单基因遗传病与拷贝数变异的研究进展

拷贝数变异(CNV)是广泛存在于人类基因组的大片段结构变异,其在遗传病发病中的作用越来越受到重视。研究发现,CNV可通过影响基因的表达量、改变基因产物的结构,甚至产生新的融合基因而参与疾病的发生和进展。单基因遗传病是研究遗传变异与疾病关系的天然模型,在单基因病家系中克隆、鉴定致病CNV对研究其致病机制有重要意义。该文主要围绕CNV与单基因病的关系进行综述,并分析CNV的主要致病机制。     

意义未明拷贝数变异在产前诊断中的研究进展

<正>产前诊断(Prenatal Diagnosis)是预防胎儿出生缺陷的主要方法,对可治性疾病选择适当时机进行治疗,避免不良后果的产生;对于不可治疗性疾病能够做到知情选择。中国每年新增约90万例的出生缺陷患儿,临床中明显的出生缺陷超过25万例,发生率约为5.6%,其中由遗传因素导致的出生缺陷约有80%,即染色体数目或结构等异常引起的疾病^[1,2]。     

25例基因拷贝数变异致罕见遗传病临床分析

目的 探讨基因拷贝数变异致罕见遗传病患儿的临床表现及基因拷贝数变异检测在罕见遗传病诊断中的价值。方法 回顾分析2013年2月至2021年2月就诊于中南大学湘雅医学院附属海口医院儿科的25例基因拷贝数变异致罕见遗传病患儿的临床表现,并将其分为染色体微缺失/微重复综合征组和单基因遗传病组,使用Fisher确切概率法统计患儿临床表型在两组出现频率的差异。结果 25例患儿中,男性12例（48.00%）,女性13例（52.00%）;平均发病年龄为（1.20±2.24）岁;起病形式不同,急性起病7例（28.00%）,慢性起病18例（72.00%）。25例患儿临床表型复杂多样,主要有12种。将其分为两组,分别为17例染色体微缺失/微重复综合征（68.00%）,8例单基因遗传病（32.00%）;“生长发育迟缓/智力低下”“面容异常”和“先天畸形”三种临床表型的差异在两组之间具有统计学意义。25例患儿中有23例（92.00%）首先行基因全外显子测序,未发现致病性点突变,进一步行基因拷贝数变异检测明确诊断;2例（8.00%）则直接行拷贝数变异检测明确诊断。结论 基因拷贝数变异致罕见遗传病大部分在婴幼儿时期...     

拷贝数变异测序在稽留流产遗传学检测中的应用

目的 探讨拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在研究早期稽留流产原因中的应用价值。方法 选取2020年1月至2021年12月在贵港市人民医院就诊的220例稽留流产患者,对其绒毛/胎儿组织进行拷贝数变异测序(CNV-Seq),分析稽留流产与染色体异常的相关性。结果 220例稽留流产标本中,成功检测215例,成功率为97.73%。结果检出染色体异常140例(65.28%),染色体正常75例(34.72%)。染色体异常中,数目异常型113例(80.71%),最为常见,其中三体型82例(58.57%),X单体型13例(9.29%),三倍体18例(12.86%)。嵌合体13例(6.05%),染色体片段缺失/重复14例(6.51%)。孕妇年龄≥35岁组发生染色体异常率为72.58%,略高于孕妇年龄<35岁组的62.09%,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论 CNV-seq对流产物的遗传学诊断具有明确的应用价值,染色体数目异常是导致早期流产最常见的原因之一,对再生育指导具有重要意义。     

OTOGL基因新变异致隐性遗传中度感音神经性耳聋的表型和基因型分析

目的:对两个中度感音神经性耳聋小家系行表型及遗传学分析,明确其致聋病因。方法:对2014年1月至2020年8月间就诊于解放军总医院的两个耳聋小家系进行表型及遗传学分析。对家系1先证者及家系2先证者父母的DNA样本行所有已知耳聋基因二代测序,并对变异位点在家系成员中进行Sanger测序验证。对已报道的耳胶样蛋白（OTOG...     

