苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎活性成分和潜在靶点的网络药理学

目的:基于网络药理学预测苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中药数据库检索苦参-地榆药对的化学成分和靶基因,以口服生物利用度(OB)>30％和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP预测药对的潜在靶点.运用Uniprot数据库...     

基于网络药理学对黄连抗结直肠癌作用机制的分析＊

目的基于网络药理学分析方法探讨黄连抗结直肠癌的物质基础和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)及文献检索收集黄连的主要活性成分,并利用PubChem得到其活性成分的结构信息。采用SwissTargetPrediction数据库检索活性成分作用靶点,在GeneC ards和Open Targets数据库检索结直肠癌疾病相关靶点,并与活性成分靶点取交集作为黄连治疗结直肠癌的潜在作用靶点,导入Cytoscape构建黄连活性成分-结直肠癌疾病靶点网络图。利用STRING构建靶蛋白互作网络。根据拓扑分析筛选黄连治疗结直肠癌的关键药效成分与核心靶点。应用DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对核心治疗靶点进行GO生物学功能及KEGG通路富集分析。结果黄连62个活性成分通过调控91个结直肠癌相关的疾病靶点,产生了134对化合物-靶点关系,其中黄酮醇类(如槲皮素)和生物碱类(如小檗碱)均发挥了中药作用,参与了体内细胞对化学压力的反应、氧化应激、磷酸化、蛋白激酶B信号传导等生物过程,干预PI3K-AKT、蛋白聚糖、Ras、Rap1、ErbB、HIF-1、FoxO、VEGF、花生四烯酸代谢等信号通路发挥抗结直肠癌的作用。结论黄连中的黄酮醇类和生物碱类等多成分,可通过多靶点、多通路协同发挥抗结直肠癌的作用,CA1、CA12、CA2、CA9、AKT1、EGFR、PTGS2和SRC等可能是其核心治疗靶点,PI3K-AKT、Ras、Rap1和VEGF等可能是其主要作用通路。     

基于网络药理学分析四君子汤治疗结直肠癌的作用机制

目的:探讨四君子汤治疗结直肠癌的作用机制。方法:以网络拓扑参数筛选方法构建四君子汤治疗结、直肠癌的化合物-靶标核心网络;使用网络稳定性测试的方法寻找四君子汤治疗结直肠癌的核心化合物。结果:得到包含化合物7个及靶标33个的四君子汤治疗结直肠癌化合物-靶标核心网络;使用鲁棒性进行网络稳定性检测,得到四君子汤核心化合物4种,包括高丽槐素、罗通定、山萘酚和常春藤皂苷元;富集分析发现4种化合物与四君子汤强关联PI3K-Akt信号通路、cGMP-PKG信号通路及PPAR信号通路。结论:四君子汤治疗结、直肠癌的潜在作用机制可能是通过调控PI3K-Akt、cGMP-PKG和PPAR信号通路及药物结合、质膜区响应和肠神经元,进而影响脂代谢、细胞生存、细胞周期与细胞凋亡。     

基于网络药理学方法的左金丸治疗结直肠癌的作用机制分析

目的：运用网络药理学方法探究左金丸治疗结直肠癌的潜在效应机制。方法：依托中药系统药理学分析平台收集左金丸中黄连和吴茱萸的化学成分和靶点信息,通过疾病基因库收集结直肠癌疾病基因,并通过维恩分析、蛋白互作分析以及Cytoscape的可视化功能,构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络和成分-靶点-通路网络,分析左金丸治疗结直肠癌的效应机制。结果:从左金丸化合物-靶点网络得到234种成分和482个核心靶点(其中活性成分36个,核心靶点72个),结直肠癌基因737个,PPI网络包含50个蛋白,其主要蛋白涉及PIK3CA、AKT1、TP53、HIF-1α、BAX和MYC等。基因GO本体条目283条,涉及核质、细胞凋亡、基因表达调控等方面, KEGG通路58条,主要涉及有癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、结肠癌、膀胱癌、乙型肝炎,以及HIF-1信号通路、PI3K信号通路和FOXO信号通路等,其结果有待进一步的实验验证。结论：结合文献报道和预测分析,左金丸可能的作用机制与以下相关：①调节机体免疫耐受能力,增强宿主免疫抵抗,抑制炎症对肠粘膜的持续性刺激,进而阻止了细胞的异常增生;②通过上调抑癌基因,下调癌症相关因子,促进肿瘤细胞发生凋亡;③降低肿瘤细胞的耐受缺氧环境,促进细胞细胞发生凋亡及上皮间质的转移。     

