基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选

目的 利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性（wet age-related macular degeneration,w AMD）的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药，以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集，利用R软件limma包筛选差异基因，从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因，并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析，并通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络，再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键（Hub）基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用Coremine Medical预测靶向中药。结果 经筛选共得到差异表达基因1 874个，其中上调基因747个，下调基因1 127个。KEGG富集分析表明，差异表达基因主要富集于细胞外基...     

年龄相关性黄斑变性肝肾亏虚证与CFH Y402H、CFB R32Q基因多态性的相关性研究

目的：探讨年龄相关性黄斑变性（AMD）肝肾亏虚证与补体因子H（CFH）及补体因子B（CFB）基因多态性的相关性。方法：门诊确诊AMD肝肾亏虚证患者64例为观察组,年龄、性别与之匹配的129例无AMD及眼底疾病者作为对照组。采集外周血,提取DNA,PCR扩增后测序,检测CFH Y402H与CFB R32Q单核苷酸多态性,检测血沉（ESR）、C反应蛋白（CRP）。结果：观察组CFH Y402H基因突变人数明显多于对照组。2组等位基因C的频率分别为：观察组23.44%,对照组12.02%,观察组明显高于对照组,危险度：OR=2.241,95%CI：1.287～6.092;2组病例CFBR32Q基因突变人数没有显著性差异。2组等位基因A的频率分别为：观察组3.91%,对照组5.04%,差异无统计学意义,危险度：OR=0.766,95%CI：0.267～2.199;观察组ESR检测结果阳性人数为13（20.31%）,对照组阳性人数为9（6.98%）,2组阳性率比较差异有统计学意义;观察组CRP检测结果阳性人数为8（12.50%）,对照组阳性人数为6（4.65%）,2组阳性率比较差异有统计学意义。结论：AMD肝肾亏虚证与CFH Y402H基因变异有关,CFH Y402H基因多态性有可能作为AMD肝肾亏虚证客观辨证指标;炎症机制可能是AMD肝肾亏虚证的病机之一。     

中西医对老年性黄斑变性与精神因素关系的认识

作者从中西医两个方面对老年性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)与精神因素的关系进行了总结.国外多项研究表明精神因素与眼底疾病之间存在关系.抑郁症与AMD是否存在因果关系还不明确,研究抑郁症与AMD的关系将对抑郁的辨证治疗及引入对AMD的治疗将会有新的突破.     

年龄相关性黄斑变性的中医认识

本文从年龄相关性黄斑变性的中医命名、诊法研究、病因病机认识、辨证施治等几方面对其介绍,帮助了解中医治疗年龄相关性黄斑变性的进展。     

中西医结合治疗湿性年龄相关性黄斑变性的临床研究

目的探讨治疗湿性年龄相关性黄斑变性的有效方法。方法将90例(164眼)湿性年龄相关性黄斑变性的患者随机分为中药组30例54眼、西药组30例55眼及实验组30例54眼,分别予以中药、西药、中西药结合治疗。观察并比较3组疗效。结果实验组总有效率(67%)显著高于中药组(53%)及西药组(30%)(P<0.05),而中药组显著高于西药组(P<0.05)。结论中西医结合治疗湿性年龄相关性黄斑变性较其他方法为佳。     

中药联合经瞳孔温热疗法治疗渗出期老年性黄斑变性的疗效观察

目的观察中医药联合经瞳孔温热疗法(transpupillary thermotherapy,TTT)治疗渗出期老年性黄斑变性(exudative senile macular degeneration,ESMD)的疗效。方法对观察组患者35例(39只眼)辨证用归芍地黄汤或六君子汤加减,配合静脉滴注血塞通或复方丹参注射液,当出血和渗出减轻时予以TTT治疗。对对照组患者32例(35只眼)经辨证仅用上述中医药治疗。所有患者治疗前均通过荧光素眼底血管造影(FFA)检查确诊及明确黄斑部脉络膜新生血管膜(choroidal neovascularization,CNV)部位。治疗1月后复查FFA判断新生血管消退情况,随访时间半年。结果统计学显示观察组疗效较对照组好。疗效与病程的关系比较,两组均显示病程小于3个月的患者疗效好于病程大于3个月者。两组患者治疗2月时视力改善情况接近,差异无显著性。半年内复发率对照组明显高于观察组,差异有显著性。结论中医药对ESMD出血、水肿和渗出的吸收有促进作用,TTT对CNV消退有效,这是减少ESMD复发的治疗关键。     

