基于数据挖掘分析PEG3基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

目的:阐述印迹基因PEG3在肾细胞癌中的表达及意义。方法:利用Oncomine数据库及GEPIA分析PEG3在肾透明细胞癌组织中的表达情况;利用KM-Plotter做PEG3与肾透明细胞癌患者生存期的相关性分析,经MethHC分析PEG3启动子区甲基化水平,String-DB数据库分析PEG3相互作用蛋白;通过The Human Protein Atlas分析PEG3蛋白在肾透明细胞癌中的蛋白表达情况。结果:在mRNA水平上,PEG3在肾透明细胞癌中较正常肾组织显著低表达,表达水平与肾癌预后呈负相关（Log-rank P=0.001 1）,PEG3蛋白在肾透明细胞癌中也较正常肾脏组织低表达,且其启动子甲基化水平则显著增高。与PEG3相关蛋白有NLRP7、MEST、SIAH1、PEG10、CDC25B等,可能参与细胞有丝分裂周期调节及遗传印迹等细胞功能。结论:通过肿瘤基因数据库信息挖掘发现, PEG3在肾透明细胞癌组织中呈低表达,且与患者生存期有关,将为后续的肿瘤研究提供重要的理论依据。     

MYBL1在肾透明细胞癌组织中表达及与其预后相关性分析

目的 探讨MYBL1在肾透明细胞癌中表达及与其预后的相关性。方法 通过TCGA数据库获取肾透明细胞癌患者临床资料，卡方检验分析MYBL1表达在肾透明细胞癌中相关因素，R软件分析MYBL1在肾透明细胞与癌旁组织表达差异；受试者工作曲线特征(ROC)分析MYBL1诊断肾透明细胞癌准确度。LimkedOmic数据库进行GO/KEEG分析；TIMER数据库评估肾透明细胞癌中MYBL1表达与免疫细胞浸润分析。结果 MYBL1表达与性别(P=0.008)、肿瘤分级(P=0.001)、T分期(P=0.02)、M分期(P=0.003)显著相关，与种族、年龄、N分期无显著相关。肾透明系细胞癌组织MYBL1表达水平明显高于癌旁组织，MYBL1低表达组总生存期及疾病无进展期均优于高表达组(P<0.01),ROC曲线结果显示：MYBL1具有较高的诊断准确性0.926,可信区间为(0.89～0.926);GO/KEE通路分析显示MYBL基因参与细胞器分裂、细胞核分裂、染色体分离以及ATP酶活性和偶联、微管运动等多种细胞周期活动。MYBL1表达与B细胞(cor=0.209)、CD4+T细胞(cor=0.17...     

基于TCGA数据库探究肾透明细胞癌关键基因的表达及预后作用

目的:探究肾透明细胞癌中关键基因的表达及预后作用,寻找潜在治疗靶点。方法:从TCGA数据库下载肾透明细胞癌mRNA的表达数据,通过Rstudio软件分析肿瘤与正常组织间差异表达基因,对差异表达基因进行富集分析、蛋白-蛋白相互作用网络构建,并分析出关键基因,最后对关键基因进行预后分析。结果:得到1 855个差异表达基因,其中有1 207个是上调的,648个是下调的,富集分析发现差异基因主要与信号转导、物质代谢、免疫反应等信号通路相关。筛选出10个关键基因中有6个存在预后价值。结论:筛选出的差异基因及信号通路可以帮助我们探索肾透明细胞癌发病的分子机制,同时为靶向治疗的研究提供潜在的理论依据。     

基于公共数据库分析GABRD基因在肾透明细胞癌组织中的表达及预后意义

目的:探讨γ-氨基丁酸A受体δ亚基（GABRD）基因在肾透明细胞癌组织中的表达及预后意义,通过富集分析初步了解GABRD基因在肾透明细胞癌中可能发挥的功能。方法:提取Oncomine和TCGA数据库中有关GABRD基因表达的数据集,进行数据挖掘。筛选GABRD基因在肾透明细胞癌中的关联基因并进行富集分析。结果:Oncomine和TCGA数据库中检索到涉及GABRD基因的研究包含肾透明细胞癌标本75例和正常组织597例。在肾透明细胞癌组织中GABRD mRNA的表达量显著高于正常组织（P＜0.01）。使用UALCAN网站分析来自TCGA数据库531例肾透明细胞癌患者发现,GABRD高表达的患者总体死亡率较高,而低表达GABRD的患者预后较好（P=0.012）。基于UALCAN网站筛选出的GABRD关联基因,富集分析发现这些基因主要涉及血管生成、肌动蛋白着丝过程、细胞连接、对生长因子的反应、小GTP酶介导的信号转导、涉及细胞分化的细胞表型等。结论:GABRD基因在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后相关,其共表达基因参与多个和肿瘤发生进展有关的生物过程,有望成为肾透明细胞癌的治疗靶点。     

