Ⅱ型Cornelia de Lange综合征胎儿1例的临床表型及致病变异分析

目的探讨1例疑似Ⅱ型Cornelia de Lange综合征(CdLS2)的引产胎儿的孕期影像学表现及致病基因变异。方法以2019年9月3日于中国医科大学附属盛京医院妇产科确诊的1例CdLS2胎儿为研究对象。收集胎儿的临床资料和家族史。胎儿引产后应用全外显子组测序筛选致病变异, 用Sanger测序对其进行家系验证。结果孕33周影像学检查提示胎儿透明隔略增宽, 胼胝体显示不清, 额叶体积略小, 皮质变薄, 侧脑室融合畸形, 羊水过多, 胃泡偏小, 消化道闭锁。全外显子组测序发现胎儿携带X染色体SMC1A基因的c.2076delA(p.Lys692Asnfs*27)杂合移码变异, 其父母均未检出相同的变异。结合美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南变异判断为致病性。结论 CdLS2胎儿的遗传学病因考虑为SMC1A基因c.2076delA变异。上述结果为其父母的遗传咨询及再生育风险评估提供了依据。     

复杂先天性心脏病、多指/趾畸形综合征家系的遗传学分析

目的对1例两次超声提示胎儿复杂先天性心脏病、多指/趾的病例进行遗传学诊断,探讨其发病机制,为遗传咨询及指导生育提供依据。方法应用全外显子测序及Sanger测序验证对该家系进行遗传学诊断。结果单核苷酸多态性微阵列分析未发现致病性拷贝数变异。全外显子测序及Sanger测序验证证实胎儿携带WDPCP基因c.552_553del和c.76-2A>C复合杂合变异,分别来自其父亲和母亲。结论全外显子测序技术在产前超声异常胎儿的诊断中具有重要的临床价值,可为遗传咨询及指导生育提供依据。     

一例婴儿型多囊肾病胎儿的HNF1B基因新发变异分析CSCD

目的对一例婴儿型多囊肾病胎儿的HNF1B基因变异进行分析, 明确其致病原因。方法收集引产胎儿的新鲜组织及其父母外周静脉血样, 提取基因组DNA, 进行全外显子测序分析, 筛查出与临床表型相关的变异位点, 并通过Sanger测序进行位点验证。结果胎儿组织样本中检测到HNF1B基因的一个c.1370C>T(p.P457L) 杂合变异, 其父母为正常。该变异经检索相关数据库及文献均未见报道为新变异。结论 HNF1B基因的c.1370C>T新发杂合变异可能为婴儿型多囊肾的致病原因。本研究结果为该病的遗传咨询和临床产前诊断提供了依据。     

一例脑肌酸缺乏症Ⅰ型患者的临床特征及基因变异分析CSCD

目的明确1例脑肌酸缺乏症Ⅰ型患者的致病变异及来源。方法通过高通量测序技术筛查与患者临床表型相关的基因变异,通过Sanger测序对变异位点进行验证,并明确其亲代来源。结果高通量测序结果提示患者携带SLC6A8基因c.327delG杂合变异,Sanger测序验证结果与高通量测序一致。家系验证结果提示患者父母均未携带上述变异。结论SLC6A8基因c.327delG杂合变异是该患者的致病原因,且为新发性质。     

NPHP3基因变异导致胎儿肾囊肿伴严重羊水减少的诊断研究

目的探讨NPHP3基因变异所致胎儿期肾囊肿伴羊水减少的肾病相关纤毛病的临床特征及基因型特点。方法收集孕中期经超声发现胎儿肾囊肿伴羊水减少引产儿的DNA, 进行染色体微阵列检测和全外显子组测序, 并用Sanger测序对疑似致病性变异进行家系验证。结果胎儿于19周超声检测发现双肾囊肿伴羊水减少, 25周由于羊水极度减少而引产。染色体微阵列检测未发现异常, 全外显子组检测发现胎儿NPHP3基因存在复合杂合变异(c.1817G>A, p.W606X;c.432dupA, p.E145Rfs*18), 遗传自表型正常的父母亲。c.1817G>A已有文献报道, c.432dupA尚未见报道, 为新发现的变异。结论本研究结果拓展了NPHP3基因变异谱。由NPHP3基因变异所致胎儿期肾囊肿伴羊水减少其变异类型中往往含有剪接变异、移码变异或无义变异中的一种或两种, 其预后较差。     

