青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌病原学研究

目的:了解青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）病原学特征。方法:以青藏高原1954-2016年不同地区及宿主、媒介体内分离的1 378株鼠疫菌作为实验对象,采用常规技术与分子生物学技术对其进行表型特征、质粒谱、基因组分型等研究,并对青藏高原鼠疫菌病原学、地理分布等特征进行探讨。结果:青藏高原鼠疫菌含6个生化...     

青海省人间鼠疫病原学研究及菌株溯源分析

目的　对1958--2012年青海省人间鼠疫流行期间自鼠疫患者和尸体中分离的129株鼠疫菌进行病原学研究。方法　采用常规方法和分子生物学技术对鼠疫菌进行病原学研究,同时采用差异区段（DFR）基因分型技术对2004年囊谦县、2009年兴海县人间肺鼠疫暴发疫情进行溯源分析。结果　119株鼠疫菌中,205株属青藏高原型菌株,6株属祁连山型菌株,8株菌具有特殊生化特性;84．03％（100／219）的鼠疫菌具有4个毒力因子（F1⁺、Pst I⁺、VW⁺、Pgm⁺）。测试的74株菌中,72株（97．30％）为强毒菌;携带大质粒52×10⁶、65X 10⁶、92×10⁶的菌株主要分布于海南、海北、海西、玉树、果洛、黄南6个州和湟源县;鼠疫菌DFR基因型以5、8型为主。其中5型占44．54％（53／119）,分布于都兰、湟源、玉树、杂多、治多、称多、曲麻莱、玛多、囊谦、祁连等地区;8型占32．77％（39／119）,分布于祁连山南北麓、青海湖环湖地区。2004年囊谦县肺鼠疫暴发分离株均为10型;2009年兴海县肺鼠疫暴发分离株（来自鼠疫患者、人尸和牧犬体内）的基因型均为8型。结论　本次试验菌株均具备青藏高原鼠疫病原体特性。菌株溯源分析显示,基于DFR的鼠疫菌基因分型与流行病学调查一致,可用于确定传染源。     

随机扩增多态性DNA技术用于鼠疫耶尔森氏菌基因分型的研究

目的 对来自全国不同疫源地、不同生态型的１０３株鼠疫耶尔森氏菌进行基因分型研究。方法 用随机扩增多态性ＤＮＡ技术（ＲＡＰＤ）。结果 将鼠疫耶尔森氏菌分成两种基因型别：全国大部分菌株为ＲＡＰＤ－１型,青海省境内的大部分菌株为ＲＡＰＤ－２型。结论 不同生态型的鼠疫耶尔森氏菌基因结构存在差异,为鼠疫耶尔森氏菌的基础研究和防治提供依据。     

青藏高原鼠疫耶尔森菌基因型分布

目的研究青藏高原鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因组型分布特征.方法对分离到的青藏高原鼠疫菌297株,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证.结果在喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,鼠疫菌基因组型有9种,分别为1、5、6、7、8、10、11、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5、8和10型为主,3种基因组型合计所占比例为80.6%（204/253）,而且不同地区鼠疫菌基因组型的分布也不一致.青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因组型全部为14型.结论青藏高原鼠疫菌基因组型分布具有明显的地理特征.根据基因组型的分布状况推测出了鼠疫菌在青藏高原的传播路径.     

河北省鼠疫菌CRISPR基因分型及流行病学分析

目的对河北省鼠疫菌株进行规律聚集间隔短回文重复序列CRISPR)基因分型。方法利用聚合酶链式反应(PCR),采用3对CRISPR引物,对河北省分离的128株鼠疫菌进行扩增,测定扩增产物核酸序列并进行分析,确定河北省菌株CRISPR基因型。结果 128株鼠疫菌在3个CRISPR位点上有8种间隔序列,包括al、a2、a3、b1、b2、c1、c2、c3,分为2个基因型。118株鼠疫菌株为Cb2型,另外10株鼠疫菌均为新基因型(命名为Cc△1型)。结论通过CRISPR分析显示河北省鼠疫菌株遗传进化比较稳定,建立了CRISPR基因库,为鼠疫菌种群遗传进化和鼠疫防控的研究提供参考。     

