ΔNp63α基因过表达对人宫颈癌细胞SiHa基因表达谱的影响

目的 分析ΔNp63α基因过表达时人宫颈癌细胞Si-Ha基因表达谱的变化,筛选受ΔNp63α调控的潜在靶基因.方法 利用慢病毒转染技术构建稳定过表达ΔNp63α的转染组细胞株SiHa-ΔNp63α和对照组细胞株SiHa-NC.应用基因芯片技术研究两组细胞株基因表达谱变化,并进行生物学信息分析和实时荧光定量PCR验证.结果 基因芯片数据共筛选出差异倍数1.5倍以上的基因共1405个,其中843个基因在SiHa-ΔNp63α细胞中表达上调,562个表达下调.通过生物信息学分析显示这些基因主要参与细胞生长与周期、信号转导、细胞通讯、细胞黏附、细胞转移和侵袭等功能,涉及的信号通路包括抗原加工提呈、细胞因子与受体相互作用、细胞黏附分子、补体系统等.结论 研究ΔNp63α调控的潜在靶基因或信号通路,对探索宫颈癌发生发展的机制有重要意义.     

新疆维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因分析

目的 分析研究维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因,筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路。方法 对2017年1-12月新疆维吾尔自治区人民医院的5名维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者胃癌组织和癌旁组织进行基因芯片检测,获取胃癌合并幽门螺旋杆菌感染的基因表达谱,并进行差异表达基因筛选。采用基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解差异基因的功能,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的互作网络进一步筛选调控关键基因,qRT-PCR对挑选的基因进行表达量验证分析。结果 通过比较分析胃癌组织和癌旁组织芯片数据,共筛选出差异表达基因919个（P<0.05,Fold change≥2）,其中上调251个,下调668个。GO分类注释显示,差异基因与胃酸分泌、甲状腺激素代谢、氧化还原酶活性、细胞稳态、磷脂易位、鞘磷脂代谢等生物功能存在密切关联。KEGG通路分析显示,细胞周期、P53信号通路、Nothch信号通路、鞘糖脂生物合成、DNA复制、错配修复、细胞粘附分子、脂肪消化吸收等信号通路可能在胃癌合并幽门螺旋杆菌感染过...     

辛伐他汀诱导裸鼠体内K562细胞凋亡过程中NF-κB通路的分子变化

目的:探讨辛伐他汀在裸鼠体内引起的K562细胞NF-κB信号通路的分子变化,以说明辛伐他汀是否依赖NF-κB信号通路参与K562细胞凋亡发生.方法:体外培养慢性粒细胞白血病细胞株K562细胞,接种于18只BALB/c-nu/nu裸小鼠皮下,构建移植瘤模型.随机分为3组,每组6只.对照组腹腔注射生理盐水0.2 ml,两个处理组分别注射0.2 g/L的辛伐他汀0.25 ml(0.05 mg)和0.4 ml(0.08 mg).均隔日注射,连续6次.采用TUNEL法检测K562细胞早期凋亡的变化,RT-PCR检测K562细胞中NF-κB信号通路IKK-β、IκB-α、NF-κB1 mRNA的差异表达.结果:不同剂量的辛伐他汀能够诱导裸鼠体内K562细胞发生明显的凋亡,且高剂量组凋亡率高于低剂量组(P＜0.01);不同剂量的辛伐他汀能够引起 IKK-β、IκB-α、NF-κB1 mRNA的表达下调(P＜0.01).结论:辛伐他汀可诱导K562细胞凋亡,可能与NF-κB通路基因的表达下调有关.     

帕金森病黑质基因的生物信息学分析

目的 挖掘帕金森病黑质改变的关键信号分子,进一步阐明帕金森病发病的生物信息学基础。方法 在GEO数据库中下载并筛选帕金森病黑质的差异表达基因,利用STRING在线数据库构建蛋白与蛋白互作网络分析,运用Cytoscape筛选出关键基因,通过DAVID数据库平台对差异基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 下载得到基因芯片GSE20333的数据,获得63个差异基因,其中5个上调基因,58个下调基因。筛选出PIK3GG、P2RY10、LDHC、INADL等10个关键基因。GO分析显示差异基因主要富集在细胞外、细胞膜。KEGG分析主要设计催乳激素信号通路、造血细胞谱系和癌症中的胆碱代谢等信号通路。结论 本研究得出的关键基因和信号通路可能与帕金森病黑质改变的分子过程有关,为深入研究帕金森病的治疗提供理论参考。     

