霍乱弧菌O139群CTXφ和nct-CTXφ基因组共存新型结构

目的霍乱孤菌（VC）O139群CTXφ和nct—CTXφ基因组共存新类型的结构研究。方法分别扩增CTXφ或nct—CTXφ基因组串联体的第一个基因组末端和第二个起始端之间的基因,扩增片段再经RsaⅠ和BglⅡ酶切、型特异引物PCR方法,区分rstR—ig2类型;扩增TLC和RS区之间片段并区分rstR—is2类型;扩增RTX与CTXφ或nct—CTXφ核心区之闻片段。结果O139群VC代表菌株及CTXφ和/或nct—CTXφ的rstR—ig2类型（以上标表示）如下,FJ9510株CTX ETφ、FJ98352株CTXETφ＋nct-CTXφ＋nct-CTX calcφ、FJ99364株CTXETφ＋nct-CTX newO139φ＋nct-CTX calcφ、JS9803株CTXETφ＋nct—CTX newO139φ、JX94484株CTXETφ＋nct—CTX newETφ;不同rstR—ig2类型CTXφ和nct—CTXφ基因组zot基因3’末端46bp序列中20个位点不同,推测的15个氨基酸序列中11个位点不同;O139群VC CTXφ基因组附近序列均为TLC和RTX基因簇,而nct—CTXφ基因组附近均为未知或新类型序列。结论阐明O139群VC CTXφ和nct-CTXφ基因组共存新类型主要变异区及染色体插入位点附近结构。     

霍乱弧菌JS9803株CTXEI Torφ和nct-CTXnewO139φ基因组克隆、测序及序列分析

目的霍乱弧菌JS9803株CTX^ET Torφ和nct-CTX^newO139φ基因组克隆、测序及序列分析。方法基因亚克隆、测序及序列生物信息学分析。结果霍乱弧菌9803株CTX^ET Torφ基因组与EI Tor类型的高度同源，RS区为双拷贝，核心区为单拷贝，RS侧和核心区侧染色体部分序列分别为TLC和RTX基因簇。nct-CTX^newO139φ基因组与已报道的其它类型比较。rstR基因及推测的氨基酸序列同源性分别为27．6％-50．5％和14．1％～48．4％，间隔区ig-2基因同源性25．2％～29．6％，表明rstR-ig2为新类型，该基因组附近染色体部分序列也为新发现的基因。结论在霍乱弧菌中发现新类型rstR-ig2的nct-CTX^newO139φ基因组，并和CTX^ET Torφ印基因组共存。     

霍乱弧菌JS9803株CTXEI Torφ和nct-CTXnewO139φ基因组克隆、测序及序列分析

目的霍乱弧菌JS9803株CTXEITorφ和nct-CTXnewO139φ基因组克隆、测序及序列分析。方法基因亚克隆、测序及序列生物信息学分析。结果霍乱弧菌9803株CTXEITorφ基因组与EITor类型的高度同源,RS区为双拷贝,核心区为单拷贝,RS侧和核心区侧染色体部分序列分别为TLC和RTX基因簇。nct-CTXnewO139φ基因组与已报道的其它类型比较,rstR基因及推测的氨基酸序列同源性分别为27.6%～50.5%和14.1%～48.4%,间隔区ig-2基因同源性25.2%～29.6%,表明rstR-ig2为新类型,该基因组附近染色体部分序列也为新发现的基因。结论在霍乱弧菌中发现新类型rstR-ig2的nct-CTXnewO139φ基因组,并和CTXEITorφ基因组共存。     

用埃尔托霍乱弧菌噬菌体对非O1群霍乱弧菌和拟态弧菌分型探讨

1989年我们在作埃尔托霍乱弧菌噬菌体分型的同时,也把非O1群霍乱弧菌的菌株同时进行分型,结果发现非O1群霍乱弧菌也可被某些型别的噬菌体裂解,为此我们将1986～2001年从各类标本中分离所得的284株非O1群霍乱弧菌和9株拟态弧菌用埃尔托型霍乱弧菌噬菌体进行分型探讨,现将结果报道如下。     

