广州市2008－2015年注射吸毒人群HIV-1亚型分布特征及变化趋势

目的 了解2008-2015年广州市注射吸毒人群HIV感染者（IDU感染者）HIV-1亚型分布特征及变化趋势。方法 研究对象为2008-2015年确证的HIV-1感染者、注射吸毒途径感染、现住址为广州市。收集血清样本提取HIV-1 RNA,采用巢式PCR法扩增HIV-1 pol区基因片段,测序后构建系统进化树,确定HIV-1亚型,比较不同年份和不同特征样本的HIV-1亚型分布。结果 从517份血清样本中成功获得437份样本的pol区基因片段。437份样本的年龄（37.37±8.17）岁;外省户籍者占51.5%（225/437）,以广西壮族自治区户籍（广西籍）居多（54.2%,122/225）。HIV-1亚型分布以CRF07_BC（46.5%）、CRF01_AE（24.3%）和CRF08_BC（23.3%）为主。CRF07_BC和CRF08_BC在2008-2015年各年份构成比的差异有统计学意义（CRF07_BC：趋势χ²=19.703,P=0.006;CRF08_BC：趋势χ²=25.718,P=0.001）,其中CRF07_BC的构成比呈下降趋势（趋势χ²=15.139,P=0.000）,CRF08_BC的构成比呈上升趋势（趋势χ²=22.577,P=0.000）。广西籍IDU感染者中CRF08_BC亚型的构成比较高（蒙特卡罗模拟精确概率P=0.000,99% CI：0.000~0.000）。结论 2008-2015年广州市IDU感染者HIV-1亚型分布以CRF07_BC、CRF01_AE和CRF08_BC为主、多个亚型共存,CRF08_BC亚型的构成比呈上升趋势的特点。提示广西籍IDU感染者是广州市艾滋病防治重点人群,应加强干预。     

广州市2004-2005年HIV-1毒株env基因V3区特征分析

目的了解广州市HIV-1流行株序列变异特征。方法随机选取广州市2004-2005年采集并确认的HIV-1抗体阳性的92份全血样本,提取其前病毒DNA,用nest-PCR分别扩增gag和env区基因,并测定、分析序列。结果经系统进化树分析92份样本中34份(36.9%)为CRF01_AE,40份(43.5%)为CRF07_BC,7份为CRF08_BC,7份为B,2份为B’,2份为C。V3环顶端四肽分析显示:14份CRF01_AEV3环顶端四肽存在GPGQ(9份)、GPGR(1份)、GPGK(2份)和GPGH(2份)4种类型;17份CRF07_BC和2份C亚型毒株V3环顶端四肽均为GPGQ;5份B亚型中4份为GPGR,1份为GLGR;2份B’亚型中1份为GPGQ,1份为GPGR。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:50%(7/14)的CRF01_AE、88.2%(15/17)的CRF07_BC和2份C亚型毒株可能使用CCR5,2份B和1份B’亚型毒株可能使用CXCR4,其余毒株不能作出预测。结论广州市2004-2005年发现的HIV-1主要流行株CRF01_AEV3环顶端四肽变异较大,CRF07_BCV3环顶端四肽高度保守,该两种毒株中大部分可能为使用CCR5辅助受体的巨噬细胞噬性/NSI型毒株。     

阜新市HIV-1 env基因C2～V4区序列特征分析

目的分析阜新市艾滋病病毒1型(HIV-1) env基因C2～V4区序列及代表性广谱单克隆中和抗体的表位变异,为HIV-1变异趋势研究及阐明V3环与病毒生物学特征提供依据。方法采集2018—2019年在阜新市卫生健康服务中心确证阳性的112例HIV-1感染者全血标本,采用巢式PCR扩增env基因C2～V4区核苷酸序列并测序,采用MEGA软件鉴定分型,采用HIV Database等软件分析V3环顶端四肽、辅助受体、净电荷和特征性氨基酸。结果获得101条有效基因序列,发现5种V3环顶端四肽类型,其中GPGQ 77条,占76.24%,存在于CRF01_AE、CRF07_BC、CRF65_cpx和G亚型;GPGR 19条,占18.81%,存在于CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型;GPGH 3条,GPGK和GPGA各1条,均只存在于CRF01_AE亚型。辅助受体主要使用CCR5,84条占83.17%。CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF65_cpx和G亚型V3环净电荷数分别为3.28±1.17、3.22±0.92、4.25±0.83、2.50±0.50和3。结合b12和VRC01中和抗体表位氨基酸位点突变率为0～9.90%;295位和332位氨基酸N-糖基化位点缺失率分别为18.81%和14.85%,未发现两者同时缺失的情况。结论 2018—2019年阜新市HIV-1毒株主要是以CCR5为辅助受体的巨噬细胞嗜性非合胞体诱导型病毒,V3环顶端四肽以GPGQ为主,复制速度较慢,逃逸中和抗体能力较低。     

