基于网络药理学和分子对接探讨土茯苓-车前子干预尿酸性肾病作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接研究土茯苓-车前子干预尿酸性肾病的可能机制。方法 使用TCMSP数据库筛选土茯苓-车前子化学成分及作用靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选尿酸性肾病相关靶点,获取药物-疾病交集靶点,利用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络,利用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AMDock1.0软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得土茯苓活性成分15个,车前子9个,活性成分与尿酸性肾病交集靶点59个,核心靶点有IL6、TNF、PPARG、TP53等。GO功能分析得到生物过程238个,细胞组分39个,分子功能46个;KEGG通路富集分析得到84条通路,包括AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路等。分子对接结果显示,主要活性成分与核心靶点之间有较强亲和力。结论 土茯苓-车前子干预尿酸性肾病与调节肝、肾细胞相关细胞因子,激活AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路,影响肝、肾细胞生物活性有关。     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗肺纤维化的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接研究当归补血汤治疗肺纤维化的有效成分及其作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索当归补血汤的活性成分及其对应靶点,分别运用GeneCards数据库和DisGeNET数据库搜索肺纤维化相关靶点,将药物有效分成分和疾病靶点取交集得到核心靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-疾病-靶点网络,使用R语言ClusteProfiler程序包对核心靶点分别行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对KEGG通路构建药物-成分-靶点-通路图,用Autodock Vina对核心靶点和药物活性成分行分子对接验证,预测二者之间的相互作用。结果：获得当归补血汤中22种有效活性成分,115个潜在靶点,其中与肺纤维化密切相关的重要成分为β-谷甾醇和槲皮素,核心靶点BCL2、CHRM3、PLAU、HSP90AA1和PRKCA,通过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,这些核心靶点主要参与PI3K-Akt信号通路等。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的结合性。结论：系统阐述了当归补血汤治疗肺纤维化的潜在药理机制,...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于网络药理学和分子对接探讨鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学、芯片分析和分子对接方法探究鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药高通量实验和参考指南数据库（HERB）和中国知识资源总库（CNKI）收集鳖甲煎丸活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM和DrugBank数据库收集肝癌疾病靶点,取二者交集靶点作为潜在靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建鳖甲煎丸-活性成分-潜在靶点-肝癌网络和蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心成分和核心靶点,结合GEO芯片筛选核心作用靶点,与核心成分进行分子对接验证。结果 筛选得到鳖甲煎丸活性成分152个,治疗肝癌潜在靶点221个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡等生物过程,细胞核、细胞质等细胞组分,蛋白结合、酶结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能,KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素与核心作用靶点MAPK1、MYC、EGFR、FOS对接结合稳定。结论 鳖甲煎丸可能通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路,作用于MAP...     

基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...     

基于网络药理学及分子对接探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病的潜在机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease, AD）的活性成分和潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和DisGeNET数据库及查阅文献收集并获取熟地黄和山茱萸的主要化学成分、作用靶点及AD疾病的相关靶点。将疾病靶点与药物靶点取交集获得熟地黄-山茱萸药对治疗AD的潜在靶点,将这些交集靶点导入STRING数据库,建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络。利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析并提取核心靶点,利用CytoNCA插件计算度值,筛选出药对的关键成分。通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,并构建“中药-相关关键成分-关键靶点-通路”网络,然后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 筛选出熟地黄-山茱萸药对治疗AD的10个关键成分、718个药物靶点和450个疾病靶点,药物与疾病的共同靶点120个。PPI网络最终...     

基于网络药理学、分子对接及分子动力学探讨秦艽-桑枝治疗类风湿关节炎的机制

目的 通过网络药理学及分子对接、分子动力学探讨秦艽-桑枝治疗类风湿关节炎(RA)的活性成分、作用靶点及作用机制.方法 通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索秦艽、桑枝的成分及作用靶点基因;将药对的作用靶点与GeneCards数据库检索所得的疾病靶基因取交集;根据交集结果进行GO功能富集和KEGG通路分析;通过Cy...     

网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例

目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考。方法:从TCMSP数据库、Uni Prot数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络。交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点。使用Auto Dock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性。用Metascape数据库、DAVID数据库、Cytoscape软件的Glue GO插件及R语言的“cluster Profiler”程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较。结果:当归补血汤活性成分共22个,对应...     

