智力障碍儿童遗传学病因筛查与分析

目的 分析智力发育障碍(ID)患儿遗传学病因,为ID疾病临床诊疗及家系遗传咨询提供依据。方法 选取2020年1月至2021年1月在西安交通大学第一附属医院诊断为ID的5例患儿为研究对象。通过染色体核型分析对5例ID患儿进行初步分类,染色体分析结果正常患儿进行全外显子组测序分析。Sanger测序及生物信息学分析软件等对全外显子组测序筛选出的可能致病性变异位点进行验证及功能分析。结果 染色体核型分析发现P1患儿核型为46,XY,del(18)(q22q23),其余4例患儿染色体核型正常。全外显子组测序结果显示两例患儿ATP2C2基因均存在c.2096G>A(p.Ser699Asn)和c.2644＿2655del(p.Ser882＿Gly885del)复合杂合变异。家系验证结果显示P2患儿及P3患儿母亲为ATP2C2基因c.2096G>A(p.Ser699Asn)杂合变异携带者,父亲为ATP2C2基因c.2644＿2655del(p.Ser882＿Gly885del)杂合变异携带者。ATP2C2基因c.2096G>A(p.Ser699Asn)变异位点在神州基因组数据1000...     

通过基因测序鉴定PTPRQ和OTOF基因在听力损失中的新型突变

目的 对两个散发耳聋核心家庭进行听力学诊断、临床表现分析及分子生物学检测,为临床诊断和家系遗传咨询提供依据。方法 研究起止时间2020年3月—2022年12月。采集两位先证者外周血,应用高通量测序技术进行127个耳聋基因检测,并结合Sanger测序验证家系中各成员致病基因携带情况。收集患者及家系成员相关信息,包括临床基本信息、听力学检测、影像学检查结果等进行关联分析。结果 患者1诊断为右耳重度感音神经性耳聋,左耳中重度感音神经性耳聋,检出存在PTPRQ基因c.6475C>T/c.6454-2A>G复合杂合变异,c.6454-2A>G位点为新型变异位点。患者2诊断为听神经病,检出存在OTOF基因c.2610＿2615dupGCTCTT/c.4981G>A复合杂合变异,c.4981G>A位点为新发突变,c.2610＿2615dupGCTCTT位点为新型变异位点。结论 发现PTPRQ基因c.6454-2A>G和OTOF基因c.2610＿2615dupGCTCTT新型变异位点,丰富了基因图谱,同时为患儿的临床诊断和遗传咨询提供了依据。     

常染色体隐性遗传多囊肾病患儿PKHD1基因变异的临床表型及基因型

目的探讨常染色体隐性遗传多囊肾病(ARPKD)患儿(新生儿、婴幼儿及青少年)PKHD1基因变异的临床表型及基因型。方法选择2021年1月1日至2022年6月30日,因"胎儿期肾脏增大,要求进一步检查""尿痛伴发热2 d""尿频伴尿痛"于西安市儿童医院就诊,并在本院确诊的3例ARPKD患儿(先证者)[患儿1(生后25 d龄男童)、患儿2(4岁女童)、患儿3(13岁女童)]为研究对象。采用回顾性分析法,对这3例患儿PKHD1基因变异的临床表型、实验室检查结果进行分析,采取全外显子组测序(WES)及Sanger测序进行致病突变基因位点分析和家系验证。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)的《序列变异解释的标准和指南(Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants:A Joint Consensus Recommendation)》(以下简称为ACMG指南),综合评估PKHD1基因变异的致病性。本研究遵循的程序符合西安市儿童医院伦理委员会规定,并通过该伦理委员会审查、批准(审批文号:伦20220059)。结果①3例患儿PKHD1基因变异临床表型及相关辅助检查结果:均存在双肾增大伴双肾多发囊肿(无肝、肾功能异常,无血尿及蛋白尿)。患儿2、3伴肝纤维化、肝内胆管扩张,患儿1合并高血压。②患儿及其家系成员PKHD1基因检测结果:患儿1为c.11223T>G(p.Y3741*)和c.4682G>A(p.C1561Y)复合杂合变异,分别遗传自其母亲与父亲;患儿2为c.9007T>C(p.S3003P)和c.5935G>A(p.G1979R)复合杂合变异,分别遗传自其父亲与母亲,而2位双胞胎弟弟为c.9007T>C杂合变异;患儿3为c.11542G>C(p.V3848L)和c.5935G>A(p.G1979R)复合杂合变异,分别遗传自其父亲与母亲,与胞姐携带相同变异,而其胞弟为c.5935G>A杂合变异。③根据ACMG指南判断3例患儿上述5种PKHD1基因变异致病性:c.4682G>A(p.G1979R)和c.5935G>A(p.G1979R)为临床意义不明性变异与致病性变异;c.11223T>G(p.Y3741*)、c.9007T>C(p.S3003P)和c.11542G>C(p.V3848L)分别为无义、错义、错义变异,根据ACMG指南分别被判断为可能致病性变异、可能致病性变异与临床意义不明性变异。结论本研究3例患儿均为PKHD1基因变异所致ARPKD患儿。该病患儿临床表型多变,并且多数与其他囊性肾病患儿临床表型相似,对疑似该病患儿应尽早采取基因检测进行诊断,这对患儿预后及家系遗传咨询具有重要意义。     

