福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型HIN1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real—time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A／Fujian／01／2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60．98％。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A／Swine／Iowa／15／1930（HIN1）存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD—CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。     

上海地区2010年冬季甲型H1N1流行性感冒病毒株变异分析

目的 了解上海地区2010年冬季人群甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒流行株基因及抗原的变异.方法 采集2010年12月至2011年1月间上海地区哨点医院流感样患者咽拭子标本137份,接种犬肾细胞(MDCK),分离流感病毒,直接免疫荧光法(DIF)鉴定流感病毒型,RT-PCR鉴定甲型H1N1,对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因及氨基酸位点变异.结果 共分离到53株人流感病毒,48株为甲型H1N1流感病毒,按简单随机抽样法抽取19株测序.HA进化树分析发现,与2010年6月前分离的甲型H1N1毒株比较,绝大部分不位于同一主干上;HA蛋白的氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生变异.NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.PB2蛋白第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍是禽源流感病毒特征,但第677位点出现E677G突变.结论 2010年冬季上海地区人群甲型H1N1流感病毒流行株与之前春夏季分离株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和在哺乳动物宿主内的适应性进化.     

2019年广州市甲型H1N1流感病毒全基因组序列的遗传特征分析

目的 对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据.方法 选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征.结果 7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8％～99.9％),最低为NA基因(97.3％～99.2％).总体上,不同月份的H1N1流感分...     

甲型H1N1流感病毒长春株的分离鉴定及其分子进化分析

目的分离目前流行的甲型H1N1流感病毒,对其进行基因序列测定和遗传变异分析,为研究病毒进化、致病性、流行规律及防治提供科学依据。方法采用MDCK细胞、SPF鸡胚和RT-PCR方法对甲型H1N1流感病毒进行分离、鉴定,并进行核苷酸序列测定和分子进化分析。结果从疑似甲型H1N1流感临床标本中分离得到1株甲型H1N1流感病毒,命名为长春株(A/Changchun/01/2009(H1N1)),基因序列及分子进化分析显示该毒株与2009年大流行的甲型H1N1毒株高度同源,属于流行分支2。相对流行分支1(北美流行株A/California/07/2009(H1N1)),PB2、HA、NA分别出现2个、7个和4个氨基酸的差异。结论甲型H1N1流感病毒长春株与2009年大流行的甲型H1N1毒株高度同源,属于流行分支2,与流行分支1相比存在变异。     

2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年广东省新型甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况.方法 从2009年广东省新型甲型H1N1流感患者中分离到病毒毒株共69株,提取病毒总RNA,RT-PCR扩增NA基因,并测序分析;同时从美国国立生物技术信息中心基因库检索获得 52株不同年代、不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒同源性较高,为87.1%,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守;具有8个糖基化位点,其中5个位点有不同程度的氨基酸替换,但与2001年禽H5N1毒株的糖基化位点的氨基酸相同.结论 2009年广东省新型甲型H1N1流感病毒NA基因与禽H5N1流感病毒高度同源,与NA抑制剂的特异性结合位点未发生变化.     

湖南省甲型H1N1流行性感冒大流行后乙型流行性感冒病毒的特征

目的 分析湖南省甲型H1N1流行性感冒(流感)大流行后乙型流感的流行情况和病毒基因特征,并探究可能造成其流行的原因.方法 对湖南省2010年23家哨点医院门诊流感样病例中采集的咽拭子标本使用犬肾传代细胞进行病毒分离,阳性毒株使用血凝抑制实验进行型别鉴定,对选取的10株乙型流感病毒进行全基因组测序,对序列进行进化树和分子特征分析.结果 随着甲型H1N1流感分离毒株的减少,乙型流感病毒在2010年上半年成为优势毒株,以B/Victoria系(BV系)为主,两种型别共存.2010年11起已知型别的聚集性疫情中,7起为乙型流感.在除核蛋白(NP)外的其他聚合酶(PB2、PB1、PA)、血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、NB蛋白、膜蛋白(M1)、乙型流感病毒M2蛋白(BM2)、非结构蛋白(NS1、NS2)10个蛋白的基因进化树中,10株病毒均按照其系的分类分在BV和B/Florida系(BY系)两个分支中,而NP进化树10株病毒均在BY分支中.与世界卫生组织疫苗株比较,10株病毒11个蛋白的氨基酸同源性均较高,为97.2％～100.0％,但仍发现有一些碱基位点的改变.未发现对NA抑制剂类药物耐药位点的突变.相对于日常监测病毒,2株聚集性疫情毒株编码NA、NB、PB1、PB2和NS2的碱基有一些突变.结论 乙型流感病毒有一些基因位点发生插入和重配,显示病毒持续进化,这可能是湖南省甲型H1N1流感大流行后B型流感病毒成为优势毒株的原因.     

