基于网络药理学和分子对接技术探讨龙葵治疗前列腺癌的潜在作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接的的方法探讨龙葵治疗前列腺癌的潜在作用靶点以及可能存在的具体机制。方法 应用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)根据口服生物利用度(oral bioavailability, OB)和类药性(drug-like properties, DL)对龙葵的活性成分和相应作用靶点进行筛选;应用GeneCards、OMIM数据库筛选前列腺癌的靶点,应用R语言软件筛选龙葵与前列腺癌疾病共同靶点;应用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物—活性成分—疾病—靶点”网络图;应用STRING数据库绘制共同靶点蛋白互作网络;应用R语言软件对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 龙葵中所筛选出来的化合物成分都能跟疾病的mTOR、CASP9、CASP8、PARP1靶点蛋白对接成功。对接结果显示：龙葵中所包含的diosgenin化合物与mTOR、CASP9、CASP8、PARP1...     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT...     

基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨尿C 方治疗IgA 肾病作用机制

目的：通过网络药理学探讨尿C 方治疗IgA 肾病（IgAN） 的关键成分和作用机制。方法：通过中 药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、PubChem、Swiss ADEM 和SwissTargetPrediction 获得尿C 方作用 靶点;应用Cytoscape 3.9.1 软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络;通过GeneCards、OMIM 和DisGeNET 平台获得IgAN 作用靶点;通过Venn 2.1 制作韦恩图获得尿C 方和IgAN 之间的交叉靶点并进行鉴定和可视 化,并利用STRING 数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）;借助DAVID 数据库对交集靶点进行GO 和KEGG 富集分析并运用微生信在线平台对交集靶点进行GO 和KEGG 富集分析可视化;使用Autodock Vina 软件进行分子对接验证,并利用PyMol 软件得出对接结果。结果：共筛选得到尿C 方有效成分70 种及对应 1 363 个作用靶点,其中确定了10 个关键活性成分。IgAN 相关靶点1 593 个,除重复项后获得823 个疾病靶 点,交集靶点111 个。GO 富集分析得到706 个BP 条目,63 个CC 条目,123 个MF 条目。KEGG 富集分析得 到161 条与IgAN 显著相关的通路。分子对接结果表明,核心活性成分与核心靶点之间存在较强的结合活性。 结论：尿C 方治疗IgAN 的作用机制可能是通过槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、黄芩素等调控AGE-RAGE 信号 通路、IL-17 信号通路、脂质和动脉粥样硬化等发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓治疗痛风的机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓抗痛风的作用机制。方法 利用TCMSP、UniProt、OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库预测土茯苓抗痛风的活性成分和推测靶点,进行富集分析以阐明核心靶点的生物学功能和相关途径;同时,利用Cytoscape软件构建了一个“成分靶向通路”网络。结果 经分子对接验证显示主要成分与核心靶点紧密结合,阐明了土茯苓抗痛风的分子机制是通过槲皮素、柚皮素和β-谷甾醇等主要成分,作用于IL1B、CXCL8、PPARG、CCL2、PTGS2、IL6、STAT1靶点和多种途径。结论 土茯苓可能通过多成分、多靶点、多通路发挥抗痛风作用,为今后进一步阐明土茯苓治疗痛风的作用机制、开展实验验证提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压的作用机制。方法 运用TCMIP、Swiss和Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点;通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取高血压疾病靶点;黄芩苷作用靶点与高血压疾病靶点相映射得到二者交集靶点,将交集靶点导入STRING数据库中,获取交集靶点网络数据,将数据导入Cytoscape 3.8.2软件绘制作用靶点PPI网络图,并根据度值大小筛选出核心靶点;借助DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Vina 1.1.2软件进行黄芩苷与度值从大到小排名前5位的核心靶点的分子对接。结果 共获取黄芩苷作用靶点415个、高血压疾病靶点4 352个,经过靶点映射获取黄芩苷治疗高血压的作用靶点237个,进一步筛选出核心靶点60个;GO富集分析涉及信号转导、凋亡过程负调控等476个生物学过程,质膜、线粒体等61种细胞组分,蛋白质结合、蛋白激酶活性等128个分子功能;KEGG富集分析涉及PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等141条信号通路;分子对接结果显示黄芩苷与核心靶点表现出良好的亲和力,进一步验证了...     

