广西人群IL-22基因多态性分布特征及其与血脂的关系

目的:研究广西正常人群中白细胞介素22(IL-22)基因rs2227485C/T和rs2227491A/G位点的多态性分布特点和在不同人群间的分布差异,探讨不同基因型间常见血脂指标水平的差异。方法:采取多重单碱基延伸法(SNa Pshot)和DNA测序相结合的方法对280例广西人群IL-22基因的rs2227485C/T和rs2227491A/G位点进行基因分型检测,并用统计学方法比较各组间多态性分布的差异及不同基因型间血脂指标水平的差异。结果:rs2227485C/T存在CC、CT和TT 3种基因型,分布频率分别为17.1%、49.3%和33.6%,此位点基因型及等位基因频率在广西人群不同性别间的差异无统计学显著性(P0.05),其基因型及等位基因与国际人类基因组单体型图计划公布的意大利、北京、日本和墨西哥人群相比,差异有统计学意义(P0.05);rs2227491A/G存在AA、AG和GG 3种基因型,分布频率分别为16.1%、52.8%和31.1%,此位点基因型及等位基因频率在广西人群不同性别间的差异无统计学显著性(P0.05),基因型频率与意大利、日本和墨西哥人群之间的差异有统计学意义(P0.05),等位基因分布频率与其他4个人群相比差异均有统计学意义(P0.05)。rs2227491A/G位点3种基因型间的HDL-C和LDL-C差异有统计学意义(P0.05),其中HDL-C在AG/AA与GG组比较差异有统计学意义(P0.05),LDL-C在AG/GG和AA组比较差异有统计学意义(P0.05)。结论:IL-22基因rs2227485C/T和rs2227491A/G位点多态性在不同人群间存在着差异。rs2227491A/G多态性与血脂水平相关。     

广西壮族及汉族人群CD40配体基因rs3092923G/A和rs3092929A/C遗传多态性的研究

目的探讨CD40配体基因rs3092923G/A和rs3092929A/C多态性位点在广西壮族及汉族人群中的分布,同时比较其基因型及等位基因频率分布在不同种族人群之间以及同一种族不同性别之间存在的差异。方法采用单碱基延伸PCR的检测方法,分析201名广西汉族人和199名广西壮族人的CD40配体基因rs3092923G/A和rs3092929A/C多态性。结果在广西壮族人群中,CD40配体基因rs3092923G/A位点AA、AG与GG基因型频率和rs3092929A/C位点AA、AC与CC基因型频率均为86.4%、7.5%和6.0%,rs3092923G/A位点的A、G等位基因频率和rs3092929A/C位点的A、C等位基因频率均为90.2%、9.8%;在广西汉族人群中,CD40配体基因rs3092923G/A位点AA、AG与GG基因型频率和rs3092929A/C位点AA、AC与CC基因型频率均为93.0%、4.0%、3.0%,rs3092923G/A位点的A、G等位基因频率和rs3092929A/C位点的A、C等位基因频率均为95.0%、5.0%。将这2个多态性位点基因型分布频率在2个民族人群中比较,差异均无显著性(P均>0.05),而等位基因频率却有着显著性差异(P均<0.05)。另外,将这2个位点多态性分布频率在男女性别之间作比较,差异都没有显著性(P均>0.05)。进一步与人类基因组计划公布的4个人群相比,广西汉族人群的rs3092923G/A和rs3092929A/C 2位点基因型和等位基因频率与非洲、日本、欧洲和北京人群比较,差异都具有显著性(P均<0.05)。结论在广西地区壮族及汉族人群中存在着CD40配体基因多态性。广西汉族人群CD40配体基因多态性的分布频率同其他种族人群比较存在着显著性差异,这种差异可能是导致与CD40配体相关的疾病在不同种族人群间的临床表现以及发病率存在明显不同的原因之一。     