甲型H1N1流感综述

甲型H1N1流感为急性呼吸道传染病,其病原体是一种新型的甲型H1N1流感病毒,在人群中传播。与以往或目前的季节性流感病毒不同,该病毒毒株包含有猪流感、禽流感和人流感3种流感病毒的基因片段。     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

我国鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系分析

目的　通过对 1996～ 2 0 0 1年自我国部分养鸡场分离鉴定的 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因测序 ,了解鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,自收获的尿囊液提取RNA ,通过RT-PCR ,扩增聚合酶PB1基因片段 ,并进行序列测定 ,测序结果采用PHYLIP软件在Internet网上分析处理 ,并用TreeView软件绘制系统进化树。结果　 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因的核苷酸同源性为 97 4 %～ 99 7% ,与三株人源H9N2病毒A/Guangzhou/ 333/ 99、A/HongKong/ 10 73/ 99、A/HongKong/ 10 74 / 99的同源性分别为 90 6 %～ 91 9%、90 4 %～91 5 %、90 2 %～ 91 3%。该 8株鸡源H9N2病毒PB1基因属于相同的进化分支 ,即A/duck/HongKong/Y2 80 / 97-like分支 ,而与该 3株人源株H9N2病毒属于不同的进化分支 ;尚未发现PB1基因属于A/ quail/HongKong/G1/ 97或A/duck/Hong/Y4 39/ 97分支的鸡源分离株。结论　在我国养鸡业流行的H9N2病毒分离株与目前已分离的人源株H9N2病毒其PB1基因属于不同的进化亚分支 ,人源株H9N2病毒PB1基因不是来源于鸡源H9N2病毒。     

福建省1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的全基因组特征分析

目的了解1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的生物学特性和变异情况,为临床治疗与疫情防控提供依据。方法利用MDCK细胞分离不明原因肺炎病例中的甲型H1N1流感病毒,分离的毒株经全基因组测序后分析其抗原性、致病性和耐药性等特征。结果从该病例的咽拭子标本中分离得到1株甲型H1N1流感病毒并命名为A/FujianGulou/SWL64/2016(H1N1),其8个节段的核苷酸和氨基酸序列与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株的相似性分别为96.9%~98.9%和96.7%~99.5%。氨基酸序列分析显示HA蛋白共有18个位点发生突变,其中K163Q、S185T、S203T和D222N变异涉及到3个不同的抗原位点,提示病毒发生抗原漂移;与受体结合位点相关的D222N突变还提示病毒感染下呼吸道的能力增强。耐药性分析显示该病毒对金刚烷胺耐药,对达菲仍然敏感。结论本次研究的甲型H1N1流感病毒具有抗原漂移现象,且具备引发重症肺炎的分子特征,应进一步加强监测,为疫情防控奠定基础。     

2009年广东省甲型流行性感冒暴发流行期间首株甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因分析

目的 检测和分析2009年广东省甲型流行性感冒(流感)暴发流行期间首株甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因.方法 对2009年广东省首例确诊的甲型H1N1流感患者的咽拭子进行病毒分离,取细胞培养上清液提取病毒核酸,采用HA基因的特异性引物进行RT-PCR,PCR产物进行克隆、测序和同源性分析.结果 获得2009年广东省首株甲型H1N1流感病毒的HA基因,大小为1710 bp,命名为A/GuangzhouSB/01/2009(H1N1)HA,GenBank登录号为GQ268003.与疫情发源地近期报告的277株甲型H1N1流感病毒的HA基因比对,同源性为99.0%～99.8%;其中与美国报告的病毒株的同源性高达99.8%,与患者发病前曾到美国旅游的流行病学史一致.与25株中国季节性甲型H1N1流感病毒的HA基因比对,同源性为72.3%～85.6%.结论 2009年广东省甲型流感暴发流行期间首株甲型H1N1流感病毒与目前流行的甲型H1N1流感病毒同源性高,与中国季节性甲型H1N1流感病毒同源性较低.     