新生儿不明原因高胆红素血症与SLCO1B1基因多态性的相关分析

目的探讨SLCO1B1基因多态性与新生儿不明原因高胆红素血症发病风险的关系。方法收集金华地区新生儿不明原因高胆红素血症患儿66例为疾病组,同时选取健康新生儿42例作为对照组。提取外周血DNA,采用PCR和Sanger测序法对基因多态性的情况进行分析。观察基因变异频率及基因型分布、基因多态性与新生儿不明原因高胆红素血症的相关性及对患儿血清胆红素水平的影响。结果金华地区新生儿SLCO1B1基因c.388A>G、c.521T>C、c.571T>C和c.597C>T的变异率分别为93.5%、25.9%、37.0%和63.9%,这些位点在疾病组和对照组中分布差异无统计学意义(P>0.05)。在c.388A>G、c.571T>C和c.597C>T 3个位点的不同基因型中,疾病组患儿总胆红素、未结合胆红素、结合胆红素水平比较,差异均无统计学意义(P>0.05);c.521T>C位点纯合变异型血清总胆红素水平与杂合变异型比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论SLCO1B1基因的4个SNPs位点与金华地区新生儿不明原因高胆红素血症的发病风险没有显著相关性,但c.521T>C位点纯合变异型可能对血清总胆红素水平有一定的影响。     

ATRX新致病性变异致X连锁智力低下家系分析

目的：分析一个α地中海贫血X连锁智力障碍(ATR-X)综合征家系的致病基因突变。方法：对该ATR-X综合征家系先证者进行全外显子组测序,通过生物信息学分析筛选候选的致病基因突变位点,利用聚合酶链反应(PCR)和Sanger测序验证该家族成员的致病突变位点。结果：全外显子组测序发现先证者的X染色体ATRX基因存在半合子变异(c.161₁62del, p.Ser54Ter),家系成员Sanger测序结果表明该变异在家系中符合遗传共分离规律。结论：ATRX基因c.161₁62del变异为引起该家系ATR-X综合征的遗传学因素。     

目标外显子组捕获测序发现INPP5E突变致Joubert综合征1例

目的:鉴定一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点。方法:对该Joubert综合征家系的先证者进行目标外显子组捕获测序,通过生物信息学分析找到候选的致病基因及位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序进行验证。结果:在先证者的9号染色体INPP5E基因上存在2个杂合变异位点,分别为c.1524CG,p.Asp508Glu以及c.1688GA,p.Arg563His。这两个位点在家系中符合遗传共分离规律。结论:目标区域捕获测序结合Sanger测序发现INPP5E基因的c.1524CG以及c.1688GA位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的变异位点,这是国内首次报道的由INPP5E基因突变导致的Joubert综合征病例,且c.1524CG为首次发现的新致病位点。     

高通量测序技术鉴定新生儿窒息性胸廓发育不良症1例北大核心CSCD

目的对1例多器官发育缺陷的新生儿进行高通量全外显子组测序(WES),明确遗传学病因。方法对患儿进行临床检查,采集患儿及其父母外周静脉血,进行全外显子组基因测序与分析,再对可疑突变位点进行Sanger测序验证。结果患儿临床表现为胸廓发育畸形伴先天性心脏病和肝脾肿大,全外显子组测序显示其存在DYNC2H1基因c.8512C>T(p.R2838*)及c.10163C>T(p.P3388L)复合杂合突变,分别遗传自父亲和母亲。结论根据测序结果结合临床表现,鉴定该患儿为DYNC2H1基因复合杂合突变引起的窒息性胸廓发育不良(ATD)。     

