应用肿瘤基因芯片筛选早期肺鳞癌相关基因

目的： 研究人早期肺鳞癌发生相关基因表达谱, 探讨肺鳞癌发生的分子机制。方法:选取人早期肺鳞癌组织以及相应正常组织，提取RNA, 与含480个与肿瘤相关基因的芯片杂交, 结果经SuperArray Image 软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果:共筛查出差异表达基因192 条，其中表达上调基因127 条, 下调基因65条; 按照基因功能可分为运输载体、代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子基因。结论:基因芯片可用于早期肺鳞癌相关基因表达谱的筛查，可为明确早期肺鳞癌发生机制提供重要参考。     

MADD在肺腺癌组织中的表达及对肺腺癌A549细胞增殖和凋亡的影响

目的:探讨MADD在肺正常组织及肺腺癌组织中的表达及其对肺腺癌细胞增殖和凋亡的影响。方法:收集肺临床病理组织标本,免疫组化法检测肺正常组织和肺癌组织MADD表达;培养人肺腺癌A549细胞,逆转录PCR检测其IG20基因表达;用携带MADD基因的质粒和能够沉默MADD表达的慢病毒载体分别转染A549细胞,Western blot、MTT分析和流式细胞术检测其MADD表达、增殖及凋亡。结果:肺腺癌组织MADD表达水平明显高于肺正常组织和肺鳞癌组织;A549细胞能够表达MADD;高表达MADD能抑制A549细胞凋亡,提高其增殖活力,而沉默MADD表达则能促进A549细胞凋亡,降低其增殖活力。结论:肺腺癌组织MADD表达明显增高;MADD可通过抑制凋亡来促进肺腺癌细胞生存。     

人肺癌细胞的肿胀应激及其信号通路分析

目的 通过比较肺癌与对应癌旁组织的含水量、细胞核大小以及丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)磷酸化激活情况以明确肺癌细胞是否存在肿胀应激。方法 采用干湿质量比较法检测10例人肺腺癌、 12例肺鳞癌以及对应的癌旁正常肺组织新鲜标本的含水量差别。用磷酸化和非磷酸化抗体结合免疫组织化学染色方法,检测30例肺腺癌、 32例肺鳞癌、 10例正常肺泡上皮细胞和10例正常肺支气管上皮细胞c-Jun氨基末端激酶(JNK)、胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)和p38 MAPK的表达及磷酸化激活情况。最后采用HE染色结合图像分析软件估算肺腺癌和肺鳞癌的癌细胞和对应癌旁正常肺泡上皮细胞及支气管上皮细胞的细胞核大小差别。结果 干湿质量比较法发现肺鳞癌和肺腺癌的平均含水量均显著高于其对应的癌旁正常组织。免疫组织化学染色发现p38 MAPK在肺腺癌和肺鳞癌及癌旁组织均高表达。ERK在肺腺癌和鳞癌组织均弱表达,但是在肺癌旁组织高表达。JNK在肺腺癌及癌旁组织均弱表达。在肺泡上皮组织和支气管上皮组织中JNK、 p38 MAPK、 ERK1/2均未被磷酸化激活。但是,肺腺癌、肺鳞癌组织中JNK被磷酸化激活,而p38 MA...     

胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用(英文)