甲型H1N1流感病毒血凝素HA1蛋白的真核表达与纯化

目的构建甲型SWH1N1流感病毒血凝素HA1蛋白的杆状病毒真核表达载体,转染sf9细胞表达并纯化其编码蛋白。方法从江苏甲型H1N1流感病毒毒株[A/Jiangsu/1/2009（H1N1）]提取病毒RNA,采用RT-PCR技术扩增HA1基因,将其克隆至pMD18-T Simple Vector中构建pMD18-T/HA1质粒,双酶切pMD18-T/HA1与p-fast后,连接构建真核表达载体p-fast-HA1,转化DH10Bac细胞,转座构建杆状病毒HA1-Bacmid,经酶切及测序鉴定后将HA1-Bacmid转染到sf9细胞中,通过免疫印迹法鉴定HA1蛋白的表达,采用亲和层析法纯化HA1蛋白。结果经双酶切、测序鉴定证实HA1基因的真核表达载体构建成功;免疫印迹法证实HA1基因的表达;纯化获得了高纯度的HA1蛋白。结论成功克隆了HA1基因,并构建了其杆状病毒真核表达载体,该表达载体的构建为后期的流感快速检测以及基因工程疫苗制备奠定了良好的基础。     

DG01株H5N1亚型禽流感病毒全基因组序列分析

根据国内外已公布的AIV H5N1亚型全基因组序列设计了8对引物,对H5N1亚型高致病力禽流感病毒毒株A/Duck/Guangdong/DG01/05(简称DG01)毒株进行了全基因组RT-PCR、测序及序列分析。DG01株基因组由PB22 341bp,PB1 2 341bp,PA2 233bp,HA1 779bp,NP 1 565bp,NA1 398 bp,M1 027bp,NS 875 bp 8个节段组成,与往年及同年一些流行株比较分析结果显示,DG01株具有高致病性禽流感病毒基因特征,NA基因及NS1基因均有部分缺失,从基因特点分析属于2005年流行代表株。     

Viral RNA polymerase complex promotes optimal growth of 1918 virus in the lower respiratory tract of ferrets

The 1918 influenza pandemic was the most devastating outbreak of infectious disease in human history, accounting for about 50 million deaths worldwide. In addition to a significant number of cases of secondary bacterial pneumonia, this highly pathogenic strain of influenza A virus caused fatal primary viral pneumonia. To identify the viral gene(s) chiefly responsible for the high virulence of the 1918 virus, we generated a series of reassortants between the 1918 virus and a contemporary human H1N1 virus (A/Kawasaki/173/2001; K173) using reverse genetics. We then assessed their virulence properties in ferrets, a model closely resembling humans in terms of sensitivity to influenza virus infection and pattern of spread after intranasal inoculation. Substitution of single genes from the 1918 virus in the genetic background of K173 virus did not markedly alter the pattern of infection. That is, the reassortants grew well in nasal turbinates, but only sporadically (if at all) in the trachea and lungs. One exception was the 1918PB1/K173 reassortant, which replicated efficiently in lung tissues as well as the upper respiratory tract. A reassortant virus expressing the 1918 viral RNA polymerase complex (PA, PB1, and PB2) and nucleoprotein showed virulence properties in the upper and lower respiratory tracts of ferrets that closely resembled those of wild-type 1918 virus. Our findings strongly implicate the viral RNA polymerase complex as a major determinant of the pathogenicity of the 1918 pandemic virus. This new insight may aid in identifying virulence factors in future pandemic viruses that could be targeted with antiviral compounds.     

H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99株基因组的分子特征

目的测定H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99(CK/GS/2/99)分离株的基因组序列并与参考毒株进行同源性分析,阐明该毒株的遗传变异及分子特征。方法采集发病鸡泄殖腔样品,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,采用RT-PCR方法对CK/GS/2/99株的8个分节段基因进行扩增,分别将其克隆到pGEM-T easy载体后进行序列测定与同源性分析。结果CK/GS/2/99株PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS基因的开放阅读框分别由2280、2274、2151、1683、1497、1401、759、864个碱基组成,分别编码759、757、716、560、498、466、252/97、231/122个氨基酸残基。该毒株HA上HA1和HA2裂解位点序列为PARSSR↓GLF,具有典型的低致病性禽流感病毒的特征。同源性分析显示,CK/GS/2/99株与1998-2002年间大部分中国大陆分离株遗传关系较近,尤其与CK/NX/4/99和CK/HB/31/00株遗传关系密切。结论CK/GS/2/99与大部分流行于中国内陆的H9N2亚型毒株均来源于共同的祖先毒株CK/BJ/1/94,这为了解中国H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学提供了资料。     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.