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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学与分子对接探讨丹皮酚治疗结直肠癌的靶点与作用机制。方法 通过PubChem、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库检索丹皮酚的药物靶点,使用Genecards、OMIM和TTD数据库检索结直肠癌的疾病靶点,通过Venny在线工具获得交集靶点。利用Metascape数据库完成交集靶点的基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点。采用LeDock与CB-Dock2软件完成丹皮酚与枢纽节点的分子对接,以筛选丹皮酚的核心药物靶点。结果 经筛选得到21个药物靶点。富集分析结果显示,丹皮酚发挥作用的分子机制涉及癌症通路、Ras信号和Rap1信号等通路,而其涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应以及调控激酶活性等。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现9个靶点为蛋白质相互作用的枢纽。分子对接结果显示,丹皮酚和枢纽节点中的SRC、EP300、MMP9具有最高亲和力,提示SRC、EP300以及MMP9可能是丹皮酚治疗结直肠癌的核心靶点。结论 丹...  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学解析紫花牡荆素治疗结直肠癌的分子机制,为紫花牡荆素治疗结直肠癌提供潜在作用靶点和新思路。方法 在Pubchem数据库以及药物靶点预测数据库SwissTarget Prediction获取紫花牡荆素相关潜在作用靶点,借助人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)平台检索结直肠癌相关靶点,并将其与紫花牡荆素相关潜在作用靶点在Venny数据库相互映射获得共同靶点;运用STRING数据库构建紫花牡荆素-结直肠癌共同靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;利用DAVID数据库对紫花牡荆素治疗结直肠癌靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用Cytoscape 3.8.2软件构建紫花牡荆素通路网络图;利用微生信在线网站绘制KEGG气泡图;通过对紫花牡荆素和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测结果显示紫花牡荆素和结直肠癌中的靶点取交集后获得6个共同靶点,其中关键靶点2个,分别是络氨酸蛋白激酶(SRC)和丝氨酸蛋白激酶(ATK1)。GO富集分析涉及生物过程35个、细胞组分2个、分子功能8个。KEGG通路富集筛选得到28个相关通路,主要作用于...  相似文献   

3.
目的 基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制。方法 通过TCMSP、OMIM等数据库对青蒿素的作用靶点及结直肠癌的疾病靶点进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶点取交集,采用STRING数据库、Cytoscape3.8.2软件及相关插件构建蛋白相互作用网络图,利用DAVID对核心靶点进行GO富集分析、KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共筛选获得青蒿素活性成分22个,作用靶点499个,将药物成分靶点与青蒿素疾病靶点取交集共获得靶点12个,构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得TP53、EGFR、CCND1、CDKN2A、AKT1和RB1等关键靶点。GO分析显示,青蒿素对结直肠癌的作用机制涉及从RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质磷酸化、对雌激素的反应等过程。KEGG通路富集为Pathways in cancer通路等;分子对接结果显示,关键靶点TP53与活性成分青蒿素结合能为-4.0Kcal/mol;免疫浸润结果显示TP53表达与CD8+T Cell呈正相关。结论 青蒿素治疗结直肠癌具有多靶点、多通路的特点,可能通过关键靶点T...  相似文献   

4.
目的 结合网络药理学和分子对接技术分析及实验验证和厚朴酚(Honokiol)抗结直肠癌(COADREAD)的分子机制。方法 应用Genecards, SwissTargetPrediction数据库挖掘和厚朴酚相关潜在作用靶点;通过R软件分析TCGA数据库结直肠癌差异表达基因;STRING和Cytoscape软件构建药物-疾病共同靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI);R软件进行GO和KEGG富集分析;用Autodock软件进行分子对接;MTT法检测和厚朴酚对结直肠癌细胞(LoVo)活力抑制作用。结果 网络药理学筛选到和厚朴酚与结直肠癌的共同靶点64个,其中10个核心靶点分别为MYC、CCND1、CDKN1A、CDK4、EZH2、BIRC5、CDKN3、E2F1、PGR、ALB。富集分析显示共同靶点与活性氧代谢过程、细胞周期、蛋白激酶调节活性、激酶调节活性、细胞因子活性、辅酶结合、PI3K-Akt、Rap1和MAPK信号通路等相关密切。分子对接结果显示和厚朴酚与关键靶点的结合能力稳定,亲和力较强。细胞实验验证发现和厚朴酚显著抑制LoVo细胞生长,IC50为40....  相似文献   

