2011-2014年福建省手足口病相关病原柯萨奇病毒A组4型的分子流行病学分析

目的 分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征.方法 应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗传进化分析.结果 2011-2014年,从福建省手足口病其它肠道病毒病例标本中分子分型33例CVA4病例,在407例的其它肠道病毒病例中的构成比为8.1％,其中2012年31例,2014年2例.CVA4病例在性别、年龄组分布特征,与一般手足口病流行特征相比,没有特异性.VP1区序列差异比较表明,2011-2014年福建省CVA4分离株之间VP1核苷酸及氨基酸序列相似性分别在92.6％～100％、95.7％～100％;与原型株及国外地方株的核苷酸序列相似性较低,分别为83.7％～85.4％、82.1％～89.1％,氨基酸序列相似性分别为96.1％～99.0％、90.4％～99.6％;与国内地方株核苷酸及氨基酸序列相似性较高,分别为87.9％～99.2％、96.1％～100％.进化树结果表明福建CVA4分离株与原型株及国外代表株的遗传距离远,与国内代表株的遗传距离近.福建CVA4分离株在进化树的分布呈多个分支.结论 CVA4已成为近年来福建省除EV71、CVA16、CVA6、CVA10外导致手足口病的又一重要病原体.福建CVA4分离株与国内地方株同进化共循环,在福建省各个地区同时流行多条亲缘关系接近的传播链.     

2009-2017年江苏省手足口病病原谱及柯萨奇A16型的分子流行病学研究

目的 描述2009-2017年江苏省手足口病(HFMD)病原谱及柯萨奇A16型(CVA16)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法 对2009-2017年江苏省手足口病发病资料和病原学检测情况进行统计分析,选取120株CVA16病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果 2009-2017年江苏省共报告手足口病1 013 771例。其中, 手足口病肠道病毒阳性病例37 389例,主要病原构成为EV71(39.85%)和CVA16(30.13%);重症病例中,以EV71为主要病原,CVA16及其他肠道病毒引起的重症病例较少。CVA16在每年的3~7月和9~11月出现流行高峰,主要感染1~4岁年龄段儿童,男性比例高于女性。江苏省地区流行的CVA16毒株属于B1a亚型和B1b亚型,其中B1b亚型为优势流行基因亚型。120株CVA16病毒分离株VP1区核苷酸及编码氨基酸序列同源性分别为87.5%~100%、97%~100%。结论 2009-2017年,江苏省地区流行的CVA16具有明显的时间、人群分布特征;120株CVA16分离株属于B1a亚型和B1b亚型。CVA16分离株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变。     

2013-2022年江苏省柯萨奇病毒A6型全基因组序列特征分析

目的 研究江苏省2013-2022年分离到的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析,以期从分子流行病学特征的角度解释CV-A6取代肠道病毒A71和柯萨奇病毒A16成为江苏省引起手足口病(HFMD)主要病原的原因。方法 选取2013-2022年间江苏省地区流行的35株CV-A6毒株进行全基因组测序,采用DNASTAR、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等软件对获取的全基因组序列进行比对、相似性分析、系统进化分析和基因重组分析,对P1编码区和3D区主要氨基酸变异位点进行分析。结果 35株CV-A6江苏毒株的全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为87.5%～99.6%和97.0%～99.8%,与CV-A6原型株Gdula/USA/1949的全基因组核苷酸序列相似性仅为80.3%～81.0%,氨基酸序列相似性为94.7%～95.3%。基于VP1序列的系统进化树结果显示,2013-2022年江苏省有34株CV-A6分离毒株分属于D3a基因亚型,1株分属于D2基因亚型;基于3D区进化树划分不同重组模式,2013-2022年江苏省流...     

