基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的比较系统性红斑狼疮（SLE）患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变，筛选SLE差异表达基因。方法采集静脉血5ml提取总RNA后，反转录合成、标记cDNA探针，与基因芯片杂交后检测。结果9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个，涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性，但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

痉挛型脑瘫双生子差异表达基因筛选及功能分析

目的 利用基因表达谱芯片筛选出痉挛型脑瘫双生子患儿差异表达基因。方法 选择痉挛型脑瘫—正常双生子两对作为研究对象,其中两例痉挛型脑瘫作为对照组,两正常儿童做为空白组。分别抽取各组受检者外周静脉血5 mL,用TRIzol法提取总RNA后采用Human Genome Array表达谱芯片筛选差异表达基因,利用DAVID生物软件对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果 筛选出13个特异性差异表达基因,这些基因主要参与了免疫、细胞分化、肌肉张力及蛋白翻译合成等调节。结论 痉挛型脑瘫双生子存在差异表达的基因,这些基因可能是痉挛型脑瘫表型发生发展的关键病机之一。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

六价铬暴露人支气管上皮细胞致DNA损伤相关差异表达基因筛选

目的 建立六价铬Cr（Ⅵ）暴露人支气管上皮细胞（16HBE）的基因差异表达谱,并分析其致DNA损伤修复相关差异基因表达改变,筛选该毒性作用产生过程中的关键基因,为研究六价铬毒性机制提供新的思路和理论依据。方法 采用Affymetrix 3′IVT基因芯片检测Cr（Ⅵ）急性暴露16HBE细胞诱导的差异基因表达谱,运用生物信息学方法分析差异基因的相关生物学功能;进一步用Western blot蛋白电泳技术验证差异基因的蛋白表达水平。结果 Affymetrix 3′IVT基因芯片结果显示约200个基因表达变化大于2倍以上;生物信息学分析提示差异基因主要富集在DNA损伤与修复、转录与翻译等通路;DNA损伤修复通路中,FEN1、PCNA和APX1的mRNA表达水平均呈上升趋势,其中FEN1和PCNA基因的表达量均增加了约100%,差异有统计学意义（P<0.01）;Western blot结果显示FEN1、PCNA和APX1表达水平均呈上升趋势,与基因表达变化一致,其中FEN1的表达变化差异有统计学意义（P<0.05）。结论 Cr（Ⅵ）急性暴露人支气管上皮细胞可激活DNA损伤修复信号通路,使DNA损伤修复基因FEN1表达上调,DNA损伤修复通路可能在Cr（VI）诱导16HBE细胞毒性中发挥重要作用。     

人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究

目的 筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法 应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术,检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达,扫描仪扫描荧光芯片,图象处理软件分析结果。结果 在检测的3组标本中,存在大量差异表达基因,涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因,以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论 鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与,说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。     

不同证型系统性红斑狼疮患者外周血基因表达谱差异初探

【目的】比较系统性红斑狼疮(SLE)患者与正常人基因表达谱的改变,寻找SLE中医证候相关基因。【方法】采集静脉血5mL提取总RNA后,反转录合成、标记cDNA探针,与基因芯片杂交后检测。对SLE患者热毒炽盛、阴虚内热型基因表达谱差异进行聚类分析。【结果】发现9例SLE患者与正常人比较均有显著性差异表达的基因89个,涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、凋亡相关基因等。两证型大部分基因表达具有一致性,但有明显的表达程度差异。聚类分析结果显示,4例热毒炽盛归为明显一类,5例阴虚内热型患者归为另一类。热毒炽盛型代谢相关基因、急性时相炎症反应相关基因表达水平明显高于阴虚内热型。【结论】SLE的发生是由多基因共同作用的结果,在不同的证候中基因表达水平可能不同;证候微观的生物学基础可能反映为多种非特异性指标的多种组合、变化模式,有待进一步增加样本量继续研究和验证。     

2型糖尿病患者心肌间充质细胞基因表达变化及相关环境化学物的筛选

目的 基于全基因组高通量测序数据研究2型糖尿病(T2DM)患者心肌间充质细胞的基因表达情况,筛选差异表达基因,采用生物信息学分析评估T2DM心肌间充质细胞的遗传规律及环境因素对上述规律的影响。方法 从高通量基因表达公共数据库中获得数据集GSE106177,采用Network Analyst、Cytoscape、String11.0、CTD、HMDD等分析软件或数据库对数据进行预处理,筛选差异表达基因,进行生物学功能与信号通路富集分析,建立差异基因蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选相关环境化学物。结果 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式与对照组明显不同,共有135个差异表达基因,其中上调基因58个(42.96%),下调基因77个(57.04%);差异表达基因主要参与多细胞生物发育、解剖结构发展和系统发育等生物学过程,主要涉及肝细胞癌、库欣综合征、胆固醇代谢等通路。PPI网络显示,UBC为核心蛋白节点;microRNA-Gene交互作用网络显示,以hsa-mir-8485为代表的7个microRNA与差异表达基因具有交互作用关系;UBC、DNER、CNTN1等T2DM重要相关基因均与双酚A有交互作用关系。结论 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式发生明显改变,UBC可能在上述过程中发挥重要生物学作用,双酚A暴露也可能影响T2DM患者心肌细胞的发育和正常功能。     

