细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10~3,属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-00512的生物信息学分析北大核心CSCD

目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。     

细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学方法分析并预测细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的结构及抗原表位,为研究细粒棘球绦虫的药物靶点和疫苗开发提供理论依据。方法通过NCBI获取细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的氨基酸序列,采用Protparam预测EgIP2K的理化特性;采用SOPMA预测其二级结构;采用SignalP 4.1 server工具预测信号肽;采用NetPhos预测其磷酸化位点;采用DNAStar软件中的protean程序分析其抗原性指数、亲水性指数及表面可及性指数;采用ABCPred预测潜在的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI和IEDB工具预测蛋白的T细胞抗原表位。结果EgIP2K由492个氨基酸残基组成,相对分子质量为54.8×10^(3),分子式是C_(2397)H_(3791)N_(683)O_(730)S_(29),理论等电点为6.41,不稳定指数值为52.20,为不稳定蛋白;二级结构中α螺旋占36.10%,β折叠占16.46%,β转角占5.89%,无规则卷曲占46.54%;EgIP2K无信号肽序列,可能为非分泌蛋白;EgIP2K含有51个磷酸化位点,其中3个酪氨酸位点、13个苏氨酸位点、35个丝氨酸位点;预测EgIP2K具有B细胞和T细胞抗原表位,并且有3个抗原表位是B、T细胞联合抗原表位,分别位于90-94、411-422、424-438氨基酸区段。结论EgIP2K含有多个潜在的B细胞、T细胞抗原表位,可作为细粒棘球绦虫疫苗候选基因。     

细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析并预测细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的结构及抗原表位,为研究细粒棘球绦虫的药物靶点和疫苗开发提供理论依据。方法通过NCBI获取细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的氨基酸序列,采用Protparam预测EgIP2K的理化特性;采用SOPMA预测其二级结构;采用SignalP 4.1 server工具预测信号肽;采用NetPhos预测其磷酸化位点;采用DNAStar软件中的protean程序分析其抗原性指数、亲水性指数及表面可及性指数;采用ABCPred预测潜在的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI和IEDB工具预测蛋白的T细胞抗原表位。结果 EgIP2K由492个氨基酸残基组成,相对分子质量为54.8×10~3,分子式是C_(2397)H_(3791)N_(683)O_(730)S_(29),理论等电点为6.41,不稳定指数值为52.20,为不稳定蛋白;二级结构中α螺旋占36.10%,β折叠占16.46%,β转角占5.89%,无规则卷曲占46.54%;EgIP2K无信号肽序列,可能为非分泌蛋白;EgIP2K含有51个磷酸化位点,其中3个酪氨酸位点、13个苏氨酸位点、35个丝氨酸位点;预测EgIP2K具有B细胞和T细胞抗原表位,并且有3个抗原表位是B、T细胞联合抗原表位,分别位于90-94、411-422、424-438氨基酸区段。结论 EgIP2K含有多个潜在的B细胞、T细胞抗原表位,可作为细粒棘球绦虫疫苗候选基因。     

细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-01883的B细胞表位预测、筛选及其血清学诊断价值北大核心CSCD

目的应用计算机软件分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原分子Eg-01883,预测其可能形成的B细胞表位,并探讨其B细胞表位的免疫反应性及诊断价值。方法使用在线软件SOPMA及DNAStar分析Eg-01883的二级结构,采用SWISS-Model预测该蛋白的三级结构。应用在线软件ABCPred和IEDB结合其亲水性、柔韧性、表面可及性、抗原性等二级结构和三级结构对其B细胞表位进行分析预测、并人工合成表位肽段;以完整蛋白rEg-01883免疫小鼠产生的抗血清为一抗,采用间接ELISA方法筛选免疫反应性较强的表位,然后再以感染细粒棘球绦虫的小鼠血清为一抗,ELISA检测其免疫反应性,评价其诊断价值。结果初步筛选出7条抗原指数较高的Eg-01883表位,B细胞表位区域位于1-15、19-34、155-169、180-196、216-232、236-248、271-287位氨基酸。合成上述表位,纯度为99.99%。使用完整蛋白免疫血清筛选出2条反应原性较强的优势表位19-34和180-196,细粒棘球蚴感染小鼠血清能识别这两条B细胞表位,A450值结果分别为0.8218±0.0406和0.6398±0.0447,与对照组A_(450)值0.3312±0.0267和0.2961±0.0284比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论成功筛选到两个潜在的B细胞表位诊断抗原肽,对进一步开发细粒棘球绦虫早期诊断抗原和研究优势表位疫苗具有重要意义。     