LncRNA-GAS5基因rs2235095G/A和rs2067079C/T单核苷酸多态性在广西人群中的分布

目的:研究广西人群lncRNA-GAS5基因rs2235095G/A和rs2067079C/T单核苷酸多态性(SNPs)的分布特征,并比较其在不同地区人群中的分布差异。方法 :采用SNPscan技术对289例广西人群rs2235095G/A和rs2067079C/T位点进行基因分型检测,并分析其基因型和等位基因频率与国际千人基因组计划数据库公布的欧洲(CEU)、日本(JPT)、尼日利亚(YRI)和中国南方汉族人群(CHS)的分布差异。结果 :rs2235095G/A位点存在GG、AG和AA3种基因型,分布频率分别为37.0%、47.4%和15.6%;rs2067079C/T位点存在CC、CT和TT3种基因型,分布频率分别为63.0%、31.5%和5.5%。2个位点的基因型和等位基因频率在广西人群不同性别间比较差异均无统计学意义。rs2235095G/A基因型和等位基因频率与国际千人基因组计划数据库公布的CEU、JPT和YRI人群比较差异均有统计学意义;rs2067079C/T基因型和等位基因频率与YRI人群比较差异均有统计学意义。结论 :广西人群lncRNA-GAS5基因rs2235095G/A和rs2067079C/T位点存在基因多态性,且其在不同人群间存在不同程度的差异。     

中国广西人群中RTN4基因遗传多态性的研究

目的:研究RTN4基因rs2920891A/C和rs17046647A/G位点多态性在广西人群中的分布特征,比较不同人群的分布差异。方法:本实验采用多重单碱基延伸PCR(SNa Pshot)和DNA测序方法,对323例广西健康体检者RTN4基因的rs2920891A/C和rs17046647A/G位点基因型进行检测,并与国际人类基因组单体型图计划(Hap Map)公布的不同人群(北京、日本、欧洲及非洲人群)RTN4基因多态性数据进行比较。结果:在广西人群中,RTN4基因rs2920891A/C位点存在AA、AC、CC基因型及A、C等位基因,其等位基因频率在男女间的分布差异有统计学意义(P0.05),基因型及等位基因频率与日本、欧洲及非洲人群比较差异均有统计学意义(P0.05);rs17046647A/G位点存在AA、AG、GG基因型和A、G等位基因,基因型及等位基因频率在男女间比较差异无统计学意义(P0.05),而与日本、欧洲及非洲人群比较差异均有统计学意义(P0.01)。结论:中国广西人群中RTN4基因的rs2920891A/C和rs17046647A/G位点多态性与其他种族间存在差异性。     

CYP2C9 1061 A/C与VKORC1-1639 G/A基因多态性对华法林应用剂量的影响

目的探讨维生素K环氧化物还原酶复合物1基因(VKORC1)-1639G/A与细胞色素P450酶2C9基因(CYP2C9)1061A/C多态性对中国汉族人华法林应用剂量的影响。方法应用PCR-RFLP方法检测129例长期口服华法林的患者VKORC1-1639G/A及CYP2C91061A/C多态性,并按基因型分组,分别比较VKORC1和CYP2C9不同基因型间平均华法林剂量。结果病例组检出VKORC1-1639AA、AG、GG型分别有96例(74.4%)、30例(23.3%)、3例(2.3%),等位基因A和G频率分别为86%、14%,CYP2C91061AA、AC、CC型分别有117例(90.7%)、11例(8.5%)、1例(0.8%),等位基因A和C频率分别为95%、5%;病例组与正常人组VKORC1-1639、CYP2C91061各基因型分布差异无统计学意义;VKORC1-1639不同基因型间患者所需华法林平均剂量AA型低于AG型,后者又要低于GG型;携带CYP2C91061C等位基因的患者(AC和CC型)华法林平均剂量要低于AA型。结论华法林应用剂量偏低可能与VKORC1-1639G→A和CYP2C91061A→C转变有关,VKORC1-1639AA型占多数可能是中国汉族人群所需华法林剂量普遍较低的重要原因。     

