细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导下差异表达microRNA的筛选及分析

目的对细粒棘球蚴重组蛋白P29(rEg.P29)诱导小鼠差异表达的microRNA进行筛选和分析,以期为rEg.P29免疫前后宿主免疫细胞的分化研究提供线索。方法将6-8周龄SPF级BALB/c小鼠随机分为2组,rEg.P29免疫组和对照组,每组12只。rEg.P29免疫组于小鼠腹部多点免疫重组蛋白100μl(含rEg.P29 10μg),共免疫2次,第1次免疫2周后进行第2次免疫。提取第2周(第1次免疫后2周)、第6周(第1次免疫后4周)、第8周(第1次免疫后6周)各组小鼠外周血淋巴细胞,分离microRNA用于建库测序,利用生物信息学方法筛选rEg.P29诱导下差异表达的microRNA分子,并进行注释分析。结果测序所得数据经拼接组装比对,共获得成熟的microRNA序列342条,其中已知的microRNA序列206条,未知信息序列36条。在已知的microRNA分子中,差异表达共55个,其中上调31个,下调24个;在新发现的microRNA分子中,差异表达11个,其中上调5个,下调6个。靶基因预测结果显示,表达上调microRNA调控的靶基因有14 279个,表达下调microRNA调控的靶基因13 911个。GO富集注释结果显示,在上调分子中,生物学进程(BP)获得18条注释信息,其中16个microRNA调控的826个靶基因被注释到细胞分化(cell differentiation)条目下;在下调分子中,生物学进程(BP)获得21条注释信息,其中25个microRNA调控的712个靶基因被注释到细胞分化(cell differentiation)条目下。KEGG通路分析结果显示,无论是表达上调还是下调的分子,其靶基因的代谢通路均显著富集到Th1 and Th2 cell differentiation、Th17 cell differentiation、B cell receptor signaling pathway等与细胞分化相关的信号通路以及与肿瘤相关的信号通路上。结论在rEg.P29诱导下小鼠免疫细胞存在差异表达的microRNA分子,这些分子可能与免疫细胞的分化相关。     

肥大心肌细胞来源外泌体差异表达microRNA及其信号通路调节的初步研究

目的获得肥大心肌细胞来源外泌体与正常心肌细胞来源外泌体差异表达microRNA,并进行靶基因和信号通路分析,探讨差异表达microRNA调控心肌肥大的分子机制。方法取1~3天龄Wistar新生鼠心脏行原代心肌细胞培养,并分成两组,模型组用AngⅡ(1μmol/L)诱导心肌细胞肥大,对照组细胞未给予任何处理或加入培养液,分离纯化上述两组细胞外泌体,采用microRNA测序技术筛选差异表达microRNA,通过miRanda算法分析差异表达microRNA靶基因,并行KEGG pathway分析。结果与对照组比较,肥大心肌细胞来源外泌体有14个差异表达microRNA,其中13个microRNA上调(包括mmu-miR-2137、mmu-miR-5126、mmu-miR-690和10个新发现的microRNA),1个microRNA下调(P0.05)。通过miRanda算法得到差异表达microRNA的靶基因54条,采用排序前20的靶标基因及其相关microRNA构建局部网络图。经KEGG通路分析发现,差异表达microRNA参与了MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Wnt信号通路等的调节。结论肥大心肌细胞来源外泌体microRNA表达谱发生明显变化,并经靶基因调节MAPK等多种信号通路,进而影响心肌肥大的病理生理过程。     

