2018-2020年甘肃省腹泻病毒流行特征及A组轮状病毒全基因组特征

目的 了解2018—2020年甘肃省A组轮状病毒（RVA）流行特征及全基因组特征。方法 选取甘肃省腹泻症候群监测的6家哨点医院采集的腹泻患者粪便2553份,经实时聚合酶链式反应检测A组轮状病毒、诺如病毒、腺病毒、星状病毒、札如病毒核酸,选取部分轮状病毒阳性样本构建DNA测序文库,采用第二代测序,并进行分析。结果 共检出病毒阳性标本853份,检出率33.41%,其中轮状病毒阳性率最高（17.43%）,其次是诺如病毒（12.65%）、腺病毒（6.58%）、星状病毒（4.70%）、札如病毒（1.02%）。对50份轮状病毒阳性标本进行第二代测序,获得31株全序列,其中24株G9P[8]、2株G2P[8]、3株G2P[4]、1株G9P[6]和1株G9P[4]型别。全基因组核苷酸序列分析发现,除VP7片段外,序列差异比较大的有VP3和NSP4两个节段。本研究获得21株G9P[8]型Wa-like株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M 1-A1-N1-T1-E1-H1),3株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的24...     

轮状病毒G9P ［8］ -E2基因型重配株在我国的流行趋势分析

  目的  研究我国轮状病毒（RV）流行毒株G9P［8］基因型的全序列分子特征及进化规律。  方法  采用反转录–聚合酶链式反应（RT-PCR）方法,对2018年收集的64份（广东省深圳市和吉林省长春市各32份）G9P［8］基因型RV阳性标本进行扩增。  结果  成功获取54份（深圳市30份, 长春市24份）G9P［8］基因型A组轮状病毒（RVA）标本的全基因组节段。序列分析表明,54份G9P［8］基因型RVA中, 28份为Wa-like G9P［8］-E1株,26份为非结构蛋白NSP4基因节段重配的G9P［8］-E2株,G9P［8］-E2株在深圳和长春市阳性样本中分别占60.0%、33.3%。  结论  2018年深圳和长春市流行的RVA中G9P［8］-E2重配株已经成为优势株,且在深圳市的优势程度大于在长春市的,推测该基因型重配株RVA可能已在我国广泛传播。     

2016~2018 年广州地区腹泻儿童轮状病毒和腺病毒感染结果和临床特征分析

目的　收集2016 ～ 2018 年在广州市妇女儿童医疗中心就诊腹泻儿童病例资料,分析轮状病毒（Rotavirus,RV）和肠道腺病毒（Adenovirus,AdV）感染流行的特点。方法　采集2016 ～ 2018 年诊断急性腹泻儿童新鲜粪便样本,用胶体金检测法检测RV 和AdV 抗原,对结果和临床信息进行分析。结果　符合分析要求的样本共6 568 例,男性4 098 例,女性2 470 例。RV 感染4 645 例,AdV 感染1 317 例,RV 和AdV 合并感染606 例。RV 感染率以12月～次年3 月最高,AdV 和RV+AdV 合并感染率从5 月开始明显增高,在9 ～ 10 月达到峰值。RV 感染以1~ 3 岁为主;AdV 感染和RV+AdV 合并感染以2 岁内为优势。发热和呼吸道感染是发生率最高的临床并发症,AdV 感染和RV+AdV 合并感染较易出现发热症状。结论　RV 和AdV 是引起广州地区儿童急性腹泻的重要病原体。RV 所致腹泻在冬春季高发,时间有明显的地域差异。AdV 感染无明显的月份差异。两种病毒感染导致的儿童腹泻多发于学龄前,且AdV 在0~1 岁年龄段检出率最高。临床可参考腹泻发生特点实施用药治疗。     