细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-01883的B细胞表位预测、筛选及其血清学诊断价值

目的应用计算机软件分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原分子Eg-01883,预测其可能形成的B细胞表位,并探讨其B细胞表位的免疫反应性及诊断价值。方法使用在线软件SOPMA及DNAStar分析Eg-01883的二级结构,采用SWISS-Model预测该蛋白的三级结构。应用在线软件ABCPred和IEDB结合其亲水性、柔韧性、表面可及性、抗原性等二级结构和三级结构对其B细胞表位进行分析预测、并人工合成表位肽段;以完整蛋白rEg-01883免疫小鼠产生的抗血清为一抗,采用间接ELISA方法筛选免疫反应性较强的表位,然后再以感染细粒棘球绦虫的小鼠血清为一抗,ELISA检测其免疫反应性,评价其诊断价值。结果初步筛选出7条抗原指数较高的Eg-01883表位,B细胞表位区域位于1-15、19-34、155-169、180-196、216-232、236-248、271-287位氨基酸。合成上述表位,纯度为99.99%。使用完整蛋白免疫血清筛选出2条反应原性较强的优势表位19-34和180-196,细粒棘球蚴感染小鼠血清能识别这两条B细胞表位,A_(450)值结果分别为0.8218±0.0406和0.6398±0.0447,与对照组A_(450)值0.3312±0.0267和0.2961±0.0284比较差异均有统计学意义(P0.05)。结论成功筛选到两个潜在的B细胞表位诊断抗原肽,对进一步开发细粒棘球绦虫早期诊断抗原和研究优势表位疫苗具有重要意义。     

细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 从NCBI数据库中下载EGR＿09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO 2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR＿09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位。结果 细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C₂₄₄₆H₃₈₉₅N<...     

细粒棘球绦虫抗原Fis1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软件预测EgFis1蛋白的信号肽和跨膜结构域;利用SOPMA和SWISS-MODLE预测EgFis1蛋白的二级结构和三级结构;采用IEDB、ABCpred和SYFPEITHI数据库预测EgFis1蛋白的T、B细胞表位。结果细粒棘球绦虫EgFis1是由157个氨基酸组成的等电点为5.86,分子质量单位为16.93ku的蛋白质;不含有信号肽序列,但具有一个跨膜结构域;其二级结构中α-螺旋占比例为48.41%,延伸连占19.11%,β-转角占7.01%,无规则卷曲占25.48%。亲水性较强的区域主要位于12aa-24aa,42aa-52aa,64aa-69aa,81aa-90aa,97aa-105aa,126aa-150aa。Eg-Fis1含有3个优势B细胞表位,7个T细胞表位以及2个T、B联合表位。结论生物信息学方法预测EgFis1蛋白含有4个优势B细胞表位、7个T细胞表位以及2个T、B联合表位,可作为免疫治疗和药物治疗的靶点。     