目的：研究胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的构建及其在检测胰腺癌基因表达谱方面的应用。方法：有目的地筛选胰腺癌相关基因，采用合成后点样的方法将合成的寡核苷酸探针点于同型双功能偶联剂（APS-PDC）包被的基片上，制成寡核苷酸基因芯片。Trizol法抽提组织总RNA，并用Qiagen Rneasy kit 进一步纯化。在cDNA第1链合成过程中，通过反转录酶将CyDye标记核苷酸直接渗入到cDNA中制备荧光探针，其中用Cy3-dCTP标记胰腺癌组织，Cy5-dCTP标记正常胰腺组织。将荧光标记探针定量后与芯片杂交16-18 h。用Agilent 扫描仪进行扫描，Imagene3.0软件（Biodiscovery,Inc.）图像分析，计算2种荧光Cy3 与Cy5信号强度的比值。挑选差异基因CDC25B和TUSC3进行荧光定量PUR（Sybrgreen方法）验证，以B-actin基因为内参照基因，PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果：芯片杂交扫描图像信号清晰，具有较低的整体背景和较高的信噪比，各阳性质控点信号均匀一致，阴性质控点和空白点信号低。与正常组织相比，胰腺癌组织中差异表达基因24条，占全部基因的25.5%，其中上调基因17条（占18.1%），下调基因7条（占7.4%）。荧光定量PCR验证，CDC25B和TUSC3基因在胰腺癌中的表达分别为上调和下调，其表达趋势与芯片实验的结果一致。结论：制备的胰腺癌相关基因芯片，可同时、并行检测多种胰腺癌相关基因的表达改变，具有一定的特异性和灵敏性。胰腺癌组织与正常胰腺组织相比，基因表达谱具有明显的差异，为进一步研究胰腺癌的发病机理和早期诊断提供了有用的信息。     

用基因芯片研究人肺癌转移相关基因

目的 自制肿瘤转移相关基因芯片研究人肺癌高、低转移细胞系PG和PAa间以及肺癌、淋巴结转移癌与正常肺组织间的基因表达谱差异，筛选与肺癌转移相关的特异基因。方法 提取2种肺癌细胞系、人肺癌、淋巴结转移癌及周围正常肺组织的mRNA后逆转录标记cDNA探针，与自制的含399个肿瘤转移相关基因的微阵列膜杂交，QuantArray软件分析杂交信号强度获得差异表达基因。结果 正常肺组织与肺原发癌的基因表达谱有显著差异。淋巴结转移癌组织与PG高转移细胞系表达基因行聚类分析，共同表达且最具统计学意义的基因有64个，包括上调基因27个，下调基因37个。结论 多基因参与肺癌的转移过程，肺转移癌与高转移细胞系共同差异表达的基因可能与肺癌的高转移特性密切相关。     

应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达.方法分别提取癌组织和正常对照组织mRNA,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光标记cDNA,获得两组探针,混合后与基因芯片H40s(基因点数为4096点)杂交,经严格洗片后用GenePix4000B扫描仪进行扫描,获得荧光信号图像,用图像处理软件:GenePix Pro3.0对图像进行处理,获得两种组织中差异表达的基因信息.结果在4种癌组织中同时出现表达差异的基因有35条,占0.85%.其中4种癌组织中都下调表达的基因6条,没有均上调表达的基因,在前3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条,在前3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因12条,其它5条.结论 1.肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多,它是多种基因表达失衡的结果.每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱,即使是同一肿瘤的不同个体之间,基因表达谱可能差异也很大.2.子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有6个,它们是:AB023136(编码人类蛋白 KIAA0919)、AF080158(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因)、S79522(蛋白质合成延长因子EF-1基因)、NM_000984(核糖体蛋白基因)、M32110(细胞增殖核抗原蛋白P120基因)、NM_000978(核糖体蛋白RPL23)基因,并且均下调表达.3. 子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌基因表达谱的一致性较高,而与乳腺癌基因表达谱的差异很大,说明3种内生殖器肿瘤发生的机理与乳腺癌的发病机理可能完全不同,有12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中上调表达而在乳腺癌中下调表达;同时另外12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中下调表达而在乳腺癌中上调表达.4.基因芯片是筛查妇科恶性肿瘤相关基因表达的有力工具.     

