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目的:采用网络药理学方法研究牛大力治疗抑郁症的活性成分及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)与文献资料检索筛选出牛大力活性成分;运用Swiss Target Prediction预测成分靶点,并从Gene Cards数据库中预测抑郁症相关靶点;同时,采用Cytoscape 3.2.1软件构建活... 相似文献
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李玮 《浙江中西医结合杂志》2022,32(11)
目的:采用网络药理学和分子对接的方法探讨颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制。方法:通过检索TCMSP、Symmap数据库获取颐脑解郁方的活性成分,利用 TCMSP、Uniport和Symmap预测活性成分的靶点,并通过GeneCards、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库检索抑郁症疾病靶点,将其疾病靶点取交集,进而将颐脑解郁方的活性成分靶点与抑郁症的疾病靶点取交集,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),进行核心基因的GO和KEGG富集分析,并使用Pymol、AutoDock Tools软件制作分子对接。结果:共获取颐脑解郁方组方中6味植物药的活性成分72个,对应1363个目标靶点;通过CytoNCA筛选出9个关键靶点;GO富集分析得到生物学过程2624条、分子功能243条以及细胞组分116条,主要与炎症反应、以及氧化应激过程相关;KEGG富集分析得出194条显著富集的通路,主要为 IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,其功能主要涉及免疫系统调控、信号传导、内分泌系统、细胞生长与凋亡等。结论:颐脑解郁方可通过多个化合物作用于多个分子靶点发挥其对抑郁症的治疗作用,其分子机制主要涉及抑制炎症反应,减弱氧化应激等方面。 相似文献
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目的 基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的分子作用机制.方法 经TCMSP数据库检索玉屏风散所有药物的成分并进行ADME筛选得到活性成分,在Uniport数据库检索其发挥治疗作用可能的基因靶点;借助GeneCards、PharmGKB等数据库检索荨麻疹相关基因靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性... 相似文献
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目的:利用网络药理学和分子对接技术对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行初步探讨。方法:从TCMSP 及TCM Database@Taiwan 数据库中收集和分析艾迪注射液的有效化学成分,在TCMSP 和Swiss Target Prediction 网站预测作用靶点,在GeneCards、DisGeNET、OMIM 和TTD 数据库中检索鼻咽癌的相关靶点。绘制艾迪注射液治疗鼻咽癌的活性成分—靶点网络图,运用拓扑学方法筛选其核心化学成分。将二者交集靶点在STRING 数据库和Metascape 数据库分别进行蛋白质互作分析、GO 富集及KEGG 富集分析。最后运用Auto Dock软件对核心活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果:经筛选整理得到艾迪注射液有63 种活性成分和对应的852 个靶点,鼻咽癌有1989 个潜在靶点,其中二者共同靶点有308 个。应用GO 数据库功能富集分析得到310 个GO条目,应用KEGG 数据库富集筛选得到198 条有关通路,其中包含PI3K/AKT 信号通路、HIF-1α信号通路、TNF 信号通路等已报道与鼻咽癌相关的通路。分子对接结果显示,艾迪注射液的核心化学成分(quercetin、kaempferol、isorhamnetin、7-O-methylisomucronulatol 及Jaranol)对SRC、STAT3、MAPK1、PIK3R1 及RELA 蛋白具有良好的亲和力。结论:对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行了初步探索,并对其药效物质基础进行了预测,为进一步明确艾迪注射液治疗鼻咽癌的有效成分和作用机制提供依据。 相似文献
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目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT(Ser473)、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个:AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为:脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT(Ser473)、eNOS、MMP9和Caspase-3水平(P<0.01)。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。 相似文献
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目的 利用网络药理学和分子对接技术研究黄连汤治疗胰腺癌药效成分的可能靶点,为其临床应用及科研提供理论依据。方法 根据类药性及口服生物利用度,通过中药系统药理学数据库分析平台、GeneCards和OMIM数据库,筛选黄连汤治疗胰腺癌的有效活性成分预测作用靶标;采用Cytoscape 3.8.0绘制出黄连汤活性成分-胰腺癌作用靶标网络;应用STRING数据库制作靶标相互作用网络并筛选出网络核心基因;应用 KEGG 和 GO 富集分析药物与胰腺癌病变的信号通路;采用AutoDockTools和Vina软件进行分子对接。结果 本研究共筛选出药物相关靶点879个,其中黄连287个,干姜54个,艾叶236个,乌梅302个。筛选到网络核心基因16个,分别为EGFR、MYC、HIF1A、MAPK1、FOS、JUN、MAPK8、TP53、CCND1、CDKN1A、ESR1、RB1、PPARA、RELA、NR3C1、AKT1;GO生物过程包括对脂多糖的反应、对活性氧的反应、对氧化应激的反应、对营养水平的反应、对异源生物刺激的反应等;KEGG通路富集分析主要涉及丙型肝炎、胰腺癌、乙肝、膀胱癌、AGE-RAGE信号通路、前列腺癌等;分子对接发现槲皮素与TP53、CCND1和CDKN1A基因具有较好的结合性;利用CCK8法检测不同浓度黄连汤对Panc-1细胞的毒性作用,验证黄连汤对Panc-1细胞的抑制作用。结论 本研究体现了中药复方黄连汤多成分、多靶点及多途径的作用特点, 为黄连汤治疗胰腺癌作用机制提供新思路和新靶点。 相似文献
