理中汤治疗胃溃疡的分子网络调控机制研究

目的 基于网络药理学和生物信息学方法探讨理中汤（LZT）治疗胃溃疡(GU)的分子网络调控机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中LZT的所有成分数据,筛选并预测其入血活性成分和作用靶点;通过疾病数据库检索与GU发病相关的基因,构建LZT成分靶点与GU疾病靶点的交互网络,获得LZT治疗胃溃疡的特征性基因;通过DAVID数据库对特征性基因进行基因本体（GO）和KEGG信号通路分析,利用Cytohubba筛选出LZT治疗胃溃疡的关键靶点。结果 在TCMSP中共检索出LZT的化学成分629个,根据ADME参数筛选获得入血的活性成分100个,预测靶点208个;通过疾病靶点数据库共检索到与GU发生、发展密切相关的靶点486个;运用Cytoscape筛选出LZT治疗GU的直接或间接靶点231个;GO和KEGG结果显示LZT可能通过调控Erb、JAK-STAT、FoxO、MAPK、PI3K-Akt等信号通路、细胞因子之间的相互作用等发挥治疗效应,其作用的关键靶点主要包括AKT1、EGF、ERBB2、STAT3和TP53等。结论 LZT治疗GU具有多成分、多途径和多靶点的特点,其治疗GU的分子网络机制主要与调控JAK-STAT、MAPK、PI3K-Akt等信号通路和EGF、AKT1、STAT3等关键靶点密切相关。本研究可为LZT临床应用于GU的治疗提供理论依据。     

补肾助孕方治疗复发性流产的分子作用机制分析

目的 基于网络药理学研究补肾助孕方治疗复发性流产（RSA）的主要成分、作用靶点及作用通路,应用分子对接和体外细胞实验验证,从而揭示其潜在作用机制。方法 首先,中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,中医药研究综合数据库（TCMID）检索和收集既往文献补肾助孕方的活性成分,应用DrugBank数据库,SwissTargetPrediction数据库等平台查找预测药物作用靶点,检索人类基因注释数据库（GeneCards）,人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中等数据库获得复发性流产靶点,将药物与疾病预测靶点取交集。应用Cytoscape 3.7.1软件绘制“补肾助孕方-化合物-靶点-复发性流产”网络,蛋白质相互作用平台（STRING）平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,分析获取核心网络。其次,采用R语言软件对共同靶点分别行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,使用Autodock Vina 1.1.2软件用来行分子对接及体外细胞实验验证补肾助孕方对人脐静脉内皮细胞（HUVEC）磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/AKT）通路的激活作用。结果 发现补肾助孕方的49个潜在活性成分可能靶向133个复发性流产相关作用靶点。GO功能富集分析获得470个细胞生物学过程,主要涉及血管形态发生、发育、细胞增殖、氧化活性等生物学过程。KEGG通路富集分析获得103条信号通路（P<0.05）,主要与PI3K/AKT信号通路、糖基化终末产物/糖基化终末产物受体（AGE/RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路相关。分子对接提示补肾助孕方关键活性成分山柰酚与核心蛋白蛋白激酶B1（AKT1）,血管内皮生长因子A（VEGFA）的Vina得分最低且相近。体外细胞实验证实,补肾助孕方可通过活化PI3K/AKT信号通路,上调VEGFA的表达及下游AKT1蛋白的表达水平,促进血管的生成。结论 该研究初步揭示补肾助孕方作用于血管形态发生发育、细胞增殖,明显激活PI3K/AKT通路进而上调VEGFA的表达,最终促进母胎界面血管生成利于妊娠早期胎盘的形成及早孕的维持,起到治疗RSA的作用,为后续新药研发供思路。     