芪苈强心对心肌梗死后心力衰竭大鼠miRNA表达的调控作用

目的利用microRNA芯片杂交技术研究芪苈强心对心肌梗死后心力衰竭大鼠microRNA表达的调控作用,为进一步探索芪苈强心保护心脏功能的作用通路提供新的视角。方法通过结扎雄性SD大鼠左前降支建立急性心梗后心力衰竭模型,分为假手术组,心衰模型组和芪苈强心组,药物干预前后分别行超声心动图检查。治疗6周后处死动物、取材,行microRNA芯片杂交,筛选差异表达microRNA,实时荧光定量PCR验证芯片结果。对差异表达microRNA进行靶基因预测及进一步生物信息学分析。结果芪苈强心显著提高心衰大鼠左室射血分数(60.2±5.3%vs.36.5±5.9%,p0.01)。心衰模型组与假手术组比较,22个microRNA表达上调,5个下调;芪苈强心组与心衰模型组比较,2个microRNA表达上调,21个下调。实时荧光定量PCR结果与芯片筛查结果一致。对其中11个差异倍数较大的microRNA行靶基因预测,共1782个靶基因,显著富集于470个GO生物学过程条目、120个GO细胞组成条目和115个GO分子功能条目(p0.05);KEGG分析中,66条信号通路被有效富集(p0.05),包括趋化因子信号转导通路、凋亡信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路等。结论在心梗后心力衰竭模型中,芪苈强心调控多个microRNA的表达,多靶点、多途径地发挥保护心脏、逆心肌重塑的作用。     

重组抗原P29免疫小鼠感染细粒棘球蚴后mRNA表达差异分析

目的对重组蛋白P29免疫并感染细粒棘球蚴的小鼠产生差异表达的mRNA进行分析,为重组蛋白P29分子的转化和应用研究奠定基础。方法将BALB/c小鼠随机分为3组,分别为P29免疫+感染组、感染对照组和空白对照组。P29免疫+感染组小鼠用10μg/只重组蛋白P29进行皮下多点免疫,并在3个月后用细粒棘球蚴腹腔感染小鼠,感染对照组只感染细粒棘球蚴,空白对照组不免疫P29蛋白也不感染细粒棘球蚴。在不同时间点制备外周血淋巴细胞,提取出总RNA,再利用KAPA Strand mRNA-Seq试剂盒进行mRNA建库,利用二代测序技术测序后采用生物信息学方法分析转录组表达差异并对其进行功能和通路注释。结果利用mRNA文库测序P29免疫+感染组免疫后获得19 717 433条reads, P29免疫+感染组感染后获得24 908 555条reads,空白对照组免疫后获得25 555 287条reads,空白对照组感染后获得23 772 436条reads,感染对照组感染后获得21 539 925条reads。各文库测序量均在4Gb以上。通过生物信息学分析筛选出疫苗诱导组差异表达mRNA共473个,病原体感染组差异表达mRNA共85个,疫苗诱导+病原体感染差异表达mRNA共192个。通过GO富集分析,免疫后的P29免疫+感染组与空白对照组比较,差异表达的mRNA主要富集在蛋白二聚体活动,高尔基体及翻译等过程中;感染后的感染对照组与空白对照组比较,差异表达的mRNA主要富集在转录因子活动细胞质,免疫反应等过程;免疫感染后的P29免疫+感染组与感染对照组比较,差异表达的mRNA主要富集在蛋白二聚体活动,质膜,细胞运动等过程。KEGG通路分析中差异表达的mRNA主要富集在核糖体,趋化因子信号通路,紧密连接等通路。结论重组抗原P29免疫小鼠攻击感染细粒棘球蚴后存在mRNA的差异表达,这些分子与多种生物学过程密切相关。     

阿尔茨海默病小鼠海马组织差异表达miRNA-687的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法探讨阿尔茨海默病(AD)小鼠海马组织差异表达的microRNA,为阐明其发病机制提供新线索。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数据平台GEO下载基因芯片数据集GSE48028,使用在线分析工具GEO2R筛选出正常小鼠与AD小鼠海马组织差异表达的microRNA,利用TargetScan靶基因预测工具和miRDB在线靶基因预测网站预测miRNA-687的靶基因,并进行富集分析(GO)和通路分析(KEGG),利用STRING在线分析网站和Cytoscape软件进行靶基因调控蛋白的互作网络分析并计算网络节点,找出关键靶基因。结果筛选出12个差异表达的microRNA,其中8个下调,4个上调。以miRNA-687为靶点,预测得到其交集靶基因172个。GO发现大多集中在投射神经元等区域,主要参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程等生物学过程。KEGG发现其参与了PI3K-Akt信号通路等多条信号通路。STRING在线分析网站和Cytoscape软件分析显示Pten、Met等8个靶基因在蛋白质互作网络中起关键作用,是受miRNA-687调节的关键基因。结论采用生物信息学方法能够有效分析AD小鼠差异表达的microRNA,其中miRNA-687研究极少,表明其可能是AD发生的研究新靶点。     