基于数据挖掘分析VHL，PBRM1，TTN，SETD2，BAP1在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

目的:研究相关基因在肾透明细胞癌中的表达变化,评价相关基因与肾透明细胞癌的关系及其对预后的影响。方法:在TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库中配对肾透明细胞癌组织和正常肾细胞组织相关基因表达谱数据,通过数据挖掘技术挖掘相关基因（VHL,PBRM1,TTN,SETD2,BAP1）与肾透明细胞癌表达及预后的关系。结果:相对比正常肾透明细胞组织,VHL,PBRM1,SETD2,BAP1均呈低表达,TTN呈高表达,通过建立相关生存曲线,可知PBRM1低表达与TTN高表达能够减少肾透明细胞癌患者的生存时间,而VHL、SETD2、BAP1基因低表达与肾透明细胞癌患者的生存时间无统计学差异。结论:PBRM1的低表达与TTN高表达是影响肾透明细胞癌预后的不良因素,因此PRBM1、TTN基因的表达对判断肾透明细胞癌患者的生存预后具有参考价值。     

AURKB和TOP2A在乳头状肾细胞癌组织中的表达及与预后的关系

目的:探索AURKB和TOP2A在乳头状肾细胞癌(PRCC)组织中的表达及与预后的相关性。方法:从TCGA(the cancer genome atlas)数据库下载乳头状肾细胞癌mRNA的表达数据以及乳头状肾细胞癌患者的临床数据,利用R软件的相关包进行差异分析,筛选出差异基因。将差异基因导入STRING和Cytoscape中得到差异基因蛋白相互作用网络以及前10个关键基因,并通过GEPIA数据库验证,得到AURKB和TOP2A。进一步绘制出AURKB及TOP2A在PRCC中的表达及与临床预后的关系。最后我们选取部分肾乳头状细胞癌手术石蜡组织标本进行了实验验证。结果:AURKB和TOP2A在乳头状肾细胞癌组织中的表达量较癌旁组织中显著提高,与预后及临床特征有明显相关性,且AURKB与TOP2A表达量越高乳头状肾细胞癌患者预后越差。结论:应用生物信息学方法发现AURKB和TOP2A可能是作为PRCC预后指标。     

FBXW10与Cyclin E在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的 研究F框/WD-40域蛋白10(FBXW10)和细胞周期蛋白E(Cyclin E)在肾透明细胞癌组织中的表达及其临床意义。方法 应用免疫组化SP法检测60例肾透明细胞癌及其中行根治术的20例癌旁正常肾组织中FBXW10和Cyclin E蛋白的表达,分析两者之间的相关性及其与患者病理特征之间的关系。结果 FBXW10和Cyclin E蛋白在癌组织和癌旁正常组织表达率分别是40.0%、70.0%和55.0%、25.0%(P＜0.05)。FBXW10蛋白的表达与肾透明细胞癌的组织学分级(P=0.041)、远处转移(P=0.030)有关;Cyclin E蛋白的表达与透明细胞肾癌的病理分期(P=0.005)、组织学分级(P=0.035)、远处转移(P=0.011)有关。肾癌组织中FBXW10与Cyclin E蛋白的表达有相关性(r=0.533,P＜0.001)。结论 FBXW10和Cyclin E可能在肾透明细胞癌的发生发展中起重要作用。     

触珠蛋白HP在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的:研究触珠蛋白HP在肾透明细胞癌中的表达及临床意义,为肾透明细胞癌的医治提供新的生物治疗靶点和理论依据。方法:从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载肾透明细胞癌的相关基因数据,进行筛选后获得目的基因HP。利用免疫组化研究该基因在肾透明细胞癌组织及癌旁组织中的差异化表达,以及与临床数据的相关性,随后利用R软件对TCGA数据库中的病例样本进一步分析予以验证,并分析HP与临床预后的关系。结果:TCGA数据库中总共得到611个样本(其中癌旁组织样本72个,癌组织样本539个),挑选后得到1 925个差异基因。筛选后选择HP为目标基因,免疫组化表明HP在肾透明细胞癌组织中阳性率（66.0%）高于癌旁组织（36.0%）(P=0.005),并且该基因的表达与WHO/ISUP核分级差异有统计学意义（P<0.05）,与性别、年龄及T分期差异无统计学意义（P> 0.05）。对TCGA数据库样本分析发现HP的表达水平与T分期、N分期、性别及TNM分期的差异有统计学意义（P<0.05）,而与年龄、M分期的差异无统计学意义（P> 0.05）,并且HP高表达组的预后较低表达组更差。结论...     