缺氧诱导因子-3α基因rs3764609A / G 和rs3764611T / C 单核苷酸多态性在广西人群中的分布

目的:观察缺氧诱导因子-3α(HIF3A)在广西人群中的分布特点,并比较其与其他地区人群的分布差异。方法:采用SNPscan技术检测187例广西志愿者rs3764609A/G和rs3764611T/C位点基因分型,分析其基因型和等位基因频率在不同性别和组间的分布差异。结果:rs3764609A/G位点存在3种基因型GG、AG和AA,分布频率分别为14.4.%、53.5%和32.1%;rs3764611T/C位点存在3种基因型CC、CT和TT,其分布频率分别为16.0%、47.6%和36.4%。2个位点的基因型和等位基因频率在不同性别间差异均无统计学意义(P0.05)。与人类基因组计划(HapMap)公布的欧州人(CEU)、日本人(JPT)、约鲁巴人(YRI)和北京汉族人(HCB)人群的SNP分型数据相比,广西人群rs3764609和rs3764611基因型和等位基因频率与CEU、JPT和YRI差异均有统计学意义(P0.05),与HCB相比,rs3764609基因型频率差异有统计学意义,等位基因频率差异无统计学意义(P0.05);rs3764611基因型频率差异有统计学意义,等位基因频率差异无统计学意义。结论:广西人群HIF3A基因rs3764609A/G和rs3764611T/C基因多态性在不同人群间存在不同程度差异。     

血管内皮细胞功能相关基因多态性与子痫前期的遗传易感性研究

目的探讨血管内皮细胞功能相关基因即内皮型一氧化氮合成酶(eNOS/NOS3)、血管内皮生长因子(VEGF)、胰岛素样生长因子(IGF1)基因的单核苷酸多态性(SNP)与子痫前期(PE)发病的相关性。方法选取2014年7月至2015年5月于南方医科大学附属深圳妇幼保健院分娩的汉族妇女442例,采用SNapshot技术对eNOS、VEGF、IGF基因5个位点进行检测,分析两组间基因型及等位基因频率的差异。结果 (1)深圳地区汉族妇女中暂未发现存在IGF1基因rs5742620位点、NOS3基因27bp-VNTR in intron 4位点的多态性。(2)PE组NOS3基因rs2070744位点AA基因型、A等位基因频率明显低于对照组(95.5%vs99.3%,P=0.007,OR=0.14,95%CI为0.03-0.73;97.4%vs99.7%,P=0.003,OR=0.13,95%CI为0.028-0.632)。(3)PE与对照组比较,NOS3基因rs1799983位点GG、GT、TT基因型及等位基因分布无显著差异;VEGF基因rs3025039位点GG、AG、AA基因型及等位基因分布无显著差异。结论 (1)NOS3基因rs2070744位点可能与深圳地区汉族妇女PE发生有关。(2)NOS3基因rs2070744位点AA基因型、A等位基因可能是本群体PE发病的保护因素。(3)IGF1基因rs5742620位点、NOS3基因27bp-VNTR in intron 4位点为本群体的罕见突变。     

广西人群中神经突起生长抑制因子基因rs2968795G/A和rs10496040A/C多态性分析

目的:分析神经突起生长抑制因子(Nogo)基因rs2968795G/A位点和rs10496040A/C位点在广西人群中的多态性分布特点,并比较其在不同人群间的分布差异。方法:运用多重单碱基延伸法(SNaPshot)和DNA测序法检测323例广西人群的rs2968795G/A位点和rs10496040A/C位点基因型,并用统计学方法比较2个位点的基因型及等位基因频率在男性和女性之间以及不同人群中分布差异。结果:rs2968795G/A位点存在GG、GA、AA 3种基因型,分布频率为18.9%、46.1%、35.0%。此位点基因型及等位基因频率在广西人群的男性和女性间差异无统计学意义。其基因型和等位基因与国际人类基因组单体型图计划(HapMap)公布的欧洲和非洲人群比较差异有统计学意义;rs10496040A/C存在AA、AC、CC3种基因型,分布频率为1.2%、16.4%、82.4%。此位点基因型及等位基因频率在广西人群的男女之间差异无统计学意义。基因型和等位基因频率与欧洲、非洲和日本人群间差异均有统计学意义。结论:Nogo基因rs2968795G/A位点和rs10496040A/C位点基因多态性在不同人群间存在着不同程度差异。这种差异可能对研究其多态性和相关疾病的关系在不同人群间中的差异具有指导意义。     

