吉林省麻疹野病毒的基因型别和基因特征

目的 阐明吉林省流行麻疹野病毒的基因型别和基因特征,为制定麻疹防控策略措施提供科学依据.方法 用逆转录-聚合酶链反应.限制性片段长度多态性分析(RT-PCR-RFLP)方法对2001-2006年分离的38株麻疹病毒进行基因分型;选择麻疹病毒代表株RT-PCR扩增N基因C-末端450个核苷酸,对比野毒和疫苗株核苷酸和氨基酸同源性,并构建N基因亲缘关系树.结果 经RT-PCR-RFLP基因定型,38株麻疹病毒分离珠均为H1基因型;对其中的29株进一步进行N基因C-末端450个核苷酸的序列测定和分析证实均为H1基因型的H1a亚型.吉林分离株与我国麻疹疫苗S191株450个核苷酸同源性为88.0%～89.4%,所提示氨基酸的同源性为91.8%～92.7%;吉林省内分离株核苷酸平均变异小于1.4%.结论 H1a基因亚型为吉林省近年来流行的麻疹野病毒绝对优势基因亚型.不同年份存在相同麻疹病毒的持续循环传播,同一年份也存有H1a亚型内不同病毒的共循环;与其他省之间存在相同麻疹病毒引起的传播链.     

北京市朝阳区2010-2012年麻疹野毒株分子流行特征分析

目的 了解近三年北京市朝阳区流行的麻疹野病毒分子流行特征,为本地区消除麻疹提供科学依据.方法 采集北京市朝阳区2010-2012年麻疹疑似病例的咽拭子和（或）尿液标本接种vero/SLAM细胞,对分离的麻疹病毒用逆转录及聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白（N）基因羧基末端676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘关系树,进行遗传距离及核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 分离出18株麻疹病毒,均为H1基因型,H1a亚型.这18株野毒株之间核苷酸同源性为98.2％～100.0％（核苷酸差异为0～8bp）,氨基酸变异范围为0～2.7％（氨基酸差异为0～4AA）.与H1a亚型参考毒株Chin9322相比,核苷酸变异范围为0.7％～1.6％（核苷酸差异为3 ～7 bp）.18株野毒株共有7种基因序列,其中2010年5种、2011年1种、2012年3种基因序列.V2基因序列出现在2010和2012年的病例中,V7序列出现在2010和2011年的病例中.其余5种序列只在单一年份的病例中检出.结论 北京近年来流行的本土麻疹病毒为H1a亚型,当年相同基因序列的一组病例提示有麻疹传播链的存在.北京市朝阳区存在基因序列完全相同的麻疹野毒株在2010、2012年循环出现.     

引起乌鲁木齐成人麻疹暴发的麻疹病毒基因特征分析

目的 分析引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒的基因特征.方法 用Vero/Slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析.结果 共分离到11株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0～0.2%,均为H1基因型中的H1a基因亚型.11株麻疹野病毒与H1基因型代表株（Chin9372）的核苷酸和氨基酸差异分别为：2.2%～2.4%之间和4.0%～4.6%之间.结论 引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒为H1a基因亚型.     

吉林省2013年麻疹病毒核蛋白基因推导的氨基酸位点变异分析

目的 研究吉林省2013年麻疹病毒核蛋白（Nucleoprotein,NP）氨基酸位点的变异.方法 对吉林省2013年麻疹病例咽拭子标本用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增NP基因片段,将麻疹病毒RT-PCR阳性产物进行测序,分析其NP基因推导的氨基酸序列变异情况.结果 吉林省2013年麻疹病毒均为H1a基因亚型.以吉林省2001年麻疹病毒NP基因推导的氨基酸序列为基准,2013年50份麻疹病毒RT-PCR阳性标本中有部分标本在4个氨基酸位点出现变异;在其中3个出现变异的氨基酸位点422位点（G→S）、457位点（S→G）、497位点（R→K）上,2001-2008年33株麻疹病毒中仅有个别毒株出现该3个位点的变异,而2009年、2010年、2013年在该3个位点发生如上变异的麻疹毒株所占比例分别为100％、76.9％以及32.0％ ～32.6％;在第430位点,仅2013年有44.0％的麻疹病毒阳性标本出现P→S的变异.结论 吉林省2013年麻疹病毒呈现NP的氨基酸位点变异多样化,提示要关注NP的氨基酸变异趋势.     