2018－2020年上海市5岁以下住院儿童病毒性腹泻病原学特征分析

  目的  对2018 — 2020年上海市5岁以下感染性肠胃炎住院患儿进行主要病毒病原学检测,了解目标人群中病毒的分子流行病学迁移变化特征,为病毒性腹泻的防控和疫苗研发及应用提供数据支撑。   方法  采集上海市某儿科医院5岁以下腹泻住院患儿的粪便标本,并收集相关流行病学资料。 采用ELISA、荧光PCR以及巢式PCR方法对轮状病毒、杯状病毒（包括诺如病毒和札如病毒）、星状病毒和肠道腺病毒进行检测和分子分型。   结果  共采集粪便标本805份（男性543份,女性262份）,病毒检出率为47.33%,检出率最高的病毒为杯状病毒（31.18%）,其次为A组轮状病毒（17.64%）;杯状病毒中诺如病毒GⅡ型的占比最高（95.62%）。 轮状病毒以G9P［8］为主要流行型别（占比90.85%）。 诺如病毒GⅡ型以GⅡ.4［P31］和GⅡ.3［P12］为主要流行株（占比分别为32.08% 和19.58%）;但2020年以来,新兴亚型GⅡ.4［P16］和GⅡ.2［P16］检出率明显高于2018和2019年（χ2=17.337,P＜0.001; χ2=11.044,P=0.001）。 此外本地首次从1名4月龄患儿粪便中发现1株乐儿德轮状病毒疫苗株。   结论  杯状病毒检出率高于轮状病毒的趋势加剧,使杯状病毒（主要是诺如病毒）疫苗的研发和上市需求愈发迫切。研究首次揭示了住院儿童中诺如病毒GⅡ型的主要流行和新兴亚型,为多效价的诺如疫苗研发提供了参考依据。轮状病毒G9型别近年检出率升高,需要对轮状病毒型别变化保持警戒、追踪和深究。     

2018-2019年吉安市柯萨奇病毒A组6型和10型的病原学检测和流行特征分析

目的 通过吉安市近年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)标本中通用型肠道病毒核酸(EV-RNA)阳性中的非柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CA16)和非肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)肠道病毒标本做柯萨奇病毒A组6型(Coxsa...     

2017－2019年广东省柯萨奇病毒A组6型感染手足口病流行特征分析

  目的  了解2017—2019年广东省柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）感染手足口病流行特征。  方法  在广东省21个地市及佛山市顺德区（省直管区）共选取22家哨点医院开展手足口病普通病例Cox A6感染监测,结合手足口病个案及暴发数据,估算Cox A6感染手足口病发病情况并分析人群和时间分布特征。  结果  Cox A6感染阳性率分别为57.1%、23.0%、47.4%。 暴发构成比为18.5%（12/65）,仅次于Cox A16,主要发生在9月和6月。 估算发病率随年龄升高呈下降趋势（趋势χ2=2683320.620,P＜0.001）,高发年龄组依次为0～（1650.29/10万）、1～（4092.17/10万）、2～（2057.02/10万）和3～岁组（1530.23/10万）;随月龄增加呈上升趋势（趋势χ2=771.582,P＜0.001）,高发月龄依次是11～（4982.7/10万）、10～（4150.7/10万）、9～（3523.2/10万）、8～（2684.97/10万）和7～月龄组（1813.01/10万）。 高发月份依次是9（34.99/10万）、7（30.98/10万）、10（28.88/10万）、8（24.18/10万）和6月（22.04/10万）。 重症及死亡病例构成比为25.2%（86/341）,仅次于肠道病毒71型（EV71）（35.5%,121/341）。  结论  Cox A6已成为广东省手足口病病原的主要型别之一,各年份流行强度不同;暴发疫情强度仅次于Cox A16,Cox A6感染水平高时,暴发疫情增多,主要发生在托幼机构,9月和6月常见;6—10月是高发季节,0～3岁儿童是高危人群,6～11月龄为高发月龄;重症及死亡强度低于EV71,高于Cox A16,但其重症及死亡比例较以往研究增加。     

2018年浙江省宁海县柯萨奇病毒A组6型手足口病临床特征及分子流行病学

目的了解浙江省宁海县柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）手足口病的临床特征，探讨其防控策略和措施。方法从国家疾病监测信息系统获取2018年宁海县手足口病资料，采集宁海县第一医院手足口病门诊、住院患者粪便和（或）咽拭子标本，用实时荧光定量反转录–聚合酶链式反应（RT-PCR）方法检测肠道病毒通用型及核酸分型，对Cox A6阳性标本进一步用RT-PCR方法进行VP1全长基因扩增、测序和系统进化分析。结果肠道病毒核酸阳性635例，阳性率为75.42%，其中Cox A6、非Cox A6阳性分别为412例（64.88%）和223（35.12%）；对Cox A6与非Cox A6病例组的临床表现进行比较，年龄、发热及热程、皮疹分布范围、出现疱疹及大疱疹比例、皮肤疼痛和痒感、脱皮及色素沉着、随访16周脱甲率等因素差异有统计学意义。 序列分析显示，2018年宁海县流行的Cox A6均为D3基因亚群，D3.2分枝。结论2018年宁海县Cox A6 D3基因亚群病毒广泛流行，临床上表现为皮肤黏膜剧烈反应，皮疹分布较非Cox A6广泛，脱甲为Cox A6病毒对指（趾）甲的直接侵害。     