一种用于基因表达谱分析的基因芯片方法

目的通过研究SLE患者外周血基因表达谱的改变,建立一种新型的基因芯片技术用于分子发病机理的研究.方法提取总RNA,逆转录合成单链cDNA、双链cDNA,体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交,通过抗体的检测标记荧光染料Cy3,基因芯片扫描仪进行图像扫描.结果该方法有较高的重复性和稳定性,SLE患者与正常对照相比较,鉴定出94个基因存在表达差异.结论该方法能在较少起始标本量的情况下,有效的进行SLE致病基因的筛选,更好的理解SLE发生的分子机理,并且可在其它疾病研究中推广应用.     

应用抑制消减杂交克隆支气管哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因

目的 探讨嗜酸细胞在支气管哮喘发病中的分子机制。方法 提取1名哮喘发作病人嗜酸细胞总RNA为实验子,治疗后作为对照的嗜酸细胞的RNA为驱动子。检测子、驱动子的总RNA由SMART cDNA合成方法合成双链cDNA,进而由抑制消减杂交方法获得消减杂交产物。消减杂交产物克隆到T载体建立消减文库,对部分克隆进行杂交筛选及序列比对。结果 消减杂交文库挑取400个克隆进行PCR扩增,阳性率约为80%。部分阳性克隆经2轮杂交筛选及序列对比后获得6个差异片段,涉及与编码炎症介质、细胞信号传导、能量代谢和细胞凋亡相关的基因。结论 抑制消减杂交技术有效地克隆了支气管哮喘发作期和缓解期嗜酸细胞差异表达的基因,为阐明嗜酸细胞在支气管哮喘发病中的分子机制奠定了良好的基础,并为临床防治支气管哮喘、寻找新的药物和方法提供了依据。     

肺癌遗传易感差异表达miRNA的筛选及生物信息学分析

目的 肺癌是目前我国死亡率最高的恶性肿瘤,发病率和病死率持续升高,且预后较差,患者的5年生存率小于15％,严重威胁人们的健康。筛选肺癌遗传易感差异表达的miRNA,分析差异表达的miRNA的靶基因功能,可为进一步研究miRNA在肺癌发生发展过程中的作用提供实验基础。方法 采用高通量测序技术检测海南地区汉族肺癌患者和对照患者血清中差异表达的miRNA,通过生物信息学方法预测差异miRNAs的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析、KEGG信号通路分析和蛋白相互作用分析。结果 肺癌患者和对照患者共筛选出3个显著差异表达的miRNA (P<0.05,|log2 (Fold Change)|≥1) ,且均呈下调状态。差异表达miRNAs所预测的靶基因显著参与癌症通路、 轴突导向通路、代谢通路,NUFIP2、PLAGL2、IGF1R基因编码的蛋白在互作网络中具有重要作用。结论 海南地区肺癌患者和对照患者间存在3个差异表达的miRNAs,这些miRNAs可能通过调控癌症、轴突导向、代谢等信号通路,调节下游靶蛋白参与肺癌的发生过程。     

一种用于基因表达谱分析的基因芯片方法

目的：通过研究SLE患者外周血基因表达谱的改变，建立一种新型的基因芯片技术用于分子发病机理的研究。方法：提取总RNA，逆转录合成单链cDNA、双链cDNA，体外转录合成生物标记的cRNA与基因芯片进行杂交，通过抗体的检测标记荧光染料Cy3，基因芯片扫描仪进行图像扫描。结果：该方法有较高的重复性和稳定性，SLE患者与正常对照组相比较，鉴定出94个基因存在表达差异。结论：该方法能在较少起始标本量的情况下，有效地进行SLE致病基因的筛选，更好的理解SLE发生的分子机理，并且可在其它疾病研究中推广应用。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞差异表达基因