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目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究大黄素治疗骨质疏松的作用机制。方法 利用Pubchem数据库获取大黄素的化学代表结构,借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索获得大黄素的分子靶点,利用DisGenNet数据库获取骨质疏松的治疗相关靶点,利用Venny 2.1.0网站构建维恩图筛选大黄素潜在靶点与骨质疏松共有靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建“大黄素-靶点”网络图,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析大黄素治疗骨质疏松的作用机制,筛选结合能较低的靶标蛋白。结果 通过TCMSP数据库共检索到31个大黄素靶点,此外从DisGenNet中获得1084个骨质疏松作用靶点,其中共有靶点14个,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO分析与KEGG功能富集分析,大黄素可能通过调节IL-17信号通路、MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和PPAR信号通路治疗骨质疏松。结论 大黄素能通过多途径、多靶点发挥抗骨质疏松的作用,并可能通过HSP90AA1、SLC2A1、PPARG和MYC等... 相似文献
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目的:基于网络药理学探究刺山柑治疗系统性硬化症(SSC)的分子机制。方法:使用GEO、GeneCards、PharmGkb、TTD以及DrugBank数据库获取SSC靶点,查阅相关文献及SwissTargetPrediction数据库获取刺山柑主要成分及其所对应靶点,取交集获取预测靶点。登录String数据库对预测靶点进行蛋白互作分析(PPI),进一步使用Cytoscape对网络拓扑分析获取核心基因,并将核心基因与刺山柑主要成分进行分子对接验证。使用R软件对预测靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:共获取刺山柑有效成分15个及其靶点178个,SSC靶点3 171个,取交集得到预测靶点66个。拓扑分析得到PPI核心基因VEGFA、TNF、AKT1、PTGS2、MMP9等10个,GO分析涉及活性氧代谢过程、蛋白激酶B信号、炎症反应的调节、磷脂酰肌醇3-激酶信号等多项生物过程,KEGG通路分析得到PI3K-Akt信号通路、蛋白聚糖与癌症、黏着斑、Rap1信号通路等信号通路。结论:通过网络药理学方法预测刺山柑治疗SSC的分子机制,为刺山柑治疗SSC... 相似文献
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目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分... 相似文献
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目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。 相似文献
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通过网络药理学和分子对接技术研究中药复方制剂抗601合剂抗病毒抗炎的潜在作用机制。借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索抗601合剂中的黄芪、黄柏、大黄、板蓝根、金银花的化学成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.7.2建立药材-化合物-靶点(基因)网络,再通过Webgestalt行功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其抗病毒、抗炎作用机制。药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材5个、化合物100个、靶点207个。功能富集分析得到基因本体(GO)条目717个(P≤0.05),其中生物过程(BP)条目240个,细胞组成(CC)条目240个,分子功能(MF)条目237个。KEGG通路富集筛选得到209条信号通路(P≤0.05)。分子对接技术显示抗601合剂的活性成分豆甾醇、槲皮素、木犀草素、刺槐黄素、β-谷甾醇、山柰酚等与前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)靶点的亲和力较强,可能通过PTGS2靶点调控晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、IL-17信号通路、肿瘤坏死因子(TN... 相似文献
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基于网络药理学和分子对接技术探讨续断促进骨折愈合的机制 《首都医科大学学报》2022,43(2):275-283
目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。 相似文献
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<正>红景天是景天属多年生草本植物的根茎,《晶珠本草》记载红景天根茎入药有清热解毒、扶正固本之功效,而红景天苷则是红景天中的主要活性成分,现代药理学研究表明其具有多种药理学活性,包括心血管系统及神经保护、抗炎、抗氧化、抗癌、 相似文献
