CD14的B细胞抗原表位预测

目的预测人CD14抗原的B细胞表位。方法采用生物信息软件和互联网服务器，预测CD14的二级结构，分析CD14表面特性（亲水性、可塑性、可及性和抗原性），再计算平均抗原指数（AI）预测CD14的B细胞抗原表位。结果CD14存在多个潜在的抗原表位，257-271序列（shnslratvnpsapr）的AI（0.04413）明显高于其它序列，305-321序列（sc-nrlnrapqpdelpev）、19-34序列（ttpepcelddedfrc）和115-134序列（ysrlkeltledlkitgtmpp）的AI分别是0.03682、0.03256和0.03025。结论257-271序列（shnslratvnpsapr）是CD14的B细胞优势抗原表位，可用于制备CD14的特异性抗体。     

MUC1抗原的B细胞表位预测

目的预测MUC1抗原的B细胞表位.方法联合运用多种方法对MUC1的二级结构和表面特性,如理化性质、亲水性、可塑性、溶剂可及性及免疫原性等方面进行分析,预测MUC1的抗原表位.结果MUC1存在有多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:1-10,24-54,65-77,84-91,108-134,140-156,159-174,179-196,199-210,220-233,237-265,270-299,316-337,351-362,369-396,411-420,445-502.结论应用多参数预测MUC1抗原的B细胞表位,为进一步研究MUC1结构和功能、构建MUC1突变体和选择表达新型MUC1分子奠定了基础.     

嗜肺军团菌MompS抗原二级结构分析及表位预测

目的 分析嗜肺军团菌MompS抗原的二级结构并预测其B细胞表位,初步判断其活性多肽所在区域.方法 联合运用多种方法对MompS的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位.结果 MompS存在多个潜在抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位分布于三个区域:M1(353-546)、M2(1-215)、M3(216-399).体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫血清发生抗原特异性反应.结论 应用DNA Star和胞外区在线分析软件能够成功预测MompS抗原的B细胞表位,M3区域可用于后续的活性肽表位筛选区域.     

乙型肝炎病毒e抗原的B细胞表位预测

[目的]预测乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞表位.[方法]用Lasergene软件包中的Protean软件和吴玉章的氨基酸抗原指数预测法对HBeAg的氨基酸序列进行分析,预测其B细胞表位.[结果]推测最有可能的B细胞表位位于HBeAg N-端第50～63、85～94区段和第137～146区段内或它们的附近,其他区段如HBeAg N-端第12～18、24～32、37～43、118～124区段和第150～157区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位.[结论]用多种方法预测HBeAg的B细胞表位.为制备更好的HBV感染者血清学检测相关诊断用品的研究提供线索.     

FSHR胞外区抗原的二级结构预测和B细胞表位预测

目的:分析卵泡刺激素受体(Follicle stimulating hormone receptor,FSHR)胞外区蛋白的二级结构,在线预测FSHR胞外区潜在的B细胞表位.方法:利用DNAStar Protein软件对FSHR胞外区蛋白的二级结构和表面特性进行分析,联合在线B细胞表位预测,预测FSHR胞外区蛋白可能的抗原表位.合成预测的B细胞表位肽,对其抗原性进行鉴定.结果:FSHR胞外区蛋白可能的抗原表位区域为17～34、4244、116～122、142～147、179～193、239～241、266～270、279～282、288～307.选择4个区域合成肽段表位区域能与免疫抗血清发生抗原特异性反应.结论:应用多参数成功预测了FSHR胞外区蛋白抗原的B细胞表位.     

MAGE-A家族抗原共同B细胞表位预测分析

目的：预测和筛选黑色素瘤抗原A（MAGE-A）家族抗原的共同B细胞表位。方法：以MAGE-A1的全长氨基酸序列为基础,利用生物信息学软件,采用Hopp＆Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案等,结合MAGE-A1的二级结构与其柔性区域及跨膜区域对MAGE-A1的优势B表位区段进行综合分析,进一步运用抗原指数分析预测MAGE-A1的B细胞表位,并将其与MAGE-A家族中其他成员（MAGE-A2至A12）进行比对,以预测MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位。结果：MAGE-A1的全长为309个氨基酸,相对分子质量为46 kDa,为可溶性蛋白。经综合分析,其B细胞优势表位可能存在于氨基酸序列N端的9~14,84~88,118~124,160~165,208~214,233~240区段;经与MAGE-A家族中其他成员的氨基酸序列比对,MAGE-A1的9~14,84~88,118~124及233~240区段,即HCKPEE,EEEGP,RAREPVTK,GEPRKLLT肽段可能为MAGE-A家族抗原共同B细胞优势表位。结论：利用生物信息学预测发现MAGE-A1的优势B细胞表位中,9~14,84~88,118~124及233~240区段可能为MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位,可为表位疫苗的研制等提供理论依据。     