广西人群miR-29b-2 基因rs1474742 A / C 和rs12401619 C / G 多态性 分布特征及其与血脂的关系

目的:探讨miR-29b-2基因单核苷酸位点rs1474742A/C和rs12401619C/G多态性在我国广西人群的分布情况,比较其与其他人群的多态性差异,并统计分析不同基因型的常见血脂检测项目水平。方法:SNPscan法对291例研究对象rs1474742A/C和rs12401619C/G位点进行分型,SPSS23.0软件统计分析。结果:rs1474742A/C具有AA、AC和CC基因型,广西人群rs1474742A/C基因型和等位基因频率与千人基因组计划公布的美国人、欧洲人、日本人、意大利人和中国汉族人的差异均有统计学意义(P0.01)。rs12401619C/G具有CC、CG和GG基因型,基因型频率和等位基因频率与美国人、欧洲人、日本人、意大利人和中国汉族人相比差异均有统计学意义(P0.01)。rs1474742A/C位点AC/AA和CC在LDL-C中差异具有统计学意义(P0.05)。结论:miR-29b-2基因rs1474742A/C和rs12401619C/G位点的多态性在不同人群中差异具有统计学意义。rs1474742A/C基因型与LDL-C水平相关。     

网状蛋白4基因rs2588519 T/C和rs7582359 A/G多态性在广西人群中的分布

目的研究广西人群中网状蛋白4(RTN4)基因rs2588519 T/C及rs7582359 A/G位点多态性的分布特征,对比分析不同种族间这两个位点基因型及等位基因频率的分布差异。方法运用多重单碱基延伸技术和DNA测序方法检测323例广西健康体检者的RTN4基因rs2588519 T/C及rs7582359 A/G位点基因型,分析其基因型及等位基因频率的分布,并对比HapMap(国际人类基因组单体型图计划)公布的欧洲人、日本人、非洲人和北京人的多态性数据。结果在广西人群中,RTN4基因rs2588519 T/C位点存在CC(53.0%)、TC(38.7%)、TT(8.3%) 3种基因型;rs7582359 A/G位点存在AA(7.4%)、AG(37.5%)、GG(55.1%) 3种基因型,这两位点的基因型及等位基因频率在男女间差异无统计学意义(P0.05)。rs2588519 T/C位点基因型与非洲人群比较差异具有统计学意义(P0.05),其等位基因则与欧洲人、日本人和非洲人差异具有统计学意义(P0.05);rs7582359 A/G位点基因型及等位基因与欧洲人、非洲人比较差异均有统计学意义(P0.05)。结论 RTN4基因rs2588519 T/C及rs7582359 A/G位点多态性分布存在不同程度的种族差异。     

CYP4A11基因多态性与心肌梗死相关

目的 研究在不同性别中CYP4A11基因多态性与心肌梗死的关系.方法 166例心肌梗死患者和158例对照组,选择CYPA11基因的3个SNPs(rs9332978、rs3890011和rs1126742),应用TaqMan SNP基因分型法进行基因分型,并应用病例对照的研究方法进行相关性分析.结果 rs3890011的基因分型在心肌梗死组和对照组之间的分布存在明显差异(P＜0.05),心肌梗死组携带GG基因型(GG vs CC+ GC)高于对照组(P＜0.05),在排除吸烟、高血压、糖尿病等混杂因素后,仍存在显著性差异(95％ CI:1.138～2.432,P＜0.01).结论 CYP4A11基因的rs3890011多态性与心肌梗死相关,rs3890011的GG基因型可作为心肌梗死易感基因标记.     