基于网络药理学探讨二妙散治疗湿疹的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究二妙散治疗湿疹的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP），结合文献报道，获取二妙散的活性成分和作用靶点，借助Uniprot数据库对靶点蛋白名称进行规范；通过GeneCards、Disgenet收集湿疹相关靶点；运用在线Venny作图平台，得到二妙散治疗湿疹的潜在作用靶点；利用STRING平台构建潜在靶点PPI网络，并将其导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因；通过DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析，采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-湿疹”网络并进行拓扑分析，使用Autodock软件对核心活性成分和潜在关键靶点进行分子对接验证。结果 二妙散治疗湿疹可能与槲皮素、汉黄芩素、豆甾醇等29个活性成分有关，AKT1、IL6、TNF等为关键靶点；富集分析得到GO条目651条，KEGG通路120条，主要涉及TNF信号通路、利什曼病信号通路等；分子对接结果显示，上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。结论 二妙散中多种活性成分通过作用于AKT1、IL6、TNF等关键靶点，调节多条信号通路，发挥治疗湿疹的作用。     

基于网络药理学联合分子对接探析强精片治疗男性不育症的分子机制＊

目的 通过网络药理学及分子对接技术探析强精片治疗男性不育症的有效成分和潜在分子机制，并对不育症模型小鼠进行相关作用靶点的实验验证。方法 使用中药系统药理学分析平台（TCMSP）收集强精片的活性成分和潜在靶点，利用Genecard数据库筛选男性不育症的疾病靶点；然后将疾病靶点与药物预测靶点取交集，借助Cytoscape3.7.2软件构建交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用网络，利用Bioconductor平台和R语言进行GO和KEGG富集分析。采用氯化镉注射造模不育症小鼠模型，采用HE染色、电镜观察睾丸结构，qPCR检测Pi3kcb、Akt1表达量，探讨强精片治疗不育症的潜在机制。并将药物活性成分与疾病靶点进行分子对接，探讨潜在作用成分及靶点机制。结果 共获得109个强精片活性成分及286个可用于后续分析的靶点，476个男性不育症靶点，映射得出69个药物-疾病共同靶点。GO分析提示主要与营养、抗氧化、对类固醇激素反应等生物过程及功能相关。KEGG通路分析提示主要与PI3K-Akt、TNF、内分泌抵抗等信号通路相关，PI3K-Akt是核心信号通路。强精片可以改善不育症模型小鼠睾丸结构，提高Pi3kcb、Akt1 mRNA表达。强精片中活性成分槲皮素、木犀草素、山奈酚、β-谷固醇、花生四烯酸与靶标蛋白MAPK1、AKT1、HSP90AA1、IL6、ESR1结合稳定。结论 本研究初步明确了强精片治疗男性不育症的主要靶标和通路，为后续深入研究提供一定参考。     

小承气汤“成分-靶点-通路”的网络药理学研究＊

目的 基于网络药理学分析小承气汤活性成分-靶点-通路，研究其药理机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）获取小承气汤化合物成分；利用Swiss Target Prediction数据库和STITCH数据库预测中药活性成分作用靶点；利用STRING平台构建蛋白互作网络（PPI），依据度值和介数筛选关键靶点；利用DAVID数据库对关键靶点进行GO/KEGG功能富集；将小承气汤部分核心成分与肿瘤坏死因子α进行分子对接分析。结果 获得小承气汤有效活性成分62个，主要是蒽醌衍生物、酚类和黄酮类成分；筛选出50个关键靶点，包括炎症相关酶EGFR、EGF、TNF-α、MMP9、PTGS2等，神经递质转运、代谢等相关的SLC6A4、MAOA、MAOB、CASP3等；对关键靶点的ontology（GO）分析结果共27条，涉及细胞对白介素1的反应、细胞对脂多糖的反应以及一氧化氮生物合成过程的正反馈等炎症介质代谢相关的生物过程等；KEGG通路富集分析结果共63条，作用于TNF信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、炎症性肠病、色氨酸代谢和VEGF信号通路等；分子对接显示芦荟大黄素、β-谷甾醇、儿茶素、木犀草素、厚朴酚与肿瘤坏死因子α的对接结果良好。结论 采用网络药理学方法初步阐明了小承气汤的药效物质基础、作用的关键靶点和主要作用途径，为该方进一步的药理学研究和机制研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨六君子汤治疗胃肠功能障碍的作用机制※

