16S rDNA测序鉴定β溶血性G群链球菌

目的 对一起群聚性儿童肾小球肾炎暴发事件中分离到的26株β溶血性G群链球菌进行16S rDNA测序鉴定,探讨该方法在病原学鉴定方面的意义.方法 分别采用API20 Strep生化鉴定系统、部分和全序列测定16S rDNA鉴定26株β溶血性G群链球菌;使用Mega V3.1软件,采用Neighbour-joining 方法和boot-strap test对部分菌株的全序列进行树状图分析.结果 API20 Strep生化鉴定率低,未能鉴定出目的菌;采用16S rDNA测序,结果均为咽峡炎链球菌(S.anginosus),鉴定率大于97%.其中4株G群的全序列树状图分析显示,G群链球菌均与咽峡炎链球菌聚类在同一簇.结论 16S rDNA序列鉴定能提供详细明确的核苷酸信息,能区分G群链球菌不同的种,显示其在菌株鉴定方面的独特优势.     

雾霾中检出1例西宫微球菌的报告

目的对分离自雾霾的一株溶血性细菌进行种属鉴定。方法使用自然沉降法收集某地雾霾环境下的微生物进行培养,对分离的细菌纯化培养后进行革兰氏染色、16S rDNA序列分析和生化鉴定。结果从雾霾中分离获得一株革兰氏阳性球菌,经生理生化反应鉴定为西宫微球菌,16S rDNA测序分析与生化结果一致。结论雾霾空气中存在条件致病菌西宫微球菌,鉴定该菌对研究和防治公共卫生安全有重要意义。     

变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因gluA突变的检测及其意义

目的:检测变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因gluA是否发生突变,阐明变形链球菌耐氟菌株耐酸性的变化.方法:采用变形链球菌国际参考株在体外人工诱导形成变形链球菌耐氟菌株,碱裂解法提取变形链球菌耐氟菌株的基因组,根据GenBank上发表的变形链球菌不同菌株中耐酸相关基因gluA的基因序列,在保守区设计上下游引物,以变形链球...     

变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dgk突变的检测及临床意义

目的：检测变形链球菌耐氟菌株中耐酸相关基因dgk是否发生突变并推测该基因对变形链球菌耐氟菌株的影响。 方法：体外人工诱导变形链球菌耐氟菌株，根据GenBank发表的变形链球菌dgk基因序列设计引物，对其耐氟菌株基因组进行PCR扩增,对扩增产物用DNA回收试剂盒回收鉴定,对回收产物用PGEM-T 载体进行T-A克隆，构建重组质粒并测序。结果：PCR扩增获得与预期结果一致的特异性片段并发现8个碱基发生突变,突变位点分别在904(ATA→ATT)、940(GTG→GTC)、946(GAT→GAC)、952(GCC→GCT)、958(GAC→GAT)、964(CAT→CAC)、976(TTG→TTA)、991(AAG→AAA)。提交该序列到GenBank，获得登陆序列号为DQ272517。 结论：变形链球菌耐氟菌株耐酸相关基因dgk发生点突变并属于同义突变。     

口腔需氧菌及兼性厌氧菌种分离鉴定系统的建立

目的建立口腔需氧菌和兼性菌的系统分离鉴定方法。方法招募20名口腔健康志愿者及8名口腔疾病患者,分别采集唾
液、龈下菌斑、龈上菌斑和根尖周肉芽样本,采用形态鉴定、全自动生化鉴定仪及16s rRNA基因测序的多相分类方法,对口腔可
培养细菌进行分离鉴定。结果鉴定出口腔菌种63种,共175株,梅里埃生化鉴定与16s rRNA基因鉴定的符合度为22.39%,不
符合的菌种以基因测序结果为准。链球菌属、放线菌属和葡萄球菌属检出率占前3位,菌种以咽峡炎链球菌、口腔放线菌、变异
链球菌、缓症链球菌检出频率最高。慢性根尖周炎的咽峡炎链球菌检出率最高;放射性龋患者中,中间链球菌、金黄色葡萄球菌
检出率较高;猛性龋患者中,变异链球菌远高于其他细菌。结论口腔需氧菌和兼性厌氧菌中以革兰阳性菌检出率最高。对
于口腔细菌鉴定来说,梅里埃生化鉴定仪鉴定准确率不高,但可提供菌株生理生化指标,而全长的16s rRNA基因测序鉴定更
为可靠。
     