TMEM45A在肾透明细胞癌中的表达及作用机制研究

目的 探讨TMEM45A(Transmembrane protein 45A,TMEM45A)在肾透明细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中的表达及作用。方法 利用R语言提取Oncomine数据库中TMEM45A相关研究的数据;利用GEPIA数据库在线分析TMEM45A表达水平与肾透明细胞癌分期及生存时间的关系;实时定量PCR和Western blot检测TMEM45A在肾透明细胞癌组织及肾癌细胞系中的表达;应用针对TMEM45A的siRNA转染Caki-1细胞后,实时定量PCR和Western blot验证TMEM45A表达降低,CCK8分析抑制TMEM45A表达后对细胞增殖的影响,实时定量PCR和Western blot分析低表达TMEM45A抑制细胞增殖的作用机制。结果 Oncomine数据库中共收集了384项TMEM45A相关的研究,35项有统计学差异,其中25项表达升高、10项表达降低。有4项研究与ccRCC相关,共有115例样本。分析发现,ccRCC中TMEM45A表达显著升高(P＜0.05);同时发现高表达的TMEM45A与ccRCC高分期及预后不良密切相关(P＜0.05)。与正常的肾脏组织相比,TMEM45A mRNA在肾透明细胞癌组织中表达明显升高(P＜0.05)。人肾癌Caki-1和786-0细胞中TMEM45A mRNA和蛋白表达高于正常肾小管上皮HK-2细胞。TMEM45A siRNA转染Caki-1细胞48 h、72 h后,细胞的增殖能力显著下降(P＜0.001)。同时发现抑制TMEM45A后,PCNA和Cyclin D1蛋白和mRNA表达明显下降(P＜0.05)。结论 TMEM45A在ccRCC中表达升高且与ccRCC分期、预后相关,可能通过调控PCNA和Cyclin D1参与肾癌细胞的增殖。     

肾透明细胞癌中Ang-2的表达及与血管生成的关系

目的:探讨Ang-2及CD34在肾透明细胞癌中的表达及与肾透明细胞癌血管生成的关系.方法:应用免疫组化S-P法,分别检测80例肾透明细胞癌组织及10例癌旁肾组织中Ang-2及CD34的表达.结果:肾透明细胞癌组织中Ang-2阳性表达率为61.25%(49/80),明显高于癌旁肾组织.Ang-2的表达与肾透明细胞癌患者血尿、临床分期及淋巴结转移显著相关.结论:Ang-2可能在肾透明细胞癌血管生成中起重要作用,与肾透明细胞癌的分期、转移相关.     

基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析

目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析,探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,String数据库构建蛋白互作网络,同时利用Cytoscape获取关键基因,GEPIA数据库分析关键基因的表达情况,UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析,并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因,包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程,富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因,在卵巢癌中均呈高表达,其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关,BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究,为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。     

基于TCGA数据库分析E2F7在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

目的:通过数据挖掘分析E2F7在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）组织中的表达特征及临床意义。方法:基于GEPIA、LinkedOmics数据库分析E2F7在ccRCC中的差异性表达及其与患者预后的关系。应用WebGestalt工具分析与E2F7表达相关的基因。结果:E2F7 mRNA在ccRCC组织中表达水平高于正常肾组织。Linkedomics数据库分析显示E2F7 mRNA在ccRCC病理分期中存在表达差异（P＜0.05），且随着病理分期的升高，表达水平有上调趋势。E2F7 mRNA在不同T、M、N分期（P＜0.05）中存在差异性表达。生存分析表明，E2F7的表达水平与ccRCC患者的总体生存率（Logrank P=0.023）与无复发生存率（Logrank P=0.041）显著相关，此外，E2F7表达水平与BUB1B、CDC6、CCNE2、CCNE1（r分别为0.827 7、0.720 4、0.677 8、0.612 5，P均<0.01）基因呈显著正相关，与PINK1、KAT5、HSD17B8（r分别为-0.511 0、-0.508 4、-0.502 9，P均<0.01）基因呈显著负相关。E2F7表达相关基因富集分析与DNA复制、细胞周期以及NF-kappa B信号通路（NF-kappa B signaling pathway）相关。结论:在ccRCC中E2F7的表达与患者的病理分期、T分期、N分期、M分期及预后有一定的相关性，因此E2F7可能成为ccRCC的预后标志物及潜在治疗靶点。     