目的 基于网络药理学及分子对接技术分析六君子汤治疗胃肠功能障碍的核心成分、共作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCM-SP）数据库进行检索并筛选六君子汤的活性成分及作用靶点,运用Disgenet、MOIM、Genecards数据库检索胃肠功能障碍的相关作用靶点,取二者靶点交集,应用STRING平台及Cytoscape 3.10.0软件构建六君子汤-成分-靶点蛋白-疾病互作网络图;凭借微生信平台对所得交集靶点进行富集分析并绘制GO和KEGG富集分析图,最终使用pymol和AutoDock软件实现分子对接可视化。结果 六君子汤药物活性成分共131个,药物靶点218个,疾病相关靶点1376个,药物与疾病共靶点108个,GO分析中生物过程3584条,细胞组成186条,分子功能348条,KEGG分析获得通路229条,分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点对接成功,具有良好的结合活性。结论 六君子汤可能通过槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、木犀草素、豆甾醇、山奈酚等有效成分,作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1等靶点,参与糖尿病并发症通路、卡波西肉瘤相关病毒感染等信号通路,实现调节胃肠动力、抗炎等作用,从而改善胃肠功能障碍患者预后。     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化潜在作用机制研究＊

目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点，通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点，将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点；再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作（PPI）网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析，找出核心成分及枢纽基因，通过分子对接，进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分，36个关键靶点，GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路，主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路，分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用，异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点，调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路，达到治疗动脉粥样硬化的作用。     

基于网络药理学及分子对接研究苦参治疗慢性乙型肝炎的作用机制＊

目的 本研究通过网络药理学及分子对接方法研究苦参治疗慢性乙型肝炎的物质基础与分子机制。方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选苦参有效化学成分及靶点基因。检索GeneCards数据库及OMIM数据库获取慢性乙型肝炎（CHB）相关靶点基因。采用Cytoscape3.7.2构建苦参治疗CHB的“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析，利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络，通过R 3.6.2进行基因富集分析。依据AutoDock vina将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得苦参治疗CHB的相关活性成分23个，潜在作用靶点97个。网络分析结果提示苦参可能通过作用于IL-6、ESR1、AR、RELA、PPARG和CASP3 6个核心靶点及相关通路以达到治疗CHB的目的。分子对接预测结果提示关键活性成分与核心靶点稳定结合。结论 本研究初步揭示了苦参治疗慢性乙型肝炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为苦参的临床开发提供基础。     

基于网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制研究※

目的 运用网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选丹参饮中药有效化学成分与对应靶点蛋白,利用GeneCards、PharmGKB、Therapeutic Target Database（TTD）以及DrugBank数据库收集慢性心力衰竭疾病相关靶点,通过R软件获取疾病与药物交集靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建“丹参饮-成分-慢性心力衰竭-靶点”网络关系图,通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络关系,绘制可视化图形。基于R软件基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析语言包对交集靶点进行富集分析;通过Autodock Vina软件对关键化学成分与关键靶点进行对接分析,利用Pymol软件实现分子对接可视化。结果 筛选后获得药物有效化学成分78种,对应靶点134个,疾病靶点2096个,取两者交集获得92个潜在治疗靶点;丹参饮治疗慢性心力衰竭的核心化学成分为木犀草素、丹参酮ⅡA、β-谷甾醇,核心靶点为STAT3、AKT1和TP53蛋白;KEGG富集分析显示主要信号通路是PI3K-Akt信号通路,分子对接结果表明核心成分与关键靶点均能结合稳定。结论 丹参饮通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。     

