,寻找两组差异表达基因。结果 IR组和对照组之间共筛选出82条差异表达基因。其中信号转导相关差异表达基因19条,表达增加的基因12条,表达降低的基因7条。RT-PCR验证,IR组MKP-4表达明显升高。结论 基因表达谱芯片筛选提示IR的发病涉及多个方面,并与受体信号转导密切相关,为阐明IR的信号转导机制提供强有力的工具。