26例新型冠状病毒肺炎病例临床特征分析

目的  分析新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019, COVID-19)患者的流行病学特点、临床表现、实验室检查及影像学特征。 方法  收集26例COVID-19患者的流行病学资料和临床资料, 采用SPSS 19.0软件进行统计分析。 结果  11例(42.3%)患者有武汉旅居史, 6例(23.1%)患者与武汉旅居人员有接触史, 6例患者呈家族聚集性发病; 中位潜伏期6 d。26例患者中普通型18例(69.2%), 重型6例(23.1%), 轻型2例(7.7%)。重型患者较普通型出现乏力和胸闷人数更多(均有P < 0.05), 而两组患者发热、干咳、肌肉酸痛、纳差、咽痛、腹痛表现无差异(均有P > 0.05)。将普通型和重型患者实验室指标进行比较, 重型患者淋巴细胞(lymphocyte, Lym)计数、嗜酸性粒细胞(eosinophil, Eos)计数和CD3⁺、CD4⁺、CD8⁺T细胞计数均低于普通型(均有P < 0.05)。C-反应蛋白(C-reactive protein, CRP)和血清淀粉样蛋白A(serum amyloid A, SAA)重型组高于普通型(均有P < 0.05)。23例(88.5%)患者肺部CT出现磨玻璃样改变, 15例(57.7%)出现小叶间隔增厚, 10例(38.5%)患者出现马赛克征, 5例(19.2%)患者肺部有纤维化病灶。 结论  本组COVID-19患者多为武汉旅居人员或接触武汉旅居患者发病, 影像学主要表现为肺部磨玻璃样病变。普通型病例多见, 患者外周血Lym计数、Eos计数和CD3⁺、CD4⁺、CD8⁺ T细胞减少、CRP和SAA升高预示病情加重。     

肺炎球菌合并感染及肺炎球菌疫苗接种对新型冠状病毒肺炎临床预后的影响

由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 引起的新型冠状病毒肺炎已波及世界各国。肺炎球菌作为常见的社区获得性肺炎病原菌, 与新型冠状病毒肺炎具有相似的高危易感人群, 合并肺炎球菌感染是导致新型冠状病毒肺炎重症和死亡的关键危险因素。肺炎球菌疫苗接种对降低新型冠状病毒肺炎的发生率及死亡率具有积极的影响。我国肺炎球菌肺炎疫苗接种率较低, 对老年、存在慢性基础性疾病等高危人群接种肺炎球菌疫苗或是应对新型冠状病毒肺炎的有效措施之一。     

新型冠状病毒肺炎与吸烟的相关性研究进展

目的 着重从新型冠状病毒肺炎（Coronavirus disease 2019 ,COVID-19）患者的吸烟率、吸烟对COVID-19患者预后的影响、吸烟与严重急性呼吸综合征冠状病毒2（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）感染机制这三个层面阐述了COVID-19与吸烟的最新潜在关系,为COVID-19与吸烟关系的进一步研究提供理论参考。方法 提取世界卫生组织报道的COVID-19最新资料,检索PubMed和中国知网数据库2000年至2021年间收录的与吸烟和COVID-19相关的文章进行综述。结果 吸烟的COVID-19患者发展为重症和出现死亡的风险更高,但关于COVID-19在吸烟者中的发病率是否比非吸烟者高,即吸烟是否会增加SARS-CoV-2感染风险,尚无定论和结论。结论 目前关于COVID-19与吸烟的研究仍处于初级阶段,在将来需要完善更多的分子、细胞水平实验和进行更严谨的调查研究,这将使COVID-19患者获益,尤其是吸烟的COVID-19患者。     

2021年河南省驻马店市新型冠状病毒肺炎疫情基因溯源

目的 对2021年河南省驻马店市发生的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情进行基因溯源分析,为制定精准的防控策略提供科学依据.方法 对2021年驻马店市发生的2例COVID-19病例的新型冠状病毒(2019-nCoV)阳性咽拭子样本进行高通量测序获得病毒全基因组,并构建全基因组序列系统进化(Neighbor-joi...     