常染色体显性多囊肾组织差异表达基因的初步研究

目的应用基因芯片技术及最新公共数据库，筛选常染色体显性多囊肾组织中差异表达的基因，对其进行功能分类，并对其中1条基因利用原位杂交技术进行验证。方法将代表8398条人类基因的PCR产物制成基因芯片。将等量的多囊肾组织和正常肾组织mRNA分别用Cy5、Cy3荧光标记，逆转录合成cDNA探针，混合后与上述基因芯片杂交。扫描杂交信号荧光强度，找出差异表达基因，对获得的基因进行分子生物信息学分析。并对其中的上调表达基因IGF1 mRNA进行原位杂交，验证基因芯片结果的准确性。结果（1）在进入研究的8398条基因中，共发现357条差异表达基因。94条基因在多囊肾组织中低表达，263条基因高表达；（2）上调表达基因主要属于原癌基因，细胞骨架蛋白和运动相关蛋白，凋亡相关蛋白，细胞信号和传递蛋白，细胞因子；下调表达基因主要属于抑癌基因，DNA结合、转录和转录因子，细胞信号和传递蛋白，参与代谢的基因；（3）IGF1 mRNA原位杂交结果与芯片结果一致。结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选差异表达基因；多囊肾病的发生、发展中存在着多种不同功能基因表达调控的改变。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

目的 :应用基因芯片技术研究Graves病 (GD)和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达。方法 :分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将GD组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。结果 :GD组和正常对照组之间共筛选出80条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 31条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 (0 5倍以下 )。结论 :基因表达谱芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、…     

应用基因芯片技术对甲状腺癌基因的研究

目的 :应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌 (PTC)和正常成人甲状腺组织基因的差异表达。方法 :分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将PTC组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因。结果 :PTC组和正常对照组之间共筛选出 6 5条差异表达基因 ,其中表达增加的基因有 4 8条 (2 0倍以上 ) ,表达降低的基因有 17条 (0 5倍以下 )。结论 :基因表达谱芯片筛选PTC与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高…     

肺癌和肺癌前病变组织中维甲酸受体的表达

目的： 探讨维甲酸受体（RAR）在肺癌癌前病变（支气管黏膜上皮不典型增生）和肺癌病变中的表达。方法: 在40例正常肺组织、41例支气管黏膜上皮不典型增生组织及143例肺癌患者手术标本中,用免疫组化的方法检测RAR的表达,分析RAR基因在肺癌变不同阶段间的变化。结果: 80.0%（32/40）的正常肺组织中可检测到RAR基因的蛋白表达;68.3%（28/41）的支气管黏膜上皮不典型增生组织和57.6%（83/143）的肺癌组织中可检出RAR（P<0.05）;且随着肺组织癌变过程的变化,RAR基因蛋白的表达呈逐渐降低的趋势（P<0.01）。吸烟者RAR蛋白检出率低于非吸烟者。结论: RAR表达下降与肺组织癌变过程密切相关,吸烟暴露可导致RAR基因表达降低,检测RAR基因表达下降可能为肺癌的早期临床诊断提供科学依据。     

Expression profiling of integrins in lung cancer cells

Integrins are heterodimeric transmembrane receptors consisting of 18 α and 8 β subunits. Heterodimer composition of α and β subunits has a potential for determining tumor subtypes of human lung cancer. The purpose of this study was to investigate the expression profile of integrins in lung cancer cells. Expression profiling of integrins in a panel of lung cancer cell line, including A549 (adenocarcinoma, ADC), Calu-1 (squamous carcinoma, SCC), H1650 (bronchioloalveolar carcinoma, BAC) and DMS-53 (small cell lung cancer, SCLC), was analyzed by cDNA microarrays, restriction analysis of gene expression (RAGE) and flow cytometry. Seventy-nine lung cancer specimens were used to further validate the data from cell lines using immunohistochemistry. Integrins are obviously expressed in a cell type-specific manner, such as α3 in A549, Calu-1 and H1650 except in DMS53, α4 in H1650, α5 and β1 in all cell lines. The integrins detected with cDNA microarrays were all unequivocally detected with RAGE and by flow cytometry at the protein level. In all lung cancer specimens, α3 integrin was strongly expressed in ADC, SCC and BAC, but was infrequent in SCLC. α4 integrin was solely expressed in BAC. α5 and β1 integrins were expressed in all four histological types of lung cancer specimens. Integrin α3 and α4 may be useful as diagnostic markers for adenocarcinoma, squamous cell carcinoma and bronchioloalveolar carcinoma. RAGE is a promising technique for studying the expression profiles of genes, such as integrins in cancer cells.     

