汉坦病毒东方田鼠分离株ZT10的分子特性研究

目的 测定从东方田鼠分离到的汉坦病毒ZT10株的全基因序列,了解该株分子基础.方法 提取ZT10病毒总RNA,对L、M、S基因进行RT-PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,回收纯化后,将其克隆至pGEM-T载体中,然后进行核苷酸序列的测定及分析.结果 L基因组片段长度为6530个核苷酸,编码2151个氨基酸,与3株Seoul型汉坦病毒的L片段同源性为95.8%～99.7%,而与HTN型汉坦病毒的同源性则较低.将推导的ZT10株编码的氨基酸序列与其他汉坦病毒L片段氨基酸序列进行比较.显示ZT10编码的RNA聚合酶也有6个比较保守的区域.基因组M片段长度为3651个核苷酸,编码1133个氨基酸.结论 序列分析表明,与Seoul型汉坦病毒的M片段同源性为84.0%～96.3%,而与HTN型汉坦病毒的同源性则较低,与从田鼠分离的汉坦病毒(Prospect Hill virus,Tula virus,khabarovsk virus,Isla vista virus)M片段核苷酸同源性仅为57.5%～60.9%.S基因片段与SEO型病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为87.9%～96.0%和96.9%～97.9%,与HTN型病毒株76～118的核苷酸和氨基酸同源性分别为71.3%和81.9%,与其他型汉坦病毒的同源均很低.表明ZT10属于SEO型汉坦病毒.     

我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究

目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒(DY0824)基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出结构区基因和3' UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3' UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3'UTR区域存在多个核苷酸差异位点.     

汉坦病毒浙江分离株ZT71株的全基因核苷酸序列测定及分析

目的 为了获得浙江省汉坦病毒基因组更为详尽的资料,研究汉坦病毒的进化状况及变异程度,为疫苗病毒株的选择使用提供科学依据.方法 设计特异性引物,RT-PCR分段扩增ZT71株全长L、M和S片段,PCR产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.然后进行遗传进化分析.结果 汉坦病毒ZT71株L、M及S基因分别由6530、3651和1753个核苷酸组成,分别编码2151、1133和429个氨基酸.基因比较分析表明,ZT71株与SEO型汉坦病毒比较其L片段核苷酸同源性为95.5%～99.7%,氨基酸同源性为99.0%～99.3%;M片段核苷酸同源性为84.1%～99.6%,氨基酸同源性为95.3%～99.2%;S片段核苷酸同源性为88.7%～99.5%,氨基酸同源性为96.5%～99.1%;而与其他汉坦病毒同源性则较低.结论 测定了ZT71株的全基因核苷酸序列,其L、M和S片段具有和其他汉坦病毒L、M、S片段相似的核苷酸一级结构,但与SEO型更为接近,属于SEO型病毒.     

河南省唐河县分离到基因1型乙型脑炎病毒

目的 从河南省唐河县采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎病毒(JEV)并确定其基因分型及E基因区段氨基酸序列特征.方法对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA3.1完成病毒进化分析,GENEDOS(3.2)软件完成氨基酸位点分析.结果共采集3722只蚊虫标本,包括:库蚊、骚扰阿蚊、伊蚊及按蚊.从库蚊标本中分离到3株属于基因1型的乙脑病毒,E区段核苷酸和氨基酸与减毒活疫苗株SA14-14-2株的同源性分别为86.9%～87.7%,氨基酸同源性为95.2%～97.0%,存在12处共同的氨基酸位点差异.结论从河南省唐河县首次分离到基因1型的乙脑病毒.E基因与疫苗株相比有部分氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离乙脑病毒.     

海南岛两株甲病毒基因组3′末端核苷酸序列的克隆与分析

目的　从分子水平鉴定海南省分离的两株甲病毒 (HBb17和M1病毒 )。方法　采用RT-PCR方法 ,分别扩增两株病毒基因组的 3′末端核苷酸序列 ,扩增产物经亚克隆 ,筛选重组子并测定核苷酸序列对序列进行分析。结果　HBb17和M1病毒分别扩增出约 1 6kb和 1 3kb的特异片段。序列分析表明 ,在 3′末端非翻译区HBb17病毒与罗斯河病毒 (国际标准株T48病毒 )核苷酸同源性为99 % ,M1病毒与鹭山病毒 (SAG)同源性为 98% ;两病毒结构基因的E1区序列 ,HBb17病毒与罗斯河病毒核苷酸 (氨基酸 )同源性为 99% (99% ) ,M1病毒与鹭山病毒核苷酸 (氨基酸 )同源性为 97% (99% ) ,M1病毒与盖塔病毒同源性为 94% (98% )。结论　序列分析表明 ,海南岛分离的HBb17病毒属于罗斯河病毒 ,M1病毒可能是鹭山病毒或盖塔病毒的变异株     