中国鼠疫耶尔森菌差异区段分型及其地理分布特征

目的 研究中国鼠疫耶尔森菌差异区段（DFR）分型及地理分布特征。方法 对分离自中国11个疫源地3 044株鼠疫菌,应用23个DFR和质粒验证（PMT1）PCR扩增,进行鼠疫菌DFR基因组分型及地理分布特征分析。结果 3 044株鼠疫菌共包括52个基因组型,其中19个为主要基因组型、33个为次要基因组型。在以往鉴定的31个基因组型基础上又增加了 21个新基因组型。其中增加的3个新基因组型均为主要基因组型,即青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地新增加32型、44型,内蒙古高原长爪沙鼠鼠疫自然疫源地新增加50型。结论 在新增加的 21个新基因组型中有3个为主要基因组型,中国鼠疫菌DFR主要基因组型具有明显的地理分布特征。     

四川省巴塘县首次分离鼠疫菌的遗传学特征

目的 了解分离自四川省巴塘县的首株鼠疫菌的生态型和分子生物学特征,为因地制宜制定鼠疫防制策略提供科学依据.方法 将传统的鼠疫菌生化表型鉴定方法和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的分型方法相结合,确定巴塘县鼠疫菌株的型别,并进行溯源分析.结果 四川省巴塘县鼠疫菌株能够酵解甘油、阿拉伯糖和麦芽糖,且具有硝酸盐还原能力,但不能酵解鼠李糖,符合青藏高原生态型鼠疫菌的表型特征;MLVA型别与分离自青海省和西藏自治区的青藏高原生态型鼠疫菌相同.结论 四川省巴塘县鼠疫菌的生态型为青藏高原型,与该菌株亲缘关系最近的鼠疫菌在青海省和西藏自治区均有分布.巴塘县是一个新发现的青藏高原喜马拉雅旱獭型鼠疫自然疫源地.     

云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源

目的 了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法 采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果 鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型（Genomovar 05型）及CRISPRs型（Ca7簇,22型）,在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点（N2117,M23）的差异。结论 2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。     

四川省新龙县鼠疫耶尔森菌差异区段分型研究

目的对四川省新龙县分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)开展差异区段(DFR)分型研究,为鼠疫研究提供科学依据。方法选取新龙县和其他5个鼠疫县分离的鼠疫菌16株,按鼠疫菌DFR分型方法,使用23个DFR和pMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,采用BioNumerics 6.6软件进行分型,确定新龙县鼠疫菌DFR基因型。结果石渠县鼠疫菌菌株聚为第1类,为Genomovar14型;新龙县鼠疫菌DFR基因型与德格、巴塘、理塘、雅江县相同,聚为第2类,均为Genomovar05型。结论新龙县分离到的鼠疫菌基因型为Genomovar05型,新龙县鼠疫自然疫源地属于青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的一部分。     

青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因分型研究

目的探讨青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)的基因型及其地区分布。方法选取青海省地方病预防控制所保存的1954-2011年在不同地区宿主、媒介体内分离的1 004株鼠疫菌作为实验对象, 采用传统的苯酚-氯仿混合抽提法提取鼠疫菌DNA。分别对3个CRISPR位点(YPa、YPb和YPc)进行PCR扩增、测序, 将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPRDictionary数据库进行检索比对, 以鉴定间区序列(spacer);对CRISPR各位点新发现的spacer, 在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库进行Blast序列比对, 推测基因序列来源。根据CRISPR spacer阵列的多态性对青藏高原鼠疫菌进行基因分型。结果 1 004株鼠疫菌共发现53种spacer, 其中新发现6种, 分别为a105、a106、a107、b51、b52、c14;1 004株鼠疫菌被分成44个不同的CRISPR基因型, 10大类群, 新发现基因型15种, 喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌CRISPR基因型以G26-a1′、G7、G22、G24-a1′、G2...     