5.
目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨参芪复方治疗糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)的分子机制。方法 首先运用TCMSP数据库获得参芪复方的活性成分及对应靶点;从OMIM、DrugBank、TTD、GeneCards数据库中筛选获得DKD的相关靶点。接着将参芪复方活性成分靶点和疾病靶点取交集,得到交集靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”(D-A-T)网络图。然后将交集靶点上传至String平台进行PPI网络分析,并挖掘网络中核心靶点;采用Metascape平台分析对交集靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。最后,运用AutoDock Vina 1.1.2对参芪复方的核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 研究发现参芪复方通过槲皮素、山柰酚、木樨草素等核心成分作用于AKT1、IL6、MAPK1、VEGFA等核心靶点,调节糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、胰岛素抵抗、松弛素信号通路,并且参与了对有毒物质的反应、对受伤的反应、细胞迁移的正向调节等生物学过程以调控DKD。分子对接结果表明参芪...  相似文献   

6.
目的 通过生物信息学分析筛选橘皮素治疗结直肠癌(CRC)的mRNA核心基因并利用生存分析方法验证mR-NA核心基因对CRC的预测效果.方法 使用DMSO溶剂和橘皮素处理CRC的HCT116细胞48 h后进行RNA测序.将测序结果进行预处理和差异表达分析.从差异表达基因中筛选lncRNA关键基因,建立相应的lncRNA-...  相似文献   

7.
目的 通过网络药理和分子对接方法,探究半枝莲治疗恶性胸腔积液(malignant pleural effusion,MPE)的作用机制。方法 利用IBW SPSS Modeler 18.0软件对绍兴第二医院中医科门诊治疗MPE处方信息进行数据挖掘,使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选半枝莲有效活性成分,利用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库获取MPE疾病靶点,通过Cytoscape3.9.1软件构建“中药-成分-靶点”网络图。利用DAVID在线平台生成基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析图和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析图。使用PyMol和AutoDock vina软件将半枝莲有效活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果 半枝莲治疗MPE的主要活性成分有18种,其中黄芩黄酮、3-甲基鼠李素、荠苧黄酮、黄芩素、木犀草素等为主要活性成分,EGFR、AKT1、HIF1A、SRC等为核心靶点蛋白。结论 半枝莲通过多成分、多靶点作用于MPE,为进一步研发M...  相似文献   

8.
目的:利用网络药理学和分子对接的方法初步探究紫龙金片主要成分治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的可能分子机制。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中检索并提取紫龙金片主要成分(黄芪、当归、龙葵、丹参、半枝莲和郁金)的有效活性成分及相关作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET以及OMIM数据库筛选出NSCLC相关基因作为疾病靶点。将有效成分靶点与疾病靶点取交集,运用STRING数据库构建疾病和药物共同靶点的蛋白-蛋白相互作用网络,使用Cytoscape 3.9.0软件CytoNCA插件筛选并明确紫龙金片主要成分治疗NSCLC的关键作用靶点。利用“clusterProfiler”R包对核心靶点基因进行GO和KEGG富集分析,并构建成分-靶点-通路网络图。最后对核心靶点及其相应成分进行分子对接验证。结果:通过筛选得到的药物有效活性成分175个,作用于860个靶点。药物靶点与疾病靶点的交集靶点共800个。通过Cytoscape 3.9.0软件蛋白互作网络的拓扑分析确定SRC、RELA、ESR1、HSP90AA1、EP300、STAT3、PIK3R1、AR、CREBBP、EGFR、...  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学的方法研究华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制,并采用分子对接实验进行验证。方法:通过Pubmed,Embase和CNKI数据库筛选华蟾素注射液成分,通过Swiss Target Prediction和STITCH数据库筛选成分靶点;通过TCGA数据库数据,运用R软件进行结直肠癌差异表达基因分析;华蟾素注射液靶基因与结直肠癌差异表达基因取交集后进行GO、KEGG、PPI分析,并运用Cytoscape 3.6软件筛选Hub基因; Auto Dock Vina用于分子对接验证。结果:共获得华蟾素注射液23个成分,共筛选413个靶基因;通过生物信息学方法获得TCGA结直肠癌数据差异表达基因5 672个;取交集后共获得75个基因。KEGG通路主要富集在“癌性通路”等; Hub基因包括SRC、STAT3、SIRT1、PTGS2、CDK4、PTK2、ITGB1、CDK2、ITGB2和PTGER4。分子对接实验证实所有Hub基因均与成分存在较低的分子对接能。结论:基于网络药理学和分子对接实验初步证明华蟾素注射液通过多靶点、多途径、多通路在结直肠癌的治疗中发挥重要作用,为临床中华蟾素...  相似文献   