一例 KAT6A基因新发变异导致的智力障碍患儿的分析

目的分析1例智力障碍、语言发育滞后患儿的遗传学病因, 并为其家系提供遗传咨询及产前诊断。方法收集患儿的临床资料, 采集患儿及其家系成员的外周血样, 提取DNA, 进行全外显子组测序, 对候选变异进行Sanger测序验证, 并对高危胎儿进行产前诊断。结果患儿主要表现为智力障碍、语言发育滞后、睑下垂、斜视、畏光、多动和脾气暴躁等。全外显子组测序结果显示患儿存在KAT6A基因c.5314dupA(p.Ser1772fs*20)致病性杂合变异, 其父母均为野生型, 诊断患儿为Arboleda-Tham综合征。另外患儿还存在AIFM1基因c.56T>G(p.Leu19Trp)半合子变异, 其母亲为杂合变异, 表型正常的外祖父为半合子变异, 可排除其致病性。高危胎儿未携带KAT6A基因c.5314dupA变异。结论 KAT6A基因c.5314dupA(Ser1772fs*20)杂合变异可能是患儿的致病原因, 基因检测为该家系的遗传咨询及产前诊断提供了依据。     

采用全外显子组高通量测序诊断Cornelia de Lange综合征一例

目的对1例Cornelia de Lange综合征患者及父母进行基因突变分析,为分子诊断与再生育指导提供依据。方法应用全外显子组捕获高通量测序对临床疑似Cd LS患儿进行致病基因突变筛查,结合患儿临床表型,筛选候选致病变异,行一代测序验证与父母验证。结果患儿携带NIPBL基因c.6935GT杂合突变,父母均无携带,为新生变异。结论 Cornelia de Lange综合征是一种罕见先天发育畸形综合征,应用全外显子组测序可快速检测已知疾病相关基因突变。本研究患儿发育异常累及下肢远端,为国内首次描述报道。研究结果为患者及家属遗传咨询提供依据。     

一例重型Cornelia de Lange综合征患者的NIPBL基因变异分析

目的分析1例重型Cornelia de Lange综合征(Cornelia de Lange syndrome,CdLS)患儿的NIPBL基因变异,明确其遗传学病因。方法提取患儿及其父母外周血中DNA物质,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,应用Sanger测序法验证变异。对可疑变异进行生物信息学预测。结果经全外显子基因组测序分析并经Sanger测序验证,发现患儿NIPBL基因第9外显子存在c.1507A>G(p.Lys503Glu)杂合错义变异,该变异为新发变异,且为未报道过的新变异。经PolyPhen-2、Mutation Taster、SIFT预测软件预测c.1507A>G(p.Lys503Glu)变异为可能有害变异,并经HomoloGene系统分析NIPBL蛋白第503位Lys在各种属间均高度保守,该位点氨基酸改变可导致编码的NIPBL原有蛋白功能发生障碍。而经过PubMed BLAST系统进一步分析发现该位点氨基酸的改变可通过影响Neuromodulin_N superfamily结构域的形成来导致NIPBL蛋白功能发生障碍的。结论NIPBL基因c.1507A>G(p.Lys503Glu)错义变异可能为该患儿罹患重型CdLS的致病原因,基因变异检测结果可以为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。     