栝楼桂枝汤治疗脑卒中后下肢痉挛的网络药理学研究

目的 基于网络药理学研究栝楼桂枝汤治疗脑卒中后下肢痉挛的作用机制。方法 利用TCMSP数据库、SwissTarget Prediction数据平台筛选栝楼桂枝汤活性成分靶点,并借助Gephi软件构建活性成分-靶点网络,运用Genecard、DisGeNET、TTD疾病数据库筛选作用于脑卒中、下肢痉挛靶基因,应用STRING平台构建靶蛋白相互作用网络,利用ClueGO软件对靶基因进行GO功能分析,通过DAVID v6.8平台对关键靶点KEGG通路进行分析。结果 栝楼桂枝汤中黄酮类、有机酸类、皂苷类等成分作用于IL6、TNF、EGFR、ESR1、TP53、STAT3、F2等49个关键靶基因;参与横纹肌细胞增殖、骨重塑、平滑肌细胞增殖正调控、肌细胞增殖、内皮细胞增殖等14类生物过程;调控TNF、MAPK、PI3K-Akt、ALS、神经营养、5-羟色胺能神经突触等30条信号通路。结论 栝楼桂枝汤多种活性成分通过抗炎、抗氧化、神经营养及保护等药理作用,以及参与肌细胞增殖等生物过程,从中枢神经系统及外周肌肉组织双向治疗脑卒中后下肢痉挛。     

基于网络药理学-分子对接探讨黄芪生脉散对糖尿病的作用机制＊

目的 本研究利用网络药理学、分子对接技术，探索黄芪生脉散治疗糖尿病的潜在作用机制，并结合体外细胞实验对相关信号通路进行初步验证。方法 查阅多个数据库和结合文献筛选黄芪生脉散的有效成分和对应靶点及糖尿病相关靶点，通过DAVID数据库进行疾病预测以及治疗机制预测，将黄芪生脉散有效成分与成分靶点构建黄芪生脉散的成分-靶点网络。此外，选取成分-靶点网络中度值较大的15个关键靶点和FDR值排名前10的疾病构建黄芪生脉散治疗疾病-靶点网络。再进一步使用AutoDock vina软件对黄芪生脉散的有效成分和糖尿病关键靶点进行分子对接。最后利用HepG2细胞胰岛素抵抗（IR）模型对黄芪生脉散提取物的石油醚部位、乙酸乙酯部位、正丁醇部位进行降血糖活性验证，并通过Western-blotting实验探究其石油醚部位对PI3K-Akt信号通路的影响。结果 共挖掘到黄芪生脉散54个有效成分，411个潜在成分靶点及279个糖尿病相关靶点。此外，预测到黄芪生脉散治疗疾病182种，其中2型糖尿病（T2DM）与靶点关联性最强（degree值=12），由此推测黄芪生脉散可能在治疗糖尿病方面具有显著作用。另外，PPI网络中degree > 20的靶点有AKT1、PIK3CA、PIK3R1和VEGFA等，推测这些靶点可能为黄芪生脉散治疗糖尿病的关键靶点。同时，分子对接结果显示黄芪生脉散8个有效成分（degree值≥15）与糖尿病关键靶点有较强的结合能力，并且KEGG富集分析发现与糖尿病相关的主要调控通路为PI3K-Akt信号通路。体外细胞实验发现，黄芪生脉散提取物可浓度依赖性的增加HepG2细胞胰岛素抵抗模型对葡萄糖的摄取，比阳性药盐酸二甲双胍的药效更强。Western-blotting实验结果表明，黄芪生脉散石油醚部位可显著改善HepG2细胞IR模型Akt、GSK3β蛋白表达水平的异常升高以及p-Akt和p-GSK3β的异常降低（与IR组相比P<0.05）。结论 黄芪生脉散的活性成分可能通过作用于INSR、AKT1、PIK3CA等多个糖尿病相关靶点，调节PI3K-Akt信号通路，降低胰岛素抵抗从而发挥对糖尿病的治疗作用。     

柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病的网络机制研究＊

目的 分析疏肝理气代表方柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库，预测和筛选柴胡疏肝散的活性成分和MAFLD的相关基因，得到柴胡疏肝散治疗MAFLD的潜在靶点，使用Cytoscape软件和STRING数据库，构建柴胡疏肝散活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络，分析网络获得重要靶点，并利用DAVID数据库对其进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时作分子对接及历史文献研究对相关靶点进行验证。结果 从中药复方柴胡舒肝散中经ADME筛选后到了槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、柚皮苷、和异鼠李素、柠檬烯等140种化学成分，能够作用于65个MAFLD的疾病靶点，其中前十位的PTGS2、ESR1、AR、GSK3B、PTGS1、ESR2、ADRB2、AKT1、TP53、PGR和EGFR为最重要的核心靶点，可以调控的信号通路主要为HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、PPAR信号通路和Jak-STAT信号通路，参与MAFLD的RNA聚合酶II启动子转录、基因表达与DNA转录的正调控等过程。分子对接结果显示药物关键成分槲皮素与山柰酚与疾病核心靶点IL-6成功建立对接，且具良好的结合活性。结论 柴胡疏肝散在干预MAFLD的过程中，主要通过调节免疫和肿瘤抑制作用治疗脂肪性肝病，整个过程通过多靶点和多途径对机体起到积极治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探究肠炎宁颗粒治疗功能性腹泻和腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接方法探究肠炎宁颗粒治疗功能性腹泻(functional diarrhea,FD)和腹泻型肠易激综合征(diarrhea irritable bowel syndrome,IBS-D)的作用机制。方法 通过TCMSP数据库、文献检索肠炎宁颗粒5味药材的成分;SwissADME平台筛选肠炎宁颗粒活性成分;SwissTargetPrediction平台反向靶标预测肠炎宁颗粒活性成分作用靶点;GeneCards数据库预测FD和IBS-D靶点;Venny 2.1.0获取肠炎宁颗粒治疗FD和IBS-D的交集靶点;STRING数据库获取蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络后导入Cytoscape3.9.1软件获取核心靶点;OmicsBean数据库对核心靶点进行基因本体(geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;Cytoscape 3.9.1软件构建"药材-活性成分-靶点"及"关键活性成分-核心靶点-通路"网络;Schrödinger-Maestro对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 从肠炎宁颗粒中筛选得到治疗FD和IBS-D的活性成分30个,其中10个关键活性成分为甲基异茜草素、槲皮素、4'',5-二羟基黄酮、山柰酚、鞣花酸、焦性没食子酸、金圣草黄素、咖啡酸、木犀草素、芹菜素;24个核心靶点为蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、基质金属蛋白酶2(matrix metal loproteinase 2,MMP2)、MMP9等。KEGG通路富集分析发现其主要涉及内分泌抵抗、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)信号通路、前列腺癌等通路。分子对接表明关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 肠炎宁颗粒可能通过多成分、多靶点和多通路,降低内脏敏感、减少炎性反应、调节肠道菌群,从而治疗FD和IBS-D。     