基于网络药理学和分子对接研究白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接探索白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索白芍-防风活性成分及作用靶点;利用GeneCards、OMIM、TTD数据库检索疾病相关基因,以Uniprot数据库对相关基因标准化;运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图;用STRING数据分析蛋白相互作用(PPI);应用DAVID数据库对关键靶基因进行GO与KEGG富集分析;用AutoDock和Pymol将核心有效成分β-谷甾醇、山柰酚、汉黄芩素与关键靶标进行分子对接。结果 白芍-防风药对共筛选出33种活性成分,潜在的药物靶标108个,与UC的交集靶点54个。其中山柰酚与UC交集基因数目27个、汉黄芩素27个、β-谷甾醇11个。白芍-防风药对与UC交集的核心靶点26个,主要作用于AKT1、IL6、TP53、MAPK8等基因,涉及NF-κB信号通路、PI3K-Ak信号通路和MAPK信号通路。结论 白芍-防风可能通过山柰酚、β-谷甾醇和汉黄芩素等活性成分作用于多个炎症和免疫相关的分子靶点和信号通路治疗UC。     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于参芪地黄汤治疗膜性肾病作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

目的：基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病（MN）的作用,并阐明其机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用（PPI）网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用Bioconductor R软件进行靶点基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、表皮生长因子（EGF）、血管内皮生长因子A (VEGFA)、肿瘤蛋白P53 (TP53)和表皮生长因子受体（EGFR）;基于分子对接技术...     

基于网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制*

目的 应用网络药理学和分子对接探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 TCMSP数据库中检索葛根芩连汤的活性成分及靶点。收集DrugBank、DisGeNET、TTD数据库中溃疡性结肠炎疾病靶点。应用Pubchem、Chem3D、PyMOL进行对接配体的构建，Autodock对受体蛋白处理，利用命令符（CMD vina）进行分子对接。应用DAVID进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 葛根芩连汤作用于溃疡性结肠炎114个核心靶点，其中 MAPK3、MAPK1、STAT3、FOS、MAPK14等蛋白是重要作用靶点。橡黄素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素、黄芩素、甘草查尔酮A等是葛根芩连汤的主要活性成分，其可能作用于Cancer、PI3K-Akt、TNF、HIF-1、MAPK、Toll-like receptor、FoxO、Ras等信号通路，从而发挥抗炎、抗氧化损伤、控制细胞凋亡、抑制免疫、延缓肿瘤进展等作用。结论 葛根芩连汤可能通过多成分、多靶点网络作用于溃疡性结肠炎发挥抗炎、抗氧化损伤、延缓肿瘤进展等作用。     

基于网络药理学的黄芪-鸡血藤配伍治疗白细胞减少症作用机制研究

目的 采用网络药理学挖掘黄芪-鸡血藤药对配伍治疗白细胞减少症的作用靶点以及信号通路,探究其治疗白细胞减少症的物质基础和作用机制。方法 从TCMSP数据库收集黄芪、鸡血藤的化学活性成分,通过Genecards和CTD数据库收集白细胞减少症的靶点以及所选中药成分作用的靶点。对白细胞减少症疾病靶点以及黄芪-鸡血藤药物靶点进行映射,构建作用靶点的PPI网络模型,筛选出排名前10的Hub基因;采用Cytoscape软件建立化合物-疾病靶点的网络模型,利用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果 确定黄芪-鸡血藤药对活性化合物治疗白细胞减少症靶点网络包含19个化合物,108个靶点,关键靶点涉及PIK3CA、IL-6、TNF、IL-2、IL-10、KRAS、EGFR、CSF2、IL-3和IL-2RB。涉及的主要KEGG通路富集分析确定信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用,药物代谢,造血细胞系,JAK-STAT信号通路等。结论 黄芪-鸡血藤药对是通过调节PIK3CA、IL-6、TNF、IL-2、IL-10等基因,调控药物代谢,细胞因子-细胞因子受体相互作用,造血细胞系,JAK-STAT等信号通路,通过复杂网络模式治疗白细胞减少症。      

