m6A RNA甲基化调节因子与前列腺癌预后的关系

目的 探索N6-甲基腺嘌呤(m⁶A) RNA甲基化调节因子(以下简称m⁶A调节因子)与前列腺癌预后的关系。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载416例前列腺癌样本和80例癌旁样本的临床病理数据及其m RNA相关数据，获取METTL3、METTL14、WTAP、RBM15、ZC3H13、YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTHDF2、HNRNPC、FTO和ALKBH5共12种m⁶A调节因子。筛选出前列腺癌样本差异表达的m⁶A调节因子。对前列腺癌组织样本进行无监督聚类分组，并比较其总体生存率的差异。进行多因素Cox回归分析，根据风险评分分为高风险组和低风险组，比较2组生存率。对临床病理因素进行风险评分，构建多因素Cox回归模型，评估预后预测价值。采用免疫组织化学染色方法检测前列腺癌组织中METTL14和FTO的表达。结果 从12个m⁶A调节因子中筛选出8个差异表达的调节因子。通过无监督聚类分析将前列腺癌样本分成3组，分别为Cluster 1、Cluster 2和Cl...     

喉鳞状细胞癌m6A相关基因预后预测模型的构建及分析

目的 构建基于N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)相关基因的喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)预后预测模型。方法 从TCGA数据库下载LSCC RNA-seq数据及相关临床数据,利用R4.0.3软件筛选并提取LSCC组织中显著差异表达的m6A相关基因(P＜0.05)。利用Lasso回归算法构建预后预测模型,并根据风险评分公式计算各临床样本的风险系数,取中位数将样本分为高风险组和低风险组,然后使用Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征 (receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该模型效能,并进一步使用单因素及多因素COX回归分析对该预后预测模型进行独立预后分析。结果 LSCC组织中显著差异表达的m6A相关基因共有9个(METTL3、YTHDF1、YTHDC2、ALKBH5、HNRNPC、RBM15、WTAP、FTO和KIAA1429),在此基础之上利用Lasso回归算法构建了预后预测模型。Kaplan-Meier生存曲线显示高风险组的总体生存率明显低于低风险组,且两组的5年生存率之间比较,差异有统计学意义(P＜0.01)。ROC曲线显示该模型具有较好的敏感度和特异性(AUC>0.7)。独立预后分析显示该评分模型可作为独立预后因素(P=0.000)对LSCC患者的预后进行预测。结论 本研究构建了基于m6A相关基因的预后预测模型,且可作为独立的预后因素。     

基于TCGA数据库分析m6A调节因子甲基化修饰对肺腺癌预后的影响

目的 通过生物信息学分析探究m6A甲基化调节因子在肺腺癌中的表达及预后。方法 通过TCGA数据库下载516例肺腺癌患者的转录组数据及其临床数据,使用R软件分析比较肺腺癌组织和癌旁组织中20个m6A甲基化调节因子的表达差异,并通过单变量Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督类的方法进行m6A聚类生存分析。结果 16个m6A甲基化调节因子在肺腺癌中差异表达,其中有5个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、YTHDC2)与肿瘤分期、7个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、METTL3、YTHDF2、METTL14)与T期和2个m6A甲基化调节因子(IGF2BP3、YTHDC2)与N期显著相关。Cox回归分析结果表明6个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、HNRNPA2B1、HNRNPC、RBM15)是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素。结论 m6A甲基化调节因子与肺腺癌进展有关,6个m6A甲基化调节因子可以作为预测肺腺癌患者预后的潜...     

口腔鳞状细胞癌m6A相关差异表达基因的生物信息学分析

目的:筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)m~6A相关的差异表达基因,探寻相关信号通路,为OSCC提供候选的诊断标记物和分子治疗靶点。方法:下载TCGA数据库中OSCC数据,提取m~6A相关基因的表达。R软件筛选正常组织和肿瘤组织间的差异表达基因,对m~6A相关基因进行聚类分析与相关性分析。基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)研究差异基因的信号通路。结果:本研究筛选出8个差异表达基因(P<0.05),包括HNRNPC、KIAA1429、METTL3、METTL14、RBM15、WTAP、YTHDF1和YTHDF2,差异基因在癌组织的表达量均高于正常组织(P<0.05)。m~6A相关基因之间存在复杂的相关性。GSEA富集分析显示,差异表达基因主要参与细胞周期、碱基切除修复、同源重组和剪接体等相关信号通路。结论:HNRNPC、KIAA1429、METTL3、METTL14、RBM15、WTAP、YTHDF1与YTHDF2可作为OSCC的候选诊断标记物和分子治疗靶点。     