新型冠状病毒肺炎实验室诊断技术研究进展

 

2019年12月,湖北省武汉市发现以肺部病变为主的新型冠状病毒感染,2020年2月11日世界卫生组织（WHO）将由新型冠状病毒引发的疾病正式命名为2019冠状病毒病（coronavirus disease 2019,COVID-19）,该病毒称为严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）。COVID-19短时间内扩散到全国,3月11日WHO宣布COVID-19已构成全球大流行。实验室检测是确诊COVID-19的重要依据,对于该病的治疗和防疫工作至关重要。本文对COVID-19实验室临床诊断技术相关进展进行整理综述。

     

新型冠状病毒肺炎 无症状感染者的临床与免疫学特征分析

[摘要]　目的　探讨新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019, COVID-19）无症状感染者的临床和免疫学特征。方法　选取2020年1月22日—6月22日石家庄市第五医院收治的59例COVID-19患者作为研究对象,分析不同疾病分期患者的临床资料。利用流式细胞术检测患者外周血T淋巴细胞亚群计数,Procarta Plex多细胞因子检测系统检测外周血25种细胞因子和9种趋化因子水平。结果　59例COVID-19患者中,无症状感染组28例（47.5%）、轻型组6例（10.2%）、普通型组19例（32.2%）,重型/危重型组6例（10.2%）。无症状感染组中位年龄为23.0（19.3,34.8）岁,显著低于普通型组的35.0（24.0,52.0）岁和重型/危重型组的64.5（52.0,68.3）岁（P均＜0.05）。无症状感染组患者较少患有基础疾病,均无症状、体征和胸部CT变化,其外周血CD3+ T细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞计数均显著高于重型/危重型组（P均＜0.05）,同时CD4+ T细胞计数显著高于普通型组（P＜0.05）。14例无症状感染组患者治疗前与治疗后CD3+ T细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞计数比较,差异均无统计学意义（P均＞0.05）。14例无症状感染组患者治疗前后CD4+ T细胞计数的变化幅度均显著低于普通型组、重型/危重型组（P均＜0.05）。无症状感染组外周血可检测到11种细胞因子和趋化因子,其中IL-7水平显著高于对照组, IP-10水平均显著低于普通型组、重型/危重型组,差异均具有统计学意义（P均＜0.05）。结论　COVID-19无症状感染者以青年为主,但未发现与性别因素相关。随着COVID-19病情进展,普通型、重型/危重型患者外周血T细胞亚群计数降低,而细胞因子和趋化因子水平升高,但上述指标在无症状感染者中未见显著改变。     

2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...     

长沙市4例输入新型冠状病毒Omicron变异株全基因组序列特征分析

目的 分析长沙市境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的全基因组序列特征以及遗传变异情况。方法 采用高通量测序方法对2021年12月的SARS-CoV-2进行全基因组序测序,序列进行比对以及进化分析。结果 本研究获得4株SARS-CoV-2全基因组序列,长度为29 685 bp。毒株核苷酸序列与Wuhan-Hu-1参考株(EPI＿ISL＿402125)相比,同源性为99.6%。与Omicron变异株(EPI＿ISL＿8890653)相比,同源性为99.9%。进化树分析表明毒株序列位于BA.1.1分支,与SARS-CoV-2 Omicron变异株位于同一分支。氨基酸序列位点分析发现毒株具有典型的Omicron序列突变位点。ORF1ab区域发现G5494S,K4346R,T5035I和E6945D突变。S蛋白抗体结合区域发生R346K突变。结论 长沙市输入的Omicron变异株携带已报道可明确导致病毒传播和致病力发生变化的突变位点,应继续加强疫情应对措施。     