一个L1CAM基因新变异导致的HSAS综合征的家系分析

目的对1个HSAS综合征家系L1CAM基因进行变异分析,明确该家系脑积水胎儿的致病原因,为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。方法收集孕中期经超声发现胎儿脑积水引产儿的DNA,进行全外显子测序,并用Sanger测序对疑似致病变异进行家系验证。结果胎儿L1CAM基因(OMIM*308840)存在c.620A>G(p.Tyr207Cys)半合子变异,胎儿姐姐与母亲携带c.620A>G(p.Tyr207Cys)杂合变异,其父亲、外祖父母、舅舅该位点均为野生型。依据美国医学遗传学与基因组学学会变异分类标准与指南,该变异为可能致病变异(PM1+PM2+PP3+PP4)。结论L1CAM基因的c.620A>G半合子变异很可能是该家系胎儿的致病原因。     

一个遗传性牙本质发育不全Ⅱ型家系的临床及遗传学分析

目的探讨一个遗传性牙本质发育不全(dentinogenesis imperfecta, DGI)Ⅱ型家系的临床表型和遗传学特点, 明确其致病原因, 并为遗传咨询提供依据。方法收集先证者及其家系成员的临床资料, 采集外周血样, 提取全基因组DNA, 通过全外显子组测序检测潜在的致病变异位点。结果该家系患病成员表现为患牙呈琥珀色半透明状、球状牙冠、牙颈短缩、牙齿磨耗、髓腔及根管闭锁, 与DGI-Ⅱ型相符, 其牙本质涎磷蛋白(dentin sialophosphoprotein, DSPP)基因第5外显子均存在c.2837delA(p.Asp946Valfs*368)杂合移码变异, 未见文献报道和数据库收录, 根据美国医学遗传学与基因组学学会指南评级为疑似致病变异(PVS1_Strong+PM2)。结论 DSPP基因第5外显子c.2837delA(p.Asp946Valfs*368)杂合移码变异可能是该家系的致病原因。上述发现丰富了DSPP基因的变异谱, 为该家系的分子诊断和遗传咨询提供了依据。     

1例COL2A1基因新发变异致胎儿短肢畸形的遗传学分析

目的 对1例超声提示短肢畸形的引产胎儿进行基因测序分析,明确其遗传学病因。方法 提取引产胎儿肌肉组织基因组DNA,进行全基因组拷贝数变异检测和全外显子组测序分析,对检测到的可疑位点用Sanger测序进行验证,根据基于ACMG/AMP和ClinGen框架的遗传变异解读规则判断致病性。结果 引产胎儿的COL2A1基因存在c.3604＿3606del杂合变异,父母均为野生型,该变异为新发变异,判定为“可疑致病”。结论 COL2A1基因的c.3604＿3606del杂合变异为与胎儿短肢畸形相关的全新突变,该变异丰富了COL2A1基因变异谱。     

一个先天性小眼畸形家系的全外显子组测序分析及产前诊断

目的分析1个先天性小眼畸形家系的临床表型及遗传学病因。方法应用高通量测序技术对先证者及其父母进行全外显子组测序,筛选候选致病位点,对其家系进行Sanger测序验证,并通过羊水穿刺和Sanger测序为先证者母亲提供产前诊断。结果全外显子组测序和Sanger测序发现家系中的3例患者均携带OTX2基因c.289C>T(p.R97*)杂合变异,先证者母亲亦携带该变异,但无小眼畸形。先证者的父亲、舅母和胎儿未携带上述变异。结论OTX2基因c.289C>T(p.R97*)杂合变异很可能是该家系的发病原因。上述诊断将有助于该家系的遗传咨询和产前诊断。     