昆明地区麻疹野病毒株基因型检测

目的检测昆明地区麻疹病毒的优势基因型,为麻疹监测和防治提供依据。方法采集2008年昆明地区临床诊断为麻疹的30例患儿,其中男性18例,女性12例;年龄51天～3岁,0～1岁(≤1岁)的患儿19例,1～2岁(≤2岁)的患儿9例,2～3岁(≤3岁)的患儿2例,平均患病年龄15个月。采集急性传染期静脉血2 mL,应用酶联免疫吸附分析(ELISA)检测麻疹病毒血清IgM抗体;同时收集患儿的尿液标本,运用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增标本中所分离到的麻疹野病毒株核蛋白(N)基因羧基末端的543个核苷酸,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并与麻疹病毒基因库中的参考株进行比较。结果从30份麻疹患儿尿液标本中分离到7份麻疹野病毒阳性;出疹后6 d的尿液标本中仍可检出麻疹野病毒;将其4株麻疹野病毒的核蛋白(N)羧基末端的543个核苷酸与Genebank中的麻疹病毒的23个参考株进行基因亲缘性关系比较,与世界卫生组织(WHO)的H1、H2基因型参考株China 93-7、China 94-1所对应的核苷酸序列的遗传距离分别为0.031～0.047和0.332～0.398;而与H1a的遗传距离最近,为0.010～0.033;4株麻疹野病毒N基因羧基末端543个核苷酸的同源性为96.0%～98.9%;与H1标准株China 93-7和H1a标准株China 93-2的核苷酸同源性分别为95.9%～99.7%和96.9%～99.8%。结论2008年昆明地区所检测到的麻疹野病毒的优势基因型为H1a基因型。     

广东省2005-2007年麻疹病原学监测

目的 开展有效的麻疹病原学监测,分离麻疹病毒,了解广东省2005-2007年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据.方法 用Veto/Slam细胞从暴发和散发麻疹疑似病例的咽拭子和尿液标本中分离麻疹病毒,并对所有分离到的麻疹病毒通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,扩增出核蛋白(N)基因碳末端450个核苷酸片段,对其产物测定基因序列以定型.结果 2005-2007年共收到380份标本,包括咽拭子或尿液标本.共分离到82株麻疹野病毒.2005年病毒分离率为23.58%,2006年病毒分离率为17.11%,2007年病毒分离率为39.13%.病毒分离成功率与病例出疹天数和标本的采集质量有密切关系.结论 我省已经掌握了麻疹病毒的分离和分子生物学鉴定技术,分离率较高;我省多年来流行的麻疹毒株均为H1基因型,与国内流行的优势基因型一致.     

河北某非法采血村人群感染HCV基因亚型调查

目的 了解河北某非法采血村村民感染丙型肝炎病毒(HCV)基因亚型分布情况.方法 对该村全体村民采集静脉血标本计520份,无菌分离血清;以RT-PCR法扩增其中可利用的483份血清HCV之C/E1基因片段,双脱氧链终止法测序;用Mega4.0软件进行HCV系统进化分析,构建系统进化树,判定基因亚型.结果 483份标本中,HCV RNA阳性者70份,阳性率14.5%;基因分型1b亚型36例,占51.4%;2a亚型34例,占48.6%.结论 该村村民血清HCV检出率约为14.5%,远高于一般人群;HCV亚型构成为1b、2a各半.     

海南省2010年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的 分析2010年引起海南省手足口病流行柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CA16）的分子流行病学特征.方法 从海南省2010年手足口病（hand,foot,and mouth disease,HFMD）标本中分离到56株CA16毒株,用RT-PCR的方法对VP1编码区扩增及核苷酸序列的测定和整理分析,并与CA16各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树.结果 其中34株属于B基因型中的B1a基因亚型,22株属于B1b基因亚型.B1a基因亚型的毒株主要分布于海口市以及海南省西北部相邻的4个县市,B1b基因亚型的毒株主要分布于海口市以及海南省中部、西南部相邻的4个县市.结论 2010年海南省B1a和B1b基因亚型在人群中共循环,两个基因亚型呈现一定区域性分布的特点,提示在海南省CA16至少存在两条大的传播链.在2008年至2010年,海南省手足口病例中CA16感染的比例明显上升,分别为8.05％、5.35％、35.45％.     

陕西省2010-2012年柯萨奇病毒A组16型VP1基因特征分析

目的 对陕西省2010-2012年来源于手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例的科萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CVA16）毒株的VP1基因特征进行分析,以阐明其分子流行病学特征.方法 利用特异性引物对分离鉴定为CVA16的21株病毒进行VP1编码区扩增.对阳性产物进行序列测定,并用MEGA软件进行序列的生物信息学分析.结果 根据亲缘性分析,本研究的CVA16分别属于B1a和B1b基因亚型,其中仅2011年分离自宝鸡市的10株属于B1a基因亚型,分离自其他4个地市的11株则属于B1b基因亚型.B1a和B1b基因亚型内核苷酸序列同源性分别为99.9％ ～100％和92.93％ ～ 100％.不同基因亚型毒株间核苷酸序列差异为8.43％～9.45％.结论 2010-2012年,属于B1a和B1b基因亚型的CVA16在陕西省共同循环,其中B1b基因亚型流行范围较广,可能为陕西省的优势亚型.     