新型冠状病毒肺炎与严重急性呼吸综合症的对比分析

赵建刚①,靳素琴①#,胡云霞②摘要 通过收集中国境内2003年严重急性呼吸综合症（SARS）和2020年1—3月新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情信息,对这两种疾病从病原学、临床症状、流行特征和中医药诊治效果等方面进行了分析。2003年SARS在我国境内共累计确诊5 327例,报告死亡病例349例,病死率约为7%;2019年COVID-19在中国境内截止2020年3月31日共累计确诊81 554例,报告死亡病例3 312例,病死率约为4%,由此看出,尽管两种病毒同属于SARS相关冠状病毒,但2019年COVID-19的确诊人数远远多于SARS,但其死亡率却小于后者,究其原因可能与两种病毒的传染性、致病力和人员流动性等因素有关。     

河南省新型冠状病毒肺炎流行病学特征分析

目的了解河南省新型冠状病毒肺炎疫情特征及趋势,为下一步疫情防控提供参考。方法采用描述流行病学方法,对2020年1月21日-2月29日河南省报告的新型冠状病毒肺炎确诊、疑似、阳性检测者进行统计分析。结果截至2020年2月29日,河南省累计报告新型冠状病毒肺炎确诊病例1 272例,阳性检测者136例,死亡22例(均为确诊病例),病死率为1.73%(22/1 272)。其中重症和危重症占确诊病例的15.57%。疑似病例确诊率为19.31%(1 082/5 602)。发病呈现6个高峰,且峰值逐渐降低。重点防控地市为信阳市、南阳市、驻马店市、郑州市、商丘市,占全省确诊病例和阳性检测者的63.27%。波及全省147个县区(84.97%,147/173),596个乡镇街道(23.66%,596/2 519)。主要集中在25～59岁(76.02%),人群普遍易感。职业以农民为主,其次为商业服务。早期以输入病例为主,2月2日疫情处于高平台期,之后呈现下降趋势。结论河南省新型冠状病毒肺炎疫情已取得阶段性成效,根据人群普遍易感的特点,在复工复学、恢复生产活动中,仍存在暴发流行的风险,建议根据病例数、疾病严重...     

广东省SARS冠状病毒分离株S基因全序列分析

目的 测定并分析广东省传染性非典型肺炎病人标本中分离到的严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒的S基因全序列。方法 选取3株来自中山市、广州市、江门市传染性非典型肺炎病人的SARS冠状病毒分离株，设计8对相互嵌套的S基因特异引物扩增病毒的S基因，直接进行PCR产物测序，将所测的序列与从GemBank上获得的世界各地10株SARS冠状病毒分离株的S基因序列用DNASTAR软件包进行基因变异分析。结果 3株毒株经P(R扩增后，均可获得大小分别为513、589、527、509、621、501、578、678bp的基因片段，测序并拼接可获得一长3768个碱基S基因全基因序列，编码1256个氨基酸；基因序列比对结果显示，与世界各地10株毒株比较，核苷酸和氨基酸的最大同源性在99．7％～100．0％和99．2％～99.9％之间，其变异主要发生在S蛋白的S1片段。结论 SARS冠状病毒的S蛋白是比较保守的．但S1片段上某些位点的变异可能是病毒的毒力不同的主要原因。     

冠状病毒疫苗研究进展

进入21世纪以来,严重急性呼吸综合征冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（Middle East respiratory syndromecoronavirus, MERS-CoV）及最新出现的严重急性呼吸综合征冠状病毒-2（severe acute respiratory syndrome coronavirus-2, SARS-CoV-2）等高致病性冠状病毒先后在人群中暴发流行,成为影响地区、国家乃至全球的重大公共卫生事件,研发特异性疫苗成为防控病毒流行的当务之急。本文综述了SARS-CoV和MERS-CoV疫苗的研究进展,望对SARS-CoV-2疫苗研制提供参考。     