AXIN2基因三个位点与先天性巨结肠的关联研究

目的 探讨AXIN2基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)rs2240308、rs8081536和rs9913621 3个位点与先天性巨结肠(Hirschspnmg disease,HSCR)的关联性.方法 对120例HSCR患者和120名正常人群外周血进行基因组DNA抽提,用PCR技术对AXe2基因3个位点(rs2240308、rs8081536和rs9913621)进行PCR扩增,PCR产物用内切酶CviJ I、Dde I和BaN I消化,将SNPs位点进行分型与分析,应用X2检验统计分析病例组和对照组等位基因频率、等位基因型频率及其患病风险;同时将PCR产物进行测序,以进一步确定基因突变位点.结果 HSCR组与对照组AXIN2 rs8081536 CC和CT基因型频率差异无统计学意义(P＞0.05);而HSCR组与对照组AXIN2 rs2240308 GG、AG和从基因型频率及A和G等位基因频率差异有统计学意义(P＜0.05),GC和从基因型及G等位基因的患病风险分别为2.091、0.846和1.703;HSCR组与对照组AXIN2 rs9913621 CC、CT和TT基因型频率及C和T等位基因频率差异有统计学意义(P＜0.05),CC和TT基因型及T等位基因的患病风险分别为0.535、1.113和1.569.测序rs2240308第301位密码子核苷酸GCA→CCA杂合突变;rs913621第199位密码子核苷酸CAC→CAG杂合突变.结论 AXIN2 rs8081536等位基因变异与HSCR的易感性无关;AXIN2 rs2240308和rs9913621与HSCR的发生可能有关联,具有GG基因型与CC基因型患HSCR的危险性相对较高.     

囊泡相关膜蛋白8基因多态性与冠状动脉粥样硬化性心脏病的相关性研究

目的 研究囊泡相关膜蛋白8(synaptobrevins/vesicle-associated membrane proteins 8,VAMP8)基因rs1010多态性在中国汉族人群中的分布及与冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的相关性.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术,对汉族185例冠心病患者及149名正常人VAMP8 rs1010基因多态性,基因型及等位基因频率分布进行研究.结果 研究人群中存在VAMP8 rs1010基因多态性,基因型符合Hardy-Weinberg平衡,冠心病患者A等位基因频率显著高于对照组(67.3%VS 53.0%,P<0.05).Logistic回归分析得出:VAMP8基因(AA+AG)基因型是冠心病的独立危险因素,(AA+AG)基因型比GG基因型的比数比为1.969,95%可信区间为1.032～3.755.结论 VAMP8 rs1010基因多态性与冠心病有关,A等位基因可能是汉族人群冠心病的遗传危险因素.     

中国北方汉族人CYP7A1基因rs2162459多态性与阿托伐他汀疗效的关系

 目的：探讨中国北方汉族人中编码胆固醇7α-羟化酶的细胞色素P-450第7家族A亚族多肽1(CYP7A1)基因rs2162459位点多态性与阿托伐他汀疗效之间的关系。方法：收集200例高脂血症患者的临床资料和血液样本,应用多重SNaPshot技术检测CYP7A1基因rs2162459位点的多态性,通过构建多种遗传模型,采用logistic回归分析基因变异与阿托伐他汀疗效的关系。结果：rs2162459位点多态性符合Hardy-Weinberg平衡,3种基因型AA、GA和GG的基线高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）浓度依次降低,分别为(1.36±0.94) mmol/L、(1.16±038) mmol/L和(1.07±0.28) mmol/L,差别有统计学意义（P<0.05）。rs2162459位点基因型以及等位基因在阿托伐他汀有效和无效两组中的分布有显著差异(均P<0.05)。经过HDL-C调脂疗效的多元logistic回归分析发现rs2162459不同基因型调节HDL-C的疗效不同,在加性模型、广义模型和显性模型中的结果分别为:OR=1.74,95%CI：1.09~2.77;OR=2.86,95%CI：1.13~7.25;OR=2.21,95%CI：1.12~4.33。结论: 基因型GG携带者基线HDL-C浓度较低,阿托伐他汀对这些患者升高HDL-C的作用显著强于AA基因型携带者。     

MTRR基因A66G多态性与子痫前期发生的相关研究

目的研究蛋氨酸合成酶还原酶(MTRR)基因A66G多态性与子痫前期发生的关系。方法采用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法对32例子痫前期,70例正常妊娠女性MTRR的A66G进行基因分析。比较上述各组基因型和等位基因频率分布有无差异。结果MTRR基因A66G突变型等位基因G频率在实验组和对照组中有显著性差异,GG基因型频率分布差异有显著性(P<0.05)。AG基因型比AA基因型发生子痫前期风险高1.98倍,GG基因型比AA基因型发生子痫前期风险高5.2倍。结论MTRR A66G基因多态性与子痫前期发生相关,AG、GG基因型增加了子痫前期的发生风险。     