O1群和O139群霍乱弧菌荧光PCR快速检测方法的建立

目的建立检测O1群和O139群霍乱弧菌的实时荧光聚合酶链反应（荧光PCR）方法,并进行优化和评价。方法根据O1群和O139群霍乱孤菌O抗原编码基因设计探针和引物,建立同时检测霍乱孤菌O1群和O139群的荧光PCR方法,并对体系中的引物、Mg^2＋、dNTP和Taq酶进行优化,然后对建立的方法进行特异性、灵敏性、重复性的评价,并进行224份河口水样本的检测。结果建立了检测O1群和O139群霍乱弧菌的双重荧光PCR方法。对非O1群和O139群霍乱孤菌无扩增反应,敏感度比常规分离培养高。结论以O抗原编码基因为目标检测片段建立了O1群和O139群霍乱孤菌双重荧光PCR检测方法,可用于疑似霍乱弧菌感染的样本常规分离前的快速筛查。     

O139群霍乱弧菌分子遗传学特征研究

1992年 ,印度南部 Madras市发生了由非 O1群霍乱弧菌引起的典型霍乱样腹泻爆发 ,分离的弧菌与 O1～ O1 38群霍乱弧菌诊断血清均不凝集 ,日本专家岛田等将其命名为 O1 39血清群 ,并将“Ben-gal”作为 O1 39群霍乱弧菌的同义词 ,以此纪念该菌种在孟加拉湾的海滨城市首次分离到。O1 39霍乱的流行来势凶猛 ,病死率高。由于人群缺乏对 O1 39霍乱弧菌的免疫力 ,极易发生爆发和流行 ,有些专家认为这可能是第八次霍乱世界大流行的开始( 1) 。因此 ,对 O1 39霍乱的防治是我们面临的一个新课题。近年来 ,借助高速发展的分子生物学技术 ,人们从基因…     

霍乱弧菌新类型TCP氨基酸序列生物信息学分析

目的 研究4种新类型霍乱弧茼（VC）毒力协同调节菌毛（TCP）氨基酸序列进行生物信息学特征。方法基因序列及氨基酸序列利用DNAStar和BLAST进行分析。结果对4种新类型tcpA推测的氨基酸序列的俚螺旋、B折叠、疏水性、抗原表位等特征进行分析,并与国外发现的4种类型比较,N末端约100个氨基酸序列的抗原表位等特征高度一致,而C末端约60个氨基酸序列的抗原表位等特征差别较大。在对tcpA基因扩增及测序时,扩增片段包括tcpB基因5#端部分基因及其启动子区,序列分析表明,不同类型tcpB的启动子区差别较大,不同类型tcpB5#端部分基因存在多个位点突变,但均未导致氨基酸变异。结论4种新类型TCP和国外发现的4种类型的C末端抗原表位差别较大。保护性抗原表住主要啦于C末端,提示不同类型TCP抗原交叉保护性较弱。     

从井水中检出O139群霍乱弧菌非流行株报告

目的通过对江阴市外环境水体进行霍乱弧菌检测，了解霍乱弧菌在其中的存活及菌型分布情况，为制定防治措施提供依据。方法采集外环境监测点水样进行霍乱弧菌分离培养，按国标法进行系统菌株鉴定。结果从井水中检出1株O139群霍乱弧菌非流行株，检出率为0．81％。结论江阴市自然水体中存在有O139群霍乱弧菌，提示在今后的霍乱监测中，这些环境应作为监测重点。     

新疆O139群霍乱弧菌93006菌株基因组文库的构建

目的：构建我国新疆分离O139群霍乱弧菌菌株(93006菌株)的基因组文库,为研究我国O139群霍乱弧菌的来源及其基因组特征提供资料。方法：制备霍乱弧菌高相对分子质量的基因组DNA,用Sau3AI酶将基因组。DNA部分酶切成平均大小为32∽40kb的片段,将部分酶切并经碱性磷酸酶(CIAP)处理的DNA片段与经XbaI、CIAP、BamHI处理的粘粒载体SuperCosl的载体臂相连接,连接产物经体外包装并转染大肠杆菌XL-BluelMR,经氨苄抗性筛选得到阳性克隆,构建霍乱弧菌的基因组文库。结果：该文库共获得了1200个单克隆,平均插入片段的大小为32kb,空载率为0．05％,相当于9个库容量,从本文库中筛选到任一霍乱弧菌的DNA单拷贝序列的机率为99．98％,该文库能承受7次反复冻溶。结论：成功构建了我国新疆分离O139群霍乱弧菌菌株93006的基因组文库,为进一步克隆霍乱弧菌的基因和研究我国O139群霍乱弧菌的来源奠定了基础。     

