基于网络药理学和分子对接研究金银花-黄芪药对治疗骨髓炎的分子机制

目的 运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制,为临床用药提供科学依据.方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选,同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点,构建Venny图寻找共同靶点;运用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网...     

基于网络药理学和分子对接方法探讨黄芪多糖治疗慢性心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法分析黄芪多糖治疗慢性心力衰竭的分子生物学机制.方法 利用Swisstarget数据库筛选出黄芪多糖活性成分的作用靶点,利用GeneCards数据库筛选慢性心力衰竭疾病作用相关靶点.利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape构建蛋白互作网络进行可视化分析,利用Da...     

基于网络药理学和分子对接探索桂枝茯苓丸治疗卵巢癌的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探索桂枝茯苓丸治疗卵巢癌的主要活性成分和作用机制.方法:使用TCMSP数据库检索并筛选桂枝茯苓丸中每味中药的活性成分,在Uniprot数据库找出药物活性成分的作用靶点,通过Cytoscape软件的Network Analyzer功能筛选出药物的主要活性成分及靶点.使用Genecards...     

基于网络药理学及分子对接发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制。方法:TCMSP查询当归-川芎药对的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;GeneCards网站在线获取肺栓塞的疾病靶点,Venny 2.1在线获取药物和疾病交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析并使用Cytoscape构建网络图,利用Metascape进行GO和KEGG分析。使用Cytoscape软件构建“药物-靶点-通路”网络图。PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。建立肺栓塞大鼠动物模型,治疗组予以中药当归-川芎药对灌胃治疗2周,对照组予以等量水灌胃,酶联免疫法检测两组大鼠血清相应靶点蛋白表达。结果:当归-川芎药对中的8个有效成分通过多条通路直接作用于25个疾病靶点治疗肺栓塞,其中β-谷甾醇、豆甾烯醇、杨梅酮、芎萘呋内酯等是核心成分,半胱氨酸蛋白酶3（caspase 3,CASP3）、雌激素受体1（estrogen receptor alpha,ESR1）、肉瘤病毒17癌基因（JUN）、前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）是核心靶点。GO富集分析结果显示,交集基因最可能相关的生物过程主要涉及细胞对形态发生、激素反应、有机环化合物的反应等,细胞组分主要涉及膜筏、膜微区、线粒体外膜等,分子功能主要涉及半胱氨酸内肽酶活性、泛素蛋白连接酶、蛋白二聚酶活性等。KEGG通路富集分析结果提示当归-川芎药对主要参与低氧诱导因子-1（HIF-1）、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路。分子对接结果提示核心成分与重要靶点间的结合性较好。酶联免疫检测显示治疗组血清ESR1、JUN、PTGS2蛋白表达均高于对照组（t=-8.018、-10.370、-6.545,均P＜0.01）。结论:当归-川芎主要通过调节HIF-1、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路的ESR1、JUN、PTGS2等疾病靶点,干预酶的活性、脂代谢、神经变性等生物学过程,进而治疗肺栓塞。     

基于网络药理学和分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病作用机制研究

目的 利用网络药理学联合分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病(alzheimer's disease,AD)的关键分子机制,以期为AD的治疗提供新的作用药物.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库分析石菖蒲的相关化学成分及作用靶点,检索GeneCards、Pharm Mapper、治疗靶标数据库(T...     

基于分子对接和网络药理学探讨绞股蓝-半枝莲药对防治大肠癌的作用机制

目的:应用分子对接和网络药理学方法,预测绞股蓝-半枝莲药对防治大肠癌的潜在靶点及信号通路.方法:通过TCMSP数据库检索绞股蓝-半枝莲的主要活性化合物,并筛选出两味中药活性成分的作用靶点;借助GeneCards、TTD、CTD数据库获取大肠癌的相关靶标.利用STRING数据库和Cytoscape3.6.1软件构建药物-...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草治疗银屑病的作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接探索紫草治疗银屑病的作用机制.方法 通过TCMSP、Pub-Chem及Swiss Targe Prediction数据库和Gene Cards、OMIM数据库筛选紫草活性成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络,筛选紫草治疗银屑病的活性成分及靶点;基于R软件进...     

基于网络药理学及分子对接探讨骨碎补-补骨脂药对治疗骨转移癌痛的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨骨碎补-补骨脂治疗骨转移癌痛的作用机制.方法 通过文献查找、TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库获取骨碎补-补骨脂的活性成分及其对应的靶点,通过GeneCards数据库获得骨转移癌痛相关的靶点,利用Venn在线软件获取"化合物-疾病"共同靶点,运用Cytoscape 3.7...     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学结合分子对接探讨中药枸骨叶抗肿瘤的作用机制

目的 从网络视角出发,探讨枸骨叶抗肿瘤的的可能作用机制,为其临床使用提供依据.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书数据库(ETCM)及查阅相关文献,获取枸骨叶的有效成分及潜在靶点.利用人类基因组注释数据库(GeneCards)结果对比,获得枸骨叶与肿瘤重合的潜在靶点基因,并通过Cytos...     

基于网络药理学和分子对接技术探究骨疏灵治疗骨质疏松的有效成分及作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术探究由淫羊藿、牛膝、黄芪、牡蛎组成的骨疏灵治疗骨质疏松(Osteoporosis,OP)的有效成分及作用机制,为新药研发及院内复方制剂临床推广运用提供参考.方法 通过TCMSP、中药与化学成分数据库获取淫羊藿、牛膝、黄芪、牡蛎的主要化学成分及其靶点,根据ADME属性筛选各中药活性成分;...     

基于网络药理学探讨黄芪-黄连药对治疗冠心病作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨黄芪-黄连药对治疗冠心病的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索黄芪-黄连药对的化学成分和作用靶点,通过Cytoscape 3.7.1绘制活性成分-靶点网络图.利用DisGeNET、GeneCards数据库检索冠心病相关靶点,取交集靶点上传至STRING11.0...     

基于网络药理学及分子对接探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病的潜在机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease, AD）的活性成分和潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和DisGeNET数据库及查阅文献收集并获取熟地黄和山茱萸的主要化学成分、作用靶点及AD疾病的相关靶点。将疾病靶点与药物靶点取交集获得熟地黄-山茱萸药对治疗AD的潜在靶点,将这些交集靶点导入STRING数据库,建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络。利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析并提取核心靶点,利用CytoNCA插件计算度值,筛选出药对的关键成分。通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,并构建“中药-相关关键成分-关键靶点-通路”网络,然后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 筛选出熟地黄-山茱萸药对治疗AD的10个关键成分、718个药物靶点和450个疾病靶点,药物与疾病的共同靶点120个。PPI网络最终...     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨真武汤治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接方法探讨真武汤治疗慢性肾衰竭( CRF)的作用机制.方法:采用TCMSP数据库筛选真武汤中有效成分及靶点,并将靶点导入Uniprot数据库匹配基因名.利用OMIM、Drugbank、Genecards、CTD数据库筛选CRF靶点并与真武汤靶点取交集.将交集靶点导入STRING数据库进行PP...     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接探究六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制.方法:运用中药网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味中药的主要成分,通过SwissTargetPrediction、SEA和PharmMapper共同预测化合物的靶点,运用Cy-toscape构建成分-靶点网络.通过DisGeNET、T-HO...