基于网络药理学预测苦参治疗肝癌的分子机制

目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制.方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TC-MSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点.通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软...     

基于网络药理学探讨四君子汤治疗结直肠癌靶点及通路研究

目的:通过网络药理学方法预测四君子汤治疗结直肠癌潜在的作用靶点及信号通路。方法:利用TCMSP获得四君子汤的化学成分及作用靶点,结合Swiss Target Prediction网站进行靶标垂钓;通过TTD、OMIM、Drugbank和GeneCards数据库收集结直肠癌相关靶点。运用Venn图取药物和疾病交集靶点,并...     

基于网络药理学探讨苦参治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学方法分析苦参治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的潜在作用机制,以期为苦参的进一步研究及UC的新药研发提供参考。方法:运用中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选苦参中有效成分作用靶点,通过TTD、Drugbank、Uniprot、DisGeNET数据库收集UC相关的靶点,使用R软件筛选出共同靶点,运用STRING数据库分析蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)关系,利用Cytoscape3.6.1软件中的Network Analyzer模块及cytoHubba App筛选出核心靶点。最后通过DAVID进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析研究其作用机制。结果:苦参中共有82个有效成分,对应靶点973个,与UC疾病靶标映射后获得108个共同靶点,主要富集在116个生物过程和55条信号通路中。结论:苦参可能通过IL1B、IL6、IL10、EGFR、TP53、CTNNB1、CAT、TNF、ESR1等多个靶点调控HIF-1、TNF、NF-κB、FoxO、NLRs、PI3K-Akt、VEGF、AA等多个通路,进而对消化系统、免疫系统等多系统进行干预,抑制UC炎症损伤。     

基于网络药理学及分子对接探究六君子汤治疗结直肠癌的作用机制

目的：采用网络药理学分析方法探究六君子汤治疗结直肠癌的药理机制。方法：应用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）检索六君子汤中的中药活性成分及作用靶点;通过Gene Cards、OMIM、TTD、Drug Bank四个数据库获取结直肠癌疾病靶点;借助STRING数据库及Cytoscape软件分析六君子治疗结直肠癌的关键靶点;运用Metascape平台进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接,初步验证药物结合力。结果：筛选出六君子汤主要活性成分132个,主要包括槲皮素、山柰酚、柚皮素等;活性成分对应的作用靶点277个;结直肠癌疾病相关靶点1 508个;二者共同靶点138个,核心靶点有前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)等。GO和KEGG结果分析表明六君子汤治疗结直肠癌可能涉及的信号通路有磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、白细胞介素-17、T细胞受体等;分子对接结果显示,7-甲氧基2-甲基异黄酮、苜蓿毒素等主要活性成分与PTGS2、过氧化物酶体增...     