云南省2008-2009年HIV-1病毒株亚型分布

目的 了解云南省目前HIV-1流行株的基因型及其地区和人群分布。方法 收集2008-2009年云南省15个地市788例HIV感染者/艾滋病患者（HIV/AIDS）的血浆标本和背景信息,采用RT-PCR法分别扩增HIV-1 gag、pol全长基因（1584 bp和3147 bp）及env基因的C2V3片段（558 bp）,序列编辑后用Genotyping及Mega 5.03软件工具确定病毒基因型,分析HIV-1株的地区和人群分布特征。结果 788例标本获得1728条HIV-1基因序列,其中全长gag基因序列599条、全长pol基因序列564条、env基因C2V3区序列525条,确定617例基因亚型,构成比分别为CRF08 BC（50.2%）、CRF01 AE（25.0%）、未知重组（10.2%）、CRF07_BC（9.2%）、C亚型（2.9%）和B（B''）亚型（2.4%）。HIV-1株在云南省具有地域分布特征,可分为以临沧和昆明为代表的CRF08_BC为主的地区,以德宏和西双版纳为代表的CRF08_BC与CRF01 _AE构成比相近的地区;未知重组型在云南省少数民族中所占比例（17.0%）显著高于汉族（6.7%）;异性性传播感染者和静脉注射吸毒感染者的CRF08 BC亚型均占总数的50.0%以上,但前者CRF01_AE的构成比占约30.0%,后者未知重组型和CRF07 BC的比例分别达到约15。0%。未知重组病毒株呈现两种重组模式,分别为B（B''）/C重组和以CRF01 AE为母株嵌入B（B''）和/或C片段重组,并以前者为主（74.6%）。结论 云南省HIV-1株组成复杂,具有显著的地域、民族和传播途径相关的特征,并出现新型重组病毒株,应密切监测。     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

广州市2008-2015年未接受抗病毒治疗的注射吸毒人群HIV-1感染者耐药分析

目的 了解广州市未接受抗病毒治疗的注射吸毒人群（IDU）HIV-1感染者耐药株流行情况。方法 收集2008-2015年新确证HIV-1抗体阳性、现住址为广州市、传播途径为注射吸毒、确证时未接受抗病毒治疗的IDU HIV-1感染者的血清样本,提取HIV-1 RNA,采用巢式PCR法扩增pol区蛋白酶（PR）基因全序列与反转录酶（RT）基因部分序列并测序后,提交到美国斯坦福大学HIV耐药数据库做耐药分析。结果 518例HIV感染者中,有407例（78.57%）血清样本成功获得pol区基因片段。年龄18~64（37.44±8.14）岁,男性占89.68%（365/407）,汉族占89.93%（366/407）,未婚者占55.28%（225/407）,文化程度以初中及以下为主（83.78%,341/407）。HIV-1亚型以CRF07_BC为主（47.18%,192/407）,CRF01_AE占23.83%（97/407）和CRF08_BC占22.85%（93/407）,其他亚型占6.14%（25/407）。总耐药率为3.44%（14/407）,蛋白酶抑制剂耐药率为1.47%（6/407）,核苷类反转录酶抑制剂耐药率为0.25%（1/407）,非核苷类反转录酶抑制剂耐药率为1.72%（7/407）。突变发生率为12.29%（50/407）,蛋白酶区和核苷类反转录酶区未检出主要耐药突变,非核苷类反转录酶区中V179E突变率更高的是其他亚型和CRF07_BC亚型,其他亚型中的CRF55_01B亚型8例全部发生此突变;E138A突变率最高的是CRF08_BC亚型,为3.23%。有2例病例对NNRTIs的4种药物全都耐药。结论 2008-2015年广州市未接受抗病毒治疗的IDU HIV-1感染者的耐药率处于较低水平,大多数IDU HIV-1感染者对现有抗病毒治疗药物敏感。应加强IDU HIV-1感染者的耐药监测,控制耐药性毒株多重、交叉耐药的流行。     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区序列变异分析

[Objective] To study the genetic variations of V3-V4 and flanking regions of the env gene from the circulating recombinant form （CRF） of human immunodefieiency virus type 1 （HIV-1） in Guangxi. [Methods] 24 samples were collected from the prevailing area of HIV-1 in Guangxi. Fragments of the HIV-1 env gene were amplified by nest-PCR from proviral-DNA templates of HIV-1 infected individuals. The PCR products were then directly sequenced by using ABI 310 DNA SEQUENCER. The sequencesof V3-V4 region and flanking region of the env gene from CRF were carried out amino acid mutations by CLUSTAL. MEGA and dnatools software. [ Results] Of the 24 samples, 21 samples （ 87.5% ） were infected with CRF01-AE. 3 （12.5%） were infected with CRF08-BC. Phylogenetic tree analysis showed that 21 CRF01-AE strains clustered with 97CNGX2F andTHCM240, while 2 CRF08-BC strains were closely related to CRF08-BC.98CN006 and CRF08-BC. 97CNGX6f, and 1 CRF08-BC clustered with C.95IN21068. Nueleotied sequence analysis showed that DNA distances in V3-V4 regions of the env gene of 24 samples were closely related to the normal strains in Guangxi, and majority of amino acid substitution occurred in C3 and V4 regions rather than V3 region. [Conclusions] Majority of genetric variation in V3-V4 regions of the env gene from recombinant form of CRF01-AE occur in the C3 and V4 regions rather than V3 region.     

