蛋白质组阵列技术的现状与展望

蛋白质组就是展示一个细胞或组织或机体的全部蛋白质。目前双向凝胶电泳特别是固相 p H梯度等电聚焦的双向聚丙烯酰胺凝胶电泳 ,是分离阵列蛋白质组成分的核心技术 ,但仍存在诸多不足 ,通过改善蛋白溶解、阵列策略和蛋白斑点的探测技术 ,使蛋白质组阵列技术取得了进展     

蛋白质组和蛋白质组学

“蛋白质是我们理解细胞功能和疾病过程的核心 ,如果在蛋白质组学方面没有共同的努力 ,基因组学的成果将不会成为现实” .现在人类的基因组已被排序 ,我们要面对更大的挑战 ,利用这方面的信息来提高卫生保健和发现新的药物 .现在蛋白的基因表达技术日益受到关注 ,因为DNA序列的信息仅仅提供了细胞利用蛋白质的各种不同方式的静止快相 ,而细胞的生命是一种动态的过程 .在这种背景下 ,DNA或RNA(核糖核酸 )序列是不足以清晰地确认治疗目标的 ,因为蛋白质才是药物作用模式的基础而不是DNA或RNA .结构基因组学决定了蛋白质 ,RNA和其它生…     

人类肝脏蛋白质组研究进展与展望

人类肝脏蛋白质组计划作为"后基因组"时代研究项目之一,这个计划对于全面认识人类肝脏有重要意义。由于蛋白质组学研究方法的发展,为人类肝脏蛋白质组计划的进行提供了技术支持;生物信息学的快速发展,也逐步解决了大量实验数据的收集、整理和分析的问题,同时很大程度上提高试验效率。本文重点介绍了人类肝脏蛋白质组学研究中有关蛋白质相互作用和生物信息学在蛋白质组学中的研究进展,同时也介绍了人类肝脏蛋白质组计划中其它一些研究进展。     

蛋白质组和蛋白质组学

(接第 9卷第 3期 )“蛋白质是我们理解细胞功能和疾病过程的核心 ,如果在蛋白质组学方面没有共同的努力 ,基因组学的成果将不会成为现实” .何为蛋白质组和蛋白质组学 .蛋白质组被定义为细胞 ,器官或组织型的蛋白质成分的总称 ,而蛋白质组学是研究这些成分在指定的时间或特定的环境条件下的表达 .蛋白质组学体现了基因组学的工作和它的动态过程 .蛋白质组学可分为表达蛋白质组学 ,研究蛋白质表达的整体变化 .细胞图谱蛋白质组学 ,通过蛋白质复合物的分离系统地研究蛋白质与蛋白质的相互作用 ,在生长 ,疾病和细胞及组织的死亡过程中机体变化…     

蛋白质组中蛋白质鉴定技术的研究近况

蛋白质组学的核心内容之一就是蛋白质的鉴定 ,基于双向凝胶电泳的图象分析技术可以对组织细胞蛋白质表达的量、表观分子量和等电点等特性进行初步的鉴定 ,但是对于蛋白质的结构和功能必须借助其它技术手段。目前逐渐形成了以生物质谱为核心的鉴定技术 ,蛋白质微测序和氨基酸组成分析在表达模式分析中也有应用。关于蛋白质组功能模式研究目前可用的方法有酵母双杂交、噬菌体展示、生物传感芯片质谱、蛋白质工程中的定点突变技术等。这些技术对推动蛋白质组学的发展起了一定作用 ,但是单一技术通常不能确切的鉴定某一蛋白质 ,常需联合应用几种技术才能准确的鉴定蛋白质     

线粒体蛋白质组研究的进展

应用蛋白质组技术已对正常人胎盘和大鼠肝线粒体蛋白质进行分离与鉴定 ,补充了线粒体蛋白质组数据库 ,并且通过比较蛋白质组学研究技术寻找病理条件下线粒体差异表达的蛋白质 ,为疾病的诊断和治疗提供作用靶标。随着蛋白质组技术的发展和完善 ,一些新方法也被应用于线粒体蛋白质的研究 ,推动了线粒体研究的发展。线粒体蛋白质组研究虽然已取得了一些成果 ,但线粒体蛋白质组数据库中的数据仍较匮乏 ,并且还有一些问题亟待解决和改善     

胆囊癌组织的蛋白质组研究

目的: 通过分离并鉴定胆囊癌和胆囊良性组织的差异表达蛋白质,以发现可能用于早期诊断的胆囊癌肿瘤标志物。方法: 提取人胆囊癌和胆囊良性组织的总蛋白质,用双向电泳分离蛋白并进行比较。选择在胆囊癌组织中明显差异表达的蛋白点,行质谱分析。结果: 获得了分辨率和重复性均很好的凝胶蛋白图谱。对筛选出的在胆囊癌组织中明显差异表达的46个蛋白点,共有17个蛋白点被成功鉴定,其中在胆囊癌组织中高表达的为9个,低表达的为8个。结论: 胆囊癌组织相对于胆囊良性组织蛋白存在明显的差异,通过蛋白质组学方法筛选并鉴定出的这些蛋白质可能成为用于胆囊癌早期诊断和治疗的分子靶点。     

蛋白质工程研究现状及其在我国发展的基础和前景

蛋白质工程(protein engineering)也叫定位致突变(site-directed mutagenesis),它是现代科学相互交汇和渗透而产生的一个新兴研究领域。这一新技术综合运用蛋白质结构的详细信息,重组DNA技术和酶学知识,对蛋白质分子进行重新设计,从而定向地改造蛋白质的性质,使其具有人们希望的优良性能,甚至创造自然界不存在的性质独特的蛋白质。     

