登革1型病毒广州2006年分离株的基因组特征与进化分析

目的 对2006年分离自广州登革热患者血清的4株登革1型病毒(GZ57/06、GZ63/06、GZ69/06和GZ128/06)进行全基因组序列测定,并同其他毒株序列进行比对分析,以了解其基因组序列特征及可能的传播来源.方法 将登革1型病毒分离株基因组分为9个片段进行RT-PCR扩增,5'与3'末端序列采用RACE法扩增,扩增产物纯化后进行PCR测序.通过末端重叠序列拼接成全长病毒基因组序列,利用生物信息学软件对序列进行比对分析.结果 测序获得的4株广州登革1型病毒基因组全长均为10 735核苷酸(m),编码3 393个氨基酸.5'和3'端各有一段非编码区,长度分别为94nt和462nt.4株病毒的编码区与非编码区核苷酸及氨基酸序列存在一些差异,其中GZ57/06、GZ63/06和GZ69/06毒株的基因组核苷酸和氨基酸序列同源性均在99%以上,而GZ128/06株变异较其他3株大,编码区差异尤其明显.序列比对分析表明,GZ57/06、GZ63/06和GZ69/06毒株均与泰国2001年分离毒株ThD1/0049/01和ThD1/0102/01同源性最高,而GZ128/06毒株与缅甸1998年分离毒株D1.Myanrmr.31987/98同源性最高.这些新分离毒株与东南亚毒株属于同一基因型.结论 新分离毒株可能来自泰国等东南亚国家和地区,不同毒株表型差异可能与其基因组特征具有密切关系.     

肠道病毒71型景德镇分离株全基因组序列分析

目的分析2011年景德镇地区重症手足口病患儿标本肠道病毒71型(EV71)分离株2011JDZ35全基因组序列特征。方法采集重症手足口病患儿咽拭子标本,进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增分离病毒的全基因组序列,并进行全基因组核苷酸序列测定,参考EV71 A、B、C各基因型的参考毒株和国内外分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树。结果 2011JDZ35株的基因组长度为7406 bp,其中包括5’端非编码区(5’UTR)长742 bp,病毒基因组编码区(ORF)全长6582 bp及3’端非编码区(3’UTR)长82 bp。ORF编码含2193个氨基酸残基的多聚蛋白。2011JDZ35株基因组的结构与FY08-C30-P14、EV71/Ningbo.CHN/065/2010、HZ08/Hang-zhou/2008十分接近,整个基因组的核苷酸同源性分别为97.3%,97.3%,97.7%;氨基酸同源性为99.1%,99.2%,99.2%。均属于C4亚型,而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)及EV71国际标准株BrCr(U22521)差异较大,核苷酸同源性分别仅为77.5%,80.0%;氨基酸同源性为89.8%,94.8%。结论 EV71型病毒2011JDZ35株全基因组的组成和结构符合肠道病毒特征,与其他EV71型病毒具有相同的基因组结构,2011JDZ35株与中国大陆浙江宁波株亲缘关系最近,与阜阳株和杭州株等中国大陆内陆地区分离株较近,而与马来西亚、我国台湾、厦门分离株的差异较为明显,与国际标准株则有较大差异;2011JDZ35株与浙江宁波株具有共同的进化途径,推断2011JDZ35株与浙江宁波株可能共同来源于2008年中国大陆地区流行的EV71病毒株同一种系。     

1999年新分离的登革病毒福建株基因组非编码区的结构特征

目的：测定和分析我国登革2型病毒福建株（FJ－11）基因组非编码区（NCR）序列,为探讨其结构特征与功能的关系提供依据。方法：从登革2型病毒感染C6／36细胞中提总RNA,采用RACE法扩增病毒基因组5′和3′端片段,分别将其克隆至pGEM-T载体,挑取阳性克隆进行序列测定,利用RNAdraw软件对非编码区二级结构进行预测。结果与结论：我国登革2型病毒FJ－11株基因组5′和3′非编码区长度分别为96nt和454nt,具有黄病毒共有保守序列和二有结构。与登革2型病毒美洲基因型比较显示,5′NCR第69位核苷酸的改变对其二级结构有影响,3′NCR端约70nt能形成相同的保守结构,而前380nt呈现多处核苷酸的差异而导致峡谷者预测的二级结构差异较大,它们可能对病毒基因组RNA的复制起重要作用。     

厦门市儿童医院2019年手足口病患儿流行病学特征与病原分析

目的 了解2019年厦门市儿童医院就诊的手足口病患儿流行病学和病原特征.方法 收集2019年传染病报告卡手足口病病例,描述性分析其流行病学特征.采集粪便标本用实时RT-PCR法检测,分析手足口病病原构成.结果 2607例手足口病患儿进入流行病学分析,男女比为1.5∶1,以散居患儿为主,5岁以下患儿占94.8％;呈现4～...     