子痫前期相关Siglec-6核心基因的预测及生物信息学分析

目的 探讨子痫前期高通量生物信息学分析与核心发病基因。方法 选取基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)2个关于子痫前期编码基因芯片数据进行生物信息学分析。通过R语言对2组数据进行均一化矫正,其后找到共同上调和下调表达的差异基因。对上调和下调表达的差异基因进行基因本体富集分析、京都百科全书信号通路富集分析、蛋白互作网络分析以及核心基因计算分析,找到与子痫前期最相关的发病基因及信号通路。随机选取河北大学附属医院产科5例子痫前期患者和正常产妇的胎盘组织进行实时定量聚合酶链反应对核心基因进行验证实验。结果 融合子痫编码基因芯片GSE43942和GSE66273筛选出38个共同上调和20个共同下调表达的基因。全部数据经均一化处理后基因本体分析显示,生物功能富集于促卵泡激素分泌的正向调节,分子组成富集于细胞外区,细胞组分富集于激素活性,信号通路富集于肽激素代谢通路。蛋白质互作网络结果显示,全部差异基因间共58个点,30条线,cytohubba对全部点和线分析计算后锁定Siglec-6为子痫前期发病的核心基因。实时定量聚合酶链反应验证子痫前期孕妇胎盘组织内Si...     

基于生物信息学分析胰腺癌的关键基因

目的 利用生物信息学分析胰腺癌发生、发展的关键基因,为胰腺癌的早期诊断、预后评估及靶向治疗提供理论依据。方法 从GEO数据库中获取GSE15471基因芯片数据集,在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO、KEGG富集分析和蛋白互作网络分析,利用Cytoscape软件的cytoHubba插件筛选出关键基因,通过GEPIA数据库对关键基因再次验证。结果 从GSE15471基因芯片中共筛选出267个显著差异表达基因,其中上调基因232个,下调基因35个。富集分析显示差异表达基因主要涉及细胞黏附、PI₃K-Akt信号通路、蛋白水解、炎性反应、胶原分解代谢、免疫反应等。通过蛋白互作网络筛选出11个关键基因,下调基因ALB、EGF,上调基因MMP2、CXCL8、FN1、COL1A1、SPP1、MMP1、ITGA2、COL3A1、CRP。GEPIA数据库中关键基因表达情况与基因芯片分析结果一致,生存分析显示胰腺癌患者总生存时间与MMP1、ITGA2基因表达高低相关。结论 生物信息学筛选出的11个关键基因在胰腺癌的发生、发展中有重要作用,是潜在的胰腺癌特异肿瘤分子学标志物和靶向治疗新位点。     

羊水干细胞体外培养早期和后期基因表达谱分析

目的探讨羊水干细胞(amniotic fluid stem cells,AFSCs)体外培养早期和后期全基因组表达规律.方法在公共基因芯片数据库GEO中找到羊水干细胞相关的基因芯片数据,使用R和Bioconductor软件包对其进行统计学分析,筛选差异表达基因,并进行GO分析和KEGG通路分析.结果通过线性模型没有找到差异表达基因,而通过秩积法找到217个上调探针,278个下调探针.对这些差异表达基因进行功能富集,上调的生物过程是胶原纤维组织相关过程、细胞外基质组织、胞外结构组织、骨骼系统发育、细胞粘附等.下调过程最显著的是核分裂过程,有丝分裂以及细胞周期相关过程.上调的通路为ECM受体交互通路和焦点粘附通路.下调通路分别是细胞周期,细胞因子受体交互通路,p53信号通路和卵母细胞减数分裂通路.结论体外培养中AFSCs能很好地维持基因的表达.     