基于数据挖掘分析KIF14与SSK1在卵巢癌组织中的表达及临床意义

目的:应用生物信息学方法挖掘卵巢癌的相关基因,探讨其表达情况及临床意义,为卵巢癌的诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载基因芯片数据集GSE23391、GSE18520和GSE54388,利用其在线分析工具GEO2R筛选卵巢癌的差异表达基因（DEGs）。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建蛋白互作网络和关键基因模块,挖掘卵巢癌靶基因。利用Oncomine在线分析网站,分析癌症公共数据基因组中卵巢癌KIF14及SSK1 mRNA的表达信息,利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:共筛选出251个DEGs,富集分析显示差异基因在减数分裂、丝氨酸/苏氨酸代谢、启动DNA复制、细胞衰老等方面富集。筛选获得22个DEGs均呈高表达,其中KIF14与SSK1的表达水平与卵巢癌的FIGO分期及总生存率明显相关。结论:本研究通过生物信息学挖掘,发现KIF14与SSK1基因在卵巢癌组织中呈高表达,并且与卵巢癌的预后关系密切,具有指导意义。     

基于生物信息学方法分析甲酰肽受体1在胶质瘤中的表达及临床意义

目的：分析胶质瘤与正常组织表达差异的基因,筛选和胶质瘤预后相关的关键基因。方法：通过下载GEO（Gene Expression Omnibus）数据库GSE15824原始数据,利用R语言分析正常组织与胶质瘤组织中差异表达的基因,通过生物信息学分析工具（DAVID、String、Cytoscape、oncomine和GEPIA）对差异表达的基因进行生物学功能、蛋白互作网络（PPI）分析及筛选胶质瘤的预后标志物。结果：共筛选出648个差异表达的mRNAs。差异表达mRNAs的生物学功能主要富集于T细胞的激活,调节白细胞的黏附和细胞的迁移。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于PI3K/Akt,MAPK和钙离子信号通路。FPR1在胶质瘤中明显高表达,其表达水平与胶质瘤的预后呈负相关（Log-rank P < 0.01）。结论：通过基因芯片数据库的分析,FPR1在胶质瘤中高表达,且与患者生存预后相关,为进一步分子机制的研究提供了新思路。     

肺腺癌相关基因的生物信息学分析

[摘要] 目的：通过生物信息学分析基因表达谱,获取肺腺癌相关基因及信号通路。方法：从GEO数据库下载GSE40791、GSE68571、GSE43458 和GSE18842 表达数据,将4 个微阵列数据集整合获得肺腺癌相关差异表达基因,利用STRING数据库为差异表达基因构建肺腺癌蛋白-蛋白互相作用网络,并挖掘肺腺癌网络中基因模块及关键基因。通过DAVID对各基因模块进行基因富集分析,发掘基因模块在肺腺癌细胞中所执行的调控功能及模块中关键基因与患者的预后关系。结果：初步筛查获得肺腺癌相关37 个上调基因、120 个下调基因,并成功构建蛋白-蛋白相互作用网络,通过MCODE算法在蛋白-蛋白相互作用网络中构建基因模块以及计算关键基因(KIF14,SEPP1,SPP1,RBP4),最终获得的4 个模块分别参与细胞周期、血凝变化、细胞黏附和细胞代谢的调控。经验证4 个关键基因在肺腺癌和正常组织中有明显表达差异(P<0.05)。生存分析显示KIF14 的表达对肺腺癌的预后有显著影响(P<0.01),SEPP1、SPP1 对患者生存率有显著影响(P<0.05),RBP4 对患者的生存率影响无统计学意义(P>0.05)。结论：通过生物信息方法分析肺腺癌和癌旁正常组织的差异基因表达,最终筛选出3 个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,对肺腺癌的诊断和预后治疗提供了新思路,提高肺腺癌机制的研究效率。     