霍乱弧菌非O1群菌株的群体遗传结构

近年来非Ｏ１群霍乱弧菌在人类疾病上的流行病学意义也日益受到人们的关注。应用多位点酶电泳法对９８株非Ｏ１群霍乱弧菌１７个酶基因位点进行检测分析。结果：在被检测的基因位点中，大多位点的等位基因数较多，等位基因频率相对较低，但多数位点具有１～２个优势等位基因；平均遗传多态值和杂合度分析表明，检测的１７个酶基因位点都是多态的，平均遗传多态值ＨＮＯ１为０．６２７，平均杂合度ｈＮＯ１为６．５，说明非Ｏ１群霍乱弧菌群体遗传结构复杂，群体中的变异程度很高；这与非Ｏ１群霍乱弧菌广泛分布于自然环境水体中是一致的。结果提示：在被检测地区，非Ｏ１群霍乱弧菌中尚不具有遗传性状稳定的较大优势群体存在；同时也说明环境的自然选择在细菌进化变异中的重要作用。文中还对非Ｏ１群霍乱弧菌群体遗传结构的明显变化可能导致的流行病学意义进行了讨论     

霍乱弧菌O139菌株的分子生物学特征

为阐明Ｏ１３９霍乱弧菌的主要分子生物学特征，并为探讨其来源提供科学依据，应用核酸脉冲场凝胶电泳、基因探针Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交等方法，对国内外分离的２３株Ｏ１３９菌和一些Ｏ１群菌株进行分析。结果表明，所有Ｏ１３９菌株均表现为一致的且具有特征性的酶切图谱；它们与埃尔托型流行株的图谱较与古典型菌株图谱更为相似，与埃尔托非流行株和其他非Ｏ１菌株的遗传差异较大。在ＳｍａＩ图谱中，新疆分离的Ｏ１３９菌株显示出与当地１９８９年分离的埃尔托型流行株较接近的图谱；Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ结果显示在不同的酶切图谱分子杂交（ＳｍａＩ、ＳａｌＩ、ＸｂａＩｃｔｘ，ＢｇｌＩ１６ｓｒＲＮＡ）中，Ｏ１３９菌株与Ｏ１流行株之间有一定的差异；我国分离的Ｏ１３９菌株具有一致的图谱，与印度和孟加拉国分离的Ｏ１３９菌株之间有较小差异；新疆分离的Ｏ１３９菌株与该地１９８９年分离的某些ＥＶＣ流行株的图谱相似。基因检测表明，Ｏ１３９菌株都具有ｃｔｘ、ｚｏｔ、ａｃｅ和ＲＳ１；ＭＥＥ分析表明，Ｏ１３９菌株的ＥＴ型与ＥＶＣ流行株不可区分。     

Toxin-coregulated pilus-loaded microparticles as a vaccine against Vibrio cholerae O139

The cholera epidemics is an important public health problem in many developing countries. Highly effective and preventive vaccines against cholera are under investigation as alternatives to the one available presently. Much of the vaccine research focuses on colonization factors. Colonization of a human by the Vibrio cholerae (V. cholerae Ol strain is mediated by toxin-coregulated pilus (TCP), 1 which was shown to play a role in the infant mouse cholera model and subsequently in human volunteers. 2 TCP-loaded vaccines could potentially provide cross-protection among experimental strains. Data have indicated that poly (D,L-lactide)-polyethylene glycol copolymer (PELA)microparticles loaded antigens were strongly immunogenic, 3 and that these microparticles served as an effective delivery system for a single dose of vaccine. 4Microparticle formulation could represent the next generation of vaccines, as they are highly effective at delivery of vaccines, thus requiring fewer doses. 5 We prepared PELA microparticles loaded with TCP for testing as a vaccine; their targeting distributions were identified and related immune responses were analyzed.     