2011-2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A组8型和12型分子流行病学特征分析

目的 研究福建省2011-2020年手足口病(hand foot and mouth disease, HFMD)相关柯萨奇病毒A组8型(CVA8)和12型(CVA12)型的流行病学及全基因组序列特征。方法 对2011-2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CVA8和CVA12病例进行流行病学特征分析;采用MegaⅩ和Simplot 3.5.1等软件对病毒VP1区和全基因组序列遗传进化分析和重组分析。结果 2011-2020年福建省HFMD相关CVA8和CVA12感染各7例。获得4株CVA8完整VP1基因福建分离株,其中2株属于D基因型,2株属于E基因型;获得CVA12完整VP1基因福建分离株6株,其中2株属于B1基因亚型,4株属于B2基因亚型。比对CVA8和CVA12全基因组序列与其原型株核苷酸相似性分别为68.7%～77.7%和69.1%～78%。结合P2和P3区进化树和重组分析结果显示,CVA12-2011FJQZ168在P3区与EVA71可能发生重组,CVA8-2011FJQZ146在P2-P3区与CVA7、在P3区与CVA12-2011FJQZ168可能发生...     

2014-2018年昆明市重症手足口病病原柯萨奇病毒A6型的流行与遗传变异特点

目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒A6(Coxsackievirus A6,CV-A6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1 064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析其流行特征。利用随机数表随机选取63例重症CV-A6阳性标本,对其进行完整VP1区基因序列测定,使用Mega6.0软件进行序列分析并构建系统进化树,并比较其核苷酸、氨基酸同源性及氨基酸变异情况。结果 2014-2018年昆明市重症手足口病例中共检出肠道病毒阳性标本666份,其中CV-A6阳性195份。5年中重症手足口病例报告数呈下降趋势,但每年均有重症CV-A6病例报告,发病高峰期在4～7月,呈单峰模式,6月达最高峰。感染病例中男女性别比为2.55∶1,≤2岁儿童居多(73.33%),且重点集中在官渡和西山两区。63个CV-A6毒株均位于D3基因亚型D3a进化分支,与国内多地区CV-A6处于共循环状态。该分支分为3个进化小分支,D3a.1包含2014-2016年的所有毒株及少量2017年、2018年毒株;D3a.2包含绝大多数2017年及2018年毒株,D3a.3只有1株2014年昆明株。VP1区氨基酸在多个位点上与原型株存在特异突变,氨基酸变异已呈现年度间规律性。结论 CV-A6是引起昆明市重症手足口病主要抗原之一,持续开展CV-A6分子流行病学检测,对昆明市手足口病的防控具有重要意义。     

手足口病柯萨奇病毒A10和A6型的分子鉴定及其VP1区3′端序列分析

目的鉴定手足口病患儿咽拭子病原体柯萨奇病毒A10(CVA10)和A6(CVA6),并对其VP1编码区3′端序列进行分析。方法合成对肠道病毒VP1区3′端序列具有较高特异性的兼并引物040-011,RT-PCR方法测定其VP1区3′端基因序列,通过BLAST程序比对,鉴定病毒的基因型;与GenBank中其他已知病毒基因型序列进行同源性分析,构建遗传进化树。结果 38例非EV71非CVA16引起的手足口病患儿咽拭子,5例检测到CVA10,1例检测到CVA6。在进化关系上CVA10与D基因型最为密切,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.7%~94.2%、91.7%~100%;CVA6与2003~2009年报告的部分毒株核苷酸同源性为86.8%~90.2%,其中与2008年台湾EU908148的毒株同源性最高;氨基酸同源性为85.2%~89.0%。结论兼并引物040-011对CVA10和CVA6有良好的基因扩增特异性;引起手足口病的肠道病毒除EV71和CVA16外,CVA10和CVA6也是重要的病原;鉴于2008年芬兰和2009年山东省文登市CVA10引起的手足口病暴发,应加强对手足口病病原的检测和分型,以了解柯萨奇病毒...     