从滇西北地区首次分离到版纳病毒

目的 对滇西北地区分离的版纳病毒进行系统鉴定,明确与云南其他地区分离株的差异.方法 对2005、2006年从滇西北地区分离的3株版纳病毒进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定第12片段核苷酸序列,进行序列的同源性和系统进化分析.结果 从2005、2006年滇西北蚊虫标本中分离到的3株版纳病毒为直径约70 nm、无包膜、有双层衣壳的球形颗粒,基因组带型为6-6分布.3株版纳病毒问第12片段核苷酸序列同源性为99%,与云南其他地区和印度尼西亚版纳病毒毒株的最大同源性分别为98%和90%;系统进化分析显示滇西北分离株和云南其他地区分离株共同形成一个分枝;第12片段编码的氨基酸序列比较发现我国版纳分离株和印度尼西亚毒株间存在共同的氨基酸残基差异.结论 首次从滇西北地区蚊虫中分离到3株版纳病毒,基因序列分析显示滇两北分离株和云南其他地区分离株同源性较高.     

从滇西北地区首次分离到版纳病毒

目的 对滇西北地区分离的版纳病毒进行系统鉴定,明确与云南其他地区分离株的差异.方法 对2005、2006年从滇西北地区分离的3株版纳病毒进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定第12片段核苷酸序列,进行序列的同源性和系统进化分析.结果 从2005、2006年滇西北蚊虫标本中分离到的3株版纳病毒为直径约70 nm、无包膜、有双层衣壳的球形颗粒,基因组带型为6-6分布.3株版纳病毒问第12片段核苷酸序列同源性为99%,与云南其他地区和印度尼西亚版纳病毒毒株的最大同源性分别为98%和90%;系统进化分析显示滇西北分离株和云南其他地区分离株共同形成一个分枝;第12片段编码的氨基酸序列比较发现我国版纳分离株和印度尼西亚毒株间存在共同的氨基酸残基差异.结论 首次从滇西北地区蚊虫中分离到3株版纳病毒,基因序列分析显示滇两北分离株和云南其他地区分离株同源性较高.     

从滇西北地区首次分离到版纳病毒

目的 对滇西北地区分离的版纳病毒进行系统鉴定,明确与云南其他地区分离株的差异.方法 对2005、2006年从滇西北地区分离的3株版纳病毒进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定第12片段核苷酸序列,进行序列的同源性和系统进化分析.结果 从2005、2006年滇西北蚊虫标本中分离到的3株版纳病毒为直径约70 nm、无包膜、有双层衣壳的球形颗粒,基因组带型为6-6分布.3株版纳病毒问第12片段核苷酸序列同源性为99%,与云南其他地区和印度尼西亚版纳病毒毒株的最大同源性分别为98%和90%;系统进化分析显示滇西北分离株和云南其他地区分离株共同形成一个分枝;第12片段编码的氨基酸序列比较发现我国版纳分离株和印度尼西亚毒株间存在共同的氨基酸残基差异.结论 首次从滇西北地区蚊虫中分离到3株版纳病毒,基因序列分析显示滇两北分离株和云南其他地区分离株同源性较高.     

从滇西北地区首次分离到版纳病毒

目的 对滇西北地区分离的版纳病毒进行系统鉴定,明确与云南其他地区分离株的差异.方法 对2005、2006年从滇西北地区分离的3株版纳病毒进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定第12片段核苷酸序列,进行序列的同源性和系统进化分析.结果 从2005、2006年滇西北蚊虫标本中分离到的3株版纳病毒为直径约70 nm、无包膜、有双层衣壳的球形颗粒,基因组带型为6-6分布.3株版纳病毒问第12片段核苷酸序列同源性为99%,与云南其他地区和印度尼西亚版纳病毒毒株的最大同源性分别为98%和90%;系统进化分析显示滇西北分离株和云南其他地区分离株共同形成一个分枝;第12片段编码的氨基酸序列比较发现我国版纳分离株和印度尼西亚毒株间存在共同的氨基酸残基差异.结论 首次从滇西北地区蚊虫中分离到3株版纳病毒,基因序列分析显示滇两北分离株和云南其他地区分离株同源性较高.     