11.
目的 探讨ANP32A基因下调对结直肠癌细胞侵袭迁移的作用与AKT 信号通路活性的相关性。方法 采用慢病毒转染技术构建结直肠癌细胞 HCT116和SW480 sh-NC和 sh-ANP32A的稳定细胞株,MTT检测24、48及72 h时ANP32A敲低对细胞增殖的影响,Western blot检测ANP32A敲低对 AKT的活性的影响;应用AKT的激活剂(SC79)和抑制剂(MK2206)干预HCT116及 SW480 细胞,MTT 检测 24、48、72 及 96 h 时 SC79 和 MK2206 对结直肠癌细胞增殖的影响,Transwell 小室观察 SC79 和MK2206对结直肠癌细胞侵袭迁移的作用;然后用SC79和MK2206干预上述两种结直肠癌细胞的sh-NC 和 sh-ANP32A稳定细胞株,将每种细胞分为 sh-NC 对照组,sh-NC SC79,sh-NC MK2206,sh-ANP32A 对照组,sh-ANP32A SC79,sh-ANP32AMK2206 六个组,细胞划痕分析细胞迁移能力,Transwell 小室分析细胞侵袭能力,WB 检测SC79和MK2206对shANP32A细胞侵袭迁移相关因子metadherin(MTDH)的影响。结果 与对照组(sh-NC)相比,24、48及72 h检测的sh-ANP32A组结直肠癌细胞的增殖活力均被明显抑制(P<0.01),同时 ANP32A 的下调能抑制 HCT116 和 SW480 细胞内 AKT 的活性(P<0.01);AKT抑制剂MK2206能抑制大肠癌细胞的增殖及侵袭迁移(P<0.05),而AKT激活剂SC79 虽然对细胞增殖影响较小,但是能显著促进大肠癌的侵袭转移(P<0.01);在ANP32A下调的细胞中,与sh-ANP32A对照组相比,AKT抑制剂MK2206能加强ANP32A下调对结直肠癌细胞增殖和侵袭的抑制作用(P<0.05),同时增强ANP32A表达下调对MTDH表达的抑制作用,AKT激活剂SC79能部分恢复大肠癌细胞因ANP32A下调导致的侵袭迁移抑制(P<0.01),且减弱ANP32A表达下调对MTDH表达的抑制作用。结论 ANP32A表达下调抑制结直肠癌细胞的侵袭迁移作用可能与AKT 信号通路活性抑制有关。  相似文献   

12.
  目的  探究小檗碱通过自噬依赖性凋亡发挥抗结直肠功效的潜在作用机制。  方法  使用HCT116细胞和移植瘤模型小鼠进行小檗碱抗肿瘤药效和可能作用机制的研究。体外研究中, 通过利用CCK8实验评价小檗碱对结直肠癌细胞活力的影响, 使用细胞克隆实验评价小檗碱对结直肠癌细胞增殖的影响, 同时借助流式细胞术和TUNEL染色法对小檗碱诱导结直肠癌细胞凋亡作用进行研究。透射电镜和mCherry-GFP-LC3B腺病毒转染细胞用于检测细胞内自噬流变化。通过对小鼠组织进行HE染色、免疫组化染色和TUNEL染色, 评价小檗碱体内抗结直肠癌作用。  结果  体外研究结果表明, 小檗碱能够抑制结直肠癌细胞活力, 诱导细胞凋亡, 同时提高细胞内LC3B水平。使用自噬抑制剂3-MA、CQ和BafA1进行干预, 自噬抑制剂能够促进HCT116细胞生长, 抵消小檗碱诱导的结直肠癌细胞凋亡作用。雷帕霉素增强小檗碱上调HCT116细胞中LC3B水平的作用, 同时Z-VAD-FMK或ATG siRNA能够废除小檗碱诱导结直肠癌细胞凋亡的作用。在体研究结果表明, 小檗碱能够降低肿瘤体积和重量, 引起肿瘤组织发生凋亡。进一步的体内作用机制研究结果表明, 小檗碱显著抑制p-mTOR表达, 同时显著上调ATG5、ATG7、cleaved-caspase3和cleaved-caspase8表达。  结论  小檗碱能够通过诱导结直肠癌细胞发生自噬, 促进其发生caspase依赖性凋亡, 进而抑制结直肠癌细胞增殖。   相似文献   

