基于网络药理学探讨黄芪-当归治疗糖尿病足的作用机制

目的:采用网络药理学方法分析黄芪-当归(HQ-DG)治疗糖尿病足,促进溃疡愈合的作用机制.方法:检索中药系统药理学数据库与分析(TCMSP)数据库,查阅文献获得黄芪-当归潜在活性成分及作用靶点,通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DDT数据库和Drugbank数据库获得糖尿病足的疾病潜在靶点;应用Metasc...     

基于网络药理学研究黄芪桂枝五物汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨黄芪桂枝五物汤治疗类风湿关节炎的分子作用机制.方法:利用TCMSP数据库检索、筛选出黄芪桂枝五物汤中药活性成分和作用靶点,使用GeneCards预测类风湿关节炎疾病靶点,构建中药活性成分-靶点网络图,将获得的靶点导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,对靶点基因进行GO和KEGG富...     

黄芪-生地治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...     

芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症的分子机制

目的运用网络药理学的方法探究芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)的活性成分与潜在分子机制。方法从BATMAN-TCM数据库中获取芪骨胶囊的主要活性成分及其对应的靶点,在Gene Cards数据库和GEO数据库中筛选PMOP疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集,运用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点"网络图,同时将交集靶点导入String在线软件构建蛋白互作网络,筛选出核心靶点进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。结果筛选获得67个活性成分,核心活性成分包括24-羟基-11-脱氧甘草次酸、菊油环酮、β-谷甾醇、γ-谷甾醇等;获得交集靶点共57个,其中核心靶点有胰岛素(INS)、白介素-6(IL-6)、胰岛素样生长因子-1(IGF-1)等。核心靶点GO生物过程和KEGG通路富集分析结果显示,GO生物过程主要涉及女性怀孕、多细胞生物过程等,KEGG通路主要涉及雌激素信号通路、卵巢甾体生成、流体剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路等。结论对于芪骨胶囊治疗PMOP的作用机制可能与菊花、黄芪、肉苁蓉中的主要成分如α-蒎烯、菊油环酮、β-谷甾醇等有关,并可能通过雌激素、白细胞介素等信号通路作用于人体INS、IL-6、IGF-1等靶点发挥疗效。     

基于网络药理学探究三芪口服液治疗慢性肾小球肾炎的效应机制

目的:研究三芪口服液治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的网络药理学机制。方法:根据药物的药物动力学(ADME)特性,通过TCMSP平台筛选以三七、黄芪复方研制的三芪口服液的活性成分,通过Pub Chem平台、Swiss Target Prediction平台进行作用靶点的预测;基于Gene Cards数据库、Dis Ge NET数据库、OMIM数据库检索CGN相关靶点,采用Venny分析工具对药物靶点及疾病靶点进行重叠;借助cytoscape软件构建"活性药物-活性成分-靶点基因"网络,采用String数据库构建蛋白质相互作用网络。并将重叠的靶点信息利用DAVID数据库分析生物过程及通路富集。结果:本研究共获得27个药物活性成分,对应211个靶点,与疾病靶点有关的潜在靶点为42个;主要通过调节激素受体结合、蛋白酪氨酸激酶活性、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路等发挥治疗CGN治疗作用。结论:三芪口服液通过多靶点-多通路治疗CGN,为解释其效应机制提供理论基础及科学依据。     

基于网络药理学研究女贞子-淫羊藿药对活性成分抗骨质疏松的分子机制

目的基于网络药理学探讨女贞子-淫羊藿中活性成分,通过筛选抗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的活性靶点,完成“活性成分-靶点-通路”的图解,阐述女贞子-淫羊藿联合应用的分子调控机制及其配伍的科学性。方法女贞子和淫羊藿的活性成分使用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)进行筛查,采用维恩图对其进行筛查,OP的活性靶点运用疾病靶点数据库进行筛选,将以上数据导入网络可视化软件Cytoscape 3.7.1进行整理,对有效靶点可以使用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结果女贞子、淫羊藿活性成分根据药物相似性(DL)和口服生物利用度(OB)值检索出潜在活性成分共33个,及其相对应的227个潜在作用靶点;检索疾病靶点数据库得出与OP密切相关的靶点190个;KEGG通路富集分析,治疗OP的关键通路主要为破骨细胞分化通路、癌症途径等12条信号通路。结论女贞子-淫羊藿配伍的多成分在治疗OP方面具有多靶点、多通路的中医药特点。     