2019年冬季青岛市手足口病患者感染柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

  目的  调查2019年冬季青岛市妇幼医院和中心医院手足口病（HFMD）住院患儿病原感染情况,分析柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）基因进化特征。  方法  收集2019年冬季青岛地区HFMD住院患儿104份咽拭子,采用实时荧光定量PCR进行肠道病毒核酸检测。 使用肠道病毒通用分型引物扩增阳性样本,扩增序列测序后进行Blast比对。 设计Cox A16 VP1全长引物,通过半巢式PCR扩增测序,使用DNAStar进行核苷酸和氨基酸的基因分析,使用MEGA软件构建进化树。  结果   HFMD住院患儿的咽拭子样本肠道病毒总体阳性率为57.7%（60/104）。 其中Cox A16阳性率为30.8%（32/104）,Cox A6阳性率为26.9%（28/104）。 对32份Cox A16阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析,其核苷酸同源性为87.0%～100%,氨基酸同源性为98.3%～100%。 系统进化分析表明,32株Cox A16中有17株为Cox A16 B1a基因型,另外15株为Cox A16 B1b基因型。  结论  引起2019年冬季青岛地区住院HFMD的病原体之一是Cox A16,且同时流行Cox A16的B1a和B1b型。     

2014-2019年山东省潍坊市流行的肠道病毒A组71型的VP1区基因特征分析

目的 了解2014—2019年山东省潍坊市流行的肠道病毒A组71型（EV71）VP1区基因遗传特征、进化关系及VP1区密码子所处的选择性压力。方法 随机选取2014—2019年潍坊市EV71感染手足口病患者的阳性标本,经人横纹肌肉瘤细胞分离培养后提取病毒总RNA,采用反转录聚合酶链式反应对VP1区基因扩增后进行序列测定,并分析与EV71各基因型代表株的核苷酸及氨基酸的同源性,构建2008年以来我国不同省份EV71及本地EV71 VP1区系统进化树。通过Datamonkey在线服务器采用单似然祖先计数（SLAC）及固定效应可能性模型（FEL）方法对C4a亚型VP1区密码子进行选择性压力分析。结果 共获得的41株本地EV71毒株,均与C4a基因亚型的同源性最高,核苷酸同源性为94.9%～98.2%,氨基酸同源性为98.3%～99.6%。系统进化树显示本地EV71毒株均属C4a基因亚型,形成2个明显的支系,每一分支中既有成簇毒株也有散在分布毒株,并与多地毒株亲缘关系较近。采用SLAC和FEL分别鉴定出136和190个密码子为负向选择性压力位点,不存在正向选择性压力位点。结论 2014—201...     

2018-2019年安徽省柯萨奇病毒A组16型B1基因亚型分离株分子特征分析

目的 了解安徽省2018—2019年手足口病（HFMD）柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CV-A16）分子病原学进化特征。方法 对安徽地区2018—2019年从HFMD患者咽拭子样本中分离的CV-A16毒株,采用反转录聚合酶链式反应（RTPCR）扩增其VP1基因全长核酸片段、测定其核苷酸序列。采用肠道病毒在线分型工具鉴定CV-A16毒株基因亚型,运用MEGA 6.0生物软件最大似然法（maximum likelihood method）构建VP1基因进化树、MegAlign比较核苷酸和氨基酸同源性。结果 安徽省2018—2019年共分离到HFMD CV-A16毒株88株。其中2018年分离到30株,2019年58株。其VP1区全长基因均由891个核苷酸碱基组成,编码297个氨基酸。基因分型鉴定和进化分析显示,88株CV-A16毒株中B1a和B1b基因亚型分别为25株（28.41%）、63株（71.59%）。VP1区遗传进化表明,88株CV-A16毒株均归为B1基因型,其中25株属于B1a基因亚型,63株属于B1b基因亚型。同源性分析显示,B1a基因亚型毒株与...     