基于网络药理学和分子对接的痰热清干预耐药铜绿假单胞菌致呼吸系统感染作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探究痰热清干预耐药铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,PA）所致呼吸系统感染性疾病的作用机制,为其进一步深入研究及合理应用提供参考。方法 依前期临床回顾性分析结果选取痰热清为研究药物,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissADME数据库及文献检索筛选获取痰热清各味中药的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM数据库挖掘PA相关呼吸系统疾病靶点,参考用药指南选取PA临床用药并预测其作用靶点;通过STRING平台构建药物-疾病共有靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Metascape平台分析共有靶点涉及的生物过程和信号通路,采用Cytoscape 3.8.0软件构建痰热清干预耐药PA感染的成分-疾病-靶点网络及成分-靶点-通路网络;筛选主要作用靶点和活性成分,采用分子对接初步验证结合作用。结果 筛选得到痰热清中所含5味中药潜在活性成分共107个,预测作用靶点共746个,PA相关呼吸系统疾病及临床用药靶点共959个,韦恩图分析获取成分和疾病共有靶点213个;最终预测核心靶点主要为表皮生长因子受体（EGFR）、原癌基因酪氨酸受体激酶（SRC）、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶亚基（PIK3CA）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、MAPK、趋化因子等信号通路;分子对接表明预测结果的可靠性。结论 痰热清组方配伍合理,具多成分、多靶点、多通路的特点,主要通过抑制PI3K-Akt和EGFR-MAPK信号通路,抑制耐药PA在呼吸道过度黏附、产生黏液并分泌炎性因子和内毒素,从而缓解呼吸系统疾病。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨活血温通方治疗冠心病的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探究活血温通方治疗冠心病的作用机制。方法 通过TCMSP平台检索活血温通方药物靶点，通过GeneCards数据库检索冠心病疾病靶点，使用Cytoscape软件绘制“活血温通方-冠心病网络图”，通过STRING数据库绘制蛋白质互作网络图，利用DAVID数据库进行基因富集分析，利用Autodock vina软件进行分子对接。结果 检索得到活血温通方药物靶点158个，疾病靶点3095个。核心成分为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷甾醇、7-甲氧基-2甲基异黄酮、刺芒柄花素、黄芩素等，核心靶点为TP53、IL6、VEGFA、MYC、MAPK1、EGFR等。KEGG通路富集分析得到103个条目，涉及PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心蛋白具有较好的结合能。结论 活血温通方治疗冠心病是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果，其机制可能涉及抑制细胞凋亡、减轻炎症、促进血管新生等方面。     

基于网络药理学和生物信息学探讨培土生金方对慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的 探讨培土生金方对慢性阻塞性肺疾病（COPD）的潜在作用机制。方法 本文采用网络药理学和生物信息学方法，首先，从TCMSP、TCMID、TCMDatabase@Taiwan、DrugBank等数据库结合文献报道，获取培土生金方的活性成分及对应的靶点信息，从CTD、DisGenet数据库获取COPD的治疗靶点。结果 获取培土生金方的活性成分83个、潜在的候选靶点193个；接着，通过Cytoscape 3.7.0软件及其NetworkAnalysis插件和String在线分析平台，分别构建活性成分-作用靶点网络图和蛋白质相互作用网络图，整合两者网络拓扑分析的数据，筛选获得潜在的核心靶点77个，排名前10为AKT1、IL6、TP53、VEGFA、JUN、MAPK1、CASP3、TNF、ESR1、NOS3；然后，使用GO和KEGG对靶点进行基因功能和基因通路的注释，富集的信号通路主要涉及PI3K-Akt、MAPK、TNFα、HIF-1、NF-κB、小细胞肺癌和非小细胞肺癌等，其中富集了最多的靶点是PI3K-Akt和MAPK信号通路，分别是31个和28个；同时，借助生物信息学的方法，使用基因表达数据库（GEO）与COPD相关的基因芯片数据集，获得COPD患者与健康人之间的差异表达基因，与网络药理学预测的靶点信息相互验证和比对，得到COPD的潜在靶标。结论 研究表明培土生金方的多个潜在活性成分，可能通过AKT1、IL6、VEGFA、MAPK1、TNF等多个核心靶点在PI3K-Akt、MAPK、TNFα、HIF-1、NF-κB等多个信号通路，起到对COPD的治疗作用，但仍需进一步的动物和细胞实验加以证实。     

