基于网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒干预类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒（CTWPGs）干预类风湿关节炎（RA）的分子作用机制。方法 通过检索相关文献,并运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药百科全书数据库（ETCM）、分子机制生物信息学分析工具（BATMAN）等获取CTWPGs的主要活性成分和作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、药物银行（Drug Bank）、基因卡（Gene Cards）、治疗靶点数据库（TTD）等获取RA相关靶点;药物与疾病靶点映射后获取交集靶点,以String数据库对交集靶点构建蛋白互相作用网络,并分析、筛选核心靶点;通过注释、可视化、集成发现数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析,以及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路分析,采用Cytoscape3.6.0构建CTWPGs“活性成分-靶点-信号通路”的可视化网络。结果 通过筛选获得CTWPGs干预RA的作用成分共47种,得到作用于RA的核心靶点34个。GO功能富集分析共得到357个条目（P<0.05）,其中生物过程条目299个,细胞组成条目21个,分子...     

大黄治疗糖尿病肾脏疾病的网络药理学研究

目的：通过网络药理学方法探讨大黄治疗糖尿病肾疾病（Diabetic Kidney Disease,DKD）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）筛选大黄的活性成分及靶点;利用GeneCards和OMIM数据库检索DKD相关靶点;利用Cytoscape软件构建大黄治疗DKD的作用靶点与有效成分之间的关系网络;使用R软件进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析大黄治疗DKD有效靶点的生物学功能和作用机制。结果：得到大黄有效成分8个,治疗DKD潜在靶点62个,DKD靶点11 905个,大黄与DKD共同靶点59个。KEGG通路富集分析结果表明,大黄治疗DKD可能与肿瘤抑制蛋白p53信号通路和雌激素信号通路密切相关。结论：本研究初步验证了大黄治疗DKD的信号通路相关机制,为进一步研究提供了理论基础和科学依据。     

雷公藤多苷及其主要活性成分抑制类风湿性关节炎的作用机制研究进展

雷公藤多苷是从雷公藤Tripterygium wilfordii根部提取出的总苷,其现代制剂雷公藤多苷片在临床上对类风湿性关节炎（rheumatoid arthritis,RA）有确切疗效,雷公藤甲素和雷公藤红素是雷公藤多苷的主要活性成分。现代研究发现雷公藤多苷治疗RA的机制包括抑制血管生成、维持调节性T细胞（regulatory T cells,Treg）和辅助性T细胞17(T helper type 17,Th17)之间的平衡、抑制基质金属蛋白酶表达和促进成纤维样滑膜细胞凋亡等。而其主要活性成分雷公藤甲素和雷公藤红素除了调节Treg和Th17细胞之间的平衡外,还可以通过调节细胞自噬、抑制多条炎症相关信号通路活化等多种途径发挥抑制RA的作用。首先回顾RA的发病机制,并重点对雷公藤多苷及其主要活性成分抑制RA的作用机制进行总结和阐述,以期为有关雷公藤多苷抗RA的研究提供参考。     

基于网络药理学探讨杜仲治疗类风湿关节炎的作用机制

目的：基于网络药理学探讨杜仲治疗类风湿关节炎（Rheumatoid Arthritis,RA）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选杜仲的活性成分及其作用靶点;利用GeneCards及OMIM数据库检索RA相关靶点基因,并借助String数据库、Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、活性成分-靶点网络;通过David数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：筛选后得到杜仲活性成分28个、作用靶点181个、RA相关靶点4 822个、杜仲治疗RA的潜在作用靶点135个。包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt serine/Threonine kinase1,AKT1)、白细胞介素（Interleukin,IL）-6、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)、IL-1β等。GO富集分析获得生物过程561条,细胞组分60条和分子功能117条。KEGG富集分析得到156条通路,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物（Advanced ...     

基于网络药理学研究海金沙治疗输尿管结石的作用机制

目的：从网络药理学的角度,研究中药海金沙治疗输尿管结石疾病的关键成分和作用机制。方法：通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）,检索海金沙的有效成分和相关作用靶点,并利用Uniprot数据库匹配对应的基因名称;再通过GeneCards和Drugbank数据库查询获取输尿管结石疾病相关靶点,利用Cytoscape 3.9.1软件将海金沙-输尿管结石的交集靶点做网络可视化处理;通过String数据库构建相应的蛋白质-蛋白质相互作用关系图,再计算得出关键靶点基因;最后将相应的靶点基因数据通过Bioconductor数据库和R语言获得基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析各20条。结果：通过筛选,获得海金沙的有效成分共11种,海金沙与输尿管结石疾病相关的靶点共有15个,包括雄激素受体（Androgen Receptor,AR）、肾上腺素能受体α1β(Adrenoceptor Alpha 1B,ADRA1B)、前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、周期蛋白依赖激酶抑制因子1A(Cyclin ...     