m6A修饰相关的长链非编码RNA 对肾透明细胞癌预后和免疫治疗的研究

目的 探究与N6-甲基腺嘌呤(m6A)相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)对肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma, ccRCC)预后和免疫治疗的特征。方法 通过TCGA数据库下载532例ccRCC患者组织和72例正常肾组织的转录组数据和临床特征数据,利用共表达和单因素COX回归分析筛选与预后和m6A相关的lncRNA。基于预后和m6A相关的lncRNA的表达进行聚类分析,分析两种聚类分型与免疫检查点程序性死亡配体1(programmed death-ligand 1, PD-L1)和细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(cytotoxic T lymphocyte-associated antigen-4, CTLA-4)表达的相关性。构建LASSO COX回归风险预后模型,验证其临床应用价值,利用ESTIMATE方法比较ccRCC肿瘤微环境的差异,免疫表观评分(immunophenoscore,IPS)预测ccRCC对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitor, ICI)的敏感度。结果 通过共表达和单因素COX回归分析筛选出29个与预后和m6A相关的lncRNA,大多数在ccRCC组织中表达上调,而COL18A1-AS1、AC007066.2和AC018752.1则表达下调。通过聚类分析将532例ccRCC组织样本分为cluster1组和cluster2组,cluster2组预后更差,PD-L1和CTLA4表达更高。利用LASSO COX回归算法确定8个与预后和m6A相关的lncRNA,建立ccRCC风险预后模型,该模型在不同临床特征中均有较好的预测价值。依据模型计算风险值将患者分为高风险组和低风险组。高风险组患者预后更差,富含更多免疫细胞成分,对ICI治疗更敏感。结论 m6A相关的lncRNA对ccRCC患者的预后预测和免疫治疗指导具有重要意义。     

m~6A甲基化修饰在消化道肿瘤中的研究进展及临床价值探讨

N6-甲基腺嘌呤(m6A)甲基化修饰是真核信使RNA(mRNA)中最常见的内部转录修饰, 为一种动态可逆的调控修饰, 调控因子包括甲基转移酶、去甲基化转移酶和m6A识别蛋白。近年来相关研究发现, m6A甲基化修饰在肿瘤的发生发展过程中发挥着重要的作用。本文就m6A甲基化修饰及其调控因子的相关概念、在消化道肿瘤中的研究进展、对预后的评估价值及治疗耐药等方面进行综述。     

SLC5A8基因甲基化与甲状腺肿瘤临床特征及预后相关性的分析

目的 探讨SLC5A8基因甲基化与甲状腺肿瘤临床病例特征及预后的关系。方法 选取甲状腺癌、甲状腺腺瘤、癌旁组织及正常甲状腺组织标本各100例,采用甲基化特异性PCR检测组织中SLC5A8基因甲基化及mRNA转录水平,了解SLC5A8基因甲基化与甲状腺肿瘤临床病理特征的关系。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并建立Cox比例风险回归模型,对术后2年复发风险进行评估。结果 甲状腺癌组织及甲状腺腺瘤组织SLC5A8基因甲基化阳性率分别为79%和66%,均显著高于癌旁组织及正常组织,差异有统计学意义(P<0.05)。SLC5A8基因甲基化与甲状腺肿瘤患者包膜侵犯、甲状腺结合球蛋白(TG)水平、胆固醇水平、术前甲状腺功能、淋巴结转移及TNM分级等因素有关,差异有统计学意义(P<0.05)。此外,SLC5A8甲基化、包膜侵犯、TG水平、淋巴结转移及TNM分级等因素为甲状腺肿瘤患者预后的影响因素。SLC5A8基因甲基化阳性患者术后2年复发率(25.67%)显著高于阴性患者(10.20%),差异有统计学意义(P<0.001)。结论 SLC5A8基因甲基化有望作为甲状腺肿瘤预后...     

