基因表达系列分析及在移植耐受研究中的应用进展

基因表达系列分析（SAGE）是一种能够快速、详细、准确地反映生物体内在不同的发育期及生理病理状态下基因表达水平的高效技术。SAGE不需要已知基因序列,可以发现新的转录本,可以对组织、细胞进行基因表达的定量定性研究,在生物学及医学研究中得到了广泛的应用。     

基因表达系列分析及其应用

基因表达系列分析 (serial analysis of gene expression,SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术 ,它能够直接读出任何一种类型细胞或组织的基因表达信息 ,因此是研究基因表达定性和定量的一种有效工具。近年来人们利用此技术对动植物及人类的基因表达信息进行了广泛的研究 ,本文就 SAGE特点、方法及其应用作一简要介绍。     

基因表达系列分析及其应用前景

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究,并且可以发现新基因信息,还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响,明确表达基因的功能。本文就SAGE的原理、实验方案、技术发展与演变及其应用前景进行详细介绍。     

基因表达系列分析技术研究进展

基因表达系列分析技术(SAGE)是一种新的基因表达分析技术,它可以大量获取全基因组范围基因表达的类别并量化分析。由于其克服了基因丰度的影响,SAGE在新基因的发现中具有独特的优点。同时,SAGE技术被成功应用于特异组织或细胞的转录组研究、mRNA群体间的全局化比较以及差异表达基因染色体分布的分析。文章主要述及了SAGE技术的原理、特点及其在应用上的最新进展。     

基因表达连续分析技术及应用研究的进展

随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达连续分析技术 (SAGE)已成为高通量研究基因表达谱的新手段。 SAGE技术不仅可以用来研究大部分基因组序列尚未鉴定的生物个体的基因表达谱 ,其实验结果还可以直接与发表在 SAGEmap表达数据库中不同来源的已知文库相比较 ,应用日益受到重视。     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库，具有社区共建和数据共享的特征，为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具，体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因，提示细胞内的信号转导途径的变化，甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究，因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息，提高科研效率有重要的意义。     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库,具有社区共建和数据共享的特征,为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具,体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因,提示细胞内的信号转导途径的变化,甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究,因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息,提高科研效率有重要的意义。     

基因表达差异分析方法进展

高等真核生物的基因组一般具有８００００～１０００００个基因,而每一个细胞大约只表达其中的１５％［１］。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性,如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。比较细胞间基因表达的差异为我...     

荧光定量PCR技术原理及在分子诊断中的应用进展

聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）可对特定基因进行扩增，因此被广泛应用于获取特定基因或基因片段及临床基因诊断等领域。聚合酶链式反应（PCR）技术发明至今已近20年了，近年来出现的荧光定量PCR（Flurogenic Quantitative Polymerase Chain Reaction，FQ-PCR）实现了PCR从定性到定量的飞跃，它以其特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等优点成为了分子生物学研究中的重要工具。     

应用逆转录PCR技术检测细胞因子基因表达

逆转录ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）可以快速、灵敏地检测表达很低或只有几个细胞表达折细胞因子ｍＲＮＡ。这项技术又叫细胞因子ｍＲＮＡ扩增测定技术（即ＭＡｐｐｉｎｇ）。可同时测定各种细胞中多种细胞因子ｍＲＮＡ。操作过程包括ＲＮＡ分离、ｍＲＮＡ逆转录为ｃＤＮＡ，ＰＣＲ扩增、产物检测等。根据定量细胞因子ｍＲＮＡ原理和方法的不同，可分为半定量ＰＣＲ法、竞争性定量ＰＣＲ法、内参标定量ＰＣＲ法、ＨＰＬＣ－ＰＣＲ法以及酶     

用主成分分析探索基因表达模式

以时间点(阵列)为变量,对酵母时间表达序列进行主成分分析,提取出三个主成分:第一主成分代表整个酵母细胞周期中平稳的基因表达状态,第二主成分代表酵母细胞周期中lateG1期和M期差异的基因表达状态,第三主成分表示的是earlyG1期和S/G2期差异的基因表达状态。由第二、和第三主成分揭示出基因表达谱中四个周期性基因表达模式:分别对应lateG1期、M期、earlyG1期和S/G2期,而且发现了一批表达水平呈周期性变化的基因,为进一步研究基因周期性表达和基因调控网络提供有价值的指导。     

KDD技术及其在基因表达微阵列数据中的应用

本文从多方面分析了基因表达微阵列数据所表证的基因功能及健康和疾病的分子基础,研究应用数据库中KDD的计算机技术,挖掘基因组输出信息的知识模式的算法。     

抑制消减杂交技术的原理及应用

基因的选择性表达决定了生物体的各项生命活动,对这些差异表达基因进行分离、克隆有助于了解人体各项生命活动的分子调控机制。抑制消减杂交技术是新建立的一个快速克隆差异表达基因cDNA的有效方法。本文将详细介绍该技术的原理及应用。     

GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋.为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要,各种数据库应用而生,其中,NCBI (national center for biotechnology information)的基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库,用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用.迄今为止,GEO已收录了300000个样本的数据,涉及16亿个基因表达丰度数据,涵盖500多种生物体,广泛覆盖各种生物学内容.GEO数据库操作简单,数据全面,免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台.文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景.登陆GEO数据库的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo.     