基于网络药理学的大血藤治疗子宫内膜异位症作用机制分析

目的：应用网络药理学方法筛选大血藤的主要有效成分,预测有效成分治疗子宫内膜异位症（简称内异症）相关靶点,探讨大血藤“有效成分-靶点-通路”效应模型治疗内异症的机制。方法：通过中药化学成分数据库检索大血藤化学成分,并根据口服生物利用度 （OB） 和类药性指数 （DL） 筛选有效成分。利用 Targets information 软件筛选每种有效成分的作用靶点。通过利用 GeneCards 数据库收集内异症相关靶基因,并利用韦恩图工具得到大血藤有效成分治疗内异症的靶基因。利用Cytoscape 软件构建大血藤有效成分-靶点网络图,并通过 STRING 软件分析靶点蛋白之间关系。通过 Geneontology 数据库分析靶点基因富集的基因本体（GO）生物分析功能,并通过 KEGG 数据库分析靶点基因富集的信号通路。结果：本研究共筛选出大血藤有效成分 4 种,有效成分治疗内异症相关靶点共有 TGFB1、SLC6A4、PTGS2、PTGS1、PPARG、PON1、PIK3CG 等 20 个。发现大血藤可能通过调节细胞内雌激素受体信号通路、血小板形成、B 细胞稳态、T 细胞稳态、环氧合酶途径、排卵等生物学过程,雌激素信号通路、细胞凋亡、花生四烯酸代谢、VEGF 信号通路、IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等 KEGG 通路发挥治疗作用。结论：该研究从网络药理学的角度初步验证了大血藤治疗内异症的主要靶点和相关通路,为下一步实验研究和临床运用奠定基础。     

基于分子对接与数据挖掘探讨生姜解半夏毒的相关机制

目的：基于分子对接与数据挖掘研究生姜解半夏毒的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索生姜有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测生姜成分靶点,经Swiss-model同源建模半夏凝集素后进行分子对接。通过DisGeNET数据库获取炎症相关靶点,通过基因映射获取生姜治疗炎症的作用靶点。应用String构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选关键基因。对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：筛选得到生姜有效成分5种,与半夏凝集素均有较强结合力。生姜治疗炎症靶点49个,关键靶点有15个,包括MMP9、HSP90AA1、PPARG、RELA、APP、ICAM1、MMP2、mTOR等。通过GO与KEGG富集分析,49个靶点基因涉及急性炎症反应、炎症反应的调节、炎症介质的产生、T细胞的激活、淋巴细胞迁移生物过程,且主要富集于Th17细胞分化相关通路。结论：生姜对半夏毒性成分产生抑制作用并通过减轻炎症反应来发挥解毒作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨松萝治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的：通过网络药理学和实验验证探讨松萝在治疗类风湿性关节炎（RA）中的潜在机制。方法：通过查阅文献和利用药物靶点预测网站检索松萝的化学成分和作用靶点,再利用疾病数据库检索RA的相关靶点,将两者取交集,运用Venny软件构建松萝和RA靶点的韦恩图,并取得共同靶点,构建中药–活性成分–靶点网络图、蛋白质相互作用（PPI）网络,并使用DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,取KEGG富集分析的前20条信号通路。最后通过实验验证,建立RA成纤维样滑膜细胞（RAFLS）模型,使用松萝干预RAFLS以验证其疗效和作用机制。结果：通过数据库筛选出松萝的主要活性成分11种、靶点308个,RA靶点513个,共同靶点49个。其中松萝的主要活性成分是松萝酸、芹菜素、扁枝衣酸乙酯、黑茶渍素、地弗地衣酸等。松萝治疗RA的核心靶点包括：肿瘤坏死因子（TNF）、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、MMP2、白细胞介素–2(IL–2)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、转化生长因子β1(TGFβ...     