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

运用网络药理学与分子对接法探讨阳和汤治疗股骨头坏死的核心作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接法,探究阳和汤(Yanghe Tang,YHT)治疗股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head, ONFH)的分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)、Uniprot数据库、GeneCards数据库和DAVID数据库,探究阳和汤方中有效化合物治疗ONFH的核心化合物、核心靶点和信号通路,并将YHT核心化合物与ONFH的重要靶点HIF-1a和血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)进行分子对接。结果 通过TCMSP数据库搜索中药的化合物成分与对应靶点,依据口服吸收利用度(OB)≥30%,药物相似性(DL)≥0.18的筛选标准,去除重复值,最终检索到阳和汤方中主要活性化合物119个。靶点通过Uniprot基因校正后,得到226个靶点基因。通过GeneCards数据库共获得284个疾病靶点基因,将疾病靶点与化合物靶点交叉映射,进而获得阳和汤治疗ONFH的潜在作用靶点40个,并在STRING数据库中获得40个潜在作用靶点的PPI蛋白互作网络,通过Cytoscape 3.7.1软件对PPI网络进行拓扑分析,得到5个核心作用靶点:IL-6、TNF、TP53、VEGFA、CASP3。此外,与ONFH直接相关的重要靶点包括VEGFA、CASP3、HIF-1α、IL-6、TNF等。通过DAVID数据库,对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG功能富集分析,最终获得与骨质代谢相关作用通路有PI3K-Akt 信号通路,与免疫与炎症反应相关的通路有TNF 信号通路,与血液供应作用相关的通路为HIF-1 信号通路、VEGF 信号通路、 血管生成的正调控等。分子对接显示槲皮素与HIF-1α的结合能最低,豆甾醇与VEGFA的结合能最低,这两种分子对接方式更易发生。结论 预测YHT可通过HIF-1 信号通路、TNF 信号通路、PI3K-Akt 信号通路等途径,调控股骨头坏死进程中的免疫炎症反应、骨代谢和血液循环,达到干预和治疗ONFH的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术,研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病（Alzheimer's disease,AD）的潜在药效物质基础和作用机制,为其临床应用提供理论依据。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库检索八珍益智方8味组方药材化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库查询AD的相关靶点;利用R语言3.6.3得到药物和疾病的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接。结果 八珍益智方共收集到200个化学成分和226个靶点,Cytoscape 3.7.2软件筛选出包括AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3等37个核心靶点,槲皮素、山柰酚、柚皮苷、豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等15个核心化合物。GO富集分析得到1 331个条目（P<0.05）,KEGG通路富集得到相关通路65条（P<0.05）。分子对接结果显示15个核心化合物和AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3具有较好的亲和力。结论 八珍益智方治疗AD的通路主要涉及癌症的途径、MAPK信号通路、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等,研究结果为八珍益智方治疗AD作用机制的进一步阐明提供了指引。      

基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、中医药百科全书数据库(encyclopedia of traditional chinese medicine, ETCM)检索四神煎组方中药的主要化学成分,并结合文献进行筛选、补充;通过Pubchem有机小分子生物活性数据库检索化学成分的SMILES结构式及2D结构,经Swiss ADME数据库筛选后将符合标准的化学成分上传至Swiss Target Prediction数据库预测药物活性靶点;通过人类基因数据库(Gencards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、DrugBank数据库获取RA疾病相...     

基于网络药理学的宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎作用机制研究与初证

目的： 基于网络药理学的方法探讨宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID 19）的药效作用机制。方法： 利用TCMSP数据库查询13 味中药活性化合物及对应的靶标信息,通过Uniprot数据库得到关键靶点的基因名,采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物疾病靶点网络图,利用GeneCards数据库检索与COVID 19相关的基因,采用Venny平台筛选与COVID-19交集靶标,利用STRING数据库构建化合物靶点PPI网络图,通过DAVID数据库对靶点相关通路进行GO和KEGG富集分析,使用R软件对富集结果进行生物功能的可视化分析。结果： 宣白清肺解毒汤共筛选出活性化学成分122种,靶标638个,筛选核心靶标35个;通过GO富集分析,获得P<0.01的生物学过程共138个,包括缺乏配体的外源性凋亡信号通路、药物反应、脂多糖介导信号通路等;KEGG富集分析共得到（P<0.01）的通路有35个,共8类,其中与疾病相关的条目有结核病、乙型肝炎、美洲锥虫病等;相关的通路有癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等条目。分子对接结果显示所含活性化合物与COVID-19相关靶标（ACE2）的结合能均小于-5 kJ/mol,结合活性较高。结论： 该研究揭示了宣白清肺解毒汤治疗COVID 19潜在的活性化学成分及可能的药效作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。