食管腺癌相关关键基因的筛选及其临床意义

目的：通过TCGA和GEO数据库筛选与食管腺癌相关的关键基因,并分析其生物学功能、相关信号通路和临床意义。方法：综合TCGA数据库食管腺癌数据和GEO数据库GSE92396芯片数据,使用R软件的DEseq2包和Limma包进行差异表达基因分析,获得共同差异表达基因。利用R软件的clusterProfiler包对共同差异表达基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。运用string网站和Cytoscape3.7.2软件进行蛋白互作网络分析,筛选出调节食管腺癌蛋白表达量的关键节点基因,再结合TCGA数据库分析关键节点基因与患者生存的关系。结果：通过数据库中90例食管腺癌组织和18例正常食管组织标本的基因芯片数据的分析,获得共同差异表达基因521个,其中高表达基因356个,低表达基因165个,它们主要与表皮发育和表皮细胞分化的代谢过程等相关功能和细胞因子及其受体相互作用等信号通路密切相关。蛋白互作网络分析得出15个关键节点基因,其中CXCL8和CCL20低表达的食管腺癌患者生存期显著长于高表达者（中位生存期32.4 vs 19.7个月,P<0.05;32.4 vs 13.9个月,P <0.05）。结论：数据库挖掘显示CXCL8与CCL20基因可能在食管腺癌的发生发展及预后中起着重要作用,可以作为判断患者预后的潜在指标。     

非吸烟女性肺癌潜在相关基因的生物信息学分析及功能预测

目的：对非吸烟女性肺癌潜在相关基因进行生物信息学分析及功能预测,探讨非吸烟女性肺癌患者的发病机制及预后标志物。方法：选择从GEO数据库下载非吸烟女性肺癌患者的基因芯片并用GEO2R软件筛选出差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）,再利用STRING 在线分析软件对DEG 进行GO 和KEGG 分析以及蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络分析,然后利用插件（M-CODE）对所有DEG进行可视化处理,筛选关键DEG,最后利用GEPIA及Kaplan-Meier plotter在线工具对关键DEG进行功能预测及预后分析。结果：共筛选出160 个DEG,其中上调54 个、下调106 个;GO分析其生物学功能主要与血管形成、单个生物细胞间黏附、GTPase活性正调控和信号转导密切相关（均P<0.05）。KEGG分析发现,可能主要与细胞黏附分子、白细胞迁移、紧密连接和胞吞作用相关（均P<0.05）。PPI 网络分析获得8 个关键DEG,分别是TIE1、PECAM1、VEGFD、ICAM2、ESAM、EMCN、ROBO4 和CLDN5。结论：TIE1、CLDN5、ICAM2、ESAM、VEGFD、ROBO4 可能是非吸烟女性肺癌发病机制的研究靶点,PECAM1、EMCN可能是预测非吸烟女性肺癌患者病情进展及预后的标志物。     

基于TCGA数据库分析CRB3在肾透明细胞癌（ccRCC）中的表达及其与预后的关系

目的:通过研究细胞极性蛋白CRB3（Crumbs 3）在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma,ccRCC）组织中的表达,阐明其对ccRCC早期诊断及预后的作用。方法:运用癌症基因组图谱（TCGA）数据库和免疫组织化学（immunohistochemistry,IHC）技术分析CRB3在ccRCC组织和正常肾组织的表达情况,通过LinkedOmics和GEPIA阐述CRB3表达与ccRCC临床病理学参数的相关性及对预后的影响。结果:CRB3 mRNA在ccRCC中低表达,并且与ccRCC病理分级、TNM分期呈负相关,并与人种相关。TCGA结果显示CRB3低表达是影响ccRCC患者总生存率和无病生存率的独立预后因素（P<0.05）。IHC结果证实,与正常肾组织相比,ccRCC中CRB3的蛋白表达量显著降低（P<0.05）。结论:在ccRCC中,CRB3低表达是一种重要的不良预后指标,可以作为预测患者转移发生、判断预后的有效生物标志物。     

胰腺癌诊断和预后关键生物标志物的筛选鉴定和综合分析CSCD

目的筛选鉴定胰腺癌进展过程的关键基因和途径,并进行综合分析。方法利用GEO2R对胰腺癌基因表达集合GSE15471、GSE16515、GSE28735、GSE62165中差异表达基因(DEGs)进行筛选和识别,运用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析。然后应用STRING数据库构建了蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape和GEPIA对Hub基因进行了鉴定。用反转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对这些Hub基因的mRNA水平进行定量分析。结果筛选出181个上调差异表达基因(uDEGs)和64个下调差异表达基因(dDEGs),分析结果显示uDEGs和dDEGs在细胞成分(CC),生物过程(BP)和分子功能(MF)中分别富集,与多条信号通路密切相关。DEGs中degree得分较高的top 25基因。8个基因的差异表达可预测胰腺癌的预后不良。RT-qPCR结果显示这些基因在胰腺癌组织中均有差异表达发生。结论MMP14、MMP1、MET、PLAU、ITGA2、KRT19、COL12A1和ITGA3是与胰腺癌进展有关的关键基因。