从滇西北地区首次分离到版纳病毒

目的 对滇西北地区分离的版纳病毒进行系统鉴定,明确与云南其他地区分离株的差异.方法 对2005、2006年从滇西北地区分离的3株版纳病毒进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定第12片段核苷酸序列,进行序列的同源性和系统进化分析.结果 从2005、2006年滇西北蚊虫标本中分离到的3株版纳病毒为直径约70 nm、无包膜、有双层衣壳的球形颗粒,基因组带型为6-6分布.3株版纳病毒问第12片段核苷酸序列同源性为99%,与云南其他地区和印度尼西亚版纳病毒毒株的最大同源性分别为98%和90%;系统进化分析显示滇西北分离株和云南其他地区分离株共同形成一个分枝;第12片段编码的氨基酸序列比较发现我国版纳分离株和印度尼西亚毒株间存在共同的氨基酸残基差异.结论 首次从滇西北地区蚊虫中分离到3株版纳病毒,基因序列分析显示滇两北分离株和云南其他地区分离株同源性较高.     

浙江东方田鼠分离汉坦病毒株S基因的克隆和序列分析

目的对国内首次从东方田鼠分离到的汉坦病毒（HV）ZT10S基因克隆进行序列分析。方法参考GenBank发表的汉坦病毒核蛋白基因序列，设计合成一对引物，提取分离株ZT10细胞培养物的总RNA，对ZT10S基因进行RT-PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约1．7kb的条带，回收纯化后，将其克隆至pGEM．T载体中，然后进行核苷酸序列的测定及分析。结果与4株SEO型病毒（SR-11、R22、Gu03、8610）核苷酸和氨基酸同源性分别为87．9％～96．0％和96．9％～97．9％，与HTN型病毒株76-118的核苷酸和氨基酸同源性分别为71．3％和81．9％，与其他型汉坦病毒的同源性均很低，表明此分离株ZT10为SEO型汉坦病毒。结论为进一步研究其进化和变异提供了有利条件，也为生产SEO型汉坦病毒特异性核蛋白抗原，免疫血清学诊断试剂的制备和分子生物学研究奠定了基础。     

汉坦病毒A9株L片段部分核苷酸序列分析

目的 测定我国分离的汉坦病毒Ａ９株Ｌ片段的部分核苷酸序列。方法 用逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术扩增我国分离的汉坦病毒Ａ９株部分Ｌ片段ｃＤＮＡ,测定ＰＣＲ产物的核苷酸序列。结果 ＰＣＲ扩增产物为Ｌ片段４００６ｎｔ－４４５４１ｎｔ（根据７６－１１８株序列）,和已发表的汉坦病毒Ｌ片段序列比较,Ａ９株和汉滩病毒７６－１１８株同源性最高,为８５．２％,和其他不同型别汉坦病毒代表株ＨＲ８０－３９、     

甲型流感病毒（N1N2）亚型毒株血凝素和神经氨酸酶基 …

目的 研究新分离到的Ｈ１Ｎ２亚型毒株血凝素（ＨＡ）和神经氨酸酶（ＮＡ）基因的来源。方法 病毒通过鸡胚增殖后提取其ＲＮＡ,通过逆转录合成ｃＤＮＡ,经ＰＣＲ扩增和产物纯化,用双脱氧链终止法进行核苷酸序列测定,并用ＭｅｇＡｌｉｇｎ（１．０３版）和Ｅｄｉｔｓｅｑ（３．６９版）软件进行种系发生学分析。结果 新分离到Ｈ１Ｎ２毒株ＨＡ１区氨基酸序列与Ａ／ＰＲ／８／３４（Ｈ１Ｎ１）和Ａ／Ｇｕａｍｇｄｏｎｇ／６／９     

On the origin of the human influenza virus subtypes H2N2 and H3N2

The RNA of the human influenza virus Singapore (H2N2) strain has been labeled in vivo by phosphorus-32 and separated by polyacrylamide gel electrophoresis into eight segments, which were correlated to the corresponding gene functions and/or proteins. The base sequence homology between the individual genes (segments) of the H2N2 virus and those of different influenza A strains has been determined by molecular hybridization. Segments 1, 5, 7, and 8 of the Singapore strain exhibit a base sequence homology of almost 100% as compared to the FM1 strain (HlNl), while the homology between the other segments is significantly lower (24–76%). For the Singapore and Hong Kong (H3N2) strains all segments except that coding for the hemagglutinin (HA, 24%) exhibit a homology close to 100%. The ³²P-labeled segment 4 (HA-gene) of the avian influenza A strain duck Ukraine (Hav7Neg2) shows a homology of 92% to Hong Kong, while the homology of at least two other segments is significantly lower. These results are taken as an indication that the H2N2 subtype is derived from the HlN1 subtype by a recombination event retaining four H1N1 segments, while the other four segments are gained from another yet unknown strain. The H3N2 subtype is presumably derived from a H2N2 subtype, retaining seven segments of the H2N2 subtype, while the gene coding for the HA is obtained from the duck Ukraine or another highly related strain.     

