几种灵芝rDNA基因间隔序列分析与鉴定

目的  基于基因间隔序列（ITS）序列对灵芝进行分类。方法  培养灵芝、提取DNA、优化聚合酶链反应（PCR）体系、纯化与克隆、测序、构建遗传进化树、进行遗传分析。结果  经过一系列的梯度实验得知优化的PCR体系为25μl反应混合物中含模板DNA 25 ng、Mg2+为2.0 mmol/L、dNTPs 200μmol/L、Taq 1.5 U、引物为20 pmol;最佳反应程序为93℃预变性4 min,93℃变性40 s,59℃退火40 s,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃继续延伸7 min,4℃无限循环。所采用的HZ002、DZ003、NZ004和XC005在遗传进化树上面十分接近,说明其可以划分为同一菌属,同属于灵芝菌属。结论  基于ITS序列对灵芝进行分类,与其他的分子标记技术所取得的分类结果一致,证实依据ITS序列来对真菌菌属进行分类是十分合理的。

     

兰州肉苁蓉rDNA基因内转录间隔区序列分析

目的首次检测兰州肉苁蓉的rDNA内转录间隔区序列,并利用其序列作为遗传标记分析了5个不同种的肉苁蓉的遗传变异情况。方法采用植物基因组小量抽提试剂盒法作为基因组DNA提取的最佳方法,提取兰州肉苁蓉的核基因组DNA,并且建立了适合兰州肉苁蓉的PCR反应体系,利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rDNA内转录间隔区序列进行套式扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳得到电泳图谱,并进行分析、测序。经Clusta 1X软件排序,MEGA3软件统计分析和分支分析,建立系统发育树,并计算各类群间的遗传距离。结果琼脂糖电泳图谱及所测序列显示,兰州肉苁蓉DNA中rDNA内转录间隔区全长为580 bp左右,且种间遗传距离较大。结论兰州肉苁蓉与沙苁蓉遗传距离较近,且遗传距离与地理距离存在相关性。     

丙型肝炎病毒Ns_3基因区部分序列的PCR克隆和鉴定

选取HCV－1、HCV－J、HCV－BK、台湾株HCV、中国河北株HCV序列的同源性部分，设计Ns3区部分序列的PCR引物．应用RT－PCR技术，从丙型肝炎患者血浆中扩增一长为448bp的cDNA片段作为目的基因，与经过限制性酶切的pUcI9载体连接，构建重组质粒pUHCV－Ns3．分别或混合应用HCV序列特异的引物和载作序列特异的通用引物，以PCR扩增重组质粒，结果扩增产物的分子量均与预期大小一致．限制性酶切位点分析结果也证实，克隆的基因是HCV的Ns3区部分序列的目的基因．克隆序列的特异性和插入方向同时得到了鉴定．     

不同种质来源孩儿参的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的 通过分析不同种质来源孩儿参ITS序列,为孩儿参种内鉴别提供DNA分子标记。方法 利用特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,对孩儿参的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异。结果 参试的9个不同种质来源孩儿参的整个ITS长度变异为623～624 bp;其中ITS1为224 bp,G＋C量为52.91%～54.26%;5.8 SrDNA为155 bp,G＋C量为54.49%～55.13%;ITS2为244～245 bp,G＋C量为55.55%～56.41%。整个ITS区共有17个变异位点（2.72%）,ITS1、ITS2和5.8S的变异位点分别为7、7和3个,不同种质来源孩儿参均有若干个特异性的单核苷酸变异位点;各样品的序列同源性均在99.9%以上;序列间的遗传距离为0.003～0.013。显示了不同产地、不同种质孩儿参的变异是不超过1个种的范围内的变异。结论 可利用ITS区序列差异,鉴别不同种质来源的孩儿参。     

