基于网络药理学的中药蒲公英治疗乳腺癌作用机制研究

目的:运用网络药理学筛选蒲公英治疗乳腺癌的有效成分及对应靶点,构建"药物-有效成分-疾病-靶点"网络,探讨蒲公英治疗乳腺癌的作用机制。方法:通过Batman TCM、PubChem及SwissTargePrediction数据库和GeneCards、OMIM数据库筛选蒲公英有效成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件...     

基于网络药理学探讨散结消瘤方治疗乳腺癌的作用机制

目的：基于网络药理学方法探究散结消瘤方治疗乳腺癌的主要作用靶标和主要通路。方法：通过TCMSP平台检索散结消瘤方的活性成分及其对应靶标。利用UniProt和GeneCards数据库获得潜在靶标基因。使用Cytoscape 3.9.0软件构建散结消瘤方的“成分-靶标”网络。使用Bioinformatics平台将药物靶蛋白和疾病靶点相映射,并绘制Venny图。结合STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用Database for Annotation、DAVID生物信息资源数据库对散结消瘤方的作用靶标进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：获得散结消瘤方主要活性成分196种,包括β-谷甾醇、木犀草素、甘草查尔酮及槲皮素等,其中与乳腺癌相关的作用靶标有112个,包括肿瘤蛋白P53、雌激素受体1、丝氨酸特异性蛋白激酶1、原癌基因、氨基端激酶等。涉及的生物过程为激素应答、无机物反应等;细胞组分为激酶结合、蛋白质激酶结合等;分子功能为转录调节复合物、膜筏等。主要涉及癌症途径、脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白...     

基于网络药理学探讨黄芩苷治疗转移性乳腺癌的作用机制

目的 采用网络药理学的方法探讨黄芩苷治疗转移性乳腺癌的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）搜索获取黄芩苷的药代动力学（ADME）等数据,用Pharmmapper数据库预测黄芩苷的作用靶点;运用GeneCards数据库搜索获取转移性乳腺癌疾病靶点;运用Venny 2.1.0在线工具,获取黄芩苷与转移性乳腺癌的共同靶点,再用String数据库构建互作网络（PPI网络）并分析,获取核心靶点;最后运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,获得生物学过程及核心作用通路。结果 获取黄芩苷的作用靶点399个,转移性乳腺癌的疾病靶点3 188个,药物和疾病共同靶点206个;String数据库PPI网络分析得到核心靶点62个,包含MAPK1、AKT1、PIK3R1、HSP90AA1、SRC、Bcl-2等;GO富集分析得到134个生物过程（BP）、51个分子功能（MF）、24个细胞成分（CC）,主要涉及信号转导、凋亡过程的负调控、炎症反应、蛋白磷酸化、细胞增殖、细胞迁移、MAPK级联、血管生成等生物学进程;KEGG通路分析得到信号通路88条,包括癌症的途径、PI3K/Akt信号通...     

基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌分子机制

目的：基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选三物黄芩汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找乳腺癌相关靶点基因,取三物黄芩汤靶点基因与乳腺癌相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“三物黄芩汤活性成分-潜在靶点-乳腺癌”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果：TCMSP数据库筛选得到三物黄芩汤有效活性成分83个,主要包括有木犀草素、槲皮素、菜豆素、汉黄芩素、黄芩素、黄芩苷以及地黄多糖等。与乳腺癌相关潜在作用靶基因99个,KEGG富集通路分析主要包括脂质-动脉粥样硬化信号通路、化学致癌作用-受体激活通路、PI3K/Akt信号通路以及IL-17信号通路等。结论：三物黄芩汤具有多活性成分,能通过多靶点、多通路发挥乳腺癌治疗作用。     

基于网络药理学探讨京大戟抗乳腺癌的作用机制

目的:运用网络药理学的方法分析京大戟治疗乳腺癌的潜在作用机制.方法:通过运用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索获取京大戟的化合物成分及相关靶点,使...     

基于网络药理学探讨甘草-枳壳活性成分抗乳腺癌作用机制

目的:基于网络药理学进行数据挖掘,探讨甘草-枳壳的抗乳腺癌的潜在活性成分和可能作用机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选的甘草-枳壳活性成分与药物数据库Therapeutic Target Databas(TTD)数据库检索的乳腺癌靶点进行了对比分析,归纳总结出甘草-枳壳中活性成分抗乳腺癌作用的主要潜在靶点,利用Cytoscape 3. 7. 1软件构建甘草-枳壳活性成分-靶点-疾病网络并进行分析。结果:根据类药性(DL)及口服生物利用度(OB)相关条件筛选获得甘草-枳壳活性成分-乳腺癌靶标网络图,该网络总共包括133个节点,化学成分116个,乳腺癌药物靶点有17个;与乳腺癌药物靶点相互作用的甘草活性成分有109个;与乳腺癌药物靶点相互作用的枳壳活性成分有6个;与乳腺癌药物靶点相互作用的枳壳、甘草共有的活性成分有1个;网络图中有400个乳腺癌靶点-相互作用靶标对。结论:甘草-枳壳抗乳腺癌作用的发挥是基于多成分、多通路和多靶点的整体药效效应,挖掘了抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

运用数据挖掘联合网络药理学探索中医治疗三阴性乳腺癌用药规律及机制

目的 挖掘目前中医复方治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的组方用药规律,分析处方相关的药物靶点及疾病通路,探索核心处方的潜在作用机制.方法 检索纳入CNKI、维普、万方、SinoMed中关于TNBC的中医临床文献,通过TCMISS软件分析组方用药规律;运用网络药理学方法获取核心处方的有效成分、治疗TNBC相关治疗靶点及靶点间...     