我国登革1型病毒广州株基因组全序列测定与分析

目的：对引起1980年广州登革热流行的登革1型病毒（GZ／80）株的基因组全序列进行测定,为进一步了解病毒基因组结构与功能的关系。从分子 水平探讨登革病毒的传播和流行规律及致病机制提供依据。方法：用广登革热流行期间从患者血清中分离的GZ／80株病毒感染乳腺,聚鼠脑制备病毒RNA。对基因组编码区分段进行RT－CR扩增,非编码区采用RACE法进行cDNA扩增。然后将特异产物纯化后与pGEM-Teasy载体连接,分别进行克隆测序。结果：GZ／80株基因组全长10735ng,5′和3′非编码区长度分别为94nt和465nt基因组单一的读码框架长度为10176ng,编码3392个氨基酸,与登革1型病毒16007株、WestPac74株、新加坡S275／90株和FGA／89株核苷酸序列的同源性分别为94％,93％,95％和91％;推测的氨基酸序列的同源性分别为98．0％,97．9％和97．1％。结论：GZ／80株基因组大小及结构与已知的登革1型病毒其他地区分离株一致。系统发生树分析显示,GZ／80株属于第Ⅱ基因型,与台湾87株、88株和泰国80株为同一基因型。提示广州登革热流行的病原可能来自我国。     

2014年兵团部分地区手足口病病毒分子流行病学分析

目的:通过对兵团部分地区手足口病病例标本的核酸检测结果进行分析,了解这些地区手足口病的病原学流行情况,为手足口病的预防控制提供参考依据.方法:采用荧光定量RT-PCR方法,对2014年我实验室收到标本进行检测,并对部分标本的VP1序列进行扩增测序,确定其基因型及突变情况.结果:150例被检患儿的粪便标本中有136例肠道通用型病毒阳性,核酸检测阳性率为90.67％.其中EV71型阳性者25例,占18.38％,Cox A16型阳性者95例,占69.85％,其他肠道病毒阳性者16例,占11.76％,其中EV71型的基因型为C4a,Cox A16型的基因型为B1b.结论:兵团这些地区的手足口病的发生有明确的季节与年龄特征,病原学分型也是以EV71型和Cox A16型为主,基因型分别为C4a和B1b,与全国其他地区的分子流行病学特征一致.     

2011年武汉及周边城市手足口病病原学及流行病学研究

目的 了解武汉市及周边城市2011年4月至2012年3月手足口病的病原学及流行病学特征,为本地区手足口病的防治提供依据.方法 采集手足口病患者咽拭子标本,采用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的核酸.结果 2011年4月至2012年3月共收集手足口病咽拭子标本1844例,其中EV71阳性372例,阳性率为20.2％;CA16阳性460例,阳性率为24.9％;EV71和CA16双阳性38例,阳性率为2.1％.在病例收集期间,武汉及周边城市暴发的手足口病有2个高峰期,第1个高峰期为2011年5～7月春末夏初季节,EV71亚型为主要病原体;第2个高峰期为2011年9～12月秋末冬初季节,CA16病毒为主要病原体;发病患者集中于1～3岁儿童,且男性明显多于女性;散居儿童人数明显多于幼托儿童;EV71亚型患者发热、中枢神经系统(呕吐、肢颤、嗜睡和惊厥)症状所占比例要显著高于CA16亚型.结论 2011年武汉市及周边城市2个手足口病高峰期的主要病原体分别是由EV71和CA16亚型引起的,及早了解手足口病病原体的构成及流行病学特征,对于其防控具有重要意义.     