全外显子组测序发现CSPP1所致Joubert综合征1例

目的:探讨一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点。方法:对该Joubert综合征家系的先证者进行全外显子组测序,通过与已知数据库的比对分析,找到候选的致病基因及位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序进行验证。结果:在先证者的8号染色体CSPP1基因上存在2个杂合突变位点,分别为c.1132CT,p.R378X以及c.2244_2245delAA,p.E750GfsX30。这两个位点在家系中符合遗传共分离规律。结论:全外显子组测序结合Sanger测序发现CSPP1基因的c.1132CT,p.R378X以及c.2244_2245delAA p.E750fsX30位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的突变位点,这是国内首次报道的由CSPP1基因突变导致的Joubert综合征病例。     

迟发性鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症1例的OTC基因变异分析

目的：对1例迟发型鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症(OTCD)患儿的临床特点及OTC基因变异进行分析,提高对鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症的认识。方法：对2023年2月20日本院收治的1例OTCD患儿及父母外周血样,采用高通量测序的方法进行全外显子测序(WES),对候选致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析变异蛋白结构。结果：患儿OTC基因第4外显子存在c.356G>A(p.Gly119Asp)变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南,判定为可能致病性变异(PM1+PM2＿Supporting+PP3＿Strong),在多个正常人群数据库的频率为0,采用Sanger测序技术对先证者及其父母OTC基因变异验证。先证者的变异经一代测序技术证实,生母携带此杂合变异。结论：OTC基因变异可能是此例迟发型OTCD患儿的遗传学病因。c.356G>A的发现丰富了OTC基因的变异谱。提示基因检测在代谢疾病中的重要性。     

菏泽市苯丙酮尿症患儿苯丙氨酸羟化酶基因突变特点

目的 分析菏泽市苯丙酮尿症(PKU)患儿苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变特点,为深入开展PKU的诊断以及进一步的基因治疗提供科学依据。方法 采用高通量测序技术对临床确诊且自愿进行基因检测的PKU患儿的遗传代谢病相关基因进行检测,检出位点采用sanger测序进行验证及父母验证。结果 28个患者经测序分析后,共检出致病变异位点53个,总检出率为94.6%。其中25个患者检测到2个致病突变(89.3%),3个患者检测出1个突变位点(10.7%)。在53种变异类型中,错义突变38种(71.7%)、剪接突变4种(7.5%)、无义突变11种(20.8%)。变异位点分布在PAH基因第2、3、6、7、9~11外显子以及第4内含子区。外显子区变异位点50个(94.3%),内含子区变异位点3个(5.7%)。经典型PKU患儿以 c.1068C＞A为主,轻度PKU患儿以c.158G＞A、c.728G＞A为主,轻度高苯丙氨酸血症(HPA)以c.158G＞A及c.1068C＞A为主。c.158G＞A、c.728G＞A和c.1068c＞A的检出人数较多,c.158G＞A在轻度PKU及轻度HPA患儿中检出,平均Phe浓度为860.74 μmol/L,c.728G＞A在经典型PKU、轻度PKU患儿中检出,平均Phe浓度为879.51 μmol/L,c.1068C＞A在经典型PKU及轻度HPA患儿中检出,平均Phe浓度为1 098.44 μmol/L。结论 菏泽市PKU患儿PAH基因突变以c.158G＞A、c.728G＞A及c.1068C＞A突变为主。     

BCS1L基因新突变位点引发的新生儿发育迟缓与乳酸酸中毒

本研究旨在分析一家系两例发育迟缓、乳酸酸中毒新生儿的临床特征及基因变异特点, 探讨基因变异与临床特征的关系。回顾性分析2019年5月和2021年12月于重庆医科大学附属儿童医院新生儿科病房就诊的两例发育迟缓、乳酸酸中毒新生儿的临床特征;利用全外显子测序检测患儿基因变异;对BCS1L蛋白进行同源建模, 分析模型蛋白的结构和功能改变;分析基因变异与临床表型的相关性。结果显示, 该家系两例患儿的主要临床特征为线粒体呼吸链复合体Ⅲ缺陷症表现, 包括早产、发育迟缓、呼吸衰竭、乳酸酸中毒、胆汁淤积、肝功能异常、肾小管病变、凝血功能异常、贫血、低血糖、肌张力低下和早期死亡。全外显子测序发现BCS1L基因c.486₄88delGGA(p.E163del)新型缺失变异和c.992C>T(p.T331I)新型错义变异, 蛋白同源建模结构分析结果显示复合杂合变异对蛋白功能影响较大。综上, BCS1L基因新的变异位点c.992C>T(p.T331I)为"可能致病"变异, 复合杂合变异与线粒体呼吸链复合体Ⅲ缺陷症疾病表型密切相关。     