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目的基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗鼻咽癌的作用机制。方法利用TCMSP、GeneCards数据库获取白花蛇舌草化合物、靶点与鼻咽癌靶点。将交集靶点导入STRING数据库构建靶点蛋白互作网络,筛选关键化合物与核心靶点,并进行分子对接。将交集靶点导入DAVID平台进行GO与KEGG富集分析。结果白花蛇舌草有效化合物6个,作用于鼻咽癌靶点49个,关键化合物4个,核心靶点12个。Degree值排前5的核心靶点与4个关键化合物体现较好结合性。白花蛇舌草治疗鼻咽癌主要影响163个生物学过程、63条通路。结论白花蛇舌草可能通过4个关键化合物作用于5个核心靶点影响生物学过程,调节关键通路来发挥治疗鼻咽癌的作用。 相似文献
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目的 探究补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点、通路等药理学作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出补肾化痰方中药物的主要活性成分,使用 PubChem和Swiss Target Prediction预测活性成分相关作用靶点;应用GeneCards、OMIM筛选治疗疾病多囊卵巢综合征的作用靶点;将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点;结合STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2中的CytoNCA插件对交集靶点进行PPI分析,筛选出核心靶点;采用DAVID数据库进行基因功能GO富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock对补肾化痰方中的核心活性成分和核心靶点进行分子对接验证。以动物实验进行验证,24只SPF级雌性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为3 组:对照组[n=8,1 mg/(kg?d)生理盐水灌服35 d],模型组[n=8,1 mg/(kg?d)来曲唑溶于1%羧甲基纤维素(CMC)中,连续灌服35 d,并予高脂饲料喂养],治疗组[n=8,造模后予以1 mg/(kg?d)补肾化痰方颗粒剂溶于5%生理盐水中,连续灌服35 d]。小鼠末次给药后,取卵巢组织于-80 ℃保存,Western blot法检测小鼠卵巢组织中核心靶点和核心通路的表达。结果 补肾化痰方中14味中药共筛选出125个潜在活性成分,990个药物靶点,4759个PCOS靶点,药物与PCOS交集靶点434个;核心活性成分主要为β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素等,核心靶点主要为PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1等;GO功能富集主要包括药物反应、凋亡过程的负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等;KEGG富集通路主要包括癌症通路、HIF-1信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路等;分子对接结果显示核心活性成分β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素与核心靶点PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1均有强烈的结合能力;动物实验结果表明,补肾化痰方能明显改善多囊卵巢综合征相关症状,并下调PI3K,AKT蛋白表达,上调MAPK1蛋白表达,验证了网络药理学的部分预测结果。结论 揭示了补肾化痰方多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测并通过实验初步验证了补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的可能作用机制。 相似文献
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目的 通过网络药理学及分子对接探究益气解毒方的有效成分及其作用于原发性肝癌的主要生物过程及信号通路,阐明益气解毒方治疗原发性肝癌的作用机制。方法 通过TCMSP、Uniport、Genecards、String等数据库,以及Cytoscape3.8.2软件得出药物、疾病最终靶点基因;通过David数据库对药物-疾病共有基因做GO、KEGG富集分析;通过Pubcham、RCSB、Autoduck将药物有效成分与最终核心基因进行分子对接;通过细胞活力检测、Western blot、实时荧光定量PCR实验研究不同浓度的益气解毒方对于核心基因DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1表达的影响。结果 筛选得出8个最终核心基因:DDX5、HNRNPK、PABPC1、DHX9、RPS3A、RPS3、RPL13、NCL。GO分析显示:主要生物过程为Ephrin receptor signaling pathway、Movement of cell or subcellular component、Blood microparticle、Focal adhesion、Iron ion binding;KEGG分析显示:Ras信号通路的基因数最多。分子对接结果显示药物有效成分与最终核心基因均可以在自然条件下进行对接,其中PABPC1与Stigmasterol结合能最高。Western blot、实时荧光定量PCR实验结果显示,当含药血清浓度逐渐增大时,细胞活力逐渐受到抑制(P<0.01),HepG2中蛋白相对表达量逐渐降低(P<0.05);HepG2中蛋白的mRNA相对表达量逐渐增高(P<0.05),HepG2+10%含药血清培育48 h对HepG2 中 DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1 表达影响最明显(P<0.05)。结论 益气解毒方通过多种有效成分与 DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1的结合,调节原发性肝癌的的病毒表达,从而治疗原发性肝癌。 相似文献