两株耐酸耐胆盐人肠源菌株的鉴定及系统发育分析

目的对两株来源于健康人肠道的耐酸耐胆盐菌株R92-2和R111进行鉴定和系统发育分析，以筛选优良的宿主菌株为最终构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌奠定基础。方法表型特征分析后，利用16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物，扩增两株菌的16S rDNA序列并测序，测序结果于GenBank中Blastn并构建系统发育树。结果表型特征分析初步鉴定两株菌为乳酸菌。R92-2的16S rDNA序列与Weissella cibaria的16S rDNA序列同源性为100％；R111的16S rDNA序列与Enterococcus faecium的16S rDNA序列同源性为100％。结论R92-2为Weissella cibaria；R111为Enterococcus faeciura。两株菌有望用于构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌。     

一株高产淀粉酶枯草芽孢杆菌的筛选、鉴定及产酶条件的优化

目的：筛选出α-淀粉酶高产菌株,对其发酵特性及分类鉴定进行研究,为丰富产淀粉酶菌种资源和进一步挖掘该菌株的应用价值奠定基础。方法：通过初筛、复筛获得高酶活菌株XW86,利用传统的形态观察、系统生理生化反应并结合16S rDNA的序列分析,经Blast序列比对构建其系统进化树,确定其分类定位。通过单因素选择实验以及进一步的正交实验和多因素交互实验,进行产酶条件优化。结果：XW86与已报道的枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis strain QD517）亲缘关系最近,二者的16S rDNA序列相似性为99%,生理生化反应谱与16S rDNA序列分析一致鉴定为枯草芽孢杆菌。XW86最适产酶条件为：在LB基础培养基中添加0.75%吐温、0.5%淀粉,初始pH 6.5,35℃培养120 h。液体发酵得到的粗酶液酶活可高达2 200 U/dL,比优化前提高2.8倍。结论：初步鉴定XW86为枯草芽孢杆菌,产酶因素的最佳组合对其淀粉酶活性有很大的优化空间。该野生型菌株可为淀粉酶发酵工业新备选菌株的开发应用提供资源,也为进一步克隆获得产淀粉酶基因的研究奠定基础。     

一株具有抗稻瘟霉活性的海洋细菌32-11-2-2的筛选和分离鉴定

目的:从中国东海微生物样品中分离筛选活性细菌菌株,并对活性菌株32-11-2-2进行鉴定.方法:采用无限稀释和平板划线法分离微生物样品,利用稻瘟霉模型进行活性筛选;并对其中的活性菌株32-11-2-2的形态、培养特征以及生理生化特征进行研究,使用16S rDNA序列分析的方法对菌株32-11-2-2进行了分类鉴定.结果:分离得到421株细菌,包括活性菌株54株,其中活性菌株32-11-2-2是一株弱嗜盐菌,具有陆地芽孢杆菌的形态特点,能产生胞外淀粉酶、过氧化氢酶,液化明胶、石蕊牛奶反应阳性,16S rDNA序列分析该菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)同源性达到98%以上.结论:活性菌株32-11-2-2是一株适应了海洋环境的枯草芽孢杆菌.     

氟环境下变形链球菌耐氟菌株ciaH、eno和pykF基因的差异表达及其意义

目的：检测变形链球菌耐氟菌株在氟环境下ciaH、eno和pykF基因表达的差异,探讨ciaH、eno和pykF基因与变形链球菌氟抗性的关系。方法：变形链球菌亲代菌株及其耐氟菌株,分为亲代组（变形链球菌亲代菌株生长于无氟BHI培养基中）、耐氟组（耐氟菌株生长于无氟BHI培养基中）和含氟组（耐氟菌株生长于含氟量为1 g·L^-1的BHI培养基中）。分别选取3组处于生长对数期（11h）和稳定期（20 h）的菌株,采用RT-PCR法检测ciaH、eno和pykF mRNA表达水平。结果：与耐氟组比较,含氟组的耐氟菌株ciaH、eno和pykF mRNA表达水平在对数期和稳定期均明显升高（P<0.05或P<0.01）;与亲代组比较,耐氟组的耐氟菌株eno和pykF mRNA表达水平在对数期和稳定期均明显降低（P<0.01）,ciaH mRNA表达水平在对数期差异无统计学意义（P>0.05）,在稳定期明显升高（P<0.01）。结论：氟能提高耐氟菌株ciaH、eno和pykF基因的表达,该组基因与耐氟菌株氟抗性的产生有关联。     

抗真菌活性放线菌P-127菌株的生物学特性及多相分类鉴定

目的：从土壤中分离到1株具有较强抗真菌活性的放线菌P－127菌株,对分离菌株的形态特征、培养特征、生理生化特征、16SrDNA序列进行了系统的研究。方法：采用琼脂扩散法研究P－127菌株的抗真菌活性;形态观察、培养特征、生理生化特征观察采用放线菌分类鉴定常规培养基;采用16SrDNA序列分析法构建系统发育树进行分子生物学分类鉴定。结果：该菌株对啤酒酵母、白色念珠菌以及小麦赤霉病菌等6种真菌具有显著的抑菌活性;形态特征、培养特征、生理生化特征表现出链霉菌属的典型特征,归于金色类群。在系统发育树中,该菌株的序列与Streptomyces padanus的序列完全相同（相似性100％）。结论：结合形态、培养特征、生理生化特征及16SrDNA序列比对分析将菌株P－127鉴定为Streptomyces padanus。     