基于网络药理学与分子对接的蒲公英抗乳腺癌的机制研究

[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络（PPI）,并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...     

基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的作用机制

【目的】 基于网络药理学探讨穿心莲抗癌的潜在作用机制。【方法】 应用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选穿心莲的潜在活性化学物质,借助GeneCards数据库、OMIM数据库平台筛选治疗癌症的作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图,借助 String 数据库平台构建蛋白质相互作用（PPI）网络。最后应用Bioconductor平台和R语言进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。【结果】 通过筛选得到穿心莲的潜在活性成分24个,涉及71个疾病作用靶点,其中与癌症相关作用靶点31个。主要活性成分为汉黄芩素、mono-O-methylwightin、quercetin tetramethyl（3’,4’,5,7）ether、千层纸素A等。主要通过调控AR、ERS1、IL-6等靶点基因及p53信号通路、甲状腺激素信号通路、催乳素信号通路等发挥抗肿瘤作用。主要抗癌病种为乳腺癌与前列腺癌。【结论】 应用网络药理学的方法预测出穿心莲治疗癌症的可能作用机制,为其进一步研究提供新的思路与线索。     

基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的"化合物—靶点—通路"网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。     

基于网络药理学黄芩治疗艾滋病作用机制研究

目的:通过网络药理学方法研究黄芩治疗艾滋病的作用机制。方法:在线检索黄芩的化学成分、作用靶点及艾滋病的疾病基因,建立蛋白互作网络。通过在线DAVID进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,明确黄芩治疗艾滋病的生物学过程及信号通路。结果:收集到黄芩36个高效化合物、110靶点,与艾滋病的1 781个疾病靶点进行基因映射,得到48个映射基因;构建蛋白互作网络,得到4个关键的化合物:金合欢素、汉黄芩素、三羟黄酮、β-谷甾醇,3个关键靶点:Bax、Bcl2、CASP8。GO功能分析显示,艾滋病的基因功能主要是炎症应答、细胞质、染色质结合等方面。KEGG信号通路富集分析得到肿瘤信号通路、p53信号通路、PI3K-AKT信号通路等条目。结论:通过网络药理学分析,中药黄芩可能通过其所含金合欢素、汉黄芩素、三羟黄酮、β-谷甾醇,作用于肿瘤信号通路、p53信号通路、PI3K-AKT信号通路的Bax、Bcl2、CASP8靶点,调控炎症应答、细胞质、染色质结合等达到治疗艾滋病的作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨山慈菇-漏芦药对治疗乳腺癌作用机制

目的:应用网络药理学的研究方法筛选山慈菇-漏芦药对治疗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,通过体外实验明确其作用机制.方法:通过运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索获取山慈菇-漏芦的主要化学成分及相关作用靶点;使用GendCards筛选乳腺癌疾病的相关靶标基因;通过Venn软件筛选出药物与疾病的共同作用靶点;...     

基于网络药理学分析山慈菇-浙贝母药对治疗乳腺癌的作用机制

目的:基于网络药理学探讨山慈菇-浙贝母药对治疗乳腺癌的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集山慈菇、浙贝母的活性成分和靶点,并通过Uniprot数据库选择对应的药物作用蛋白质名称对应基因名,通过Cytoscape 3.7.2构建“药物-活性成分-靶点”网络图,同时检索疾病数据库(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获得乳腺癌相关靶点。使用Cytoscape 3.7.2构建“活性成分与乳腺癌交集靶点”蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对PPI网络节点进行筛选,得出关键靶点;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:研究从山慈菇-浙贝母药对中筛选获得10个重要活性成分,包括β-谷固醇,豆甾醇,2-甲氧基-9,10-二氢菲-4,5-二醇,哲贝瑞醇等,作用于FUS和RPL24等71个关键靶点。GO富集分析共鉴定出31个条目,包括细胞组分3项、分子功能8项、生物学过程20项。此外,KEGG富集通路分析共确定了14条富集通路。结论:山慈菇-浙贝母药对治疗乳腺癌的作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能是通过调控癌症途径、调控信号通路途径、调控介导细胞成熟和改变细胞周期等多个方面发挥治疗乳腺癌的作用。本研究为后续进一步研究提供思路和借鉴。     