河南省新型冠状病毒肺炎地理流行特征分析

目的了解河南省新型冠状病毒肺炎的地理流行特征,为下一步科学划分疫情风险等级、制定分区分级精准防控措施提供理论依据。方法选取截至2020年3月16日传染病报告信息系统中河南省新型冠状病毒肺炎确诊病例,进行描述性流行病学分析,采用SPSS 22.0进行Fisher确切概率和线性趋势检验,采用Arc GIS 10.3进行优化热点分析和IDW插值分析。结果河南省累计报告新型冠状病毒肺炎确诊病例1 273例,报告死亡22例,病例主要分布在信阳市(278例)、南阳市(156例)、郑州市(143例)、驻马店市(138例)和商丘市(92例),热点县区集中在信阳市、驻马店市和南阳市东部县区。1月24日新增县区主要分布在与湖北接壤的信阳市和南阳市,1月25-27日新增县区主要分布在离湖北相对较远的北部和西部地区。发病数由东南向西北方向逐渐降低。不同临床严重程度的死亡专率差异有统计学意义(Fisher’s值=103.410,P=0.001),且存在呈线性关系(Z=216.801,P=0.001,Pearson’s R=0.413,P(Approx. Sig.)=0.001))结论河南省新型冠状病毒肺炎早期波...     

我国以疫苗应对新型冠状病毒肺炎疫情的思考

新型冠状病毒即严重急性呼吸综合征冠状病毒2 Delta变异株已在全球范围内引起新一轮疫情。国内现有疫苗可有效预防病毒感染所致的重症和死亡, 但难以完全阻断病毒传播。未来一段时间需继续采取疫苗接种与非药物干预措施相结合的疫情防控策略, 继续扩大疫苗接种覆盖人群并开展加强免疫, 以减少重症和死亡病例发生。要继续开展疫苗针对变异株的保护效果和疫苗保护持久性研究, 在大规模人群中接种的安全性监测, 以及疫苗接种与非药物干预措施相结合的模型研究, 为不断优化调整免疫策略和疫情防控措施提供新的证据。     

妊娠期冠状病毒感染与母婴健康研究进展

目前全球范围内正流行新型冠状病毒肺炎（COVID-19）,而其强烈的传播性已引发重大公共卫生危机。新型冠状病毒与严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒、中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒存在高度病原同源性,同为β属冠状病毒。由于孕妇群体在生理和心理上存在一定脆弱性,为疫情流行期间的易感人群和高危人群,本文将对目前所报道...     

一种新型冠状病毒抗原检测试剂性能分析和临床评价

目的 快速筛查包括无症状在内的新型冠状病毒(COVID-19)感染者。方法 使用胶体金免疫层析技术建立一种抗原快速检测试剂,进行分析性能评估,验证其临床应用。结果 该检测试剂的最低检出限为9.75×10² TCID50/mL;测试29种常见呼吸道病原体高浓度样本均无交叉反应和干扰。临床样本测试,诊断灵敏度为98.56%,特异性为99.00%,总符合率为98.85%;一致性检验Kappa值为0.974 5;对不同Ct值阳性样本分层分析,每个层级内符合率均大于95%。结论 该试剂检测性能优异,检测速度快,操作便携,可作为现有核酸检测法的补充手段,用于新型冠状病毒的早期筛查。     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

新型冠状病毒肺炎患者早期检验指标与疾病严重程度相关性研究

目的　探讨新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019, COVID-19）患者发病早期检验指标与疾病严重程度的相关性。方法　回顾性分析武汉火神山医院2020年2—3月收治的326例COVID-19确诊患者的临床资料,将其分为普通型组（184例）与重型组（142例）,分析2组患者的血常规、CRP、肝功能、心肌损伤标志物等检验指标与疾病严重程度的相关性。结果　CRP（rs=0.429）与疾病严重程度呈正相关,淋巴细胞计数（rs=-0.439）、ALB（rs=-0.539）与疾病严重程度呈负相关（P均＜0.05）;WBC、ALT、AST、γ-谷氨酰转肽酶、CK、CK-MB等指标与疾病严重程度无明显相关性。结论　CRP、淋巴细胞计数、ALB水平可作为预测COVID-19患者疾病严重程度的指标,为临床诊疗工作提供参考。