基于网络药理学探讨鸦胆子对肺癌的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨鸦胆子对肺癌的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库（TCMSP）提取鸦胆子的有效成分及其相关作用靶点;检索GeneCards和OMIM数据库提取肺癌疾病靶点;采用STRING数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape构建化合物-靶点网络以及化合物-靶点-生物过程-通路网络,DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果：检索TCMSP得到并通过OB值和DL值筛选得到有效成分15中,有效靶点44个。检索GeneCards数据库和OMIM数据库得到疾病靶点21 729个,将化合物靶点与疾病靶点相映射得到交集靶点39个。将结果导入Cytoscape软件,构建“化合物-靶点”网络;再构建“药物-化合物-靶点-疾病”网络。将关键靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作网络,其中度值较高且处于较核心位置的靶点有CASP3、CCND1、EGFR、IL6、AR等。再对39个关键靶点进行富集分析,结果显示鸦胆子治疗肺癌的关键靶点共富集为7个生物过程聚类,涉及58个条目,经过筛选剩余9个生物过程。对鸦胆子治疗肺癌的39个关键靶点进行通路富集,结果显示共有7个富集的通路聚类,涉及62个条目,经过筛选剩余12条通路。结论：鸦胆子治疗肺癌的临床疗效确切,基于数据库的机制分析也证实它不仅可以治疗小细胞肺癌,同时也可以作用于非小细胞肺癌。     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

痛泻要方主要有效成分的多靶点网络构建与机制分析

目的:对痛泻要方主要有效成分构建多靶点网络和机制分析,以阐明痛泻要方多成分、多靶点、多通路治疗肠易激综合征的药理机制。方法:利用数据库筛选出肠易激综合征相关基因,结合文献与数据库获取痛泻要方的目标成分和靶点,通过注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)和京都基因组百科全书(KEGG)对靶点基因进行功能注释和通路富集分析,利用网络数据集成、分析和可视化(Cytoscape)软件构建痛泻要方的成分、靶点、疾病通路的相关网络并进行分析。结果:筛选得到痛泻要方中25种主要有效成分,相关靶点37个。以此为基础构建了目标成分-有效靶点(C-T)网络和成分-靶点-通路(C-T-P)网络,获得重要成分12个,核心靶点11个,关键通路26条,功能涉及胃肠道血管平滑肌、内分泌调节和神经免疫。结论:痛泻要方不同有效成分作用于多靶点网络,通过炎症反应调节、肠道感觉功能调节、免疫反应调节、精神心理调节和肠道感染与菌群紊乱调节等多途径发挥协同作用。     

骨碎补治疗骨关节炎的网络药理学研究

目的基于网络药理学和生物信息学研究骨碎补治疗骨关节炎(OA)可能的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)对骨碎补可能的生物活性成分和靶点进行筛选和预测,通过TTD等5个数据库挖掘骨关节炎相关的作用靶点,采用Clue Go分析骨碎补治疗OA可能的分子机制。结果从TCMSP检索出71个骨碎补相关成分,根据口服生物利用度(OB)和药物相似性(DL)值筛选获得生物活性成分18个,同时预测出92个可能的作用靶点;通过相关数据库共检索到与OA密切相关的靶点168个;拓扑分析筛选出骨碎补治疗OA的99个关键靶点;Clue GO分析显示,骨碎补治疗OA的关键靶点主要涉及细胞周期、炎症、感染、癌症相关等31条信号通路。结论骨碎补治疗OA具有多系统、多成分、多靶点的特点;其可能的作用机制包括直接参与骨重建的细胞增殖、凋亡及分化,调节成骨、破骨代谢平衡,以及调节免疫、炎症反应等干预和影响骨微环境以达到控制疾病发生发展的目的,与目前治疗OA的作用机制相符合。     

淫羊藿治疗股骨头坏死的分子机制分析

目的:基于网络药理学和生物信息学研究淫羊藿治疗股骨头坏死可能的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台对淫羊藿可能的活性成分和靶点进行筛选和预测,针对TTD,Drug Bank,OMIM,GAD,Pharm GKB等数据库与股骨头坏死相关的作用靶点进行挖掘,结合生物信息学手段,明确淫羊藿防治股骨头坏死的特异性靶点,采用Clue GO进行信号通路富集分析,以进一步分析其可能的分子机制。结果:在中药系统药理学数据库和分析平台中共检索出与淫羊藿相关成分130个,根据口服生物利用度(OB)和药物相似性(DL)参数筛选获得入血活性成分23个,利用相关靶点预测技术预测可能的靶点102个;通过上述疾病基因相关数据库共检索到与股骨头坏死发生,发展密切相关的已知靶点72个。利用Cytoscape软件构建活性成分及疾病的蛋白质-蛋白质相互作用关系网络图,合并网络图并行拓扑分析筛选出关键基因135个;采用Clue GO信号通路富集分析显示,淫羊藿作用于股骨头坏死的关键节点涉及的信号通路主要被富集在细胞增殖、细胞凋亡、炎症、应激及癌症相关等80条信号通路。结论:淫羊藿治疗股骨头坏死具有多成分,多靶点的特点;其主要通路不仅直接参与骨重建的细胞增殖、凋亡及分化,调节成骨、破骨代谢平衡,还通过调节免疫、炎症及应激反应等干预和影响骨微环境以达到控制疾病发生发展的目的,与目前治疗股骨头坏死的作用机制相符合。     