细粒棘球绦虫腺苷酸活化蛋白激酶AMPKβ基因克隆及生物信息学分析北大核心CSCD

目的克隆细粒棘球绦虫腺苷酸活化蛋白激酶β(AMP-activated protein kinaseβof Echinococcus granulosus sensu stricto,EgAMPKβ)基因全长序列,并进行生物信息学分析。方法提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,利用PCR技术克隆EgAMPKβ基因全长序列,并采用生物信息学技术对该基因编码蛋白的理化性质、磷酸化位点、抗原表位、结构域、二级结构、三级结构、多序列分析和亲缘性比较等进行生物信息学分析。结果EgAMPKβ的cDNA全长981 bp,编码326个氨基酸,相对分子质量为35.23585×10^(3),属于亲水性蛋白,无信号肽序列和跨膜区,具有22个丝氨酸磷酸化位点,15个苏氨酸磷酸化位点,含有5个酪氨酸磷酸化位点;4个B细胞抗原表位,具有碳水化合物结合模块(Carbohydrate-binding module,CBM)和αγ亚单位相互作用域(αγ-subunits interaction domain,αγ-SID)。EgAMPKβ基因与多房棘球绦虫和人AMPKβ基因序列相似性分别为98.47%和39.57%,与多房棘球绦虫、微口膜壳绦虫同属于绦虫纲,与人、猩猩和小鼠等哺乳纲动物的进化关系较远。结论成功克隆了EgAMPKβ基因,生物信息学分析其编码蛋白具有保守的功能结构域,对细粒棘球绦虫的能量代谢具有调控作用,为进一步了解细粒棘球绦虫能量代谢机制及其新型抗包虫病药物靶点开发提供了研究基础。     

细粒棘球绦虫TSP2基因的克隆及生物信息学分析

目的克隆细粒棘球绦虫发育相关基因Tetraspain 2-TSP2(TSP2),并对其进行生物学分析。方法通过在线检索WormBas ParaSite网站中Eg细粒棘球绦虫基因组数据库,获得TSP1的cDNA序列并设计特异性引物。提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,以此模板,RT-PCR扩增TSP2基因,将PCR产物克隆到pMD19-T载体后进行测序,并进行生物信息学分析。通过SYBR Green I qRT-PCR方法分析TSP2基因在原头蚴、包囊壁以及成虫中mRNA的相对表达量。结果克隆的TSP2基因序列与WormBas ParaSite中已登录的细粒棘球绦虫跨膜蛋白EGR_05083.1同源性为100%。TSP2基因cDNA全长621个核苷酸,编码206个氨基酸的TSP2蛋白,理论等电点为7.33,不稳定指数为47.50,为不稳定蛋白。脂肪系数为109.71,亲水性疏水性平均值为0.987,为疏水性可溶性蛋白。TSP2编码的蛋白含有4个跨膜区,4个优势B抗原表位,属于跨膜蛋白家族,该蛋白具有3个开放阅读框。qRT-PCR显示,TSP2基因在细粒棘球绦虫原头蚴、包囊壁及成虫中均有转录,转录水平差异无统计学意义(P0.05)。结论细粒棘球绦虫TSP2基因其编码蛋白含有优势B抗原表位,为包虫病重组免疫诊断抗原和亚单位疫苗的研发奠定了基础。     

细粒棘球绦虫TSP11基因在不同发育期的差异表达及生物信息学分析

目的研究细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg)TSP基因家族TSP11基因的分子特性及其在虫体不同发育期的差异表达,为细粒棘球绦虫疫苗的研发奠定基础。方法从NCBI GenBank数据库中获得TSP11基因序列并设计特异性引物,以Eg原头节RNA为模板进行RT-PCR。将PCR产物克隆到pMD19-T载体后测序,通过生物信息学软件分析预测TSP11基因编码蛋白的结构与功能;通过SYBR GreenⅠqRT-PCR检测TSP11基因在虫体原头蚴以及成虫mRNA相对转录情况。结果生物信息学分析TSP11基因全长765个核苷酸,编码蛋白含254个氨基酸,理论等电点为8.91,为稳定蛋白分子。编码TSP11基因的氨基酸序列共含有3个跨膜区域,推测含有7个优势B抗原表位,与已登录的细粒棘球绦虫TSP11序列(XP024352489.1)同源性为99.61%。qRT-PCR显示TSP11基因在原头蚴及成虫阶段均有表达,且表达水平差异无统计学义(P>0.05)。结论成功克隆了细粒棘球绦虫TSP11基因,该基因在Eg原头蚴及成虫期均有表达,其编码蛋白为稳点蛋白,含有B细胞抗原表位,为进一步揭示其分子生物学功能奠定了基础。     