青海省2004年人间鼠疫分离株基因分型及流行病学意义

目的探讨鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因分型在鼠疫暴发中的流行病学意义.方法根据已经证实的23个差异区段设计引物,对2004年青海省人间鼠疫流行期间分离到的13株鼠疫菌进行PCR扩增.结果13株鼠疫菌可分为4个基因组型,即Genomovar 8、10、15和16.其中囊谦的8株菌全部为Genomovar 10;乌兰的2株菌分别为Genomovar 8和15;祁连、曲麻莱、称多的3株鼠疫菌的基因组型均为Genomovar 16.结论鼠疫菌基因分型是鼠疫疫情暴发流行病学调查的有力工具.     

鼠疫菌102kb基因座一端IS100的缺失与pgm+稳定性的研究

目的 了解鼠疫菌102kb pgm基因座一端IS100的缺失与pgm~1稳定性的关系。方法 采用聚合酶链式反应(PCR)扩增国内各型鼠疫菌102kb pgm基因座色素沉着这一端IS100的片段,并选择克隆测序分析。结果 通过PCR扩增,其中只能扩增出约2560bp左右条带的生态型,也就是其102kb pgm基因座色素沉着这一端IS100的片段缺失,除锡林郭勒高原布氏田鼠型,还有北天山东段型、北天山西段A、B型,其pgm~ 表型非常稳定;而有一部分菌株的扩增结果为阴性另一部分菌株扩增出4492bp条带的生态型,扩增出4492bp条带的菌株102kb pgm基因座色素沉着这一端有IS100,结果为阴性的菌株其整个102kb pgm基因座可能已经丢失,此种情况包括祁连山型,青藏高原型,冈底斯山型,滇西纵谷型等,其pgm~ 表型表现出不稳定。结论 鼠疫菌102kb pgm基因座一侧缺失IS100的菌株,可具有较稳定的pgm~ 表型,而鼠疫菌102kb pgm基因座两侧有IS100的菌株,pgm~ 表型不稳定。     

布氏田鼠鼠疫菌102 kb pgm基因座结构研究

目的　研究布氏田鼠鼠疫菌株 1 0 2kbpgm基因座结构与其他类型鼠疫菌是否有区别 ,及其与布氏田鼠鼠疫菌株的独特特征的关系。方法　采用聚合酶链反应 (PCR)的方法 ,共设计 2 5对嵌套的引物 ,以喜玛拉雅旱獭鼠疫菌株和布氏田鼠鼠疫菌株的染色体DNA为模板 ,分段扩增该区域内的DNA ,选择差异较大的扩增片段进行克隆和测序 ,与已发表的序列比较。结果　布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座一端缺失了1 952个碱基 ,即插入序列IS1 0 0。另外 ,在测序的这段基因中 ,一类似于可变数量串联重复序列 (VNTR)的区域 ,布氏田鼠鼠疫菌比已发表的序列多出几个拷贝。结论　布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座序列改变了 ,一端缺失了插入序列IS1 0 0 ,这就使得它的毒力岛不容易丢失 ,保持了 pgm+表现型的稳定 ;与其毒力的关系 ,有待于进一步研究     

中国鼠疫菌某些生化特征及流行病学意义

目的 探讨中国鼠疫菌株生化表征的遗传变异与分型地位。方法 采用平皿单菌落法，实验观察我国17个生态型共336株鼠疫菌酵解麦芽糖、鼠李糖、阿胶糖、甘油及脱氮反应的变化。结果 发现松辽平原、滇闽居民区和滇西纵谷区3个生态型部分菌株对甘油、阿胶糖、麦芽糖酵解有变异，可同时出现酵解和不酵解的单菌落，而且特性较稳定；其余14个生态型鼠疫菌单菌落酵解能力与过去资料报道一致无明显变化；根据实验结果可将中国鼠疫菌分为12个生化型。结论 我国鼠疫菌对糖酵解特性稳定，具有一定的分型意义，滇闽居民区与滇西纵谷区生态型鼠疫菌株可能源于一个祖先。     