我国三株登革2型病毒基因组全序列的测定及系统发生树分析

目的：测定我国３株登革２型病毒（ｄｅｎｇｕｅ２ｖｉｒｕｓ,ＤＥＮ２）流行株的全序列并确定其基因型。方法：运用ＲＴ－ＰＣＲ和５′,３′ＲＡＣＥ法测定我国３株登革 全序列,采用邻结法绘制系统发生树。：ＤＥＮ２－０４、４３、４４株的核苷酸及氨基酸差异分布于整个序列之中,ＤＥＮ２－０４与ＤＥＮ２－４３、４４共有２１个氨基酸位点的差异引起极性或电荷变化。ＤＥＮ２－０４株与ＪＡＭ株、越南分离株和泰国分离株同为     

SEN病毒中国分离株基因克隆及序列分析

目的：测定SENV-D亚型中国分离株的基因组序列，并对其进行初步分析。方法：根据国外已发表的SEN病毒基因序列设计特异性引物，应用套式PCR方法从一份非甲-非戊型(non-A-E)肝炎患者血清中，分段扩增了包括SENV-D型所有编码区(ORFs)长3175bp的DNA片段，将其克隆到T载体后测序。结果：测序结果经BLAST软件分析，与国外发表的3株D型SEN病毒SENV-D(AX025730)，SENV-D(AB059352)，TTV(AB028668)的核苷酸序列同源性分别为90％，88％和91％；与2株D型SEN病毒SENV-D(AX0Z5730)，TTV(AB028668)0RF1所编码蛋白的氨基酸同源性分别为93％和92％。ORF1蛋白中含有Rep蛋白(在病毒复制中起作用的一种蛋白)的两个保守基序，此外还有一个保守的ATP／GTP结合基序(P-loop)以及若干个高度保守的蛋白激酶磷酸化位点。结论：测定得到了SENV-D亚型中国分离株的基因组序列，有助于其检测方法及致病性的研究，并为研究SEN病毒的进化地位提供方便。     

免疫球蛋白对EV71染毒乳鼠的治疗作用

目的 考察人免疫球蛋白对肠病毒EV71型感染小鼠的治疗作用.方法 注射EV71病毒制作动物模型,以静脉用人免疫球蛋白为对照,观察不同给药时间和不同效价的特异免疫球蛋白抗EV71病毒感染的作用.结果 染毒1h内给药,不论人免疫球蛋白或特异免疫球蛋白,都能有效地抗EV71感染;24 h内给药时,特异免疫球蛋白治疗EV71病...     

广西首例HIV-1G亚型毒株的发现和近似全长基因组序列分析

目的获得广西首例HIV-1 G亚型毒株全长基因组序列并分析其来源。方法采集1例广西HIV感染者血浆,提取病毒RNA,利用逆转录巢式-PCR技术,分两段扩增病毒近似全长基因序列,对PCR产物进行核苷酸序列测定,利用MEGA软件对全长序列进行系统进化分析。结果获得了8800 bp长度的近似全长基因组序列,系统发育分析结果显示该毒株与HV-1 G亚型参考株成簇,Bootstrap值为99%,通过与世界上其他地区流行的HIV-1 G亚型毒株进行亲缘分析,该毒株与喀麦隆流行毒株的关系最近。结论在广西发现了首例HIV-1 G亚型感染者,推测该毒株是由境外传入的,应对广西地区流行的HIV-1毒株的来源和变异进行密切监测。     

广西首例HIV-1G亚型毒株的发现和近似全长基因组序列分析

目的获得广西首例HIV-1 G亚型毒株全长基因组序列并分析其来源。方法采集1例广西HIV感染者血浆,提取病毒RNA,利用逆转录巢式-PCR技术,分两段扩增病毒近似全长基因序列,对PCR产物进行核苷酸序列测定,利用MEGA软件对全长序列进行系统进化分析。结果获得了8800 bp长度的近似全长基因组序列,系统发育分析结果显示该毒株与HV-1 G亚型参考株成簇,Bootstrap值为99%,通过与世界上其他地区流行的HIV-1 G亚型毒株进行亲缘分析,该毒株与喀麦隆流行毒株的关系最近。结论在广西发现了首例HIV-1 G亚型感染者,推测该毒株是由境外传入的,应对广西地区流行的HIV-1毒株的来源和变异进行密切监测。     

手足口病病原体EV71的检测方法学比较

 目的 比较4种不同的方法对手足口病(hand-foot and mouth disease,HFMD)病原体肠病毒71型(enterovirus type 71,EV71)感染的检测效果。方法 非洲绿猴肾细胞(Vero)培养至对数生长期后,加入EV71病毒株感染。分别采用细胞病变效应法(cytopathic effect,CPE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(real time polymerase chain reaction,Real-Time PCR)、Western blot和免疫荧光法检测病毒感染情况,并对4种检测结果进行比较。结果 4种方法均可检测到EV71的感染,其中CPE最经济实惠,但是检测周期长,需要至少96 h,并且对病毒活力要求高;Western blot和免疫荧光检测相近,72 h即可完成实验,但灵敏度低,对病毒量有一定要求;Real-Time PCR检测既快速灵敏性又高,48 h即可完成实验。结论 不同的方法各有其优缺点,需要根据不同的需要进行选择,达到快速准确诊断病原体的目的。     