NIPBL基因剪接变异致德朗热综合征1型胎儿的产前诊断及遗传学分析

目的分析一例德朗热综合征1型胎儿的遗传学病因。方法收集胎儿及其父母的临床资料, 采集羊水及父母的外周血样, 提取基因组DNA, 通过全基因组低深度重测序、全外显子组测序(whole exome sequencing, WES)及Sanger测序筛查NIPBL基因的变异位点, 参考美国医学遗传学与基因组学学会指南判断变异的致病性, 利用minigene技术分析变异对mRNA的影响。结果测序结果提示胎儿NIPBL基因的内含子上存在c.5808+5G>A杂合变异, 预测可能影响mRNA剪接, 胎儿父母未检测到相同的变异。上述变异在ExAC、1000G、dbSNP等数据库中均未见收录, 综合分析判断其为有害变异。minigene实验结果证实该变异会影响mRNA剪接, 导致第31外显子的跳跃。结论确诊了一例德朗热综合征1型胎儿。minigene实验可以在体外验证WES检测所发现的剪接变异, 可为判断这类变异的致病性提供更多的证据。     

一例琥珀酸半醛脱氢酶缺陷症患儿的基因变异分析CSCD

目的探讨1例琥珀酸半醛脱氢酶缺陷症患儿的遗传学病因。方法采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,用Sanger测序和全外显子组测序对患儿及其父母进行检测,分析变异位点的致病性。结果Sanger测序结果提示患儿携带ALDH5A1基因c.1529C>T(p.S510F)纯合变异,其母亲为杂合型,父亲未检测到此变异。全外显子组测序发现患儿及其父亲均携带ALDH5A1基因片段缺失(chr6:24403265-24566986)。结论ALDH5A1基因c.1529C>T变异及缺失是患儿的致病原因。全外显子组测序能同时检测碱基变异和基因片段缺失,为患儿的诊断和遗传咨询提供依据。     

产前全外显子组测序诊断 SMARCA4变异所致Coffin-Siris综合征一例

目的探讨1例拟诊为Coffin-Siris综合征胎儿的临床表型及遗传学病因。方法对胎儿进行染色体微阵列分析与全外显子组测序, 对候选变异进行Sanger测序验证。结果孕23周发现胎儿侧脑室呈进行性不对称增宽。染色体微阵列分析未见异常, 全外显子组测序提示其SMARCA4基因第19外显子存在c.2851G>A(p.G951R)新发杂合变异, 判读为致病性变异。结论对于侧脑室进行性增宽的胎儿应考虑进行基因检测, 以明确其遗传学病因及预后。     

全外显子组测序发现1例TFAP2A基因新发变异导致的胎儿腮-眼-面综合征

目的 对1例孕期提示颈背部皱褶厚度（NF）增厚，多囊肾，羊水过少的胎儿流产物进行基因芯片检测以及全外显子组测序以明确其病因。方法 使用超声观察先证者的结构和器官，使用基因芯片（CMA）和全外显子组测序（WES）检测先证者流产物的皮肤组织，提取父母静脉血2mL对胎儿表型相关变异位点进行Sanger测序验证。结果 产前超声提示先证者的NF厚度为9.3 mm，其肾脏表现为肥大和多囊，颈部有水囊瘤，CMA结果无异常，WES发现胎儿TFAP2A基因4号外显子存在可能致病性杂合变异NM＿001042425:c.637C>T(p.Arg213Cys),Sanger测序提示该变异为新发变异。结论 结合超声影像和WES的结果，胎儿被诊断为胎儿腮-眼-面综合征（BOFS;OMIM:113620），病因为TFAP2A基因的可能致病性杂合变异。对胎儿全外显子组测序将成为超声发现异常后进行产前诊断的重要手段。     

1例GNPTAB基因变异致黏脂贮积症Ⅲ α/β型患儿的临床和遗传学分析

目的 对1例表现为骨骼畸形，关节异常，特殊面容，运动障碍，智力障碍的患儿进行遗传学分析，明确其病因。方法 提取患儿及其父母、妹妹外周血DNA，应用全外显子组测序技术结合临床表型系统分析相关基因的致病变异，通过Sanger测序对先证者及父母、妹妹进行验证。结果 全外显子组测序结果显示患儿的GNPTAB基因第13外显子存在c.2715+1G>A和第9外显子存在c.1090C>T(p.Arg364*)复合杂合变异，分别遗传自父亲和母亲，且变异为已报道的致病性变异，患儿妹妹存在c.1090C>T(p.Arg364*)变异，遗传自母亲。结论 GNPTAB基因c.2715+1G>A和c.1090C>T复合杂合变异可能为患儿的致病原因。我们的结果为家系的遗传咨询提供了依据。     