中国分离的甲属病毒YN87448毒株非结构区基因的？…

目的 研究我国首例从发热病人血清中分离的ＹＮ８７４４８病毒的分子致病基因。方法 甲属病毒基因序列保地区设计引物,用逆转录聚合酶链反应９ＲＴ－ＰＣＲ）方法扩增,再次扩增片段克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体。测定ＹＮ８７４４８毒株非结构基因序列。结果 ＹＮ８７４４８病毒非结构区基因序列为７６１３个核苷酸,编码非结构蛋白,非结构蛋白２,非结构蛋白３,非结构蛋白４;有一个起始密码子位于第６０位碱基;含有２个终止密码     

中国分离的甲属病毒YN87448毒株非结构区基因的核苷酸序列测定及分析

目的　研究我国首例从发热病人血清中分离的YN87448病毒的分子致病基础。方法　甲属病毒基因序列保守区设计引物,用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)方法扩增,再将扩增片段克隆到pGEMT载体。测定YN87448毒株非结构基因序列。结果　YN87448病毒非结构区基因序列为7613个核苷酸(不包括5′端帽子结构),编码非结构蛋白1(nsP1),非结构蛋白2(nsP2),非结构蛋白3(nsP3),非结构蛋白4(nsP4);有一个起始密码子(ATG)位于第60位碱基;含有2个终止密码子(TGA),分别位于基因组nsP3基因和nsP4基因的末端。YN87448病毒非结构区基因与辛德毕斯病毒家族中唯一能致成年小鼠死亡的S.A.AR86株相应基因的核苷酸序列同源性为988%,但YN87448毒株不致成年小鼠死亡。与S.A.AR86株相比,基因结构上有三点明显差异:YN87448毒株在nsP3区位于基因组5256bp5309bp含54个核苷酸的插入;位于基因组5603bp处3个核苷酸(AGT)的缺失;在nsP3和nsP4之间有乳白突变终止密码子(TGA)。此序列已输入GeneBank,序列号为AF103734。结论　YN87448为一株新的辛德毕斯病毒株。     

我国Colti病毒基因分型的研究

目的 对我国分离的Colti病毒进行基因分型。方法 采用针对Colti病毒B2亚组第9和12片段和B1亚组第12片段的3对引物，对我国近年来分离的Colfi病毒利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行基因分型。同时对北京分离株BJ95-75和云南分离株YN-6的PCR产物进行了克隆测序及同源性分析。结果 Colfi病毒北京分离株BJ95-75、云南分离株YN-6、-67-1、-68-1、-69、-70-1、-70-2、-90、-92-2、-93病毒用B2亚组特异引物12-854-S/12-B2-R均能得到相对分子质量为850bp的特异条带，用针对于第9片段的B2亚组引物9-JKT-S／9-JKT-R均得到了相对分子质量为492bp的特异条带。而Colti病毒东北分离株NE97-12、NE97-3l及对照病毒如环状病毒YN-99、乙脑病毒YN-151-1未能扩出特异条带。所有Colti病毒分离株及病毒对照用Bl亚组特异引物12-B1-S/12-B1-R均未见特异条带。BJ95-75、YN-6这2株病毒第12片段核苷酸序列与B2亚组其他毒株间的同源性达到89．4％以上，特别是与中国早期分离株Banna病毒，其同源性达到98．9％以上；2株病毒第9片段的核苷酸序列与属于B2a型的Banna病毒的同源性可达到99．2％和96．5％，和JKT6423病毒的同源性也能达到84．0％，而与属于B2b型的JKT6969和JKT7043相应片段核苷酸序列的同源性只有53．0％左右。结论 首次对我国分离的Cohi病毒从分子水平上进行了研究，证实了PCR方法对Colti病毒进行基因分型的可行性，北京和云南分离株主要为B2亚组的B2a型。吉林分离株NE97-12、NE97-3l的正确分型还要依赖于将它们基因组的特定片段进行全序列分析的完成。     

Genetic characterization of Batai virus indicates a genomic reassortment between orthobunyaviruses in nature

Summary. Two viruses were isolated from bovine blood in the southernmost part of Japan in 1994 and 2001, respectively. Genetic analyses showed that the viruses were Batai virus of the genus Orthobunyavirus of the family Bunyaviridae. The sequencing of three genomic RNA segments of the Japanese and Malaysian Batai virus strains revealed that the M RNA segment of Batai virus had high sequence identity with that of Ngari virus. Our results indicate that Ngari virus is a genetic reassortant with S and L RNA segments from Bunyamwera virus and an M RNA segment from Batai virus.