重组蛋白P29对细粒棘球蚴感染小鼠肝脏组织TGF-β/Smad信号通路的影响

目的观察重组蛋白P29 (r P29)对细粒棘球蚴感染小鼠肝脏组织转化生长因子β(TGF-β)/Smad信号通路的作用。方法36只雌性BALB/c小鼠随机分为r P29免疫组(r P29组)、佐剂组、 PBS组,每组12只。r P29组小鼠皮下注射r P29蛋白(10μg/只,与等体积弗氏佐剂乳化),第2和4周各加强免疫1次;佐剂组、 PBS组仅注射相应的佐剂或PBS。末次免疫后2周, 3组小鼠均腹腔接种细粒棘球蚴原头节(1 500个/只)进行攻击感染。感染后12周,剖杀小鼠,分离肝脏组织,提取肝脏组织mRNA,实时荧光定量PCR检测小鼠肝脏组织中TGF-β1基因的相对表达水平,蛋白质印迹(Western blotting)检测小鼠肝脏组织中TGF-β/Smad信号通路下游相关蛋白TGFβ-RI、 TGFβ-RII、 p-Smad2,3、 Smad4、 Smad7的表达水平。结果实时荧光定量PCR检测结果显示,佐剂组、 PBS组和r P29组小鼠肝脏组织中的TGF-β1 mRNA的相对表达量分别为0.98±0.42、 1.71±0.29和1.24±0.56, r P29组低于PBS组(P 0.01),高于佐剂组,但无统计学意义。Western blotting检测结果显示, r P29组小鼠肝脏组织TGF-β1蛋白表达灰度值为372.04±0.01,低于PBS组(673.02±0.06),高于佐剂组(213.69±0.31)。小鼠肝脏组织TGF-β/Smad信号通路相关蛋白的检测结果显示, r P29组TGF-β-RI、 TGF-β-RII、 p-Smad 2,3、 Smad 4的灰度值分别为357.59±0.83、 289.07±0.21、 204.06±0.19、 396.11±0.01,低于PBS组(496.89±0.09、 378.41±0.01、428.11±0.29、 566.95±0.21),高于佐剂组(171.99±0.82、 185.77±0.09、 128.09±0.08、 205.87±0.59)。r P29免疫组Smad 7蛋白灰度值为278.89±0.12,高于PBS组(142.32±0.07),低于佐剂组(384.17±0.51)。结论r P29能够降低细粒棘球蚴感染小鼠肝脏组织中TGF-β1 mRNA和蛋白的表达水平;下调TGF-β/Smad下游信号通路相关蛋白TGF-β-RⅠ、 TGF-β-RⅡ、 p-Smad 2,3和Smad 4的表达,上调Smad 7的表达。     

以基因芯片技术研究黄芪多糖对NOD小鼠胰岛基因表达的影响

目的　深入探讨黄芪多糖 (APS)对NOD小鼠 1型糖尿病预防作用的分子机制。方法　应用基因芯片技术比较APS处理组和生理盐水对照组NOD小鼠胰岛的基因表达谱差异。结果　APS组中5 .47%的检测基因 (63 / 115 2 )表达明显差异 ;上调基因 2 8条 ,下调基因 3 5条 ;17条基因在功能上与免疫有关。结论　黄芪多糖能预防或延缓NOD小鼠 1型糖尿病的发生 ,可能与其纠正Th1/Th2 型细胞 /细胞因子的免疫失衡状态有关。     