目的：应用基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞（PBMC）与不伴远端对称性多神经病变糖尿病患者以及正常个体相比的差异表达基因.方法：采用包含5 075个功能已知人类基因的cDNA芯片检测2名2型糖尿病并发远端对称性多神经病变患者（DSPN组）,2名2型糖尿病不伴远端对称性多神经病变患者（DM组）以及2名年龄和性别匹配的正常个体（C组）PBMC基因表达谱,分析差异表达基因,并选择其中有差异表达的部分基因进行实时定量RT-PCR验证.结果：基因芯片技术筛选出22条差异表达基因,涉及细胞代谢与信号转导基因,原癌与抑癌基因,DNA合成和修复基因,离子通道与运输蛋白基因,DNA结合、转录和转录因子基因,细胞骨架组成基因等.其中上调基因4条,下调基因18条.实时定量RT-PCR测定下调基因中的AK1和FBXO7,与基因芯片技术结果一致.结论：2型糖尿病伴DSPN患者PBMC基因表达谱存在差异;DSPN可能涉及细胞代谢,信号转导和DNA合成等多个方面.     

Screening for genes associated with ovarian cancer prognosis

Background Human epithelial ovarian cancer cell line SKOV3.ipl is more invasive and metastatic compared with its parental line SKOV3. A total of 17 000 human genome complementary DNA microarrays were used to compare the gene expression patterns of the two cell lines. Based on this, the gene expression profiles of 22 patients with ovarian cancer were analyzed by cDNA microarray, and screened the 2-fold differentially expressed genes compared with the normal ones. We screened genes relevant to clinical prognosis of serous ovarian cancer by determining the expression profiles of ovarian cancer genes to investigate cell receptor and immunity-associated genes, and as groundwork, identify ovarian cancer-associated antigens at the gene level.
Methods Total RNA was extracted from 22 patients with ovarian cancer and DNA microarrays were prepared. After scanning, hybridization signals were collected and the genes that were differentially expressed twice as compared with the normal ones were screened.
Results We screened 236 genes relevant to the prognosis of ovarian cancer from the 17 000 human genome cDNA microarrays. According to gene classification, 48 of the 236 genes were cell receptor or immunity-associated genes, including 2 genes related to the International Federation of Gynecology and Obstetrics （FIGO） stage, 4 genes to histological grade, 18 genes to lymph node metastasis, 11 genes to residual disease, and 13 genes to the reactivity to chemotherapy. Several functionally important genes including fibronectin 1, pericentriolar material 1, beta-2-microglobulin, PPAR binding protein were identified through review of the literature.
Conclusions The cDNA microarray of ovarian cancer genes developed in this study was effective and high throughput in screening the ovarian cancer-associated genes differentially expressed. Through the studies of the cell receptor and immunity-associated genes we expect to identify the molecular biology index of ovarian cancer-associated antigens.     

基因芯片筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因的初步研究

目的:应用基因芯片技术进行喉鳞状上皮细胞癌相关基因表达谱差异分析,筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因.方法:从4例喉鳞状上皮细胞癌中相同患者体内取喉鳞状细胞癌组织和癌旁正常组织,应用含有人类全基因组的基因芯片进行分析.结果:在4例喉鳞状上皮细胞癌中共同基因表达显著差异的有349条,其中112条表达上调,237条表达下调.结论:基因芯片能提供大量喉癌相关基因表达谱的信息,分析这些差异表达的基因能够阐明喉鳞状上皮细胞癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,并识别肿瘤的标记物,为进一步研究喉鳞状上皮细胞癌发生、发展相关基因打下基础.     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的 :利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱 ,并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较 ,筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因 ,及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因 ,为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法 :用含 4 0 96个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果 :肺鳞癌差异表达基因 5 91个 ,其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 76个 ,上调的有 2 93个 ,下调的有 183个 ;肺腺癌差异表达基因 5 2 4个 ,其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 6 0个 ,上调的有 2 14个 ,下调有 2 4 6个 ;有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论 :肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱 ,筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的：利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱，并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较，筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因，及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因，为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法：用含4096个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果：肺鳞癌差异表达基因591个，其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因476个，上调的有293个，下调的有183个；肺腺癌差异表达基因524个，其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因460个，上调的有214个，下调有246个；有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论：肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱，筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

系统性红斑狼疮患者外周血中差异表达微小RNAs的筛选

目的通过比较微小RNAs(microRNAs,miRNA)在系统性红斑狼疮(SLE)患者和正常健康对照者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达情况,发现在SLE中异常表达的miRNA。方法提取23例SLE患者及10例正常健康对照者PBMC中总RNA并分离miRNA,采用含1 152条探针的哺乳动物miRNA芯片对两者之间差异表达的miRNA进行分析。随机选择其中4个miRNA,应用Northern blot对芯片结果进行验证。结果 SLE患者与正常健康对照者PBMC间差异表达的miRNA共14个,其中8个表达上调,6个表达下调。Northern blot验证结果与芯片表达结果一致。结论多种miRNA在SLE患者PBMC中异常表达,提示它们可能在SLE的发生发展中起着重要的调控作用。