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1.
目的分析莆田市乙型流感病毒B/Yamagata系毒株血凝素HA1区基因变异特征和种系进化关系,为流感防控提供数据支持。方法选取2013—2018年的26株B/Yamagata系原始标本,对HA1区进行测序,运用DNAstar 7.1进行同源性分析,用Mega 7.0构建进化树。结果与相应年份WHO推荐的疫苗株相比,2013年和2015年莆田市B/Yamagata系毒株HA1区同源性分别为94.6%~95.0%和95.8%~95.9%,普遍存在150、165、202抗原决定簇氨基酸位点变异。2016—2018年B/Yamagata系毒株基因变异较小,同源性为98.1%~99.2%,均出现D196N位点的变异。结论莆田市2013年和2015年B/Yamagata系毒株与疫苗株匹配程度不高,且抗原特性改变较大。2016—2018年B/Yamagata系毒株HA1区基因同源性较高,WHO推荐疫苗株B/Phuket/3073/2013对人群仍有良好的免疫保护作用。  相似文献   

2.
刘泽  杨汝松  王树坤 《现代预防医学》2014,(14):2503-2505,2508
目的研究玉溪市2010-2012年乙型流感流行病毒株的抗原性和基因特点。方法通过MDCK细胞分离培养乙型流感病毒,血凝抑制试验检测其抗原性,RT-PCR克隆HA1基因,测序后通过软件MEG5.0进行基因进化研究,同时与WHO推荐的乙型流感病毒疫苗株进行比较。结果玉溪市乙型流感病毒的流行2010年以BV谱系为主,2011年BV和BY谱系同时流行,2012年以BY谱系为主。基因分析:BY系毒株与B/Wisconsin/01/2010的碱基同源性在99.5%~99.7%之间;BV系毒株与B/Brisbane/60/2008碱基同源性在98.7%~99.1%之间。与疫苗株比较,流行株发生了氨基酸替换。结论建议2012年玉溪市使用WHO推荐疫苗株B/Wisconsin/01/2010进行乙型流感病毒流行的防控和储备。  相似文献   

3.
目的了解2013年-2014年新余市Yamagata系乙型流感病毒的序列特性和变异特点,分析WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。方法选取新余市2013年-2014年通过狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的Yamagata系乙型流感毒株9株,提取病毒RNA,反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增HA1基因片段,对序列进行处理和特性分析。结果 2013年-2014年的乙型流感病毒均为B型Yamagata系。9株流感毒株HA1区与疫苗推荐株B/Wisconsin/01/2010的核苷酸同源性为97.8%~99.4%,氨基酸替换数为3个~4个,其中8株均在3个相同的氨基酸位点发生变异;与代表株B/Yamagata/16/1988的核苷酸同源性为94.4%~96.2%。B/Jiangxi Yushui/1221/2014与疫苗株B/Massachusetts/02/2012的核苷酸同源性为99.3%,氨基酸替换数为3个。结论新余市2013年-2014年B型Yamagata系流感病毒都发生了抗原性变化,WHO推荐的2011年-2012年疫苗对88.89%的B型Yamagata系流感仍有预防效果,当年度的疫苗株能很好地预防另外11.11%流感的流行。  相似文献   

4.
目的分析2017年宜昌市流感疫情中BY流感毒株的HA和NA基因特性,了解其与WHO推荐的系参考株、疫苗株和当地代表株的匹配情况。方法对流感疫情病例标本中分离得到的7株BY型流感毒株的HA和NA进行扩增和序列测定,通过Mega 5.0软件对测序产物进行分析。结果 7例疫情毒株均为BY系的HA蛋白的3分枝,相互间HA基因的核苷酸和氨基酸同源性达98.9%和99.3%;与WHO疫苗株B/PHUKET/3073/2013比较,进化距离接近,没有发现氨基酸序列的丢失与插入,HA基因有2个氨基酸位点发生变化,NA基因有11个氨基酸位点发生变化。结论引起流感疫情的毒株目前变异不明显,与WHO疫苗株匹配,应加强重点人群的疫苗接种。开展连续流感分子生物学监测,及时分析病毒基因特性,对流感的防控有重要意义。  相似文献   