基因芯片筛选7例患儿哮喘基因的研究

目的 对7例支气管哮喘(简称哮喘)患儿的差异表达基因进行生物信息学分类.方法 实验组7例,对照组8例,抽取外周血并分离出淋巴细胞RNA,进行cDNA合成、标记及杂交,通过聚类分析来揭示标本之间可辨识的基因表达谱,最后用GO分析和Pathway分析测定这些差异表达基因的作用.结果 在29 890个基因中,发现4 725个基因存在差异表达,其中1 660个表达上调,3 065个表达下调.GO分析发现这些基因在生物学过程、细胞组分及分子功能中存在不同的调节.Pathway通路分析发现共有88条通路,其中基因表达上调通路有22条,下调通路有66条,进一步对这些通路的差异表达基因进行分析,发现有不少有3条以上的通路富集.结论 实验组基因表达与对照组相比存在很大差异,这些差异基因涉及多种生物学过程,表明小儿哮喘的发病是一个复杂的病理生理过程.     

microRNA在肥胖大鼠脂肪组织中的差异表达

目的建立高脂饮食诱导的大鼠肥胖模型,初步探讨肥胖大鼠脂肪细胞、体质量、体长、血糖、血脂的变化,为进一步研究microRNA在肥胖诱发脂类代谢紊乱的相关分子机制奠定基础。方法将40只雄性SD大鼠随机分为普通饮食组和高脂饮食组,分别以基础饲料和高脂饲料喂养,尾静脉采血检测造模前及4周、8周的血糖、血脂水平,8周时眼眶放血处死大鼠;用动物电子秤称量大鼠体重;留取大鼠网膜脂肪组织,用皿式电子分析天平称重,并将其保存在-80℃液氮中备用,油红染色光学显微镜观察脂肪组织形态,采用微距阵基因芯片技术筛选肥胖大鼠模型的网膜脂肪组织差异表达的microRNA,Real-Time PCR验证结果。结果建模8周末,高脂饮食组大鼠体重、网膜组织重量、三酰甘油、总胆固醇、低密度脂蛋白均高于普通饮食组(P0.01),高密度脂蛋白低于普通饮食组(P0.01)。基因芯片检测并经Real-TimePCR验证发现,高脂饮食组大鼠网膜组织中有13个差异表达的microRNA,其中microRNA30a、microRNA7e、microRNA30c、microRNA335、microRNA103、microRNA107、microRNA139-5p表达上调,microRNA494、microRNA140、microRNA342-5p、microRNA382、microRNA17-1-3p、microRNA92a表达下调。生物信息学分析发现,差异表达的microRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及调节脂肪细胞分化和脂类代谢生物学功能相关。结论高脂诱导的肥胖模型大鼠网膜组织中microRNA表达谱发生明显改变,提示microRNA能够调节脂肪细胞分化和脂类代谢。     

基于GEO数据库对原发性高血压的差异靶基因分析

目的:初步探索分析原发性高血压的差异靶基因,为原发性高血压的治疗提供新的靶点。方法:从GEO公共数据库中检索高血压的数据芯片,利用GEO2R在线分析公共的差异表达基因,分别对差异表达基因和预测靶基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果:(1)GEO2R在线分析成功筛选出147个差异microRNA,由logFC统一标识后得出16个关键microRNA,其中下调microRNA共3个,上调microRNA共13个。运用Metascape软件对microRNAs富集及KEGG热图分析,同时得出关键microRNA有2个,分别是:mir133a、mir31;(2)差异microRNA导入mirTarBase后,最终发现共有66个差异预测靶基因,通过David6.7在线分析富集得出关键基因,主要调控细胞内凋亡信号通路对DNA损伤的反应、血管生成、信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正、负调控、细胞膜内陷、蛋白质heterodimerization活动等方面。结论:(1)利用生物信息学能有效地分析基因芯片数据,获取生物的内在信息,为下一步实验提供有力的证据;(2)差异microRNA基因表达及预测靶基因的表达主要以信号通路传导方式为基础,这为治疗高血压提供了新的诊疗依据,同时也为后期的靶向治疗奠定了基础。     