肝癌相关差异表达基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

目的 建立生物信息学分析筛选肝癌基因芯片差异表达基因的方法,助力肝癌发病分子机制的研究。方法 通过R语言软件分析肝癌芯片数据GSE45436中肝癌组织和癌旁组织差异表达的基因, DAVID软件对差异表达基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,String和Cytoscape软件分析关键基因和模块。结果 共筛选出375个差异表达明显的基因,其中表达上调和下调的分别有99个和296个。差异基因功能分析主要涉及细胞周期、p53信号通路、补体途径、细胞色素P450代谢通路等。蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络显示拓扑异构酶Ⅱα (TOP2A) 可能与肝癌的发生发展最为相关。结论 本研究采用基因芯片结合生物信息学方法,构建了肝癌差异表达基因编码的蛋白互作网络。TOP2A可能是肝癌相关的核心基因。     

新雷公藤衍生物雷藤舒对类风湿关节炎滑膜细胞基因表达的影响

目的:研究新雷公藤衍生物雷藤舒[(5R)-5-hydroxytriptolide,LLDT-8]对肿瘤坏死因子(TNF)-α联合白介素(IL)-17诱导的类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)信号通路的调节作用。方法:体外培养RA FLS,根据干预措施不同分为实验组和对照组。实验组加入LLDT-8+DMEM培养液,对照组加入等容量DMEM培养液;培养24 h后,实验组和对照组同时加入含TNF-α、IL-17的DMEM培养液;刺激12 h后,收集细胞,分离获取总RNA。采用Aglient基因表达谱芯片检测RA FLS基因表达的变化,利用KEGG数据库分析LLDT-8对RA FLS Pathway的影响。结果:(1)LLDT-8干预TNF-α联合IL-17诱导RA FLS后差异表达基因共408条,其中上调基因119条,下调基因289条。(2)LLDT-8能调控TNF-α联合IL-17诱导的RA FLS的细胞因子受体通路、趋化因子信号转导通路、Toll样受体通路、TNF信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路、JAK-STAT信号通路等多条RA相关通路。结论:LLDT-8可能通过双向调节细胞因子受体通路、趋化因子信号转导通路,下调Toll样受体、NF-κB、JAK-STAT等信号通路达到抗RA作用,为进一步临床运用提供实验依据。     

基于生物信息学分析急性心肌梗死基因表达差异及中药干预

目的 通过GEO基因表达数据库分析比较正常人和急性心肌梗死患者的基因芯片数据,筛选出差异表达基因(DEGs),进而预测治疗心肌梗死的潜在中药。方法 下载GSE66360基因芯片,通过分析获得差异表达的基因信息,对DEGs进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,通过String数据库和Cytoscape软件进一步分析得到关键基因,通过关键基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相互映射,筛选出治疗急性心肌梗死的潜在中药。结果 筛选出943个差异表达基因。生物过程主要富集在髓样白细胞活化、细胞因子产生的调节、白细胞趋化性等方面,细胞组成主要集中在分泌颗粒腔、膜面、膜的外在成分等,分子功能主要表现在趋化因子受体结合、模式识别受体活性、细胞因子结合等;KEGG分析显示主要参与的信号通路有肿瘤坏死因子(TNF)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)和JAK-STAT信号通路等。筛选的关键基因有FPR2、STAT3、CXCL1、CXCL8、UBR4、JUN、PTAFR、FCER1G、GPR84、PLAU,预测出干预急性心肌梗死的潜在中药有蜈蚣(P=0.00...     

结直肠癌中O-型糖基化相关差异基因的筛选及分析

目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn（+）细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集（gene set enrichment analysis,GESA）方法行GO基因本体（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）、转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β）和Wnt等经典信号通路上。结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。     

复发性流产肾虚证小鼠子宫蜕膜组织miRNA表达谱检测及生物信息学分析

目的 探讨微小RNA（microRNA,miRNA）在复发性流产（repeated spontaneous abortion,RSA）肾虚证小鼠子宫蜕膜组织中的表达特征。方法 运用基因芯片技术对所采集的正常对照组和RSA小鼠蜕膜组织进行miRNA检测,运用Genespring软件对miRNA进行筛选及功能分析。应用生物信息学方法分析差异表达的miRNA及其靶向基因在RSA发生、发展中的作用。结果 芯片检测结果显示正常对照组和RSA肾虚证组筛选出差异表达的miRNA共有63条（22条上调、41条下调）,实时荧光定量PCR验证的miRNA的表达情况与miRNA芯片结果一致。京都基因与基因组百科全书通路富集分析及基因本体分析显示,其差异表达的miRNA涉及到PI3K-Akt信号通路、细胞吞噬通路、癌症通路、黏着斑通路、肌动蛋白细胞骨架调控通路、轴突导向信号、MAPK信号通路、PAP-1信号通路等。结论 RSA肾虚证小鼠子宫蜕膜组织中存在差异表达的micro RNA,可能涉及RSA肾虚证的发生、发展。     

