寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

分泌/膜蛋白足寄生虫与宿主相互作用的主要分子,由于其直接暴露于宿主免疫系统及体内药物,因此是寄生虫诊断试剂、疫苗及药物作用靶标主要的候选分子,对其系统深入的研究有助于阐明寄生虫与宿主相瓦作用的分子机制.该文概述了寄生虫分泌/膜蛋白的牛物信息学特征及研究策略,并用生物信息学方法对部分寄生虫一些重婴的诊断及疫苗候选分子进行了分泌/膜篮白特征的分析.     

寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

分泌/膜蛋白足寄生虫与宿主相互作用的主要分子,由于其直接暴露于宿主免疫系统及体内药物,因此是寄生虫诊断试剂、疫苗及药物作用靶标主要的候选分子,对其系统深入的研究有助于阐明寄生虫与宿主相瓦作用的分子机制.该文概述了寄生虫分泌/膜蛋白的牛物信息学特征及研究策略,并用生物信息学方法对部分寄生虫一些重婴的诊断及疫苗候选分子进行了分泌/膜篮白特征的分析.     

寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

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寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

分泌/膜蛋白足寄生虫与宿主相互作用的主要分子,由于其直接暴露于宿主免疫系统及体内药物,因此是寄生虫诊断试剂、疫苗及药物作用靶标主要的候选分子,对其系统深入的研究有助于阐明寄生虫与宿主相瓦作用的分子机制.该文概述了寄生虫分泌/膜蛋白的牛物信息学特征及研究策略,并用生物信息学方法对部分寄生虫一些重婴的诊断及疫苗候选分子进行了分泌/膜篮白特征的分析.     

寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

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寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

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寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

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寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

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寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

分泌/膜蛋白足寄生虫与宿主相互作用的主要分子,由于其直接暴露于宿主免疫系统及体内药物,因此是寄生虫诊断试剂、疫苗及药物作用靶标主要的候选分子,对其系统深入的研究有助于阐明寄生虫与宿主相瓦作用的分子机制.该文概述了寄生虫分泌/膜蛋白的牛物信息学特征及研究策略,并用生物信息学方法对部分寄生虫一些重婴的诊断及疫苗候选分子进行了分泌/膜篮白特征的分析.     

寄生虫分泌/膜蛋白的生物信息学特征及研究策略

分泌/膜蛋白足寄生虫与宿主相互作用的主要分子,由于其直接暴露于宿主免疫系统及体内药物,因此是寄生虫诊断试剂、疫苗及药物作用靶标主要的候选分子,对其系统深入的研究有助于阐明寄生虫与宿主相瓦作用的分子机制.该文概述了寄生虫分泌/膜蛋白的牛物信息学特征及研究策略,并用生物信息学方法对部分寄生虫一些重婴的诊断及疫苗候选分子进行了分泌/膜篮白特征的分析.     

蛋白质组学技术及其在寄生虫学研究中的应用

该文介绍了蛋白质组学研究的核心技术,即蛋白质组分分离、鉴定,利用蛋白质组信息学进行结构和功能预测,以及蛋白质组学技术在寄生虫学研究中的应用和前景。     

Bovine trypanosomiasis an emerging disease in Maranhão State-Brazil

In South American countries, bovine trypanosomiasis is caused mainly by Trypanosoma vivax. Among the infected animals, bovines are considered more susceptible, and this susceptibility varies among breeds. To determine the occurrence of T. vivax in Maranh?o State, Brazil, a total of 559 cattle blood samples were collected for molecular and parasitological studies. On S?o Luís Island, no parasites were observed in the parasitological exam; however, with the polymerase chain reaction (PCR) method, three samples (1.06%) were positive. In four municipalities that compose the Pedreiras Basin, 3.39% of the animals were positive on the parasitological exam, and 6.21% of animals were positive by PCR. This finding demonstrates that PCR is more sensitive and confirms that the method is very useful in epidemiological surveys. A further interesting point is that molecular studies clearly define the differences in surface glycoproteins and antigenic variants.     