FTO诱导TSG-6 mRNA去甲基化对瘢痕疙瘩的影响

目的 探讨去甲基化酶肥胖相关蛋白(FTO)调控肿瘤坏死因子-α刺激基因-6(TSG-6) mRNA去甲基化在瘢痕疙瘩组织中的表达及其在瘢痕形成中的作用。方法 选取新鲜瘢痕疙瘩组织(实验组)和正常皮肤组织(对照组),应用细胞免疫荧光方法检测TSG-6在实验组和对照组中的表达水平；构建表达TSG-6 mRNA正义和反义链探针用于RNA pulldown,随后用N~6-甲基腺嘌呤(m~6A)抗体对各组样本进行Western blot检测；应用实时荧光定量多聚核苷酸链式反应(qPCR)和Western blot检测实验组和对照组中TSG-6 mRNA去甲基化酶和甲基化酶的表达；应用细胞免疫荧光方法检测FTO在实验组和对照组的表达水平。结果 细胞免疫荧光结果显示，实验组中TSG-6表达水平低于对照组(P<0.01);生物素标记TSG-6 RNA pulldown实验结果显示，实验组中TSG-6 mRNA的m~6A表达水平低于对照组(P<0.01);qPCR实验结果显示实验组中FTO mRNA表达水平高于对照组(P<0.01);Western blot实验结果显示实验组中FTO蛋...     

FTO调控PYCR1-RNA-m^(6)A促进膀胱癌发生发展的研究进展

膀胱癌(BLCA)是泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤之一。肥胖相关蛋白(FTO)通过m^(6)A依赖性的去甲基化酶活性广泛参与脂肪形成和肿瘤的发生过程,影响了包括吡咯啉-5-羧酸还原酶(PYCR1)等多个mRNA的转录后修饰,进而导致BLCA的发生发展。本文对FTO调控PYCR1-RNA-m^(6)A促进BLCA发生发展的机制进行详细的总结综述,为后续深入阐明BLCA发生发展的分子机制和临床诊疗提供重要参考。     

肝细胞癌铜死亡相关lncRNA预后模型的构建及评估

目的 探究铜死亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者中的预后价值及其在治疗中的潜在价值。方法 从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中收集肝细胞癌的转录组数据及对应患者的临床资料。筛选癌组织与正常肝组织差异表达的铜死亡相关基因,并进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。筛选与肝细胞癌预后相关的铜死亡lncRNA,对肝细胞癌患者进行分组并比较总体生存率。采用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox回归分析建立预后风险模型。建立用于预测肝细胞癌患者总体生存率的列线图。结果 获得由5个铜死亡相关lncRNA组成的预后模型,包括:RPS6K6、SNRPEP2、PRELID2、GOT2和RTL8A。风险评...     

基于数据库LKB1突变肺腺癌DNA异常甲基化位点构建的预后风险模型

目的 构建DNA甲基化相关的肝激酶B1(LKB1)突变肺腺癌预后风险模型。方法 下载并分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中RNA和甲基化测序数据。筛选甲基化调控显著影响预后的差异表达基因,构建预后风险模型,将LKB1突变肺腺癌患者分为高风险组和低风险组,并进行相关功能学分析。结果 筛选出3个低甲基化高表达的预后相关基因并构建LKB1突变肺腺癌的预后风险模型。多因素COX回归分析表明,Risk score可作为独立预测因子(HR>2,P<0.001)。受试者工作特征曲线证实,Risk score比其他临床病理特征有更好的生存预测能力。功能分析表明,高风险LKB1突变肺腺癌患者促癌通路激活、免疫细胞浸润程度明显高于低风险患者。结论 在LKB1突变肺腺癌中发掘了3个因异常甲基化而表达失调的分子标记物,据此构建的预后风险模型可以准确筛选LKB1突变肺腺癌患者中的高风险人群,提供生存预测,为LKB1突变肺腺癌的分子机制研究及临床预后分析提供新思路。     

KIAA1456靶向调控Runx1抑制肺癌A549细胞增殖和侵袭

目的探讨KIAA1456靶向调控Runx1对非小细胞肺癌A549细胞增殖和侵袭的影响。方法采用免疫组织化学法检测91例肺癌及癌旁组织中KIAA1456表达情况,分析KIAA1456与肺癌患者临床病理特征的相关性,并进行Kaplan-Meier生存分析。用Lipofectamine法将miR-NC KIAA1456 RNAi和pCDNA3.0-HA-KIAA1456质粒转染A549细胞,MTT法和Transwell法检测细胞增殖和侵袭能力,Western blotting法检测细胞KIAA1456、Cyclin D1、Runx1和MMP-9表达。结果KIAA1456在肺癌组织中的高表达率明显低于癌旁组织(P＜0.05)；KIAA1456在不同淋巴结转移、TNM分期分层间表达有差异(P＜0.05)。KIAA1456高表达肺癌患者5年总生存率高于KIAA1456低表达者(P＜0.05)。与阴性对照组比较,KIAA1456 RNAi组A549细胞增殖率、侵袭细胞数、Cyclin D1、Runx1和MMP-9表达均增加,KIAA1456表达降低；KIAA1456质粒组A549细胞增殖率、侵袭细胞数、Cyclin D1和MMP-9表达均降低,KIAA1456和Runx1表达增加(P＜0.05)。结论KIAA1456可作为肺癌的抑癌基因,通过靶向调控Runx1表达,抑制A549细胞增殖和侵袭。     