脂多糖结合蛋白的B细胞抗原表位预测及其效应初步分析

目的 预测人脂多糖结合蛋白(LBP)的B细胞抗原表位.方法 采用生物信息软件和互联网服务器,预测LBP的二级结构和分析LBP表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),再计算平均抗原指数(AI),预测LBP的B细胞抗原表位.结果 LBP存在多个潜在的抗原表位,247～260序列(FKGEIFHRNHRSPV)的AI(0.040 7)明显高于其他片段,370～379序列(LPSSSKEPVF)和303～325序列(ITDDMIPPDSNIRLTTKSFRPFV)的AI分别是0.033 6和0.029 5.247～260序列是LBP潜在的B细胞优势抗原表位.结论 应用多参数预测到LBP的B细胞抗原表位.     

人卵透明带3蛋白的二级结构和B细胞抗原表位预测

目的:预测并综合分析人卵透明带3(human zona pellucida 3,hZP3)蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法:以hZP3蛋白的基因序列为材料,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构及蛋白骨架区的柔韧性,采用Kyte-Doolittle法对蛋白的亲水性进行分析,Emini法预测蛋白的表面可能性,Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数。结果:hZP3蛋白含有较多的β折叠和转角结构。该蛋白第27~31、36~46、114~133、140~151、237~240和324~329区段可能是α-螺旋中心;hZP3蛋白分子第52~54、60~67、74~78、100~111、158~169、181~185、190~193、210~218、226~229、311~317、335~349和353~360区段可能是β-折叠中心。hZP3蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中近中部区段和近羧基端的第92~95、132~137、171~178、239~245、252~255、279~286、292~305和319~324区段含有潜在的B细胞优势抗原表位。结论:以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数、亲水性参数和表面可能性参数预测hZP3蛋白的B细胞抗原表位,为实验确定hZP3蛋白的B细胞抗原表位并以此进行免疫避孕研究奠定基础。     

金黄色葡萄球菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位预测

预测金葡菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位.用PCR方法从金葡菌临床分离株的基因组DNA中扩增出sirH基因,插入表达载体pET-28a(+)中,构建重组表达载体pET28a-sirH,双酶切鉴定并测序,通过与GenBank中登录的金葡菌sirH基因序列的比对,获得此临床分离株sirH的核苷酸序列和推导的氨基酸序列.在此基础上,应用生物信息学软件分析SirH蛋白的二级结构柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数等参数.综合各参数预测结果,SirH蛋白N-端第49 57、62-75、83-123、128-162、194-208、242-252、334-350、401-415、452-543、550-564、573-622区段很有可能存在B细胞抗原表位.SirH蛋白B细胞抗原表位的预测,为后续表达SirH主要抗原表位和研究其免疫保护作用奠定了基础.     

2-型猪链球菌保护性抗原RfeA的B细胞表位预测

以2-型猪链球菌(SS2)保护性抗原RfeA推定的氨基酸序列为基础,采用Kyte-Doolittle法分析蛋白的亲水性,Emini法预测蛋白的表面可能性,以及Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数;辅以Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法对蛋白二级结构中柔性区域...     

SARS病毒S蛋白的B细胞表位预测

目的预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.方法基于SARS 蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对S蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.结果推测最有可能的B细胞表位位于S蛋白N端第91～98区段、第1 121～1 153区段和第185～193区段内或它们的附近.其它,如S蛋白N端第1 050～1 059、752～765、41～50、666～674、264～287、340～348、408～416区段和第424～439区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论用多参数预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位,为分子免疫学的深入研究提供线索.     

人腺病毒55型六邻体蛋白同源建模及B细胞抗原表位预测

目的 预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位.方法 使用DNAStar软件Protean模块,PSIPRED在线服务器和SWISS-MODEL在线服务器联合预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位.结果 构建了人腺病毒55型六邻体蛋白三级结构模型和预测得到5个候选的人腺病毒55型六邻体抗原表位.结论 成功预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础.     