细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白的生物信息学分析及反应原性鉴定北大核心CSCD

目的采用在线生物信息学软件对细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白(EgSorcin)的理化特性、结构和功能进行预测和分析,原核表达细粒棘球蚴sorcin基因,鉴定重组蛋白的反应原性,为研发细粒棘球蚴病新型防控制剂提供依据。方法从GenBank数据库下载EgSorcin的氨基酸序列及其编码基因的核苷酸序列,运用在线生物信息学软件预测EgSorcin蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、T细胞和B细胞抗原表位、二级和三级结构;比对分析不同物种间Sorcin序列的一致性,构建系统发育进化树。提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,RT-PCR扩增egsorcin基因片段,构建重组质粒pET-28a-egsorcin,转化大肠埃希菌,原核表达重组EgSorcin蛋白,利用Western blot鉴定该蛋白的反应原性。结果生物信息学软件预测EgSorcin编码基因长519 bp,编码172个氨基酸残基。该蛋白含有5个EF-Hand结构域,属于EF-Hand蛋白家族;含有10个潜在的B细胞表位、6个CTL细胞表位和11个Th细胞表位;二级结构以α螺旋为主,占58.14%;EgSorcin的三级结构模型为同型二聚体。成功扩增egsorcin基因片段并构建重组质粒pET-28a-egsorcin,利用原核表达系统表达的重组EgSorcin蛋白分子质量约为20 ku,与预期相符。Western blot分析显示,该重组蛋白可与细粒棘球蚴感染羊血清、细粒棘球绦虫感染犬血清反应,而不与健康羊血清、健康犬血清反应。结论EgSorcin蛋白含有5个EF-Hand结构域及多个B、T细胞表位;原核表达的重组EgSorcin蛋白具有良好的反应原性,可能成为潜在的细粒棘球蚴病诊断候选抗原分子。     

细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白的生物信息学分析及反应原性鉴定

目的采用在线生物信息学软件对细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白(EgSorcin)的理化特性、结构和功能进行预测和分析,原核表达细粒棘球蚴sorcin基因,鉴定重组蛋白的反应原性,为研发细粒棘球蚴病新型防控制剂提供依据。方法从GenBank数据库下载EgSorcin的氨基酸序列及其编码基因的核苷酸序列,运用在线生物信息学软件预测EgSorcin蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、T细胞和B细胞抗原表位、二级和三级结构;比对分析不同物种间Sorcin序列的一致性,构建系统发育进化树。提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,RT-PCR扩增egsorcin基因片段,构建重组质粒pET-28a-egsorcin,转化大肠埃希菌,原核表达重组EgSorcin蛋白,利用Western blot鉴定该蛋白的反应原性。结果生物信息学软件预测EgSorcin编码基因长519 bp,编码172个氨基酸残基。该蛋白含有5个EF-Hand结构域,属于EF-Hand蛋白家族;含有10个潜在的B细胞表位、6个CTL细胞表位和11个Th细胞表位;二级结构以α螺旋为主,占58.14%;EgSorcin的三级结构模型为同型二聚体。成功扩增egsorcin基因片段并构建重组质粒pET-28a-egsorcin,利用原核表达系统表达的重组EgSorcin蛋白分子质量约为20 ku,与预期相符。Western blot分析显示,该重组蛋白可与细粒棘球蚴感染羊血清、细粒棘球绦虫感染犬血清反应,而不与健康羊血清、健康犬血清反应。结论 EgSorcin蛋白含有5个EF-Hand结构域及多个B、T细胞表位;原核表达的重组EgSorcin蛋白具有良好的反应原性,可能成为潜在的细粒棘球蚴病诊断候选抗原分子。     