消化系统肿瘤m6A甲基化修饰对非编码RNA调控的研究进展

m6A甲基化修饰是哺乳动物中最丰富的RNA修饰方式,是表观遗传学重要的调控方法之一,通过添加、移除或者识别结合m6A位点,参与RNA合成与代谢过程,进而调控基因的表达。非编码RNA(ncRNA)是一类缺乏编码多肽或蛋白质能力的RNA,在肿瘤的发生和发展中发挥着重要作用,是癌细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭、耐药等生物学特性的调节因子。越来越多的研究表明,m6A甲基化修饰可通过调控ncRNA参与肿瘤的发生和发展。本研究就消化系统肿瘤中m6A甲基化修饰对ncRNA表达调控的研究进展作一综述。     

RNA结合蛋白RBM45在肝癌中的表达及其临床意义

目的 探讨核糖核酸结合基序蛋白45(RNA-binding motif protein 45,RBM45)在肝癌中的表达及其临床应用价值。方法 应用癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库分析RNA结合蛋白RBM45在肝癌中的表达,并关联临床资料及病理特征进行统计学分析。运用基因富集分析软件GSEA对肝癌组织中与RBM45相关的基因进行KEGG信号通路富集分析。结果 与癌旁组织相比,肝癌组织中RBM45表达明显升高（P <0.001）,且RBM45表达水平与患者临床分期、肿瘤分级及预后均显著相关（P <0.05）,通过构建单变量和多变量COX风险回归模型分析RBM45表达与临床资料的相关性,结果表明RBM45可做为肝癌患者独立预后的危险因素（HR:2.756 95%CI:1.785-4.255,P=4.813e-06）;KEGG富集分析显示,RBM45可能与细胞周期、卵母细胞减数分裂、泛素介导的蛋白水解等信号通路密切相关。结论 RBM45在肝癌组织中高表达,且其高表达的患者预后较差;RBM45表达可作为肝癌患者预后判断的独立标志物。     

CEACAM6、miR-146b、S100A6在甲状腺癌中的表达及意义分析

目的 探讨甲状腺癌组织中癌胚抗原相关细胞黏附分子6(carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 6,CEACAM6)、miR-146b、钙结合蛋白A6(calcium-binding protein A6,S100A6)表达与临床病理特征以及预后的关系。方法 选择我院收治的行甲状腺切除手术治疗的甲状腺癌患者165例，分别取癌组织和癌旁组织，采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, RT-PCR)检测CEACAM6、miR-146b、S100A6表达。采用t检验甲状腺癌患者不同临床病理特征间CEACAM6、miR-146b、S100A6表达差异，Kaplan-Meier和Cox比例风险模型分析CEACAM6、miR-146b、S100A6表达与甲状腺癌患者预后的关系。结果 癌组织CEACAM6、miR-146b、S100A6表达高于癌旁组织(P<0.05),肿瘤直径>1 cm、低中度分化、T     

基于脂质代谢基因构建胃癌预后预测模型

目的 基于胃癌脂质代谢相关基因建立预后风险模型，评价预后风险模型与免疫浸润的关系，为胃癌预后预测提供数据支持。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和GEO数据库中筛选与胃癌预后相关的脂质代谢基因。使用LASSO回归和多因素Cox回归分析构建预后风险模型。使用Kaplan-Meier分析和ROC曲线分析验证预后风险模型的预测效能。xCell分析用于识别高低风险组的免疫状态。构建整合风险模型和临床特征的诺模图。qRT-PCR验证OSBPL1A和MOGAT1在胃癌组织中的表达水平。结果 筛选得到胃癌脂质代谢相关预后基因OSBPL1A和MOGAT1并构建预后风险模型，根据风险评分中位数将胃癌患者分为高风险组与低风险组。低风险组患者的总体生存率显著优于高风险组患者(TCGA-STAD和GSE62254,P均<0.05)。时间依赖性ROC分析表明构建的风险模型1年、3年和5年总生存率的AUC值分别为0.65、0.68、0.70和0.55、0.60、0.60(TCGA-STAD和GSE62254)。xCell分析结果显示与高风险组相比，低风险组的免疫细胞表达量显著增高(P<0.05)。整合...     