四川省132株鼠疫耶尔森菌差异区段基因分型及地理分布研究

目的 分析四川省鼠疫耶尔森菌（Y. pestis）差异区段分型（DFR）及地理分布,为四川鼠疫研究提供科学依据。方法 对分离自四川省鼠疫疫区的132株鼠疫菌,应用23个DFR和PMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,并使用Mapinfo软件和Excel进行分型,确定四川省鼠疫耶尔森菌DFR基因型和地理分布特征。结果 四川省鼠疫耶尔森菌DFR分型分为3型,其中石渠县有两型,主要为G14型和G43型,其它疫源地为G05型。结论 四川省鼠疫耶尔森菌的DFR分型具有明显的地理分布特征。     

中国鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征与遗传学意义

目的 根据中国鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子生物学特征分析其遗传背景。方法利用实验研究中rRNA基因指纹图(ribotyping)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增DNA多态性(RAPD)及插入序列(IS)等方面工作的原始数据,通过聚类分析等统计学手段,探究中国鼠疫菌株间的遗传学距离,分析各种方法作为鼠疫菌分子识别特征的意义。结果 rRNA基因指纹图型与脉冲场电泳型之间是相对应的,但同属于7拷贝rRNA基因的田鼠菌株与西藏仲巴菌株,其间的遗传学距离,却较6拷贝rRNA基因的菌株还远。而随机扩增型与rRNA基因型之间对应关系较不明确,有较多的例外情况。用相似值可以表示这些菌株之间的遗传距离。结论 中国的鼠疫菌具有多种独特的分子生物学特征,其中新疆灰旱獭疫源地和西藏南部冈底斯山地理环境复杂,有较多的自然屏障,使鼠疫菌在流行过程中,限于局部地区,各自独立进化,产生了相互混合存在的多种基因类型。     

一起肺鼠疫暴发流行的病原学研究及流行病学分析

[目的]研究一起人间肺鼠疫暴发流行的鼠疫菌分离株其生物学特性、基因特征等。拟从分子流行病学的角度分析传染源和传播关系。[方法]对8株于鼠疫患者(尸体)分离的鼠疫菌进行糖醇类酵解试验;检测其毒力、毒力因子、质粒、生物型、基因型;运用分子流行病学方法分析本次流行的传染源。[结果]8株鼠疫菌全部为甘油+、阿胶糖+、脱氮+,生物型为古典型。具备强毒鼠疫菌的4个毒力决定因子,为FraI+、VW+、PstI+、Pgm+;对小白鼠的最小致死量介于50～1000个菌,为强毒株;具备我国多数鼠疫菌所携带的6、45和65Mdal质粒;基因组型全部为10型。[结论]根据分子流行病学和现场流行病学调查结果证实,此次肺鼠疫暴发流行来自同一个传染源。     

青海省三江源地区鼠疫病原学分析

目的 研究青海省三江源地区鼠疫菌株生物学特性并确定疫源地空间结构及性质.方法 对1954-2007年青海省三江源地区分离的鼠疫菌株进行生物学表型鉴定及分子生物学研究.结果 411株代表性菌株中,12株脱氮(-)阿胶糖(-)甘油(+)属田鼠型,399株为脱氮(+)阿胶糖(+)甘油(+)属古典型.411株均能产生F1和Pst I;vw+菌株占95.13%(391/411),VW-菌株占4.87%(20/411);Pgm+菌株占80.78%(332/411)、Pgm+菌株占9%(37/411)、Pgm-菌株占10.22%(42/411).220株代表株中96.82%(213/220)的菌株对小白鼠表现为强毒株,3.18%(7,220)为中等毒力,说明绝大多数具高致病性,其毒力很强.90.02%(307/341)菌株携带6×106 45×106 x65×106质粒.80株代表株包括8个基因组型,其中6个基因型与原分型相同,另有2个新的基因组型.结论 三江源地区鼠疫菌株具备青藏高原鼠疫病原体特性,人类一旦感染可导致发病急、病情重、传染性强、病死率高等特点.