移植雄性骨髓的雌性小鼠肝组织肝再生相关基因的信号通路

目的:探讨骨髓形成肝细胞的分子机制.方法:采用移植♂骨髓的♀小鼠模型,♀Balb/c小鼠随机分为模型组和正常对照组,选用小鼠基因表达谱寡核苷酸芯片,利用反转录酶合成掺有荧光标记的cDNA探针,将探针与基因表达谱芯片杂交观察小鼠肝组织基因表达谱的变化,筛选样本之间杂交信号比值有差异表达的基因.采用生物信息学方法分析模型组中小鼠肝组织再生相关基因的信号通路变化规律.结果:♀小鼠在移植♂骨髓6 mo后肝组织的基因表达谱显著不同,对照组相对于正常组的差异表达基因有865条,已知功能基因有447条,其中上调基因92条,下调基因355条.与肝再生相关基因信号通路涉及HGF,TGF-β,Focal Adhesion,JAK-Stat,VEGF等信号通路,他们相关基因的上调表达促进肝细胞的增殖分化.TGF-β信号通路中相关基因下调,抑制信号通路的激活,减弱肝再生的负性作用,利于肝细胞的增殖分化.结论:♀小鼠移植♂骨髓后的肝组织基因表达谱显著变化,有可能通过其肝再生相关基因的信号通路激活或抑制调节肝再生.     

cDNA微阵列分析BALB/c小鼠肝脑组织中差异性表达基因的研究

目的分析BALB/c小鼠肝、脑组织差异基因表达谱。方法TRIZOL法提取总RNA,反转录cDNA,采用36K小鼠全基因组寡核苷酸芯片,运用荧光双交换方法分析BALB/c小鼠肝脑组织中mRNA转录本含量。经芯片扫描、图像采集后,运用MAS2.0软件对差异基因进行基因功能分析(GO)和KEGG通路分类。结果基因芯片结果表明与脑组织相比,在肝组织中共发现差异表达基因6 132个,其中包括上调基因2 974个,下调基因3 158个,GO分析上述差异表达基因主要涉及代谢、细胞信号转导、DNA结合与转录、细胞周期、细胞骨架、细胞粘附和发育等。KEGG信号通路分析显示:上调差异基因中71个通路的改变差异具有统计学意义(P0.05),下调差异基因中有80个通路的改变差异具有统计学意义(P0.05)。结论小鼠肝与脑组织基因表达谱的差异涉及多个基因表达调控途径,研究这些基因分子功能有助于深入了解各组织独特的功能表达系统。     

细粒棘球绦虫Eg95基因疫苗和重组抗原诱导小鼠免疫应答的比较研究

目的观察比较细粒棘球绦虫Eg95重组抗原和基因疫苗诱导小鼠的免疫应答状况。方法实验组和对照组小鼠分别注射Eg95重组抗原(rEg95)、费氏佐剂(FCA)、pcDNA3-Eg95基因疫苗、pcDNA3质粒和生理盐水,收集各组血清用酶联免疫吸附(ELISA法)检测抗体IgG和IgG2a亚类水平;采集脾细胞用四甲基偶氮唑盐试验(MTT法)检测免疫小鼠的脾淋巴细胞增殖反应。结果rEg95免疫组小鼠在第二次免疫后开始检测到抗Eg95抗原的IgG,并随着免疫次数的增多,血清抗体效价升高,在第1次免疫后第10周时,免疫抗体滴度可达到1∶25,600。Eg95基因疫苗免疫的小鼠产生抗体滴度随免疫次数的增加而升高,最高可达1∶3,200,但是低于Eg95重组蛋白免疫小鼠产生的抗体滴度水平。pcDNA3-Eg95免疫组产生IgG2a亚类抗体水平明显高于对照组和rEg95组。在第四次免疫后,进行淋巴细胞转化试验,MTT法检测证实rEg95和pcD-NA3-Eg95免疫的小鼠,其脾细胞均可在体外被特异性刺激增生。结论细粒棘球绦虫Eg95重组抗原和基因疫苗均可诱发小鼠产生特异性免疫应答。     