无创产前检测筛查拷贝数变异的临床应用价值探讨

目的探讨无创产前检测(NIPT)筛查拷贝数变异(CNVs)的临床应用价值。方法选择2017年5月至2019年10月,因NIPT发现染色体结构变异而选择产前诊断的孕妇共52例,利用G显带核型分析及微阵列式基因芯片杂交法(CMA)对羊水细胞进行检测,并比较三种方法的检测结果,计算阳性预测值。结果 52例羊水CMA检测结果证实CNVs 25例,其中与NIPT结果符合致病性CNVs 15例;与NIPT结果符合临床意义不明确CNVs 7例;与NIPT结果符合良性CNVs 3例。NIPT检测CNVs阳性预测值为48.1%(25/52)。13例NIPT提示CNVs片段<5 Mb的样本中有10例与CMA结果相符,其中3例异常位于引起微缺失/微重复综合征(MDs)的区域,另外39例CNVs片段≥5 Mb的样本中有15例与CMA结果相符。MDs区域的CNVs占致病性CNVs的5/15(33.3%),其中有3例片段<5 Mb(60.0%),位于MDs区域的CNVs片段的阳性预测值为5/8(62.5%)。夫妻双方备用血验证结果显示:致病性CNVs亲本来源占4/15,临床意义不明确CNVs为亲本来源...     

高通量测序技术检测早期自然流产组织染色体非整倍体及拷贝数变异的临床意义

目的 应用高通量测序技术检测早期自然流产胚胎或绒毛组织染色体数目异常及结构异常的临床意义.方法 选择2019年1月至2020年8月在空军军医大学西京医院妇产科就诊孕妇中胚胎停止发育的91例患者,主要集中在孕周为6-12周,留取流产组织,提取DNA,制备文库,高通量测序,对流产物DNA进行测序分析,得出流产物的拷贝数变异...     

代谢型谷氨酸受体7基因的拷贝数变异与精神分裂症的相关性

目的 探讨代谢型谷氨酸受体7( GRM7)基因的拷贝数变异(CNVs)与精神分裂症的相关性.方法 收集180例中国山西汉族精神分裂症患者和33名正常对照的DNA样本及资料.应用实时定量PCR方法检测位于 GRM7基因外显子2上游200 bp处和外显子8附近的CNVs.同时对实时定量PCR扩增区的基因序列进行测序.结果 相对拷贝数分析显示,在 GRM7基因外显子2上游200 bp处,1例精神分裂症患者具有双等位基因缺失,13例患者和1名正常对照具有单个等位基因缺失.测序显示 GRM7基因外显子2上游200 bp处实时定量PCR反向引物(GRM7-SV-1R)的3'末端上游第5个碱基发生了C>G变异,实时定量PCR扩增中发现的等位基因缺失均由碱基变异导致.结论 实时定量PCR结合测序可以避免PCR引物序列变异导致的假阳性缺失,是检测CNVs的有效方法.本研究 GRM7基因的CNVs与精神分裂症无相关性,提示 GRM7基因的CNVs可能不是中国汉族精神分裂症发病的主要原因,然而其潜在的罕见CNVs可能和部分精神分裂症有关,有待于进一步研究.     