胎儿脑积水诊断Walker-Warburg综合征一例

报道1例二次胎儿脑积水妊娠史的家系,采用单核苷酸多态性微阵列（single nucleotide polymorphism array,SNP array）分析及全外显子组测序（whole-exome sequencing,WES）分析其遗传学病因。SNP array未见胎儿染色体致病性及可能致病性拷贝数变异。WES结果示胎儿POMT2基因的2号外显子存在一个遗传自父亲的可能致病性变异c.287A>G,POMT2基因的13号外显子存在一个遗传自母亲的致病性变异c.1362G>A。基因检测结果提示胎儿为POMT2基因复合杂合变异所致的Walker-Warburg综合征（WalkerWarburg syndrome,WWS）。对于反复胎儿脑积水且染色体未见致病性及可能致病性拷贝数变异的患者,可行家系WES检查以期找到遗传学病因,为再生育的遗传咨询及生育方式的选择提供依据。     

先天性甲状腺功能减退症患儿双氧化酶1基因突变研究

目的 研究山东地区先天性甲状腺功能减退症(CH)伴甲状腺肿大患儿双氧化酶1(DUOX1)基因突变类型及特点,为CH的诊断及基因治疗提供理论依据。方法 选取43例经新生儿筛查确诊为CH伴甲状腺肿大患儿及100例正常对照新生儿,提取CH患儿及正常新生儿外周血基因组DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增及一代测序法(Sanger测序法),对DUOX1基因全部外显子进行基因突变检测,结合测序结果及生物信息学数据,分析DUOX1基因是否存在突变,并对发现的单核苷酸多态性(SNP)位点的基因频率进行χ²检验。结果 在43例CH伴甲状腺肿大患儿及100例正常对照新生儿中,均未发现DUOX1基因突变。但在外显子区发现了2个SNP位点(rs16939752,c.3076T>C;rs1706804,c.3228A>G),前者为错义突变(Cys→ Arg),后者为同义突变(Thr→Thr);内含子区发现了1个SNP位点(rs2020216,IVS8+129C>T)。经统计,本文实验组患儿与正常对照组新生儿SNP的基因频率比较,差异无统计学意义(P> 0.05)。结论 山东地区CH伴甲状腺肿大患儿中,DUOX1基因突变率低,可能不是该地区CH伴甲状腺肿大的主要病因。     

RAG1基因新发现变异位点的结构分析及致病性预测

目的探索胚胎植入前单基因遗传学检测(preimplantation genetic testing for monogenic, PGT-M)周期前与重症联合免疫缺陷(severe combined immunodeficiency, SCID)相关的重组激活基因1(recombination activating gene 1, RAG1)基因结构和功能, 并对其新发现变异位点进行致病性预测。方法针对2016年8月于中山大学附属第一医院生殖医学中心就诊的先证者的外显子报告及其父母外周血染色体核型及Sanger测序数据, 利用PROVEAN、PolyPhen-2和Mutation Taster致病性预测软件对RAG1基因变异位点的基因结构、蛋白保守结构域进行分析, 并对突变与野生型RAG1蛋白的结构进行三维结构重建, 实现致病性的预测。结果双方均为RAG1基因突变携带者, 突变位点位于11号染色体上, 女方为c.946T>G(p.C316G)杂合错义突变, 男方为c.1194₁196del(p.L399del)杂合整码突变。两个突变位点对应的氨基酸在人、黑猩...     

婴幼儿尘螨严重过敏症的遗传学初步研究

目的 对14例0岁～4岁婴幼儿尘螨严重过敏症进行全外显子组测序，探讨其可能的遗传学致病因素。方法 对14例患儿进行全外显子组测序，对相关变异位点进行Sanger测序验证。通过文献及数据库查找，筛选与过敏性疾病相关的基因集，并在外显子组水平、疾病相关基因集水平比较患者组和对照组的变异负荷。结果 通过对受检者进行遗传病相关基因测序、生物信息学分析、遗传分析(遗传模式包括常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、X/Y连锁)及结合临床表型的综合分析，未检测到与受检者临床表型相关的已知或可能具有临床意义的基因变异。与对照组相比，患者组在外显子组及2个过敏性疾病相关基因集范围内的功能缺失性变异和罕见非同义有害变异负荷均无显著差异。结论 过敏性疾病有明显遗传倾向，但全外显子测序结果显示未发现重复的变异基因，使得对于和过敏有关的基因需要进一步深入细致的研究。     