基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）筛选出金珍滴眼液的所有化学成分及作用靶点;通过人类基因数据库（GeneCards）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选出干眼的相关靶点;使用RGUI软件绘制韦恩图,得到金珍滴眼液治疗干眼的潜在靶点,利用STRING数据库和合Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用RGUI软件ClusterProfiler库进行GO功能和KEGG富集分析;使用AutoDockTools和Vina软件对关键靶点和活性成分进行分子对接,使用Pymol软件绘制对接结果。结果：金珍滴眼液中共挖掘出治疗干眼的主要活性成分34种,药物和疾病共同靶点221个。治疗干眼的重要靶点涉及AKT1、TP53、HSP90AA1、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6 (IL-6)、表皮生长因子受体（EGFR）等,主要作用于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路、MAPK信号通路、表皮生长因子受体...     

基于网络药理学及分子对接技术分析马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果：检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19...     

基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法：结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果：筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、Myc 原癌基因蛋白（MYC）、前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2） 和过氧化氢酶（CAT） 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达（P＜0.05）,升高CAT mRNA 表达（P＜0.05）。结论：风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。     

基于网络药理学联合分子对接技术探讨肾疏宁防治肾间质纤维化的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨肾疏宁防治肾间质纤维化的潜在机制.[方法]通过检索TCMSP、Uniprot等数据库获得肾疏宁中药的化学成分,并找出其对应的靶点.通过GeneCards、OMIM、TTD等数据库筛选药物靶点和疾病靶点.运用Cytoscape软件构建"成分-靶标-通路-疾病"网络;进而对靶点进行KEGG信号通路...     

基于网络药理学和分子对接探讨枸杞子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）,并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果：通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论：本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨八珍汤抗疲劳的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法：筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果：共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论：八珍汤抗疲劳的机制...     

基于网络药理学和分子对接分析双莲方治疗肝细胞癌的作用机制

目的 使用网络药理学和分子对接方法,探讨双莲方治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的潜在作用机制.方法 在TCMSP平台筛选双莲方活性成分与靶点,使用GeneCards数据库得到HCC靶点.利用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-靶点-疾病"网络和PPI网络,并使用Autod...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于网络药理学和分子对接法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索正阳汤组方中9味中药的活性成分及作用靶点.利用GeneCards数据库筛选COVID-19相关的靶点,利用R软件将药物靶点与疾病靶点取交集,将交集靶点输入STRING平台获得蛋白互作关系...     

基于网络药理学方法及分子对接技术探究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎作用机制

目的：采用网络药理学方法及分子对接技术研究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎的作用机制。方法： 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 数据库检索清热祛湿汤药物成分靶点； 通过TTD、 Genecards、OMIM 数据库检索膝骨关节炎靶点；制作韦恩图获取药物-疾病交集靶点；通过Cytoscape3.9.0 软件 绘制药物有效成分-疾病-共同靶点网络图；利用String 数据库构建蛋白相互作用（PPI） 网络；使用R 语言软 件对交集靶点进行基因本体（GO） 富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG） 富集分析； 使用 AutoDockTools1.5.6 等软件对药物主要有效成分与疾病核心靶蛋白进行分子对接验证。结果：清热祛湿汤的有 效成分为槲皮素、木犀草素等；PPI 网络构建获得的核心靶蛋白是蛋白激酶B 抗体（AKT1）、纤溶酶原激活物 抑制物1 （SERPINE1） 等；GO 富集分析获得1 902 条GO 条目；KEGG 富集分析获得105 条信号通路；将 5 种药物有效成分与5 种核心靶蛋白进行分子对接，均具有较好的结合活性。结论：清热祛湿汤治疗膝骨关节 炎具有多成分、多靶点、多途径的特点，具体通过发挥调控炎症反应、软骨基质降解、软骨细胞的凋亡和增殖 等作用，延缓膝骨关节炎的进展。     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨石菖蒲治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制.方法:以"石菖蒲"为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络.利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个...     

基于网络药理学和分子对接探讨逍遥散抗抑郁的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法：首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果：获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论：逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物...     

基于网络药理学和分子对接探讨续断治疗骨质疏松性骨折作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折（OPF） 的作用机制。方 法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards 和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的 可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白 质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论（GO） 和京都基因和基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果：续断治疗 OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱（Gentisin）、β-谷甾醇（β-sitosterol）、谷甾醇（Sitosterol）、（E,E）-3,5-二 邻咖啡酰奎宁酸（[ E,E）-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt（SylvestrosideⅢ-qt）等成分,其作用 于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、β2-肾上腺素受体基因（ADRB2）、Bcl-2 相关X 蛋白（BAX）、B 淋巴 细胞瘤-2 基因（BCL2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8（CASP8）、雌激素受体2（ESR2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋 白酶9（CASP9）、二肽基肽酶-4（DPP4）、糖原合成酶激酶3（GSK3β）、异常凝血酶原（F2） 等靶点。续断 能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过 程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉 粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分（E,E） -3,5-二邻 咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论：续 断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能 是其治疗OPF 的关键靶点及通路。