缺血心肌蛋白质组初步研究

目的：研究缺血心肌相关蛋白表达谱。方法： 通过腹腔注射垂体后叶素造成心肌缺血模型，取左心室肌进行二维凝胶电泳，利用PDQuest7.1.1软件分析实验结果。结果： 心肌组织可得512±52个蛋白点，心肌缺血后有10个蛋白表达发生了显著变化(pI/Mr: 4.72/46.16 kD, 5.60/32.35 kD, 7.17/53.14 kD, 7.93/12.78 kD,6.59/35.72 kD,8.56/12.47 kD,8.68/37.49 kD,6.31/13.19 kD, 6.51/60.29 kD, 5.86/13.07 kD)。其中表达增强的有6个蛋白(pI/Mr: 4.72/46.16 kD,5.60/32.35 kD,7.17/53.14 kD, 6.59/35.72 kD, 8.68/37.49 kD, 6.51/60.29 kD)，表达降低的有4个蛋白(pI/Mr: 7.93/12.78 kD, 8.56/12.47 kD, 6.31/13.19 kD, 5.86/13.07 kD)。结论： 这些差异表达的蛋白可能在心肌缺血后的保护与损伤中发挥作用。     

生物医学工程在美国的现状和发展趋势

１　引言在我上学时，工程界流行这样一种说法；一个人在接受技术教育中获得的知识，其有效性大约可维持五至七年或更短。显然，这就意味着在学校里学到的知识只能在不到１０年之内为你所用，之后，所学知识将过时或者大部分很快地失去价值。近年来，创新的步伐和新技术信息的产生不断加速，技术和知识的更新和淘汰变得更快。考察一下生物科学中所发生的事情，我们看到的是同样的现象。不断有新的发现，其速度使我们应接不瑕。不单单是新知识以前所未有的速度产生，而且专业领域的基础也在发生变化。这些变化正在改变医学研究的前景，并将对…     

生物医学材料的研究现状与发展趋势

本文介绍了生物医用材料的发展历史及目前国内外的研究现状,分析了生物材料之所以在世界各国近年来特别受到重视的原因,最后结合目前我国生物材料的研究情况,提出了今后有关该领域研究的发展方向和设想.     

生物医学信息处理的动态与展望

一、医学人工智能和信息系统 医学信息科学是利用新近发展起来的人工智能技术,藉助于改进数据存取方式和提供医学知识的手段,以咨询、错误监视和解释程序等形式,提供特殊病例的诊断意见,帮助和提高医生的推理能力。 为促进医学人工智能和信息系统这一学科的开发,应在以下两个关键的、相互并行的领域开展研究:     

蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题。本研究以人类蛋白质组为例,采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据,比较了常用的IPI数据库、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库的检索结果。结果表明,3个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣,但总体来讲差异很小;每个数据库可鉴定到的、特有的多肽数不超过总数的5%,蛋白数的差异为1%～5%。说明3个数据库都覆盖了常见的人类蛋白序列,完整性很高。因此,推荐采用通过人工注释、在不断更新中的Swiss-Prot数据库作为检索对象。当研究目的为鉴定或定量未收录在Swiss-Prot数据库中的蛋白序列（如一些特殊的蛋白异构体或突变体）时,可将目的序列加入该数据库进行检索,或考虑使用其他完整性更高的数据库。     

一个生物医学信号的无损压缩算法

当前生物医学领带压缩技术主要偏重于有损压缩技术的研究，较少研究无损压缩技术，然后由于在临床和科研应用中首先要求的是生物医学信号必须具有高可信度，而一般的有损压缩技术很难满意其需要，因此特别期望使用无损的压缩技术，本文给出了一个低复杂性的基于上下文的生物医学信号无损压缩算法，它在确保信号不失真的前提下，给出了较高的压缩比。     

HOMPPD:一个全面的人类口腔宏蛋白质组序列数据库

与宏基因组学相比,宏蛋白质组学可以系统地描绘微生物功能的动态变化,因此用其研究口腔微生物的组成和功能已成为一个新兴的领域。一个适当、完整的蛋白质组序列数据库在宏蛋白质组的数据分析中至关重要。在口腔宏蛋白质组研究中,常用的数据库为人类口腔微生物数据库(Human Oral Microbiome Database,HOMD),其中收录来自117个菌属和367个菌种的蛋白质组序列。但在近年来的口腔宏基因组研究中,已报道大量HOMD未收录的菌属。通过对宏基因组研究报道的95个菌属的蛋白质序列进行筛选和去冗余,然后与HOMD进行整合,构建一个更完整的人类口腔微生物蛋白质组数据库HOMPPD(Human Oral MetaProteome Plus Database);同时基于口腔微生物的高度个体化,提出对每个样本进行一次两步搜索的改进的两步检索法,最后利用已发表的唾液蛋白质组数据对其进行测试。通过整合,HOMPPD最终收录184个菌属和2 793个菌种的蛋白质组序列;测试结果表明,采用HOMPPD和改进的两步检索法可以鉴定到39个HOMD中未收录的新菌属和124个新菌种。新鉴定到的菌属主要分布在Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes三个门中。HOMPPD是目前为止收录蛋白质序列最全的口腔细菌蛋白质组数据库,使用其检索可以更加全面地鉴定唾液微生物的类群构成,其下载链接为ftp://111.198.139.72:4000//pub//metaproteomics//homppd.fasta。