微RNA对K562细胞基因表达谱的影响

目的 应用基因芯片技术,研究微RNA（miR-18la）对人白血病K562细胞基因表达谱的影响。方法 针对miR-18la成熟序列设计并合成miR-181a RNA duplexes,采用OligofectamineTM脂质体法转染K562细胞。应用Agilent HumanlA寡核苷酸基因芯片,检测和分析对照组与微RNA转染组间的基因表达谱差异。结果 从20173个候选基因中,筛选出228个差异表达基因。与对照组K562细胞比较,表达上调的基因有59个,主要有代谢相关基因、抑癌基因、信号转导相关基因、免疫防御相关基因等;表达下调的有169个,主要有原癌基因、DNA结合与转录因子、代谢相关基因、信号转导相关基因、细胞周期及发育相关基因等。RT-PCR技术验证了CTCF、ZAP70、SEMA4C和RALA4个基因表达的变化。结论 微RNA转染K562细胞48h后,影响了细胞内一系列基因的表达。这些基因可能与微RNA的功能相关,同时也是转录后水平上抑制基因表达的调控方式实现的基础。这为进一步深入研究微RNA的功能及其具体的作用机制提供了重要的线索和依据。     

基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关基因

目的利用基因芯片技术高通量筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关基因,为研究雄激素去势抵抗进展前列腺癌的分子机制奠定基础。方法提取并纯化LNCaP及C4～2细胞的总mRNA,反转录合成荧光分子标记的cDNA,与基因芯片杂交;采用Genepix Pr06．0图像分析软件分析,筛选表达差异的基因;KEGG富集分析每个pathway中差异基因富集的显著性。结果在表达谱芯片中筛选出417个差异表达基因,包括301个C4～2细胞中表达上调基因,116个表达下调基因;KEGG富集分析显示,与前列腺癌相关的表达差异的基因有GF、EGFR、HSP、BAD、P21、E2F、Raf、CyclinE、PSA和Pj3K等,其中EGFR、Raf表达差异最明显。结论EGFR、Raf基因表达异常可能在雄激素去势抵抗型前列腺癌的形成过程中发挥着重要作用,本研究为前列腺癌去势抵抗进展分子机制的探索提供了理论依据。     

人参皂甙对K562细胞作用的基因表达谱研究

目的 运用基因芯片技术研究人参总皂甙(TSPG)作用后K562细胞基因表达谱的变化.方法 200 μg/ml TSPG作用于K562细胞3 d后,提取总RNA,合成cRNA并分别用cy3和cy5标记,与AgilentHuman 1B寡核苷酸基因芯片杂交,研究基因表达谱的变化.结果 TSPG刺激K562细胞后共有362个基因表达发生变化,与对照组K562细胞比较,表达上调的基因有20个,主要有代谢相关基因,信号转导相关基因,细胞受体相关基因等;表达下调的有342个,包括免疫防御相关基因,DNA结合与转录因子,代谢相关基因,细胞周期相关基因等.RT-PCR技术验证了FOSL1、E2F2、CCNE2和ODZ1四个基因表达的变化.结论 TSPG刺激K562细胞后,影响了细胞内一系列基因的表达.这些基因可能与TSPG的抗肿瘤机制有关.     

应用基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关的基因

目的利用基因芯片技术高通量筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关的基因,为研究雄激素去势抵抗进展及前列腺癌的分子机制奠定基础。方法提取并纯化LNCaP及C4-2细胞的总mRNA,反转录合成荧光分子标记的cDNA,与基因芯片杂交;采用Genepix Pro6.0图像分析软件分析,筛选表达差异的基因;KEGG富集分析每个pathway中差异基因富集的显著性。结果在表达谱芯片中筛选出417个差异表达的基因,包括301个C4-2细胞中表达上调的基因,116个表达下调的基因;KEGG富集分析显示与前列腺癌相关表达差异的基因有GF、EGFR、HSP、BAD、P21、E2F、Raf、CyclinE、PSA、PI3K等,其中EGFR、Raf、PSA表达差异最明显。结论 EGFR、Raf、PSA基因的表达异常可能在雄激素去势抵抗型前列腺癌的形成过程中发挥着重要的作用,本研究为前列腺癌去势抵抗进展的分子机制的探索提供了理论依据。     