5.
目的了解宜春市2011年-2013年分离的B型流感病毒株HA1基因变异情况。方法核酸提取采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar510、Bio Edit(Version510)、Mega3.1生物软件对测序结果进行分析处理。结果 Victoria系11株,Yamagata系7株进行HA1基因测序,与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,2011年、2012年、2013年氨基酸同源性分别为99.1%、99.4%~99.6%、99.4%~99.6%;氨基酸替换数分别为3个、3个、4.5个,其中2012年1处、2013年2处变异位于抗原决定簇;种系进化树上,分成Victoria系和Yamagata系两大分支,各年份同系分离株与疫苗推荐株均在同一分枝上,亲缘性较近;HA1基因序列二硫键未发生变异;糖基化位点仅2013年两毒株分别在533~535、546~548发生了变异。结论 2011年-2013年宜春市B型流感HA1基因虽然有氨基酸替换,但还没有出现实质性的转变,且与疫苗代表株同源性极高,均达到99.1%以上,因此疫苗仍具有较好的保护作用。  相似文献   

6.
  目的  研究新乡市B型流感病毒的流行状况和基因变异特征,为当地流感疫苗接种提供政策依据。  方法  对新乡市2012年1月-2019年2月流感监测结果进行分析,随机抽取分离的23株B型流感病毒,进行血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因测序,使用DNAman软件进行序列比对,Neighbor-Joining法进行进化树分析。  结果  新乡市B型流感病毒Yamagata系(influenza B virus,Yamagata strain,BY)和Victoria系(influenza B virus,Victoria strain,BV)隔年交替流行,主要感染0~15岁人群(91.4%);2015-2016年和2017-2018年的优势株与当年的三价疫苗成分不符。HA基因进化树显示,87.5%(7/8)的BV株与疫苗株同处一个分支;而88.98%(8/9)的2013-2015年BY株与同期疫苗株不在一个分支,其抗原表位的突变位点有N116K、S150L、N165Y、D196N和N202S。NA基因未发现耐药位点突变。有6个分离株发生了系间重配。  结论  WHO推荐的三价疫苗株很多情况下与新乡B型流行株不符,推荐使用四价疫苗,并加强对15岁以下人群的接种;新乡BY流行株与疫苗株的HA基因差异较大,期待研发出适合我国本土的疫苗株。  相似文献   

7.
目的掌握宜春市2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,了解WHO甲3型疫苗推荐株对宜春市甲3亚型流感病毒预防效果。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar 5.0、Bio Edit 7.0、Mega 3.1软件对测序结果进行分析处理。结果对14株毒株进行HA1基因序列测定,分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,2010年、2012年、2013年氨基酸同源性分别为98.6%~98.7%、99.2%~99.3%、98.4%~98.8%;氨基酸平均替换数分别为7.5个、5个、8.25个,2012年和2013年分别有2处和4处变异位于抗原决定簇,2010年未在抗原决定簇区发生氨基酸变异替换;14株所测甲型H3N2亚型流感病毒与当年疫苗推荐株均在同一分支上,亲缘性较近。结论 2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,根据WHO不同年度推荐疫苗株生产的疫苗,对本市的甲型H3N2亚型流感保护效果良好。  相似文献   

8.
目的 了解2017年北京市丰台区流感暴发疫情中乙型Victoria系(BV)流感毒株血凝素(HA1)基因特征和变异情况。 方法 对北京市丰台区2017年6起BV流感暴发疫情病例标本中分离得到的6株毒株的HA1基因进行提核酸、扩增和测序,通过DNAStar 7.1、Bioedit v7.0.9、Mega 6.0.6 等生物信息学软件对序列进行分析。结果 6例样本中1号样本与2017年部分日本流行毒株亲缘关系较近(99.6%);另5例样本与2016年我国厦门、泰国和肯尼亚部分流行毒株的亲缘关系较紧密(99.1%~99.8%)。6例样本与WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008的同源性为98.6%。6例样本共有7个位点发生了变异,其中有5例样本发生了I132V、N144D 和E200D的变异,分别涉及到抗原决定簇A、B、D3个区。结论 北京市丰台区2017年BV系流感株的HA1基因发生了个别位点的变异,但与WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008的匹配度相对较高,继续使用疫苗对BV系病毒引起的流感能起到积极的预防作用。  相似文献   

