基于网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌的潜在机制

目的： 利用网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌（BC）的潜在机制。方法： 从中药系统药理学分析平台（TCMSP）收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的乳腺癌靶点取交集后,筛选出逍遥散治疗乳腺癌的潜在靶点,进而绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析其核心成分,构建靶蛋白互作网络并分析其核心靶点,并进行基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接探究核心成分与核心靶点的相互作用。结果： 逍遥散治疗乳腺癌的核心成分为槲皮素、木犀草素和山奈酚,核心靶点为AKT1、IL-6和VEGFA,分子对接表明核心成分与AKT1有较好的结合作用。相关通路机制涉及细胞增殖和凋亡、免疫功能、血管生成、骨质破坏和药物耐药,其中PI3K-Akt信号通路很可能是逍遥散干预的通路。结论： 逍遥散治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路综合作用机制,这可为今后阐明逍遥散治疗乳腺癌的具体机制提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨冬虫夏草抗肿瘤的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨慈丹胶囊治疗肝癌的作用机制

目的 用网络药理学和分子对接方法探索慈丹胶囊治疗肝癌的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台及相关文献收集慈丹胶囊的活性成分和作用靶标,并用Cytoscape-3.8.0软件构建中药组分-活性成分-关键靶点网络图。用基因名片数据库筛选肝癌的潜在靶点信息。基于蛋白质相互作用数据库构建慈丹胶囊和肝癌交集靶点蛋白的互作网络图。用注释、可视化和集成发现数据库将交集靶点进行基因本体生物过程富集分析和京都基因与基因百科全书信号通路富集分析。通过分子对接考察关键活性成分与潜在靶点蛋白的作用方式。结果 慈丹胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、木犀草素等59个主要活性成分作用于肿瘤抑制蛋白p53、肌动蛋白、丝/苏氨酸蛋白激酶1等127个关键靶点,进而调控癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶-丝/苏氨酸激酶通路等肿瘤相关信号通路,诱导细胞周期阻滞和凋亡,从而达到治疗肝癌的目的。分子对接结果显示,慈丹胶囊中主要活性成分能够与多个度值较高的关键核心靶点很好地结合,进而可能对靶点蛋白产生激活或抑制作用。结论 慈丹胶囊治疗肝癌的潜在作用机制具有多成分、多靶点、多通路的作用特点。     

基于系统药理学逍遥散治疗抑郁症的分子机制初探

目的从分子角度揭示逍遥散治疗抑郁症的分子机制,初步揭示中药复方治疗的科学内涵。方法运用系统药理学理论和方法,对中药成分、靶点等生物数据进行挖掘,构建"药物-靶点-疾病"网络,并对配伍机制进行分析。结果柴胡通过作用于MAO受体和SLC6A受体,治疗抑郁症主要症状;当归、白芍通过靶点CYP系列酶、AKRS超家族、ADORA受体,主要作用于食欲不振、全身乏力等兼症;茯苓、白术、甘草主要作用于AKRS超家族、ADORA受体,生姜、薄荷则作用于靶点SLC6A受体,它们协同治疗失眠等临床表现;甘草调和药性,作为使药之用。结论通过系统药理学模型的构建,从分子层面系统阐释逍遥散中诸药分别作用于抑郁症及其临床症状的机制,体现出中药复方协同发挥治疗抑郁症的作用。为中药复方分子机制的阐明及其质量标记物的遴选提供研究思路及方法。     

基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌的机制研究

目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;通过GEO数据库搜索并筛选LUAD表达数据集,用R语言分析获得差异表达基因;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建药物疾病交集靶点PPI网络,利用Metascape平台对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;使用分子对接方法对核心成分与靶点进行对接验证。结果经过对OB、DL初步筛选,获得16个活性成分和353个潜在靶点,其中MMP-9、MMP-1、CAT等靶点与LUAD密切相关。威麦宁治疗LUAD主要涉及液体剪切应力和动脉粥样硬化、癌症通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等。结论探讨了威麦宁治疗LUAD主要有效成分、作用靶点,以及相关的通路,并为进一步的研究提供依据和思路。     