Association of RIP2 gene polymorphisms and systemic lupus erythematosus in a Chinese population

The aim of this study was to investigate the association of receptor interacting protein 2 (RIP2) single-nucleotide polymorphisms (SNPs) with susceptibility to systemic lupus erythematosus (SLE) in a Chinese population. A case-control study was performed on the SNPs rs16900617 and rs16900627 in 590 Chinese SLE patients and 660 healthy controls. These SNPs were typed by TaqMan allele discrimination assays. We found a significant association of rs16900617 G allele [odds ratio (OR) = 0.54, 95% confidence interval (CI) 0.41-0.72] and rs16900627 G allele (OR = 1.28, 95% CI 1.04-1.58) with SLE. Significant differences in genotype frequency distribution were also found in SLE and control individuals (rs16900617: AG versus AA, OR = 0.59, 95% CI 0.44-0.81; GG versus AA, OR = 0.08, 95% CI 0.01-0.65; AG + GG versus AA, OR = 0.55, 95% CI 0.41-0.75; rs16900627: AG versus AA, OR = 1.51, 95% CI 1.17-1.93; AG + GG versus AA, OR = 1.43, 95% CI 1.13-1.82). Analysis of the haplotypes revealed that two haplotypes of AG and GA were also significantly associated with SLE (OR = 1.37, 95% CI 1.11-1.70; OR = 0.60, 95% CI 0.45-0.79). Our findings suggest that the RIP2 gene polymorphisms may be associated with susceptibility to SLE in the Chinese population.     

C3基因单核苷酸多态性与成人哮喘易感性的相关性研究

目的 探讨C23基因的单核苷酸多态性与华南汉族成人支气管哮喘发病的相关性.方法 应用病例对照研究,收集2006年2月至2010年2年南方医院和广东医学院附属医院确诊的汉族成人哮喘患者484例为研究对象,同期健康查体者553名为对照,应用MassARRAY-IPLEX技术和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱平台(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)对C3基因的rs10402876和rs366510位点进行基因分型.结果 在华南汉族人群中rs10402876检测到GG、GC和CC 3种基因型,rs366510检测到GG、GT和TT 3种基因型,分型成功率为98.94%.与对照组相比,哮喘组rs10402876的基因型分布(χ2=0.346,P=0.841)和等位基因分布(χ2=0.101,P=0.751)差异均无统计学意义;而rs366510的基因型分布(χ2=9.759,P=0.008;Bonferroni校正法,P=0.016)和等位基因分布(χ2=5.294,P=0.021;Bonferroni校正法,P=0.042)差异均有统计学意义.与GG+GT基因型相比,rs366510的TT基因型显著增加哮喘发生的危险性(OR=1.471,95%CI:1.125～1.923).结论 C3基因rs366510位点单苷酸多态性可能与华南汉族成人哮喘易感性有关.

Abstract：

Objective To investigate the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the complement component 3 gene (C3) and adult asthma of Hans in southern China. Methods A casecontrol study was performed. Four hundred and eighty-four adult asthma patients diagnosed in Nanfang Hospital and Affiliated Hospital of Guangdong Medical College, and 553 healthy subjects were collected from 2006 to 2010 for the study. MassARRAY-IPLEX and matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) techniques was used to determine the genotypes of the rs10402876 and rs366510 loci of C3 gene. Results Genotypes GG, GT and TT in the rs366510 locus, and genotypes GG, GT and TT in the rs10402876 locus were detected. A total of 98. 94 percent of samples were genotyped. There were no significant differences in genotype frequencies (χ2 =0. 346, P=0. 841 ) and allele frequencies (χ2 =0. 101,P=0. 751) of rs10402876 between the two groups. However, genotype and allele frequencies of the rs366510 locus were significantly different (χ2 = 9.759, P=0. 008, Bonferroni correction,P= 0. 016; χ2 = 5. 294, P= 0. 021, Bonferroni correction, P = 0. 042, respectively). Compared with genotypes GG+GT, genotype TT of rs366510 significantly increased the risk of asthma, with the odds ratio of 1. 471 (95 % confidence interval 1. 125-1. 923). Conclusion These results suggest that C3 gene could be associated with adult asthma of Han population in southern China.