基因组拷贝数变异测序联合核型分析在产前诊断中的临床应用

目的 探讨基因组拷贝数变异测序（copy number variation sequencing, CNV-seq）联合核型分析在产前诊断中的临床应用价值。方法 选取2019年1月至2021年12月赤峰市妇产医院产前诊断中心就诊的884例孕妇,根据产前诊断指征分为高龄组（n=148）、血清学筛查高风险组（n=95）、无创产前检测高风险组（n=116）、超声结构异常组（n=174）、混合组（n=351）。孕妇羊水样本采用CNV-seq检测和核型分析,比较不同方法染色体异常检出情况。结果 884例孕妇年龄23～43岁,平均（32.6±4.5）岁,孕16～32周。无创产前检测高风险组染色体异常检出率最高（30.17%）,其次为混合组（11.40%）、血清学筛查高风险组（6.32%）和超声结构异常组（5.75%）,高龄组最低（2.03%）。二者联合检出染色体异常98例,检出率为11.09%,其中CNV-seq检出率为10.63%(94/884),核型分析检出率为8.48%(75/884),两者比较差异无统计学意义（P> 0.05）。CNV-seq染色体非整倍体异常检出率为7.35%(65...     

无创产前检测胎儿染色体拷贝数变异在我国实验室的应用情况分析

目的:了解我国无创产前检测（NIPT）胎儿染色体拷贝数变异（CNVs）的总体情况、检测范围、检测试剂和临床性能。方法:国家卫生健康委临床检验中心设计NIPT检测CNVs相关调查问卷,内容包括调查实验室是否已开展NIPT检测CNVs项目以及实验室开展该项目的检测范围、试剂/平台、预期用途、筛查人群及临床性能。在2020年...     

基因组拷贝数变异测序与染色体核型分析在胎儿遗传学诊断中的比较

目的 比较基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术和染色体核型分析和在产前胎儿遗传学诊断中的应用价值.方法 收集来我院有产前诊断指征进行羊水穿刺的259例孕妇,取材后,送检染色体核型分析和CNV-seq,比较两种方法在产前诊断中的优缺点.结果 259例标本中,共诊断异常染色体核型及微缺失微重复23例,总阳性诊断率8....     

三阴乳腺癌中MYC和CSMD1基因拷贝数变异与临床病理特征的相关性

目的 在三阴乳腺癌组织中,分析MYC和CSMD1的基因拷贝数变异与患者临床病理特征的相关性。方法从肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）,获得乳腺癌的全基因组拷贝数变异数据和临床病理数据。利用GISTIC2.0软件分析肿瘤组织中全基因组拷贝数变异情况,并用IGV软件分析并可视化热点基因的拷贝数变异情况。收集整理108例三阴乳腺癌患者样品及信息,利用荧光定量PCR检测肿瘤组织中MYC和CSMD1基因拷贝数变异,并分析其与患者临床病理特征的相关性。结果全基因组拷贝数变异分析发现,在三阴乳腺癌组织中,染色体8q24.21区段扩增最为显著而8p23.2区段缺失最为显著,其中8q24.21区段的扩增热点为MYC基因,而8p23.2区段缺失热点为CSMD1基因。在TCGA的TNBC病例中,MYC基因的扩增比例为83.0%,CSMD1基因的缺失为67.1%。在江门市中心医院的TNBC病例中,MYC基因的扩增比例为88.9%,CSMD1基因的缺失为58.3%;然而,MYC的扩增或CSMD1的缺失与患者的年龄、病理类型、T分级、N分级、M分级及临床病理分期无关（P>0.05）。结论TNBC组织中有显著的MYC扩增和CSMD1缺失情况,是TNBC较为普遍的分子特征,但两者的拷贝数变异与TNBC临床病理特征无关。     

耳聋基因检测在孕前与产前诊断的应用价值

目的 探讨耳聋基因检测在孕前与产前诊断的应用价值.方法 在2018年2月到2020年5月期间选择在本院进行耳聋基因检测的孕前妇女与产前孕产妇及配偶675例作为本次的研究对象,采集所有夫妇的血液样本,通过导流杂交法检测GJB2、GJB3、SLC26A4及线粒体DNA(mtDNA)4个耳聋基因的13个基因位点的突变情况.随...     