基于分子网络研究四逆散抗抑郁症作用的潜在生物学机制

目的 基于分子网络研究四逆散治疗抑郁症的潜在生物学机制。方法 借助于中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库筛选四逆散的活性成分,筛选条件为口服利用率、药物相似性和血脑屏障透过率,并挖掘四逆散活性成分靶点和抑郁症的治疗靶点。利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,对应相应成分定义为四逆散抗抑郁的有效成分。利用String在线数据库进行交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络的预测,并利用DAVID数据库进行交集靶点KEGG信号通路的富集分析。最后使用Cytoscape 3.6软件进行活性成分-靶点网络及有效成分-靶点-信号通路的构建和拓扑分析。结果 筛选出了四逆散107个有效成分和28个重要的抗抑郁症靶点。四逆散抗抑郁症的重要靶点显著富集于神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触、逆行内源性大麻素信号传导、钙信号通路等10个信号通路中。结论 本研究从分子网络的角度初步揭示了四逆散治疗抑郁症的潜在作用机制,其主要的生物学机制可能与以神经活性配体-受体相互作用为中心的信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗胃癌的分子机制

目的:研究熊果酸治疗胃癌的作用机制。方法:本研究通过TCMSP,SymMap,DrugBank,Uniprot,DisGeNET数据库预测及筛选出熊果酸抗胃癌的潜在靶点。依托STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 3.7.1软件绘图。通过生物学信息注释DAVID数据库对靶点进行KEGG及GO的富集分析。使用AutodockVina进行分子对接,预测核心靶点和熊果酸的结合度,利用PyMOL软件绘图。结果:熊果酸治疗胃癌共有48个靶点,核心靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、信号转导与转录活化因子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点;筛选出与肿瘤相关的前10个通路,主要的信号通路包括:PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路。结论:本研究通过网络药理学的方法,揭示出熊果酸通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡、增强抗血管生成等通路发挥多靶点和多通路的抗胃癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制

目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制

目的 应用网络药理学研究杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 、中药综合数据库（TCMID）、药物成分靶标数据库（HIT）获取杞贞滋阴合剂的化学成分，从蛋白质-化学相互作用网络数据库（STITCH）中收集候选化合物的相关靶点。利用 GeneCards和DisGeNet数据库对性腺功能减退症的疾病基因进行映射，获得杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的潜在靶点。通过蛋白互作平台数据库（STRING）构建作用靶点之间的互作关系（PPI），将其导入 Cytoscap 软件构建 PPI 网络图。最后，通过对靶点基因进行GO、KEGG富集分析和分子对接，分析杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。结果 共获得148种疾病与药物交集化合物、96个疾病与药物交集靶点、1085个疾病靶点；其中，与疾病相关的成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等；通过GO富集分析共得到生物过程（BP）1792条、细胞组成（CC）31条、分子功能（MF）79条；通过KEGG富集分析得到FOXO通路、前列腺癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1通路等；通过分子对接显示，LEP与山柰酚的结合力最好也最稳定。结论 杞贞滋阴合剂的活性成分可能是通过改善胰岛素抵抗和Leydig细胞睾酮合成酶表达来发挥治疗性腺功能减退症的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术对白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌作用机制的研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌的作用靶点,探讨其治疗胰腺癌的潜在分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）、PharmMapper、OMIM、GeneCards、STRING、DAVID等在线数据库与Cytoscape软件构建一系列网络图、筛选核心靶点并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到药组活性成分35个,相关靶点190个,胰腺癌靶点1 566个以及白术-半夏-茯苓治疗胰腺癌的交集靶点76个。这些交集靶点主要参与基因表达的正调控,细胞因子介导的信号通路以及细胞凋亡调控等生物学过程,并与癌症通路、乙型肝炎、大肠癌、化学致癌受体激活、胰腺癌以及MAPK信号通路等相关。分子对接结果显示,白术-半夏-茯苓的主要活性成分与胰腺癌的潜在作用靶点间具有一定的结合活性。结论 白术-半夏-茯苓主要通过多成分、多靶点、多通路发挥对胰腺癌的治疗作用,为临床应用白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌提供一定的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点;运用Cytoscape 3.7.1软件构建苍耳子散-活性成分-靶点网络,并筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的核心成分;将苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点导入STRING平台,通过通过Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。结果 共收集苍耳子散的活性成分62个,苍耳子散与过敏性鼻炎的共同靶点214个,其中丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等可能为治疗过敏性鼻炎的关键靶点。通过GO富集分析得到苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用基因靶点参与622个生物学过程、62个细胞成分、152个分子功能;KEGG分析得到162条通路,主要与免疫反应、细胞调控和受体等相关通路有关。分子对接证实核心靶点STAT3、MAPK3能自发地与关键成分芫花素、亚油酸乙酯等结合。结论 苍耳子散主要通过芫花素、亚油酸乙酯等与STAT3、MAPK3的结合来参与免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终起到治疗过敏性鼻炎的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨川芎治疗紧张型头痛潜在分子机制