基于网络药理学和分子对接的痰热清干预耐药铜绿假单胞菌致呼吸系统感染作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探究痰热清干预耐药铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,PA）所致呼吸系统感染性疾病的作用机制,为其进一步深入研究及合理应用提供参考。方法 依前期临床回顾性分析结果选取痰热清为研究药物,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissADME数据库及文献检索筛选获取痰热清各味中药的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM数据库挖掘PA相关呼吸系统疾病靶点,参考用药指南选取PA临床用药并预测其作用靶点;通过STRING平台构建药物-疾病共有靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Metascape平台分析共有靶点涉及的生物过程和信号通路,采用Cytoscape 3.8.0软件构建痰热清干预耐药PA感染的成分-疾病-靶点网络及成分-靶点-通路网络;筛选主要作用靶点和活性成分,采用分子对接初步验证结合作用。结果 筛选得到痰热清中所含5味中药潜在活性成分共107个,预测作用靶点共746个,PA相关呼吸系统疾病及临床用药靶点共959个,韦恩图分析获取成分和疾病共有靶点213个;最终预测核心靶点主要为表皮生长因子受体（EGFR）、原癌基因酪氨酸受体激酶（SRC）、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶亚基（PIK3CA）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、MAPK、趋化因子等信号通路;分子对接表明预测结果的可靠性。结论 痰热清组方配伍合理,具多成分、多靶点、多通路的特点,主要通过抑制PI3K-Akt和EGFR-MAPK信号通路,抑制耐药PA在呼吸道过度黏附、产生黏液并分泌炎性因子和内毒素,从而缓解呼吸系统疾病。     

理中汤治疗胃溃疡的分子网络调控机制研究

目的 基于网络药理学和生物信息学方法探讨理中汤（LZT）治疗胃溃疡(GU)的分子网络调控机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中LZT的所有成分数据,筛选并预测其入血活性成分和作用靶点;通过疾病数据库检索与GU发病相关的基因,构建LZT成分靶点与GU疾病靶点的交互网络,获得LZT治疗胃溃疡的特征性基因;通过DAVID数据库对特征性基因进行基因本体（GO）和KEGG信号通路分析,利用Cytohubba筛选出LZT治疗胃溃疡的关键靶点。结果 在TCMSP中共检索出LZT的化学成分629个,根据ADME参数筛选获得入血的活性成分100个,预测靶点208个;通过疾病靶点数据库共检索到与GU发生、发展密切相关的靶点486个;运用Cytoscape筛选出LZT治疗GU的直接或间接靶点231个;GO和KEGG结果显示LZT可能通过调控Erb、JAK-STAT、FoxO、MAPK、PI3K-Akt等信号通路、细胞因子之间的相互作用等发挥治疗效应,其作用的关键靶点主要包括AKT1、EGF、ERBB2、STAT3和TP53等。结论 LZT治疗GU具有多成分、多途径和多靶点的特点,其治疗GU的分子网络机制主要与调控JAK-STAT、MAPK、PI3K-Akt等信号通路和EGF、AKT1、STAT3等关键靶点密切相关。本研究可为LZT临床应用于GU的治疗提供理论依据。     