13.
目的 探讨miR-372-5p通过靶向PTEN调控PI3K/AKT/CXCL12信号通路对结直肠癌细胞迁移能力的影响及机制。方法 qRT-RCR检测miR-372-5p在结直肠癌和癌旁组织及结直肠癌细胞和正常肠上皮细胞中的表达;生物信息学和双荧光素酶实验验证miR-372-5p与PTEN的靶向关系;Western blotting检测转染inhibitor-NC/mimics-NC(miR-372-5p抑制剂/类似物的阴性对照)、miR-inhibitor(miR-372-5p抑制剂)、miR-mimics(miR-372-5p类似物)以及共转染miR-inhibitor+si-PTEN(PTEN干扰)、miR-mimics+PI3K抑制剂对PTEN、CXCL12表达和PI3K/AKT信号通路激活水平的影响;Transwell实验、划痕实验检测以上各组、共转染miR-mimics+si-CXCL12(CXCL12干扰)以及转染mimics-NC、miR-mimics后的HCT116条件培养基对细胞迁移能力的影响。结果 结直肠癌组织中miR-372-5p较癌旁组织表达升高,相对于NCM4...  相似文献   

14.
目的 探讨增加miR-502表达对大肠癌细胞功能的影响.方法 将大肠癌细胞HCT116分为实验组、对照组.实验组细胞转染miR-502 mimics,对照组未转染miR-502mimics,采用MTT方法检测miR-502对HCT116增殖的影响;平板克隆形成实验观察转染miR-502后HCT116细胞集落形成情况,Transwell实验检测miR-502对大肠癌细胞迁移和侵袭的影响.结果 MTT实验结果显示,与对照组相比,转染miR-502 mimics的HCT116第1~5天的吸光度值减低,差异有统计学意义(P<0.001).在HCT116细胞的克隆实验中,实验组和对照组间细胞集落数差异有统计学意义(P<0.001),实验组细胞集落形成数量较对照组少,集落体积明显小于对照组.Transwell实验结果显示,与对照组相比,转染miR-502 mimics后,HCT116细胞的迁移及侵袭能力明显下降(P <0.001).结论 miR-502表达上调可抑制HCT116生长、迁移及侵袭能力,miR-502有潜在抑癌作用.  相似文献   

15.
 摘要: 目的 探讨二氢青蒿素(DHA)诱导的结肠癌细胞HCT116凋亡基因差异表达。方法 利用基因芯片RT ProfilerTM PCR Array Human Apoptosis 和实时定量PCR方法对DHA组和对照组HCT116细胞的84种凋亡基因表达进行mRNA水平的检测。结果 DHA组细胞中,35种凋亡基因表达水平显著改变,TNFα、TRAILR、CASP、GADD45等促凋亡基因的表达显著上调;BCL2、AKT、BAD等抗凋亡基因表达显著下调。结论 DHA通过复杂的分子机制诱导HCT116细胞凋亡。  相似文献   

16.
目的 运用网络药理学联合分子对接探讨三物白散治疗胃癌的作用机制,通过体外细胞实验对相关靶点作初步验证.方法 利用TCMSP数据库获取三物白散的活性成分及潜在靶点;通过Genecards、OMIM、TTD数据库,收集胃癌相关的作用靶点;将三物白散潜在靶点与胃癌靶点相匹配,获得三物白散抗胃癌的作用靶点,使用STRING数据...  相似文献   

17.
目的 研究糖化终末产物(advanced glycation end products, AGEs)对人结肠癌HCT116细胞中碳水化合物反应元件结合蛋白(carbohydrate responsive element binding protein, ChREBP)表达的影响。方法 采用RT-PCR检测AGEs处理的人结肠癌HCT116细胞中ChREBP及其下游基因的表达;使用N-乙酰半胱氨酸(NAC)干预氧化应激状态;运用Western印迹法观察在HCT116细胞中AGEs诱导对ChREBP表达的影响;运用MTS比色法观察AGEs诱导对HCT116细胞增殖的影响。结果 AGEs刺激后人结肠癌HCT116细胞中转录因子ChREBP表达增加(P<0.05);细胞经抗氧化剂NAC处理后,AGEs刺激所致ChREBP表达增加和HCT116细胞增殖均被明显抑制(P<0.05)。结论 AGEs通过激活氧化应激反应来上调人结肠癌HCT116细胞中的ChREBP表达。  相似文献   