基于网络药理学预测肝岩舒方抗肝癌有效成分及机制

目的 基于网络药理学探讨肝岩舒方治疗原发性肝癌的活性成分、作用靶点、信号通路等,并验证肝岩舒方对肝癌细胞增殖、侵袭及迁移的影响。方法 通过3种数据库获得肝癌疾病靶点,以及肝岩舒方10味中药的活性成分,筛选出各中药有效化合物所对应的药物靶点,分析获得药物成分-疾病共同靶点,绘制蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,构建肝岩舒方中药-化合物成分网络图、药物活性成分-作用靶点网络并进行拓扑分析,获得核心靶点。基因本体（Gene Ontology,GO）分析对靶点基因的序列信息进行功能分类分析,京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析靶点相关代谢通路。通过体外实验,制备对照组、肝岩舒方组、芪灵蟾组、索拉非尼组、肝岩舒方和索拉非尼联合治疗组的SD大鼠含药血清,CCK-8检测细胞活性,细胞划痕检测细胞迁移水平,Transwell检测各组细胞转移水平,蛋白免疫印迹法（Western Blot,WB）检测各组基质金属蛋白酶2(matrix metalloprotein...     

基于网络药理学分析尿毒清颗粒治疗慢性肾脏病的内在机制

目的:该文利用网络药理学理念和网络分析技术,探讨尿毒清颗粒治疗慢性肾脏病的潜在活性成分和可能作用机制.方法:利用TCMSP平台获得尿毒清颗粒(主要成分由大黄、黄芪、桑白皮、苦参、白术、茯苓、白芍、丹参、车前草组成)主要活性成分和作用靶点信息;利用GeneCards数据库获取与慢性肾脏病相关的基因靶点,采用Cytosca...     

基于网络药理学的苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎、肛门湿疹的“异病同治”机制分析

目的：预测苦参-地榆药对治疗溃疡性结肠炎（UC）和肛门湿疹“异病同治”的作用机制。方法：采用网络药理学方法,基于中药系统药理学分析平台（TCMSP）及检索相关文献,寻找苦参-地榆药对中活性成分及作用靶点,并以口服利用度（OB）≥30%,类药性（DL）≥0.18为条件进行筛选;利用OMIM、TTD、Drug Bank数据库检索UC和肛门湿疹疾病相关靶点;通过R语言将苦参-地榆药对与UC和肛门湿疹靶点做Venn图;采用Cytoscape软件绘制疾病-药对-成分-靶点网络;利用STRING数据库,构建蛋白互作网络模型（PPI）,并通过Cytoscape软件进行优化;基于Matescape数据平台,对药对治疗UC和肛门湿疹的共同靶点进行基因本体（GO）生物功能和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选后得出,苦参-地榆药对活性成分57个、靶点179个,UC靶点561个,肛门湿疹靶点677个,药对与两疾病交集靶点49个,包括IL-6、JUN、TNF、AKT1等。GO生物过程分析主要涉及对脂多糖的反应、对有毒物质的反应、对活性氧的反应等生物过程;KEGG富集分析共得到15条信号通路,主要...     

基于网络药理学及分子对接方法探讨当归补血汤治疗慢性肾脏病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接方法分析当归补血汤治疗慢性肾脏病的作用机制,构建慢性肾衰竭大鼠模型进行实验验证。方法:利用数据库筛选当归补血汤活性成分及靶点、慢性肾脏病疾病靶点,取二者交集,构建蛋白互作(PPI)网络模型,对交集靶点进行GO与KEGG通路富集分析,构建药物-疾病靶点-通路网络图,得到当归补血汤治疗慢性肾脏病的关键靶点。对药物核心成分和疾病靶蛋白进行分子对接。构建慢性肾衰竭大鼠模型,运用免疫组化及Western Blotting方法对核心靶点进行验证。结果:(1)当归补血汤治疗慢性肾脏病的潜在靶点涉及氧化应激、细胞粘附、凋亡等生物学过程,涉及蛋白激酶复合物、细胞外基质等细胞组成,涉及蛋白激酶活性、DNA结合转录因子结合、细胞因子受体结合等分子功能,涉及NF-κB信号通路、FoxO信号通路等多种信号途径。(2)筛选关键基因SIRT1、TLR4、MCP-1与当归补血汤主要活性成分黄芪甲苷、毛蕊异黄酮、槲皮素进行分子对接,配体化合物均能良好的包埋在受体靶蛋白的活性口袋中。(3)构建慢性肾衰竭大鼠模型,给予当归补血汤结肠透析治疗,与正常组相比,CRF模型组肾组织SIRT1、Clau...     