Comparison of gait patterns and functional measures between Charcot-Marie-Tooth disease type I and II in children to young adults

IntroductionCharcot-Marie-Tooth (CMT) disease is an inherited peripheral neuropathy that causes progressive distal extremity nerve degeneration and muscle atrophy which can negatively impact function, gait and quality of life. The purpose of this study was to determine if differences exist in gait patterns, clinical examination and functional measures between CMT type I (CMT1) and type II (CMT2) in childhood to young adults. It was hypothesized that individuals with CMT2 would present with greater ankle weakness, increased and/or prolonged ankle dorsiflexion in stance during gait and demonstrate greater disease severity on the CMT Pediatric Scale (CMTPedS) compared to CMT1.MethodsTwenty-seven individuals diagnosed with CMT1 or CMT2 underwent three-dimensional gait analysis, clinical examination and evaluation of disease severity using the CMTPedS. Subjects groups were divided based on CMT type: CMT1 (n = 20) and CMT2 (n = 7).ResultsCMT2 group presented with a trend towards increased plantar flexion weakness compared to CMT1 of 61.1 ± 58.1 N to 137.9 ± 51.4 N (p < 0.012), respectively. CMT2 presented with significantly decreased dorsiflexion strength, 31.9 ± 30.9 N, compared to CMT1, 80.4 ± 37.4 N, (p < 0.0052) which negatively influenced gait patterns in CMT2. Associated gait findings demonstrated CMT2 group with significantly decreased peak ankle power generation in stance compared to CMT1 (1.46 ± 0.39 W/kg to 3.13 ± 0.98 W/kg respectively) (p < 0.0001). CMT1 was more likely to demonstrate a dorsiflexion moment in loading response than CMT2. There was a consistent trend of a higher score and therefore greater disease severity for CMT2 based on CMTPedS.ConclusionStudy results suggest that at a given age, individuals with CMT2 have greater limitations in terms of gait function and disease severity than individuals with CMT1. Overall the CMT2 was shown to have greater gait limitations at the ankle during stance and swing with associated compensatory mechanisms at the knee and hip in swing.     

肝硬化患者红细胞CR1分子基因多态性及数量表达的变化

 目的研究肝硬化患者红细胞补体受体Ⅰ型分子(Complement receptor type 1,CR1)密度相关基因多态性、数量表达及活性的变化.方法采用PGR和HindⅢ酶切技术测定红细胞CR1分子基因多态性,采用酶联法定量测定红细胞GR1分子的数量,采用红细胞天然免疫粘附功能实验测定红细胞CR1分子粘附活性.结果肝硬化患者红细胞CR1分子密度相关基因多态性与正常人相比,差异无显著性意义(P＞0.05),但其红细胞CR1分子的数量表达及活性明显低于正常健康人群(P＜0.01),失代偿性乙肝后肝硬化患者的CR1分子数量明显低于代偿性乙肝后肝硬化患者(P＜0.05),但肝功正常的肝硬化患者红细胞CR1分子数量与正常人比较无明显变化(P＞0.05).结论肝硬化患者红细胞GR1分子数量表达及活性缺陷可能是后天因素引起;测定肝硬化患者红细胞CR1分子的数量对临床病情判断及发展预测有重要参考价值.     

16S rRNA全基因序列分析鉴定我国南方蜱中单核细胞埃立克体

目的 :测定蜱中单核细胞埃立克体的 16SrRNA全基因序列 ,鉴定病原菌。方法 :应用从16SrRNA基因构建的特异和通用引物进行PCR ,从越原蜱标本中分段扩增查菲埃立克体DNA ,进行克隆和序列测定 ;将其连成完整序列与埃立克体族中其他微生物进行同源性比较 ,并以相等数量定位碱基的核苷酸序列进行遗传发育分析。结果 :测定序列全长 146 3bp ,与美国查菲埃立克体分离株的 16SrRNA基因序列相差 6个核苷酸 ,同源性为 99.6 % ,遗传发育分析两者无明显差异 ;与犬埃立克体、尤氏埃立克体、小鼠埃立克体的同源性为 97.5%～ 98.0 % ,属于同一个基因群 ;与其他埃立克体种的同源性为 83.0 %～ 92 .9%。结论 :首次报道了我国南方蜱中埃立克体的 16SrRNA全序列 ,确定了其分类位置 ,为进一步开展疫源地调查奠定了基础