基于网络药理学预测五眼果活性成分、作用靶点及疾病谱

目的 运用网络药理学方法预测五眼果活性成分、作用靶点及可能干预的疾病。方法 通过文献检索五眼果果核的活性成分,利用Chemdraw绘制化学结构,并运用SwissADME筛选有效活性成分,经TCMSP、Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在作用靶点,使用STRING平台构建靶点相互作用(PPI)网络,在Metascape数据库对潜在作用靶点进行GO及KEGG通路富集分析,利用DAVID数据库进行疾病分析,然后运用Cytoscape 3.8.0软件构建“成分-靶点”“成分-靶点-疾病”网络,提取核心成分并预测可能干预的疾病。结果 共得到15个有效成分对应167个靶点。以“成分-靶点-疾病”网络及PPI网络分析结果显示,鞣花酸、柚皮素、β-谷甾醇、没食子酸、棕榈油酸、原儿茶酸可能是发挥药效的主要物质基础;相关度较高的靶点为AKT1、TP53、MAPK3、CASP3、SRC等。GO和KEGG富集分析结果表明,其潜在靶点具有抗炎、抗氧化、调节蛋白激酶、脂质代谢过程的作用,并且对癌症、代谢性疾病、肾脏疾病、精神疾病、呼吸系统疾病等影响较大。结论 该研究初步揭示了五眼果果核...     

基于网络药理学的防己主要活性成分及药理作用机制分析

目的基于网络药理学方法预测防己主要活性成分及药理作用机制。方法通过TCMSP、UniProt数据库检索筛选防己的化学成分、靶点、疾病,利用DAVID数据库进行GO与KEGG富集分析,Cytoscape绘图。结果筛选出防己7个活性成分,77个潜在靶点基因和168种疾病,GO富集分析获得140条目,KEGG获得58条信号通路。结论防己具有多成分、多靶点及多途径协同作用的特点,通过网络药理学技术分析防己活性成分与潜在靶点的作用机制,可为进一步研究防己药理作用、挖掘新功能及拓宽其应用提供研究思路。     

基于网络药理学的半枝莲抗肿瘤活性成分及整合作用机制研究

目的利用网络药理学方法探索半枝莲抗肿瘤的活性成分和分子作用机制。方法采用类药五原则筛选活性成分,经分子对接获得半枝莲活性成分的靶蛋白并于CTD数据库中获得靶点相对应的疾病,运用网络可视化软件,构建分子-靶点-疾病相互作用网络;同时进行蛋白质相互作用分析,通过生物学信息注释库(DAVID)对靶点进行生物代谢通路分析。结果半枝莲中有72个活性成分可与14个以上的肿瘤相关靶蛋白相互作用,半枝莲临泉生物碱D、barbatellarine E、半枝莲碱A等在内的二萜类成分是半枝莲抗肿瘤的主要活性成分。网络分析显示,半枝莲主要活性成分可作用于蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)、碳酸酐酶2(CA2)、周期蛋白依赖性激酶(CDK2)、视黄酸α受体(RXRA)等关键靶蛋白,参与调控VEGF信号通路、FcεRI信号通路以及Fox O信号通路。结论半枝莲可通过抗炎、抑制肿瘤血管生成等过程发挥多靶点、多通路的协同抗肿瘤作用。     

基于网络药理学探讨增液汤的物质作用基础及机制研究

目的使用网络药理学探讨增液汤的物质作用基础及可能机制。方法基于BATMANTCM、TCMSP、Chemistry Database、DrugBank和UniProt公共数据平台筛选增液汤的有效化学成分及其对应靶点并建立可视化网络模型;利用David及OmicShare数据库对靶标进行KEGG通路富集、基因本体论(GO)分析;靶标相互作用分析基于STRING,并利用Cytoscape进行拓扑参数分析,寻找核心靶点及主要信号通路。结果增液汤共筛选出51个有效成分,对应靶点数目为373个;GO及KEGG富集结果显示其功能多集中在代谢、细胞增殖、免疫系统等,可能与脂肪细胞因子信号通路、钙信号通路、代谢通路等相关;靶标相互作用及网络拓扑分析可知其核心靶点共12个。结论增液汤有效成分及靶点多样,通路丰富,为其临床治疗及应用提供理论基础。     

基于网络药理学探讨复方苦参汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 应用网络药理学研究复方苦参汤治疗溃疡性结肠炎的物质基础及其可能的作用机制.方法 应用TCMSP数据库挖掘复方苦参汤潜在活性成分及其药物靶点,通过GeneCards、DrugBank、DisGeNet、TherapeuticTargetDatabase数据库筛选疾病靶点.将复方苦参汤活性成分的药物靶点与疾病靶点匹配...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌的作用机制