大前庭水管综合征患者多频听觉稳态反应的特点

目的 通过对大前庭水管综合征(LVAS)患儿听觉多频稳态诱发反应(ASSR)测试分析,探讨其ASSR特点.方法 对40例(80耳)听性脑干反应(ABR)最大刺激强度95dBnHL未引出波形极重度感音神经性耳聋患儿进行ASSR测试,其中20例(40耳)为LVAS患儿,另20例(40耳)非LVAS患儿作为对照组.将两组5个频率ASSR的引出率、平均反应阈进行比较.结果 在0.25、0.5 kHz,LVAS患儿听觉多频稳态诱发反应引出率明显高于非前庭导水管扩大患儿,2个频率引出率差异有统计学意义(P＜0.01).在0.5、1 kHz,LVAS与非LVAS患儿平均反应阈强度差异有统计学意义(P＜0.05).结论 LVAS多频稳态反应的特点是低频残余听力,对0.5、1 kHz语言频段刺激较敏感.     

HLA-DQA1基因拷贝数变异与乙型肝炎病毒感染后不同转归的易感性

目的 探讨人类白细胞抗原(HLA)DQAl基因拷贝数变异(CNV)与中国汉族人群乙型肝炎病毒(HBV)感染后不同转归和疾病进展的关系.方法 采用AccuCopy CNV检测技术检测825例慢性HBV感染患者和287例急性自限性HBV感染者的HLA-DQAl基因CNV,采用χ2检验等分析HLA-DQA1 CNV与HBV感染后慢性化和疾病进展的发病风险.结果 在HBV感染后急慢性转归方面,急性自限性HBV感染组HLA-DQA1拷贝数>2的比例显著高于慢性HBV感染组(15.3% vs 6.9%,χ2=25.22,P<0.001).在慢性HBV感染后疾病进展方面,随疾病进展,HLA-DQAl基因拷贝数<2的比例在慢性乙型肝炎(CHB)组、肝硬化(LC)组和肝癌(HCC)组3组间逐渐增加,分别为10.1%,15.3%和27.9%,差异有统计学意义(χ2=25.66,P<0.001).根据E抗原分组分析显示,E抗原阳性患者组和E抗原阴性患者组HLA-DQA1 CNV的比例无显著性差异.结论 HLA-DQA1基因CNV是HBV感染慢性化的遗传易感因素,HLA-DQA1基因拷贝数减少可能是HBV感染慢性化和疾病进展的危险因素.     

不同慢性HBV感染转归间PD-1基因拷贝数变异

目的　比较不同慢性HBV感染临床结局患者外周血单个核细胞PD-1基因拷贝数。 方法　实时定量荧光PCR法检测27例健康对照者(对照组)、31例慢性HBV携带者(携带组)、19例慢性重型乙型肝炎者(重肝组)、29例乙肝相关性原发性肝癌(肝癌组)外周单个核细胞PD-1基因拷贝数。两组间率比较采用Chi-square χ2检验,相关分析采用多元logistic回归。结果　PD-1基因单拷贝在肝癌组分布明显少于携带组（6.9% VS 35.5% ）及对照组（6.9% VS 37%）,差异有统计学意义（P<0.01）,其中肝癌患者以2个基因拷贝数为主;多元logistic回归筛选出PD-1基因拷贝数、年龄、性别、HBV-DNA水平可能与慢性HBV感染转归有关。结论　不同转归慢性HBV感染者PD-1基因存在拷贝数变异。     

三阴乳腺癌中MIR892B和CDK1的基因拷贝数变异与患者恶性进展的相关性分析

目的 探讨三阴乳腺癌(TNBC)中MIR892B和CDK1的基因拷贝数变异(CNV)与患者恶性进展的相关性.方法 从癌症基因组图谱数据库(TCGA)中,获得153例TNBC患者的全基因组CNV数据和预后数据.GISTIC2.0软件分析肿瘤中全基因组CNV情况,筛选出CNV的热点基因,并与患者5年进展预后进行相关性分析....