基于网络药理学和实验验证探讨小金丹治疗乳腺癌作用机制

目的 采用网络药理学方法结合实验验证探究小金丹治疗乳腺癌的作用及分子机制。方法 通过TCMSP、TCM-ID、ETCM及SwissTargetPrediction数据库筛选小金丹的化学成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、KEGG数据库收集乳腺癌相关靶点,将药物与疾病共同靶点导入STRING数据库分析蛋白相互作用（PPI）,通过Cytoscape3.8.0根据节点拓扑参数值筛选PPI网络的关键靶点,采用DAVID数据库进行KEGG通路和GO富集分析,构建药物-化学成分-关键靶点-信号通路网络。采用人乳腺癌细胞株MDA-MB-231和SK-BR-3研究小金丹提取物对细胞凋亡、迁移和侵袭能力的影响,并对富集得到的关键通路进行验证。结果 筛选得到小金丹中槲皮素、杨梅素、乔松素、β-谷甾醇等181个化学成分,小金丹治疗乳腺癌作用的潜在靶点615个。通过PPI网络节点拓扑参数值筛选得到170个关键靶点,涉及SRC、ERK1/2、AKT1、EGFR等核心靶点。KEGG通路富集分析显示,癌症中的通路、MAPK信号通路、内分泌抵抗信号通路、PI3K-AKT信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂...     

基于网络药理学探讨西黄丸抑制三阴性乳腺癌关键靶点及免疫学机制

目的:利用网络药理学手段探讨西黄丸抑制三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)的关键分子靶点及其免疫学机制.方法:利用TCMSP数据库对西黄丸组分药物作用靶点进行筛选,OMIM数据库、Genecard数据库以及TCGA数据库用于筛选三阴性乳腺癌的病理靶点,使用STRING在线...     

基于网络药理学分析疏肝健脾解毒方抗乳腺癌潜在靶点和作用机制

目的:通过网络药理学预测疏肝健脾解毒方治疗乳腺癌的作用靶点及信号通路,利用分子对接验证靶点和有效物质间相互作用,探讨该组方潜在的作用机制.方法:挖掘基因表达数据库(GEO)中的基因表达谱(GSE83591)数据获取乳腺癌差异表达基因;通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选疏肝健脾解毒方中郁金、柴胡、茯苓、白术、白花蛇舌草、半枝莲、蒲公英的活性成分,筛选条件为:口服生物利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18.基于TCMSP数据库获取疏肝健脾解毒方的活性成分及其对应靶点,再将药物与疾病靶点进行取交集且可视化构图.利用Cytoscape进行药物-疾病靶点基因所编码蛋白质相互作用(PPI)网络的构建,并对其进行网络拓扑分析.利用R语言对药物-疾病靶点基因进行GO和KEGG Pathway富集分析.以180≤NW≤500,OB≥30％,DL≥0.18为筛选条件,筛选疏肝健脾解毒方中的791种成分,并与有靶点蛋白的活性成分进行交叉对比,筛选出重合物质进行分子对接.结果:筛选出活性成分82个,获得对应靶点239个,构建药物-疾病靶点网络图,PPI网络通过拓扑分析共筛选出21个关键基因.疏肝健脾解毒方抗乳腺癌与β2肾上腺素能受体、原癌基因c-Fos、肝细胞生长因子受体等有关,疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的生物过程与对活性氧的反应、氧化应激反应有关,疏肝健脾解毒方主要通过调节放松信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的年龄-年龄信号通路、类风湿性关节炎信号通路、安非他明成瘾信号通路等发挥抗乳腺癌的作用.beta-sitosterol(β-谷甾醇),Stigmasterol(豆甾醇),Cubebin(荜澄茄素),3β-acetoxyatractylone(3β-乙酰氧基苍术碱)可能作用于ADRB2基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于JUN基因;luteolin(木犀草素),quercetin(槲皮素)可能作用于MMP9基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于PRKCA基因;quercetin(槲皮素),kaempferol(山奈酚)可能作用于STAT1基因;quercetin(槲皮素)可能作用于BIRC5基因.结论:本研究采用网络药理学,分子对接技术分析了疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步治疗乳腺癌的作用靶点及药效基础物质提供了有效的参考.     

基于网络药理学研究川芎治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学研究川芎治疗冠心病的作用机制。方法以化合物口服药物生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,根据中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库预测和筛选川芎化合物及治疗冠心病的作用靶点。然后,Cytoscape 3.5.1软件构建川芎化合物-靶点网络,String平台构建靶点蛋白相互作用网络,生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果从川芎中筛选得到7个化合物,作用于31个冠心病靶点,关键靶点包括血管性血友病因子、凝血因子2、跨膜受体蛋白1、心肌细胞增强因子2 A、超氧化物歧化酶1、氧化氮合酶2等,参与对缺氧的反应、对过氧化氢的反应、血压调节、心脏发育、凝血功能等生物过程,调节补体级联与凝血级联、缺氧诱导因子-1信号通路、过氧化物酶体等代谢通路。结论川芎可能主要通过抗氧化、抗炎、抗凝血、促进血管生成、扩张血管、调节血压等方面来治疗冠心病。