非特异性间质性肺炎关键基因与免疫细胞浸润分析及中药预测

目的 探寻非特异性间质性肺炎相关的关键基因、发病机制、免疫细胞浸润水平和潜在治疗中药。方法 从GEO数据库获取基因芯片GSE110147，利用R语言“limma”等相关拓展包筛选差异表达基因，通过STRING和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络图，并筛选出关键基因。关键基因通过基因芯片GSE101286进行验证后，利用R语言“clusterProfiler”等拓展包及Cytoscape软件中的GlueGO插件进基因本体（gene ontology，GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分析，再基于CIBERSORT反卷积算法分析免疫细胞浸润模式。最后将关键基因导入Coremine Medical数据库中进行相关中药预测。结果 共筛选出407个差异基因和15个关键基因。GO分析显示，非特异性间质性肺炎与剪切体、翻译过程高度相关；KEGG富集结果显示非特异性间质性肺炎与RNA剪接体通路、内质网蛋白质加工通路联系最为密切。免疫细胞浸润分析显示非特异性间质性肺炎患者组织内静息的CD4⁺记忆T细胞、嗜酸性粒细胞等浸润水平较高，而CD8⁺T细胞、浆细胞、活化NK细胞和M1巨噬细胞浸润水平较低。通过关键基因筛选到18味中药，其中雷公藤和茯苓有较大治疗潜力。结论 通过生物信息学方法，筛选非特异性间质性肺炎的关键基因，明确了潜在治疗中药，为非特异性间质性肺炎发病机制、治疗新靶点研究及新药研发提供新的方向。     

靶向铜死亡相关基因治疗类风湿关节炎生物信息学分析及干预中药的预测

目的 探索铜死亡相关基因在类风湿关节炎（rheumatoid arthritis,RA）中的表达及其作用机制,并筛选通过靶向铜死亡基因治疗RA的潜在中药。方法 通过检索GEO数据库获得RA芯片数据,分析铜死亡基因在RA中表达水平;依据铜死亡基因表达情况构建高表达亚型和低表达亚型,并进行差异分析,筛选出与RA相关的铜死亡基因。按不同分组对基因表达矩阵进行免疫浸润分析,并分析免疫浸润细胞与铜死亡基因之间的相关性。利用Kobas在线工具对差异基因进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。通过Herb数据库检索靶向铜死亡基因治疗RA的潜在中药及其有效成分,使用Autodock vina软件模拟药物与铜死亡靶蛋白结合活性。通过收集临床样本验证铜死亡相关基因在RA中表达水平。结果 FDX1、DLD、DLAT、LIAS、GLS、LIPT1和PDHB 7个铜死亡相关基因在RA中差异表达。免疫浸润分析结果显示,在RA中活化的记忆CD4⁺ T细胞、静息自然杀伤（natural killer,NK）细胞和中性粒细胞与铜死亡相关。富集分析结果显示,铜死亡主要与趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、白细胞介素-17（interleukin-17,IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、核因子-κB信号通路、p53信号通路和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路相关。虎杖叶可能是靶向铜死亡基因治疗RA的潜在中药。分子对接结果显示,虎杖叶有效成分均有与铜死亡靶蛋白结合的可能。DLD、GLS、FDX1、DLAT在RA患者外周血单个核细胞中mRNA表达水平升高。结论 铜死亡相关基因表达水平与RA病程进展相关,并预测虎杖叶是潜在靶向铜死亡基因治疗RA的药物,为RA的临床诊疗及药物开发提供了新的方向和理论基础。     

子宫颈癌关键生物标记物的生物信息学探索及对中药抗肿瘤治疗的启示

目的:从生物信息学角度探索与子宫颈癌(CC)相关的生物标记物,为早期诊断提供依据;同时为中医药治疗提供生物信息学证据并为中药治疗的靶点探索提供方向.方法:从基因表达综合数据库(GEO)中检索和下载CC微阵列数据集,鉴定差异表达基因(DEGs).采用STRING数据库构建宫颈癌DEGs蛋白-蛋白相互作用网络图(PPI网络...     