细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的采用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的结构和功能等。方法从NCBI数据库中下载EpC1氨基酸序列,采用ProtParam预测蛋白的理化性质,SignalP-5预测信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI、DNASTAR预测其亲疏水性,SOMPA预测二级结构,NetPhos预测磷酸化位点,MotifScan预测修饰位点,Swissmodel预测三级结构,TMHMM分析跨膜区域;运用ABCpred、IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果预测EpC1由174氨基酸序列组成,分子式为C_(884)H_(1403)N_(245)O_(268)S_(9),不稳定指数为46.27,为亲水蛋白,无信号肽和无跨膜区,且定位于细胞膜及细胞质中。二级结构中α螺旋占44.25%,β折叠占14.94%,β转角占5.75%,无规则卷曲占35.06%,EgEpC1具有能与HLA-A*02-01的结合能力,且能被HLA-DRB*0401(DR4Dw4)分子呈递。结论生物信息技术分析EpC1蛋白存在多个B、T细胞表位,含有钙结合结构域,可为该蛋白的基因克隆表达及细粒棘球绦虫感染的防治研究提供理论基础。     

细粒棘球绦虫CD151蛋白的生物信息学分析及其编码基因在不同发育阶段的表达北大核心CSCD

目的分析细粒棘球绦虫四跨膜蛋白家族成员CD151(Eg-CD151)分子特性和各发育阶段表达水平,为研发包虫病疫苗奠定基础。方法从NCBI数据库下载Eg-CD151氨基酸序列,利用ProtParam、NetPhos 3.1 Server、GPS-SUMO 2.0、Euk-mPLoc 2.0、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP 4.1 Server、TMHMM、SMART、Antibody Epitope Prediction在线生物信息学软件预测Eg-CD151蛋白的理化性质、磷酸化位点、棕榈酰化修饰位点、亚细胞定位、二级结构、三维结构、跨膜区域、结构域、B细胞抗原表位;利用DNAMAN和MEGA进行同源序列分析并建立系统发育进化树。利用实时荧光定量PCR检测不同发育阶段Eg-CD151 mRNA相对表达量。结果Eg-CD151蛋白由170 aa组成,为一种不稳定的跨膜蛋白,无信号肽,含2个跨膜区,分别位于6-28、136-158 aa,3个B细胞抗原表位位于非跨膜区域;存在14个磷酸化位点,包含3个酪氨酸磷酸化位点、5个苏氨酸磷酸化位点、6个丝氨酸磷酸化位点;含一个棕榈酰化位点(139-143 aa);二级结构主要为α-螺旋,占60.00%。同源序列比对显示,Eg-CD151与其终末宿主犬、赤狐及中间宿主牛的CD151进化关系较远。实时荧光定量PCR检测原头蚴、成虫两个发育阶段Eg-CD151 mRNA相对表达量差异无统计学意义(P>0.05)。结论生物信息学分析Eg-CD151存在多个B细胞抗原表位,可作为包虫病诊断及疫苗候选抗原。     

多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因的克隆及T、B细胞表位预测北大核心CSCD

目的采用RT-PCR方法克隆多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因(EmSEVERIN),并进行T、B细胞表位等生物信息学分析。方法根据细粒棘球绦虫SEVERIN基因序列设计特异引物,以多房棘球绦虫原头蚴cDNA为模板扩增目的基因并测序。利用ProtParam、SMART、MotifScan、SWISS-MODEL等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测Emseverin基因编码蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、三维结构及T、B细胞表位。结果成功克隆了长度为1 002 bp的EmSEVERIN基因,该基因编码蛋白由333 aa组成,等电点为6.10,含有3个类凝溶胶蛋白结构域,属于凝溶胶蛋白超家族。多房棘球绦虫SEVERIN蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为34-49 aa、78-97 aa、160-187 aa、251-272 aa、295-314 aa。结论通过生物信息学方法筛选出多房棘球绦虫SEVERIN蛋白的5个T、B细胞联合表位,为抗棘球蚴病短肽疫苗的研制提供了理论基础。     