三例CHARGE综合征患儿的临床表型和CHD7基因变异分析

目的对3例CHARGE综合征患者进行基因变异检测,明确其可能的遗传学病因。方法先证者及父母进行全外显子测序检测相关致病基因,对检出致病变异进行Sanger测序验证。结果3例患儿均有程度不同的眼部病变,包括小眼球、小角膜、虹膜缺损、晶状体混浊、视神经视网膜脉络膜缺损等。测序结果示例1的CHD7基因第2外显子存在c.1447delG(p.Val483Leufs*12)杂合移码变异;例2的CHD7基因第36外显子存在c.7957C>T(p.Arg2653*)杂合无义变异;例3的CHD7基因第2外显子存在c.1021_1048delAATCAGTCCGTACCAAGATACCCCAATG(p.Asn341Leufs*2)杂合移码变异,其中c.1447delG(p.Val483Leufs*12)和c.1021_1048delAATCAGTCCGTACCAAGATACCCCAATG(p.Asn341Leufs*2)变异未见报道,根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,这两个均判定为致病性变异(PVS1+PM2+PM6);c.7957C>T(p.Arg2653*)变异为已报道的可能致病性变异(PVS1+PM2+PP4)。Sanger测序结果验证例1和例3的变异为新发变异(de novo),例2的变异为可疑新发变异。结论CHD7基因变异可能为3例CHARGE综合征患者的致病原因。     

一个Usher综合征Ⅰ型家系的临床表型分析及基因诊断

目的筛查一个Usher综合征Ⅰ型家系的致病变异位点,分析其基因型-表型对应关系。方法详细采集先证者的临床表型及家族史,应用高通量测序技术对先证者进行全外显子组检测。应用Sanger测序对疑似致病变异以及家系其他成员的携带情况进行验证。结果先证者10岁时出现夜盲、白内障等症状,之后发生视网膜变性,并随年龄增加出现耳聋症状。高通量测序及Sanger测序提示其携带MYO7A基因c.2694+2T>G及c.6028G>A复合杂合变异。其姐携带相同的变异位点,且表型与先证者相似。先证者女儿携带MYO7A基因c.6028G>A杂合变异,表型无异常。结论明确了一个Usher综合征Ⅰ型家系的遗传学病因,并丰富了该病的表型与基因型数据库,为遗传咨询提供了依据。     

两例Mowat-Wilson综合征患者的ZEB2基因变异分析CSCD

目的:分析两例疑似Mowat-Wilson综合征(Mowat-Wilson syndrome,MWS)患儿的遗传学病因,帮助确诊并为家系遗传咨询提供依据。方法﹑采集2例无亲缘关系患儿及其家系成员静脉全血提取基因组DNA,应用家系全外显子组测序及基因组拷贝数变异测序进行变异检测,可疑变异位点利用Sanger测序对先证者及其家系成员进行验证。结果︰患儿1携带ZEB2基因c.2769C>A(p.Y923*)杂合变异,为新发变异,表型正常的父母和姐姐均未检测到。患儿2携带ZEB2基因c.315delC(p.A105Afs*3)杂合变异,为未报道过的新发变异,表型正常的父母未检测到。这两个变异均属于致病性变异,导致终止密码子提前出现。结论ZEB2基因c.2769C>A(p.Y923*)和c.315delC(p.A105Afs*3)变异可能分别是导致两例患儿MWS的病因,基因检测有助于明确诊断并为患儿家系的遗传咨询提供依据。