肺癌病理类型与淋巴细胞rRNA基因活性的相关性研究

目的 研究肺癌病理类型对外周血淋巴细胞rRNA基因活性的影响。方法 应用染色体银染技术，对肺腺癌肺鳞癌和小细胞肺癌共50例患者和40例正常人外周血淋巴细胞染色体Ag—NOR、Ag—AA进行检测。结果 肺癌组Ag-NOR数／细胞、AS—AA数／细胞均高于对照组；各型肺癌之间的Ag—NOR数／细胞、Ag—AA数／细胞，腺癌显著高于小细胞癌。小细胞癌显著高于鳞癌。结论 肺腺癌、肺小细胞癌和肺鳞癌患者有转录活性的rRNA基因活性及基因数量呈递减趋势，与染色体不稳定性呈线性关系。据此，可在不经手术取材的情况下判断肺癌的病理类型，从而指导临床治疗。     

食管鳞癌家族史患者癌及癌旁组织基因表达谱的初步研究

目的:探讨具家族史食管鳞癌的基因表达谱,寻找在食管鳞癌及癌旁组织中差异表达的基因.方法:分别抽提6例具家族史食管鳞癌及癌旁组织总RNA,将各RNA逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记cDNA一链做探针,在含有14000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交.用scanarray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析.结果:在613个异常表达的基因中,上调基因304个,下调基因309个.除252个为新基因外,在另361个基因中,有291个基因功能明确,其中下调基因142个,上调基因149个,包含各类功能基因.结论:这些异常表达的基因,说明了食管鳞癌发生的复杂性.首次为具家族史食管鳞癌患者癌组织提供了相当数量的与肿瘤发生相关的差异表达基因,为肿瘤早期诊断和治疗提供了线索.     

p63基因在肺癌组织中的表达

目的研究肺鳞状细胞癌、腺癌、大细胞肺癌、小细胞肺癌以及淋巴结或肺内转移性肿瘤标本组织中p63基因的mRNA转录因子和蛋白表达水平,探讨p63基因表达与其定位在3q 27-q29区域改变的关系.方法采用cDNA微阵列技术同时检测72例不同病理组织学类型的原发性肺癌(包括鳞状细胞癌、腺癌、大细胞癌、小细胞癌)和肺癌肺内转移及淋巴结转移灶内的p63基因mRNA水平.另外,利用组织芯片技术构建150例原发性肺癌石蜡包埋标本组织芯片,采用免疫组织化学LSAB法检测p63基因蛋白表达情况.同时应用比较基因组杂交(CGH)技术对70例原发性肺癌标本进行了3号染色体长臂改变的分析.结果p63mRNA转录因子在肺鳞状细胞癌标本表达明显增强,与腺癌、大细胞癌、小细胞癌相比增多10倍以上.肺癌转移灶内p63基因mRNA表达水平明显高于其相对应的原发性灶,差异有统计学意义(P＜0.001).免疫组织化学染色结果显示肺鳞状细胞癌阳性表达率为94.64%;腺癌是1.79%;4例大细胞肺癌中2例为阳性染色;但所有小细胞肺癌标本免疫组织化学染色均为阴性.pT1分期肺癌的p63基因蛋白表达阳性率与pT2分期肺癌相比有统计学差异(P＜0.05).比较基因组杂交结果发现肺鳞状细胞癌3号染色体长臂27-29区域有显著的扩增,腺癌表现为缺失.鳞状细胞癌p63基因的表达增强与3q27-q29区域的显著扩增有明显正相关性(P＜0.000 1),说明定位于3号染色体长臂27-29区域的p63基因的拷贝有明显的扩增.结论p63mRNA转录因子和蛋白在肺鳞状细胞癌较其他肿瘤表达显著增高,转移灶高于原发灶;肺鳞癌p63表达增强与3号染色体长臂3q27-q29区域的扩增显著相关.     