多囊卵巢综合征伴胰岛素抵抗患者血清miRNA差异表达及二甲双胍干预作用

目的：二甲双胍对多囊卵巢综合征伴胰岛素抵抗（PCOS-IR）患者血清基因表达谱的影响。方法：选择PCOS-IR患者6例为治疗组，健康育龄期女性6例为健康对照组，采用基因芯片和RT-PCR的方法研究临床诊断为PCOS-IR患者的血清miRNA表达变化及二甲双胍干预后的血清miRNA变化。对筛选并验证后具有差异表达的miRNA先用生物信息学方法，再用Gene Ontology和KEGG通路的数据库进行功能和通路分析。结果：系统聚类结果显示治疗组治疗前与健康对照组和治疗后均存在差异。通过RT-PCR验证，治疗组治疗前与健康对照组比较，得到10个差异表达变化的miRNA（P＜0.05）；治疗组治疗前与同组治疗后比较，得到8个差异表达变化的miRNA（P＜0.05）。GO分析显示：差异表达基因与转录调控、信号转导、跨膜转运、细胞增殖、细胞凋亡、细胞代谢、细胞黏附、蛋白磷酸化、蛋白质运输、多细胞生物发育、凝血功能、神经传导等有关。KEGG分析显示，差异表达miRNA参与显著表达的通路有：EGFR酪氨酸激酶抑制剂抗性、Rap1信号通路、wnt信号通路、前列腺癌通路、mTOR信号通路、cAMP信号通路、磷脂酰肌醇信号系统、MAPK信号通路。共得到878个与PCOS-IR及其二甲双胍治疗更相关的靶基因。结论：部分miRNA参与PCOS-IR的发病和二甲双胍治疗过程。     

宣威地区肺腺癌病人肺组织特异miRNAs表达谱和靶基因及其信号通路预测

目的 筛选出宣威地区肺腺癌病人肺组织miRNAs差异表达谱,预测其相关靶基因和信号通路.方法 选取来自宣威地区肺腺癌24例和非宣威地区肺腺癌10例患者手术切除的肺癌组织和正常肺组织标本,miRNAs芯片检测34对肺癌切除标本,筛选宣威肺腺癌miRNAs差异表达谱,AGO分析和KEGG Pathway分析预测其miRNAs的生物与肺癌相关的靶基因和信号通路.结果 miRNAs芯片检测:与非宣威肺腺癌比较,宣威肺腺癌差异表达显著的特异miRNAs34个:表达上调的miRNAs有23个,表达下调的miRNAs有11个.AGO富集分析及KEGG数据库映射分析发现:预测主要集中在PI3K/Alt信号通路附近,其预测靶基因有:GF、RTK、SOS、IRS1、BCAP、CYTOKINSR、ECM、ITGB、FAK和GBY,可能对肺癌生物学功能产生影响的靶基因主要集中在PI3K/Alt,WNT和MAPK通路.结论 筛选出这些特异性miRNAs可能在宣威肺腺癌癌变和进展中起重要作用,预测的靶基因可能与调节PI3K/Alt,WNT和MAPK信号通路的作用有关.     

顺铂耐药卵巢癌的差异表达基因和信号通路富集分析

目的 分析顺铂耐药卵巢癌的差异表达基因和信号通路.方法 用美国国立信息中心NCBI的GEO数据库获得顺铂耐药卵巢癌基因集GSE15372, 通过R与Bioconductor软件进行差异表达基因分析;再利用DAVID在线工具对顺铂耐药卵巢癌差异表达基因进行GO本体分析、KEGG通路分析.结果 差异倍数在2倍以上、FDR值小于0.05为标准, 筛选出上调差异表达基因和下调差异表达基因获得差异表达基因211个, 其中上调基因120个, 下调基因91个;基因富集分析发现差异表达基因集中在黏着斑、TGF-β信号通路等生物过程 (P<0.05) .结论 顺铂耐药卵巢癌存在一些特异的差异表达基因, 有部分信号通路在顺铂耐药卵巢癌中明显富集.     

2型糖尿病患者脂肪组织CD14+细胞基因表达的变化及其与环境因子的关系

目的:基于芯片数据研究2型糖尿病(Type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者脂肪组织CD14+细胞的基因表达情况,筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物信息学方法分析肥胖影响T2DM患者免疫状况的分子机制及环境因子对该机制的影响.方法:...