Toxin-coregulated pilus-loaded microparticles as a vaccine against Vibrio cholerae O139

The cholera epidemics is an important public health problem in many developing countries. Highly effective and preventive vaccines against cholera are under investigation as alternatives to the one available presently. Much of the vaccine research focuses on colonization factors. Colonization of a human by the     

霍乱弧菌O139和El Tor菌株毒力岛区域分子特征比较

目的:比较O139霍乱弧菌(VC O139)菌株MO45基因组与O1群El Tor霍乱弧菌(EVC)菌株N16961基因组中毒力岛(VPI)区域分子特征.方法:制备霍乱弧菌VPI上游VC0815基因探针.从VC O139菌株MO45基因组文库中筛选一个既含有VC0815基因又含有tcpA基因的克隆,命名为pCOSVC081545,绘制pCOSVC081545 VPI上游片段的限制性酶切图谱,并与N16961同段序列的限制性酶切图谱进行比较.结果与结论:pCOSVC081545和N16961中VPI上游约1 500 bp片段的限制性酶切图谱基本相同,支持O139霍乱弧菌是EVC O抗原突变而来的观点.     

霍乱弧菌O1群菌株的群体遗传学特征

霍乱的病原菌是Ｏ１群霍乱弧菌，但在Ｏ１群霍乱弧菌中，仅有部分可以引起霍乱流行，因此不同菌株在流行病学上的意义差异很大。为探讨Ｏ１群菌不同型别和亚群之间的遗传关系和进化变异规律，应用多位点酶电泳法对Ｏ１群霍乱弧菌进行研究。结果：Ｏ１群霍乱弧菌的大多基因位点等位基因频率较低，尤其是古典型菌株和埃尔托型流行株，大多被检测基因为非多态位点；Ｏ１群霍乱弧菌的平均遗传多态值（ＨＯ１）为０．１８３，平均杂合度（ｈＯ１）为５．６７；其中古典型菌、埃尔托型流行株、埃尔托型非流行株的平均遗传多态值和平均杂合度分别为：ＨＣＶＣ＝０．１０６，ｈＣＶＣ＝１．５；ＨＥＳＥＶＣ＝０．０５６，ｈＥＳＥＶＣ＝２．３；ＨＮＳＥＶＣ＝０．４２５，ｈＮＳＥＶＣ＝５。结果显示：古典型和埃尔托型流行株作为霍乱的病原体是一个遗传关系紧密的群体，而埃尔托型非流行株遗传关系较为离散，与流行株之间的关系也较远，可能是其长期作为环境菌株进化变异的结果     

霍乱弧菌毒力表达调控基因toxR的PCR扩增及克隆

为了构建霍乱弧菌和杜氏利什曼原虫双价口服活疫苗候选株,作者采用PCR对霍乱弧菌毒力表达调控基因toxR进行扩增及克隆,并对霍乱弧菌toxR基因进行限制性酶切分析.结果显示:7株霍乱弧菌均扩增出1.3kb的toxR基因片段,toxR基因中部含有EcoRⅠ酶切位点,再将toxR基因克隆在质粒pAT153上,对所获的重组质粒ptR4进行限制性酶切分析,证实质粒ptR4插入的1.3kb的DNA片段为toxR基因片段.     

Structural variation of the superintegron in the toxigenic Vibrio cholerae O1 El Tor

Objective To understand the genetic structures and variations of the superintegron(SI)in Vibrio cholerae isolated in the seventh cholera pandemic.Methods Polymerase chain reaction scanning and fragment sequencing were used.Sixty toxigenic V.cholerae O1 El Tor strains isolated between 1961 and 2008 were analyzed.Results Some variations were found,including insertions,replacements,and deletions.Most of the deletions were probably the result of recombination between V.cholerae repeat sequences.The majority of ...