HCVNS3区C33c抗原基因cDNA的克隆及序列分析

自上海市及江苏省慢性丙型肝炎患者血清中分离丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）ＲＮＡ，采用自行设计的引物，经逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ），获得长为６９４ｂｐ的Ｃ３３ｃ抗原基因ｃＤＮＡ，将其克隆于表达载体并作序列分析。结果表明，上海株ＨＣＶ－Ｓ１及江苏株ＨＣＶ－Ｓ２该区域核苷酸水平有很高的同源性（＞９９％），上海及江苏株ＨＣＶ与美国原型ＨＣＶ－１、日本株ＨＣＶ－Ｊ及河北株ＨＣＶ－ＨＢ在该区域核苷酸水平的差异分别为１８．６４％、５．５５％及８．０１％～８．１７％，氨基酸水平的差异在２．３１％～６．０２％之间。上海株同一份血清三个独立克隆间核苷酸水平有０．６％～０．９％的差异。本实验为进一步表达Ｃ３３ｃ蛋白作好了准备。     

基于26S rDNA D1-D3区和mat K基因序列分析的阳春砂分子鉴别

【目的】建立阳春砂不同栽培品种的DNA分子鉴别方法,为阳春砂的优良品种选育提供依据。【方法】以阳春砂栽培种长果、圆果、“春选”及海南砂为材料,用相应引物对26SrDNA D1-D3区和matK基因进行聚合酶链反应（PCR）扩增和测序,对测序结果进行分析,寻找差异位点,并根据序列构建系统发生树。【结果】测序得到的26SrDNA D1-D3序列为739bp,阳春砂与海南砂在该区域存在4个碱基位点的差异。长果阳春砂与圆果阳春砂序列相同,但它们与“春选”阳春砂存在1个碱基位点的差异,根据26SrDNA D1-D3序列建立的系统发生树揭示了“春选”阳春砂与另外2个栽培品种间的区别。测序得到的matK序列为824bp,阳春砂3个栽培品种的matK序列相同,与海南砂存在1个碱基位点差异。【结论】从分子水平上可鉴别阳春砂的3个栽培品种,“春选”品种比长果（或圆果）品种与海南砂有着更近的亲缘关系。     

恶性疟原虫红内期p41-3基因真核表达重组质粒的构建及序列分析

[目的]构建恶性疟原虫海南(FCC1/HN)株p41-3基因真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3;测定p41-3基因序列,并了解FCC1/HN株与其它分离株p41-3序列的差异.[方法]根据p41-3基因已知序列设计合成2对引物,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增p41-3基因;将p41-3基因定向克隆入真核表达载体pcDNA3,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞;用酶切,PCR扩增鉴定筛选到的重组质粒阳性克隆.以正确的重组质粒为模板,用双脱氧链末端终止法测定p41-3基因序列,应用软件辅助分析p41-3序列及进行同源性比较.[结果]PCR扩增得到特异的FCC1/HN株p41-3基因;正确的pcD-NA3-p41-3重组质粒被筛选和鉴定.测序表明,FCC1/HN株p41-3基因大小为2 137 bp,编码375个氨基酸.恶性疟原虫FCC1/HN株与FCBR株p41-3基因核苷酸序列同性为98.98%,编码氨基酸序列同源性为99.73%.[结论]从恶性疟原虫FCC1/HN株基因组DNA中获取p41-3基因,成功构建真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,并测定了FCC1/HN株p41-3基因的序列;FCC1/HN株与其它分离株p41-3基因有高度的同源性.     

陕西株庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV )RNA NS3区 cDNA(4248nt～4465nt)的扩增、克隆和序列分析

目的　了解陕西株庚型肝炎病毒 (HGV,RNA/ GBV-C)的核苷酸序列特点 .方法　从陕西省西安市两位非甲、乙、丙、丁、戊型肝炎患者的血清中 ,应用反转录及套式 PCR技术 ,从血清中提取 RNA,经特异性的反转录引物 P4反转录成c DNA,以此为模板分别用 P3,P4及 P1 ,P2 两对引物进行PCR扩增 ,扩增到 2 18bp的 HGV RNA NS3区部分基因 ,将其克隆入 Pin Point TMXal- T载体 ,挑选阳性克隆并进行了序列分析 .结果　 SG2 与 HGV的核苷酸同源性分别为 85 .6 4%与84.48% ;与 GBV- C的核苷酸同源性为 86 .2 1%与 84.48% ,其二者之间同源性为 97.13% ;二者与 HGV的氨基酸同源性分别为 98.2 8%和 93.10 % ,与 GBV- C的氨基酸同源性也为98.2 8% ,93.10 % ,二者之间的氨基酸同源性达 94.83% .结论　庚型肝炎病毒 NS3区核苷酸同源性较高 ,同义突变率也较高 ,可能是一个对其生存环境较为适应的病毒 .     