两株耐酸耐胆盐人肠源菌株的鉴定及系统发育分析

目的对两株来源于健康人肠道的耐酸耐胆盐菌株R92-2和R111进行鉴定和系统发育分析,以筛选优良的宿主菌株为最终构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌奠定基础。方法表型特征分析后,利用16SrDNA两端的保守序列作为PCR引物,扩增两株菌的16S rDNA序列并测序,测序结果于GenBank中Blastn并构建系统发育树。结果表型特征分析初步鉴定两株菌为乳酸菌。R92-2的16S rDNA序列与Weissella cibaria的16SrDNA序列同源性为100%;R111的16S rDNA序列与Enterococcus faecium的16S rDNA序列同源性为100%。结论R92-2为Weissella cibaria;R111为Enterococcus faecium。两株菌有望用于构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌。     

氯氰菊酯降解菌的分离鉴定及其降解特性研究

目的 分离得到能高效降解氯氰菊酯的菌株.方法 采用选择性培养基从农药厂的污泥中进行富集和分离筛选高效菌株,并且用16S rDNA序列分析法和其生理生化特征对其进行鉴定.结果 该菌株鉴定为克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.),命名为Klebsiella sp.J-2(登录号为AY989899),菌株J-2能以氯氰菊酯为唯一碳源进行生长,降解氯氰菊酯的最适温度是35 ℃,最佳pH是7.0.结论 菌株J-2是一株能高效降解氯氰菊酯的菌株.     

苯丙氨酸脱氨酶产生菌的筛选、鉴定及酶学性质研究

目的 筛选一株苯丙氨酸脱氨酶高产菌株.方法 从肥沃菜园土样中分离得一株苯丙氨酸脱氨酶产生菌,通过形态、生理生化特性和16S rDNA序列分析,对菌株进行鉴定,并对其酶学性质初步研究.结果 初步鉴定该菌为蜡样芽孢杆菌(Bacillus Cereus),所产苯丙氨酸脱氨酶的最适反应pH5.8,最适反应温度40℃,60℃以下热稳定性较好,此条件下酶活达1 218 U/mg细胞.结论 所获得的蜡样芽孢杆菌NJU110具有一定的苯丙氨酸脱氨酶生产能力,并为该菌株的菌种改良及高效基因工程菌的构建奠定了基础.     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

北京地区实验动物中嗜肺巴斯德杆菌的表型分析

目的对北京地区实验动物中的嗜肺巴斯德杆菌分离株进行表型分析,提高检测的准确性。方法通过生化鉴定和16S rDNA测序,对306株嗜肺巴斯德杆菌可疑菌株进行鉴定。结合分离株在血琼脂平皿上的菌落特征和生化特性,组成53个特征数据谱,进行表型特征的聚类分析。结果 306株分离株中,BD自动细菌鉴定系统和16S rDNA测序鉴定出嗜肺巴斯德杆菌的阳性率分别为164/306和227/306。227株嗜肺巴斯德杆菌真阳性的表型特征共有140种,Heyl型106种,Jawetz型23种。结论北京地区实验动物中嗜肺巴斯德杆菌主要为Heyl型感染,Jawetz型较少,表型特征多样,分布广泛。     

三种常见中药对山西地区幽门螺杆菌的药物敏感性实验

目的观察中药黄连、黄芩和大黄在山西地区对幽门螺杆菌（Hp）的体外抑制杀灭作用。方法对患者进行上消化道内窥镜检查后,取患者的胃窦黏膜（距幽门5 cm内）活检组织标本各一块。Hp分离培养[含10%绵羊血及抗生素的哥伦比亚琼脂,经37℃微需氧条件（5%O2、10%CO2、85%N2）培养72 h]。结果 72株Hp临床分离菌株对黄连的药物敏感性：高度敏感48株（66.7%）,中度敏感24株（33.3%）,低度敏感0株。对黄芩的药物敏感性：高度敏感26株（36%）,中度敏感28株（38.9%）,低度敏感18株（25.1%）。对大黄的药物敏感性：高度敏感10株（13.9%）,中度敏感39株（54.1%）,低度敏感23株（32%）。结论黄连、黄芩和大黄对Hp都有一定的抑制杀灭作用,尤以黄连效果明显。     