基于网络药理学探讨骨碎补治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨加味四君子汤治疗胃癌的作用机制研究

目的 探讨加味四君子汤治疗胃癌的物质基础和作用机制.方法 本研究采用中药系统药理学技术平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP),筛选加味四君子汤的潜在活性化学物质,借助基因注释(G...     

基于网络药理学探讨独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分及生物学基础

目的运用网络药理学探究独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分,并通过筛选分析阐述独活-桑寄生治疗骨质疏松症的生物学基础。方法中药独活、桑寄生的活性成分及靶标通过中药数据库TCMSP、BATMAN检索出,骨质疏松症的预测靶点通过疾病靶点数据库Gene Cards检索出,将药物和疾病靶点进行映射,利用网络可视化软件Cytoscape3.6.0整理并筛选出核心成分及有效靶点,再将有效靶点通过Omic Share云平台进行GO富集分析、David6.8数据库进行KEGG通路富集分析。结果独活和桑寄生活性成分根据筛选条件得到核心成分共3个,分别为槲皮素、蛇床子素和补骨脂素;核心靶点24个,包括PTGS2、PTGS1、ESR1、ADRB2等;获得2 509条GO生物过程,包括对含氧化合物的反应、对有机物的反应、细胞对化学刺激的反应等; 193条分子功能,包括对酶结合、同一蛋白结合、信号受体结合等; 113条细胞组成,包括膜筏、膜微区、膜区等;获得KEGG信号通路12条,肿瘤坏死因子信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等为治疗骨质疏松症关键通路。结论独活和桑寄生配伍的多成分、多靶点、多通路通过抗炎和抗氧化的作用,从而治疗骨质疏松症,为中药复方治疗疾病的作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点，探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物，通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点，建立药物-疾病靶标交互作用网络，筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点，富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物，筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点，通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能，其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于网络药理学对龟甲抗骨质疏松的作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨龟甲治疗骨质疏松（osteoporosis,OP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学成分分析平台（BATMAN-TCM）数据库及文献获得龟甲活性化合物,再通过TTD、Drugbank 、DisGeNET、OMIM数据库获取OP疾病相关靶点,取二者交集得到龟甲-OP疾病靶点。采用在线分析工具Metascape对龟甲治疗骨质疏松靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）及京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 获得龟甲成分共40个（氨基酸类、脂肪酸类、酯类、甾醇类、其他类）,龟甲-OP疾病交集靶点15个（UGT2B17、PTGS2、SLC22A6、SLC22A10、PTGER2、SRC、COMT、TNF 、ESR1、CYP19A1、ESR2、AR、PGR、ITGB3、FPDS）。龟甲活性化合物关键靶点的KEGG富集分析表明其主要与神经活性配体-受体相互作用、氨酰- tRNA生物合成、谷氨酸能突触等信号通路相关。龟甲抗骨质疏松靶基因GO富集分析表明其主要与对类固醇激素的反应、上皮细胞增殖的调控、脂质定位的调节等相关,KEGG通路富集结果解释15个基因主要与类固醇激素生物合成、甲状腺素信号途径、癌症的途径信号通路相关。结论 龟甲治疗OP的作用机制呈多靶点、多途径的特性,不仅影响骨代谢相关途径,还可影响体内多种代谢途径。     

金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI网络信息,导入Cytoscape3.6构建网络图,再用CytoHubba插件中的MCC和Degree算法筛选并获得关键基因;用David对关键基因进行GO生物功能和KEGG通路富集分析,使用Omicshare绘制高级气泡图,通过KEGG数据库找出重要通路并标记关键基因。结果金匮肾气丸活性成分47种,对应196个作用靶标,与骨质疏松症疾病基因有145个交集靶标,筛选得到30个关键基因。GO富集分析结果表明,生物途径主要有药物反应、转录正调控和DNA模板化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;分子功能主要有酶、相同蛋白、蛋白等的结合;细胞组分为核浆、胞浆、细胞核等。关键基因则主要富集在TNF、MAPK、PI3K-Akt及其他重要信号通路上。结论金匮肾气丸中的槲皮素、豆甾淳、β-谷...