9.
目的了解江西省2013年-2014年乙型流感病毒毒株HA1基因的变异特征。方法对狗肾传代细胞(MDCK)培养分离得到的乙型流感病毒进行核酸提取,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、Mega 4.0软件对测序结果进行分析,并将其氨基酸序列与WHO推荐的北半球乙型流感病毒疫苗株进行比对。结果2013年-2014年分离的乙型流感病毒均为Yamagata系病毒。19株乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1 038 bp,未发现核苷酸的丢失和插入。所有毒株的氨基酸序列与北半球疫苗株B/Massachusetts/02/2012的同源性为95.1%~97.7%,有11个位点均发生了氨基酸变异,其中4个变异位于抗原决定簇。结论 2013年-2014年分离的乙型流感病毒HA1区域的氨基酸变异涉及4个抗原决定簇,故需要密切监测本省的乙型流感病毒变异情况,以判断WHO推荐的乙型流感疫苗株对本省的乙型流感病毒的保护作用。  相似文献   

10.
目的了解新余市流行的H3N2亚型流感病毒的HA1基因变异特征与规律、进化趋势和当前疫苗对其的预防效果。方法选取新余市2013年-2014年通过狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的甲型H3N2流感毒株12株,提取病毒RNA,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA1基因片段,用DNAStar 5.0、Mega 6.0生物软件对序列进行处理和特性分析。结果 2013年-2014年新余市甲型H3N2出现活跃,共分离出132株。分析12株毒株的HA1基因,与疫苗株A/Perth/16/2009(H3N2)的核苷酸同源性为97.2%~97.5%,氨基酸替换数为14个~17个,涉及B区、E区2个抗原决定簇。与疫苗株A/Victoria/361/2011(H3N2)比较,核苷酸同源性为98.5%~98.9%,氨基酸替换数为9个~12个,除A/Jiangxi Yushui/137/2014和A/Jiangxi Yushui/1142/2014外,均发生了144位A区和158位B区抗原决定簇区的变异。毒株间同源性为99%~100%。结论 2013年-2014年新余市流行的甲型H3N2流感病毒的抗原性和基因特性发生了改变,近期的2株疫苗株对其的保护效果均较差,有必要更换疫苗株。  相似文献   

11.
目的 研究盐城市2014 - 2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系。方法 将盐城市2014 - 2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO 推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇。绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010 亲缘关系较近。 结论 2014 - 2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。  相似文献   

12.
[目的]了解江西省2004~2006年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果. [方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析. [结果]21株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.09%.2004年甲3亚型流感病毒分离株与当年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%~98.8%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.17个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氢基酸替换.2005年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%~99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%~98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想. 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%~99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%~98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的甲3亚型流感上有良好的预防效果;对2006年度的甲3亚型流感预防效果不 够理想. 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.4%~99.1%,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为20个.2006年甲3亚型流感病毒分离株与当年疫苗推荐株的HA1区 比较,不同毒株氨基酸的同源性是98.1%~98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为5.71个. [结论]2004年、2005年和2006年分别根据WHO推荐疫苗株生产的疫苗,对我省2004年度的甲3亚型流感总体上有较好的预防效果,但毒株的变异在增强:对2005年度的  相似文献   