大肠癌的基因表达及治疗

大肠癌是严重威胁人类健康的主要肿瘤之一 ,其发病率是逐年上升趋势 ,近年来由于分子生物学技术的不断发展和完善 ,肿瘤基因的检出及表达 ,在大肠癌的治疗中体现出不可估量的作用 ,本文现就近年来发现的与大肠癌有关的分子生物学研究结果简述如下 :1　大肠癌的相关基因及表达大肠癌的发生过程涉及多个基因和染色体的异常改变 ,目前已发现多种基因及染色体异常 (突变 ,扩增 ,过度表达及缺失等 )与大肠癌的发生、发展密切相关 ,通过对这些异常基因或染色体的检测 ,可以帮助早期诊断大肠癌并尽早进行治疗。大肠癌的相关基因大致分为三类。一类…     

肾移植术后淋巴细胞相关基因表达的差异分析

肾功能衰竭后 ,肾移植是必要的治疗手段 ,然而急性排斥反应严重影响移植器官的功能和长期存活。目前 ,移植排斥反应的发生机制尚不十分明确 ,亦未发现可早期特异诊断免疫排斥反应的指标 ,因而临床尚无早期检测排斥反应的有效方法。移植排斥反应的发生 ,其早期重要的事件是淋巴细胞与异体抗原识别后的活化增殖。本实验利用差异显示ＰＣＲ (ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙｒｅｖｅｒｓｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＰＣＲ ,ＤＤＲＴ ＰＣＲ)技术 ,对一例肾移植术后患者外周血淋巴细胞基因表达变化进行连续监测 ,为建立早期、无创、特…     

应用基因表达谱芯片观察小鼠心肌缺血后基因表达的变化以及四逆汤对其影响

目的:应用基因表达谱芯片观察小鼠心肌缺血后基因表达的变化以及四逆汤对其影响。方法:昆明种小鼠,随机分为对照组、缺血组、缺血加四逆汤组。提取各组心肌组织总RNA,纯化mRNA,与含有2304条小鼠基因的cDNA表达谱芯片进行杂交。结果:小鼠缺血后有33条基因表达下调,70条基因表达上调;服用四逆汤后,相对单纯缺血组而言,有23条基因表达下调,52条基因表达上调。结论:运用基因芯片技术能快速地检测出缺血心肌及四逆汤治疗后心肌基因表达谱的改变,对差异表达基因的研究将有助于进一步了解心肌缺血及四逆汤治疗的分子机制。     

应用微阵列初步分析髓母细胞瘤的基因表达谱

目的　应用微阵列技术研究髓母细胞瘤的分子发病机理。方法　收集新鲜髓母细胞瘤 4例及正常脑组织 1份的组织标本 ,提取总 RNA,逆转录成 32 P标记的 c DNA探针 ,与 Atlas人肿瘤芯片杂交 ,通过放射自显影获得基因谱 ,应用 Atlas Image TM1.0 1a分析。结果　与正常脑组织相比 ,髓母细胞瘤下调基因 6个 ,上调基因 35个 ;逆转录 -聚合酶链反应技术验证结果与芯片检测结果相符。除少数基因外 ,大部分基因的表达趋势与肿瘤生物学特性相符。结论　髓母细胞瘤是与星形细胞起源胶质瘤具有不同分子发病机理的多基因病变 ,不同基因之间可能存在复杂的相互作用和联系 ,值得进一步研究。     

分子生物芯片分析技术及其应用

分子生物芯片分析是90年代初发展起来的一门新型技术, 已被美国科学促进会列为1998年自然科学领域十大科学进展之一[1]. 分子生物芯片分析利用核酸杂交原理检测未知分子, 其作用类似于计算机的芯片, 应用于生命科学和医学领域. 分子生物芯片的大小如同指甲, 表面可以装载几万甚至几十万个生命信息, 这些生命信息有序地微点阵排列于一定位置, 以用于基因、抗原、抗体、细胞或组织等的分析. 由于生命科学的飞速发展, 迫切需要一种高速灵敏的检测手段来了解生命体细胞内的变化情况. 分子生物芯片分析是其非常适合的工具, 它的问世给科学家打开了一扇了解生物体奥秘的新窗户, 加速了人类基因组计划的实施和飞速发展, 生物芯片分析发展的最终目标是将从样品制备、化学反应到检测的整个化学分析过程集成化为缩微芯片实验室(laboratory on a chip).当前研究和应用最多的分子生物芯片分析是DNA生物芯片分析. 　　分子生物芯片分析和常规DNA序列分析比较具有许多优点[2], 例如, 人类约有10万个基因, 30亿左右碱基对[3], 要搞清它的序列, 尚需百万页的巨著, 对其他生物基因的测序解密仍需大量人力、物力和时间, 而分子生物芯片体积小、重量轻、携带方便, 分子生物芯片分析无污染、自动化、需样量少、节省试剂、能准确快速地分离大量遗传信息. 它给生命科学研究、疾病诊断、治疗、新药开发、法医鉴定和食品研究带来不可估量的影响. 本文对分子生物芯片分析技术及其应用作一简要概述. 　　1 分子生物芯片分析 　　分子生物芯片分析一般包括芯片制作、样品制备、杂交反应和结果分析等过程. 　　1.1 分子生物芯片制作 　　分子生物芯片的制作依赖于微电子工业中的微细加工工艺, 即在芯片固相载体(玻璃片、硅片或尼龙片等)加工出各种微细结构, 根据需要再用生化手段进行表面处理 , 然后应用. 典型的生物芯片制作方法有4种[4-6]: (1)光引导原位合成法, 由Affymetrix公司开发; (2)化学喷射法, 由Incyte Pharmaceutical公司开发; (3)接触或点涂法, 由斯坦福大学研制;(4)在一压电喷头上分别装有A、T、G、C核苷, 使其在芯片并行合成DNA探针. 现有的DNA芯片有两类: (1)寡核苷酸点阵芯片, (2)cDNA点阵芯片.