Immunolocalization of glycodelin in human adenocarcinoma of the lung, squamous cell carcinoma of the lung and lung metastases of colonic adenocarcinoma

Glycodelin (Gd), which is localized in cells of bronchial epithelium, type II pneumocytes and alveolar macrophages in rats and humans, plays an important role in the pulmonary immune response in asthmatic inflammation. In this study, sections of paraffin-embedded tumor adjacent lung tissue and sections of adenocarcinoma of the lung, squamous cell carcinoma of the lung and metastases of colonic adenocarcinoma were investigated for the distribution and expression of Gd using a polyclonal anti-Gd antibody. Glycodelin protein is located in the cytoplasm of bronchial epithelial cells, pneumocytes and alveolar macrophages. Furthermore, Gd is expressed in adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the lung as well as in lung metastases of colonic adenocarcinoma. Densitometric analyses showed a significantly increased expression of glycodelin protein in cancer tissue compared to tumor adjacent lung tissue. The Gd protein level was 1.7–2.6-fold increased in lung carcinoma compared to tumor adjacent lung tissue. The Gd protein level did not differ from each other between the investigated types of cancer tissue. Because these data validate the recent findings of Gd mRNA expression, it may be concluded that glycodelin plays an important role in the pathogenesis of lung cancer and lung metastases.     

Differences in the O-glycosylation patterns between lung squamous cell carcinoma and adenocarcinoma

Mucins are highly O-glycosylated proteins synthesized by epithelial cells, and their glycosylation patterns can be altered during neoplastic transformation. The 2 types of non-small cell lung cancer (NSCLC) display a similar pattern of mucin gene expression but different reactivity to periodic acid-Schiff diastase, suggesting that a higher number of carbohydrate chains are present in adenocarcinomas. We compared the expression of core (Tn, sialyl-Tn, T) and terminal fucosylated and sialylated (Lewis antigens) carbohydrate structures in lung tumors. Specific antibodies were usedfor immunohistochemical and Western blot assays. Results indicated that core and terminal structures are detected more frequently in adenocarcinoma than in squamous cell carcinoma, except Lewis y, which is expressed strongly in both types of NSCLC. These data suggest that in squamous cell carcinoma and adenocarcinoma, different sets of glycosyltransferases must be expressed and that different posttranslational modifications of the mucin genes can take place in these 2 tumor types.     

ARHGAP10基因在肺腺癌中的表达及其机制

目的:基于生物信息学技术探讨Rho GTPase活化蛋白10（ARHGAP10）在肺腺癌发生发展中的潜在分子机制,为后续深入研究提供生物信息学证据。方法:通过利用TCGA数据库,获取肺腺癌患者RNA高通量序列及相关患者的临床资料,其中包括514例肺腺癌患者的癌组织以及59例相关的癌旁组织;GSE115002肺腺癌基因芯片数据从GEO下载,芯片包含52例肺腺癌患者的癌组织和匹配的癌旁正常组织。通过R语言技术比较ARHGAP10在TCGA和GSE115002中肺腺癌组织和癌旁正常组织之间表达差异,并进一步分析ARHGAP10表达与肺癌患者临床预后的相关性;挖掘两个数据库中ARHGAP10重叠基因,对重叠基因进行GO和KEGG富集分析,采用STRING数据库获取ARHGAP10的相关基因互作蛋白网络,TIMER数据库分析ARHGAP10与免疫浸润的相关性。结果:与癌旁正常组织相比较,肺腺癌组织中ARHGAP10呈现低表达状态（P<0.01）。与ARHGAP10低表达组相比较,ARHGAP10高表达患者拥有更长的总生存期和无进展生存期（P<0.05）。TCGA和GSE115002肺腺癌数据库中ARHGAP10的共同相关基因共133个,与MAPK、PI3K-AKT等信号通路以及细胞外基质受体结合、肌动蛋白细胞骨架、肿瘤信号通路等生物学进程相关。本研究发现PRELP、LIMS2、PPAP2B、MRPL42、SRP9、TSNAX等蛋白在ARHGAP10相互作用网络中发挥重要作用,ARHGAP10与DC细胞、中性粒细胞浸润正相关,与PD-L1表达呈正相关。结论:ARHGAP10在肺腺癌中起抑癌作用,与肺腺癌的生存预后正相关,可作为肺腺癌患者潜在的临床预后标志物。