脓肿分枝杆菌硝基还原酶基因的克隆表达及生物信息学分析

目的 克隆表达脓肿分枝杆菌中的硝基还原酶（nitroreductase, Nrd）基因,并对其对应的蛋白质进行生物信息学分析。方法 利用PCR技术从脓肿分枝杆菌中扩增Nrd的全基因序列,采用原核表达系统进行体外表达。采用生物信息学方法对Nrd蛋白的理化性质、结构和功能等重要参数进行了预测和分析,对其三级结构进行了同源建模。结果 从脓肿分枝杆菌中扩增出660 bp的目的片段,体外表达获得了大小约为30 kDa的带有His标签的重组蛋白。生物信息学分析显示Nrd蛋白有219个氨基酸组成,理论分子量和等电点分别为24.38 kDa和6.52,是一种不稳定的亲水性蛋白质（不稳定系数为54.52,总平均亲水性为-0.244）;二级结构以α 螺旋、β 折叠和无规卷曲为主要构件;该蛋白的氨基酸序列与蛋白质结构数据库中3gr3蛋白A链的相似性最高为60%,以3gr3蛋白A链为模板构建了[WTBX]Nrd[WTBZ]蛋白的三维结构分子模型。结论 成功表达并纯化了脓肿分枝杆菌中的Nrd蛋白。预测结果显示该蛋白是硝基还原酶家族成员之一,这提示Nrd蛋白在脓肿分枝杆菌中可能执行还原对硝基苯甲酸的功能。     

日本血吸虫MBLAC1基因的克隆及生物信息学分析

目的 克隆日本血吸虫金属β内酰胺酶结构域蛋白1(Metallo-beta-lactamases domain-containing protein 1,MBLAC1)基因,并研究其编码蛋白的生物学特性。方法 以成虫虫体cDNA为模板,利用PCR技术扩增SjMBLAC1基因,并通过生物信息学技术分析该基因编码蛋白的结构特征。结果 SjMBLAC1扩增基因片段大小为711 bp,编码236个氨基酸,预测蛋白质分子量约为26 kD,理论等电点为4.84。该蛋白的第7~222位氨基酸为保守结构域,属于MBL超级家族;不存在跨膜结构域及信号肽;具有一个N-糖基化位点,在第186位氨基酸;二级结构中包含α-螺旋8.90%、β-折叠27.97%、无规则卷曲区域63.14%,推测SjMBLAC1蛋白具有9个优势B细胞抗原表位。结论 成功克隆了SjMBLAC1基因并对其编码蛋白进行了生物信息学分析,从而为开展该蛋白的生物学功能研究及筛选抗血吸虫病疫苗候选分子提供了基础。     

病原菌新基因功能的研究策略

随着高通量测序技术和蛋白组学技术的发展,越来越多的病原菌新基因被发现,研究病原菌新基因有助于更好的防控由该病原菌引起的疾病的传播。本文从生物信息学角度、新基因功能获得与缺失、与新基因编码产物互作蛋白的分析等方面综述了适用于病原菌新基因功能研究的策略,为基因分子生物学等相关领域提供参考。此外,本文还结合常规的新基因研究方法,将芯片技术,2D-DIGE技术渗透入病原菌新基因研究策略中,使研究者能更快捷准确的找出新基因功能研究的切入点,进而制定切实可行的新基因功能的研究方案。     

Serum glucose concentration and ACP1 genotype in healthy adult subjects

Acid phosphatase locus 1 (ACP 1 ) or cytosolic low molecular weight protein tyrosine phosphatase is a polymorphic enzyme that can hydrolyze phosphotyrosine-containing peptides of the human insulin receptor and of band 3 protein. High-activity ACP 1 may favor an increase in serum glucose concentration through a depression of insulin action and through inactivation of aldolase, phosphofructokinase, and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase induced by dephosphorylation of band 3 protein. In diabetic subjects, we have previously reported lower serum glucose concentration in subjects with low-activity ACP 1 A and AB phenotypes. We have now studied the relationship between serum glucose concentration and ACP 1 genotype in a sample of 137 healthy adult workers of our university. In males, serum glucose concentration is significantly higher in medium-high- than in low-activity ACP 1 genotypes. With advancing age in males, there is a progressive increase in glycemic differential between medium-high- and low-activity ACP 1 genotypes. The data suggest that normal variability of ACP 1 genotype influences serum glucose concentration in normal individuals. Such influence depends on sex and in males becomes more marked with advancing age.     