长链非编码RNA调控乳头状甲状腺癌的机制研究进展

甲状腺癌是内分泌系统最常见的恶性肿瘤之一,其中乳头状甲状腺癌(papillary thyroid cancer,PTC)是最常见的病理类型.PTC总体预后较好,但仍有少数患者出现远处转移和复发,影响总体生存率,探索新的诊断和治疗方法有助于提高患者的整体生存率及避免过度治疗.长链非编码RNA(long non-codin...     

m6A去甲基化酶在胃癌发生发展中的作用机制研究进展

胃癌是消化系统最常见的恶性肿瘤之一,多数患者发现时已处于晚期,预后不佳。外科手术及化学治疗(化疗仍是目前胃癌的主要治疗方式。N⁶-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine,m⁶A)是近年来肿瘤研究的热点。m⁶A作为真核生物中最常见的RNA修饰形式,可以调控RNA循环的各个阶段,包括RNA剪接、加工、降解和翻译等,从而调控RNA的表达和功能,在细胞分化、发育和代谢等各个环节中发挥关键作用。m⁶A去甲基化酶可去除RNA上的甲基基团,确保m⁶A甲基化是一个动态的可逆的过程。作为m⁶A甲基化过程的关键酶,m⁶A去甲基化酶——脂肪和肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)、AlkB同系物5(AlkB homolog 5,ALKBH5)、ALKBH3的失调能通过多种机制调控胃癌的演进过程,与胃癌的发生发展密切相关。m⁶A去甲基化酶通过...     

SLC5A8 CpG岛甲基化与肝癌临床病理特征及预后的关系

目的：探讨SLC5A8 CpG岛甲基化与肝细胞肝癌临床病理特征及预后的关系。方法：采用甲基化特异性PCR检测85例肝癌组织及癌旁组织中SLC5A8 CpG岛甲基化情况,分析SLC5A8 CpG岛甲基化与肝癌临床病理特征的关系,比较SLC5A8 CpG岛甲基化与未甲基化肝癌患者术后5年生存率,分析肝癌患者预后的影响因素。结果：肝癌组织SLC5A8 CpG岛甲基化阳性率为61.2%,高于癌旁组织的36.5%,差异有统计学意义（P<0.05）。SLC5A8 CpG岛甲基化与肝癌肿瘤直径、组织分化、TNM分期及血清AFP有关,差异均有统计学意义（P<0.05）,而与年龄、性别、HBsAg是否阳性无关,差异均无统计意义（P<0.05）。SLC5A8 CpG岛甲基化组患者5年生存率26.2%,低于阴性组的49.1%,差异有统计学意义（P<0.05）。结论：SLC5A8 CpG岛甲基化在肝癌发生、发展中扮演重要角色,可作为判断肝癌患者预后的独立预测因子。     

头颈部鳞状细胞癌临床预后模型中SERPINE1及SLC20A1的作用

目的构建一个TGF-β基因相关通路的风险评分模型,探讨该模型对头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者预后的预测价值。方法从美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载TCGA-HNSC队列作为训练组,GEO数据库中下载GSE41613作为测试组,筛选出训练组中肿瘤组织与正常组织间的差异表达基因,随后采用单因素和多因素Cox回归分析确定影响HNSC患者生存的TGF-β通路相关基因(TRGs),并构建预后风险模型。通过风险生存曲线、受试者工作特征(ROC)曲线及生存状态图对模型进行评价,并对风险评分进行独立预后分析。整合风险评分及其他临床预测指标绘制列线图以评估患者预后。利用R软件对训练组中高、低风险组患者进行基因突变频率分析及免疫微环境特征分析。结果从训练组中初步筛选出6个差异表达的TRGs,通过Cox回归分析筛选出2个与预后相关的基因:纤溶酶原激活物抑制因子-1(SERPINE1)及磷酸盐转运蛋白-1(SLC20A1)。在训练组和测试组中高低风险组生存差异均有统计学意义(均P<0.05),ROC曲线显示该风险评分可靠,可作为独立预后因子。高风险组和低风险组HNSC具有完全不同的集群特征、基因突变频率及免疫细胞浸润。结论基于SERPINE1和SLC20A1构建的模型可较好地预测HNSC患者的预后,高风险组的HNSC在生物学表型、基因突变频率及肿瘤免疫浸润等方面均与低风险组有差异。