Morphological and molecular identification of two strains of dermatophytes

In this study, we used traditional morphological and molecular identification methods to preliminarily identify two strains of dermatophytes. The two strains were observed under the micro- scope. And then the dermatophytes were cultured on Sabouraud＇s dextrose agar （SDA）. The 18S rRNA regions of the two dermatophyte strains were amplified by polymerase chain reaction （PCR）, and the PCR products were sequenced and compared with GenBank data. BLAST tools and DNAMAN soft- ware were used to analyze the sequences. To further determine highly homologous sequences, a phy- logenetic tree was constructed using the Neighbor-Joining method. The two strains of dermatophytes were identified by traditional morphological identification as Epidermophyton floccosurn and Micro- sporum ferrugineum. The 18S rRNA sequence analyses showed high similarities to Cladosporium cladosporioides isolate Cll5LM-UFPR and Ascomycete sp. LB68A1A2. Epidermophyton and Cladosporium belong to dermatophyte, while Microsporum ferrugineum and Ascomycete belong to mi- crosporum. The two novel strains of dermatophytes were therefore identified as Cladosporium cladosporioides isolate C115LM-UFPR （JN650537, Cladosporium ） and Ascomycete sp. LB68A1A2 （AY770409, Ascomycete sp）.     

茵陈蒿不同花期绿原酸的含量测定

目的：建立茵陈蒿不同花期绿原酸的含量测定方法。方法：采用HPLC法测定,色谱柱为Thermo SCIENIFICC18,流动相为乙腈-0.4%磷酸溶液（13∶87）,检测波长为327nm。结果：绿原酸在9.76～48.80μg/ml与峰面积呈良好线性关系（r=0.9999）,平均回收率为98.1%,RSD为1.48%。结论：该方法准确可靠,简单易行,适用于茵陈蒿不同花期绿原酸的含量测定。     

ISSR-PCR在石斛种间鉴别中的应用

目的 采用ISSR-PCR方法对石斛属9种植物进行鉴别,探讨不同种石斛在DNA分子水平上的差异。方法 选取10条由SSR组成的引物,对9种石斛进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析。结果 10条引物中有7条扩增出多态性条带。每条引物可检测的多态性位点最少7个,最多14个,扩增片段大小为220-1260 bp。其中,引物UBC-807和UBC-864具有较高的多态性条带比率,均可以独立将所有被测种区分开来。结论ISSR-PCR作为一种简便、可靠的分子标记鉴定技术,可以作为石斛属种间鉴别的方法之一。     

直接用细菌重组体进行聚合酶链反应及其在克隆鉴定中的应用

作用不需提纯ＤＮＡ模，可直接从质粒的宿主菌中扩增插入片段的方法进行扩增和克隆鉴定。结果说明，该方法不但在扩增的灵敏度和特异性与经用酚氯仿抽提纯化的质粒ＤＮＡ作模板一致，使质粒鉴定的时间由原来４８－７２ｈ缩短至２－８ｈ，而且节省了细胞培养及质粒纯化过所用的试剂及器械。特别是对于无法用酶切法鉴定的克隆有特殊意义。     