18.
目的 探讨miRNA-331对大肠癌细胞HCT116增殖、迁移和侵袭等生物学功能的影响.方法 将HCT116细胞转染miRNA-331 mimics后,通过MTT实验、克隆形成实验检测miRNA-331对大肠癌细胞增殖的影响;Transwell实验检测miRNA-331对HCT116细胞迁移和侵袭的影响.结果 转染miRNA-331 mimics的HCT116细胞在MTT实验中第1天~第5天的吸光度值与对照组相比显著减低;克隆形成实验中,转染miRNA-331 mimics后,HCT116细胞形成克隆的能力被削弱;Transwell实验显示,与阴性对照相比,转染miR-NA-331 mimics后,HCT116细胞的迁移能力明显下降.结论 miRNA-331表达上调可抑制HCT116细胞的增殖、迁移能力,表明miRNA-331有潜在的抑癌作用.  相似文献   

19.
目的: 探究粉防己碱对人结直肠癌HCT116细胞株生物功能的影响及其可能机制。方法: 采用CCK-8检测粉防己碱对HCT116细胞活力的影响及其半数抑制浓度;用不同浓度粉防己碱(0、2.5、5和10 μmol/L)处理细胞,细胞集落形成实验检测细胞增殖;流式细胞术、线粒体膜电位检测技术和Hoechst 33342细胞核染色技术检测细胞凋亡;细胞迁移实验和划痕实验检测细胞迁移能力;蛋白印迹技术检测细胞上皮间质转化标志蛋白表达水平及PI3K/AKT/NF-κB信号通路中关键分子活化程度。结果: HCT116细胞活力随粉防己碱处理浓度增加而降低,粉防己碱半数抑制浓度为9.441 μmol/L;与0 μmol/L组相比,2.5、5和10 μmol/L粉防己碱组细胞形成集落数明显减少(P均<0.05);5、10 μmol/L粉防己碱组G0/G1期细胞比例增加,S期和G2/M期细胞比例下降,凋亡细胞比例增加(P均<0.05);2.5、5、10 μmol/L粉防己碱组细胞线粒体膜电位降低,细胞核荧光增强,迁移能力降低(P均<0.05);与0 μmol/L组相比,10 μmol/L粉防己碱组细胞多呈圆形,有更多上皮细胞形态;2.5、5和10 μmol/L粉防己碱组细胞上皮标志蛋白E-钙黏蛋白表达增加,而间充质标志物N-钙黏蛋白和波形蛋白表达减少,且PI3K/AKT/NF-κB信号通路中关键分子AKT和NF κB 的磷酸化水平降低(P均<0.05)。结论: 粉防己碱可能通过抑制PI3K/AKT/NF-κB 信号途径逆转HCT116细胞上皮间质转化,进而降低细胞增殖迁移能力,诱导其凋亡。  相似文献   

20.
目的 检测结直肠癌中Wnt拮抗因子分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因的甲基化及表达状态,探讨SFRP1在结直肠癌发病中的作用.方法 选自中国医科大学盛京医院的结直肠癌组织标本及相应的癌旁组织标本各35例,利用逆转录聚合酶链反应( RT-PCR)和即时定量聚合酶链反应(real-time PCR)技术检测在结直肠癌组织和相应的癌旁组织中SFRP1的表达状态.利用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP-PCR)技术检测结直肠癌组织和相应的癌旁组织中SFRP1的甲基化状态.利用RT-PCR和Western blot技术检测结直肠癌细胞中SFRP1的表达状态.结果 SFRP1 mRNA的表达水平在结直肠癌组织中明显低于癌旁组织(P<0.01).SFRP1的甲基化频率结直肠癌组织(68.6%)明显高于癌旁组织(11.4%)( x2=21.49,P<0.01).在结肠癌细胞HCT116、SW480和SW620中SFRP1未见表达,SFRP1存在甲基化,而在HT-29中SFRP1有表达,SFRP1无甲基化.对HCT116、SW480和SW620使用去甲基化试剂5-氮杂-2'-脱氧胞苷(DAC)处理后,SFRP1出现表达.结论 SFRP1甲基化是引起SFRP1在结直肠癌中表达下调的重要原因之一.SFRP1甲基化及其所致表达下调可能在部分结直肠癌的发病过程中起重要作用.  相似文献   

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