目的：通过网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对玉屏风散中所含药物进行检索,得到玉屏风散活性成分所对应的靶基因,再利用GeneCards数据库筛选肝细胞癌所对应的基因,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-疾病-成分-靶点”网络图。使用STRING数据库将所得数据进行导入,构建玉屏风散治疗肝细胞癌的核心靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后将以上所得数据导入至Cytoscape 3.7.2中进行网络拓扑参数分析,并以Degree值大于平均值进行筛选,最终得到玉屏风散治疗HCC的核心靶点的相关信息,将核心靶点在DAVID数据库中进行导入,以进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果：玉屏风散的活性成分对应靶点共92个,其中有效成分包括细胞肿瘤抗原P53、凋亡调节剂Bcl-2、血管内皮生长因子受体2、白细胞介素-6(IL-6)等,在其治疗肝细胞癌中共筛选出IL-6、TP53、TNF、NOS3、ESR1、JUN、PTGS2等26个的核心靶点。结论：玉屏风散治疗...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学探讨葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制

目的：通过网络药理学研究葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台中检索葶苈子的有效成分及相关靶点;在Gene Cards数据库、OMIM数据库中检索骨质疏松症的疾病基因靶点;通过Perl脚本找到葶苈子与骨质疏松症的共同基因,使用String网站构建葶苈子与骨质疏松症之间蛋白质-蛋白质相互作用的关系网络;最后利用R软件对葶苈子与骨质疏松症交集基因进行基因本体论（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：从葶苈子中筛选出9个有效成分,作用于骨质疏松症127个靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络中的核心蛋白有蛋白激酶B(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素（Interleukin,IL）-6、血管内皮生长因子（Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF）A、JUN蛋白、IL-1β。基因KEGG富集分析得到与骨质疏松症紧密相关通路主要有晚期糖基化终末产物（Advanced Glycation End Products,AGE）-晚期糖基化终末产物受体（A...     

基于网络药理学探讨藤梨根治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法探讨中药藤梨根治疗结直肠癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及中医药整合药理学研究平台(TCMIP)获取藤梨根的主要活性成分和药物作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取结直肠癌的疾病靶点,再通过R语言及VennDiagram作图数据包映射筛选得出药物与疾病的交集靶点,即为藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件、String数据库分别构建藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点的“药物-成分-疾病-靶点”网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。最后通过David数据库对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将富集结果可视化。结果 筛选到藤梨根药物主要活性成分6个,药物作用靶点154个,结直肠癌相关疾病靶点10 622个,两者取交集得到藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点145个;藤梨根的6种活性成分芦荟大黄素(aloe-emodin)、ent-表儿茶素(ent-Epicatechin)、(+)-儿茶素[(+)-cat...     

基于网络药理学探讨黄精主要活性成分治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的 从网络药理学角度研究黄精的主要活性成分及其治疗2型糖尿病的可能作用机制.方法 从TCMSP数据库中提取黄精的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30％和类药性(DL)≥0.18筛选活性成分,通过该数据库提取活性成分作用靶点,以DisGeNet及OMIM在线分析平台挖掘疾病相关靶点,最后采用Perl语言与R语言分析...     

基于网络药理学探讨桃莲绞复方增强全成分肿瘤细胞疫苗抗结直肠癌作用分子机制

目的 采用网络药理学方法,探讨桃莲绞复方(Tao-lian-jiao Formula,TLF)增强全成分肿瘤细胞疫苗(Vaccine)抗结直肠癌作用的分子机制.方法 观察TLF和全成分肿瘤细胞疫苗单用及联合使用对结肠癌CT26荷瘤小鼠体质量和肿瘤质量的影响,HE染色观察肿瘤组织病理变化.通过中药成分数据库(TCMSP、...