云南省昆明市HIV-1流行株pol基因序列特征分析

目的 了解云南省昆明市人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的亚型分布特征及其pol结构基因的变异特征.方法 随机抽取2015-2019年昆明市抗病毒治疗半年以上的样本390例,收集其流行病学信息,血浆提纯HIV-1 RNA,采用巢式聚合酶链式反应扩增...     

昆明市2010年HIV-1耐药传播警戒线调查

目的 了解2010年昆明市未经抗病毒治疗的HIV感染者中耐药株的传播水平.方法 根据WHO推荐的HIV耐药警戒线调查方法,对2010年1-8月收集的62份年龄＜25岁的HIV-1新发现感染者的血液样本进行HIV-1耐药基因型检测和耐药株传播水平分析.结果 62份样本中,54份完成耐药基因型鉴定.按pol基因区进行分型,其中53.2％的样本为CRF08 BC亚型,其他亚型包括CRF07_BC、CRF01_AE、C.根据采样时间顺序,前47份扩增阳性的样本用于耐药传播水平的分析,其中1份出现针对蛋白酶抑制剂类药物的耐药突变位点,耐药株流行率＜5％.结论 昆明市HIV耐药株尚处于低度流行水平,为控制耐药传播水平的上升,规范治疗及科学管理仍然是当前艾滋病患者治疗工作的重点.     

昆明市VCT人群中的HIV-1亚型和耐药基因型调查

摘要:目的　了解昆明市艾滋病自愿咨询检测（VCT）人群中的艾滋病病毒（HIV）的HIV-1亚型和耐药基因型分布情况。方法　于2013年11-12月在云南省疾病预防控制中心VCT门诊对就诊人群进行调查,并采样进行HIV抗体、CD4细胞、新发感染检测和HIV亚型和耐药基因型检测。结果　610例VCT样本中有96例为HIV抗体阳性（15.7%,96/610）,其中95例（99.0%,95/96）获得亚型分析结果,分别有CRF08_BC（40.0%,38/95）、CRF07_BC（27.4%,26/95）、CRF01_AE（27.4%,26/95）、C（4.2%,4/95）和B（1.1%,1/95）5种亚型。89例样本（92.7%,89/96）获得耐药基因型分析结果,有21例（23.6%,21/89）发生基因突变,有1例出现耐药传播突变位点（1.12％,1/89）。结论　VCT人群中的艾滋病病毒亚型以重组流行型为主,包括CRF08_BC、CRF07_BC和CRF01_AE。耐药毒株在该人群中为低流行。     

山东省HIV-1感染者分子流行病学研究

目的了解流行于山东省境内艾滋病病毒(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对93例HIV感染者进行详细的流行病学调查，并采集外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B’、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF02-AG和CRF01-AE 4种重组毒株，B’亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者、二者的配偶和性乱人群，分布在山东省10个地市；CRF07-BC、CRF08-BC亚型以吸毒人群为主，分布在5个地市；CRF01-AE和其他亚型则主要为性乱人群，集中在几个经济发达的城市。结论山东省HIV-1亚型众多，各亚型在我省高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

云南省人类免疫缺陷病毒-1亚型分析

目的 研究云南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)亚型的地理及人群分布.方法 采集云南省2001-2006年1319名HIV-1感染者血液标本,分离血清后提取病毒RNA,用巢式PCR方法对gag基因片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,测序结果用进化树分析方法进行亚型分析.结果 成功获得了644名HIV感染者的基因序列,发现云南存在7种HIV-1亚型的流行,包括CRF08_BC、CRF07_BC、CRF07/08_BC,CRF01_AE、C、B'及URFB/C.C/CRF07_BC/CRF08_BC在各地均存在,而CRF01_AE主要存在于与缅甸接壤的德宏、保山、西双版纳和普洱.此外,还发现在感染C/CRF07_BC/CRF08_BC的人群中,61.6%(270/438)为注射吸毒感染,而感染CRF01_AE的人群中,注射吸毒传播仅占8.5%(15/177).结论 云南省存在7种HIV-1亚型流行,亚型分布与传播途径相关,并存在地域分布上的差异.     

昆明市2018年男男性行为者HIV-1基因型及耐药特征分析

目的 了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法 收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份,提取病毒RNA,采用巢式PCR扩增gag、pol和env区基因片段,进行基因分型和耐药分析,通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果 193份样品中发现多个HIV-1基因型,包括CRF07_BC（39.4%,76/193）、CRF01_AE（34.2%,66/193）、独特型重组（20.2%,39/193）、CRF08_BC（3.1%,6/193）、CRF55_01B（1.6%,3/193）、B亚型（1.0%,2/193）和CRF68_01B（0.5%,1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播,而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190）,对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%,4/190）。结论 昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低,但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。