福州地区2012年柯萨奇A6型肠道病毒分子特征分析

目的对2012年福州地区分离的其他肠道病毒CVA6进行分子鉴定,并对其VP1部分序列进化分析。方法肛拭子标本采用RD细胞进行病毒分离,通过RT—PCR对分离株的VP1部分序列进行扩增、克隆和测序;经过Blast程序比对来确定病毒的基因型;通过Mega4．0软件对不同病毒株VP1部分序列的差异进行比较。结果从10份其他肠道病毒患者的肛拭子标本中分离到6株CVA6病毒。测序结果显示,该6株CVA6病毒核苷酸序列具有高度一致性,但与福州周边国家或地区CVA6的核苷酸一致性为91．8％～97．3％。结论2012年福州市HFMD的病源除Ev71和CVA16外,还包含CVA6病毒。序列分析表明,因此,应加强对手足口病例中其他肠道病原体的检测,并掌握其流行以及病毒遗传进化特征,为HFMD的防控提供科学依据。     

2011年龙岩市流行株柯萨奇病毒A组16型VPl基因特征分析

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VPl基因核苷酸序列与国内外其他CVA16毒株序列构建进化树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果 4株龙岩分离株CVA16核苷酸同源性为99%~100%。比较推导的氨基酸序列,VP1不存在位点差异,氨基酸序列完全相同。对分离株病毒进行VP1核苷酸序列两两差异分析,与国内其他分离株VP1基因序列的一致性为87%~100%。确定4株CVA16病毒均属于B1b基因型。结论引起2011年龙岩市HFMD流行的CVA16病毒均为B1b基因型,与目前国内其他地区流行毒株高度同源。     

2016—2020年安徽省手足口病相关柯萨奇病毒A组16型分子分型研究

目的 了解安徽省手足口病（hand, foot and mouth disease, HFMD）相关柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16, CV-A16）基因型别分布情况。方法 通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告管理信息系统收集安徽省2016—2020年HFMD病例资料,并收集HFMD患儿咽拭子标本。对荧光定量PCR检出的CV-A16核酸阳性病例样本采用RT-PCR扩增VP1区基因片段并测序。运用肠道病毒在线分型工具确定基因型别,再利用MEGA6.0生物软件构建CV-A16 VP1区基因进化树并分析VP1区氨基酸变异位点。结果 2016—2020年安徽省累计报告HFMD实验室确诊病例16 650例,其中CV-A16确诊病例3 809例（占22.88%）,各年中CV-A16确诊病例占比依次为20.72%(219/1 057)、22.91%(677/2 955)、23.89%(1 004/4 202)、42.58%(1 687/3 962)、4.96%(222/4 474)。对获取的436份CV-A16阳性标本进行测序,获得290条VP1区基因序列,均属于B基因型...     

手足口病患儿柯萨奇病毒A10型山东地方株VP1区基因特征分析

目的 了解手足口病(HFMD)患儿标本中分离到的柯萨奇病毒A10型(Coxsackie virus A10,CVA10)山东地方株VP1区基因特征.方法 采集2008年至2009年部分HFMD病例临床标本,细胞培养方法分离病毒,提取病毒核酸,RT-PCR扩增病毒VP1区序列,生物信息学方法鉴定其基因型别.选择代表性CVA10毒株,与GenBank中检索到的其他CVA10毒株进行核苷酸和氨基酸同源性分析,并以VP1部分序列构建亲缘进化树.结果 从山东省HFMD患儿的760份临床标本中分离出330株病毒,其中有17株分子定型鉴定为CVA10.CVA10山东地方株彼此间核苷酸和氨基酸的同源性分别在82.3%～100.0%和94.2%～100.0%,与CVA10原型株(Kowalik株)核苷酸和氨基酸的同源性为75.6%～76.8%和90.2%～93.2%.亲缘进化树显示,CVA10山东地方株分别属于两个不同的基因亚型.结论 CVA10也是引起HFMD的病原体之一,山东省存在CVA10两种基因亚型的共循环.     

北京市西城区手足口病柯萨奇病毒A5型VP4区基因特征分析

目的分析2009年北京市西城区手足口病柯萨奇病毒A5型(CoxA5)的VP4区基因特征,了解其变异情况。方法采集手足口病患儿咽试子,提取病毒RNA,用肠道病毒VP4区分型引物进行半巢式RT-PCR(RT-nPCR),通过测序和GenBank Blast比对确定肠道病毒型别,并对其VP4区进行序列和进化分析。结果共鉴定出5株CoxA5,GenBank登录号为JN981017-JN981021。在VP4区,5株CoxA5与中国株HQ728261核苷酸及氨基酸序列同源性分别为96%～99%和98%～100%。进化分析表明,5株CoxA5与中国株HQ728261遗传距离为0.005～0.045,共同构成一个独立的进化树分支。5株CoxA5在VP4区无氨基酸的缺失和插入,未发现特有的氨基酸置换。结论 2009年北京市西城区手足口病病原体CoxA5VP4区与中国株HQ728261在进化上密切相关,其序列未发生明显变异。     