刚地弓形虫苹果酸脱氢酶基因编码蛋白主要特性与抗原表位的生物信息学分析

目的 用生物信息学方法分析刚地弓形虫苹果酸脱氢酶(TgMDH)基因编码蛋白的结构与抗原表位,预测该蛋白的免疫原性。方法 利用蛋白分析专家系统(ExPASy)提供的ProtParam、SOSUI、TMPRED、HNN、MotifScan和NCBI上的ORF finder、SignalP、Bcepred等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner和DNAMAN等生物信息学软件,分析并预测TgMDH蛋白的开放阅读框、理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、表面可及性、可塑性、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过CPHmodels程序预测该蛋白的三维空间结构。结果 TgMDH蛋白由316个氨基酸组成,分子式为C₁₄₉₈H₂₄₅₄N₄₀₂O₄₄₀S₂₀,分子质量单位为33 777.5,等电点为6.01,波长280 nm时的吸光度(A)值为0.364,半衰期为30 h,有9个表面可及性参数≥1.9的区域、4个亲水性参数得分≥1.9的区域、7个柔韧性参数得分≥2的区域、14个翻译后修饰位点和14个潜在抗原表位,为可溶性表达蛋白。结论 TgMDH基因编码蛋白为可溶性蛋白,有多个抗原表位,具有免疫原性,可作为弓形虫病疫苗候选抗原。     

Mechanisms of disease: The oxidative stress theory of diabetic neuropathy

Diabetic neuropathy is the most common complication of diabetes, affecting 50% of diabetic patients. Currently, the only treatment for diabetic neuropathy is glucose control and careful foot care. In this review, we discuss the idea that excess glucose overloads the electron transport chain, leading to the production of superoxides and subsequent mitochondrial and cytosolic oxidative stress. Defects in metabolic and vascular pathways intersect with oxidative stress to produce the onset and progression of nerve injury present in diabetic neuropathy. These pathways include the production of advanced glycation end products, alterations in the sorbitol, hexosamine and protein kinase C pathways and activation of poly-ADP ribose polymerase. New bioinformatics approaches can augment current research and lead to new discoveries to understand the pathogenesis of diabetic neuropathy and to identify more effective molecular therapeutic targets.     

Follow-up of Card Agglutination Trypanosomiasis Test (CATT) positive but apparently aparasitaemic individuals in Côte d'Ivoire: evidence for a complex and heterogeneous population

The aetiological diagnosis of human African trypanosomiasis (HAT) is based on the detection of the parasite, but currently available parasitological tests have low sensitivity and are hampered by fluctuating parasitaemia. The identification of seropositive individuals on whom to focus parasitological examination is based on antibody detection by means of the Card Agglutination Trypanosomiasis Test (CATT/T.b.gambiense). A complicating phenomenon is the occurrence of serologically positive but parasitologically unconfirmed results (isolated CATT positivity). This work presents a two-year longitudinal serological, parasitological and molecular follow-up of CATT-positive individuals including repeated examinations of each individual, to study the evolution over time of seropositivity at both the population and the individual levels. At the population level, the rate of seropositivity decreased during the first months of the survey, and afterwards showed remarkable stability. At the individual level, the results reveal the extreme heterogeneity of this population, with subjects showing fluctuating results, others with a short transient CATT positivity, and subjects that maintain their seropositivity over time. The stability of seropositivity and the pattern of results obtained with both immunological and parasitological examinations support the view that individual factors, such as immune response to infection, might be involved in the isolated CATT positivity phenomenon.     

细粒棘球绦虫亲环蛋白基因的克隆 重组表达和生物信息学分析

目的 克隆表达细粒棘球绦虫亲环蛋白 （EgCyP） 基因, 并对其进行生物信息学分析。方法 从细粒棘球绦虫cD? NA中扩增目的基因, 克隆入表达载体pET28a, 转化大肠埃希菌 （E.coli） BL21 （DE3）, 经异丙基?β?D硫代半乳糖苷诱导表达后, 进行SDS?PAGE和免疫印迹试验鉴定, 并对其进行生物信息学分析。 结果 重组质粒pET28a?EgCyP构建成功。SDS? PAGE和免疫印迹试验结果显示, 重组蛋白在E.coli BL21 （DE3） 中获得高效表达, 重组蛋白EgCyP分子量约为22 kDa, 可被细粒棘球绦虫感染犬血清识别。生物信息学分析显示该蛋白具有7个潜在的抗原表位。 结论 成功克隆出细粒棘球绦虫EgCyP基因并在E.coli BL21 （DE3） 中表达, 为进一步研究其免疫原性奠定了基础。