两株产生大环内酯Macrolactin S的海洋细菌的筛选及鉴定

目的:从中国东海分离筛选抗菌活性微生物,确定活性菌株的分类地位。方法:随机挑选30株本室保存的分离自中国东海的细菌,利用抗大肠杆菌模型进行活性筛选。对活性菌株进行形态特征、生化特征、盐需求测试及16S rDNA序列分析,并将所测得的序列在NCBI数据库进行相似性搜索,选取其中具有代表性的序列以邻接法构建系统进化树,将菌株鉴定到属。结果:筛选出活性菌株F81612和F201721,它们的最适生长盐浓度分别为10%和7.5%,菌株形态特征、生化性质与Bacillus sp.相符,菌株F81612和F201721的16S rDNA序列分别与Bacillus subtilis和Bacillus amyloliquefaciens相似程度最大。结论:利用抗大肠杆菌模型筛选到两株产大环内酯Macrolactin S的细菌,均为中等嗜盐的海洋Bacillus sp.。     

藏灵菇发酵乳中降胆固醇乳酸菌的分离及鉴定

目的：筛选具有降胆固醇功能的乳酸菌菌株,为乳酸菌体外、体内的降胆固醇生理特性和机制研究奠定基础。方法：利用邻苯二甲醛法从源于藏灵菇发酵乳中的 7 株乳酸菌中筛选具有较高降胆固醇能力的乳酸菌菌株,并研究其耐酸性、耐胆盐活性、生长曲线、产酸特性及抑菌特性;结合生理生化实验及16S rRNA 寡核苷酸碱基序列分析鉴定菌株。结果：筛选得到1株降胆固醇效果明显的乳酸菌 LA1,胆固醇降解率达到 50.36%,且呈现较好的耐酸性和耐胆盐活性,其中 LA1 在第 10 小时进入对数生长期,第 18 小时进入稳定期;其能在 pH 1.5 的 MRS 培养基中存活至少 3 h,在含 0.3% 胆盐的 MRS 培养基中生长良好,经鉴定为嗜酸乳杆菌;抑菌实验表明：该菌株对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌均有明显的抑制作用。结论：该菌株可作为后续体内活性和机制研究的原始菌株。     

新疆传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌的分子生物学鉴定

目的：对新疆阿勒泰牧区哈萨克传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌进行分子生物学鉴定。方法采用 DNA 提取、PCR 扩增、16S rDNA 产物测序和数据分析对该菌株进行系统发育分析鉴定。结果16S rD-NA 产物测序结果通过 Eztaxon 数据库比对,保守基因 rpoA、pheS 的扩增产物通过 NCBI 数据库比对,发酵驼乳中乳酸菌菌株的序列和已报道的乳酸菌菌株16S rDNA、rpoA、pheS 的序列分别用 MEGA 5．2软件进行系统发育分析表明：此菌株（10号）的16S rDNA 序列与 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）、Lactobacillus plantarum subsp． Argentoratensis （DKO 22T ）、Lactobacillus paraplantarum （DSM 10667T ）和 Lactobacillus plantarum subsp． Plantarum （ATCC 14917T ）的相似率分别为100％、99．87％、99．8％和99．74％。结论10号乳酸菌菌种经分子生物学鉴定为 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）。     

变形链球菌耐氟菌株eriCF基因差异性表达及其意义

目的：探讨不同氟浓度条件下eriC^F1和eriC^F2基因对变形链球菌（S.mutans）耐氟菌株UA159-FR氟抗性的影响,阐明eriC^F基因差异性表达与S.mutans耐氟菌株抗性的关系。方法：重组大肠杆菌感受态细胞BL21分为eriC^F1组（eriC^F1+Peasy-Blunt E2）、eriC^F2组（eriC^F2+Peasy-Blunt E2）和KZ组（Peasy-Blunt E2）。基因克隆和IPTG诱导后,检测3组EriC^F1和EriC^F2蛋白表达水平,并分别测定3组菌株在不同氟环境（1.5、2.0、2.5和3.0 g·L^-1氟化钠）下的菌液浓度和菌株生长速度,绘制菌株的生长曲线。结果：在对数期（8 h）和稳定期（16 h）,3组菌株在不同氟环境下（1.5、2.0、2.5和3.0 g·L^-1氟化钠）的菌液终浓度及菌株生长速度组内比较,3组菌株菌液终浓度和生长速度均随着氟化钠浓度升高而降低;组间比较,相同氟化钠浓度条件下,菌液终浓度和生长速度均为eriC^F2组 > eriC^F1组 > KZ组（P<0.05或P<0.01）;与eriC^F1组比较,eriC^F2组菌液浓度均明显升高（P<0.01）。结论：eriC^F1和eriC^F2基因均能增强大肠杆菌的氟抗性,且表达eriC^F2基因比表达eriC^F1基因的大肠杆菌的氟抗性更强。