禽冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的预测禽冠状病毒(IBV)M蛋白B细胞抗原表位。方法采用SOPMA软件预测IBV M蛋白的二级结构,采用SOSUI软件预测M蛋白的跨膜区,应用Hopp&Woods方案、Janin方案、Zimmerman方案预测IBV M蛋白B细胞表位抗原。结果IBV M蛋白二级结构主要包括α-螺旋和无规卷曲,含量分别为32.89%、31.11%;M蛋白具有3个跨膜区,位于18~40、48~70、77~99位氨基酸;B细胞识别的表位可能位于第186-196位氨基酸区域内或附近,预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构。结论IBVM蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,可利用地方毒株的M蛋白制备基因工程疫苗和单克隆抗体,应用于该病的诊断和防治。     

梅毒螺旋体TP17蛋白B细胞表位研究

目的:采用生物信息学方法预测梅毒螺旋体TP17蛋白B细胞表位,并验证TP17表位多肽与梅毒阳性临床血清的反应性。方法:用SOPMA、DNASTAR、SWISS-MODEL及IEDB数据库BepiPred-2.0等软件预测脂蛋白TP17的结构及B细胞表位。采用间接ELISA方法检测10份梅毒螺旋体阳性患者血清样本,与脂蛋白TP17及6段重叠多肽的反应性。结果:TP17蛋白6个线性B细胞表位为Thr27~Glu38、Leu53~Asp62、Thr66~Gln74、Lys75~Pro88、Leu107~Lys119以及Tyr132~Met145,预测的构象表位涉及的氨基酸为:Lys34-Ala35、Ala55、Pro88、Glu99、Pro136~Pro147、Thr154,这些抗原表位分散于TP17蛋白分段表达的6段重叠多肽（Tp17-1 Tp17-6）中的不同区域,ELISA结果显示这6段多肽均与梅毒患者阳性血清样本发生特异反应,OD450值在0.59~1.45之间,S/N＞2.1。结论:鉴定了TP17蛋白6个线性B细胞表位,该表位均与梅毒患者阳性血清发生特异反应。     

猕猴B病毒gB蛋白特异性抗原表位的合成和表达

目的获得可以用于B病毒检测的gB蛋白特异性表位重组抗原。方法利用基因合成的方法,合成包含B病毒gB蛋白主要特性抗原表位的基因,通过定向克隆的方法,将该基因克隆到原核表达载体pET-22b中,构建了重组表达质粒。筛选出阳性重组质粒,转化到BL21感受态细胞,利用IPTG进行诱导表达。结果成功的获得了B病毒gB蛋白的特异性抗原蛋白,该蛋白以可潜的形式表达。结论利用原核表达系统,可以产生B病毒gB蛋白特异性表位重组抗原,可以作为B病毒的检测抗原。     

多参数预测人巨细胞病毒临床病毒株UL145基因B细胞表位

目的 应用多参数预测及分析人巨细胞病毒（Human cytomegalovirus,HCMV）临床病毒株UL145 基因B 细胞表位。方法 根据人巨细胞病毒UL145 基因氨基酸序列预测其二级结构,结合跨膜结构、亲水性、可及性及抗原性方案等参数综合预测UL145 基因B 细胞表位。结果 HCMV pUL145 氨基酸等电点为6.64,二级结构以无规则卷为主,1～130 位氨基酸均为膜外区域,结合多种预测方法分析提示,88～99 位氨基酸序列内可作为HCMV UL145 基因的B 细胞候选表位。结论 多参数预测提示88～99 位氨基酸序列为HCMV UL145 基因B 细胞表位预测序列,为进一步制备相应的抗体提供了重要依据。     

肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位4分支多重抗原肽的合成及鉴定

目的：设计合成肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位抗原肽并对其进行鉴定。方法：在预测MAGE-12的B细胞表位序列为QSDGESSNEEQE(82-93)的基础上，采用4分支我多重抗原肽结构合成抗原肽。免疫C-57BL/6小鼠，产生多克隆抗体，应用ELISA实验及免疫组化实验检测多克隆抗体是否为人的抗原肽的特异性抗体。结果：免疫C-57BL/6小鼠后可产生MAGE-12的抗原特异性的多克隆抗体，抗体滴度可达1：64。结论：证明所预测的表位为MAGE-12的B细胞表位。