2010～2015年桂林地区腹泻儿童A群轮状病毒感染流行特点

目的：了解桂林地区2010～2015年腹泻儿童 A 群轮状病毒（RV-A）的流行病学特点。方法收集2010～2015年该院收治的包括门诊和住院的5岁及以下儿童腹泻大便标本,采用免疫胶体金技术对标本进行 RV-A 抗原检测。结果2010～2015年桂林地区腹泻儿童 RV-A 总感染率为21．75％,2010～2015年检出率分别为36．13％、35．35％、24．82％、22．41％、13．85％、10．15％;0～＜6个月、6个月至小于1岁、1～＜2岁、2～＜3岁、3～＜4岁、4～5岁患儿 RV-A 感染率分别为11．84％、32．54％、40．52％、23．39％、19．51％、9．27％,其中1～＜2岁组的阳性率最高;11、12、1月的检出率分别为27．98％、36．91％、29．54％,与其他月份的检出率比较,差异均有统计学意义（P＜0．05）。结论 RV-A 是桂林地区5岁及以下儿童腹泻的主要病原体之一,其感染具有性别、年龄和季节差异,感染高峰期在秋、冬季节,尤其在11、12、1月,6个月至小于2岁儿童为 RV-A 感染高危人群,应着重做好 RV-A 感染的预防工作。     

南京地区婴幼儿腹泻轮状病毒感染的流行病学特征

目的了解南京市婴幼儿腹泻轮状病毒感染的流行病学特征。方法用胶体金免疫层析双抗体夹心法,对于南京医科大学附属南京儿童医院肠道门诊就诊的7 325例腹泻患儿粪便进行A群轮状病毒检测和流行病学分析。结果 7 325例腹泻患儿粪便标本中,轮状病毒抗原阳性标本2 353例,检出率为32.12%。其中1~2岁组的检出率最高(43.51%),与其他年龄组患儿比较差异有统计学意义(P<0.05);11、12、1月的检出率分别为52.20%、46.98%、46.59%,与其他月份的检出率比较,差异均有统计学意义(P<0.05);疫苗组轮状病毒检出率为9.06%,非疫苗组轮状病毒检出率38.74%,二组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论南京地区婴幼儿感染轮状病毒病的检出率较高,尤其是6月龄至小于3岁的婴幼儿,感染高峰期为秋冬季。     

2011－2015年苏州地区腹泻儿童A组轮状病毒感染分析

目的：分析2011－2015年苏州地区腹泻儿童A群轮状病毒感染的情况及流行病学特征,为临床治疗及感染控制提供临床数据。方法采用免疫层析双抗夹心法对2011－2015年至苏州大学附属儿童医院就医的14周岁及以下腹泻儿童粪便进行A群轮状病毒抗原检测,并对结果进行统计分析。结果2011－2015年苏州地区A群轮状病毒阳性率为33．05％。各年龄段均可感染,0～＜2岁的患儿A群轮状病毒阳性率最高。苏州地区A群轮状病毒感染全年均可发生,以10月份至次年的1月份阳性率最高。结论 A群轮状病毒感染是苏州地区儿童尤其低龄儿童腹泻的重要病因,全年易感,感染高峰为秋冬季节,全年特别是秋冬季应加强监测,预防疾病爆发。     

中山市A组轮状病毒感染的流行病学特征

目的 了解中山地区A组轮状病毒感染情况和流行病学特征.方法 应用免疫层析双抗体夹心法对疑似A组轮状病毒感染的患儿新鲜粪便标本进行A组轮状病毒检测,并进行流行病学分析.结果 969例标本中168例A组轮状病毒抗原检测阳性,总阳性率为,17.34%,男女比例为2.23：1.00.6～12个月年龄段婴幼儿最为易感.在该地区秋冬季节是A组轮状病毒感染的高发季节,高峰在11～12月.结论 A组轮状病毒是中山地区婴幼儿腹泻的重要病原体,对A组轮状病毒进行监测对其诊断和合理治疗及流行情况的监控具有重大意义.     

深圳地区腹泻患儿A群轮状病毒感染情况分析

目的：了解深圳地区腹泻患儿A群轮状病毒（RV）感染的流行病学特点,为临床诊断、治疗提供参考依据。方法对腹泻患儿的大便标本进行RV检测,并对结果进行分析。结果从14511例腹泻患儿中检出RV感染患儿3509例,总感染率为24．18％。RV全年均可感染,但高峰期为11、12、1月份。RV感染患儿主要分布在6个月至2岁年龄段。结论深圳地区腹泻患儿RV感染普遍,临床应引起重视。     