目的基于网络药理学探讨川芎治疗紧张型头痛的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法从TCMSP中检索出川芎中的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集紧张型头痛相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络,利用String数据库构建蛋白互作网络;通过R语言进行GO功能与KEGG通路富集分析。最后利用分子对接初步验证。结果最终获得7个有效成分,105个药物靶点,2 139个疾病靶点。蛋白互作网络共54个节点。GO功能富集分析得到215个条目,KEGG通路富集分析得到68条信号通路。分子对接显示FA、洋川芎醌、谷甾醇、川芎哚等成分与CASP3、MAPK1、MAPK14等靶点有较强亲和能力。结论川芎可能通过抗炎、抗氧化及细胞保护作用对紧张型头痛发挥治疗作用。     

网络药理学联合生物信息学及分子对接探索黄芪甲苷抗肝癌的作用机制

目的 利用网络药理学结合TCGA和GEO数据集以及分子对接系统性探索黄芪甲苷抗肝癌的分子机制。方法 通过CTD、OMIM及PharmMapper数据库预测黄芪甲苷靶点。计算TCGA和GEO数据集差异基因作为肝癌预测靶点并检索CTD和GeneCards数据库作为补充。用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白相互作用（PPI）网络，并筛选核心靶点。“clusterProfiler”R包用来对靶点富集分析。运用AutoDuck和PyMOL软件进行分子对接。结果 共预测到201个黄芪甲苷抗肝癌靶点，主要与老化、氧化应激及脂质代谢有关，且京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路与肝癌密切相关。201个靶点中有9个关键靶点，分子对接发现白细胞介素-6（IL-6）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白蛋白（ALB）与黄芪甲苷有良好结合力。结论 黄芪甲苷通过多靶点和多通路实现抗肝癌作用。     

基于网络药理学和分子对接法探讨柴胡疏肝散治疗功能性消化不良的作用机制

目的 探讨柴胡疏肝散治疗功能性消化不良的潜在分子机制.方法 通过TCMSP收集筛选柴胡疏肝散有效成分,通过PubChem和Swiss Target Prediction得到柴胡疏肝散的潜在靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNET及DrugBank数据库得到功能性消化不良疾病靶点.采用Cytoscape ...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨小白菊内酯治疗肺癌的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究小白菊内酯治疗肺癌的分子机制。方法 从Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库筛选小白菊内酯的作用靶基因。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集肺癌的疾病靶基因。使用Cytoscape软件构建“药物–靶基因–疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白互作网络（PPI）;通过Bioconductor平台进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用分子对接技术确定小白菊内酯与核心靶基因结合作用。结果 小白菊内酯靶基因共88个,肺癌相关基因8 814个,取交集得到小白菊内酯–肺癌共同靶基因68个。在PPI网络中,组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)、细胞色素P450(CYP)2D6、CYP3A4、CYP2A6、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、Toll样受体4(TLR4)、溴结构域包含蛋白（BRD）2、BRD4、单胺氧化酶A(MAOA)、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶-1(APEX1)是小白菊内酯作用于肺癌的10个核心基因...