基于网络药理学探究清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学预测清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎有效成分、作用靶点及相关信号通路并通过分子对接技术验证。方法 利用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction、STITCH数据库获得药物的有效成分以及靶点。通过GeneCards、OMIM数据库获得疾病靶点。用String数据库构建PPI网络，用软件Cytoscape 3.7.2构建活性成分－靶点－药物－疾病网络关系，用R语言进行生物功能和通路分析。运用PDB 数据库、PubChem数据库、AutoDuck软件等工具进行关键靶蛋白与相关化合物的分子对接，以验证其治疗作用。结果 预测得到清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的206个成分，涉及119个靶点，跟PI3K/Akt、IL-17、TLR等信号通路有关，并发现AKT1、IL6、ALB、CASP3、VEGFA等关键靶点。分子对接表明关键靶蛋白与相关活性成分结合程度较好，且绝大多数优于阳性对照药。结论 清幽养胃胶囊通过多成分、多靶点的形式治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎，为进一步探究其机制打好基础。     

基于网络药理学与分子对接方法探讨黄山药干预冠心病的作用机制研究＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究黄山药干预冠心病（coronary heart disease，CHD）的多成分、多靶点、多通路作用机制，旨在为其基础研究及临床应用提供依据。方法 通过PharmMapper数据库检索并筛选黄山药的活性成分及作用靶点，利用GeneCards、DisGeNet、OMIM、DRUGBANK筛选冠心病相关靶点，取两者交集靶点；利用STRING11.0获得蛋白互作关系，并通过Cytoscape3.7.2 构建PPI网络，MCODE插件分析黄山药干预冠心病关键靶点；采用R3.6.1中的ClsuterProfiler程序包进行GO、KEGG基因富集分析，得到黄山药干预冠心病的潜在作用通路，并利用Cytoscape3.7.2构建成分-靶点-通路图；采用 AutoDock Tools 1.5.6、MOE2019进行分子对接研究。结果 黄山药中筛选得到10个活性成分，其中涉及冠心病作用靶点62个，MCODE分析最终筛选出10个关键靶点；分子对接验证亦显示评分大于4.25者占总数90%，大于5者占88.3%，即大部分靶点与成分的结合活性较好；KEGG富集分析关键靶点主要被富集在MAPK 信号通路、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路、IL-17信号通路等20个显著相关通路，涉及炎症反应、免疫调节等140个显著相关生物过程。结论 基于网络药理学探讨了黄山药干预冠心病多成分-多靶点-多通路的作用特点，预测黄山药主要活性成分胡萝卜苷、延龄草苷、新甾体皂苷、progeninⅢ等，可能通过ALB、EGFR、SRC、MAPKs等靶点，作用于MAPK、雌激素、Ras、PI3K/Akt等信号通路干预冠心病，分子对接结果显示，黄山药中的核心化合物胡萝卜苷、延龄草苷、新甾体皂苷、progeninⅢ等与主要靶点（ALB、EGFR、SRC、MAPK1）的结合活性较强，为进一步开展黄山药干预冠心病作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学的升陷汤治疗心力衰竭的作用机制研究＊

目的 基于网络药理学方法探讨升陷汤治疗心力衰竭（heart failure，HF）的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、TCM-MESH、化学专业数据库、ETCM平台筛选出升陷汤的活性成分，利用TCMSP靶点预测模型预测活性成分的潜在靶点；利用Genecards、OMIM、Disgenet、DigSee数据库检索心力衰竭的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建，并提取交集网络以获得升陷汤治疗心力衰竭的关键靶点；利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 得到药效成分60个、药物靶点156个、心力衰竭靶点1387个，最终获得关键靶点197个、KEGG通路157条。升陷汤治疗心力衰竭主要成分为槲皮素、山奈酚、黄芪多糖、黄芪甲苷等，关键靶点为TP53、ESR1、FN1、UBC、TNF-α，关键的生物学进程和通路可能包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TLR信号通路、HIF-1α信号通路、FoxO信号通路、细胞周期信号通路等。结论 本研究初步揭示了升陷汤多成分、多靶点、多途径治疗心力衰竭的机制，为升陷汤的临床开发利用提供了依据。