13.
目的 应用生物信息学数据库和工具,了解2013-2014年铜川市A型H1N1和2013-2015年A型H3N2流感病毒血凝素(HA)基因特性及其抗原变异情况。 方法 收集铜川市哨点医院流感样病例标本,采用MDCK细胞分离流感病毒。用RT-PCR对部分A型H1N1、H3N2流感病毒进行HA基因序列扩增和纯化,序列测定,并用MEGA软件构建种系发生树分析。 结果 2013-2015年铜川市流感核酸检测标本共2 333份,流感阳性476份,阳性率20.40%。4株A型H1N1亚型流感病毒与WHO推荐A/California/07/2009(H1N1)疫苗株氨基酸序列比对,共发生11次氨基酸突变,其中3个氨基酸位点突变发生在抗原决定簇。3株A型H3N2亚型与WHO推荐的北半球2013-2014年A/Victoria/361/2011(H3N2)疫苗株比对共有9个氨基酸位点发生了突变,其中3个氨基酸位点发生在抗原决定簇;与WHO推荐的北半球2014-2015年A/Texas/50/2012(H3N2)疫苗株比对共有10个氨基酸位点发生了突变,有5个氨基酸位点发生在抗原决定簇。 结论 2013-2015年铜川市流行的A型H1N1、H3N2亚型流感病毒氨基酸发生突变导致抗原漂移。  相似文献   

14.
[目的]了解2011—2012年嘉兴市乙型流感的流行状况及病毒序列特性、变异特点和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。[方法]将采集的流感样病例的咽拭子标本用MDCK细胞培养分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定。随机选取6株乙型流感病毒株进行HA1基因核苷酸序列测定,并进行特性分析。[结果]2011—2012年嘉兴市乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系同时存在。随机抽取4株Victoria系和2株Yamagata系毒株,在糖基化位点上没有变化。4株Victoria系毒株核苷酸同源性为98.6%~99.7%,氨基酸同源性为98.8%~100.0%,其中2株与2009—2012年疫苗株相比,在L58P、N129S、I146V、N171D发生了氨基酸的替换。2株Yamagata系毒株核苷酸和氨基酸同源性为99.4%,与2012—2013年疫苗株极为接近。[结论]嘉兴市流行的Victoria系乙型流感病毒与2009—2012年疫苗代表株同源性较高,当年度的流感疫苗株对本市Victoria系乙型流感病毒流行的防治有一定保护作用。但本地同时也还活跃着Yamagata系的乙型流感病毒,当年度的流感疫苗株对Yamagata系乙型流感病毒不能提供最佳保护。  相似文献   

15.
  目的   对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。   方法   将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型, 对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因, 扩增产物经纯化测序, 采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。   结果   盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致, 2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支, 属Phuket/3073类毒株; 2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支, 属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异; Victoria系毒株共涉及2个抗原表位, 120-loop抗原表位的117、129位点, 190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。   结论   2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累, 这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移, 降低与流感疫苗株的匹配度, 减弱流感疫苗的保护作用。  相似文献   

16.
目的了解2003年广东省流感病毒的流行特点和抗原变异情况。方法根据广东地区流感监测资料进行分析;用交叉血凝抑制试验检测病毒的抗原性;用逆转录-聚合酶链反应扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定。将序列和Genebank中相关序列进行比较,用MegAlign软件绘制种系发生树。结果全年分离到510株流感病毒,其中H3N2亚型流感481株,占92.4%;乙型流感29株,占7.6%。实验室证实流感爆发52起,其中50起暴发是由H3N2亚型流感病毒引起,2起暴发是由乙型流感病毒引起。H3N2亚型流感病毒抗原性和疫苗侏A/Panama/2007/99(H3N2)有所不同。类似干A/Fujian/411/02(H3N2)。在HAl区氨基酸序列上,和疫苗株A/Panama/2007/99(H3N2)同源性为92.1%,存在有25个氨基酸差异。28株乙型流感病毒属于Victoria系,抗原性类似疫苗侏B/HongKong/330/01,1株乙型病毒属于Yamagata系,抗原性不同干B/sichuan/379/99。结论2003年广东省流感活动比2002年要强;同时流行着甲型(H3N2)和2个谱系的乙型流感病毒,H3N2亚型毒侏是优势侏,抗原性发生了漂移。  相似文献   

17.
目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。  相似文献   

18.
石伟    孙海波  王璐璐  毛玲玲  孙英伟  姚文清   《现代预防医学》2020,(23):4348-4352
目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。  相似文献   

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