多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因的克隆及T、B细胞表位预测

目的采用RT-PCR方法克隆多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因(EmSEVERIN),并进行T、B细胞表位等生物信息学分析。方法根据细粒棘球绦虫SEVERIN基因序列设计特异引物,以多房棘球绦虫原头蚴cDNA为模板扩增目的基因并测序。利用ProtParam、SMART、MotifScan、SWISS-MODEL等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测Emseverin基因编码蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、三维结构及T、B细胞表位。结果成功克隆了长度为1 002 bp的EmSEVERIN基因,该基因编码蛋白由333 aa组成,等电点为6.10,含有3个类凝溶胶蛋白结构域,属于凝溶胶蛋白超家族。多房棘球绦虫SEVERIN蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为34-49 aa、78-97 aa、160-187 aa、251-272 aa、295-314 aa。结论通过生物信息学方法筛选出多房棘球绦虫SEVERIN蛋白的5个T、B细胞联合表位,为抗棘球蚴病短肽疫苗的研制提供了理论基础。     

细粒棘球蚴多肽抗原的研究

本文综述一细粒棘球蚴特异性蛋白的抗原表位研究，优势肽选择的研究近况以及多肽抗原在疫苗研制、蛋白质纯方面的应用前景。     

细粒棘球绦虫CD151蛋白的生物信息学分析及其编码基因在不同发育阶段的表达

目的分析细粒棘球绦虫四跨膜蛋白家族成员CD151(Eg-CD151)分子特性和各发育阶段表达水平,为研发包虫病疫苗奠定基础。方法从NCBI数据库下载Eg-CD151氨基酸序列,利用ProtParam、NetPhos 3.1 Server、GPS-SUMO 2.0、Euk-mPLoc 2.0、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP 4.1 Server、TMHMM、SMART、Antibody Epitope Prediction在线生物信息学软件预测Eg-CD151蛋白的理化性质、磷酸化位点、棕榈酰化修饰位点、亚细胞定位、二级结构、三维结构、跨膜区域、结构域、B细胞抗原表位;利用DNAMAN和MEGA进行同源序列分析并建立系统发育进化树。利用实时荧光定量PCR检测不同发育阶段Eg-CD151 mRNA相对表达量。结果 Eg-CD151蛋白由170 aa组成,为一种不稳定的跨膜蛋白,无信号肽,含2个跨膜区,分别位于6-28、136-158 aa, 3个B细胞抗原表位位于非跨膜区域;存在14个磷酸化位点,包含3个酪氨酸磷酸化位点、5个苏氨酸磷酸化位点、6个丝氨酸磷酸化位点;含一个棕榈酰化位点(139-143 aa);二级结构主要为α-螺旋,占60.00%。同源序列比对显示,Eg-CD151与其终末宿主犬、赤狐及中间宿主牛的CD151进化关系较远。实时荧光定量PCR检测原头蚴、成虫两个发育阶段Eg-CD151 mRNA相对表达量差异无统计学意义(P0.05)。结论生物信息学分析Eg-CD151存在多个B细胞抗原表位,可作为包虫病诊断及疫苗候选抗原。     

布氏杆菌周质蛋白 EipB优势T-B联合抗原表位预测及其免疫应答特点

目的 利用生物信息学方法预测布氏杆菌周质蛋白(Brucella periplasmic protein, EipB)的理化性质、空间结构以及T、B细胞表位,探讨T、B优势表位肽的免疫效应,为布氏杆菌分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 利用在线网站以及生物信息学相关数据库分析EipB蛋白的理化性质、跨膜结构域,信号肽序列,二级和三级结构、亲/疏水性以及该蛋白的T、B抗原表位。选取抗原性最高的B和T表位(分别位于121-137和95-110)通过血蓝蛋白进行连接,免疫小鼠后,通过ELISA检测IgG、IgM、IgA以及IgE等抗体的产生情况;通过流式细胞术检测T细胞分泌细胞因子的情况。结果 布氏杆菌EipB蛋白是由279个氨基酸组成,呈弱碱性,分子质量为31 kDa,性质较为稳定;该蛋白在26-27氨基酸之间含有一个信号肽序列,在1-30氨基酸之间含有一个跨膜结构域;二级结构中α-螺旋,β-转角,延伸连和无规则卷曲等结构;亲水区域明显;该蛋白含有21条优势B细胞表位肽,这些优势B细胞表位所在氨基酸区段与亲水性较高区域相对应。含有CD₄⁺T细胞表位56...