皮肤黑色素瘤差异表达基因的生物信息学分析及调控中药预测

目的 通过生物信息学技术分析皮肤黑色素瘤患者皮肤组织与非癌皮肤组织的基因表达微阵列数据,筛选出皮肤黑色素瘤的差异表达基因,预测可用于诊断和治疗皮肤黑色素瘤的生物标志物及潜在中药。方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）提取GSE3189、GSE114445、GSE46517基因芯片,使用GEO2R工具筛选差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析;使用String数据库构蛋白-蛋白互作网络,应用Cytoscape软件及其插件筛选PPI网络中关键基因,应用GSCA数据库进行关键基因的突变分析。通过Gepia 2.0数据库结合癌症基因组图谱数据集（Cancer Genome Atlas,TCGA）对关键基因进行生存分析。根据度（degree）值和生存分析结果综合筛选出核心基因（集）,应用GSCA数据库对核心基因（集）进行泛癌分析和免疫浸润分析,并使用TIMER 2.0数据库对核心基因分别进行免疫浸润分析。使用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的潜在中药。结果 共筛选出DEGs 114个,其中上调基因36个,下调基因78个。上调DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、Toll样受体信号等通路,下调DEGs主要富集在细胞黏附、细胞增殖的正调控等方面。15个关键基因为EGFR、KPNA2、GATA3、AURKA、TYMS、PKP1、SPP1、MMP1、KLF4、EPCAM、KIF23、DTL、CLDN1、LCP2、FGFR2,其中共3个基因KPNA2、AURKA、DTL被视为核心基因（集）。潜在治疗中药有丹参、人参、构皮、高良姜、甘草、蓖麻子、油桐叶等。结论 皮肤黑色素瘤中关键基因的突变以FGFR2的错义突变为主,突变方式多为胞嘧啶（C）向胸腺嘧啶（T）的转换。EGFR、KPNA2、GATA3、AURKA、PKP1、DTL、LCP2对皮肤黑色素瘤的生存预后存在显著影响。核心基因集在多种癌症中显著上调,并与自然调节性T细胞（natural regulatory T-cells,nTreg）细胞、树突状细胞、单核细胞等免疫细胞的浸润有关。潜在调控中药包括补虚药、清热解毒药、拔毒生肌药、消肿拔毒药、温里药、健脾利湿药、利水渗湿药、活血化瘀药、安神药9类,在相关古籍中存在对应的中医内外治经验记载,其中药活性成分亦被证明对皮肤黑色素瘤存在一定的调控和抑制作用。     

胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究

目的 通过生物信息学方法分析与胃癌发病密切相关的基因调控网络,探讨其在胃癌预后中的价值,并进一步挖掘靶向治疗胃癌的中药活性成分。方法 通过GEO数据库获取GSE103236胃癌芯片数据,对芯片数据进行均一化处理,分析胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）;应用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论（genetic ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析;通过String数据库构建DEGs蛋白交互作用网络;采用Cytohubba筛选关键基因,分析关键基因表达程度与患者的预后及免疫细胞浸润的相关性;运用CTD数据库筛选能靶向作用于关键DEGs的中药活性成分。结果 共获得45 015个胃癌组织与正常组织的DEGs,其中显著性DEGs 176个。它们与细胞周期过程调控、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen activated protein kinases,MAPK）级联调控等生物过程密切相关,集中于细胞外区域、细胞外泌体等细胞组分,主要参与胰岛素样生长因子结合、Wnt蛋白结合等细胞功能。KEGG分析发现显著性DEGs主要参与环磷酸酰胺（cyclic adenosine monophosphate,cAMP）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K/Akt）信号通路、癌症转录失调、p53信号级联等信号通路。筛选出TIMP1、SPP1、APOE、APOB、FGA、FGG、CYR61、IGFBP1、CHGB、SCG3 10个关键基因。这些基因表达异常均与免疫细胞的大范围浸润存在极高的相关性,其中TIMP1、IGFBP1、CYR61、FGG、APOE、APOB 6个关键基因的异常表达显著影响患者的生存率。进一步挖掘出桦木酸、长春新碱、丹参酮等30个可能靶向治疗胃癌的中药活性成分。结论 筛选出10个与胃癌发病密切相关的核心基因,并分析了这些核心基因与胃癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性;挖掘出30个可能用于胃癌靶向治疗的中药活性成分;研究结果可为胃癌生物标志物的筛选、胃癌的防治及预后分析提供思路和参考。