湖北省HIV-1流行株gag基因序列测定及亚型分析

目的 了解湖北省HIV-1感染者流行毒株亚型分布和流行趋势.方法 随机采集湖北省HIV-1感染者的抗凝全血标本,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链反应扩增HIV-1病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 对80份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了62份样品的HIV-1基因片段.共发现7种HIV-1亚型和流行重组株.泰国B'亚型占11.3％ (7/62),欧美B亚型占4.8％ (3/62),G亚型占4.8％ (3/62),CRF07-BC占22.6％ (14/62),CRF08-BC占6.5％(4/62),CRF01-AE占48.4％(30/62),CRF15-01B占1.6％ (1/62).在湖北省发现了CRF15-01B和G亚型.结论 湖北省存在多种HIV-1亚型和流行重组型,CRF01-AE、CRF07-BC两种重组亚型毒株为目前湖北省HIV-1流行优势毒株,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

Phylogenetic analysis of previously nontypeable hepatitis C virus isolates from Argentina

Phylogenetic analysis of hepatitis C virus isolates from Argentina that were previously nontypeable by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis revealed that they belong to genotype 1a. A substitution at position 107 (G-->A), which is the landmark of these strains, was shown to be distributed among isolates worldwide. The RFLP patterns obtained for these isolates should be added to the ones reported for genotype 1 isolates.     

Comparison of the association with eczema herpeticum in the two predominant genotypes of herpes simplex virus type 1

Eczema herpeticum, sometimes called Kaposi's varicelliform eruption, is usually caused by a disseminated herpes simplex virus infection in a patient whose underlying skin disease is atopic dermatitis. Herpes simplex virus type 1 (HSV-1), a widespread infectious agent in human populations, is the etiologic agent of eczema herpeticum. Analyses of restriction fragment length polymorphism (RFLP) of HSV-1 strains isolated in Japan, using restriction endonucleases, revealed the presence of two predominant genotypes of F1 and F35. The number of HSV-1 strains of F1 genotype was over twice that of the F35 genotype, and the nucleotide change between F1 and F35 was estimated to be 1.5%. The question of whether the genomic difference between two predominant genotypes could influence clinical manifestations remained to be addressed. On the basis of RFLP, we determined genotypes of HSV-1 strains isolated from the patients in Japan, including those with eczema herpeticum. Two of four HSV-1 strains of F35 genotype were from patients with eczema herpeticum, whereas none of 12 HSV-1 strains of F1 genotype was from those with eczema herpeticum. Thus, the F35 genotype seemed to be associated more frequently with eczema herpeticum than the F1 genotype. © 1996 Wiley-Liss, Inc.     

Hepatitis B virus transmission in Brazilian hemodialysis units: serological and molecular follow-up

A serological and molecular study of hepatitis B virus (HBV) infection was carried out in dialysis units in Central Brazil. Between 1995 and 1999, serum samples from all HBsAg-positive hemodialysis patients (n = 43) were tested for HBeAg/anti-HBe and subtyping by monoclonal ELISA. HBV DNA was detected by PCR and positive samples were genotyped by restriction fragment polymorphism pattern (RFLP) methodology. TheHBsAg prevalence declined in this population during the survey period (12-5.8%). HBeAg and anti-HBe were detected in 23 (53.5%) and 18 (41.9%) sera, respectively. Thirty-six samples could be HBsAg subtyped: 21 were subtype ayw(3), 14 belonged to adw(2) and one was identified as adw(4). HBV DNA was present in 30 serum samples. Of these, 20 (66.7%) were genotype D, 9 (30%) genotype A, and 1 (3.3%) genotype F. In addition, the RFLP pattern could be determined in samples from 18/20 genotype D patients: D3 (10 strains), D7 (7 strains) and D4 (1 strain); from 8/9 genotype A patients: A1 (6 strains) and A3 (2 strains); and from the patient infected with genotype F: F1. Patterns D3 and D7 were associated closely with HBV infection in the two largest hemodialysis units studied. These findings confirm the value of the RFLP method as an effective molecular epidemiological tool for elucidating HBV transmission in hemodialysis units.     

Single genotype of measles virus is dominant whereas several genotypes of mumps virus are co-circulating

We have reported that in Japan measles virus strains have been classified into three distinct different genotypes (C1, D3 and D5) under the new international genotype classification since 1984. Similarly, mumps virus strains have been divided into two genotypes with three subtypes (B1, B2, B3, and D) under the proposed international classification since 1976. To differentiate these genotypes we developed a restriction fragment length polymorphism assay in the hemagglutinin (H) region for measles virus and in the hemagglutinin-neuraminidase (HN) region for mumps virus to facilitate the expanded molecular epidemiology. In the Sapporo 1995/1996 measles outbreak, all 26 strains were classified as D5. Among 32 samples from patients with measles from 1994 to 1997 in Tokyo, 28 were identified as D5 and four were D3; these D3 strains were ascertained as a same hospital acquired infection. Among 45 strains obtained in the Tokyo 1999 outbreak, 38 were D3 and the remaining seven were D5. The dominant genotype of measles in Tokyo has replaced from D5 to D3 similar to the Chicago1/89 strain. We obtained 220 samples from patients with mumps from 1993 to 1997 and they were classified into one strain of B1, 14 strains of B2, 151 strains of B3, and 54 strains of D. Therefore, we suggest that two or three subtypes of mumps virus are co-circulating with a different geographic pattern in genotype distribution, whereas a single measles virus genotype is dominantly observed, showing different epidemiological patterns.