一起由柯萨奇病毒A6型引起的疱疹性咽峡炎暴发疫情调查分析

目的了解北京市某中学一起疱疹性咽峡炎暴发疫情的流行特征,为疱疹性咽峡炎的防控提供科学依据。方法对病例开展个案调查,采集咽拭子标本进行检测,采用描述性流行病学方法对疫情的流行病学特征和临床特点进行分析。结果 2017年10月11日—11月2日,北京市某中学累计报告疱疹性咽峡炎病例92例,罹患率2.39%。临床表现以口腔疱疹(92.39%)、咽痛(71.74%)、发热(69.56%)为主。共采集43例病例咽拭子标本进行检测,24例柯萨奇病毒A6型阳性,6例肠道病毒未分型阳性。结论本起暴发疫情是由柯萨奇病毒A6型感染引起,学生交叉上课、共用餐厅等公共场所导致疫情的传播,探索一套适应教育改革后传染病的防控方案势在必行。     

中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析

目的 分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法 利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果 纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%~84.1%和92.5%~98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%~100.0%和91.5%~100.0%。结论 针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。     

深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析

目的 对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(CVA4)的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法 采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RT-PCR法检测样本总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVAl6)、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果 引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株(AB268278)、以及台湾2008年分离株(AB571570)核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株(AB571563)、吉林2006年分离株(JQ715709)同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株(GQ253375)同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株(HQ728260),共有6个氨基酸突变位点:N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。     

2011年天津市手足口病病原检测与基因特征分析

目的对天津市2011年手足口病(HFMD)进行病原学检测,并对引起HFMD的肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)进行基因特征分析,为天津市HFMD的防控提供基础资料。方法采用Real time RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,用人横纹肌瘤(RD)细胞对部分阳性标本进行病毒分离;随机挑取16株EV71病毒分离株和9株CVA16病毒分离株,进行VP1区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果共检测HFMD疑似病例1 853例,总阳性率为70.91%(1314/1853),其中EV71占49.10%,CVA16占21.61%,EV71和CVA16双阳性占0.91%,其他肠道病毒(EV)占28.46%。16株EV71分离株与C4a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(97.3%～99.1%),属于C4a基因亚型;9株CVA16分离株与B1b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性(94.9%～95.4%),属于B1b基因亚型。结论 2011年引起天津市HFMD的EV71型病毒流行株为C4a基因亚型,CVA16型病毒流行株为B1b亚型,并兼有一定比例的其他肠道病毒。     

柯萨奇病毒A组19型VP1蛋白生物信息学分析

目的 分析柯萨奇病毒A组19型(coxsackievirus A19,CVA-19)VP1蛋白的理化性质、结构功能并预测其线性B细胞表位和T细胞表位。方法 应用ProtParam分析CVA-19 VP1蛋白的理化性质;ProtScale预测其亲疏水性;使用SignalP 6.0、DeepTMHMM、NetPhos-3.1和Motif Scan分别预测CVA-19 VP1蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化位点和脂酰化位点;利用NetCGlyc-1.0、NetNGlyc-1.0和NetOGlyc-4.0分别预测CVA-19 VP1蛋白的C-甘露糖基化位点、N-糖基化位点和O-N-乙酰半乳糖胺(N-acetylgalactosamine, GalNAc)(粘蛋白型)糖基化位点;通过SOPMA和SWISS-MODEL在线工具分别预测CVA-19 VP1蛋白的二级结构和三级结构;使用网络服务器IEDB、Bepipred 3.0、ABCpred和SVTMrip联合预测其线性B细胞表位;应用IEDB和SYFPEITHI综合预测其T细胞表位。结果 CVA-19 VP1蛋白的分子质量为33.099 ku,...     