桂林地区婴幼儿腹泻轮状病毒感染的流行病学特征的分析

目的了解桂林地区婴幼儿腹泻的轮状病毒感染的流行病学特征。方法对于来该院就诊的1 300例腹泻患儿粪便进行A群轮状病毒的检测(胶体金免疫层析双抗体夹心法)统计并进行流行病学分析。结果 1 300例腹泻患儿的粪便标本中,132例标本的A群轮状病毒抗原呈阳性,阳性率10.15%。其中1~2岁组的阳性率最高(23.08%),与其他年龄组患儿相比较其差异具有统计学意义(P0.05);1、11、12月的检出率分别为24.14%、20.00%、23.53%,与其他月份检出率比较,差异均有统计学意义(P0.05)。结论轮状病毒感染在桂林地区婴幼儿中存在较高的检出率,尤其是秋、冬季节及6个月至2岁年龄段的婴幼儿。     

Epidemiological and clinical characteristics of 65 hospitalized patients with COVID-19 in Liaoning,China

BACKGROUNDCoronavirus disease 2019 (COVID-19) has spread rapidly to multiple countries through its infectious agent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. The severity, atypical clinical presentation, and lack of specific anti-viral treatments have posed a challenge for the diagnosis and treatment of COVID-19. Understanding the epidemiological and clinical characteristics of COVID-19 cases in different geographical areas is essential to improve the prognosis of COVID-19 patients and slow the spread of the disease.AIMTo investigate the epidemiological and clinical characteristics and main therapeutic strategy for confirmed COVID-19 patients hospitalized in Liaoning Province, China.METHODSAdult patients (n = 65) with confirmed COVID-19 were enrolled in this retrospective study from January 20 to February 29, 2020 in Liaoning Province, China. Pharyngeal swabs and sputum specimens were collected from the patients for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 nucleic acid. Patient demographic information and clinical data were collected from the medical records. Based on the severity of COVID-19, the patients were divided into nonsevere and severe groups. All patients were followed until March 20, 2020.RESULTSThe mean age of 65 COVID-19 patients was 45.5 ± 14.4 years, 56.9% were men, and 24.6% were severe cases. During the 14 d before symptom onset, 25 (38.5%) patients lived or stayed in Wuhan, whereas 8 (12.3%) had no clear history of exposure. Twenty-nine (44.6%) patients had at least one comorbidity; hypertension and diabetes were the most common comorbidities. Compared with nonsevere patients, severe patients had significantly lower lymphocyte counts [median value 1.3 × 10⁹/L (interquartile range 0.9-1.95) vs 0.82 × 10⁹/L (0.44-1.08), P < 0.001], elevated levels of lactate dehydrogenase [450 U/L (386-476) vs 707 U/L (592-980), P < 0.001] and C-reactive protein [6.1 mg/L (1.5-7.2) vs 52 mg/L (12.7-100.8), P < 0.001], and a prolonged median duration of viral shedding [19.5 d (16-21) vs 23.5 d (19.6-30.3), P = 0.001]. The overall median viral shedding time was 19.5 d, and the longest was 53 d. Severe patients were more frequently treated with lopinavir/ritonavir, antibiotics, glucocorticoid therapy, immunoglobulin, thymosin, and oxygen support. All patients were discharged following treatment in quarantine.CONCLUSIONOur findings may facilitate the identification of severe cases and inform clinical treatment and quarantine decisions regarding COVID-19.     

杭州地区2010~2011年急性腹泻患儿病原诺如病毒基因型及分子特征研究

摘要:目的：探讨杭州地区2010~2011年婴幼儿急性腹泻病原诺如病毒(NV)基因型及其分子特征。 方法：用多重RT-PCR方法对325份5岁以下急性腹泻患儿粪便标本进行NV检测,选择阳性扩增片段进行基因测序,并对序列进行系统进化分析。 结果：杭州地区急性腹泻患儿感染NV的阳性率为13.85%（45/325）,NV GⅠ型7株,GⅡ型38株;序列结果分析显示3株NV GⅠ型与AB522407.1、EU085525.1、EU085523.1和FJ383829.1的同源性达93.2%～100%,进化树显示其亲缘关系较近;进化树显示12株属于GⅡ-4型,且与GQ845367.2、AB291542.2、JQ934814.1和JQ613509.1的同源性高达94.7%～100%;4株GⅡ-3型与JF896130.1和EU400377.1同源性高达97.9%～100%;1株GⅡ-4型与GQ380647.1的同源性仅为93.6%。 结论：NV是2010~2011年导致杭州地区儿童急性腹泻的重要病原之一,以NV GⅡ-4型为主,可能是流行优势株。