应用寡核苷酸探针阵列法快速鉴定临床分离株中的分支杆菌

目的:建立一种简便、快速、灵敏、特异的分支杆菌菌种鉴定方法。方法:通过16S rRNA聚合酶链反应(polym erase chain reaction,PCR)-单链构象多态性(single-stranded conform ation polymorph ism,SSCP)分析鉴定253株分支杆菌临床分离株;应用16S rRNA PCR-寡核苷酸探针与待测菌株生物素标记的16S rRNA基因PCR产物进行反向斑点杂交。结果:分析28种分支杆菌标准菌株和9种非分支杆菌菌株,结果显示寡核苷酸探针是特异的。253株分支杆菌临床分离株,198株为结核分支杆菌复合群,55株为非结核分支杆菌。经寡核苷酸探针阵列法分析,198株结核分支杆菌分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,36株鉴定为非结核分支杆菌,分别与相对应的特异探针杂交,另19株与分析探针杂交阴性。结论:16S rRNA PCR-寡核苷酸探针阵列法灵敏度高、特异性强、简便、快速,可用于鉴定临床分离株分支杆菌菌种。     

HPLC法测定沙漠嘎种子中两种二氢黄酮的含量

目的建立沙漠嘎种子中两种二氢黄酮异樱花素和圣草酚-7-甲醚的含量测定方法。方法采用ZORBAXEclipseXDB-C18色谱柱(250mm×4.6mm,5μm);柱温:30℃;流动相为乙腈-0.1%甲酸水溶液(40∶60);流速:1mL/min;检测波长:288nm。结果异樱花素和圣草酚-7-甲醚的平均回收率分别为100.1%、99.8%,RSD为0.82%、2.34%(n=6)。结论本法操作简便、准确,可作为沙漠嘎种子的质量控制方法之一。     

mRNA差异显示技术筛选何首乌中二苯乙烯苷合成相关基因

【目的】筛选和克隆何首乌中二苯乙烯苷代谢相关酶基因。【方法】采用mRNA差异显示技术,对何首乌中二苯乙烯苷含量差异悬殊的不同组织(根、茎、叶)进行差异表达基因的筛选,将得到的差异基因连接pMD19-T载体进行测序后,通过数据库比对预测其基因功能。【结果】发现差异片段51条,选取其中9条进行半定量PCR验证,获得3条阳性差异片段。其中1条阳性片段为何首乌茎和叶特异表达,与甘氨酸脱氢酶高度同源,另外2条阳性片段为何首乌块根特异表达,分别与烯酰辅酶A水合酶、氨基肽酶N高度同源。【结论】通过mRNA差异显示技术得到的3个同源序列可为进一步研究何首乌中二苯乙烯苷生物合成途径提供帮助。     

献血者中TTV感染情况调查及部分序列分析

目的调查了解淮阴地区献血者中一种新的肝炎相关病毒——TTV的感染情况.方法用巢式聚合酶链反应(nest-PCR)技术对淮阴地区220名专业献血者进行血清中输血传播病毒(TTV)的检测,并在PUC18中对其开放读码框2(ORF2)基因进行了克隆.结果序列分析表明,该序列与国内外发现的TT病毒AB008394(日本株)、AF079173(中国河北株)对应位置核苷酸同源性为98%和97%,献血者中TT病毒阳性率为18%.结论病毒ORF2基因高度保守,献血者中有较高的TTV感染率.     

人骨桥蛋白表达载体的构建及其在大肠杆菌中的表达

目的构建人骨桥蛋白(hOPN)表达载体,体外表达及表达产物的纯化.方法培养人脐静脉内皮细胞,提取总RNA,反转录合成cDNA第一链,以此cDNA为模板经PCR合成插入片段,连接至载体pGEX-6P-1,转化到XL1-blue中进行诱导表达.表达产物经SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳后,切下目的蛋白进行洗脱纯化.结果构建的表达载体经限制性内切酶酶切图谱分析和DNA测序,证明所构建的质粒是pGEX-6P-OPN.SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳发现该重组质粒经IPTG诱导后表达一种新的蛋白(表达量为16.7%),这种蛋白不存在于诱导后的pGEX-6P-1表达产物中,纯化后蛋白纯度为99%.结论成功构建了hOPN表达载体,并进行体外表达.