2012年天津市手足口病病原与分子流行病学分析

目的对天津市2012年的手足口病病例进行病原学检测,并对引起HFMD流行的肠道EV71型（EV71）和柯萨奇A组16型（CVA16）病毒进行分子生物学特征分析。方法利用Real—time PCR检测HFMD疑似病例标本,用人横纹肌肉瘤（RD）细胞对Real—time PCR检测阳性的部分病例标本进行病毒分离。随机挑取9株EV71病毒分离株和8株CVA16病毒分离株,采用PCR扩增VPl全基因,并进行核苷酸序列和遗传进化分析。结果共检测HFMD疑似病例1829例,肠道病毒总阳性率为81．30％（1487／1829）,其中EV71占39．88％,CVA16占38．33％,其他EV占21．79％。9株EV71分离株与C4亚型的C4a分支代表株的核苷酸序列同源性为97．3％～98．5％,均归属于C4a分支;8株CVA16分离株与B1亚型代表株的核苷酸序列同源性为92．9％～97．1％,其中7株属于B1b分支,1株属于B1a分支。结论导致天津市2012年HFMD流行的EV71为C4亚型中的C4a病毒株,CVA16为B1亚型的B1b病毒株。     

山东省亚急型克山病患儿与柯萨奇B组病毒的关系

为探讨山东省亚急型克山病患儿与柯萨奇Ｂ组病毒的关系，用缺口平移法制备生物素标记的ＣＯＸＢ３病毒的ｃＤＮＡ探针，与亚包型克山病病例尸检心肌组织９例及１５例脑外务，ＣＯ中毒等意外死亡的正常民人心肌组织和１０例非病区７～８个月胎儿心组织切片进行原位杂交，结果９例山东亚急型克山病的５例检测到ＣＯＸＢ组病毒的ＲＮＡ，阳性率为５５．５％（５／９），而对照组均为阴性，结果提示ＣＯＸＢ组病毒感染是山东省亚急性型克     

2018年至2019年成都地区1 976例手足口病患儿的流行病学和临床特征

目的了解手足口病患儿的流行病学和临床特点。方法回顾性分析2018年8月至2019年9月成都市公共卫生临床医疗中心收治的1 976例手足口病患儿的临床资料。结果 1 976例手足口病患儿中,1 094例(55.36%)患儿年龄为1～2岁,803例(40.64%)患儿居住在成都市主城区,散居患儿为1 344例(68.02%)。72.7%(1 348/1 854)的患儿感染柯萨奇病毒A组6型(Coxsackie virus 6,CV-A6)。感染CV-A6患儿皮疹主要分布于手、足、躯干、四肢、口腔、口周和臀部,皮疹类型以斑丘疹和水疱疹为主,51例患儿出现特有的大疱疹。主要症状是发热1 543例(78.09%),并发症有急性扁桃体炎811例(41.04%),心肌损伤767例(38.82%)和疱疹性咽峡炎658例(33.30%)。随访128例患儿,9例(7.03%)出现脱甲病。结论 2018年至2019年成都地区手足口病流行的主要病原体是CV-A6,年龄<2岁的儿童易感,大部分患儿伴有发热和皮疹。     

湖北2013年部分柯萨奇A16型肠道病毒VP1基因分子特征分析

目的 全面研究和了解2013年湖北省柯萨奇A16型的VP1基因特征,分析CVA16型病毒在我省的基因型别及分子进化分析。方法 对2013年湖北省21株CVA16病毒流行株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果 2013年湖北省21株CVA16型病毒流行株的VP1区核苷酸序列全长均为891 bp,VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为90.0% ~ 100.0 % 和96.3% ~100.0%。VP1区基因系统进化分析表明,湖北CVA16流行株主要位于ligeage1和3分支上,分属于B1a和B1b基因亚型。结论 2013年湖北省21株CVA16型流行株主要为B1b基因亚型,其次为B1a基因亚型,在同一地区有两种基因亚型的 CVA 16 病毒同时存在, 在不同的地区存在同一种亚型的CVA16病毒。