肝泡型包虫病侵及胆道患者胆汁外泌体microRNA的检测及生物信息学分析

目的检测肝泡型包虫病侵及胆道患者胆汁中外泌体microRNA(miRNA)的表达情况,探索差异miRNA对靶基因的调控机制。方法收集自2017年8月-2018年10月就诊于青海大学附属医院的12例肝泡型包虫病患者胆汁样本,观察组(有胆道受侵表现)与对照组(无胆道受侵表现)各6例。经超速离心法提取、Western Blot鉴定两组胆汁中的外泌体结构,采用Trizol法提取外泌体总RNA,再经miRNA表达谱芯片实验检测并寻找差异表达的miRNA。根据差异miRNA预测胆道侵犯靶基因,并进行通路富集分析。结果观察组与对照组比较,共有74个差异表达的miRNAs,其中9个表达上调,65个表达下调(|Fold Change| 2)。经Pathway分析,靶基因主要富集在肿瘤发生、磷脂酰肌醇信号系统、PTEN等通路中(FDR 0.05)。经GO注释及富集分析,靶基因主要富集在基因抑制的正向调控、调控细胞分化等生物过程(FDR 0.05)。结论建立肝泡型包虫病合并胆道侵犯胆汁中外泌体差异miRNA表达谱,可作为泡型包虫病侵及胆道的生物学标志物,初步阐释了肝泡型包虫病侵及胆道后差异miRNA对靶基因的调控机制。     

基于microRNA调控的轻度慢性乙型肝炎发生的分子机制

目的从microRNA(miRNA)调控角度揭示轻度慢性乙型肝炎发病的分子机制。方法收集2013年7月-2014年2月成都市传染病医院门诊就诊的患者共16例,分为轻度慢性乙型肝炎组与正常组,借助Agilent Human miRNA 8×60 k微阵列芯片检测血浆中miRNA表达谱,求得两组间差异表达的miRNA谱,借助miRNA生物信息学分析软件预测其靶基因并对靶基因进行GO功能富集分析和pathway分析。两组间比较采用t检验,多组间比较采用方差分析。结果两组间的差异表达miRNAs共54条(P值均0.05),30条上调,24条下调;其功能主要涉及细胞增殖、转录正/负调控、生物合成过程的正/负调控、蛋白质定位、Wnt受体信号通路、转录正/负调控、基因表达的正/负调控、酶联受体蛋白信号通路、蛋白氨基酸的磷酸化等生命过程。Pathway分析得到其主要涉及Wnt信号通路、Notch信号传导途径、Hedgehog信号通路、p53信号通路、B淋巴细胞受体信号通路等。结论轻度慢性乙型肝炎发生受到特异性miRNA调控,涉及多个生命过程及通路。     

微小RNA在双生子单冠心病患者中的差异表达

目的引用双生子经典研究途径,筛选冠心病患者外周血差异表达的微小RNA(miR),分析miR在冠心病患者中的调控作用。方法选择两对冠心病–健康双生子为研究对象,其中2例冠心病患者为研究组,2名健康者为对照组,分别抽取外周血5 ml,TRIzol法提取细胞总RNA,miRCURYTM LNA Array杂交芯片筛选差异表达miR。采用MirBase、TargetScan和MIRDB软件预测差异性miR的靶基因;DAVID软件进行靶基因GO分析和KEGG分析,Cytoscape软件绘制基因调控网络图。结果共筛选出43条差异表达miRs,其中12条表达上调,31条表达下调。最为显著的hsa-miR-1066-5p、hsa-miR-3074-3p、hsa-miR-4505、hsa-miR-3658和hsa-miR-4459分别下调10倍以上,hsa-miR-4699-3p上调8倍以上,靶基因GO注释和KEGG分析显示下调的miRs参与了大量免疫因子调控。结论冠心病患者差异表达的miRs对免疫因子的调控,可能是导致冠心病发病的关键作用之一。     