基于网络药理学探讨骨碎补抗骨质疏松的物质基础及作用机制

目的:通过网络药理学思路,预测骨碎补活性成分的作用靶点,结合骨质疏松(OP)相关靶点进行映射,拓扑出相互作用的关键节点进行富集分析,全方位探讨骨碎补抗OP的药理作用机制。方法:首先,在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中基于药代动力学特征筛选出骨碎补的主要活性成分,并使用有机小分子生物活性数据库(Pub Chem)和Swiss Target Prediction数据库根据二维或三维结构相似性预测出相关作用靶点,然后通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和Pubmed文本挖掘已知的OP治疗靶点,结合预测靶点导入String数据库构建骨碎补治疗OP靶点相互作用网络图,借助Cyto NCA软件根据相关节点参数拓扑出相互作用的关键节点,再次导入String构建蛋白质相互作用网络图,最后通过DAVID数据库对关键节点进行生物功能及代谢通路分析。结果:筛选出16个骨碎补活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点118个;经过文本挖掘检索出OP相关靶点316个,根据String网络数据库构建蛋白相互作用网络,经Cyto NCA拓扑后,筛选出关键节点97个,富集分析显示骨碎补可能通过多条通路,从增殖、分化、免疫、氧化应激等多个方面,对干细胞、成骨细胞、破骨细胞、免疫细胞等产生调控作用。结论:基于网络药理学研究表明,骨碎补可能通过直接或间接作用靶点,参与调控多条主要信号通路,影响多类细胞的增殖、分化,从而起到抗OP的作用,为阐释其抗骨质疏松的物质基础与作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学和生物信息学研究苍附导痰丸治疗多囊卵巢综合征的分子机制＊

目的 探讨苍附导痰丸治疗多囊卵巢综合征（Polycystic ovary syndrome，PCOS）的潜在机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform，TCMSP）中苍附导痰丸组成药物的成分数据，筛选其有效成分和作用靶点；检索Drug Bank、GeneCards、OMIM、PharmGKB及Uniprot疾病数据库中PCOS相关靶点；检索GEO数据库，选择多囊卵巢综合征的差异表达基因。构建苍附导痰丸和PCOS成分、靶点间的相互关系网络，利用筛选出的关键靶点，构建蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络；在GO功能和KEGG信号通路富集的基础上，得出苍附导痰丸治疗PCOS的作用机制，进一步用分子对接技术验证靶点之间结合的可靠性。结果 共筛选出活性成分单体46个，159个苍附导痰丸治疗PCOS的共同靶点。结论 苍附导痰丸治疗PCOS具有多成分、多靶点、多通路的特点，推测苍附导痰丸可能通过调节炎症微环境从而改善肥胖型PCOS患者胰岛素抵抗，通过调节雌激素信号通路改善卵巢功能，因而可以改善肥胖及卵巢排卵的临床症状，为后期研究苍附导痰丸治疗PCOS的作用机制提供了新的理论支撑。     

基于网络药理学探讨桔梗-苦杏仁与肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

基于网络药理学的小檗碱治疗缺血性脑卒中作用机制探讨

目的：采用网络药理学方法探讨小檗碱治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库及SwissTargetPrediction平台检索并预测小檗碱的靶点,通过DrugBank、OMIM、GeneCards、DisGeNET、TTD数据库获得缺血性脑卒中疾病的相关靶点,两者取交集即得小檗碱抗缺血性脑卒中作用靶点。采用Cytoscape 3.6. 1软件构建作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出关键靶点,并对其进行分子对接验证。采用DAVID数据库进行基因本体（GO）生物学过程和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。细胞实验观察小檗碱对脑缺血再灌注损伤的作用及对关键靶基因细胞分裂周期蛋白42 (CDC42)、、肉瘤病毒蛋白（SRC） mRNA表达的影响。结果：共获得小檗碱抗缺血性脑卒中相关靶点44个,筛选出关键靶点6个。分子对接显示,关键靶点CDC42、SRC、丝裂原活化蛋白激酶14 (MAPK14)、MAPK8及雌激素受体1 (ESR1)与小檗碱亲和力较好。KEGG富集分析结果表明,小檗碱治疗缺血性脑...     

基于网络药理学的六味地黄丸治疗高血压作用机制探讨

目的:基于网络药理学探索六味地黄丸治疗高血压的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集六味地黄丸的有效化合物,在PharmMapper数据库中预测化合物可能的靶点,与GeneCards数据库中高血压相关靶点相映射,获得六味地黄丸调节高血压的可能作用靶点;对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建、基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,以揭示六味地黄丸治疗高血压可能的作用机制;运用AutoDock进行分子对接验证。结果:共筛选出六味地黄丸中的69个化合物及269个作用靶点,其中作用于高血压的相关靶点有14个;PPI网络显示,血清白蛋白(ALB)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、表皮生长因子受体(EGFR)、肾素(REN)是4个联系最多的靶点,涉及对胆固醇的反应、血小板活化的负调节等生物过程,作用机制与调控黏附分子表达、破骨细胞分化、FoxO信号通路、肾素-血管紧张素系统等生物学通路有关。结论:六味地黄丸治疗高血压的主要成分有茯苓酸、泽泻醇、芍药苷、谷甾醇、豆甾醇等,ALB、NOS3、EGFR、REN是其主要作用靶点。