中国人热性惊厥与MASS1基因的分子生物学研究

目的:研究中国人热性惊厥患者MASS1单核苷酸多态性位点(SNP)与基因突变情况。方法:抽取44位热性惊厥患者外周血,提取DNA,设计MASS1基因全部35个编码外显子引物,经PCR扩增,采用Sanger双脱氧链终止法测序。结果:共发现3个单核苷酸多态性位点,其中1个为位于第13外显子尚未有文献报道的新单核苷酸多态性位点2625A>C,致使原来的密码子CGA变成CGC,均编码精氨酸。另有2个单核苷酸多态性位点与已有文献报道相符,分别为第29外显子6666G>A及第33外显子7798T>G单核苷酸多态性位点。未发现新的基因突变。结论:MASS1基因存在多个单核苷酸多态性位点,对进一步研究中国人热性惊厥分子遗传学机制具有理论积累意义。     

全外显子测序分析Noonan综合征RAF1基因新发突变

目的应用全外显子测序技术对疑似Noonan综合征(NS)的危重早产儿及其父母进行基因诊断,探讨基因型与临床表型之间的关系。方法收集患儿及其父母的外周血标本及临床资料,应用Agilent Sure Select Human All Exome V5试剂盒进行全基因组外显子捕获,Illumina 550测序仪进行双端高通量测序,Sanger测序验证家系成员以明确突变遗传方式。结果全外显子测序发现NS患儿RAF1基因杂合错义突变c. 770CT,p. S257L、Sanger测序验证家系成员为新发突变。结合患儿特殊面容、双侧心房及右室增大、中度肺动脉高压(PAH)等临床症状诊断为Noonan综合征。结论应用全外显子测序技术能够快速发现Noonan综合征基因突变,对重症新生儿病例的明确诊断及临床遗传咨询具有重要意义。     

Sanger测序联合MLPA技术检测21-羟化酶缺乏症基因缺陷及产前诊断

目的 对21-羟化酶缺乏症患儿及其父母的CYP21A2基因进行突变分析,为能有效进行产前诊断提供科学依据。方法 收集2013年8月-2015年12月就诊于柳州市妇幼保健院的14例21-羟化酶缺乏症患儿及其父母外周血,提取基因组DNA,采用Sanger测序及多重连接探针扩增技术(MLPA)分析CYP21A2基因的所有外显子及其两端侧翼序列,并通过父母的基因型进行验证,以此为依据进行胎儿的产前诊断。结果 14例先证者中共检出4种突变,不同形式的点突变占89.3%(25/28),分别为c.293-13C>G(46.4%)、c.518T>A(39.2%)、c.737delA(3.6%),缺失突变占10.7%,均为CYP21A2基因外显子1-3缺失。2例产前诊断胎儿均为携带者。结论 CYP21A2基因突变位点c.293-13C>G及c.518T>A是本地区21-羟化酶缺乏症的常见突变。Sanger测序联合多重连接探针扩增技术可以同时检测出CYP21A2基因的点突变和缺失突变,为疾病的确诊与临床表型的判断提供了可靠依据。     

DLX3基因罕见变异与发育性髋关节发育不良

目的:筛查DLX3基因(NM_005220)中发育性髋关节发育不良(DDH)相关的致病变异。方法:本研究对192例DDH患者和188例健康对照组的DLX3基因全部外显子区进行Sanger测序,排除已知高频单核苷酸多态性(SNP)位点(最小等位基因频率MAF≥1%)和对照组中存在的变异位点,结合功能性预测和保守性分析,最终筛选出DDH候选致病变异。结果:经过分析,最终在一个DDH患者中筛选出一个错义杂合变异DLX3c.G736C:p.D246H(rs3744539)可能为其致病突变,此变异在物种进化过程中高度保守且致病的可能性较高。结论:本研究首次对DLX3整个外显子区进行变异筛查,并发现新的DDH候选致病变异p.D246H。     

晶状体蛋白截短导致先天性白内障的两个家系致病基因分析

目的：通过使用全基因组外显子测序确定两个先天性白内障家系的致病基因变异。方法：对2019-2020年在首都医科大学附属北京同仁医院就诊的2个先天性白内障家系部分成员进行详细的临床眼科检查及全身查体。采集先证者及亲属外周血并提取基因组DNA,应用全外显子测序筛查可疑致病基因，并对家系全部成员进行Sanger测序验证候选致病变异位点。结果：经过外显子测序及生物信息学分析，家系1中在CRYBB1基因中存在无义变异c.656G>A,造成βB1晶状体蛋白质第219位色氨酸变异为终止密码子(p.W219X),最终产生晶状体蛋白截短。家系2中的发现在CRYGD基因中存在无义变异c.337C>T,造成γD晶状体蛋白质第113位谷氨酰胺变异为终止密码子(p.Q113X),导致晶状体蛋白截短。结论：位于CRYBB1基因的无义变异c.656G>A是导致家系1出现先天性白内障的病因；位于CRYGD基因的无义变异c.337C>T是导致家系2出现先天性白内障的病因。