轻度认知障碍患者血浆中差异表达microRNA生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法分析轻度认知障碍(MCI)患者血浆中差异表达microRNA。方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数据平台的GEO数据库检索并筛选MCI相关基因芯片数据集,使用GEO2R在线分析工具筛选差异表达的microRNA;利用TargetScan7.2在线预测工具预测差异表达microRNA的靶基因,并通过String数据库构建编码蛋白相互作用(PPI)网络及利用Cytoscape的CytoHubba插件筛选关键基因(Hube gene);利用Cytoscape3.7.2软件构建差异表达microRNA的microRNA-靶基因相互作用网络,筛选关键microRNA;运用R语言分析包对差异表达microRNA的靶基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 筛选出14个显著下调的microRNAs,通过在线工具预测14个microRNA的靶基因并构建PPI和microRNA-靶基因的相互作用网络,结果显示hsa-miR-27b、hsa-miR-146a、hsa-miR-23a和has-miR-93*是核心网络中的关键mi...     

TMEM206基因敲除小鼠小脑组织中差异表达基因的筛选及生物学功能分析

目的 筛选TMEM206基因敲除小鼠小脑组织中的差异表达基因并进行生物学功能分析,探讨TMEM206基因的功能。方法 采用CRISPR/Cas9基因编辑技术制备TMEM206基因敲除小鼠,并通过配殖获得TMEM206基因敲除纯合小鼠。选取3只8周龄雌性TMEM206基因敲除纯合小鼠和3只同窝雌性野生小鼠,分离小脑组织并提取总RNA,转录组测序后,使用Cuffdiff(v2.2. 1)软件的EBseq算法筛选差异表达基因,并使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因属性（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共筛选出474个差异表达基因,与正常小脑组织相比,TMEM206基因敲除小鼠小脑组织中上调的基因265个、下调的基因209个。GO功能分析结果显示,差异表达基因的表达产物定位于细胞外膜和主要组织相容性复合体Ⅰ类蛋白（MHCⅠ）较多,功能属性主要归类于结合转录因子、脂类分子及抗原分子等;差异表达基因参与的生物学过程众多,如DNA损伤的细胞反应、细胞分化选择、骨质矿化等。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因在分子属性上多为细胞黏附分子和肿瘤坏死因子路径的分...     

RELMɑ/FIZZ1信号通路对载脂蛋白E基因敲除小鼠动脉粥样硬化斑块内血管新生的影响

目的 探讨类抵抗素分子ɑ或炎症区域分子1（RELMɑ/FIZZ1）对载脂蛋白E（ApoE）基因敲除小鼠动脉粥样硬化斑块稳定性及血管新生的影响及其信号通路。方法 8周龄C57BL/6J ApoE基因敲除鼠20只,喂食高脂饲料12周后随机分为模型组及RELMɑ/FIZZ1组,另选10只C57BL/6J野生型小鼠作为对照组;RELMɑ/FIZZ1组于尾部血管注射重组RELMɑ/FIZZ1干预2周后结束实验。取小鼠主动脉制备石蜡包埋切片,进行HE染色,利用图像软件定量测量斑块面积、血管横截面积及校正斑块面积,采用免疫组织化学染色测定主动脉血管壁RELMɑ/FIZZ1及CD34阳性反应强度。提取主动脉RNA,采用全基因表达谱筛选出显著表达差异的基因和发生变化的细胞通路。结果 与对照组相比,模型组动脉粥样硬化明显,斑块面积增加,粥样硬化斑块内RELMɑ/FIZZ1表达明显。RELMɑ/FIZZ1刺激后RELMɑ/FIZZ1及CD34阳性反应强度增强,校正斑块面积比模型组显著性增加（31.58%±6.65%比24.16%±3.59%,P<0.01）,明显刺激血管新生（P<0.05）。相对于对照组,RELMɑ/FIZZ1组有显著性上调基因391个,下调基因465个;活性显著性上调信号通路12条,活性显著性下调信号通路10条,共计22条。结论 RELMɑ/FIZZ1刺激血管新生,造成粥样斑块不稳定,其机制与Atg9a、Gng8等基因显著性表达及细胞肌动蛋白骨架调节通路、缝隙连接信号通路的激活密切相关。